bot방식의 경우 건물가액이 후불임대료에 포함되는지 여부 및 포함되는 경우 임대료 산정방식

사 건 인천지방법원2015구합50256 (2015.10.29) 원 고 인천0000공사 피 고 00세무서장 변 론 종 결 2015.08.27. 판 결 선 고 2015.10.29.

1. 피고가 2013. 9. 6. 원고에 대하여 한 2008년 제2기분 부가가치세 0원, 2009년 제1기분 부가가치세 0원의 각 경정거부처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 10분의 9는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 9. 6. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 0원, 2009 사업연도 법인세 0원, 2010 사업연도 법인세0원, 2011 사업연도법인세 0원, 2012 사업연도 법인세 0원, 2008년 제2기분 부가가치세 0원, 2009년 제1기분 부가가치세 0원의 각 경정거부처분을각 취소한다.

• 가. 원고는 운수관련 서비스업을 영위하는 내국법인 사업자이다. 원고는 별지 [표1] 기재와 같이 주식회사 000 호텔 네트워크 등의 법인(이하 ‘이 사건 임차인들’이라 한 다)과 사이에 인천0000 국제업무지역 내 업무용시설의 설계·시공·분양과 관련하여 이 사건 임차인들이 위 지역 내의 원고 소유 토지에 건축시설(이하 ‘이 사건 건축물들’ 이라 한다)을 준공하여 그 사용기간 동안 운영하면서 토지사용료(임대료)를 지급하고, 그 사용기간 만료 이후에는 이 사건 건축물들을 원고에게 이전하는 내용의 호텔시설사 업 실시협약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 실시협약’이라 한다).
• 나. 원고는 이 사건 건축물들의 신축가액을 토지사용기간으로 안분한 금액을 법인세 의 익금에 산입하고 부가가치세의 과세표준으로 삼아 2008 사업연도부터 2012 사업연 도까지의 각 법인세 및 2008년 제2기분, 2009년 제1기분 각 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 다. 피고는 2013. 6. 21. 원고에게 이 사건 실시협약의 다른 과세기간(2003, 2004 사 업연도 법인세, 2003년 제2기분부터 2007년 제2기분까지 부가가치세)에 대하여 이 사 건 건축물들의 토지사용기간 종료시의 가액을 0원으로 평가한 후, 그 가액을 토지사용기간으로 안분한 금액을 기준으로 위 과세기간에 대한 각 법인세 및 각부가가치세를 부과하였다.
• 라. 그러자 원고는 2013. 6. 24. 이 사건 건축물들의 신축가액을 기준으로 신고·납부 한 2008 사업연도부터 2012 사업연도까지의 각 법인세 및 2008년 제2기분, 2009년 제1기분 각 부가가치세에 대하여 이 사건 건축물들에 대한 토지 임대료 징수액에 해당하는 세액을 제외한 나머지 부분의 환급을 구하는 경정청구를 하였다(별지 [표2]의 ‘경정청구세액’).
• 마. 피고는 2013. 9. 6. 위 경정청구에 대하여 이 사건 건축물들의 토지사용기간 종 료시 가액을 토지사용기간으로 안분하고, 여기에 원고가 실제 징수한 토지 임대료를 합산하는 방법으로 각 과세기간별 임대료를 산정하여 2008 사업연도부터 2012 사업연 도까지의 각 법인세 및 2008년 제2기분, 2009년 제1기분 각 부가가치세를 정하고, 원 고가 신고‧납부한 세액과의 차액을 감액하는 내용의 일부 감액경정결정을 하였다(별지 [표2]의 ‘일부 감액‘, 이하 감액경정되지 않고 남은 부분을 ’이 사건 거부처분‘이라 한 다).
• 바. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2013. 11. 25. 조세심판원에 심판을 청구하 였으나, 2014. 10. 28. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 적정한 수준의 토지 임대료를 실제로 수령하였고, 이 사건 건축물들에 대한 토지사용기간이 만료한 이후 이 사건 건축물들의 소유권을 이전받기로 약정한 것 은 철거를 용이하게 하기 위한 수단에 불과할 뿐 이 사건 건축물들의 가치를 취득하기 위한 것이 아니므로, 이 사건 건축물들의 소유권이 차후에 원고에게 이전되는 것에 토 지 임대료의 후불지급 성격이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사 건 거부처분은 위법하다.

2. 이 사건 건축물들에 대한 토지사용기간 만료 시점은 각종 법령상에 정한 내용 연수가 만료한 후임에도 그 때의 시가를 신축가액의 약 37%로 높게 평가한 것은 실제 가치를 반영하지 못한 것으로서 부당하고, 이 사건 건축물들의 가치평가에 사용된 재 조달원가법은 당해 건축물을 새로 신축하거나 조성하는 것을 전제로 한 가격산출 방법 이므로, 이러한 방식에 의해 평가된 금액을 기준으로 한 이 사건 거부처분은 위법하다.

3. 가사 이 사건 건축물들의 소유권을 이전하기로 약정한 것에 임대료의 후불지급 성격이 있다고 하더라도, 이는 토지임대용역을 공급하고 금전 이외의 대가를 받는 경 우에 해당하므로 부가가치세에 있어서는 부가가치세 과세기간 별로 원고가 실제로 공 급한 토지임대용역 중 이 사건 건축물들의 이전과 대가관계 있는 부분의 시가를 부가 가치세의 과세표준으로 삼아야 하며, 이와 달리 이 사건 건축물들의 시가 안분액을 과 세표준으로 삼을 수는 없다. 이 점에서도 이 사건 거부처분 중 각 부가가치세 부분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 건축물들의 잔존가액의 대가성 여부 갑 제2 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실을 종합하면, 원고는 이 사건 건축물들에 대한 토지사용기간이 만료 된 이후 여전히 상당한 가치를 보유할 것으로 예상되는 이 사건 건축물들의 소유권을 취득하기로 약정하였고(감정결과에 대한 판단은 아래 참조), 이 사건 실시협약에서는 이 사건 건축물들에 대한 원고의 소유권 취득과 이 사건 임차인들이 원고와 협의하여 이 사건 건축물들을 계속하여 사용할 수 있다는 점에 관하여만 규정하고 있을 뿐 이 사건 건축물들의 철거에 관하여는 아무런 규정이 없으며, 원고가 아무런 반대급부 없 이 이 사건 건축물들의 소유권을 취득하기로 약정하였다고 보기는 어려우므로, 원고가 이 사건 건축물들의 부지에 대한 임대료를 별도로 수령하였다고 하더라도 이 사건 실 시협약에서 원고가 이 사건 건축물들의 소유권을 취득하기로 약정한 것은 이 사건 건 축물들의 부지에 대한 토지 임대와 실질적인 대가관계에 있는 것으로서 토지 임대료의 후불지급에 해당한다고 봄이 상당하다.

① 이 사건 실시협약에서는 이 사건 건축물들에 대한 토지사용기간이 종료됨과 동시에 이 사건 건축물들의 소유권이 원고에게 귀속된다고 정하면서, 이 사건 임차인 들이 토지사용기간 종료 후 이 사건 건축물들을 계속하여 사용, 수익코자 할 경우에는 원고와 협의하여 사용하도록 정하였다(제6조).

② 이 사건 실시협약은 토지사용기간의 만료와 함께 종료하고, 토지사용기간이 만료되는 경우 이 사건 임차인들은 토지사용기간 만료일 6개월 전에 이 사건 건축물들 에 대하여 원고가 지정하는 자와 공동으로 시설점검을 실시하도록 약정하였다(제116 조).

③ 이 사건 실시협약에서는 위와 같이 이 사건 건축물들의 소유권 귀속에 관하 여 규정한 것과 별도로 이 사건 임차인들이 원고에게 토지의 공시지가에 1,000분의 50을 곱한 금액을 연간 토지사용료로 지급하기로 정하였다.

④ 원고가 이 사건 건축물들에 대한 감정평가를 의뢰한 결과 이 사건 건축물들 은 토지사용기간이 경과한 이후에도 신축가액의 약 37%의 가치를 보유하고 있을 것으 로 평가되었다.

2. 이 사건 건축물들에 대한 감정평가의 타당성

• 가) 감정평가사와 토지, 건물, 동산 등 재산과 권리의 감정평가에 관한 사항 등을 규정하고 있는 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률은 제31조에서 토지 등의 감 정평가에 있어서 그 공정성과 합리성을 보장하기 위하여 감정평가업자가 준수하여야 할원칙과 기준을 국토교통부령으로 정하도록 하고 있고, 그에 따라 감정평가에 관한 규칙은 감정평가업자가 감정평가를 할 때 준수하여야 할 원칙과 기준을 규정하고 있다. 감정평가에 관한 규칙 제11조에서는 감정평가업자는 원가방식, 비교방식, 수익방식에 따라 감정평가를 한다고 규정하고, 제15조에서는 감정평가업자는 건물을 감정평가할 때에 원가법을 적용하여야 하고, 원가법에 따라 건물을 감정평가할 때에는 재조달원가산정, 감가수정의 순서에 따라야 한다고 규정하고 있다.
• 나) 갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 건축물 들에 대한 감정평가를 의뢰한 사실, 한국감정원의 감정평가사 윤00은 조사 시점의 이 사건 건축물들에 대한 재조달원가를 기준으로 생산자물가상승률, 건설공사비사승률 등을 감안하여 토지사용기간 만료 시점의 재조달원가를 산정한 후 감가수정을 하는 방 법으로 이 사건 건축물들의 토지사용기간 만료 시점의 가치를 000원으로 평가한 사실, 위 감정인은 평가액의 결정방법에 관하여 감정평가에 관한 규칙 제15조 에서 정한 건물의 평가방법인 원가방식에 따라 이 사건 건축물들의 가치를 평가하였 고, 일반적인 집합건물에 대한 감정평가와는 달리 토지를 제외한 건물만을 평가하여야 하는 점과 장기간이 경과한 후의 유사 사례, 순수익을 산정하기 어려운 점을 고려하여 비교방식, 수익방식의 평가방법을 취하지 않았다는 의견을 밝힌 사실을 인정할 수 있
• 다. 위 인정사실을 감정평가방법에 관한 위 법규의 규정에 비추어 볼 때 이 사건 건축물 들에 대한 가치산정에 잘못이 있다고 보이지 않는다. 원고가 주장하는 건물의 내용연 수는 보수주의 회계원칙하에 건물에 대한 감가상각 등을 조기에 비용으로 계상하기 위 한 목적의 수치로서 실제 건물의 수명을 제대로 반영하는 것은 아니므로, 위 내용연수 의 만료를 이유로 이 사건 건축물들에 대한 감정평가액이 과다하다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 거부처분 중 각 법인세에 대한 부분에 관한 판단 가) 법인세법 제40조 제2항 의 위임에 의한 법인세법 시행령 제71조 제1항 은 “자 산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도 로 한다. 다만, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응 하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일’을 규정하고 있으며, 법인세법 제41조 제1항 제3호 의 위임에 의한 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항은 제1호 내지 제5호 1) 에서 매입자산, 자가 제조·생산·건설 자산, 현물출자에 의한 자산·주식 등의 취득가액 산정방법을 규정한 다음, 제6호 2) 에서 앞 호에서 규정한 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다고 규정하고 있다.

• 나) 원고가 이 사건 건축물들에 대한 토지사용기간 만료 후에 이 사건 건축물들 의 소유권을 취득하는 것이 이 사건 건축물들의 부지에 대한 토지 임대료의 후불지급 에 해당한다는 점은 앞에서 본 바와 같으므로, 앞서 본 규정에 의하면 이 사건 거부처 분의 대상이 된 각 법인세의 과세표준을 산정함에 있어서는 법인세법 시행령 제71조 제1항 단서 및 제72조 제1항 제6호(개정 전 제5호)에 의하여 토지사용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가 중 그 사업연도에 대응하는 부분을 익금에 산입하여야 한다 (대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조). 따라서 같은 취지에서 한 이 사건거부처분 중 각 법인세에 대한 부분은 잘못이 없다.

4. 이 사건 거부처분 중 각 부가가치세에 대한 부분에 관한 판단

• 가) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 본문은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다.”고 규정하면서, 제1호에서 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를, 제2호에서 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화또는 용역의 시가”를 각 규정하고 있다.
• 나) 원고가 이 사건 건축물들에 대한 소유권을 취득하기로 약정한 것이 이 사건 건축물들에 대한 토지 임대료의 후불지급 성격인 것은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 이 부분은 원고가 이 사건 건축물들의 부지인 토지의 임대 용역을 제공하고 금전 이외 의 대가를 받았다고 보는 것이 타당하다. 이러한 점을 앞서 본 규정에 비추어보면, 이 사건 거부처분의 대상이 된 각 부가가치세의 과세표준은 구 부가가치세법 제13조 제1 항 제2호에 의하여 산정하여야 할 것인데, 위 토지의 임대용역 중 이 사건 건축물들의 이전과 대가관계에 있는 부분의 시가를 따로 분리하여 산정하는 것은 곤란하므로, 원 고가 이 사건 임차인들로부터 현실적으로 지급받은 임대료 명목의 돈을 하한으로 하여 각 과세기간별로 당해 과세기간에 실제로 공급한 토지임대용역의 전체 시가를 과세표 준으로 삼을 수 밖에 없다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조). 그리고 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주 장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하 여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995.

4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 따라서, 이 사건 거부처분 중 각 부가가치세에 대한 부분은 각 과세기간에 실제로 공급한 토지임대용역의 시가를 과세표준으로 산정하여야 함에도 이 사건 건축물들에 대한 토지사용기간 만료 시점의 가액을 토지사용기간으로 안분한 금액으로 부가가치세 의 과세표준을 산정한 잘못이 있으나, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 정당한 과세표준을 산출할 수 없으므로, 이 사건 거부처분 중 각 부가가치세에 관한 부분 전부를 취소한다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다