법인세과세표준결정 또는 손금불산입처분이 항고소송대상인지 여부

사 건 인천지방법원 2016구합3450 법인세경정처분취소 청구의 소 원 고 주식회사 한OOOO 피 고 OOO세무서장 변 론 종 결 2017.04.07. 판 결 선 고 2017.04.28.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한, ① 2010 사업연도 귀속 법인세 과세표준을 1,628,381,107원에서 1,412,107,174원으로, ② 2011 사업연도 귀속 법인세 과세표준을 527,658,529원에서 217,650,009원으로, ③ 2012 사업연도 귀속 법인세 과세표준을 1,035,353,036원에서 735,997,372원으로, ④ 2013 사업연도 귀속 법인세 과세표준을 1,345,746,497원에서 1,126,523,215원으로, ⑤ 2014 사업연도 귀속 법인세 과세표준을 514,202,305원에서 315,588,173원으로 각 경정한 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2008년 12월경 주식회사 OO으로부터 물적분할되어 설립된 전선용 목드럼 전문생산업체이다.
• 나. 원고는 2009년 7월경 OO그룹의 계열사로 편입되었고, 원고의 매출액 중에서 같은 OO그룹 계열사로서 특수관계인인 OO전선 주식회사(이하 ‘OO전선’이라고만 한다), △△전선 주식회사 등 업체에 대한 매출액이 80% 이상을 차지하고 있다.
• 다. 피고는 2015. 5. 28. 원고에 대하여, 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제52조, 법인세법 시행령 제88조 에 따라 원고가 특수관계인에 대한 매출채권을 정당한 사유 없이 비특수관계인인 일반거래처에 대한 매출채권의 평균회수기일보다 지연회수한 것으로 보아 그 지연회수한 매출채권의 인정이자 상당 금액을 부당행위계산으로 부인하고, 그 부인된 금액을 원고의 익금에 산입하여 다음 [표] 와 같이 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지의 귀속 법인세 과세표준을 결정(경정) 한 다음, 2015. 7. 1. 원고에게 ‘일용직 인건비 지급 관련 적격증빙 미수취’를 원인으로 하는 가산세 부과처분을 하면서 위와 같이 경정된 과세표준을 함께 통지하였다(이하 경정된 과세표준을 ‘이 사건 경정 과세표준’이라고 한다).
• 라. 원고는 이 사건 경정 과세표준이 위법.부당하다고 주장하면서 2015. 9. 23. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2016. 6. 30. 원고의 주요 매출품목은 ‘목드럼’으로서 그 매출품목상으로는 특수관계인과 비특수관계인간 차이가 나지않음에도 원고가 특수관계인에 대한 매출채권을 비특수관계인에 대한 매출채권보다 상당 기간 지연회수하였으므로 이 사건 경정 과세표준에는 잘못이 없다고 보고 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 자신보다 상대적으로 대기업인 OO전선 등과 사이의 거래관계를 유지하기 위하여 OO전선 등의 지급기준에 맞추어 매출채권을 회수하였을 뿐 OO전선 등이 특수관계인이라고 하여 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시키기 위하여 그에 대한 매출채권을 지연회수한 것이 아니므로, 이 사건 경정 과세표준은 위법.부당하여 취소되어야 한다.
• 나. 피고의 주장 원고와 OO전선 등 업체 사이의 특수관계를 고려할 때 원고가 OO전선 등에 대한 매출채권을 지연회수한 것은 경제적 합리성이 결여된 것으로서 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시키기 위한 것이다. 또한 이 사건 경정 과세표준은 처분에 해당하지도 아니한다(본안 전 항변).

3. 이 사건 경정 과세표준의 처분성(피고의 본안 전 항변에 대한 판단)

• 가. 과세표준 결정의 처분성에 관한 법리 항고소송의 대상이 되는 행정처분은 행정청의 공법상의 행위로서 특정 사항에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 하는 등 국민의 구체적인 권리ㆍ의무에 직접 관계가 있는 행위를 가리키는 것이고, 상대방 또는 기타 관계자들의 법률상 지위에 직접적인 법률적 변동을 일으키지 않는 행위 등은 항고소송의 대상이 되는 처분이 될 수 없다(대법원 1999. 7. 23. 선고 97누10857 판결, 대법원 2008. 5. 15. 선고 2008두2583 판결 등 참조). 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 과세표준의 결정에 잘못이 있는 경우 후행 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사.결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 참조, 이하 이를 ‘이 사건 판례’라고 한다).
• 나. 원고의 주장 원고는, 이 사건 판례는 과세표준에 관한 규정인 법인세법 제13조 제1호 (이하 ‘대상규정’이라고 한다)가 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정(이하 ‘2009. 12. 31.자 개정’이라고 한다)되기 전에 선고된 판례로서, 대상규정은 2009. 12. 31.자 개정 전에는 과세표준 결정에 있어서 “각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액을 공제”하는 규정이었다가 2009. 12. 31.자 개정 후에는 “각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액이되 제14조 제2항의 결손금(그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 금액이다)으로서 ㉠ 제60조에 따라 신고하거나(납세의무가 있는 내국법인이 스스로 관할 세무서장에게 과세표준을 신고한 경우이다), ㉡ 제66조에 따라 결정.경정되거나(법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우 관할 세무서장 등이 과세표준을 결정하고, 법인이 제60조에 따라 한 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우 등에 있어서 관할 세무서장 등이 과세표준을 경정하도록 되어 있다), ㉢ 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 과세표준신고서에 기재된 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우 등에 있어서 수정신고서를 제출할 수 있도록 되어 있다)한 과세표준에 포함된 결손금에 한정하여 공제”하는 규정으로 바뀌었는데2), 이로 인하여 납세의무자는 과거에는 과세표준에 따른 후행 과세처분에 대하여 다투면서 기존 과세표준에 반영되지 않았거나 잘못 반영되었던 결손금에 대하여 제한 없이 다툴 수 있었다가 2009. 12. 31.자 개정 후 대 상규정 시행 이후에는 과세표준에 따른 후행 과세처분에 대하여 다투면서 기존 과세표준에 반영되지 않았거나 잘못 반영된 결손금 중 ㉠, ㉡, ㉢의 경우에 해당하는 때에만 다툴 수 있게 되었으므로, ‘제한 없이’ 결손금에 대하여 다툴 수 있게 하였던 2009. 12. 31.자 개정 전 대상규정의 내용을 전제로 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 처분이 아니라고 판단한 이 사건 판례는 이 사건에 적용되기 곤란하고, ㉠, ㉡, ㉢의 경우에 해당하는 때에만 결손금에 대하여 다툴 수 있게 하는 내용의 2009. 12. 31.자 개정 후 대 상규정 시행 이후에 결정된 이 사건 경정 과세표준은 그 결정이나 통지 단계에서 이미 납세의무자로 하여금 그 과세표준에 따라 이루어질 후행 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 범위를 제한시키는 효과가 있기 때문에 납세의무자에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 하는 행위로서 항고소송의 대상이 되는 처분이 된다고 보아야 한다는 취지로 주장한다.

2. 별지 ‘관계 법령’ 참조.

• 다. 판단

(1) 이 사건 판례의 법리가 2009. 12. 31.자 개정 이후의 대상규정에 따라 이루어진 과세표준 결정인 이 사건 경정 과세표준에 적용되는지 여부에 관한 판단 아래에서 보는 사정 등에 비추어 보면, 이 사건 판례의 법리가 2009. 12. 31.자 개정 이후의 대상규정에 따라 이루어진 과세표준 결정인 이 사건 경정 과세표준에 있어서도 배제될 이유가 없고, 그대로 적용된다고 보아야 한다.

① 과세표준 결정에 관한 대상규정은 2009. 12. 31.자 개정 전에는 '각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 것으로서 과세표준계산에 있어서 공제된 바 없는 결손금'을 과세표준계산에서 공제하는 것으로 정하고 있다가, 2009. 12. 31.자 개정 후에는 '각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 것으로서 과세표준계산에 있어서 공제된 바 없는 결손금 중에서 대상 법인이 신고 또는 수정신고하거나 미신고나 불성실 신고 등에 따라 과세관청이 직권으로 결정.경정한 과세표준에 포함된 것'을 과세표준계산에서 공제하는 것으로 정함으로써, 2009. 12. 31.자 개정으로 과세표준계산에서 공제될 수 있는 결손금의 범위가 종전보다 축소된 것으로는 볼 수 있다. 하지만 대상규정은 2009. 12. 31.자 개정 이전에도 과세표준계산에서 공제된 바 없는 결손금을 제한 없이 공제하는 것으로 정하고 있었던 것이 아니라 '해당 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 결손금'에 한하여 공제하는 것으로 정하고 있었다. 다시 말해 대상규정의 2009. 12. 31.자 개정 전후에 있어서 공제 누락된 결손금의 공제 범위가 달라지기는 하였으나 공제 누락된 결손금 모두가 공제되는 것은 아니라는 점에서는 차이가 없다.

② 이 사건 판례는 '1988 내지 1991 사업연도에 발생한 결손금 중 공제가 누락된 부분이 공제되어야 한다는 이유에서 1996..1997 사업연도 귀속 법인세 부과처분의 취소를 구한 사안'에서 선고된 것인데, 1996..1997 사업연도에 적용되던 구 법인세법 (1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 것, 이와 같이 전부개정되기 이전 구 법인세법들상의 대상규정은 제8조였다)은 물론 1988 내지 1991 사업연도에 적용되던 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것, 1995. 12. 29 법률 제5033호로 개정되기 전의 것)의 대상규정에도 공제하는 누락 결손금이 발생한 ‘사업연도의 범위가 5년 또는 3년이었다’는 것에서만 차이가 있었을 뿐 '해당 사업연도의 개시일전 일정 기간 이내의 사업연도에 발생한 결손금'에 한하여 공제하는 것으로 정하고 있었다[이 사건 판례가 과세표준 결정의 처분성 여부에 관하여 인용하고 있는 ㉠ 대법원 1996. 9. 24. 선고 95누12842 판결 역시 '1990..1991 사업연도분 손금 불산입에 따라 1994. 2. 1.에 이루어진 과세표준 경정결정의 취소를 구하는 사안'에 관한 것(1995. 12. 29 법률 제5033호로 개정되기 전의 구 법인세법의 대 상규정 적용), ㉡ 대법원 1986. 1. 21. 선고 82누236 판결 또한 '1978..1979 사업연도분 부당행위계산 부인에 의한 익금 가산에 따라 1980. 5. 15.에 이루어진 과세표준 경정결정의 취소를 구하는 사안'에 관한 것(1980. 12. 13. 법률 제3270호로 개정되기 전의 구 법인세법의 대 상규정 적용)으로서 사정이 다르지 아니하다]. 이와 같이 이 사건 판례나 그 인용 판례들은 해당 사안에 적용되던 법인세의 대상규정이 공제 누락된 결손금 모두가 아닌 일정 기간 내의 사업연도에 발생된 부분에 한하여만 과세표준계산에서 공제되는 것으로 정하고 있었음에도, 대상규정에서 공제하는 것으로 정하고 있는 사업연도 기간에 발생된 결손금인지에 관하여 구분하여 언급하거나 판단하지 아니한 채 “과세표준 결정은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니고 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 주장할 수 있고, 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 다시 할 수 있다”고 판시하였다. 사정이 이와 같다면, 이 사건 판례는 대상규정상 공제하는 것으로 되어 있는 결손금의 범위에 포함되는지 여부와 무관하게 공제 누락된 결손금이나 그에 따라 이루어진 과세표준 결정의 법적 성격 자체로 인하여 과세표준 결정의 처분성을 부정하였던 것으로 볼 수 있다.

③ '대상규정이 과세표준계산에 있어서 공제하는 결손금의 범위를 어떻게 정하고 있는지'의 문제와 '법인이 공제되어야 한다는 주장하는 결손금의 공제가 이루어지지 아니한 채 과세표준 결정이 이루어진 경우에 있어서 법인이 해당 결손금이 공제되도록 하기 위하여 쟁송을 통하여 다투어야 하는 대상이 과세표준 결정이 되어야 하는지, 아니면 과세표준 결정에 따라 이루어진 과세처분이 되어야 하는지'의 문제 사이에 서로 직접적인 연관성이 있다거나 논리적 또는 법적으로 당연히 영향을 미치는 관계에 있다고 할 수 없고, 결국 과세표준 결정의 처분성 유무는 과세표준 결정에서 공제되거나 가산되는 소득이나 결손금 등의 개별항목에 해당하는지 여부 또는 그 해당하는 범위에 따라 판단될 것이 아니라 항고소송 대상으로서 처분성 유무를 판단하는 기준에 관한 일반 법리, 즉 특정 사항에 대하여 국민의 구체적인 법률적 지위를 직접 변동시키는 행위로서 권리ㆍ의무에 직접 관계가 있는 행위인지 여부에 따라 판단되어야 할 것인데, 과세표준 결정 자체만으로 해당 법인이나 기타 관계자들의 법률적 지위에 직접적인 법률적 변동이 발생된다고 보기도 어렵다.

④ 더구나 앞서 제1의 다.항에서 본 바와 같이, 피고가 2015. 5. 28. 원고의 매출채권의 인정이자 상당 금액을 부당행위계산으로 부인하고, 그 부인된 금액을 원고의 익금에 산입하여 결정한 이 사건 경정 과세표준은 2009. 12. 31.자 개정 후 대 상규정 중 “ 법인세법 제66조 에 따라 경정.결정된 과세표준”에 해당하여, 원고의 주장에 의하더라도 위 개정 전후를 불문하고 원고로서는 이 사건 판례의 법리에 근거하여 이 사건 경정 과세표준에 포함된 결손금 산정의 잘못을 후행 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 주장할 수 있고, 달리 2009. 12. 31.자 개정 후 대상규정의 내용으로 인하여 원고가 이 사건 경정 과세표준 자체에 대하여 다투지 아니하면 후행 과세처분의 효력을 다툴 수 없게 된다고 볼 만한 특별한 사정을 찾기 어렵다.

(2) 이 사건 경정 과세표준의 처분성에 관한 판단 이 사건 판례의 법리에 비추어 이 사건 경정 과세표준의 처분성에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 경정 과세표준은 2015. 5. 28. 피고 내부적으로 결정되었고, 2015. 7. 1. 원고에게 가산세 부과처분과 함께 통지된 사실이 인정되나, 위 가산세는 원고의 ‘일용직 인건비 지급 관련 적격증빙 미수취’를 이유로 그 위반금액으로 인정된 액수를 기준으로 하여 산정되어 부과된 것이어서 이 사건 경정 과세표준과는 무관하게 부과된 것으로 보인다. 이처럼 피고의 결정 후 통지되었을 뿐인 이 사건 경정 과세표준은 그 자체로는 원고에게 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 한다고 볼 수 없는 행위로서 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 아니한다고 볼 수밖에 없고, 이 점을 지적하는 피고의 본안 전 항변은 이유 있다(원고는 이 사건 경정 과세표준에 잘못이 있는 경우 이를 근거로 하여 원고에 대하여 이루어진 후행 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 그러한 잘못을 주장할 수 있다).

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.