용역대금이 직접 송금되었다는 사실만으로 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없음

사 건 인천지방법원-2016-구합-53689 부가가치세환급거부처분취소 원 고 주식회사 골O코O트 피 고 OOO세무서장 변 론 종 결 2017.02.24 판 결 선 고 2017.03.17

1. 피고가 0000.00.00. 원고에 대하여 한 2015년 2기분 부가가치세 0000원(가산 세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. AAA와 BBB는 각 1/2 지분씩 공유하고 있던 000소 재 토지 위에 상가 및 오피스텔 48개 호실, 호텔 180개 호실 규모의 ‘0000오피스텔 호 텔․오피스텔’(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축․분양하는 사업을 시행하기 위하 여, 2014. 2. 11. 부동산업(상가신축판매)을 업종으로 정해 ‘QQQQ’라는 상호로 사 업자등록을 마친 뒤, 2014. 11. 5. 이 사건 건물에 관하여 ‘AAA 외 1인’을 건축주로 하는 건축허가를 받았다.
• 나. 이 사건 건물의 신축․분양사업과 관련하여 AAA와 BBB는 2015. 6. 9. 국제 자산신탁 주식회사(이하 ‘국제자산신탁’이라 한다)와 사이에서 ‘AAA, BBB가 QQQQ의 사업자로서 이 사건 건물의 신축․분양사업을 함에 있어 국제자산신탁이 신 탁부동산의 소유권을 보전․관리하여 수분양자 를 보호하고 AAA BBB가 부담하는 채무가 이행되지 않을 때 신탁부동산을 환 가․처분하여 정산한다’는 내용의 분양관리신탁계약을 체결하였고, 이와 함께 같은 날 국제자산신탁과 시공사인 CCC개발 주식회사(이하 ‘CCC개발’이라 한다) 및 대 출금융기관인 수색동 새마을금고와 사이에서 체결한 사업약정 및 대리사무계약(이하 ‘이 사건 대리사무계약’이라 한다)을 통하여 ‘국제자산신탁이 QQQQ의 사업자인 AAA, BBB의 자금집행요청에 따라 사업자금을 집행한다’는 약정을 하였다. 순번 작성일자 공급가액(원) 세액(원) 합계금액(원) 1 2015. 10. 23. 150,000,000 15,000,000 165,000,000 2 2015. 11. 2. 450,000,000 45,000,000 495,000,000 3 2015. 11. 7. 37,500,000 37,500,000 412,500,000 4 2015. 12. 3. 237,000,000 23,700,000 260,700,000 5 2015. 12. 11. 240,000,000 24,000,000 264,000,000 합계 1,114,500,000 145,200,000 1,597,200,000
• 다. 한편 AAA 외 1인은 2014. 9. 23. 개인사업체인 QQQQ와 동일한 상호로 주식회사인 원고를 설립하면서, 2014. 11. 8. 원고와 사이에 ‘원고가 이 사건 건물의 분 양대행업무를 수행하고 분양목적물이 속하는 반기의 말일에 원고의 청구에 의하여 분 양대행보수를 정산한다’는 약정을 하였다.
• 라. 원고는 2015. 10. 21. 주식회사 HHH씨(이하 ‘HHH’라 한다)와 사이 에 ‘HHH가 이 사건 건물의 분양대행업무를 수행하고 그 보수로 분양된 1세대 당 22,000,000원(부가가치세 별도)을 지급한다’고 약정하였는데, 그 용역대금은 국제자 산신탁으로부터 원고를 거치지 않고 직접 안스에프엔씨로 송금되었다.
• 마. 원고는 아래와 같이 HHH로부터 ‘공급받는 자를 원고로 한 합계 1,597,200,000원 1) ’의 전자세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다) 5매를 발급받 아, 2016. 1.경 2015년 2기 부가가치세 신고를 하면서 152,151,212원을 환급세액으로 기재하였다.
• 바. 피고는, ‘이 사건 건물에 대한 분양율이 70% 이상임에도 분양대행업무를 맡은 원

1. 원고는 아래 표의 순번 5 기재 세금계산서의 발급이 사후적으로 취소되었음을 이유로 2016. 8. 5. 남인천세무서장에게 그 내 용을 반영하여 수정신고하였다(갑 제3호증). 그런데 국세기본법 제45조 제1항 에 따르면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 일정한 경우 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전 으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있는바, 이 사건의 경우 원고는 피고 가 2015년 2기분 부가가치세 36,608,780원의 과세표준과 세액을 경정하여 통지한 2016. 6. 10. 이후인 2016. 8. 5.에 이르러 서야 비로소 부가가치세 수정신고서를 제출하였으므로, 그와 같은 수정신고는 국세기본법 제45조 제1항 에서 정하고 있는 수 정신고로서의 효력을 가지지 못한다. 고의 분양대행매출액이 71,315,665원으로 적게 신고되고 골드코스트의 분양매출액이 342,444,500원으로 많이 신고된 점, 이 사건 건물의 신축․분양사업의 부지 소유자와 이 사건 건물의 건축주 명의가 QQQ의 대표자인 AAA와 BBB로 되어 있는 점 등의 사정을 감안하였을 때, 원고가 아닌 QQQ가 HHH로부터 실질적 으로 분양대행용역을 공급받았다고 보아야 한다’면서, 원고를 공급받는 자로 기재한 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 작성된 것이라는 이유로 이 사건 세금계산서상의 부 가가치세액을 매입세액으로 불공제하여, 2016. 6. 10. 원고에게 2015년 2기분 0000원의 부가가치세(가산세 포함)를 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다) 하였다.

• 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 9. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기함과 아울러 2016. 10. 6. 이 사건 소를 제기하였고, 조세심판원은 이 사건 소송계속 중인

2016. 12. 14. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증(가지번호를 포함한다, 이하 같다), 갑 제2, 4 내 지 6호증, 을 제1, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 AAA BBB가 이 사건 건물의 신축․분양사업을 시행하기 위하여 QQQ 라는 개인사업체를 설립하였으나, 개인사업체로는 위 사업을 원활하게 수행하기 어려 운 측면이 있어서 주식회사인 원고를 설립하여 원고에게 분양대행업무를 맡겼고, 원고 는 그와 같은 분양대행업무를 수행하기 위하여 다시 HHH와 분양대행계약을 체결하고 그로부터 분양대행용역을 공급받음과 아울러 사실상 개인사업체 골드코스트 를 대신한 시행사의 지위에서 관련 업무를 수행하여 왔는바, 용역대금이 시행사인 골 드코스트의 자금집행요청에 따라 원고를 거치지 않고 직접 HHH에게 송금되거 나 2015년 제2기에 발생한 원고의 분양대행매출액이 QQQ의 분양매출액에 현저 히 미치지 못한다는 사정만으로, 원고가 아닌 QQQ가 HHH로부터 직접 분양대행용역을 공급받았다고 볼 수는 없으므로, HHH가 공급받은 자임을 전제 로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’의 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀 속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하 며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유 로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관 한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조).

2. 인정사실 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 7 내지 13, 16, 17, 20, 24 호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다. 순번 계약 종류 계약 체결일 계약 상대방 1 설계계약(변경) 2014. 2.경 2) 주식회사 건축사 사무소 2 공사계약 2014. 9. 30. 개발 주식회사 3 공사계약 3)

2014. 12. 26. 건설 주식회사 4 지하철광고계약 2015. 7.경 (기획) 5 모델하우스계약 2015. 11. 5. 주식회사

• 가) 원고는 이 사건 건물의 신축․분양사업과 관련하여 체결된 아래의 계약들에 있어서 직접 계약의 당사자인 도급인으로서 계약체결을 하였다.
• 나) 원고는 2015. 1. 1.부터 2015. 7. 2.까지 이 사건 건물의 신축․분양에 필요 한 지적측량, 설계, 건설기계 대여, 전기설비, 광고 등을 위하여 대한지적공사 남부지 사, 주식회사 건축사 사무소, 00건축, 주식회사 00기계상사, 00발전 기, 주식회사 00전기, 0000, 레몬애드, 주식회사 000, 주식회사 00오피스 가구, 주식회사 000밴드, 00에어컨, 000법률사무소등으로부터 재화 나 용역을 공급받으면서 매입처별 세금계산서를 발급받았고, 원고가 운영하던 사무실 의 임대인인 재단법인 인천광역시 경제통상진흥원으로부터도 매입처별 세금계산서를 발급받았다.
• 다) 2015. 10. 4. 개인사업체인 QQQ를 매도인으로 하여 이 사건 건물 중 307호실을 대금 146,280,000원에 분양하는 공급계약이 체결되었는데, 그 공급계약서에 사업 주체와 관련하여 ‘시행사의 지위가 승계시행사(원고)로 변경될 경우 QQQ의 모든 권리와 의무는 승계시행사에게 포괄적으로 승계되며 매수인은 이에 동의한다’는

2. 이에 관한 ‘건축물의 설계 표준계약서(변경)’(갑 제16호증)상 작성일자가 ‘2014년 2월’로 기재되어 있으나, 이 부분 설계계약이 변경계약인 점, 건축주 란에 원고의 상호와 사업자등록번호가 기재되어 있는데 원고가 사업자등록을 마친 시점은 2014. 9. 23.인 점, 2015. 1. 14. 주식회사 티에이씨 건축사 사무소에게 대금을 지급하고 위 사무소로부터 매입처별 세금계산서를 발급 받은 점을 고려하였을 때, 위 계약서상의 계약 체결일은 일응 오기이거나 소급 작성된 것으로 보인다.

3. 순번 2의 공사계약이 해지되어 다시 체결된 공사계약이다. 약정이 명시되어 있었고, 그에 따라 원고 역시 공급계약서상에 승계시행사로서 기명․ 날인하였는데, 현재까지도 이 사건 건물 내 개별 호실에 관하여 이와 같은 방식에 따 라 분양계약이 체결되고 있다.

• 라) 한편 국제자산신탁은 AAA BBB의 자금집행요청에 따라 원고 명의의 계좌로, 2015. 7. 17. 31,000,000원, 2015. 8. 7. 85,075,000원, 2015. 9. 25. 28,000,000 원을 입금하였다(특히 AAA BBB는 2015. 8. 5. 국제자산신탁에게 시행사 운영비 10,000,000원을 원고의 계좌로 입금시켜달라고 요청하기도 하였다). 원고 명의의 계좌 에서는 그 이전인 2014. 10. 15.부터 이 사건 건물의 신축․분양사업의 시행사로서 부 담하여야 할 것인 주식회사 000 건축사 사무소에 대한 설계비와 이 사건 건물의 분양대행업무에 필요한 주식회사 타원형에 대한 모델하우스 공사대금과 같은 분양 홍 보비용 등이 함께 지출되어 왔다.
• 마) 위 다)항에서 본 바와 같이 이 사건 건물에 관하여 작성된 공급계약서에 기 재된 골드코스트의 소재지는 이 사건 건물의 대지로서 신축공사 현장인 ‘000’로 되어 있을 뿐만 아니라 QQQ에서 2015년에 근무한 직원이 전혀 없었다. 반면에 원고는 실제 사무실을 임차하여 운영하고 있고, 1인 주주이자 대표이사 인 AAA, 사내이사인 BBB를 비롯하여 3명을 임직원으로 두고 있으며, 이들은 2015. 12. 31. 현재에도 계속하여 근무하고 있다.
• 바) 한편 원고는 2015. 6. 19. 주식회사 000(이하 ‘000’라 한다), 2015. 8. 30. 주식회사 000산업개발(이하 ‘000산업개발’이라 한다), 2015. 10. 21. HHH와 사이에 각각 분양대행계약을 체결하면서, 월별 분 양목표율을 구체적으로 설정하여 둠과 아울러, 1세대 당 분양대행보수액(000에 스: 10,500,000원, 000산업개발: 14,000,000원, HHH: 22,000,000원)에 따른 분양대행보수의 산정방법에 관하여도 구체적인 규정을 마련해 두고서, 정기적으 로 보수를 정산하여 왔다.
• 사) HHH는 2015. 10. 23., 2015. 11. 2, 2015. 11. 6., 2015. 12. 2.,

2016. 1. 7., 2016. 2. 1., 2016. 2. 15.에 원고를 상대로 이 사건 건물에 관한 분양대행 용역의 제공에 따른 수수료를 각 청구하였고, 그때마다 AAA BBB는 QQQ 의 대표자 자격으로 이 사건 대리사무계약에서 정한 바에 따라 00산업개발 및 수색 동 새마을금고의 동의를 얻어 국제자산신탁에게 자금집행을 요청하였는데, 국제자산신 탁은 000및 000산업개발과의 용역대금의 정산에 있어서는 원고 에게 사업자금을 송금하여 원고로 하여금 000 및 000산업개발에 게 각각 용역대금을 정산하도록 하였던 반면에, 그 이후에 이루어진 HHH와의 분양대행용역대금의 정산에 있어서는 자금의 유용을 막겠다는 이유로 원고를 거치지 않고 HHH에게 직접 용역대금을 송금하였다.

3. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부 위 인정사실을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 건물의 신축․분양사업의 시행사인 QQQ와의 분양대행계약에 따라 QQQ와 는 별개의 사무실을 갖추고서 이 사건 건물의 분양을 위해 FFF과 지하철 광고계약 을 체결하고, 주식회사 000과 모델하우스 신축공사계약을 체결하였으며, 000 에스, 000산업개발, HHH와 다시 분양대행계약을 체결하는 등과 같은 분양에 필요한 업무를 실제 수행하여 온 점, ② 한편 원고는 QQQ로부터 이 사 건 건물의 분양대행업무를 위임받기 전후로, 이 사건 건물에 관한 신축공사계약과 설 계변경계약을 도급인인 당사자로서 직접 체결하였고, 시행사인 QQQ의 지위를 승계할 것을 전제로 분양계약의 체결에도 승계예정자로서 직접 관여해 온 점, ③ 원고 는 분양대행과 관련된 업체뿐만 아니라 이 사건 건물의 신축․분양에 필요한 지적측 량, 건설기계대여, 전기설비 관련 업체로부터 직접 매입처별 세금계산서를 수취하였고, 골드코스트의 사업자금 집행요청에 따라 국제자산신탁으로부터 지급받은 돈으로 사무 실 운영비용과 분양대행 관련 비용은 물론 설계비와 같은 시행사의 업무 관련 비용도 지출하여 온 점, ④ HHH는 QQQ가 아니라 분양대행을 맡긴 원고에게 수수료의 지급을 청구하였고, QQQ의 대표자인 AAA BBB가 이 사건 대리 사무계약의 당사자로서 국제자산신탁에게 그 자금의 집행을 요청하였는데, 이는 시행 사인 골드코스트, 분양대행사인 원고, 원고로부터 분양대행업무를 다시 위임받은 HHH로 이어지는 업무체계와 부합하는 점, ⑤ 위 과정에서 국제자산신탁은 직접 HHH에게 대금을 송금하였는데, 그와 같은 대금의 지급은 QQQ나 원고 의 요청이 아닌 자금의 유용을 막는다는 국제자산신탁의 일방적인 결정에 따른 것이었 고, 그와 같은 대금의 지급 형태가 거래의 실정에 비추어서 이례적이라고 단정할 수도 없는 점, ⑥ 원고의 대표자와 QQQ의 운영자가 동일하고 이 사건 건물의 분양과 관련하여 작성된 공급계약서에 ‘시행사의 지위가 QQQ에서 원고로 변경될 가능 성과 이에 관한 매수인의 동의’를 내용으로 하는 약정이 명시되어 있기도 한 상황에서 고용 근로자가 없는 QQQ와는 다르게 원고가 실제 사무실과 임직원을 보유하고 서 분양대행사의 업무뿐만 아니라 시행사의 업무까지 맡아 왔음을 감안하여 보았을 때, QQQ가 국제자산신탁을 상대로 사업자금의 집행을 요청한 것은 이 사건 건 물의 신축․분양사업에 관한 분양관리신탁계약이나 이 사건 대리사무계약의 당사자가 여전히 QQQ로 되어 있기 때문이라고 볼 여지가 충분히 있는 이상, 국제자산신 탁으로부터 HHH로 용역대금이 직접 송금되었다는 사실만으로 QQQ가 HHH로부터 직접 분양대행용역을 공급받았다고 속단할 수 없는 점 등에 비추 어 보면, 원고가 QQQ의 분양대행자뿐만 아니라 원고의 대표자가 개인사업자 자 격에서 보유하고 있던 시행사의 지위를 사실상 갖고서 이 사건 건물의 신축․분양사업 업무를 일체를 담당하여 오면서 HHH와 분양대행약정을 체결하고 그로부터 분 양대행용역을 공급받았다고 봄이 상당하다.

• 라. 소결론 따라서 원고가 자기의 사업을 위하여 HHH로부터 공급받은 분양대행용역 에 관한 이 사건 세금계산서상의 부가가치세액은 원고의 매입세액으로 공제되어야 할 것이므로, 이를 공제하지 아니하고서 부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.