종합부동산세 계산시 공제되는 재산세 상당액을 종합부동산세 공정시장가액비율 을 적용하는 것이 적정한지 여부

사 건 2013구합4174 종합소득세부과처분취소등 원 고

○○건설 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2015. 10. 8. 판 결 선 고

2015. 10. 22.

1. 피고가 2012. 11. 16. 원고에 대하여 한 2012년도 종합부동산세 5,615,020원의 부과 처분 중 3,828,423원을 초과하는 부분과 및 농어촌특별세 1,123,000원의 부과처분 중 765,684원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2012년도 종합부동산세 과세기준일인 2012. 6. 1. 당시 ○○시 ○○구 ○○ 동 ○○○-○번지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 보유하고 있었다.
• 나. 피고는 2012. 11. 22. 원고에 대하여 이 사건 토지에 대한 종합부동산세 5,615,020원, 농어촌특별세 1,123,000원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 피고는 종합부동산세법 제13조 제1항, 제14조 제3항에 따라 종합부동산세액을 계산하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항의 ‘종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재 산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’을 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식 중 작성요령에 따라 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 방법으로 계산하였고, 종합부동산세액 계산시 공제할 재산세액을 7,164,388원으로 산정하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐, 조세심판원에 심판청구를 하 였으나, 2013. 9. 16. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1, 2, 3 제3, 4호증, 을 제1 호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 피고는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분 에 대하여 부과된 재산세액에 다시 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다. 따라서 이 사건 처분 중 재산세액 을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하
• 다. 나. 관계법령 별지와 같다.
• 다. 판단 1) 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항 은 ‘토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액’을 ‘종합합산과세대상인 토지분 재산 세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합 산과세대상인 토지분의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 종합합산과세대상 인 토지분을 합산하여 종합합산과세대상인 토지분의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 ‘이 사건 시행령 산식’이라 한다)에 따라 각각 계산한 금액으로 하 도록 정하고 있다. 이는 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는데 그 취지가 있다. 따라서 위 규정에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법은 다음과 같다. 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세 기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산 식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부 과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산 세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중 복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다. 이러한 점을 종합하여 볼 때, 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 ‘(공 시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비율 (100분의 70)이 종합부동산세 공정시장가액비율(100분의 80)보다 적은 2012년도 종합 부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세 기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다(대 법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 참조).

2. 갑 제3, 4호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 토지의 2012년도 공시가격은 11,190,352,000원이고, 과세기준금액은 8,000,000,000원인 사실을 인정할 수 있으므로, 이를 근거로 2012년도 종합부동산세 및 농어촌특별세를 계산하면 아래와 같다.

(1) 종합부동산세 과세표준: 2,552,281,600원 [= (11,190,352,000원 - 8,000,000,000원) × 0.8)]

(2) 재산세액 공제 전 종합부동산세액: 12,761,405원

(3) 공제할 재산세액: 8,932,985원 [= (11,190,352,000원 - 8,000,000,000원) × 0.7 1) × 재산세율0.4%]

(4) 종합부동산세액: 3,828,420원 ((2) - (3))

(5) 농어촌특별세: 765,684원((4) × 0.2)

3. 위와 같은 종합부동산세 및 농어촌특별세의 계산에 의하면 피고가 이 사건 토 지에 대하여 부과한 종합부동산세 5,615,020원의 부과처분 중 3,828,420원, 위 종합부 동산세액을 과세표준으로 하여 계산한 농어촌특별세 1,123,000원 부과처분 중 765,680원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.