과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙임

사 건 2016구합53245 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 ○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.07.23 판 결 선 고 2020.11.26

1. 피고가 2014. 10. 13. 원고에 대하여 한,

1. 2011년도 법인세 1,001,750,360원(가산세 포함)의 부과처분 중 267,983,492원을 초과하는 부분, 2012년도 법인세 865,226,890원(가산세 포함)의 부과처분 중 383,842,887원을 초과하는 부분 및 2013년도 법인세 933,048,460원(가산세 포함)의 부과처분 중 395,374,396원을 초과하는 부분을 각 취소하고,

2. 소득종류를 상여, 소득자를 이○○으로 한 2011년도 소득금액 2,485,693,990원의 소득금액변동통지 중 22,608,588원을 초과하는 부분, 2012년도 소득금액 1,859,922,530원의 소득금액변동통지 중 7,078,455원을 초과하는 부분 및 2013년도 소득금액 3,127,108,000원의 소득금액변동통지 중 1,641,925,401원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 30%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 10. 13. 원고에 대하여 한, (1) 2011년도 법인세 1,001,750,360원(가산세포함, 이하 같다), 2012년도 법인세 865,226,890원, 2013년도 법인세 933,048,460원의 각 부과처분, (2) 소득종류를 상여, 소득자를 이○○, 소득금액을 2011년도 2,485,693,990원, 2012년도 1,859,922,530원, 2013년도 3,127,108,000원으로 하는 각 소득금액변동 통지를 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2010. 9. 1. 설립되어 ○○시 ○○구 ○○동 11-102에서 젓갈류 및 절임반찬 도․소매업을 영위하는 법인이고, 이○○은 원고의 대표이사이다.
• 나. 원고는 ‘◇◇◇’라는 전산프로그램(이하 ‘이 사건 프로그램’이라 한다)을 이용하여 물품 매입․매출내역 및 재고현황 등을 기록․관리하여 왔고(개별 매입․매출내역은 거래명세서 형태로 출력될 수 있다), 별도로 회계장부를 작성하지는 않았다.
• 다. 2011년도부터 2013년도까지(이하 이를 통틀어 ‘쟁점사업연도’라 한다) 이 사건 프로그램에 입력된 매출액 합계는 57,929,833,710원이고, 매출원가(매입액을 뜻한다. 이하‘매출원가’라고만 한다) 합계는 55,103,217,464원이며, 매출 수량 합계와 매출원가 수량 합계는 모두 1,047,954개이다. 그런데 원고는 쟁점사업연도에 법인세를 각 신고․납부하면서, 이 사건 프로그램에 입력된 매입․매출내역 중에서 세금계산서 등 증빙자료가 있는 일부 내역만 신고하여, 매출액은 합계 30,747,544,065원으로, 매출원가는 합계 28,544,513,975원으로 신고하였다.
• 라. ○○지방국세청장은 2014. 7. 10.부터 2014. 7. 25.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 원고의 사업장에 보관 중이던 35,844건의 거래명세표를 확인한 후 이를 기준으로 매출 누락액 합계 32,837,650,000원, 매출원가 누락액 합계 14,186,200,000원으로 각 산정한 후(이를 반영하면 쟁점사업연도 매출액 합계는 약 63,585,194,000원, 매출원가 합계는 약 42,730,713,000원이 된다) 이를 피고에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2014. 10. 13. 원고에게 쟁점사업연도분 법인세 합계 6,251,176,780원을 경정․고지하였고, 원고의 대표이사 이○○에게 쟁점사업연도에 관하여 소득금액 합계 18,863,614,712원을 상여처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다.
• 마. 원고는 이에 대하여 이의신청을 하여, 2015. 1. 9. ○○지방국세청장의 재조사결정을 받았고, ○○지방국세청장은 원고에 대한 재조사를 실시한 결과 위 매출 누락액 중 합계 6,079,460,000원을 차감하고 매출원가로 합계 5,128,944,600원을 추가로 산입하기로 결정하여(이를 반영하면 쟁점사업연도 매출액 합계는 약 57,505,734,000원, 매출원가 합계는 약 47,859,657,600원이 된다) 피고에게 통지하였다. 이에 따라 피고는 2015. 5. 27. 원고에게 쟁점사업연도분 법인세(가산세 포함) 경정․고지액 합계액을 2011년도 1,001,750,360원, 2012년도 865,226,890원, 2013년도 933,048,460원 합계 2,800,025,710원으로 감액․고지하였고(이하 위 2014. 10. 13.자 각 법인세 부과처분 중 이와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다), 2015. 6. 1. 원고의 대표이사 이○○에 대한 상여처분액을 2011년도 2,485,693,990원,2012년도 1,859,922,530원, 2013년도 3,127,108,000원 합계 7,472,724,520원으로 감액․고지하였다(이하 위 2014. 10. 13.자 각 소득금액변동통지 중 이와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 소득금액통지’라 한다).
• 바. 이에 원고는 2015. 8. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 5. 30. 원고의 심판청구를 기각한다는 결정을 하였다.
• 사. 한편 원고와 대표이사 이○○은 ○○지방법원 ○○고합◯◯호로 ‘이○○이 쟁점 사업연도에 세금계산서 등을 제대로 발급하지 아니하고 매출을 누락하여 신고하는 방법으로 2011년도 법인세 605,387,791원, 2012년도 법인세 459,057,149원, 2013년도 법인세 497,392,083원을 포탈하였다’는 공소사실로 공소 제기되어, 2018. 2. 22. 유죄판결을 선고받았다(이○○은 징역 3년에 집행유예 4년 및 벌금 610,000,000원을, 원고는 벌금 100,000,000원을 각 선고받았다). 그러나 이에 대하여 원고와 이○○이 ○○고등법원 ◯◯노◯◯호로 항소하여, 2019. 11. 14. ‘이○○이 위와 같은 방법으로 2011년도 법인세 30,726,505원과 2013년도 법인세 45,475,645원을 포탈하였다‘는 공소사실 부분만 유죄로 인정하고 나머지 공소사실을 무죄로 판단하여 제1심판결을 파기하고 자판하는 판결을 선고받았으며(유죄부분에 대하여 이○○은 징역 4월에 집행유예 1년을, 원고는 벌금 5,000,000원을 각 선고 받았다), 위 판결은 그대로 확정되었다(이하 ’관련 형사판결‘이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5, 10, 12, 23호증(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제1 내지 3, 10 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고

• 가) 첫째, 원고가 영위하는 젓갈류 등 반찬 유통업의 특성상 매출 수량과 매출원가수량이 동일할 수밖에 없고, 실제로 이 사건 프로그램에 기록된 쟁점사업연도의 매출 수량과 매출원가 수량도 각 1,047,954개(이하 ‘이 사건 전체품목’이라 한다)로서 동일하므로, 이와 같이 동일한 매출 및 매출원가 수량을 기준으로 법인세액을 산출하여야 한다. 또한 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 액수는 매입처가 ‘◉◉’으로 기재된 128,467개 품목(이하 ‘이 사건 쟁점품목’이라 한다)을 포함하여 모두 사실에 부합하여 신빙성이 인정된다. 즉 이 사건 쟁점품목의 경우는 원고가 영세상인들로부터 물품을 매입하는 과정에서 세금계산서 등 증빙을 제대로 수취하지 못하였을 뿐, 그 거래금액과 품목 자체는 사실에 부합하는 것이다. 따라서 피고는 이 사건 프로그램에 기록된 매출 및 매출원가 내역에 근거하여 쟁점사업연도 법인세액을 산출하였어야 한다. 그럼에도 피고는 매출의 경우는 그 거래증빙이 온전히 갖추어지지 않았음에도 이 사건 프로그램에 기록된 매출내역을 전부 신빙하여 이 사건 전체품목의 매출을 합산하였으면서, 매출원가의 경우 이 사건 쟁점품목의 매출원가 내역의 신빙성을 부정하며 이를 제외한 나머지 품목의 매출원가만을 합산함으로써 이 사건 쟁점품목의 매출원가 합계 7,243,552,324원(2011년도 2,612,370,343원, 2012년도 2,371,799,793원, 2013년도 2,259,382,188원)을 반영하지 아니하였는바, 이는 적법하지 않다.
• 나) 둘째, 원고가 모든 거래내역을 사실대로 기록한 이 사건 프로그램을 그대로 보존․관리하여 온 점 등에 비추어 피고가 예비적으로 주장하는 법인세법상 추계 사유가 인정되지 않고, 실지조사방법과 추계조사방법을 혼용하는 것도 위법하므로, 추계의 방법에 따라 과세표준과 세액을 산정할 수 없다.
• 다) 셋째, 쟁점사업연도 법인세액 중 지출증빙서류 미수취 가산세는 연도별 50,000,000원 한도로 인정되어야 한다.
• 라) 넷째, 피고가 한 이○○에 대한 상여처분액(소득금액변동통지금액)은 관련 형사판결에서 인정된 과세표준 등에 따라 감액․경정되어야 하는데, 피고가 관련 형사판결 결과를 반영하여 이 사건 쟁점품목에 관한 매출원가를 이○○에 대한 상여처분액에서 공제하는 방식으로 산정한 상여처분액 중 2011년도 상여처분액 22,608,588원, 2012년도 7,078,455원에 대하여는 다투지 않지만, 2013년도 상여처분액은 당초 상여처분액 3,127,108,000원에서 이 사건 쟁점품목의 2013년도 매출원가 2,259,382,188원을 공제하여 867,725,812원만 인정되어야 한다.

2. 피고

• 가) 이 사건 프로그램에 입력된 이 사건 쟁점품목에 관한 매입내역은, ‘◉◉’이라는 매입처는 원고의 직원 ◉◉의 이름을 딴 가상의 거래처에 불과함에도 원고가 그 구체적인 거래상대방을 특정하지 못하고, 매입대금 지출을 증빙할 만한 자료도 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 그 신빙성을 인정할 수 없다. 따라서 피고가 쟁점사업연도 법인세를 산출할 때 이 사건 쟁점품목에 관한 매출원가를 전부 반영하지 않은 조치는 적법하다.
• 나) 설령 이 사건 쟁점품목에 관한 매입내역의 실체를 완전히 배제할 수 없더라도위 가)항에서 본 사정들에 비추어 이 사건 프로그램에 입력된 매출원가의 신빙성에는 의문이 있다. 이는 법인세법 제66조 제3항, 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호 (소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우)의 추계 사유에 해당하므로, 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 에 규정된 추계의 방법에 따라 과세표준과 세액을 산정하여야 한다. 이에 따르면 쟁점사업연도 법인세액은 2011년도 906,260,234원, 2012년도 797,336,227원, 2013년도 602,748,004원 합계 2,306,344,465원으로 감액되고, 이○○에 대한 상여처분액은 2011년도 2,053,856,782원, 2012년도 1,480,023,323원, 2013년도 1,094,980,375원 합계 4,628,860,480원으로 감액된다.
• 다) 설령 관련 형사판결에서 인정된 과세표준 등에 기초하여 법인세액과 상여처분액을 산정하더라도, 법령에 따른 지출증빙서류 미수취 가산세는 포함되어야 한다. 또한 원고가 매출액을 대폭 축소 신고한 이 사건에서는 판례에 따라 특별한 사정이 없는 한 원고의 매출누락액을 기준으로 상여처분 대상으로 함이 원칙이며, 거래상대방과 매입대금 지출 내역 등이 불분명한 이 사건 쟁점품목에 관한 매출원가를 쟁점사업연도 상여처분액에서 공제할 수 없다. 이에 따르면 쟁점사업연도 법인세액은 2011년도 267,983,492원(가산세 237,256,987원 포함)1), 2012년도 383,842,887원(가산세 387,518,909원 포함), 2013년도 395,374,396원(가산세 349,898,751원 포함)으로 감액되지만, 이○○에 대한 상여처분액은 이 사건 소득금액통지 당시 산정한 금액과 동일하다(다만, 이 사건 쟁점품목에 관한 매출원가를 쟁점사업연도 상여처분액에서 공제하기까지 한다면 이○○에 대한 상여처분액은 2011년도 22,608,588원, 2012년도 7,078,455원, 2013년도 1,641,925,401원이다).
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 쟁점품목을 포함하여 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 내역에 근거하여 쟁점사업연도 법인세액을 산출할 수 있는지(법인세법상 추계의 방법으로 과세표준과 세액을 산정할 수 있는지)

• 가) 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는것이 원칙이고, 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이다(대법원 1999. 10. 8. 선고 98두915 판결 등 참조). 나아가 납세자가 비치․기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료이어서 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누6809 판결 등 참조).또한 납세자가 법인세법이 정하는 장부를 비치․기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).
• 나) 이러한 법리를 토대로, 갑 제18 내지 24호증, 제30 내지 38호증의 각 기재 등에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 사정들을 살펴보면, 이 사건 쟁점품목을 포함하여 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 내역은 신빙성이 있는 장부 내지 증빙에 해당하므로 이에 근거하여 쟁점사업연도 법인세 과세표준과 세액을 산출할 수 있다고 할 것이고, 이 사건 프로그램 중 이 사건 쟁점품목의 매출원가 부분만을 신빙할 수 없다고 보아 추계조사 방법 등으로 과세표준과 세액을 산출하는 것은 합리적이지 않다.

① 원고는 젓갈류, 절임반찬 등을 도․소매로 매입하여 판매하는 방식으로 영업하여 왔는바, 그 영업의 특성상 매입한 물품의 수량만큼 매출이 발생하는 것이 자연스럽다. 이 사건 프로그램에 기록된 쟁점사업연도의 매출수량과 매출원가 수량이 각 1,047,954개로서 매우 많으면서도 서로 같은 수량인 것은 이 사건 프로그램의 내용이 거래사실에 부합하게 기록되었음을 나타낸다.

② 이 사건 프로그램에 입력된 내용에 따르면, 이 사건 쟁점품목의 수량이 이 사건 전체품목의 수량에서 차지하는 비율은 약 12.26%(= 128,468개/1,047,954개)이고, 이 사건 쟁점품목의 매출원가가 이 사건 전체품목의 매출원가에서 차지하는 비율은 약 13.14%(= 7,243,552,324원/55,103,217,464원)에 이른다. 이처럼 이 사건 전체품목에서 이 사건 쟁점품목의 수량과 매출원가가 차지하는 비율이 거의 비슷한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 쟁점품목의 매출원가가 나머지 품목의 매출원가에 비하여 과다하다고 보이지 않는다. 또한 이 사건 프로그램에 입력된 이 사건 전체품목 매출액 합계는 약 579억 원이고 매출원가 합계는 약 551억 원이어서 매출액/매출원가 비율은 약 105%에 이르고, 이 사건 쟁점품목 매출액 합계는 약 76억 9,700만 원이고 매출원가 합계는 약 72억 4,300만 원이어서 그 매출액/매출원가 비율은 약 106%에 이른다. 이처럼 이 사건 전체품목의 이익률과 이 사건 쟁점품목의 이익률이 균형을 이루고 있는 것은 이 사건 프로그램에 입력된 이 사건 쟁점품목 매입․매출내역의 품목별 수량과 단가는 신빙성이 있음을 뒷받침한다.

③ 피고는 2014. 10. 13.자 경정 당시에는 전산장부인 이 사건 프로그램의 입력내용과 원고의 사업장에 있던 일부 거래명세서의 내용을 중복 집계하여 매출액을 과다 계산하였다가, 재조사 후인 2015. 5. 27.자 경정 당시에는 이 사건 프로그램에 입력된 이 사건 쟁점품목을 포함한 전체 매출 거래내역이 그대로 신빙성이 있다고 보아 실물거래명세표 등 다른 증빙이 없는 부분까지 포함하여 이 사건 전체품목에 대한 매출이 발생한 것으로 인정하여 전체 매출액을 합산하였다. 그리고 이 사건 쟁점품목에 관한 매입내역의 개별 품목 수량과 매출원가에 허위 내용이 포함되어 있다고 볼 뚜렷한 정황은 없다. 또한 원고와 같은 젓갈류 등 도․매업체는 실제 거래에서 다수의 거래처와 빈번하게 거래하게 되고, 거래명세표 등을 발급받지 못하거나 영세업체로부터 물품을 현금으로 매입하는 경우도 상당 부분 존재한다고 보인다. 이러한 사정들을 고려하면 이 사건 쟁점품목에 관한 매입내역에 관하여 거래처가 ‘◉◉’으로 허위로 기재되어 있었고 그 매입내역에 관한 다른 증빙자료가 없더라도 그 매입한 품목과 매입액부분까지 허위라고 단정할 수는 없다.

④ 이 사건 프로그램은 쟁점사업연도를 포함한 장기간에 걸쳐 빈번하게 이루어지는 대량의 매입․매출내역과 재고 내역을 기록하는 기업용 프로그램으로서, 원고가 그 사업을 영위하면서 영업상 및 업무상 필요에 따라 실제 거래에 따라 그때그때 이 사건 프로그램에 개별 거래내역 등을 기록한 것으로 보인다. 이 사건 쟁점품목 중 일부 품목의 기간별 입고 및 출고 현황을 보아도 입고수량과 출고수량이 일관되게 균형을 이루고 있어 신빙성이 있다(갑 제30호증의 3 참조). 그 중 일부 거래내역이 세무조사 등을 대비하여 실제와 달리 사후적으로 조작되었다고 볼 만한 정황은 없다.

⑤ 앞서 ②항에서 본 것처럼 이 사건 쟁점품목의 매출원가가 이 사건 전체품목의매출원가에서 차지하는 비율이 약 13.14%에 불과한바, 이는 ③항에서 본 것처럼 원고가 다수의 거래처와 거래하면서 거래명세표 등을 발급받지 못하거나 영세업체로부터 물품을 현금으로 매입하는 경우에 해당한다고 볼 수 있을 정도로 낮은 비율이다.

• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2. 지출증빙서류 미수취 가산세가 연도별 한도인 50,000,000원으로 산정되어야 하 는지 구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되어 2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제49조 제1항 제2호는 법인세법 제76조 제5항 등의 가산세에 대하여는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원을 한도로 한다고 규정하면서, 그 제1항 단서에서 ‘해당 의무를 고의적으로 위반한 경우’에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 살피건대, 갑 제32호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면, 이 사건 각 부과처분 중지출증빙서류 미수취 가산세 부분은 2011년도 102,247,407원, 2012년도 192,645,430원, 2013년도 155,661,378원인 사실을 인정할 수 있다. 그런데 앞서 든 각 증거에 의하여 알 수 있는 것처럼 이 사건 쟁점품목을 비롯한 일부 매입 부분에 관한 원고의 증빙서류 미수취는 다수의 거래처와 관계에서 장기간의 거래에 걸쳐 빈번하게 이루어졌고, 그 경위도 영세업체와 현금 거래를 하며 현금영수증 또는 세금계산서 수취를 생략하는 등 원고의 평소 거래행태에 기인한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고의 쟁점사업연도 거래에 관한 지출증빙서류 미수취는 구 국세기본법 제49조 제1항 단서의 ‘해당 의무를 고의적으로 위반한 경우’에 해당한다고 할 것이므로, 같은 항 본문의 가산세 한도를 적용할 수 없다고 할 것이다. 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 원고 대표이사 이○○에 대한 상여처분액 산정에 관하여

• 가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조는 ‘제66조 등에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.’고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호는 ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라, ① 귀속자가 주주등인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당, ② 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여, ③ 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출, ④ 귀속자가 그 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득으로 하되, ⑤ 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.’고 규정하고 있다.나) 살피건대, 갑 제12호증의 1 내지 3, 을 제32호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 쟁점사업연도에 관하여 원고의 대표이사 이○○에게 한 상여처분의 액수는 2011년도 2,485,693,990원, 2012년도 1,859,922,530원, 2013년도 3,127,108,000원 합계 7,472,724,520원인 사실, 그 중 2011년도 2,463,085,411원,2012년도 1,852,844,075원, 2013년도 1,485,182,599원은 이 사건 쟁점품목의 매출원가를 모두 가공매입이라고 보아 그 매출원가 및 그에 대응하는 신고 누락 매출액 부분에 관한 사외유출이 발생하였음을 전제로 상여처분액에 가산한 부분인 사실을 인정할 수 있다. 그런데 앞서 본 것처럼 이 사건 쟁점품목을 포함하여 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 내역은 신빙성 있는 장부 내지 증빙에 해당한다고 볼 수 있으므로, 이 사건 쟁점품목의 매출원가는 실제로 발생한 매입비용이라고 할 것이고, 이는 원고가 신고 누락한 매출액에 대응하는 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 매출액에서 지출되었다고 볼 수 있으므로, 이 부분에 관하여 소득의 사외유출이 발생하였다고 단정할 수 없다. 따라서 이 사건 쟁점품목의 매출원가를 모두 가공매입이라고 보는 것을 전제로 위와 같이 상여처분액에 가산한 2011년도 2,463,085,411원, 2012년도 1,852,844,075원, 2013년도 1,485,182,599원 부분은 ‘사외유출된 익금’이라고 볼 수 없어 소득처분의 대상이 된다고 할 수 없다. 따라서 이 부분은 쟁점사업연도에 관한 이○○에 대한 위 상여처분액에서 공제되어야 할 것인바, 이를 반영하면 위 상여처분액 중 2011년도 22,608,580원, 2012년도 7,078,450원, 2013년도 1,641,925,400원만 남게 된다. 한편 을 제10호증, 을 제32호증의 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 대표이사 이○○에 대한 위 상여처분액 중 2013년도 1,641,925,401원은 원고가2013년도에 주식회사 □□라는 업체로부터 위 금액 상당의 허위 세금계산서를 수취하였다는 사정에 기하여 이와 관련한 소득의 사외유출이 발생하였다고 보아 상여처분한 부분인 사실을 인정할 수 있으므로, 이 부분은 특별한 사정이 없는 한 정당한 상여처분액이라고 할 것이다.
• 다) 원고의 이 부분 주장은 일부 이유 있다.

4. 취소의 범위

• 가) 을 제32호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면, 위 1)항 및 2)항의 결론에 따라이 사건 쟁점품목을 포함하여 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 내역을 모두 신빙성 있다고 보아 이에 근거하여 쟁점사업연도 법인세액을 산출하면 쟁점사업연도 법인세액(가산세 포함)은 2011년도 267,983,492원, 2012년도 383,842,887원, 2013년도 395,374,396원인 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 각 부과처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나) 또한 위 3)항의 결론에 따르면 이 사건 각 소득금액통지 중 2011년도 소득금액 22,608,588원, 2012년도 소득금액 7,078,455원, 2013년도 소득금액 1,641,925,401원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.