대표이사의 계좌에 입금된 사실만으로는 매출누락으로 볼 수 없음.

사 건 2012구합3860 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 AAAA건설 피 고 북인천세무서장 변 론 종 결

2013. 3. 28. 판 결 선 고

2013. 4. 18.

1. 피고가 2011. 1. 3. 원고에 대하여 한 2009년 1기 부가가치세 000원의 부과처분 중 0000원을 초과하는 부분 및 2009 사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 00000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비 용은 피 고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 주식회사 BB건설(이하 ’BB건설’이라 한다) 등과 공동수급체를 구성하여 2007. 6. 13. CCCC정보센터 주식회사(이하 ’CCCC정보센터’라 한다)로부터 공사금액 000원(당초 00000원에서 2008. 12. 12. 위 금액으로 증액 되었다)의 인천시립도서관 신축공사(이하 ’이 사건 공사’라 한다)를 도급받아 이를 완공 하였다.
• 나. 인천지방검찰청은 2010. 10. 27. 피고에게 원고와 원고의 대표이사 주AAAA， 곽OO의 조세포탈 혐의에 관한 수사결과를 통보하면서 고발을 의뢰하였는데， 위 수사 과정에서 BB건설의 부사장 황OO은 ”원고가 이 사건 공사의 원가 등 비용 정산시 OO건설에 93% 상당액의 세금계산서를 발행하여 주기로 하였으나， 2009. 2. 2. 90% 상당액의 세금계산서만 발행하여 주고 나머지 3%에 해당하는 00000원을 원고의 대표이사 주AAAA， 곽OO 등의 계좌로 입금해달라고 하여 이를 위 계좌로 송금하였다” 고 진술하였다.
• 다. 피고는 위 수사결과를 통보받고 위 0000원 중 00000원(이하 ’이 사건 금액’이라 한다)을 매출누락으로 보아 2011. 1. 3. 원고에 대하여 2009년 1기분 귀속 부가가치세 0000원(이 중 이 사건 금액에 따른 부가가치세는 0000원 이다)과 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원(이 중 이 사건 금액에 따른 법인세는 0000원이다)을 각 부과하는 처분(이하 이 사건 금액에 따른 부가가치세 및 법 인세 부과처분을 ’이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다. [인정 근거] 갑 제2， 5호증， 을 제1 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고와 BB건설은 각자 이 사건 공사와 관련하여 CCCC정보센터로부터 지급받은 공사대금을 매출로 계상하였고， 다만 원고가 이 사건 공사의 원활한 진행을 위하여 공사현장 주변의 수목， 농작물， 가축 보상비 등으로 지출한 현장경비에 대하여 BB건설로부터 BB건설의 부담부분에 해당하는 이 사건 금액을 사후 정산받은 것에 불과하므로， 피고가 이 사건 금액을 매출누락으로 보아 원고에 대하여 이 사건 각 처분을 한 것은 위법하다.
• 나. 판단 부가가치세의 과세표준 산정 기초가 되는 매출액과 법인세법상 소득액 확정의 기초가 되는 매출수익에 관한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것인데(대법원 1992. 1. 17. 선고 91누7415 판결 등 참조)， 갑 제5호증， 을 제4호증의 1， 2의 각 기재， 증인 황OO의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면，① 원고와 BB건설은 원고가 이 사건 공사를 완료하되， 그 비용 등에 관하여는 공동수급자로서의 지분대로 정산하기로 한 사실，② 원고는 2009. 2. 2. BB건설과 이 사건 공사에 관한 비용 등을 정산하면서 현장경비로 사용한 이 사건 금액에 대하여 적격증빙이 어렵다는 이유로 BB건설에 세금계산서를 발행하지 아니하고 당시 원고의 대표이사 주AAAA， 곽OO 등의 계좌로 입금해달라고 요청한 사실，③ BB건설은 같은 날 이 사건 금액을 위 계좌로 입금하고 장부상 가지급금으로 계상한 사실，④ 한편 원고와 BB건설은 CCCC정보센터로 부터 각 지급받은 공사대금을 장부상 매출로 기재하고 부가가치세를 신고납부한 사실을 인정할 수 있는바 위 인정 사실에 의하면， 이 사건 금액은 원고의 주장과 같이 공동사업을 영위하는 원고와 BB건설 사이에서 공동경비를 정산한 것으로 볼 여지가 충분하고， 피고가 제출한 증거를 모두 모아 보더라도 이 사건 금액이 원고의 BB건설에 대한 매출이라고 보기는 어렵다[특히 피고는， 원고가 BB건설에 구 부가가치세법 시행 규칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제140호로 일부개정되기 전의 것) 제18조에 따라 이 사건 금액에 해당하는 세금계산서를 발행하지 않은 점을 문제삼고 있으나，위 규정(별 지 기재 참조)은 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 공동수급체의 대표자와 그 구성원 사이에 교부된 세금계산서의 처리방식에 관한 것이므로， 원고가 BB건설에 이 사건 금액에 해당하는 세금계산서를 발행하지 않았다는 사정만으로 이 사건 금액이 원고의 BB건설에 대한 매출누락 이라고 단정할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

그렇다면， 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한 다