원고가 토지 임대용역 대가로 수취하는 것은 임대차계약 기간 종료시점의 건축물 시가이므로, 그 시점 시가를 평가하여 임대차계약기간 동안 안분계산하여 부가세 과세표준 및 법인세 익금산입함이 타당
원고가 토지 임대용역 대가로 수취하는 것은 임대차계약 기간 종료시점의 건축물 시가이므로, 그 시점 시가를 평가하여 임대차계약기간 동안 안분계산하여 부가세 과세표준 및 법인세 익금산입함이 타당
사 건 2013구합10971 법인세등부과처분취소 원 고 OOOO공항공사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결
2015. 4. 3. 판 결 선 고
2015. 4. 24.
1. 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 14,964,692,314원(경정금액)의 부과처분 중 14,306,036,990원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 7,778,325,345원(경정금액)의 부과처분 중 7,733,578,155원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 10분의 9는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 74,391,532,460원의 부과처분 중 74,015,120,062원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 18,231,548,060원의 부과처분 중 269,841,074원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 9,611,944,920원의 부과처분 중 5,520,914,777원을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 4,983,436,430원의 부과처분 중 1,356,007,691원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
1. 인정사실
2. 원고의 주장 이 사건 처분 중 이 사건 건축물들과 관련된 부분은 아래와 같은 이유로 위법하다.
3. 관계 법령 별지 제1 관계 법령(쟁점 1, 2) 기재와 같다.
4. 판단
1. 인정사실
2. 원고의 주장 원고는 골프장 운영 만료 시에 OOOOO에 대하여 골프장의 원상회복을 요구할 수 있으므로, 향후 원고가 원상회복을 통하여 공항시설로 활용할 것인지 그 골프장을 그대로 취득하여 활용할 것인지 등 미래용도가 전혀 확정되지 않았고, 특히 이 사건 골프장 인근지역에 제3터미널 건설이 예정되어 있어 향후 공항사업부지로 전용하기 위해 골프장 시설을 철거할 수 있고 계속하여 골프장으로 이용할 계획도 없다. 따라서 이 사건 골프장 조성비를 토지 사용에 대한 대가인 임대료로 보는 것은 권리의무 확정주의에 반한다. 나아가 이 사건 골프장 조성비는 원고가 아닌 별도의 골프장 조성용역 제공자가 OOOOO에게 용역을 제공한 대가로서 지급된 것이고, 해당 금원은 골프장 조성용역 제공자의 매출세액을 구성함과 동시에 OOOOO의 매입세액이 되는 구조이므로. 피고의 이 사건 처분은 위 골프장 조성용역과 관련된 부가가치의 창출 과정에 전혀 개입하지 않은 원고에게 해당가치 증가분 상당액을 원고의 OOOOO에 대한 토지임대용역 선수대가로 구성하여 과세한 것이라는 측면에서 부당하다.
3. 관계 법령 별지 제1 관계 법령(쟁점 1, 2) 기재와 같다.
4. 판단 갑 제6호증의 기재 및 위 인정사실, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① OOOOO는 이 사건 골프장 실시협약에 따라 원고로부터 토지를 임차하여 골프장을 운영하기 위하여 골프장 조성공사를 하였고, 이 사건 골프장 조성비는 구축물에 투입된 비용을 제외한 토지에 투입된 비용만을 포함하는 것으로서 골프장 조성공사로 인해 토지 가치가 증가되었으며, 이로 인하여 원고는 OOOOO에 이 사건 골프장에 대한 임대용역을 공급함으로써 골프장 용도로 임대하는 경제적 이득 및 자신 소유인 이 사건 골프장의 경제적 가치가 증가하는 이익을 대가로 얻고 있는 점, ② 이 사건 실시협약에 따라 OOOOO의 이 사건 골프장의 임대기간 만료 시까지 골프장 시설 등이 철거되지 않을 것은 거의 확정적인 점, ③ 갑 제7호증의 기재에 의하면, OOOO공항 건설기본계획도에서 이 사건 골프장 부지 인근 토지를 제3터미널 건설공사 부지로 지정하고 있는 사실이 인정되기는 하나 그러한 사정만으로는 이 사건 골프장이 원고의 제3터미널 건설공사에 의하여 향후 철거될 것이라고 단정할 수는 없고, 오히려 이 사건 골프장은 2005년경 OOOO공항 건설기본계획 당시 인터내셔널 비즈니스 센터구역 등으로 지정되어 있었으나 2009. 3. 제6차 OOOO공항 건설(3단계) 기본계획이 변경됨에 따라 그 지정이 없어진 점, ④ 원고의 내부품의서인 사업 실시협약변경안에 의하면 2020. 12. 31.까지 골프장의 운영을 중지할 가능성이 매우 적은 것으로 보고되었고, 원고가 2005. 10. 7. 제256회 정기국회 건설교통위원회에 제출한 국정감사요구자료에 의하면 원고가 OOOOO의 지분에 참여한 목적은 2020년 이 사건 골프장의 소유권이 원고에게 귀속되면 이를 운영하기 위한 노하우를 배우기 위하여서라고 답변하기도 한 점, ⑤ OOOOO가 이 사건 골프장 조성공사를 하지 않았다면 골프장의 운영이 불가능하여 원고는 향후 최소 1,474억 원의 임대료를 수령하지 못하였을 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 골프장 조성비를 부담하였다면 사회통념상 위 최소 임대료에 그 조성비용이 가산되었을 것이라고 봄이 합리적인 점 등을 종합하여 볼 때, 이 사건 골프장 조성비를 골프장 공사완료 시 받은 선수임대료로 보아야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 인정사실
2. 원고의 주장 이 사건 특별명예퇴직금은 명예퇴직하는 직원에게 일시적, 우발적으로 지급된 위로금 성격의 금원으로 영업외비용에 해당하여 손금산입의 대상임에도 불구하고, 이를 자산의 취득원가에 포함하여 손금부인한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 관계 법령 별지 제2 관계 법령(쟁점 3) 기재와 같다.
4. 판단 사용자가 근속기간과 평균임금을 산정기초로 삼는 퇴직금제도 외에 별도로 명예퇴직금제도를 두고 그에 따라 지급하는 명예퇴직금은 그 지급대상, 지급요건 및 산정방법 등이 다양하여 그 성격을 한 가지로만 규정할 수는 없는데, 장기근속자의 정년 이전 조기 퇴직을 유도하기 위하여 퇴직일부터 정년까지의 기간이 길수록 많은 금액이 지급되는 내용의 명예퇴직금제도를 설정하여 운영하는 경우, 그 명예퇴직금은 후불임금이라기보다는 조기 퇴직에 대한 사례금 또는 장려금적인 성격이 농후하다 할 것이다(대법원 2007. 11. 29. 선고 2005다28358 판결). 살피건대 갑 제8, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ① 원고의 이 사건 특별명예퇴직의 경우에는 7년 이상을 근속하고 정년을 1년 이상 남긴 일반직 직원 및 모든 계약직 직원(근속기간 제한 없음)을 대상으로 하는 것이어서, 당시의 2005. 1. 1.자 원고의 보수규정 제49조에 따른 일반적인 명예퇴직금 지급대상(20년 이상 근속하고 정년을 1년 이상 남긴 직원)과 다른 점, ② 원고가 이 사건 특별명예퇴직금을 지급하여 정년 전 퇴직을 장려하였던 것은 당시 정부의 지속적인 공기업 경영혁신 추진에 부응하고 원고의 장기적인 인력 순환 정체 해소 및 효율적인 조직운영을 도모하고자 한 것으로 2005년에 한하여 한시적으로 시행하고 신청 상황을 보아가며 향후 추가시행방안을 검토하기로 계획하였으며, 실제로 2005년 및 2006년에만 이루어진 점, ③ 원고는 특별명예퇴직 신청이 있으면 별도의 심사기준 없이 적용대상에 부합한 자의 신청을 가급적 모두 수용하고자 하였고, 실제로 2005년 신청자 44명 및 2006년 신청자 7명을 모두 특별명예퇴직 대상자로 선정하였던 점 등이 인정되는바, 이러한 사정에 비추어 보면 이 사건 특별명예퇴직금은 일시적, 우발적으로 지급된 위로금으로 봄이 타당하다. 따라서 피고의 이 사건 처분 중 이 사건 특별명예퇴직금을 건설자산의 취득가액으로 보아 법인세 과세표준 산정시 손금에 불산입한 부분은 위법하고, 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 부과처분 중 658,655,324원, 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 44,747,190원은 취소되어야 한다.
1. 인정사실
2. 원고의 주장 원고가 1단계 상수도공사의 사업비로 지출한 44,086,628,487원 전부가 수도시설이용권이라는 무형고정자산의 취득가액에 해당함에도 후에 2단계 상수도공사 완료 후 사업비 정산 시 상계예정인 정산금 22,916,700,000원에 대하여 감가상각을 부인한 이 사건 과세처분은 위법하다.
3. 관계 법령 별지 제3 관계 법령(쟁점 4, 5, 6) 기재와 같다.
4. 판단 갑 제10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 수도시설이용권을 취득하기 위하여 지출한 1단계 상수도공사 사업비 중 향후 상수도사업본부가 시행하는 2단계 상수도공사 사업비에서 상계형식으로 보전받을 예정인 이 사건 정산금 2,291,670,000원을 2003 내지 2007 사업연도 법인세 과세표준 산정 시 손금불산입하여 한 이 사건 처분은 적법하다.
① 사업비분담협약서에 의하면 원고와 상수도사업본부는 상수도 시설 사업비 중 1 단계분 정산은 협약으로 종결하고, 추후 건설예정인 공항송수관로 2단계 등 2단계 상수도공사 정산분을 구분하여 산정하기로 약정하였고, 2단계 상수도공사는 별도의 공사계약의뢰(조달청) 및 공사입찰공고를 거치는 바, 1단계 상수도공사 완료로 인해 취득한 수도시설이용권과 2단계 상수도공사 완료로 인해 취득하게 될 수도시설이용권은 서로 별개의 자산에 해당한다고 보아야 한다.
② 이와 같이 볼 경우 원고가 2001 사업연도에 취득하여 자산으로 계상한 무형고정자산은 공항용수공급 1단계 상수도공사에 따른 수도시설이용권이라 할 수 있다.
③ 원고가 1단계 상수도공사와 관련하여 자신이 분담하여야 할 사업비보다 22,916,700,000원을 초과하여 부담하였고, 다만 그 초과한 사업비는 2단계 상수도공사 후 사업비 정산 시 2단계 분담금과 상계하여 정산하기로 하였는바, 총공사비 67,745,000,000원에서 OOOO시가 분담한 금액과 2단계 공사 후 상수도사업본부로부터 지급받을 예정인 이 사건 정산금(상계 예정이다)을 제외한 나머지 금액만을 원고가 무형고정자산인 수도시설이용권을 취득하기 위하여 실제로 지출한 비용으로 보아야 한다.
1. 인정사실
2. 원고의 주장 이 사건 가설건축물은 독립적인 유형고정자산으로 보아야 하므로 이에 대한 감가상각비 및 처분손실은 손금으로 인정되어야 한다. 따라서 이를 부인한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 관계 법령 별지 제3 관계 법령(쟁점 4, 5, 6) 기재와 같다.
4. 판단 갑 16호증의 기재 및 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 가설건축물은 OOOO공항 1단계 건설산업단계에서 건설현장의 관리감독을 위하여 설치 및 운영했던 것으로 2003. 12. 1. 공항경찰대에 임대한 13동을 제외하고 완전 폐쇄하였던 것으로 보이는 점, ② 원고는 이 사건 가설건축물을 2단계 건설사업 및 화물터미널 건설사업 등 건설시공업체에 향후 사용여부 및 기타 용도로 활용가능한지 여부를 조사하였으나, 건설업체에서는 개선공사비용이 과다 발생하여 재활용이 어렵다고 답변하거나 무상으로 사용할 수 있도록 하여달라고 요청하는 등 재활용이 불가능하다고 판단하고 이 사건 가설건축물을 철거하기로 결정하게 된 점, ③ 이 사건 가설건축물은 1997년 이미 건축이 완료되었음에도 원고는 OOOO공항의 개항일 2001. 3. 29. 이전까지 이 사건 가설건축물을 ‘건설 중인 자산’으로 계상하였는바, 원고도 이 사건 가설건축물을 공항시설 1단계 건설을 위한 것으로 인식하였다고 인정되는 점, ④ 이 사건 가설건축물의 부지는 화물터미널 신축예정지로서 이 사건 가설건축물의 철거가 예정되어 있었고, 실제로 OOOO공항의 개항일인 2001. 3. 29. 이후 2005년 5월경 철거될 때까지 이 사건 가설건축물 138개동 중 대부분인 125개동이 사용되지 않았던 점, ⑤ 결국 원고는 이 사건 가설건축물이 초기 목적을 달성하고 다른 목적에 사용할 용도가 없게 되자 철거한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 가설건축물은 1단계 공항시설 건설을 위한 가건물로서 공항시설의 1단계 공사를 위하여 지출된 부대비용에 해당하고 별도의 감가상각대상 자산이라고 보기는 어렵다. [가사 이 사건 가설건축물을 원고의 고정자산으로 볼 수 있다 하더라도, 이는 원고가 사업에 사용하지 아니하는 자산으로 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 일부 개정되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호에 따라 감가상각의 대상에 포함된다고 보기는 어렵다.] 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 인정사실
2. 원고의 주장 이 사건 도로는 법인세법 및 기업회계기준의 규정상 포장도로로서 감가상각자산인 사업용 개별자산(구축물)에 해당한다. 가사 이 사건 도로의 성격을 토지에 대한 자본적 지출로 본다하더라도 공항 자산 전체의 자본적 지출로서 공항 건축물 원가에 산입하거나 또는 공항 전체 자산에 대하여 안분하여야 한다.
3. 관계 법령 별지 제3 관계 법령(쟁점 4, 5, 6) 기재와 같다.
4. 판단 토지에 대한 자본적 지출은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 비용을 말하고, 통상 진입도로의 개설은 특별한 사정이 없는 한 그 진입도로에 의하여 이용 편의를 받는 토지의 효용가치를 증가시키는 데 기여한다. 따라서 토지의 이용 편의를 위하여 당해 토지에 이르는 진입도로를 개설하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 공여한 경우, 그 도로로 된 토지의 가액 및 도로개설비용은 당해 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 것으로서 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당하고, 그 소요비용이 특정사업의 면허 또는 사업의 개시 등과 관련하여 지출된 것이라고 하여 다르지 않다(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 참조). 위와 같은 법리를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 도로 개설비용은 이 사건 공항 부지의 이용편의에 제공되어 그 자산가치를 현실적으로 증가시키거나 또는 이 사건 도로 토지 자체의 개량을 위하여 지출된 것이므로 이 사건 공항 부지 등에 대한 자본적 지출에 해당한다고 봄이 타당하다.
① 법인세법 시행규칙에서 포장도로를 구축물로 규정하고 있는 것은 해당 포장도로가 감가상각대상자산의 유형고정자산으로 계상되는 경우를 전제로 한 것으로, 포장도로라는 사정만으로는 그 도로가 구축물이라고 단정하기는 어렵다.
② 또한 감가상각의 대상이 되는 고정자산은 판매 또는 처분을 목적으로 하지 않고 비교적 장기간에 걸쳐 영업활동에 사용하고자 취득한 자산을 말하는바, 이 사건 도로는 원고가 OOOO공항을 건설하기 위하여 공유수면을 매립함으로써 OO도와 OO도를 잇는 연륙도로를 철거하게 됨에 따라 이를 대체하여 원고의 공항부지로 진입하는 도로로서 건설한 것(공유수면매립허가 조건)으로, 국가 또는 OOOO시에 기부채납하여야 하는 도로라는 점에서 감가상각 대상인 고정자산 중 구축물에 해당한다고 보기는 어렵다.
③ 결국 이 사건 도로는 공유수면매립을 통한 토지의 취득과정에서 원고의 공항부지의 이용을 위하여 건설하여 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것으로 그 조성비용은 토지의 가치에 흡수될 것으로 보인다.
④ 또 원고는 이 사건 도로의 개설비용이 자본적 지출에 해당한다고 하더라도 그 대상은 공항시설 전체의 이용편의를 위하여 건축된 것으로 공항 건축물 원가에 산입하거나 공항 전체 자산에 대하여 안분하여야 한다고 주장하나, 진입도로의 경우는 도로의 특성상 기부채납이 있다고 할지라도 그 진입도로의 개설에 의하여 목적한 사업장에 이르는 도로의 사용이라는 사용·수익권은 제한을 받지 않고 다만 그에 투여한 비용을 계상할 도로라는 자산을 소유하고 있지 않을 뿐이므로(게다가 이 사건 도로는 아직도 원고 명의로 소유권보존등기가 되어 있어 원고가 자산을 보유하고 있다), 그 도로의 개설에 따른 효용가치는 도로가 존재하는 한 여전히 유지된다고 할 것이고, 통상 진입도로의 개설은 특별한 사정이 없는 한 그 진입도로에 이르는 토지의 이용편의를 위한 것으로서 그 토지의 효용을 증대시키는 데 기여한다고 할 것이므로, 그 자본적 지출의 대상이 공항건축물 또는 공항 전체 자산이라고 보기는 어렵다.
1. 인정사실
2. 원고의 주장 이 사건 공항시설은 OOOO공항의 유지, 관리를 위하여 반드시 구축되어야 하는 설비로서 원고의 사업활동에 기여하는 자산들인바 이를 기부채납하여 그로부터 수익을 얻고 있는 원고의 사용수익기부자산에 해당한다. 따라서 이 사건 공항시설을 원고의 사용수익기부자산이 아니라 법정기부금 내지 비지정기부금임을 전제로 하여 한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 관계 법령 별지 제4 관계 법령(쟁점 7) 기재와 같다.
4. 판단 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 사목은 감가상각자산인 무형고정자산의 하나로 사용수익기부자산가액을 규정하면서, 사용수익기부자산가액이란 금전외의 자산을 국가 또는 지방자치단체 등에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻은 경우 해당 자산의 장부가액을 뜻한다고 정의하고 있다. 따라서 이 사건 공항시설이 사용수익기부자산에 해당하기 위하여는 원고가 이 사건 공항시설을 사용하거나 이 사건 공항시설로부터 수익을 얻는 경우에 해당하여야 한다. 그런데 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 사용수익기부자산가액을 감가상각자산인 무형고정자산으로 규정하고 있는 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 는 사용수익기부자산가액 외에 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권, 특허권, 어업권, 채취권, 유료도로관리권, 수리권, 전기가스공급시설이용권, 공업용 수도시설이용권, 수도시설이용권, 열공급시설이용권, 광업권, 전신전화전용시설이용권, 전용측선이용권, 하수종말처리장시설관리권, 수도시설관리권, 댐사용권, 개발비, 주파수이용권, 공항시설관리권, 항만시설관리권 등을 규정하고 있는바, 이는 위 각 자산에서 수익이 발생하므로 그러한 수익에 대한 자산의 상각액을 서로 대응하여 과세표준을 계산하고자 하는 것으로 이해되는 점, ② 그런데 원고가 공항을 운영하면서 여객기 운항 등을 위하여 기상정보를 미리 파악하고 위험 수하물 반입을 금지하거나 밀수를 방지하기 위한 일정한 조치를 취하여야 할 필요성이 있다고 하더라도 원고가 기부채납한 기상설비나 검색장비로부터 얻는 이익은 간접적이고 반사적인 이익에 불과하여 그로부터 수익을 얻는 것이라고 평가하기는 어려운 점, ③ 원고가 기부한 이 사건 공항시설 중 기상설비는 기상청이 자신의 업무인 기상예보 등을 위하여 사용하는 것이고, 검색장비는 공항에 도착하는 수하물을 검색하여 밀수를 방지하는 등 인천공항세관의 업무를 위하여 사용하는 것인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 검색장비는 무형고정자산인 사용수익기부자산이라고 볼 수 없고, 기부시점에 기부금으로 처리하는 것이 정당하다. 따라서 기부시점인 2001년도에 원고의 장부에 자산으로 계상될 수 없고, 그 이후인 2007년에 인수하였다면 이는 자산수증익으로 처리되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1. 인정사실
2. 원고의 주장 이 사건 특별성과금은 2004년 하계 성수기 여객폭증에 따른 공항운영협력사들의 직원들의 노동시간 및 강도 증대와 성공적인 성수기 운영에 대한 보상차원으로 지급된 금원으로서 공항운영협력사들의 직원들의 원고에 대한 용역의 대가이다. 따라서 이 사건 특별성과금은 전액 손금산입의 대상이 되어야 함에도 이를 접대비로 보아 손금불산입한 이 사건 처분은 위법하다. [한편 원고의 위 주장은 2004년 법인세 과세표준 산정 시 이 사건 특별성과금을 손금에 산입하여야 한다는 것이나, 원고는 이 사건에서 2004년 법인세 부과처분의 취소를 구하고 있지는 않다.]
3. 관계 법령 별지 제5 관계 법령(쟁점 8) 기재와 같다.
4. 판단 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데, 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어 손금에 산입되는 ‘인건비‘란 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 것을 말하고, 일정한 금액을 초과하는 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어 손금에 산입하지 아니하는 ’접대비‘란 접대비 및 교제비·기밀비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말하는 것으로, 사업에 관련있는 자들에게 접대 등의 행위를 함으로써 그들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위하여 무상으로 지출한 것을 말한다(대법원 1999. 6. 25. 선고 97누14194 판결). 위 인정사실에 따르면, 원고가 공항운영협력사들의 직원들에게 이 사건 특별성과금을 지급할 당시 그 지급근거에 관하여 공항운영협력사들 또는 그 직원들과 사이에 그 지급을 약정한 사실이 없고, 원고는 그 지급 이후에 이 사건 특별성과금의 지급 근거를 두는 내용으로 공항운영협력사들과 용역계약을 체결하였는바, 이 사건 특별성과금 지급 이후에 체결된 용역계약이 이 사건 특별성과금의 지급 근거가 된다고 할 수는 없으므로 원고가 이 사건 특별성과금을 지급할 아무런 계약상 또는 법적인 근거가 없었다. 또 원고가 일방적으로 지급금액을 책정하여 지급하였다. 결국 원고는 공항운영협력사들의 직원들에게 서면에 의한 약정이나 법률상 의무 없이 임의로 이 사건 특별성과금을 지급한 것으로서, 이 사건 특별성과금이 원고의 사업과 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용이라거나, 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 정상적이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 특별성과금이 용역의 대가로서의 성격을 가졌다고 할 수 없고, 다만 이 사건 특별성과금은 원고의 업무를 수행했던 공항운영협력사들의 직원들에게 용역계약에 따른 근무관계를 보다 원활하게 하기 위하여 지급된 것으로서 원고의 사업과 일부 관련성이 있으므로, 접대비의 성격을 가지고 있다고 봄이 타당하다. 이 사건 특별성과금이 용역의 대가 또는 인건비임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
그렇다면 이 사건 처분 중 특별명예퇴직금(쟁점 3)을 건설자산의 취득가액으로 보아 법인세 과세표준 산정 시 손금에 불산입한 부분은 위법하고, 한편 감액경정 처분이 있는 경우 취소의 대상은 감액된 당초처분이므로, 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 14,964,692,314원(경정금액)의 부과처분 중 위법한 658,655,324원을 공제한 14,306,036,990원을 초과하는 부분과 2006 사업연도 법인세 7,778,325,345원(경정금액)의 부과처분 중 위법한 44,747,190원을 공제한 7,733,578,155원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다. 결국 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.