쟁점세금계산서를 가공세금계산서 또는 위장세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

사 건 2020구합52539 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 A 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 9. 8. 판 결 선 고

2023. 12. 1.

1. 피고가 201x. x. x. 원고에게 한 201x년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 경정처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 201x. x. x. 원고에게 한 201x년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 201x년 제2기부가가치세 xx,xxx,xxx원의 경정처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고와 주식회사 B, 주식회사 C 등의 세금계산서 발급․수취 경위

1. 원고는 201x. x. x. 설립되어 음료수 제조 및 판매업, 음식물처리기 판매업 등을 영위한 회사이다.

2. 원고는 201x년 주식회사 B(이하, ‘B’이라 한다), 주식회사 D(이하, ‘D’라 한다), 주식회사 C(이하, ‘C’라 다)로 부터 별지1 제1항, 제2항 기재와 같이 세금계산서를 발급받았다(이하, 통틀어 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다).

3. 김OO은 201x. x. x.부터 ‘E’이라는 상호로 포장기계․충진기 제조업을 영위하였고(이하, ‘E’이라 한다), 원고는 201x. x. xx.경 201x년 제1기 부가가치세 신고를 하면서 원고가 ‘E’으로부터 공급가액 xx,xxx,xxx원 상당의 재화나 용역을 공급받은 것으로 기재된 매입처별세금계산서합계표를 제출하였다.

4. 원고는 201x년 별지1 제3항, 제4항 기재와 같이 공급받는 자를 C, 주식회사 F(이하, ‘F’이라 한다)으로 하여 세금계산서를 발급하였다(이하, 통틀어 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다).

5. 이 사건 매입․매출세금계산서 및 원고가 ‘E’으로부터 발급받은 세금계산서의 내역을 간략히 정리하면 다음 표 기재와 같다. 구분 거래상대방 공급가액이 양수인 세금계산서의 공급가액 합계에서 공급가액이 음수인 세금계산서의 공급가액을 제외한 금액(원) 201x년제1기 매입 B xxx,xxx,xxx E xx,xxx,xxx 소계 xxx,xxx,xxx 201x년제2기 매입 B xxx,xxx,xxx D xxx,xxx,xxx C xxx,xxx,xxx 소계 xxx,xxx,xxx 201x년제1기 매출 C x,xxx,xxx,xxx 201x년제2기 매출 C xxx,xxx,xxx F xxx,xxx,xxx 소계 xxx,xxx,xxx

• 나. 피고의 부가가치세 경정처분 및 전심절차 경유

1. 피고는 201x. x. xx.부터 201x. x. xx.까지 원고에 대한 조사를 실시한 결과 이 사건 매입․매출세금계산서가 가공거래에 따라 발급․수취되었고 원고와 ‘E’ 사이의 거래는 공급자가 사실과 다른 위장거래에 해당한다고 보아, 원고가 신고한 매출세액(201x년 제1기 xxx,xxx,xxx원, 제2기 xx,xxx,xxx원)을 모두 제외하고 원고가 신고한 매입세액에서 일부 세액[201x년 제1기 xx,xxx,xxx원(= xxx,xxx,xxx원 × 10%), 제2기 xx,xxx,xxx원(≒ xxx,xxx,xxx원 × 10%)]을 제외하는 등 201x. x. x. 구 부가가치세법(2014. 12. 23. 법률 제12851호로 개정되어 2015. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하, ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제57조에 따라 원고에게 다음 각 표 기재와 같이 201x년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함), 201x년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하, 각각 ‘201x년 제1기 처분’, ‘201x년 제2기 처분’이라 하고, 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [201x년 제1기] 구분 신고(원) 경정(원) 증감액(원) 과세표준 x,xxx,xxx,xxx 0 -x,xxx,xxx,xxx 납부(환급) 세액 매출세액 계 xxx,xxx,xxx 0 -xxx,xxx,xxx 매입세액 계 xxx,xxx,xxx xx,xxx,xxx -xx,xxx,xxx 차가감 계 -x,xxx,xxx -xx,xxx,xxx -xx,xxx,xxx 기납부세액 -x,xxx,xxx -x,xxx,xxx 0 가산세액 계 0 xx,xxx,xxx xx,xxx,xxx 고지세액 xx,xxx,xxx xx,xxx,xxx [201x년 제2기] 구분 신고(원) 경정(원) 증감액(원) 과세표준 xxx,xxx,xxx 0 -xxx,xxx,xxx 납부(환급)세액 매출세액 계 xx,xxx,xxx 0 -xx,xxx,xxx 매입세액 계 xx,xxx,xxx xx,xxx,xxx -xx,xxx,xxx 차가감 계 -xx,xxx,xxx -xx,xxx,xxx x,xxx,xxx 기납부세액 -xx,xxx,xxx -xx,xxx,xxx 0 가산세액 계 xx,xxx,xxx xx,xxx,xxx 고지세액 xx,xxx,xxx xx,xxx,xxx

2. 원고의 대표이사로 재직하였던 오OO은 조사 과정에서 201x년 제2기 매입거래 중 B에 관한 xxx,xxx,xxx원, C에 관한 xxx,xxx,xxx원, 2014년 제2기 매출거래 중 F에 관한 xxx,xxx,xxx원 부분은 가공거래임을 인정하였다.

3. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 201x. x. xx. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 심판청구가 202x. x. xx. 기각되었다. 한편 원고는 심판청구 과정에서 201x년 제2기 매입거래 중 B에 관한 xxx,xxx,xxx원, C에 관한 xxx,xxx,xxx원, 201x년 제2기 매출거래 중 F에 관한 xxx,xxx,xxx원 부분은 가공거래임을 인정하였다.

• 다. 오OO에 대한 형사사건의 진행 경과

1. 오OO은 원고가 C, F에게 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 재화나 용역을 공급한 것처럼 세금계산서[이 사건 매출세금계산서 중 공급가액이 양수(陽數)인 세금계산서 xx매]를 발급하고 원고가 B, D, C 등으로 부터 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 재화나 용역을 공급받은 것처럼 세금계산서(이 사건 매입세금계산서 중 공급가액이 양수인 세금계산서 xx매 등)를 발급받았다는 등의 공소사실로 기소되었고, 인천지방법원 부천지원은 202x. xx. xx. ‘원고, C, B 사이의 세금계산서 수수가 전형적인 회전거래에 해당하고, 오OO도 인정하듯 B이 생산한 음식물처리기는 원고나 C로 이동하지 않고 B이 판매하면서 단지 융통어음을 발행하기 위해 10%씩 마진을 붙여 공급하기로 하였다’는 등의 이유로 유죄 판결[징역 2년(집행유예 4년), 벌금 x,xxx,xxx,xxx원]을 선고하였다(인천지방법원 부천지원 2020고합xx, 이하, ‘관련 형사사건’이라 한다).

2. 오OO은 위 형사사건에서 ‘201x. x. xx.경 원고에 대한 201x년 제1기 부가가치세 신고를 하면서 원고가 E으로부터 공급가액 xx,xxx,xxx원 상당의 재화나 용역을 공급받은 것처럼 거짓으로 작성한 매입처별세금계산서합계표를 세무서에 제출하였다’는 공소사실로도 기소되었으나, 인천지방법원 부천지원은 ‘① E을 실제로 운영한 박OO이 201x년경 원고와 공병정렬기 등 납품설비의 수리 및 유지․보수 계약을 체결한 다음 공병정렬기를 납품하고 수리하였으며, 그에 대한 대가로 용역대금 몇 천만 원을 지급받았다고 진술한 점, ② 공병정렬기의 실물이 존재하고, 오OO이 E에 일부 돈을 지급한 것으로 보이는 점 등에 비추어 검사가 제출한 증거만으로는 이 부분 세금계산서합계표가 재화나 용역을 공급받지 아니하고 제출한 세금계산서합계표에 해당한다는 점이 합리적인 의심의 여지없이 증명되었다고 보기 어렵다’는 이유로 위 공소사실 부분은 무죄로 판단하였다.

3. 오OO은 이 사건 매입․매출세금계산서 중 일부(별지1 제1항 순번 1번, 제2항 순번 1번, 제3항 순번 1, 3, 4, 5, 7번, 제4항 순번 1번)는 B, 원고, C 사이의 실물거래에 기초하여 발급․수취된 것이고 일부(별지1 제1항 순번 2, 3, 5, 6, 8, 9, 11, 13번, 제3항 순번 2, 6, 9번, 제4항 순번 2, 3, 6, 8, 9번)는 착오로 발행된 뒤 음수(陰數)의 수정발행을 통해 취소된 것에 불과하며 일부(별지1 제2항 순번 2번)는 D가 오OO과 무관하게 일방적으로 발급한 것이라는 등의 이유로 항소를 제기하였다.

4. 서울고등법원은 202x. x. xx. 검사의 공소장변경신청에 따라 제1심 판결을 파기하는 한편 오OO이 허위의 세금계산서(이 사건 매출세금계산서 중 공급가액이 양수인 세금계산서 xx매 및 이 사건 매입세금계산서 중 공급가액이 양수인 세금계산서 xx매등)를 발급․수취하였다는 범죄사실은 모두 유죄로 인정하여 오OO에게 유죄 판결[징역 2년(집행유예 4년), 벌금 xxx,xxx,xxx원]을 선고하였고(서울고등법원 2021노xxxx), 오OO이 상고를 제기하였으나 202x. xx. x. 상고가 기각되어(대법원 2023도xxxx) 제2심 판결이 그대로 확정되었다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 3, 12호증, 을 제1, 2, 7, 10, 11, 12, 15에서 20호증, 을 제21호증의 1, 을 제23호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 다음 사유로 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 원고가 201x년 제1기에 B로부터 발급받은 세금계산서(별지1 제1항 기재 세금계산서), 원고가 201x년 제1, 2기에 C에게 발급한 세금계산서(별지1 제3항 기재 세금계산서, 제4항 순번 1에서 11번 기재 세금계산서) 원고가 B로부터 세금계산서를 발급받고 C에게 세금계산서를 발급한 것은 원고가 B이 생산하는 음식물처리기를 매수하여 C에게 공급하기로 하는 약정에 따른 것일 뿐 회전거래에 따른 것이 아니다. 즉, C는 B에게 생산자금을 지원하기 위해 선금을 지급하기로 하였고, B은 선금을 청구하기 위해 원고에게 세금계산서를 발급하였으며, 원고는 선금을 수령하기 위해 C에게 세금계산서를 발급하였고, 실제로 원고는 C로부터 선금을 지급 받은 후 B에게 음식물처리기 대금을 지급하였다. 따라서 위 각 세금계산서는 실물거래에 기초하여 발급된 것이다.

2. 원고가 ‘E’으로부터 발급받은 세금계산서 원고는 ‘E’과 사이에 공병정렬기 등 설비 및 슈퍼블록의 수리, 생산라인 구성 및 유지․보수에 관한 계약을 체결한 뒤 단계별 이행 시점마다 ‘E’에 현금을 지급하고 ‘E’으로부터 세금계산서를 발급받은 것이므로, 실물거래에 기초한 것이다.

3. 원고가 D로부터 발급받은 세금계산서(별지1 제2항 순번 2번 기재 세금계산서) 원고는 D를 알지 못하고, D가 일방적으로 원고에게 세금계산서를 발급한 것에 불과하다.

• 나. 피고 다음 사유로 이 사건 각 처분은 적법하다.

1. 원고가 201x년 제1기에 B로부터 발급받은 세금계산서, 원고가 201x년 제1, 2기에 C에게 발급한 세금계산서

① 원고는 B로부터 음식물처리기를 공급받은 후 10%의 마진을 붙여 C에게 이를 공급하였다고 주장하나, 제품운송비 및 관리비를 고려했을 때 원고에게 수익이 발생한다고 볼 수 없는 점, ② 원고, B, C 사이에 발급․수취된 세금계산서의 발급시각의 흐름이 재화의 흐름과 일치하지 않는 점, ③ 원고, B, C는 자금 조달을 위해 약간의 마진을 붙여 세금계산서를 발급하는 방식을 사용하였을 뿐인 점 등에 비추어, 위 각 세금계산서는 가공거래에 기초한 것이다.

2. 원고가 ‘E’으로부터 발급받은 세금계산서

① ‘E’이 개업 후 3개월간만 운영된 점, ② ‘E’이 201x년 제1기 부가가치세 신고 시 매출과 매입이 없는 것으로 신고하였다가 매출만 있는 것으로 수정신고하였고, ‘E’의 원고에 대한 매출과 관련한 매입자료가 확인되지않는 점, ③ 원고가 공급받았다는 공병정렬기 1조, 모노블럭 충진기 1조의 감정평가액은 합계 xx,xxx,xxx원이므로, 원고에 대한 공급가액은 xx,xxx,xxx원을 초과하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어, ‘E’이 공급자로서 xx,xxx,xxx원에 원고에게 용역 등을 공급하였다고 볼 수 없으므로, 위 세금계산서는 위장거래에 기초한 것이다.

3. 원고가 D로부터 발급받은 세금계산서 D는 위 세금계산서가 가공거래에 기초한 것임을 인정하였고, 위 세금계산서에 대해 전혀 알지 못한다는 원고의 주장에 따르더라도 원고가 해당 세금계산서를 통해 매입세액 공제를 받을 수 없다고 보아야 하므로, 피고가 해당 세금계산서에 관한 매입세액 공제를 부인한 것은 적법하다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 관계 규정 별지2 기재와 같다.
• 나. 관련 법리 1) 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 가 규정하고 있는 ‘사실과 다르게 적힌 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 그러나 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

2. 행정소송에 있어서 형사판결이 그대로 확정된 이상 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다 (대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 등 참조).

• 다. 원고, C, B 사이에 발급․수취된 세금계산서(별지1 제1항 기재 세금계산서, 제3항 기재 세금계산서, 제4항 순번 1에서 11번 기재 세금계산서)에 대한 판단

1. 인정 사실 갑 제2, 16호증, 을 제7, 10, 11호증, 을 제24호증의 1, 2, 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

• 가) 오OO은 201x. x. x. OO세무서에서 원고와 B, C 사이의 세금계산서 발급․수취 경위에 관하여 ‘홈쇼핑 판매업자인 B이 음식물처리기 구매자금이 부족하여 오OO에게 자금 요청을 하였고, 오OO이 친인척인 C의 대표자(강OO)에게 자금 지원을 요청하여, C가 원고에게 어음을 발행하고 원고는 C에게 세금계산서를 발급하였으며, 원고는 수취한 어음을 할인하여 B에게 구매자금으로 주고 B로부터 세금계산서를 발급받았다. B은 해당 자금으로 음식물처리기를 구매하여 홈쇼핑에서 판매하고 판매대금으로 채무를 변제하였다. 원고는 이러한 거래의 수수료로 음식물처리기 대당 약 xx,xxx원을 받았고, C는 대당 약 xx,xxx원을 받은 것으로 안다.’고 진술하였다.
• 나) B이 원고에게, 원고가 C에게 각각 발급한 세금계산서(별지1 제1항, 제3항, 제4항 순번 1에서 11번 기재 세금계산서) 중 수정전자세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서의 발급시각, 공급가액은 다음 표 기재와 같다. B이 원고에게 발급 원고가 C에게 발급 발급시각 공급가액(천원) 발급시각 공급가액(천원) 201x-0x-0x 21:01:59 xx,xxx 201x-0x-0x 15:35:45 xx,xxx 201x-0x-0x 21:05:22 xxx,xxx 201x-0x-0x 09:48:36 xxx,xxx 201x-0x-0x 21:07:10 xxx,xxx 201x-0x-xx 14:07:55 xxx,xxx 201x-0x-0x 21:08:10 xxx,xxx 201x-0x-xx 14:19:40 xxx,xxx 201x-0x-0x 18:13:53 xxx,xxx 201x-0x-xx 14:42:56 xxx,xxx 201x-0x-0x 14:14:06 xxx,xxx 201x-0x-xx 15:17:09 xxx,xxx 201x-0x-xx 11:32:27 xxx,xxx 201x-0x-xx 15:51:47 xxx,xxx 201x-0x-xx 19:44:34 xxx,xxx 201x-0x-xx 15:18:48 xxx,xxx 201x-0x-xx 15:26:05 xxx,xxx 201x-0x-xx 15:18:29 xxx,xxx
• 다) C의 운영자 강OO는 ‘C가 원고로부터 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 별지1 제3항 순번 1, 3, 4, 5, 7번, 제4항 순번 1번 기재 세금계산서를 발급받고 B 또는 원고에게 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 다음 표 기재 세금계산서 및 별지1 제2항 순번 3번 기재 세금계산서를 발급하였다’는 등의 범죄사실로 201x. x. xx. 유죄 판결(징역 1년 6개월, 집행유예 3년)을 받았고(대전지방법원 서산지원 2018고단xxxx), 위 판결은 그대로 확정되었다.
• 라) B의 운영자 정OO은 ‘B이 사실은 C로부터 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 C로부터 위 다) 항 기재 표와 같은 세금계산서를 발급받고, 사실은 원고에 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 별지1 제1항 순번 1, 2, 3, 5, 6, 8, 9, 11, 13번, 제2항 순번 1번 기재와 같이 세금계산서를 발급하였다’는 범죄사실로 202x. x. x. 유죄 판결(징역 1년, 벌금 xxx,xxx,xxx원)을 받았다(인천지방법원 부천지원 2020고합xxx). 정OO이 불복하여 항소하였으나, 서울고등법원은 202x. x. xx. 양형부당을 이유로 제1심 판결을 파기하고 유죄 판결(징역 8개월, 벌금 xxx,xxx,xxx원)을 선고하였고(서울고등법원 2021노xxx), 이에 대한 정OO의 상고가 202x. x. xx. 기각되어(대법원 2021도xxxx) 제2심 판결이 그대로 확정되었다.

2. 판단 앞서 본 처분의 경위와 위 인정 사실, 갑 제17호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사실 또는 사정에 비추어 보면, 피고는 원고, C, B 사이에 발급․수취된 세금계산서(별지1 제1항 기재 세금계산서, 제3항 기재 세금계산서, 제4항 순번 1에서 11번 기재 세금계산서)가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점을 상당한 정도로 증명하였고, 원고가 주장하는 사정 및 갑 제6에서 9, 17, 20호증의 각 기재만으로는 위 각 세금계산서가 실물거래에 기초하여 발급된 것이라고 인정하기 부족하다고 봄이 타당하다.

• 가) 다음과 같이 원고가 B로부터 음식물처리기를 공급받지 않았음에도 공급받은 것처럼 세금계산서를 발급받고 C에게 음식물처리기를 공급하지 않았음에도 공급한 것처럼 C에게 세금계산서를 발급하였다는 점에 관하여 오OO, 강OO, 정OO이 유죄 판결을 받았고, 해당 판결은 확정되었는데, 이와 같이 확정된 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정을 찾을 수 없다. ⑴ 오OO은 원고가 C에게 재화를 공급한 사실이 없음에도 재화를 공급한 것처럼 세금계산서(별지1 제3항, 제4항 순번 1에서 11번 기재 세금계산서 중 공급가액이 양수인 세금계산서)를 발급하고 B로부터 재화를 공급받은 사실이 없음에도 재화를 공급받은 것처럼 세금계산서(별지1 제1항 기재 세금계산서 중 공급가액이 양수인 세금계산서)를 발급받았다는 범죄사실로 관련 형사사건에서 유죄 판결을 받았고, 해당 판결은 확정되었다. ⑵ 강OO는 C가 원고로부터 재화를 공급받은 사실이 없음에도 별지1 제3항 순번 1, 3, 4, 5, 7번, 제4항 순번 1번 기재 세금계산서를 발급받았다는 범죄사실로 유죄 판결을 받았고, 정OO은 B이 원고에게 재화를 공급한 사실이 없음에도 별지1 제1항 순번 1, 2, 3, 5, 6, 8, 9, 11, 13번 기재와 같이 세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 유죄 판결을 받았으며, 해당 각 판결은 모두 확정되었다.
• 나) B, 원고, C 사이의 세금계산서는 ‘B → 원고 → C → B’ 순서로 발급되었는데, 이는 전형적인 회전거래에 해당한다.
• 다) 원고는 B로부터 음식물처리기를 공급받아 이를 C에게 공급하였다고 주장하는데, 원고의 주장대로 실물거래가 이루어졌다면 원고가 B로부터 음식물처리기를 공급받고 세금계산서를 발급받은 뒤 해당 음식물처리기를 C에게 공급하고 세금계산서를 발급하는 순서로 거래 및 세금계산서 발급이 이루어져야 한다. 그런데 B이 원고에게 발급한 세금계산서와 원고가 C에게 발급한 세금계산서의 발급시각을 살펴보면, 일부 세금계산서의 경우 원고가 B로부터 세금계산서를 발급받은 시점보다 원고가 C에게 세금계산서를 발급한 시점이 앞선 것을 확인할 수 있고, 이는 원고가 주장하는 거래구조에 부합하지 않는다.
• 라) 음식물처리기가 실제로 B에서 원고로, 원고에서 C로 이동하였다고 볼 만한 자료도 없다(오히려 ① 오OO에 대한 관련 형사사건에서 제1심 법원이 ‘오OO도 인정하듯 B이 생산한 음식물처리기는 원고나 C로 이동하지 않고 B이 판매하면서 단지 융통어음을 발행하기 위해 10%씩 마진을 붙여 공급하기로 하였다’는 등의 이유로 오OO에게 유죄 판결을 선고한 점, ② 강OO가 관련 형사사건에서 증인으로 출석하여 ‘최종적으로 B이 홈쇼핑을 통해 음식물처리기를 판매하기로 결정하여 굳이 제품을 원고와 C에게 이동시킬 필요가 없었다’고 진술한 점 등에 비추어, B에서 원고 또는 C로 음식물처리기가 이동하지 않은 것으로 보인다).
• 마) 오OO의 진술 내용(B이 음식물처리기 구매자금이 부족하여 오OO에게 자금 요청을 하였고, 오OO이 강OO에게 자금 지원을 요청하여, C가 원고에게 어음을 발행하고 원고는 C에게 세금계산서를 발급하였으며, 원고는 수취한 어음을 할인하여 B에게 구매자금으로 주고 B로부터 세금계산서를 발급받았다. 원고와 C는 이러한 거래의 수수료를 받았다.) 및 원고의 주장 내용(C는 B에게 생산자금을 지원하기 위해 선금을 지급하기로 하였고, B은 선금을 청구하기 위해 원고에게 세금계산서를 발급하였으며, 원고는 선금을 수령하기 위해 C에게 세금계산서를 발급하였다)에 비추어, B, 원고, C 사이의거래는 C가 원고를 통해 B에게 음식물처리기 매수자금 또는 생산자금을 대여한 것에 불과하고, 원고와 B, C 사이의 세금계산서 발급․수취는 자금이동과 관련하여 거래의 외형을 만들어내기 위한 것으로 보일 뿐이다.
• 라. 원고가 ‘E’으로부터 발급받은 세금계산서에 대한 판단

1. 인정 사실 갑 제2, 6, 19호증, 을 제14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

• 가) 원고 명의 계좌에서 다음 표 기재와 같이 합계 xx,xxx,xxx원이 출금되었다. 출금일 출금액(원) 거래기록사항 201x. x. xx. x,xxx,xxx 공장설비공사 201x. x. xx. xx,xxx,xxx 병공급기 201x. x. xx. x,xxx,xxx xx기계
• 나) 인천지방법원 부천지원 2017본xxx 유체동산 호가경매조서에는, 해당 경매절차에서 201x. x. xx. 원고 소유의 공병정렬기(xx기계, 평가액 xx,xxx,xxx원) 1조, 모노블럭 충진기(xx기계, 평가액 xx,xxx,xxx원) 1조에 대한 경매가 이루어져 주식회사 OO산업이 xx,xxx,xxx원을 지급하고 위 물건의 소유권을 취득한 것으로 기재되어 있다.
• 다) 오OO은 201x. x. xx. 김포세무서에서 ‘E’과의 거래에 관하여 ‘생산설비를 구입한 정상적인 거래이다. 자금은 거래대금의 절반 정도(x,xxx만 원 정도)를 수차례에 걸쳐 지급하였다. 위 생산설비가 자동화기기로 각 단계별로 작동 오류가 많이 발생하여 대금을 전부 지급하지 않았다.’고 진술하였다.
• 라) ‘E’의 실제 운영자인 박OO은 관련 형사사건에서 증인으로 출석하여 ‘원고와 공병정렬기 외 설비 및 슈퍼블록의 수리, 생산라인 구성 및 유지․보수 계약을 체결하고 해당 계약에 따라 공병정렬기 등을 납품하고 설비 수리 및 유지․보수를 하였고, 그 대가로 몇 천만 원을 받았다.’고 진술하였다.

2. 판단 을 제12, 13호증의 각 기재에 따르면, ① 김OO이 201x. x. x.부터 201x. x. x.까지만 ‘E’이라는 상호로 제조업을 영위한 사실, ② ‘E’이 201x년 제1기(201x. x. x.부터 201x. x. xx.까지) 부가가치세 신고를 하면서 매출세액, 매입세액이 모두 없는 것으로 신고하였다가 이후 원고에게 발급한 세금계산서(공급가액 xx,xxx,xxx원)에 기초하여 매출세액을 x,xxx,xxx원으로 수정신고한 사실이 인정되고, ‘E’이 원고에게 공급한 공병정렬기 등의 매입자료는 없는 것으로 보이기는한다. 그러나 앞서 본 처분의 경위와 인정 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사실 또는 사정에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사정과 제출한 증거만으로는 원고에게 공병정렬기 등을 공급하고 설비 수리 및 유지․보수 용역을 제공한 것이 ‘E’이 아닌 다른 업체라거나 ‘E’이 실제로는 xx,xxx,xxx원을 초과하는 금액을 공급가액으로 하여 원고에게 재화와 용역을 공급하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 해당 세금계산서가 위장거래에 기초하여 발급되었다는 피고의 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 경매절차(인천지방법원 부천지원 2017본xxx)에서 원고 소유의 공병정렬기, 모노블럭 충진기에 대한 경매가 이루어져 제3자가 대금을 지급하고 해당 물건의 소유권을 취득하였으므로, ‘E’이 원고에게 공급하였다는 공병정렬기, 모노블럭충진기는 실물이 존재하였던 것으로 보인다.
• 나) 오OO은 김포세무서에서 ‘E’과의 거래가 실물거래라고 진술하였고, ‘E’의 실제 운영자인 박OO도 관련 형사사건에서 원고와의 거래가 실물거래라고 진술하였다.
• 다) 원고 명의 계좌에서 201x. x. x.부터 201x. x. xx.까지 거래기록사항을 ‘공장설비공사’, ‘병공급기’, ‘xx기계’로 하여 합계 xx,xxx,xxx원이 출금되었으므로, 원고는 ‘E’에게 대금 중 일부는 지급한 것으로 보인다.
• 라) 관련 형사사건에서 오OO은 ‘201x. x. xx.경 원고에 대한 201x년 제1기 부가가치세 신고를 하면서 원고가 E으로부터 공급가액 xx,xxx,xxx원 상당의 재화나 용역을 공급받은 것처럼 거짓으로 작성한 매입처별세금계산서합계표를 세무서에 제출하였다’는 공소사실로도 기소되었으나, 인천지방법원 부천지원은 위 공소사실 부분은 무죄로 판단하였다.
• 마) 피고는 인천지방법원 부천지원 2017본xxx 유체동산 호가경매조서에 공병정렬기와 모노블럭 충진기의 평가액이 세금계산서상 공급가액(xx,xxx,xxx원)을 초과하는 xx,xxx,xxx원으로 기재되어 있는 점을 들어 원고가 ‘E’으로부터 발급받은 세금계산서의 공급가액이 사실과 다르게 적힌 것이라는 취지로도 주장하나, 피고가 주장하는 사정만으로 위 세금계산서의 공급가액(xx,xxx,xxx원)이 사실과 다르다고 인정하기 부족하다.
• 마. 원고가 D로부터 발급받은 세금계산서(별지1 제2항 순번 2번 기재 세금계산서)에 대한 판단 갑 제12호증, 을 제17, 20호증, 을 제21호증의 1, 을 제23호증의 1의 각 기재에 따르면, ① 원고가 D로부터 발급받은 세금계산서(별지1 제2항 순번 2번 기재 세금계산서, 을 제21호증의 1)의 ‘공급받는 자’(원고)의 이메일란에 ‘.**’이 기재되어 있는 사실, ② 관련 형사사건에서의 오OO의 검찰 진술서 중 ‘전자우편’란에 기재된 이메일 주소가 ‘.**’인 사실, ③ 오OO이 전자세금계산서를 발급하는 과정에서 사용한 이메일 주소가 ‘.**’ 또는 ‘**.’인 사실이 인정된다. 앞서 본 처분의 경위와 위 인정 사실에 따라 알 수 있는 다음 사정 즉, ① 오OO 은 이메일 주소로 ‘.**’ 또는 ‘**.’을 사용한 것으로 보이는데, 원고가 D로부터 발급받은 세금계산서의 ‘공급받는 자’(원고)의 이메일란에 ‘***.**’이라고 기재되어 있는 점, ② 원고가 201x년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 매입세액에 D에 관한 세금계산서의 공급가액 xx,xxx,xxx원을 포함한 것으로 보이는 점 및 전자세금계산서의 발급 절차 등을 종합하면, D가 원고에게 일방적으로 위 세금계산서를 발급하였다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
• 바. 나머지 세금계산서(별지1 제2항 순번 1, 3번, 제4항 순번 12번 기재 세금계산서)에 대한 판단 원고는 관련 형사사건에서 별지1 제2항 순번 1번 기재 세금계산서가 가공거래에 기초한 것임을 시인한 사실이 없다고 주장하고 있으나(202x. x. x. 자 준비서면), ① 오OO이 조사 과정에서 별지1 제2항 순번 1, 3번, 제4항 순번 12번 기재 세금계산서가 가공거래에 기초하여 발급된 것임을 인정한 점, ② 원고가 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판을 청구하면서 위 각 세금계산서에 대하여 다투지 않은 점, ③ 오OO이 관련 형사사건에서 ‘원고가 B, C로부터 재화나 용역을 공급받은 사실이 없고 F에게 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 재화나 용역을 공급받거나 공급한 것처럼 위 각 세금계산서를 발급받고 발급하였다’는 등의 공소사실로 기소되어 유죄판결을 받았고, 해당 유죄 판결이 확정된 점 등에 비추어, 위 각 세금계산서 역시 가공거래에 기초하여 발급된 것이라고 봄이 타당하다.
• 사. 소결

1. 가공거래․위장거래 여부 이 사건 매입․매출세금계산서(별지1 제1, 2, 3, 4항 기재 세금계산서)는 가공거래에 기초한 것이라고 판단되나, 원고가 ‘E’으로부터 발급받은 세금계산서(공급가액 xx,xxx,xxx원)는 위장거래에 기초한 것이라고 인정하기 부족하다.

2. 201x년 제1기 처분 201x년 제1기 매입․매출세금계산서(별지1 제1, 3항 기재 세금계산서)는 가공거래에 기초한 것이나, 원고가 ‘E’으로부터 발급받은 세금계산서(공급가액xx,xxx,xxx원)는 위장거래에 기초한 것이라고 인정하기 부족하므로, 원고에 대한 201x년 제1기 부가가치세의 정당한 세액을 계산하면 다음 표 기재와 같다. 따라서 201x년 제1기 처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. [201x년 제1기] 구분 신고(원) 2014년 제1기 처분(원) 정당한 세액(원) 과세표준 x,xxx,xxx,xxx 0 0 납부(환급) 세액 매출세액 계 xxx,xxx,xxx 0 0 매입세액 계 xxx,xxx,xxx xx,xxx,xxx xx,xxx,xxx 차가감 계 -x,xxx,xxx -xx,xxx,xxx -xx,xxx,xxx 기납부세액 -x,xxx,x -x,xxx,xxx -x,xxx,xxx 가산세액 계 0 xx,xxx,xxx xx,xxx,xxx 고지세액 xx,xxx,xxx x,xxx,xxx

3. 201x년 제2기 처분 201x년 제2기 매입․매출세금계산서(별지1 제2, 4항 기재 세금계산서)는 가공거래에 기초한 것이므로, 201x년 제2기 처분은 적법하다.

원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.