단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 부가가치세법이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없음

사 건 인천지방법원-2017-구합-51499 (2018.03.30) 원 고 최☆☆ 피 고 ★★★세무서장 변 론 종 결

2018. 3. 9. 판 결 선 고

2018. 3. 30.

1. 피고가 원고에게 한 별지 1 기재 각 종합소득세 및 부가가치세 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2000. 3. 2.부터 인천 부평구 경인로에서 ‘○○낚시’라는 상호로 스포츠·캠핑용품, 어구 등 도소매업을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 2010년부터 2015년까지 피고에게 부가가치세 및 종합소득세에 관하여 다음과 같이 신고 또는 수정신고를 하였다.
• 다. 대구지방국세청은 최종대가 운영하는 ‘●●레져’에 대한 세무조사 결과 ●●레져의 원고에 대한 매출 2010년 제2기분 12,124,709원, 2011년 제1기분 58,064,109원, 제2기분 24,057,459원, 2012년 제1기분 33,535,272원, 제2기분 31,165,909원, 2013년 제1기분 75,590,672원, 제2기분 59,047,222원, 2014년 제1기분 90,508,495원, 제2기분 66,080,363원, 2015년 제1기분 77,304,181원 합계 527,478,391원이 누락된 사실을 확인하였다.
• 라. 피고는 원고가 위와 같이 ●●레져로부터 매입하고도 신고하지 않은 액수를 2010년 제2기분 11,022,000원, 2011년 제1기분 52,785,000원, 제2기분 21,870,000원, 2012년 제1기분 30,486,000원, 제2기분 28,332,000원, 2013년 제1기분 68,718,000원, 제2기분 53,679,000원, 2014년 제1기분 82,280,000원, 제2기분 60,073,000원, 2015년 제1기분 70,276,000원 합계 479,521,000원(이하 ‘이 사건 누락매입금액’이라 한다)으로 확인하고, 2016. 5. 4. 및 2016. 7. 8. 원고에 대하여 ●●레져로부터 무자료로 물품을 매입하였고, 원고가 그에 대한 증명자료를 제출하지 않았음을 이유로 이 사건 누락매입금액에 동종 업종 매출총이익률을 적용하여 환산하는 방법으로 원고의 매출누락액을 2010년 제2기분 14,246,000원, 2011년 제1기분 68,189,000원, 제2기분 28,252,000원, 2012년 제1기분 39,701,000원, 제2기분 36,895,000원, 2013년 제1기분 89,395,000원, 제2기분 69,831,000원, 2014년 제1기분 117,644,000원, 제2기분 85,892,000원, 2015년 제1기분 100,481,000원 합계 650,526,000원으로 추계하고, 이를 원고가 신고한 과세표준에 더하여 2011년 제1기부터 2015년 제1기까지의 부가가치세 합계 81,222,890원, 2010년부터 2014년까지의 종합소득세 합계 40,544,090원을 경정·고지하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2016. 8. 11. 피고에게 이의신청을 하였고, 피고는 2016. 9. 20. 원고의 이의를 일부 받아들여 별지 1 기재와 같이 원고에게 종합소득세 합계 23,589,640원, 부가가치세 합계 72,617,060원으로 감액하여 재경정·고지하였다(이하 위와 같이 감액된 처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2016년 11월경 이 사건 부과처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2017. 1. 25. 이를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.

1. 종합소득세 및 부가가치세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의한 결정은 예외적으로 허용되는데, 피고는 추계조사의 요건을 갖추지 않은 채 추계조사의 방법으로 원고의 종합소득세 및 부가가치세 과세표준과 세액을 결정하였다.

2. 피고는 신고된 매출액에 대해서는 실지조사, 이 사건 누락매입금액에 대응하는 매출액에 대해서는 추계조사에 의하여 과세표준을 정하였는바, 이와 같은 혼합과세의 방식은 법에 의하여 허용될 수 없다.

3. 피고는 원고의 과세신고자료를 통해 원고의 매매총이익률을 확인할 수 있음에도, 업종별 매매총이익율을 적용하는 등 다른 방식으로 매출누락액을 추계하였다.

• 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 추계조사의 위법 여부 소득세법 제80조 제3항 은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다’고 규정하고, 소득세법 시행령 제143조 제1항 제1호 는 위 대통령령으로 정하는 사유로 ‘과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’ 등을 규정하고 있으며, 부가가치세법 제57조 제1항, 제2항 및 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제21조 제1항, 제2항 또한 같은 취지로 규정하고 있다. 추계과세는 수입금액이나 과세표준의 근거가 되는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로 과세관청으로서는 납세의무자가 제시하는 제반서류 등이 미비하거나 그 내용이 허위라고 의심할 부분이 있으면 그 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제시받아 실지조사를 한 연후에 그렇게 하더라도 그 과세표준과 세액을 결정할 수 없고 그 조사결과 제반 증빙서류의 내용이 명백히 허위라고 판명된 경우에 한하여 비로소 추계조사결정방법으로 그 수입금액이나 과세표준을 결정할 수 있는 것이고(대법원 1996. 9. 24. 선고 96누3579 판결 참조), 추계과세의 요건에 관한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 과세관청이 소송에서 그 추계과세의 요건에 관하여 입증하지 못하였다면 특별한 사정이 없는 한 과세관청이 한 추계과세가 위법하므로 이를 전부 취소할 수밖에 없다(대법원 1999. 10. 8. 선고 98두915 판결 참조). 살피건대, 위 규정들에서 추계과세의 요건으로 정한 ‘필요한 증명자료가 없거나 중요한 부분이 갖추어지지 않은 경우’에 해당하는지 여부는 해당 과세기간을 기준으로 판단해야 하고, 각각의 매출행위별로 증명자료를 갖추었는지 여부에 따라 판단할 것은 아니라 할 것인데, 앞서 거시한 각 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 증명자료를 제출하지 아니한 부분은 이 사건 누락매입금액에 관한 부분에 한정되므로 ‘필요한 증명자료가 없는 경우’에 해당한다고 할 수 없다. 나아가 이 사건 누락매입금액은 각 과세기간별 매입신고액의 2-14%(2010년 제2기분 2.28%, 2011년 제1기분 8.87%, 제2기분 3.99%, 2012년 제1기분 5.40%, 제2기분 5.54%, 2013년 제1기분 13.78%, 제2기분 8.75%, 2014년 제1기분 11.92%, 제2기분 8.57%, 2015년 제1기분 7.34%) 수준에 불과하여 과세기간별로 원고가 소지하고 있는 장부나 증빙서류 전체의 기재내용에 대한 정확성과 신빙성이 문제되는 경우라고 할 수 없는바 제반 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 보기도 어렵다. 따라서 추계의 방법에 의하여 과세표준을 산정하고 종합소득세와 부가가치세를 경정·고지한 이 사건 부과처분은 위법하다(나아가 피고는 원고로부터 장부 기재 재고와 실제 재고가 일치하지 않는 이유에 관하여 구두 진술을 듣고 확인서를 받았을 뿐, 원고가 사업상 사용하는 금융계좌를 확인하는 등 실제 매출누락액에 대한 실질적인 조사절차는 진행하지 아니한 채, 원고가 증빙자료를 제출하지 않았고 무자료 매입의 경우 일반적으로 매출을 누락하기 위한 목적으로 행해진다는 사유를 들어 바로 추계조사를 한 것으로 보이는바 실지조사의 의무를 다한 것으로 보기도 어렵다).

2. 과세표준 및 세액 산정 방식의 위법 여부 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 부가가치세법이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없다(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결, 대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결 등 참조). 앞서 인정한 이 사건 부과처분의 경위에 의하면, 피고는 원고가 신고한 매출금액에 대하여는 실지조사의 방법으로, 이 사건 누락매입금액에 대응하는 매출금액에 대하여는 추계의 방법으로 과세표준을 각각 산정하였음이 인정되므로, 피고의 이 사건 부과처분의 전제가 되는 과세표준의 산정은 그 자체로 위법하다.

• 라. 소결 그렇다면, 이 사건 부과처분은 중요부분이 미비한 경우에 해당하지 않음에도 일부 추계조사의 방법을 선택하고 나아가 혼합과세의 방법으로 과세표준을 산정한 것으로서 위법하다. 결국, 추계조사가 적법함을 전제로 하여 피고가 적용한 매출총이익률의 부당함을 다투는 원고의 나머지 주장에 대하여 나아가 살필 필요 없이, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 별지 2 관계 법령1) ■ 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제80조(결정과 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준 확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. (각 호 생략)

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. ■ 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제143조(추계결정 및 경정)

① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인경우

③ 법 제80조제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2015년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

1. 편의상 과세기간(2010-2015년)의 중간년도인 2013년도 당시의 것을 기재한다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 법 제160조제3항에 따른 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 1의3. 법 제73조 제1항 제4호에 따른 사업소득(이하 "연말정산사업소득"이라 한다)에 대한 수입금액에 제201조의11 제4항에 따른 연말정산사업소득의 소득률을 곱하여 계산한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.

3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법 ■ 부가가치세법 제57조(결정과 경정)

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(􈷔􈴼)할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(􈲢計)할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우. 끝.