일부 거래처는 사실과 다른 세금계산서에 해당하나, 그 외의 거래처에 대하여는 사실과 다른 세금계산서라 할 수 없음

사 건 2015구합954 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 ○○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2016.05.12. 판 결 선 고 2016.08.11.

1. 피고가 2013. 12. 1. 원고에 대하여 한, 2012년 2기분 부가가치세 가산세 00,000,000원 의 부과처분 중 가산세 00,000,000원을 초과하는 부분 및 2012 사업연도 법인세0,000,000원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 12. 1. 원고에 대하여 한 2012년 2기분 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함) 및 2012 사업연도 법인세 0,000,000원의 부과처분을 각 취소한다(소장 중 청구 취지 기재 ‘2013. 12. 31.’과 ‘2013년 2기분 부가가치세’는 을 제1, 2호증의 각 기재에 비추어 오기로 보이므로 위와 같이 정정한다).

• 가. 부가가치세 및 법인세 신고․납부 ⑴ 원고는 00시 00구 00동 00번지를 소재지로 하여 귀금속 및 비철금속 판매업 등을 목적으로 설립된 회사로 지은(순도가 90%인 은을 이르는 말)을 매입하여 판매하여 왔다. ⑵ 원고는 2012년 2기분 부가가치세 및 2012 사업연도 법인세를 신고․납부할 때 아래 [표1] 기재 매입거래처에 대한 거래내역과 같은 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 교부받아 공급가액을 매입세액으로 공제하고 손금에 산입하며, 아래 [표2] 기재 매출거래처에 대한 거래내역과 같은 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발행하여 이를 위 부가가치세 및 법인세 과세표준에 산입하여 위 부가가치세 및 법인세를 신고․납부하였다(이하 이 사건 매입․매출거래처를 칭할 때는 ‘주식회사’를 생략하고 ‘AA’와 ‘주식회사 AA’를 구분하기 위하여 ‘AA’는 ‘AA1‘로 ’주식회사 AA‘는 AA2’로 칭한다). [ 표 1 ] 순번 매입처 매수 금액 1 주식회사 BB 11 000 2 주식회사 CC 5 000 3 주식회사 DD 4 000 4 주식회사 EE19 000 합 계 000 [ 표 2 ] 순번 매출처 매수 금액 1 FF 4 000 2GG 41 000 3 주식회사 HH 2 000 4 II 주식회사 5 000 5 JJ 9 000 6 주식회사 KK 1 000 7 주식회사 LL 1 000 8 AA 1 000 9 주식회사 AA 1 000 합 계 65 000
• 나. 부가가치세 및 법인세 경정․고지 피고는 이 사건 매입․매출세금계산서가 실물거래 없이 발행된 것으로 보아, 그에 따른 매출액을 부인하는 한편, 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 2013.12. 1. 원고에게 2012년 2기분 부가가치세 00,000,000원(= 부가가치세 000원 ＋가산세 000원, 10원 미만 버림), 2012 사업연도 법인세 000원을 각 경정․고지하였다[이하 위 각 과세처분을 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 하고, 그중 부가가치세(가산세 포함) 부과처분은 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라고, 법인세 부과처분은 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라고 각 특정한다].
• 다. 전심절차 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 3. 28. 이의신청을 하였으나, 2014. 4. 25. 기각결정을 받았고, 2014. 7. 23. 심판청구를 제기하였으나, 2015. 3. 25. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는 경우 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장

1. 원고 주장의 요지 원고는 이 사건 각 거래처로부터 실제로 지은을 정상적으로 매입하여 이 사건 매입 세금계산서를 교부받고 매입한 지은을 정상적으로 공급하여 이 사건 매출세금계산서를 발행하였는바, 위 매입․매출세금계산서는 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608 호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항에서 정한 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다. 설령 이 사건 매입세금계산서의 공급자 등이 사실과 다르다고 하더라도 원고로서는 그러한 사실을 알지 못하였고 선관주의의무를 다하였으므로 이를 알지 못한 데 과실이 없어 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2. 피고 주장의 요지 원고는 이 사건 각 거래처로부터 실제로 지은을 매입한 바 없이 이 사건 매입세금계산 서를 교부받고 역시 지은을 매출처에 공급한 바 없이 이 사건 매출세금계산서를 발행한 것이므로, 이 사건 매입․매출세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당 한다.

• 나. 관계법령 별지1 기재와 같다.
• 다. 이 사건 매입․매출세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

1. 관련 법리 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우 의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원

1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀 속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하 며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유 로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세 법 제17조 제2항 제1호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두 13446 판결 등 참조).

2. 이 사건 매입․매출세금계산서 중 BB로부터 매입한 부분(위 [표1] 중 순번 1 부분)에 관하여

• 가) 앞서 든 각 증거에다가 을 제3 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, BB는 실제로 원고에게 지은을 공급하는 등 정상적인 영업을 영위한 것이 아니라 지은 관련 실물 거래에 필요한 세금계산서 등 자료만 구비해 주는 역할을 하는 이른바 ‘자료상’에 불과하였던 것으로 보이고, 갑 제16호증, 갑 제18호증, 갑 제22, 23호증, 갑 제28호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

① 행정소송에 있어서 형사재판에서 인정된 사실에 구속받는 것은 아니라 할지라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 행정소송에서 유력한 증거자료가 되고, 이 사건에서 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 있다고 할 만한 자료가 없으므로 이와 배치되는 사실을 인정하기 어렵다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 등 참조).

② 그런데 BB의 명의상 대표이사인 MM과 NN, OO(이하 ‘MM 등’이라 한다)은 ‘실제 지은 등 귀금속 거래를 하는 김PP를 배후에 숨기고 실거래를 가장하기 위해 BB로부터 세금계산서를 발급받은 업체들로부터 공급가액 상당액 및 부가가치세를 계좌로 송금받아 이를 전액 현금으로 인출하여 김PP에게 현금으로 지급함으로써 자금의 흐름을 파악할 수 없게 한 후, 단기간 내 BB를폐업하는 방법으로 김PP가 실제 공급하는 무자료 지은에 부가가치세가 부과되지 않도록 하고 김PP는 세금계산서 발급대가를 MM, NN, OO 측에 지급하기로 공모하여, 원고에게 2012년 제2기에 000,000,000원 상당의 지은을 공급한 것처럼 허위 세금계산서를 발급하였다’는 등의 범죄사실로 기소되어 유죄가 인정되었다[서울남부지방법원 2014고합225, 237(병합), 267(병합), 295(병합)]. 이에 MM 등이 사실오인과 양형부당을 이유로 항소하였으나, 항소심(서울고등법원 2015노57)은 MM 등의 사실오인주장은 배척하면서 양형부당 주장만 수용하여 MM 등은 각 일부 감형되었고 2015.9. 24. MM 등의 상고가 모두 기각되어 위 판결은 그대로 확정되었다(이하 위 판결을 ‘BB에 대한 형사판결’이라 한다).

• 나) 따라서 이 사건 매입세금계산서 중 BB가 발급한 세금계산서의 경우 실제로 지은을 공급한 것은 BB가 아닌 김PP 등 제3자로서 이는 공급자가 허위로 기재되어 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

3. 나머지 매입․매출세금계산서에 관하여

• 가) 을 제3 내지 11호증, 을 제13호증, 을 제15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 매입․매출세금계산서 중 BB로부터 매입한 부분을 제외한 나머지 거래에 관하여도 다음과 같이 통상의 거래 유형과 다른 사정들이 일부인정되기는 한다. ⑴ 원고의 대표자인 장PP은 2008. 1. 15.부터 00 00구 00동에서 ‘QQ’라는 상호로 전기기자재 등의 도․소매업을 하면서 은그래뉼(은 알갱이를 말한다)이 첨가되는 은 용접봉을 거래하다가 2011. 7. 20. 원고 회사를 설립하면서 00시 00구 00동 00번지로 이전하였고, 2013. 3. 28.자로 폐업하였다. ⑵ 장PP이 개인사업체를 영위할 동안 발생한 지은 거래로 인한 매출액은 2009년 제1기 260,000,000원, 2009년 제2기 363,000,000원, 2010년 제1기 338,000,000원, 2010년 제2기 465,000,000원, 2011년 제1기 532,000,000원, 2011년 제2기(20일 정도)105,000,000원에 불과하였으나, 원고를 설립한 이후부터는 2011년 제2기 매출액 약 21,794,185,000원, 2012년 제1기 매출액 약 6,343,066,000원으로 급격히 매출액이 증가하였다. ⑶ 원고 폐업 이전 00지방국세청이 원고의 사업장을 조사한 결과 당시 사업장에는 종업원 3명과 컴퓨터 3대가 있었고 별도로 지은 관련 보관창고는 없었으며, 지은수불부 등을 작성하여 보관하고 있지 아니하였다. ⑷ 00지방국세청장은, 원고의 지은 매입처 대부분이 자료상으로 고발되었고 지은 거래와 관련하여 일반적인 거래와 달리 매출처에 세금계산서를 먼저 발급한 후 매입처로부터 세금계산서를 수취하는 방식으로 세금계산서를 수수하였으며, 거액인 지은 거래대금 결제에 관하여 거래처의 재무상태나 신용이 확인되지 않거나 거래이행보증서 등도 없는 상태에서 매입은 외상으로 하고 매출처에 지은을 배달한 후 몇 분 뒤 매출 대금이 입금되면 바로 매입처로 매입대금을 송금하는 방식으로 거래하였다는 이유로, 원고가 지은 거래에 도관업체[폭탄업에(매출에 상응하는 매입 없이 단기간에 매출만 폭발적으로 발생시킨 후 부가가치세를 납부하지 않고 단기간에 폐업하는 업체)와 실제 매출처를 연결시키는 허위 업체로 마치 정상적으로 물건을 공급받은 것처럼 가장하고 자금을 세탁하는 업체]로 가담하여 2011년 제2기부터 2012년 제1기 과세기간 동안 허위 세금계산서를 수수하였다고 판단하여 원고를 조세범처벌법위반 등으로 고발하였다. ⑸ BB를 제외한 나머지 거래처에 관하여 다음과 같은 사정들이 추가로 인정된다.

① CC CC는 2008. 7. 2. 개업하였다가 2013. 3. 31. 폐업한 업체로 물량흐름 등으로 보아 비정상적인 거래로 판단되어 자료상으로 의심되는 업체이며, 현재 세금 2,287,672,060원을 체납하고 있는 상태이다.

② DD(변경 전 상호: 주식회사 RR, 이하 같다) DD는 1995. 1. 15. 개업하였다가 2013. 10. 22. 폐업한 업체로 2012년 제2기 과세기간 동안 SS, TT, UU로부터 지은을 매입하여 원고, VV, HH 등에 위 매입분을 판매하였는데, SS의 대표 VV(서울남부지방법원 2014고합172 판결)와 TT의 대표 WW[서울남부지방법원 2014고합194, 301 (병합)]은 DD에 지은을 공급한 사실이 없음에도 허위 세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 기소되어 유죄판결을 받았다. DD의 대표자 VV도 2012년 제2기 과세기간 동안 실제 지은을 공급받거나 판매한 사실이 없음에도 SS, TT, UU로부터 허위의 매입세금계산서를 발급받고 원고, VV, HH 등에게 허위 매출세금계산서를 발행하였다는 등의 범죄사실로 고발되어 기소되었다(서울남부지방법원 2014고합322). 특히 DD가 2012년 제2기에 발행한 세금계산서는 비정상적인 거래 흐름을 보이고 있어 허위 세금계산서로 의심이 되고, DD는 00세무서장이 DD와 원고 사이의 2012년 제2기 지은 거래 부분을 가공거래로 확정하여 부가가치세를 증액경정․고지하였음에도 위 부과처분에 불복하지 아니하여 그대로 확정 되었다.

③ XX XX는 2011. 4. 20. 개업하여 계속 영업을 하고 있으나, 2012년 제2기 매입물량과 매출물량의 흐름이 맞지 않고 매출대금이 입금된 후 바로 매입처에 위 대금이 입금되는 등 비정상적인 거래 흐름을 보이고 있어 발행한 세금계산서가 허위 세금계산서로 의심되는 업체이다.

④ FF FF는 2001. 11. 1. 개업하여 계속 영업을 하고 있으나, 원고가 FF에게 매출한 지은의 매입처는 모두 자료상으로 확정된 000일 뿐만 아니라 원고와 지은 거래를 하면서 FF로부터 매출대금이 입금된 후 바로 BB로 매입대금이 입금되는 등 비정상적인 거래 흐 름을보이고 있어 관련하여 발행된 세금계산서가 허위 세금계산서로 의심되는 업체이다.

⑤ GG GG은 2012. 10. 2. 개업하여 계속 영업을 하고 있으나, 원고가GG 대표자에게 급여를 지급한 것으로 확인되는 등 원고와 특수관계에 있는 회사로 보일 뿐 아니라 원고와 지은 거래를 하면서GG으로부터 매출대금이 입금된 후 바로 매입처에 매입대금이 입금되는 등 비정상적인 거래 흐름을 보이고 있어 관련하여 발행된 세금계산서가 허위 세금계산서로 의심되는 업체이다.

⑥ HH HH은 1993. 1. 3. 개업하여 계속 영업을 하고 있으나, 원고가 HH에게 매출한 지은의 매입처는 모두 자료상으로 확정된 BB일 뿐만 아니라 원고와 지은 거래를 하면서 HH으로부터 매출대금이 입금된 후 바로 BB로 매입대금이 입금되는 등 비정상적인 거래 흐름을 보이고 있어 관련하여 발행된 세금계산서가 허위 세금계산서로 의심되는 업체이다.

⑦ II II은 1999. 1. 1. 개업하여 계속 영업을 하고 있으나, 2012년 제2기 매입물량과 매출물량의 흐름이 맞지 않고 원고와 지은 거래를 하면서 II으로부터 매출대금이 입금된 후 바로 매입처에 위 대금이 입금되는 등 비정상적인 거래 흐름을 보이고 있어 발행한 세금계산서가 허위 세금계산서로 의심되는 업체이다. 또한, II은 00지방국세청이 II과 원고 사이의 2012년 지은 거래 부분을 가공매입으로 확정하여 법인세를 증액경정․고지하였음에도 위 부과처분에 불복하지 아니하여 그대로 확정되었다.

⑧ JJ, AA1, 2 YY은 JJ와 AA1을 운영하다가 위 두 업체를 사업포괄양도로 폐업하고 AA2를 설립하여 계속 영업을 하고 있으나, 원고와 지은 거래를 하면서 JJ, AA1, AA2로부터 매출대금이 입금된 후 바로 매입처에 매입대금이 입금되는 등 비정상적인 거래 흐름을 보이고 있어 관련하여 발행된 세금계산서가 허위 세금계산서로 의심되는 업체이다.

⑨ KK 원고가 KK에 매출한 지은의 매입처는 모두 자료상으로 확정된 000이므로 이와 관련하여 발행된 세금계산서가 허위 세금계산서로 의심된다.

• 나) 그러나 앞서 본 법리에다가 앞서 든 증거와 갑 제3 내지 28호증, 을 제12호증, 을 제14호증, 을 제16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 위에서 본 사정들만으로는 원고가 BB를 제외한 나머지 거래처로부터도 실제로 지은을 매입한 바 없이 그 매입세금계산서를 교부받고, 실제로 지은을 공급한 바 없이 이 사건 매출세금계산서를 발행한 것이라고 단정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. ⑴ 00지방국세청장은 원고가 도관업체로 2011년 제2기부터 2012년 제1기 과세기간 동안 실물 거래 없이 허위의 매입세금계산서를 수수하거나 허위 매출세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 고발하였으나, 검사는 ‘원고를 비롯한 거래업체가 모두 실물거래라고 주장하고 제출된 금융거래내역이나 소명자료가 그 주장에 부합하며 총 6개의 매입처 중 3개 매입처와 매출처 모두 계속사업자로 정상 영업 중인 사실이 인정되고 달리 피의사실을 인정할 증거가 없다’는 이유로 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분 을 하였다(수원지방검찰청 성남지청 2013년 형제7752호). ⑵ 원고는 이 사건 매입․매출세금계산서 작성 당일 매출처로부터 세금계산서상 공급가액 및 세액 전액을 원고 법인계좌로 송금받아 CC 등 매입처의 통장 계좌에 송금하여 주었다. 피고가 지적하는 바와 같이 원고가 매입처로부터 세금계산서를 교부받고 매출처들에게 세금계산서를 발행한 후, 같은 날 매출처로부터 매출대금을 송금받아 매입처에 매입대금을 송금해 준 것은 사실이나, 일반적으로 지은 거래는 거래회전이 빠르고 이윤율이 낮아 장기간의 외상거래는 불가능하고 현장에서 검수를 거친후 바로 대금을 지급하는 방식으로 거래가 이루어지는 특징이 있고, 실제 일련의 거래가 단시간 내에 이루어진 것이라면 이 사건 거래방식이 일반적인 거래와 다르다는 사정만으로 원고가 도관업체 또는 자료상 역할을 하였다고 단정하기 어렵다. ⑶ 원고는 지은을 매입하면 보통 당일 매출처나 가공업체에 공급하는 점, 지은은 10㎏ 단위로 포장되고 그 부피는 1ℓ 정도 되어 300㎏의 지은은 원고의 업무용 승용차 트렁크에 충분히 실을 수 있을 정도로 부피가 크지 않은 점 등에 비추어 보면, 이와 같은 이유로 사업장에 별도로 지은 보관창고를 설치하지 않았다는 원고의 주장은 일응 수긍할 수 있다. ⑷ 원고는 지은을 매입하면서 검수절차를 거치지 않은 이유에 대하여 지은은 거래회전이 빠르고 매출처에서 검수절차를 거쳐 정상인 경우 매출대금을 지급하기 마련이어서 문제가 있으면 대금 지급 전 바로 매출처에게 반품을 하면 되므로 별도로 자체적인 검수절차를 거치지 않은 것이라고 변소하는바, 그 변소가 전혀 수긍할 수 없는 비합리적인 것이라 단정하기 어렵다. ⑸ 원고와 거래한 업체 중 CC, DD는 폐업한 업체이나 나머지 업체들은 현재도 정상적으로 운영 중인 회사이고, 피고 측은 이 사건 처분 이후00000000에 대한 조사결과 FF를 선의의 거래당사자로 확정하였으며, 원고와GG, JJ 사이의 지은 거래를 정상 거래로 확정하기도하였다. ⑹ 원고는 실물 공급이 있었다는 점을 뒷받침할 만한 증거로 각 거래의 입․출고시 사무실 cctv 캡쳐 사진과 배달차량사진, 매입․매출원장, 발주서, 인계․인수증,거래명세서, 품목별 입출고 현황 등을 제출하고 있고, 이 사건 각 매입․매출세금계산서의 거래 내역과 위 자료에 나타난 거래 일시 등이 상당 부분 일치하는 정황이 나타난다. ⑺ 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 거래처에게 지은을 시세보다 저렴하게 공급하였다거나 이윤을 전혀 남기지 않았다고 인정하기에 부족하고, 매출처로부터 받은 대금을 즉시 현금으로 인출하는 등 지은의 실제 공급자가 다른 업체이고 원고는 이를 운반한 것에 불과하다고 의심할 만한 뚜렷한 사정을 찾기 어렵다. ⑻ 원고는 이 사건 매입세금계산서에 나타난 지은 매입분 상당량을 임가공업체인 00금속공업과 000 등에게 임가공 하도록 한 뒤 다시 판매하였는데, 그 과정에서 00금속공업의 관리창고에 원고가 매입한 지은을 보관하도록 하였으며, 000로부터 지은의 임가공을 맡기면서 물품 인수․인계증(갑 제3호증)을 수취하기도 하였다. 원고는 위 임가공 거래와 관련하여 00금속공업과 000에게 정상적으로 세금계산서를 발급하고 관련 부가가치세를 신고․납부한 것으로도 보인다. ⑹ 나아가 원고와 BB를 제외한 나머지 거래처들 사이의 개별적인 지은거래와 관련하여 다음과 같은 제반사정이 인정된다.

① CC 원고가 CC로부터 매입한 5건의 지은 거래 중 2건은 CC로 하여금 임가공업체인 00금속공업 주식회사(이하 ‘00금속공업’이라 한다)에 직접 납품하도록 하여 임가공한 후 판매한 것으로 보인다. 피고는 CC가 자료상으로 고발된 업체로부터 지은을 매입하여 판매하였다는 점을 근거로 그 거래의 연장선상에 있는 CC와 원고 사이의 거래도 비정상적인 거래에 해당할 여지가 많다는 취지로 주장하나, CC의 지은 매입처가 자료상으로 확정되었다고 하여 그러한 사정만으로 원고가 CC로부터 수취한 매입세금계산서까지 실물 거래를 동반하지 않은 가공의 세금계산서라고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 자료가 없다.

② DD 원고가 DD로부터 매입한 지은은 전부 청화은, 은관, 저온특수용접봉 등으로 제조한 후 판매하기 위하여 매입한 것으로, 원고는 임가공업체인 00금속공업과 00000에 위 지은을 임가공하도록 한 후 판매한 것으로 보인다. 게다가 DD의 대표자 VV는 앞서 본 바와 같이 2012년 제2기 과세기간 동안 실제 지은을 공급받거나 판매한 사실이 없음에도 허위의 매입세금계산서를 수취하거나 허위의 매출세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 기소되자(서울남부지방법원 2014고합322), 형사재판과정에서 기소된 가공거래는 모두 실거래로 허위의 세금계산서를 발급받거나 발급한 사실이 없다고 다투었다. 그 결과 VV는 위 법원에서공소사실 중 2012년 제2기에 UU로부터 공급가액 합계 637,154,513원 상당의 허위 매입세금계산서를 발급받았다는 점과 원고 등에 공급가액 합계 4,028,764,497원 상당의 허위 매출세금계산서(위 [표1] 순번 3 부분 포함)를 발급하였다는 점 등에 대하여, ‘제출된 증거로 부가가치세 조사종결 보고서와 자료상 조사 종결보고서 등 위 거래가 허위 거래라고 판단한 이유를 기재한 서류가 전부이므로 위 증거들만으로는 공소사실을 인정하기 부족하다’는 이유로 무죄를 선고받았고, 위 제1심 판결 중 무죄부분에 대하여 검사가 항소(서울고등법원 2015노316)하였으나, 항소기각 되었으며(다만 제1심판결 중 유죄부분에 대한 VV의 양형부당 주장이 인용되어 유죄 부분과 1죄의 관계에 있는 무죄부분도 같이 파기되 었다), 검사의 상고(대법원 2015도4678)도 기각됨으로써 위 판결은 그대로 확정되었다. 피고는 DD가 TT, SS로부터 실물 거래 없이 지은을 공급받았음에도 허위의 세금계산서를 발급받았다는 사정을 근거로 그 거래의 연장선상에 있는 DD와 원고 사이의 거래도 비정상적인 거래에 해당할 여지가 많다는 취지로 주장하나, DD의 지은 매입처가 자료상으로 확정되었다고 하더라도 그러한 사정만으로 원고가 DD로부터 수취한 매입세금계산서까지 실물 거래를 동반하지 않은 가공의 세금계산서라고 단정할 수 없으며, 달리 이를 인정할 자료가 없다.

③ XX XX는 2011. 4. 20. 개업하여 계속 영업을 하고 있는 것으로 보아 통상적 인 자료상과 달라 보이고, 원고가 XX로부터 매입한 지은은 전부 청화은, 은관, 저온특수용접봉 등으로 제조한 후 판매하기 위하여 매입한 것으로, 원고는 임가공업체인 00금속공업과 00000, 주식회사 00000화학(이하 ‘00000화학’이라 한다) 에 위 지은을 임가공하도록 한 후 판매한 것으로 보인다. 게다가 XX는 XX의 거래가 가공거래라는 00지방국세청의 조사결과에 불복하여 2014. 11. 24. 조세심판원에 심판청구하였고 2016. 1. 21. 재조사결정을 받았다.

④ FF FF의 증액경정처분에 대한 불복과정에서 원고와 0000000000 사이의 지은 거래에는 실물 공급이 있었던 것으로 확인되었다. 피고는 위거래에 실물 공급이 있었던 것으로 확인되자 실제로 그 지은을 공급한 자는 원고가 아닐 것이라는 취지로 주장하나, 실제 공급자가 누구인지에 관하여 전혀 밝히지 못하고있다. 게다가 원고가 BB로부터 매입한 지은 거래가 위장거래였다는 사정만으로 그 거래의 연장선상에 있는 원고와 FF 사이의 거래가 실물 공급 없는 가공거래라고 추단되는 것은 아니다.

⑤ GG GG에 대한 00세무서의 조사결과 원고와GG 사이의 지은 거래는 정상거래인 것으로 확정되었다.

⑥ HH 원고가 BB로부터 매입한 지은 거래가 위장거래였다고 하여 그 거래의 연장선상에 있는 원고와 HH 사이의 거래까지 실물 공급 없는 가공거래라고 추단되는 것은 아니며, 달리 이를 인정할 자료가 없다.

⑦ II II에 대한 매출은 모두 원고가 임가공한 제품을 판매한 것이고, 0000가 자료상으로 의심된다고 하여 그 거래의 연장선상에 있는 원고와 II 사이의 거래가 가공거래라고 단정하기는 어렵다.

⑧ JJ, AA1, 2 JJ, AA1, 2에 대한 지은 공급은 모두 원고가 임가공한 제품을 판매한 것이고, JJ에 대한 00세무서의 조사결과 원고와 0000000 사이의 지은 거래는 정상 거래인 것으로 확정되었다.

⑨ KK 원고가 BB로부터 매입한 지은 거래가 위장거래였다고 하여 그 거래의 연장선상에 있는 원고와 HH 사이의 거래까지 실물 공급 없는 가공거래라고 추단되는 것은 아니며, 달리 이를 인정할 자료가 없다.

⑩ LL 원고와 LL 사이의 지은 거래가 실물 공급 없는 가공거래라고 볼 만한 사정에 대하여 구체적인 자료가 전혀 제출되어 있지 않다.

• 다) 따라서 이 사건 매입․매출세금계산서 중 BB로부터의 매입분을 제외한 나머지 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
• 라. 원고가 ‘선의․무과실의 거래당사자’인지 여부 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산 서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없 는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의 위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하 는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조). 원고가 이 사건 매입세금계산서 중 BB로부터 교부받은 매입세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’임은 앞서 본 바와 같고, 갑 제16호증, 갑 제18호증, 갑 제22,23호증, 갑 제28호증의 각 기재 또는 영상만으로는 원고가 이 부분 매입세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 이 부분 매입세금계산서가 허위임을 알았거나, 적어도 조금만 주의를 기울였으면 위 세금계산서가 허위로 작성된 것임을 알 수 있었다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① BB는 원고와 거래를 하기 직전인 2012. 5. 18.경 개업한 업체로 000000의 대표 MM은 BB 개업 전 지은 거래 관련 업무를 전혀 해 본적이 없다. 그럼에도 원고는 BB와 단기간 거래를 집중하면서 2012년 제2기 과세기간 동안에만 668,420,000원 상당의 지은을 매입하였다.

② 원고는 이와 같이 새로운 거래처와 거액의 지은거래를 하면서도 해당 업체의 실지 사업여부를 확인하기 위하여 사업자등록증 사본, 법인인감증명서, 통장 사본, 명함 등의 서류를 징구하였다거나 사업장 방문이나 탐문 등을 하였다고 볼 만한 자료를 전혀 제출하지 않고 있는바, 위 매입처가 실제로 매출․매입을 발생시킬 수 있는 사업자가 맞는지 확인해 보기 위한 노력을 제대로 하지 않은 것으로 보인다.

③ 원고의 대표자 장PP은 2008. 1. 15.부터 은그래뉼이 첨가되는 은 용접봉을 거래하여 오면서 지은의 정상적인 구조와 유통경로, 해당 업계의 일반적인 거래형태나 방식, 자료상 거래의 실태와 위험성을 잘 알고 있었을 것으로 보인다.

• 마. 취소의 범위

1. 납세의무자가 세법의 규정에 의해 부담하는 납세의무를 확정짓는 절차로서 과세 관청이 그 과세표준과 세액을 구체적으로 산출, 결정하게 되는 과정에 있어 과세관청 의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당세액 범 위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 등 참조). 한편, 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이므 로, 징수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 가산세부과처분은 본세의 부과처분과 별개의 과세처분인바, 정당한 본세액이 과세관청이 부과·고지한 본세액에 미달하는 경우, 정당한 가산세액이 과세관청이 부과·고지한 가산세액을 초과하고 이를 정당한 본세액에 합산한 총액이 과세관청이 부과·고지한 총세액(본세와 가산세액을 합 산한 것)을 초과한다고 하더라도, 본세에 관한 부과처분이 정당하다고 할 수 없다(대법 원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결 등 참조). 이러한 법리는 정당한 가산세액이 과세관청이 부과․고지한 가산세액에 미달하는 경우 가산세에 관한 부과처분의 적법여부판단에도 동일하게 적용된다고 봄이 상당하다.

2. 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소 범위 이 사건 매입․매출세금계산서 중 BB로부터 매입한 부분을 제외한 나머지 부분은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 에서 정한 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 보기 어려움은 앞서 본 바와 같다. 앞서 본 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 매입․매출세금계산서 중 BB로부터 매입한 세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서가 실물 거래가 동반되어 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 않는다고 하더라도 BB로부터 수취한 매입세금계산서가 위장거래로 인한 허위의 세금계산서로 인정되는 이상, 000000와 관련된 매입세금계산서에 대한 매입세액 공제가 부인되므로, 이를 기초로 2012년 2기분 부가가치세(본세)의 정당한 세액을 계산하면 별지2 표 제1항 중 ‘본세액 계’란 기재와 같이 00,000,000원이 되므로, 피고가 2012년 2기분 부가가치세(본세)로00,000,000원을 증액경정․고지한 것은 위에서 본 정당한 세액 범위 내에 있는 것이어서 적법하다. 다만, 피고는 원고에 대하여 2012년 2기분 부가가치세 가산세로 00,000,000원을 부 과하였는데, 앞서 본 사실관계를 기초로 정당한 가산세액을 계산하면, 별지2 표 제1항 중 ‘가산세액계’란 기재와 같이 00,000,000원이 되고, 정당한 가산세액이 과세관청이 부과·고지한 가산세액에 미달하는 경우 정당한 본세액이 과세관청이 부과·고지한 본세액을 초과하고 이를 정당한 가산세액에 합산한 총액이 과세관청이 부과·고지한 총세액 (본세와 가산세액을 합산한 것)을 초과한다고 하더라도, 가산세에 관한 부과처분이 정 당하다고 할 수는 없으므로, 위 2012년 2기분 부가가치세 가산세 00,000,000원의 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 본세 부분은 정당한 세액 범위 내에 있어서 적법하고, 가산세 00,000,000원의 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 이 사건 법인세 부과처분 이 사건 매입․매출세금계산서 중 BB로부터 매입한 부분을 제외한 나머지 부분은 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 보기 어려움은 앞서 본 바와 같다. 피고는 원고가 BB로부터 수취한 매입세금계산서를 가공매입으로 보고 이 사건 법인세 부과처분을 하였으나, 앞서 본 BB에 대한 형사판결에서 인정된 사실에 의하면 원고와 BB 사이의 지은 거래는 가공매입이 아닌 실물 거래를 동반한 위장매입인 것으로 확인되고 위장매입의 경우 가공매입과 달리 원고가 000000로부터 수취한 매입세금계산서 상당액이 손금에 산입되어야 하므로, 이를 기초로 2012 사업연도 법인세의 정당한 세액을 계산하면 별지2 표 제2항 중 ‘총부담세액’란기재와 같이 0원이 되므로, 피고가 2012 사업연도 법인세로 0,000,000원을 증액경정․고지한 것은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.