환산취득가액을 적용하여 양도소득을 수하는 경우 기타 필요경비로 개산공제액만을 공제가능하며, 재작성된 매매계약서를 실지 계약서인 것처럼 제출한 것은 위계에 의한 행위에 해당함

사 건 2022구단51106 양도소득세 부과처분 취소청구의 소 원 고 AAA 피 고 부천세무서장 변 론 종 결

2023. 10. 17. 판 결 선 고

2023. 12. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에게 2021. 7. 15.자로 한 2015년도 귀속 양도소득세 123,826,860원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002. 9. 25. BBB로부터 ○○시 ○○동 323-9 대지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 벽돌조 슬래브지붕 2층 주택 및 근린생활시설 건물을 매수하여 2002. 11. 7. 그 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2003. 3. 21. 위 지상 건물을 멸실시킨 뒤 그 지상에 철근콘크리트조 콘크리트평슬래브지붕 4층 단독주택 및 제1, 2종 근린생활시설 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 지어 2003. 6. 27. 소유권보존등기를 마쳤다.
• 다. 원고는 2015. 4. 6. 이 사건 토지와 건물을 D에게 15억 원에 매도하고 2015. 5. 11. D에게 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 라. 원고는 2015. 7. 10. 피고에게 이 사건 토지와 건물의 양도가액을 15억 원으로, 취득가액을 1,232,003,506원(멸실 후 신축한 이 사건 건물 가액 449,135,506원 + 원고가 BBB로부터 이 사건 건물과 구 건물을 매수한 매매대금이라고 주장하는 757,000,000원 + 취득세 및 등록세로 25,868,000원)으로 하여 2015년 귀속 양도소득세를 48,051,638원으로 신고․납부하였다.
• 마. 피고는 원고가 BBB와 작성한 매매계약서가 사후에 작성되었고, 해당 매매계약서 상의 취득가액 757,000,000원이 대출 당시 금융기관에서 작성한 감정평가액인 520,000,000원보다 높은 금액으로 작성된 점을 이유로 위 매매계약서가 허위라고 판단하고, 2021. 7. 15. 이 사건 토지 및 신건물의 취득가액을 환산가액인 978,345,166원으로 하여 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 123,826,860원(신고불성실가산세 21,856,007원, 납부불성실가산세 37,878,549원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라한다).
• 바. 한편, 원고는 피고의 과세예고와 관련한 과세전적부심사 청구를 하면서 피고에게 ‘이 사건 토지 및 구 건물에 관한 매매계약서는 분실하여 2008. 6.경 매도인 BBB와 다시 작성한 것이다’라는 내용의 사실확인서를 제출하였다.
• 사. 원고는 2021. 10. 19. 조세심판원에 이 사건 처분에 관한 심판청구를 하였으나, 2022. 3. 22. 그 청구가 기각되었다. [인정근거] 갑 제1, 7, 8호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 이 사건 토지 및 구 건물에 관한 매매계약서를 분실하여 매도인인 BBB와 매매계약서를 사실대로 재작성하였고, 그 내용은 당시 부동산매매계약을 중개한 공인중개사의 사실확인서에 의해 진실성이 담보된다. 따라서 이 사건 부동산의 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액은 위 매매계약서에 적힌 매매대금으로 인정하여야 한다. 또한, 피고는 양도차익에서 공제할 필요경비로서 구 건물의 취득가액과 철거비용을 공제하지 않았으므로 이 역시 위법하다.

2. 피고는 이 사건 부동산의 취득가액을 확인할 수 없다는 이유로 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 에서 정하는 계산식에 따른 환산가액으로 인정하였다. 그러나 위 시행령에서 정한 환산가액의 계산방법은 부동산의 시가 상승률과 개별공시지가, 주택공시가격의 상승률이 동일하다는 전제 위에 서 있는 것으로서 지나치게 부당하고, 이는 상위법령인 소득세법 제1조, 제114조 제7항, 국세기본법 제1조, 제14조, 제15조, 제16조, 제18조, 헌법 제11조, 제23조, 제38조에 위반되어 무효이다.

3. 원고가 실제 매매계약의 내용대로 이 사건 토지 및 건물에 관한 양도소득세를 신고하였음에도, 피고는 원고의 양도소득세 신고를 허위로 보아 이 사건 토지 및 건물에 관한 양도소득세의 부과제척기간을 10년으로 보고 가산세까지 부과하였으므로, 이 사건 처분은 이러한 점에서도 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 취득가액 주장에 관한 판단

• 가) 소득세법과 소득세법 시행령에서는 토지의 양도차익을 계산할 때 취득가액은 원칙적으로 그 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 인정할 것으로 규정하고 있으나, 예외적으로 취득 당시 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되어 증명서류로 토지 취득 당시 의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우, 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우에는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 경정할 수 있다고 규정하고 있다(소득세법 제97조 제2항, 제114조 7항, 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2, 3항). 한편, 양도소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 양도소득세 과세표준 산정을 위한 양도차익은 양도가액에서 취득가액, 기타 필요경비 등을 공제한 것이므로 양도가액뿐만 아니라 취득가액, 기타 필요경비 등의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 취지 참조).
• 나) 이 사건을 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 제출한 갑 제2호증(부동산매매계약서)에 기재된 매매대금 액수는 그대로 믿을 수 없고, 갑 제3호증(부동산중개 사실확인서)의 기재만으로는 이 사건 토지와 구 건물의 취득가액이 750,000,000원임을 인정하기에 부족하다. 따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 환산가액으로 그 취득가액을 인정한 것은 적법하다.

① 갑 제2호증(부동산매매계약서)은 원고가 매도인 BBB와 사후에 작성한 것이다. 이 법원은 원고에게 위 부동산매매대금의 지급에 관한 자료를 제출할 것을 요구하였으나, 원고는 매매대금이 거액임에도 불구하고 오래 전이라 현금으로 지급했는지, 수표로 지급했는지 잘 기억이 나지 않는다고 답변하는 등 실제 원고가 BBB에게 지급한 매매대금을 확인할 수 있는 자료는 제출하지 않았다.

② 원고는 BBB와 매매계약서를 재작성하면서 매매계약 당시 거래를 중개한 공인중개사 C의 확인을 받았고, 공인중개사가 징계의 위험을 무릅쓰고 그와 같은 확인을 해줄 이유가 없다고 주장한다. 그러나 위 매매계약서는 원고와 BBB 단 둘이 작성한 것이고, 거기에 공인중개사 C이 매매계약을 중개하였다는 내용은 적혀 있지 않다. C으로서는 부동산 매매계약상 중개인으로 입회하여 위 매매계약서를 작성한 것이 아니고, 단지 그 매매계약서의 내용이 진실하다는 내용의 사실확인서를 작성한 것에 불과하므로 공인중개사법이 정하는 징계를 받을 우려는 없다. 따라서 갑 제3호증(부동산중개 사실확인서)의 내용만으로 원고와 BBB와의 매매계약서 내용이 진실하다고 인정하기에 부족하다.

③ 원고가 이 사건 토지 및 구 건물을 매수한 후 얼마 지나지 않아 2002. 11. 12. 부천농업협동조합으로부터 위 부동산을 담보로 대출을 받을 당시 위 은행에서 평가한 이 사건 토지 및 구 건물의 평가액은 522,526,000원으로서 이는 원고가 주장하는 취득가액 750,000,000원보다 훨씬 낮은 금액이다.

④ 통상 구건물 보다는 신축 건물이, 적은 면적보다는 넓은 면적의 건물가치가 더 높다. 원고는 2층 규모의 구 주택 건물을 철거하고 4층 규모의 주택과 근린생활시설 건물을 신축한 후 2008. 3. 5. 부천농업협동조합으로부터 새로이 대출을 받았다. 당시이 사건 토지 및 건물에 설정된 부천농업협동조합의 근저당권의 채권최고액이 7억 8,000만 원이었던 점에서, 원고가 이 사건 토지 및 구 건물을 매수할 당시의 가액은 7억 8,000만 원을 하회할 것으로 추정된다.

⑤ 이 사건 토지 및 구 건물에 관한 매매사례가액 및 감정가액의 평균액을 인정할 만한 증거도 없다.

2. 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제176조의2 제2항 제2호의 계산식이 소득세법, 국세기본법 내지는 헌법에 위반되어 무효인지 여부 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 는 취득가액을 환산가액으로 인정하는 경우의 계산식을 “양도 당시의 실지거래가액, 매매사례가액 또는 감정가액 × (취득 당시의 기준시가 / 양도 당시의 기준시가)”로 정하고 있다(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다). 그러므로 이 사건 조항이 원고가 주장하는 상위법령 및 헌법에 위배되는지 여부에 관하여 보건대, ① 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제114조 제7항은 환산가액을 실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다고 규정하고 있어 이 사건 조항의 계산식은 상위법에 근거를 두고 있는 점, ② 이 사건 조항은 취득 당시 대비 양도 당시의 기준시가 상승률에 비례하여 실지거래가액도 상승하였다고 보는 것이 실제 거래 상황에 부합할 것이라고 보아 양도 당시의 실지거래가액에 취득 당시 기준시가를 양도 당시 기준시가로 나눈 값을 곱하여 역으로 취득가액을 추계할 수 있도록 한 것으로서 합리성이 있는 점, ③ 일반적으로 기준시가는 부동산의 실제거래가액을 참작해 정해지기는 하지만, 부동산의 실제 시가 상승률과 기준시가 상승률이 동일한 것은 아니므로, 사안에 따라서 위 환산가액으로 양도소득세를 산정하는 경우 납세자에게 보다 유리한 결과가 산출되기도 하는 점에서 이 사건 조항이 조세법률주의, 조세형평주의, 실질과세의 원칙, 소급과세의 금지 원칙 및 헌법상 평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 필요경비 공제의 범위 및 액수

• 가) 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 구 건물을 철거하고 그 지상에 새건물을 건축하여 양도하는 경우 기존건물의 취득가액이나 철거비용 등은 양도소득의 필요경비로서 공제하여야 한다(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결 참조).
• 나) 그러나, 구 소득세법 제97조 에서는 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비를 계산함에 있어서 취득가액을 환산가액에 의하는 경우에는 그 가액에 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 구 소득세법 시행령이라 한다) 제163조 제6항에서 정하는 금액(취득 당시의 개별공시지가×3/100, 이하 개산공제액이라 한다)을 더한 금액만을 필요경비로 계산하여 공제하도록 규정하면서 다만, 위 금액이 취득가액을 실지거래가액으로 인정할 때 합산하는 자본적지출액보다 적은 경우에는 실제 들어간 자본적 지출액을 공제할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 취득가액에 관한 객관적인 자료가 없어 환산가액을 취득가액으로 인정하는 경우에는 별도로 멸실된 구건물의 취득가액을 공제할 필요가 없고, 또 여기에 구건물의 멸실을 위해 지출한 비용에 구애됨이 없이 취득 당시의 기준시가 등에 일정비율을 곱하여 계산한 금액(개산공제액)만을 취득가액 외의 기타 필요경비로서 일률적으로 공제하면 족하다.
• 다) 이 사건을 보건대, 을 제6 내지 8, 11, 12호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 토지 및 구건물의 취득 당시의 기준시가는 778,177,388원이고, 양도 당시의 기준시가는 1,211,756,040원이며, 이를 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 의 산식에 따라 계산한 환산가액은 963,210,451원(= 양도가액 15억 원×취득시 기준시가 778,117,388원/ 양도당시 기준시가 1,211,756,040원)이다. 그리고 위 환산가액에 대한 개산공제액은 23,343,521원(= 취득시 기준시가 778,117,388원×0.03)이다. 이에 의하면, 위 환산가액에 개산공제액을 합한 986,553,972원(= 963,210,451원+ 23,343,521원)이 원고가 주장하는 자본적 지출액인 철거비용 2,200만 원보다 크므로, 이 사건 양도차익을 계산함에 있어서는 양도가액에서 위 환산가액과 개산공제액만을 필요경비로 공제하면 된다.
• 라) 나아가 이 사건 부동산의 양도가액 15억 원에서 위와 같이 공제할 필요경비를 985,203,249원으로 하였을 때 정당세액은 별지 기재와 같이 137,261,020원으로서 오히려 피고가 이 사건 처분으로 경정․고지한 양도소득세액 123,826,866원을 초과함이 계산상 명백하므로, 이 경우 국세기본법 제63조의3 의 규정 따라 피고로서는 원고에게 기존에 결정․고지한 양도소득세액보다 큰 액수로 양도소득세액을 결정할 수 없다.
• 마) 따라서 이 사건 처분에서 정해진 양도소득세액의 감액을 주장하는 원고의 주장은 결과적으로 이유 없다.

4. 이 사건 처분을 함에 있어 부과제척기간을 10년을 적용하고, 원고에게 과소신고에 따른 가산세를 부과한 것이 위법한지 여부 가) 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에 의하면, 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급․공제를 받은 경우에는 해당 국세에 대한 부과제척기간은 10년이고(국세기본법 제26조의2 제2항 제1호), 부정행위로 세금을 과소신고한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 40을 가산하여 부과하도록 규정하고 있다(국세기본법 제47조의3 제1항 제1호 가목). 위와 같이 부정행위에 의한 세금신고에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하고 가산세를 중과하도록 한 취지는 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 환급 요건사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 조기행사를 기대하기 어렵기 때문으로서, 이 경우 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 ‘부당한 방법’에 의하지 아니한 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하여 납세자를 무겁게 제재하는 데 있다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결, 대법원2017. 4. 13. 선고 2015두44158 판결 등 참조). 이 사건을 보건대, 원고가 이 사건 부동산에 관한 양도소득세를 신고함에 있어 피고에게 사후에 진실하지 않은 매매대금을 기재한 매매계약서를 작성하여 제출한 것은 ‘위계에 의한 행위’로서 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위에 해당한다. 따라서 피고가 이 사건 부동산의 양도에 있어 부과제척기간을 10년으로 적용하고, 이 사건 처분을 함에 있어 부정 과소신고로 인한 가산세를 부과한 것은 적법하고, 거기에 원고가 주장하는 위법이 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. <별지 생략>