사업을 위하여 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액‘에 해당하여 매출세액에서 공제하는 매입세액인지 여부

사 건 인천지방법원 2018구합51014 부가가치세경정거부처분취소 원 고 이AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2019.01.10 판 결 선 고 2019.02.14

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 11. 23. 원고에게 한 부가가치세 경정거부처분을 취소한다..

• 가. 원고는 2014. 10. 29. ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 950-14를 사업장소재지로 하고, 비거주용 건물 임대업을 주업종으로, 스포츠레크레이션․보트․요트․모터싸이클 임대업 등을 부업종으로 하여 ‘CC’이라는 상호로 개인사업자등록을 하였다.
• 나. 원고는 2014. 10. 14. 이탈리아의 DD사와 총톤수 54톤의 선박인 EE1호(이하 ’이 사건 선박‘이라 한다)에 관한 매매계약을 체결하였고, 2015. 1. 28. 이 사건 선박을 수입하면서 ◯◯세관장으로부터 공급가액 4,592,520,072원(부가가치세 459,252,007원)의 수입세금계산서를 수취하였으며, 2015. 2. 25. 이 사건 선박에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기를 하였다.
• 다. 원고는 2015. 4. 25. 2015년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 선박의 수입에 따라 거래징수당한 부가가치세 459,252,007원을 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액으로 신고하였다.
• 라. 원고는 2016. 10. 16. 피고에게 ◯◯도 ◯◯군 FF항(이하 ‘FF항’이라 한다)에서 마리나업을 하기 위하여 이 사건 선박을 수입한 것이어서 이 사건 선박의 수입에 따라 거래징수당한 매입세액 459,252,007원은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액으로 부가가치세법 제38조 제1항 제2호 에 따라 매출세액에서 공제되었어야 하는 것이라고 주장하면서 이를 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2016. 11. 23. 원고에게 이 사건 선박의 수입은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하여 원고가 이 사건 선박의 수입에 따라 거래징수당한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 의 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액에 해당한다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. [인정근거] 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 2014. 8.경 해양수산부의 FF항 개발계획 발표 이후 이 사건 선박에 대한 매매계약을 체결하고, FF항 개발사업에 참여하기 위하여 2014. 12.경 주식회사 GG와 자문계약을 체결한 점, 원고가 2015. 8.경 마리나업을 하기 위하여 ◯◯도 ◯◯군에 위치한 부동산을 매수하고, 이 사건 선박의 계류를 위한 계류장을 건설하여 이 사건 선박을 FF항으로 이동시킨 점, 원고가 FF항 다기능어항 민간투자사업자 모집에 참여하여 민간투자사업자로 선정된 점 등 이 사건 선박 수입 전후의 사정에 비추어 보면, 원고는 마리나업을 위하여 사용할 목적으로 이 사건 선박을 수입한 것이므로, 원고가 이 사건 선박의 수입과정에서 거래징수당한 매입세액은 부가가치세법 제38조 제1항 제2호 의 사업을 위하여 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액에 해당하여 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당한다. 따라서 이와 달리 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 해양수산부는 2014. 7. 31. FF항을 피셔리나형[어항(피셔리)과 레저형 소형 선박(마리나)의 합성어이다]의 다기능어항으로 선정하고 다기능어항 개발은 기본계획 수립과 실시설계 등 관련 행정절차의 이행이 완료되는 2016년 하반기부터 본격적으로 추진한다는 내용의 개발사업 계획을 발표하였다. 당시 발표된 개발사업의 내용은 호안축조, 요트계류시설, 클럽하우스, 주차장, 수리공장 등의 조성사업 등으로 사업비 약 200억 원 규모였다.

2. 해양수산부장관은 2014. 8. 27. 해양수산부 공고 제◯◯호로 FF항 다기능어항(피셔리나형) 기본설계 및 실시설계 용역을 위한 입찰공고를 하였고, ◯◯군수는 2014. 9. 24. ◯◯군 공고 제2014-365호로 FF항 개발사업에 관한 환경영항평가서 공람 및 주민설명회 개최를 위한 공고를 하였다.

3. 원고는 2015. 5. 19. ◯◯도 ◯◯군 ◯◯면 ◯◯리 33에 위치한 펜션 건물 및 그 부속토지 등을 매수하고, 2015. 8. 21. 그 건물 및 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다. 원고는 2015. 12.경 ◯◯군체육시설사업소와 FF항 내 ◯◯군 요트학교 계류시설을 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지 이용하기로 하는 내용의 협약을 체결하였다.

4. ◯◯군수는 2016. 10. 13. ◯◯군 공고 제2016-787호로 FF항 다기능어항(피셔리나형) 민간투자사업자 선정을 위한 공고를 하였는데, 위 공고의 주요 내용은 다음과 같다.

5. 원고는 FF항 다기능어항 민간투자사업자 선정 신청을 하여 2017. 3.경 민간투자사업자로 선정되었다. 원고는 그 선정 과정에서 2016. 12. 23. 사업계획에 관한 발표를 하였는데, 당시 원고가 ◯◯군에 제시한 사업 내용은 다음과 같다(사업 내용 중 운영을 위한 시설에는 이 사건 선박이 포함되어 있지 않았다).

○ 주요 운영계획: 요트/보트 승선체험 프로그램 수상레저프로그램(어린이 대상 키즈파크) 클럽하우스 운영 프로그램(식당, 숙박시설 등 운영)

○ 운영을 위한 시설: 쌍동선 세일요트 1척, 제트보트 1척, 낚시보트 1척, 스피드보트 1척, 매직도넛보트 5척, 키즈범퍼보트/범퍼카 17대, 조립식 수영장 1식

6. 원고는 2017. 6.경 이 사건 선박의 계류장을 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 980에 있는 HH마리나로 옮겨 이 사건 선박을 FF항 내 계류장에서 HH마리나 계류장으로 이동시켰고, 2017. 7. 19. 이 사건 선박에 관하여 사업기간을 2017. 9. 19.부터 2020. 9. 18.까지로 하는 마리나선박 대여업 등록을 하였다.

7. 원고는 이 사건 선박의 수입 당시 기선(아지무트호) 1척, 모터보트(선내기) 1척, 모터보트(선외기) 1척 등을 보유하고 있었다. [인정근거] 갑 제13, 14, 15, 17, 19, 20, 21, 35, 43호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 부가가치세의 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조 하에서 부가가치세법 제38조 는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할’ 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두는 한편, 제39조 제1항에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있는데, 이는 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없으나, 여기에서 말하는 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 등 참조).

2. 위 인정사실로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 선박을 수입한 후 2015년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 선박의 수입은 사업과 관련이 없는 지출로 보아 이 사건 선박의 수입에 따라 거래징수당한 부가가치세액을 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액으로 신고한 점, ② 해양수산부가 2014. 7. 31. FF항 다기능어항 개발사업 계획을 발표하기는 하였으나, 원고의 이 사건 선박 수입 당시 그 개발사업과 관련하여 구체적인 사업계획이 수립되어 있지 않았고 사업의 본격적인 추진시점도 약 2년 후로 예정되어 있었던 만큼, 그 내용이 구체화되지도 않은 장래의 개발사업을 염두에 두고 고가의 이 사건 선박을 미리 수입하고 상당한 비용 을 들여 이 사건 선박을 관리하면서 보유하였다는 것은 쉽사리 납득하기 어렵고, 이 사건 선박의 수입이 어떠한 사업을 위하여 사용할 목적으로 이루어진 것이라기보다는 원고의 개인적인 용도에 사용할 목적으로 이루어진 것으로 보이는 점, ③ 원고는 FF항 다기능어항 민간투자사업자 선정 신청을 한 후 2016. 12. 23. 사업계획에 관한 발표를 하면서 운영을 위한 시설에 이 사건 선박을 포함시키지도 않았고, 오히려 민간투자사업자로 선정된 후인 2017. 6.경 이 사건 선박의 계류장을 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동에 있는 HH마리나로 옮기고 이 사건 선박에 대한 마리나선박 대여업 등록을 하였는데, 이는 이 사건 선박을 FF항 다기능어항 개발사업 및 FF항에서의 마리나업에 사용할 목적이었다는 원고의 주장에 부합하지 않는 것인 점 등을 종합하면, 이 사건 선박의 수입은 그 수입 당시에 원고의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 원고가 이 사건 선박의 수입과정에서 거래징수당한 부가가치세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 의 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하므로, 이와 같이 보아 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.