연구전담 인력이 존재하지 않으므로 연구인력개발비 세액공제 부인한 당초처분은 적법함

사 건 2019구합1122 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 신AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2020. 9. 11. 판 결 선 고 2020.10. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에게 한 2018. xx. xx. 2012연도 법인세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분, 2018. xx. xx. 2013, 2014, 2015사업연도 법인세 합계 xxx,xxx,xxx원(2013연도 법인세 xxx,xxx,xxx원, 2014연도 법인세 xxx,xxx,xxx원, 2015연도 법인세 xxx,xxx,xxx원)의 부과처분은 이를 각 취소한다

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 4, 5, 6, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 갑 제5호증의 1, 갑 제7호증의 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고의 전신인 신BB는 소형카메라 모듈 등의 플라스틱 등 사출성형부품을 제조하는 개인사업체로서 2008. xx. xx. 구 기술개발촉진법(2011. xx. xx. 법률 제10708호로 폐지된 것)1)에 따라 기업부설연구소에 대하여 인정을 받았다. 원고는 2010. xx. xx. 신BB로부터 사업양수를 받아 설립되었고, 2010. xx. xx. 법인 전환에 따라 기업부설연구소에 대하여 변경신고를 하였다.
• 나. 원고는 2012년부터 2015년까지 법인세 신고를 하면서 기업부설연구소의 인건비와 재료비, 소모품비를 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 대상으로 보아 아래 [표1]과 같이 법인세 합계 xxx,xxx,xxx원을 공제받았다.
• 다. 그러나 피고는 2018. xx. xx.부터 같은 해 xx. xx.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 2018. xx. Xx. 원고의 연구원들이 연구개발업무 이외에 다른 업무를 겸하여 기업부설연구소의 인건비와 재료비, 소모품비가 모두 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항 [별표 6]의 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 않는다는 등의 다음과 같은 이유로 아래 [표2] 법인세 고지세액 내역과 같이 법인세를 부과고지(이하 모두 가리켜 ’이 사건 각 부과처분‘이라 한다)하였다.

1. 2012사업연도 원고의 가공매입, 가공인건비 및 감가상각비 등을 부인하여 xxx,xxx,xxx원을 익금 산입하고, 연구·인력개발비 세액공제 xxx,xxx,xxx원을 부인하며 관련 부가가치세 등 xxx,xxx,xxx원을 손금 산입하여 xxx,xxx,xxx원 경정고지

2. 2013사업연도 원고의 감가상각비를 부인하여 x,xxx,xxx원을 익금산입하고, 연구·인력 개발비 세액공제 xxx,xxx,xxx원을 부인하여 법인세 xxx,xxx,xxx원을 경정고지

3. 2014사업연도 원고의 감가상각비를 부인하여 x,xxx,xxx원을 익금산입하고 연구·인력 개발비 세 액공제 xxx,xxx,xxx원을 부인하여 법인세 xxx,xxx,xxx원을 경정고지

4. 2015사업연도 원고의 감가상각비를 부인하여 x,xxx,xxx원을 익금산입하고 연구·인력 개발비 세액공제 xxx,xxx,xxx원을 부인하여 법인세 xxx,xxx,xxx원을 경정고지

5. 2016사업연도 원고의 감가상각비를 부인하여 xx,xxx,xxx원을 익금산입하고 연구·인력 개발비 세액공제 xx,xxx,xxx원을 부인하되 결손사업연도로 세액공제 해당액은 다음 사업연도로 이월됨으로써 법인세 x원을 경정고지

• 라. 원고는 2018. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2019. xx. xx. ‘원고의 2012에서 2015사업연도 연구·인력개발비를 재조사하여 인건비와 연구개발 업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원이 연구개발활동에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는 재료비 등에 대하여는 조세특례제한법 제10조 [연구·인력개발비에 대한 세액공제]를 적용받는 것으로 하여 그 세액을 결정한다’는 결정을 하였다.
• 마. 피고는 2019. xx. 위 다.항의 이 사건 각 부과처분과 동일한 내용으로 처분결과통지를 하였다.

• 가. 원고의 주장 고객사가 납품을 의뢰하더라도 보통 개략적인 시안만 주어지고, 가사 도면이 제공되더라도 완제품 제작까지는 제작 가능 여부 및 기술적인 구현 방식에 대한 검토와 고객사와의 상호 협의에 따른 설계, 디자인 결정, 시제품을 위한 시험용 금형(Cavity) 설계와 시험 사출이 필요하며, 오류가 발생할 경우 위와 같은 과정이 반복되고, 시제품에 대하여 완성도 시험과 점검이 완료되면 그제야 양산금형을 제작하여 사출하는 단계로 진입하게 되는바, 원고는 위와 같은 과정에서 기존 제품 및 도면의 문제점을 발견하고 이를 개선, 해결하여 기술의 진전을 이루었다. 위와 같은 대량 생산을 위한 양산금형 제작 이전의 일련의 시제품 설계, 제작, 시험의 과정은 기술의 진전과 불가분적인 관련이 있어 연구개발활동에 해당하고, 원고는 설치한 기업부설연구소에 연구전담인력을 배치하여 위와 같은 연구개발활동을 전담하게 하여 2012년부터 2016년까지 이에 대한 연구보고서를 작성함으로써 연구개발 역량을 축적하고, 특허를 획득하기도 하였다. 연구전담인력들은 영업, 홍보 및 양산금형 제작과는 구별되는 독자적인 연구개발활동을 하고 있고, 고객사와의 기술미팅에 참석하여 협의하거나 양산금형 제작과정에서 기술적인 문제를 지도할 수는 있으나 이는 연구개발활동의 일환에 불과하다. 따라서 전담업무를 수행하는 연구소의 존재를 부인하고, 연구·인력개발비 세액공제 규정에 의한 세액공제를 전면 부인한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령과 같다.
• 다. 판단

1. 법리

• 가) 구 조세특례제한법 제9조 제5항 은 “연구개발”은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동으로서 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다고 규정하고, 같은 법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에 그 각 호에서 정한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 및 [별표 6] 제1호 가목은 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 1)항에서 ’연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ’전담부서등‘이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비‘를, 2)항에서 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비를 열거하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2017. 3. 17. 기획재정부령 제614호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 위 ’기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서‘의 하나로 기초연구법 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 규정하고 있으며, 제7조 제3항은 위 ’기획재정부령으로 정하는 자‘란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다고 규정하고 있다. 그리고 구 기초연구법 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 정되기 전의 것)제16조 제1항 전단은 ‘ 기초연구법 제14조 제1항 제2호 에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다.’고 규정하고, 같은 시행령 제17조 제1항은 ‘제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없다.’고 규정하고, 같은 조 제2항은 ‘해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.'고 규정하고 있다.
• 나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 구 조세특례제한법 제10조 에서 규정하고 있는 연구개발비 세액공제 제도는 각종 연구기관, 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 연구개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 취지가 있으므로, 위 관계 법령에서 규정하는 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼아야 할 것이다. 앞서 살핀 관계 법령의 내용을 종합하여 보면, 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원이나 연구보조원으로서 인건비 세액공제 대상이 되기 위해서는 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 이를 보조하는 연구업무에 종사하면서 그 외에 다른 업무를 겸하지 아니하여야 하고, 재료비 세액공제 대상이 되는 원재료 등이란 기업부설연구소에서 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이어야 한다.

2. 인력비 세액공제 주장에 관한 판단 갑 제7호증의 1, 4의 각 기재에 의하면, 피고가 2014. 6. 17. 한국산업기술진흥협회의 현지조사를 받아 기업부설연구소의 조직과 연구원에 대하여 확인을 받은 사실이 인정된다. 그러나 갑 제2호증의 1, 갑 제19호증 을 제1 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 위와 같은 사실만으로는 원고에게 기업부설연구소가 실제로 존재하여 그 소속 연구개발 인력이 연구업무만을 전담하였다고 보기 어렵고, 이에 반하는 증인 신CC, 이DD의 각 일부 증언은 이를 믿지 아니한다.

① 피고 소속 공무원이 원고에 대한 세무조사 착수 당시 확인한 원고의 본사건물에 게시된 2017. xx. xx.자 직원 현황 및 조직도(갑 제2호증의 1, 조세심판결정통지10면)에는 대표이사를 업무 총괄자로 하여 그 밑에 경영지원부문, 개발영업부문, 공장이 있고, 개발영업부문에는 개발영업 1팀, 개발영업 2팀, 설계팀이, 공장에는 생산팀,생산기술팀, 품질관리팀, 금형팀이 있었을 뿐 별도의 독립한 기업부설연구소의 조직이 확인되지 아니하였다. 원고의 조직이나 업무분장이 위 직원 현황 및 조직도 작성 이전에 크게 변동되었다고 볼 다른 자료는 없다.

② 2011, 2012년의 포상금 지급 현황자료에는 근로자의 이름과 그 소속 부서가 기재되어 있는데 기술부설연구소라는 부서명은 나타나지 아니한다. 한편, 원고가 작성하여 한국산업기술진흥협회에 제출한 2011. xx. xx.자 및 2012. xx. xx.자, 2012. xx. xx.자 기업부설연구소 연구개발 인력현황에는 신EE가 2008. xx. xx.부터, 신CC이 2010. 9. 1.부터 각 기업부설연구소에서 근무한 것으로 기재되어 있으나, 포상금 지급 현황자료 및 인사명령과 같은 내부 결재 자료에 의하면, 신CC는 2011년과 2012년에 개발영업 부문 소속으로, 신CC은 2012년에 금형팀 소속으로 각 상여금을 받았고, 신CC이 2011. xx. xx. 금형팀에서 근무하다가 2012. xx. xx.부터 연구원으로 발령을 받아 보직이 변경되는 것으로 되어 있는 등 원고가 작성하여 제출한 자료와 내부 결재 자료에 모순이 있다.

③ 또한 원고가 작성하여 한국산업기술진흥협회에 제출한 2014. xx. xx.자 및2014. xx. xx.자 기업부설연구소 연구개발 인력현황에는 신CC이 2013. xx. xx.부터 기업부설연구소에서 근무한 것으로 기재되어 있어 위 ②에서 본 2011. xx. xx.자 및 2012. xx. xx.자, 2012. xx. xx.자 기업부설연구소 연구개발 인력현황 상의 발령일과도 상이하다. 원고는 피고로부터 인사 관련 서류의 제출을 요구받고도 분실을 이유로 이를 제출하지 아니하였다.

④ 피고는 2018. xx. xx. 기업부설연구소 소장 직함을 맡은 전EE 전무와 금형팀 신CC 과장을 조사하면서 문답서를 작성하였는데, 전EE과 신CC은 모두 연구개발만을 전담하는 직원이 2명 있다고 진술하였으나, 위 전담인력 2명에 대하여 전EE과 전EE의 조사에 동석한 경영지원팀 김FF 이사는 ‘전EE과 신CC‘이라는 취지로 진술하고, 신CC은 ’전EE과 이DD‘이라고 서로 다르게 진술하였다. 원고의 회사 규모가 크지 아니하고, 근로자 수가 100명에서 200명 사이로 많지 아니한 점, 전EE, 김FF와 신CC은 각 팀의 대표 격으로 해당 팀을 총괄하는 지위에 있는 점, 신CC은2011년에 원고에 입사하여 장기 근속한 사람인 점, 존재한다고 주장하는 전담인력의 수가 2명에 불과한 점 등에 비추어 보면, 조직이나 업무가 명백하게 분리된 기업부설연구소가 존재할 경우 그 구성원에 대하여 다르게 진술하기는 어려울 것으로 보인다.

⑤ 또한 피고의 세무조사 당시 기업부설연구소 소속 인력으로 보이는 직원의 부서명이 영업/개발로 표기된 이유에 대한 질문을 받자, 전EE은 ‘고객이 의뢰하면 연구개발로 들어가는데, 연구소는 개발뿐이 아니라 납품처에 제품을 보여주어야 하고 거래처와 의사를 조율할 수밖에 없어 개발영업팀에서 연구개발뿐만 아니라 영업, 홍보 등의 업무를 수행한다’고 진술하고, 신CC 역시 ‘기업부설연구소 소장인 전EE은 개발 및 영업 관련 업무를 총괄하고, 그 전임자인 권영선도 마찬가지이며, 개발영업팀 부서원들이 영업과 개발을 병행하는 것으로 알고 있다’고 진술하였다. 이에 비추어 보면 원고가 주장하는 연구개발 인력이 있었다 하더라도 연구업무만을 전담한 것이 아니라 영업 등 업무를 병행하였다고 볼 수 있다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 재료비 등 세액공제 주장에 관한 판단 을 제5, 6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 세액 공제를 주장하는 재료비 등 부분이 연구개발 전담인력이 연구개발활동에 직접 사용하여 발생된 비용이라고 보기 어렵고, 이에 반하는 증인 신CC, 이DD의 각 일부 증언은 이를 믿지 아니한다.

① 앞서 본 바와 같이 기업부설연구소가 실제로 존재하여 그 소속 연구개발 인력이 연구업무만을 전담한다고 보기 어렵다.

② 피고의 세무조사 당시 신CC은 ‘실현가능성 파악을 위해 시험 삼아 제품을 만드냐’는 질문에 대해 ‘도면만 보고 실현 가능을 파악하여 별도 제작하지는 않습니다’라고 진술하고, ‘외주를 주는 시점에는 실현가능성이 완료된 상황이므로 외주를 주는 행위는 금형제품을 만들기 위한 공정 중의 하나로 보면 되는 건가요?’라는 질문에‘ 맞습니다’라고 진술하여 시제품과 관련한 재료비나 외주가공비는 없다는 취지로 진술하였다.

③ 피고의 세무조사 당시 전창석 역시 ‘당초 금형 설계 연구가 잘못되어 다시 연구하는 경우가 있나요?’라는 질문에 대해 ‘금형 제작 전 설계를 하는 단계에서 어느 정도 수정하는 경우는 있고 외주를 주는 단계에서는 연구 설계가 완료된 이후로 일부 수정은 이루어지나 다시 제작하는 경우는 없다’라고 진술하여 외주가공비는 설계가 완료된 이후의 금형 제작 과정에서의 비용이라는 취지로 진술하였다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 인력비, 재료비 등을 제외한 부분에 관한 판단 이 사건 각 부과처분의 고지세액 합계 x,xxx,xxx,xxx원 중 원고가 주장하는 기업부설연구소의 인력비, 재료비 등과 관련된 부분은 [표 2] 법인세 고지세액 내역과 같이 ⑥번의 합계 xxx,xxx,xxx원이고, 이를 초과하는 부분은 가공매입, 가공인건비 및 감가상각비 등의 부인과 관련된 세액이다. 따라서 xx,xxx,xxx원(x,xxx,xxx,xxx원- xxx,xxx,xxx원) 부분 역시 인력비, 재료비 등세액공제와 관련된 부분임을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.