대체취득 보상금을 따로 지급해야 한다고 볼 수 없어 총수입금액에서 제외할 수 없음

사 건 2011구합5838 종합소득세부과처분취소 원 고 안○○ 피 고 인천세무서장 변 론 종 결

2013. 7. 19. 판 결 선 고

2013. 8. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

청구취지 피고가 원고에 대하여 2011. 1. 8.자로 경정고지한 2009년 귀속 종합소득세 51，998，930원의 부과처분 중 14，033，680원을 초과한 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 김○○으로부터 인천 중구 운남동 ○○○-1 토지 및 지상 건물을 임차하여 ‘인천공업사’를 운영하였다.
• 나. 인천도시개발공사는 ‘인천경제자유구역 영종하늘도시개발사업’을 시행하면서 위 ‘인천공업사’ 사업장의 토지，지장물 등을 수용하였고， 2009. 2. 5. 원고에게 사업장 내 이전불능 자산에 대한 대체취득 보상금 44，500，000원과 영업손실 및 이전가능 자산의 이전비 등에 대한 보상금 143，800，000원의 합계 188，300，000원을 지급하였다.
• 다. 그런데 원고는 2009년 귀속 종합소득세 신고시 위 보상금을 수입에서 누락하였 고， 이에 피고는 2011. 1. 8. 원고에게， 위 보상금 188，300，000원 중 이전불능 자산에 대한 대체취득 보상금 44，500，000원을 제외한 143，800，000원을 총수입금액에 포함시켜， 2009년 귀속 종합소득세를 기존에 고지된 6，253，400원에서 54，363，600원을 증액 한 60，617，000원으로 증액경정·고지하였다(위 2011. 1. 8.자 증액경정·고지된 처분을 이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 2011. 4. 6. 피고에게 ‘원고는 사업장을 이전·설치하는데 총 167，254，010원 이 소요되었고， 원고가 받은 보상금 중 143，300，000원은 이전불능 고정자산의 대체취득 보상금에도 못 미치는 금액으로서 총수입금액에 포함될 수 없는 것이고， 또한 원고에 대하여 조세특례제한법 제7조 에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 않은 것은 위법하다’는 취지로 이 사건 당초 처분에 대한 이의신청을 하였고， 이에 피고는 2011. 4. 20. 조세특례제한법 제7조 에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 다시 세액을 산정하고， 이 사건 당초 처분에서 5，067，001원을 감액한 55，550，000원으 로 감액경정 처분을 하였다.
• 마. 원고는 2011. 5. 23. 국세청장에게 심사청구를 하였으나，그 이의신청은 2011.8. 26. 기각되었다.
• 바. 원고는 이 사건 소송이 계속 중이던 2012. 6. 29. 원고가 필요경비로 주장하던 지출비용 167，254，010원 중 52，937，880원을 자본적 지출로 인정하면서 그 세액에 해당 하는 부분에 관한 청구취지를 감축하였고， 피고는 2012. 11. 8. 이 법원의 조정권고 취지에 따라 원고가 주장하는 지출비용 167，254，010원 중 10，536，630원을 수익적 지출로 인정하고，원고에 대하여 2011. 4. 20.자로 경정·고지한 세액 55，550，000원에서 위 10，536，630원에 해당하는 부분의 세 액 3，551，070원을 또 다시 감액한 51，998，930원으로 2009년 귀속 종합소득세를 감액경정·고지 하였다(이하 이 사건 당초 처분 중 2012. 11. 8.자 감액경정 후 남은 51，998，930원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2， 3， 5호증， 을 제1， 8， 9， 10호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 생략， 이하 같다)의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 주위적으로， 별지1 기재 순번 1， 2， 3 항목， 즉 자동차검사 시설，도색열처리 시설，세차시설(이하 ‘이 사건 각 시설’이라 한다)은 그 시설을 설치하기 위해서 하부에 토목공사가 필수적으로 시행되어야 하는데，토목공사를 통해 설치된 이 사건 각 시설의 하부 구조물은 이전불능 시설로서 이전비가 아닌 대체취득 보상금이 지급되어야 할 대상이므로 별지1 기재 ‘원고 주장 지출비용’은 총수입금액에서 제외되어야 한다.

2. 예비적으로， 별지1 기재 ‘원고 주장 지출비용’은 별지1 기재 각 항목의 시설들 을 이전하여 원상을 회복하기 위해 사용된 금액으로써 수익적 지출에 해당하므로 그 전액이 필요경비로 공제되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다. 다.판단

1. 주위적 청구원인에 관한 판단 갑 제4，9，10，11호증의 각 기재 및 영상，증인 황기식의 증언과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 이 사건 각 시설을 설치하기 위해서는 이 사건 각 시설을 지반에 고정하기 위한 토목공사가 시행되어야 하는 점，토목공사에 의하여 만들어진 하부 구조물은 이 사건 각 시설과 일체를 이루어 기능하게 되는 점， 하부 구조물의 물리적인 구조나 형태상 그 구조물이 이 사건 각 시설과 명확히 구분되 어 독립된 가치를 가진다고 할 수 없는 점 등을 종합해 보면， 토목공사를 통해 만들어 진 하부 구조물을 이 사건 각 시설과 분리하여 그 구조물에 대한 대체취득 보상금을 따로 지급하여야 한다고 볼 수는 없으므로 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2. 예비적 청구원인에 관한 판단 소득세법 시행령 제67조 제1항 은 “사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다”，제2항은 “제1항에서 ‘자본적 지출’이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며， 다음 각 호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다”라고 규정하고 있다. 살피건대，① 별지1 기재 항목 중 순번 4， 5， 6 부분은 이전한 사업장에 시설을 새로 설치하는데 들어간 비용， 즉 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액이고，② 별지1 기재 항목 중 순번 1， 2， 3 부분은 이 사건 각 시설을 이전·설치하는 과정에서 토목공사에 들어간 비용인데， 을 제16호증의 2，3의 각 기재에 의하면，원고가 2008년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 표준대차대조표에는 유형자산 중 기계 장치 항목의 금액이 225，288원으로 기재되어 있는 것에 비하여 2009년 귀속 종합소득세 신고시에 제출한 표준대차대조표에는 기계장치 항목에 133，915，117원이 기재된 사실이 인정되는바， 원고의 사업장을 이전하면서 새로운 기계장치들이 추가된 점을 감안 하더라도 위와 같은 기계장치 가액 변동폭에 비추어 원고의 사업장의 주요시설인 이 사건 각 시설의 이전·설치 과정에서 이 사건 각 시설의 내용연수가 연장되거나 자산의 가치가 현실적으로 증가되었으리라 추정할 수 있는 점， 원고가 주장하는 이전·설치를 위한 토목공사 비용(87，870，000원)이 기계장치의 잔존가액(225，288원)에 비해 월등히 높은바， 이를 일반적으로 수익적 지출로 인정되는 소액의 이전·설치비와 같게 평가하기는 어려운 점，③ 피고는 이 사건 소송과정에서 이미 원고가 주장하는 지출 비용 중 수익적 지출로 인정될 수 있는 단순 이전·설치비 부분을 감액하여 이 사건 처분을 한 점 등 을 종합해 보면， 위 토목공사 비용은 이 사건 각 시설의 내용연수를 연장시키거나 이 사건 각 시설 자체의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용， 즉 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액으로 인정된다. 따라서 별지1 기재 ‘차액’ 부분[‘원고 주장 지출비용’에는 피고가 이 사건 소송 진행 중 수익적 지출로 인정하여 이미 세액 산정에서 제외한 부분(별지1 기재 ‘피고가 수익적 지출로 인정하여 제외한 부분’)도 포함되어 있다]은 그 전부가 당해 연도의 필요경비에 산입되는 것이 아니라 소득세법 시행령 제67조 제1항 에 따라 감가상각을 통 하여 상각범위액 한도 내의 감가상각비만이 필요경비에 산입될 수 있을 뿐이므로， 원 고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.