종합부동산세 계산시 공제되는 재산세 상당액을 종합부동산세 공정시장가액비율 을 적용하는 것이 적정한지 여부

사 건 인천지방법원2012구합2211 종합부동산세부과처분취소 원 고 AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2015.10.8. 판 결 선 고 2015.10.22.

1. 피고가 2011. 8. 1. 원고에 대하여 한 2009년도 종합부동산세 92,823,100원의 부과처분 중 85,917,760원을 초과하는 부분과 농어촌특별세 18,564,620원의 부과처분 중 17,183,550원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

• 가. 원고는 22009년도 종합부동산세 과세기준일인 209. 6. 1. 당시 인천 남동구 논현동 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 보유하고 있었다.
• 나. 피고는 2001. 8. 1. 원고에 대하여 이 사건 토지에 대한 종합부동산세 92,823,100원, 농어촌특별세 18,564,620원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 피고는 종합부동산세법 제13조 제1항, 제14조 제3항에 따라 종합부동산세액을 계산하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항의 ‘종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재 산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’을 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식 중 작성요령에 따라 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 방법으로 계산하였고, 종합부동산세액 계산시 공제할 재산세액을 27,621,328원으로 산정하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐, 조세심판원에 심판청구를 하 였으나, 2012. 4. 9.. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1, 2, 3 제3, 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 피고는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다. 따라서 이 사건 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항 은 ‘토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액’을 ‘종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 종합합산과세대상인 토지분을 합산하여 종합합산과세대상인 토지분의 재산세 표준세율로 계산한 재산세상당액’의 산식(이하 ‘이 사건 시행령 산식’이라 한다)에 따라 각각 계산한 금액으로 하도록 정하고 있다. 이는 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는데 그 취지가 있다. 따라서 위 규정에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법은 다음과 같다. 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다. 이러한 점을 종합하여 볼 때, 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비율(100분의 70)이 종합부동산세 공정시장가액비율(100분의 80)보다 적은 2012년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 참조).

2. 갑 제3, 4호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 토지의 2009년도 공시가격은 10,364,760,000원이고, 과세기준금액은 5800,000,000원인 사실을 인정할 수 있으므로, 이를 근거로 2009년도 종합부동산세 및 농어천 특별세를 계산하면 아래와 같다.

① 종합부동산세 과세표준: 7,891,808,000원[=(10,364,760,000원 - 500,000,000원) ×0.8)]

② 재산세액 공제 전 종합부동산세액: 124,086,160언

③ 공제할 재산세액: 34,526,660원[=(10,364,760,000원 - 500,000,000원) × 0.7 × 재산세율 0.5%]

④ 종합부동산세액: 89,559,500원 (② - ③)

⑤ 농어촌특별세: 17,911,900원 (④ × 0.2)

3. 위와 같은 종합부동산세 및 농어촌특별세의 계산에 의하면 피고가 이 사건 토지에 대하여 부과한 종합부도산세 92,823,100원의 부과처분 중 85,917,760원, 위 종합부동산세액을 과세표중으로 하여 계산한 농어촌특별세 18,564,620원 부과처분 중 17,183,550원을 초과하는 부분은 위법이하므로 취소되어야 한다.

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.