원고가 발급ㆍ수취한 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라고 봄이 타당

사 건 2022구합50001 종합소득세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BBB세무서장외 1 변 론 종 결

2022. 07. 14. 판 결 선 고

2022. 08. 18.

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고 BBB세무서장이 2020. 11. 6. 원고에게 한 2016년 귀속 종합소득세 130,444,980원(가산세 포함)의 부과처분 및 피고 CCC세무서장이 2020. 11. 6. 원고에게 한 2016년 2기분 부가가치세 183,473,930원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고의 지위 원고는 2012. 4. 27.부터 2017. 4. 17.까지 ○○ ○○구 ○○대로623번길 62, 비동402호(○○동, ○○빌딩)에서 ‘○○**케이’라는 상호로 플라스틱 원료 등의 도소매업을 영위한 사람이다.
• 나. 원고에 대한 2013년 1기분 내지 2015년 1기분 부가가치세 경정ㆍ고지 및 관련 소송의 경과

1. 원고는 2013. 1. 4.경부터 2016. 6. 30.경까지 SS폴리켐 외 2개 업체로부터 재생용 플라스틱을 공급받았다는 이유로 공급가액 합계 31,037,232,750원 상당의 매입세금계산서를 수취하고, 주식회사 KKKK산업 외 8개 업체에 재생용 플라스틱을 공급하였다는 이유로 공급가액 합계 31,900,084,000원 상당의 매출세금계산서를 발급하였으며, 2013년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 위 매입․매출세금계산서를 반영하여 각 과세기간의 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

2. 피고 CCC세무서장은 2016. 10. 27.부터 2017. 1. 12.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 종전 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 위 거래는 실물거래 없이 세금계산서만 발급ㆍ수취하는 이른바 ‘가공거래’로서, 원고가 거짓으로 세금계산서를 발급․수취한 것으로 보아, 관련된 공급가액 및 매입세액을 각각 과세표준 및 매출세액공제의 대상이 아닌 것으로 하여 2017. 2. 1. 원고에 대하여 부가가치세 합계 1,172,247,730원을 경정ㆍ고지하였다.

3. 원고는 ○○지방법원에 위 각 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나 패소 판결을 선고받았고(인천지방법원 2018구합51342), 이에 항소(서울고등법원 2019누54414) 및 상고(대법원 2020두34919)를 하였으나 모두 기각되어, 2020. 5. 28. 위 판결이 확정되기에 이르렀다.

4. 위 1)항 기재 사실관계와 관련하여, 원고는 2018. 11. 16. 특정범죄가중처벌등에 관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄의 범죄사실 등으로 1심에서 징역 2년에 집행유예 3년, 벌금 63억 원의 유죄판결을 선고받고[인천지방법원 2018고합347, 2018고합432(병합), 2018고합448(병합)], 이에 대하여 항소하였으나 2019. 5. 27. 그 항소심에서 징역 2년에 집행유예 3년, 벌금형 선고유예의 유죄판결을 선고받았으며(서울고등법원 2018노3382), 위 항소심 판결이 2019. 6. 4. 확정되었다(이하 ‘선행 형사판결’이라 한다).

• 다. 원고에 대한 세무조사 및 2016년 2기분 부가가치세ㆍ2016년 귀속 종합소득세 경정ㆍ고지

1. 원고는 2016. 7. 1.부터 2016. 12. 31.까지 PP폴리머 등 6개 업체에 공급가액 합계 37억 9,500만 원 상당의 매출세금계산서를 발급하고, 주식회사 GGGG코퍼레이션 등 2개 업체로부터 공급가액 합계 36억 5,200만 원 상당의 매입세금계산서를 수취한후, 위 매출ㆍ매입세금계산서를 반영하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

2. 피고 CCC세무서장은 2020. 7. 13.부터 2020. 9. 18.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하고(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다), 위 세금계산서 중 별지 1 제1항 기재와 같이 공급가액 22억 6,100만 원 상당의 매출세금계산서 및 공급가액 27억 3,000만원 상당의 매입세금계산서(이하 위 매출ㆍ매입세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)가 실물거래 없이 거짓으로 발급하거나 수취한 것으로 보았다. 그에 따라 피고 CCC세무서장은 2020. 11. 6. 2016년 제2기분 부가가치세 183,473,930원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정ㆍ고지하고, 피고 BBB세무서장은 같은 날 부가가치세 세목별 조사에 따른 경정을 사유로 구 소득세법(2021. 8. 10. 법률 제18370호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조에 따라 2016년 귀속 종합소득세 130,426,280원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정ㆍ고지하였다(상세 내역은 별지 1 제2항 기재와 같다. 이하 위와 같이 고지된 부가가치세 및 종합소득세 경정처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

• 라. 원고에 대한 불기소처분 원고는 2016. 7. 1.경부터 2017. 1. 9.경까지 주식회사 GGGG코퍼레이션으로부터 합계 2,730,897,000원 상당의 허위 세금계산서를 수취하고, 같은 기간 동안 PP폴리머 등 3개 업체에 합계 2,261,437,000원 상당의 허위 세금계산서를 발급하였다는 내용의 조세범처벌법위반 혐의로 고발되었는데, ○○지방검찰청 검사는 2021. 2. 24. 위 혐의 사실은 확정된 선행 형사판결의 범죄사실과 포괄일죄의 관계에 있으므로 위 선행 형사판결의 기판력이 이에 미친다는 이유로 공소권없음의 불기소처분을 하였다.
• 마. 전심절차 원고는 2021. 2. 1. 이 사건 각 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2021. 6. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2021. 11. 5. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 원고는 이 사건 세금계산서가 허위라는 사실을 알지 못하였고, 검사로부터 불기소처분을 받았으며, 원고로서는 물품을 보관할 창고가 없어 재고를 쌓아둘 수도 없어 매입과 매출이 거의 동시에 이루어질 수밖에 없었는데도 피고들은 원고의 정상거래 매출액을 정상거래 매입액보다 약 6억 원이나 큰 규모로 산정하여 매출ㆍ매입액을 잘못산정하였다.

2. 피고 CCC세무서장은 2016년 과세기간에 관하여 이미 원고에 대한 세무조사가 이루어졌음에도 이 사건 각 처분을 위하여 재차 동일한 과세기간에 대한 세무조사를 하였는바, 이는 국세기본법 제81조의4 제2항 을 위반하여 한 재조사에 해당한다.

• 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고의 허위 세금계산서 발급ㆍ수취 여부

• 가) 관련 법리 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제39조 제1항 제2호는 “발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하고 있다. 여기에서 ‘사실과 다르게 적힌 경우’의 의미는 “과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받은 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사정을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두13831 판결 등 참조). 그리고 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 등 참조). 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 위 인정사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 발급ㆍ수취한 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라고 봄이 타당하므로, 이 사건 각 처분은 적법하다.

(1) 이 사건 세금계산서를 원고에게 발급하거나 원고로부터 수취한 주식회사 GGGG코퍼레이션, PP폴리머, 주식회사 KKKK산업(이하 ‘이 사건 각 회사’라 한다)에 대한 세무조사 결과 확인된 바에 의하면, ① 주식회사 GGGG코퍼레이션(이하 ‘GGGG코퍼레이션’이라 한다)의 실제 운영자인 YYY은 위 조사 과정에서 2016년 2기의 과세기간에 원고로부터 수취한 공급가액 합계 204,585,000원 상당의 세금계산서가 모두 실제 재화의 이동 없이 수취한 것이라고 인정하였고, ② PP폴리머를 운영하는 HHH 또한 위 조사 과정에서 2016년 2기의 과세기간에 원고로부터 수취한 공급가액 합계 1,133,890,000원 상당의 세금계산서는 모두 거래 실물이 없는 가공거래에 해당하는 것으로서, GGGG코퍼레이션의 실제 운영자인 박영운의 소개로 원고와 거래를 하였다가 중지를 하였으며 원고는 일면식도 없는 사람이라는 취지로 문답서를 작성하여 제출하였으며, ③ 주식회사 KKKK산업(이하 ‘KKKK산업’이라 한다)은 2016년 2기의 과세기간에 원고로부터 공급가액 9억 2,200만 원 상당의 재생플라스틱을 매입한 것을 이유로 원고로부터 그에 관한 세금계산서를 수취하고 위 재생플라스틱을 모두 GGGG코퍼레이션으로 매출한 것으로 처리하였으나, KKKK산업 및 GGGG코퍼레이션에 대한 조사를 통하여 이는 KKKK산업의 대표인 LLL가 YYY의 지시로 실제 재생플라스틱의 이동 여부를 확인하지 아니한 채 세금계산서를 수취한 것임이 밝혀졌다.

(2) 원고는 이 사건 세금계산서에 관하여 원고가 이 사건 각 회사에 그에 대응하는 재생플라스틱 등 물품을 공급하였다거나 GGGG코퍼레이션으로부터 물품을 공급받았다고 인정할 만한 공급계약서, 거래명세표, 출하전표, 운송 관련서류, 인수증 등과 같은 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못한 채, 단지 원고가 가공거래의 의사를 가지고 있지 아니하였다거나 물품을 보관할 창고가 없어 재고물품을 보관할 수 없었으므로 매출․매입세액의 산정이 전반적으로 잘못되었다는 취지의 주장만을 하고 있을 뿐이다.

(3) 원고는 2013. 1. 4.경부터 2016. 6. 30.까지 사이에 SS폴리켐, EEEEE폴리켐, GGGG코퍼레이션 명의로 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없음에도 31,037,232,750원 상당의 허위 세금계산서를 수취하고, 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없음에도 KKKK산업, 주식회사 , , 주식회사 , 주식회사 산업, **글로비스 주식회사 등 9개 업체에 31,900,084,000원 상당의 허위 세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 징역 2년에 집행유예 3년, 벌금형 선고유예의 유죄판결을 선고받아 그 판결이 확정된 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 원고는 이와 같이 2013년 초부터 이 사건 부가가치세 과세기간의 직전 과세기간 종기인 2016. 6. 30.에 이르기까지 앞서 본 GGGG코퍼레이션, KKKK산업 등을 비롯한 업체들과 사이에 실물거래 없이 거액의 세금계산서를 발급ㆍ수취하여 왔는바, 이에 비추어 보면 원고가 이 사건 부가가치세의 과세기간에도 계속하여 GGGG코퍼레이션, KKKK산업 등 업체들과 사이에 그와 동일하거나 유사한 방법으로 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발급하거나 수취하였을 가능성이 상당히 크다고 보인다.

(4) 원고는 2016. 7. 1.경부터 2017. 1. 9.경까지 주식회사 GGGG코퍼레이션으로 부터 합계 2,730,897,000원 상당의 허위 세금계산서를 수취하고, 같은 기간 동안 PP폴리머 등 3개 업체에 합계 2,261,437,000원 상당의 허위 세금계산서를 발급하였다는 내용의 조세범처벌법위반 혐의로 고발되었는데, ○○지방검찰청 검사가 2021. 2. 24. 이에 관하여 불기소처분을 한 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 그러나 위와 같이 원고에 대하여 불기소처분이 있었던 것은, 원고에 대한 위 혐의사실은 확정된 선행 형사판결의 범죄사실과 포괄일죄의 관계에 있으므로 위 선행 형사판결의 기판력이 이에 미쳐 공소권이 없다는 것이 그 이유였는바, 따라서 위와 같이 원고에 대하여 불기소처분을 받았다는 사정은 원고가 2016. 7. 1.부터 2016. 12. 31.까지 사이에 실물거래 없이 허위 세금계산서를 발급하거나 수취하였다는 위 인정에 방해가 되지 아니한다.

2. 위법한 중복조사 또는 재조사 해당 여부 가) 국세기본법 제81조의4 제2항 은, 세무공무원은 각 호에서 정하고 있는 사유가 없으면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 정하고 있다. 이와 같은 규정을 위반하여 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시된 세무조사는 위법하고, 위법한 세무조사에 기초한 과세처분 역시 위법하다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 등 참조).

• 나) 그러나 위 인정사실과 앞서 든 각 증거에 의하면, 이 사건 종전 세무조사는 2013년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 대한 것으로서, 위 세무조사 당시 이 사건 세무조사의 대상이 된 2016년 2기 부가가치세 과세기간에 대한 세무조사가 이루어졌다고 볼 만한 아무런 자료가 없다. 따라서 이 사건 세무조사가 국세기본법이 금지하는 중복조사 내지 재조사에 해당한다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.