토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당함

사 건 2010구합4548 부가가치세부과처분취소 원 고 XX산업 주식회사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2011. 5. 12. 판 결 선 고

2011. 6. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 12. 4. 원고에 대하여 한 2006년 제1기분 부가가치세 72,334,620원의 부과 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002. 4. 1. 설립되어 미장·방수 등 공사업, 부동산임대업 등을 영업으로 하는 회사이다.
• 나. 원고는 2006. 4. 25. XX다이아공구 주식회사(이하 ’소외 회사’라 한다)와 사이에, 위 회사에게서 인천 XX구 XX동 687 공장용지 2.339.2㎡와 위 토지에 있는 7층 공장건물 5,797.22㎡(이하 위 토지와 건물을 각 ’이 사건 토지’, ’이 사건 건물’이라 한다)를 42억 원(건물 부분 부가가치세 포함)에 매수하는 매매계약을 체결하고(이하 ’이 사건 매매계약’이라 한다), 2006. 5. 9. 이 사건 토지와 건물에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
• 다. 원고는 이 사건 건물의 가액을 2,590,909,090원(부가가치세 10%를 포함하면 28 억 5천만 원이라고 신고했다)으로 하여 2006년 1기분 부가가치세 확정신고를 하고 매입세액을 공제받았는데, 피고는 이 사건 토지와 건물 가액의 구분이 불분명하다고 보 고 이 사건 매매대금을 감정평가가액 비율로 안분하여 이 사건 건물 대금을 2,098,300,680원으로 산정한 후 이를 초과하는 건물 가액분 매입세액을 불공제하여 2009. 12. 4. 원고에게 2006년 제1기분 부가가치세 72,334,620원을 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 2. 23. 국세청에 심판청구를 하였고, 국세청은 같은 해 7. 12. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제10호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 소외 회사로부터 이 사건 토지와 건물을 매수하면서 소외 회사가 이 사건 건물의 5, 6, 7층 부분을 신축한 점 등을 고려하여 이 사건 건물의 가액을 2,850,000,000원(부가가치세 포함)으로, 이 사건 토지의 가액을 1,350,000,000원으로 정하고 이를 매매계약서에도 명시하였다. 그럼에도 불구하고 피고가 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하다고 보고 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 이 사건 매매가액은 부가가치세를 제외하면 3,940,909,090원(토지 가액 1,350,000,000원, 건물 가액 2,590,909,090원)임에도 불구하고 피고는 매매가액을 42억 원, 건물 가액을 2,850,000,000원으로 오인하였으므로, 이 사건 처분은 부가가치세를 이중으로 부과한 것이어서 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령의 기재와 같다.
• 다. 인정 사실

1. 원고와 소외 회사의 관계

• 가) 원고는 2002. 4. 1. OO건설 주식회사라는 상호로 설립되었다가 2006. 3. 8. 현재의 상호로 변경된 회사이며, 2006. 3. 8.부터 현재까지 황AA이 원고의 대표이사로 되어 있다.
• 나) 소외 회사는 1998. 4. 7. △△쇼트기계 주식회사라는 상호로 설립되었다가 2005. 3. 22. 현재의 상호로 변경되었는데, 원고의 대표이사인 황AA이 2005. 1. 29.부터 2006. 4. 25.까지 이사로, 2005. 9. 13.부터 2006. 4. 25.까지 대표이사로 각 재직하였으며, 그 후 2006. 6. 1. 소외 회사는 사업자등록을 말소하고 폐업하였다. 한편 소외 회사의 2005년도 주주명부상 위 황AA은 주식 25,000주(전체의 25%)의 주주로 등재 되어 있었다.

2. 이 사건 토지와 건물의 소유권변동 내지 증축 경과

• 가) 이 사건 건물은 1994. 2. 21. 철골조 샌드위치판넬지붕 4층 건물(1층 1,222㎡, 2층 93.5㎡, 3층 1,222㎡, 4층 286㎡ 합계 2,823.5㎡)로 신축되었다가 2000. 6. 5. 1 층 부분이 1,670.02바로 증축되었다.
• 나) 이 사건 토지와 건물에 대하여 2004. 3. 24. 임의경매절차가 개시되었는데 당시 이 사건 건물은 종전의 4층 건물에 5, 6, 7층 부분을 증축하는 공사 중 일부 골조 공사가 진행된 상태였으며, 2005. 2. 22. 위 경매절차에서 낙찰자로 결정된 □□시스템산업 주식회사(이하 ’□□시스템산업’이라 한다)가 낙찰대금 1,720,000,000원을 납부하고 이 사건 토지와 건물을 취득하였다.
• 다) □□시스템산업은 2005. 2. 25. 이 사건 건물에 대하여 철골조 철근콘크리트, 샌드위치 패널 지붕 7층 건물(1층 1675.42㎡, 2층 93.5㎡, 3층 1818.25㎡, 4층 375.49㎡, 5층 599.52㎡, 6층 599.52㎡, 7층 599.52㎡, 옥탑층 36㎡ 합계 5,797.22㎡)로 증축 사용승인을 받았다.

3. □□시스템산업과 소외 회사의 매매계약

• 가) 소외 회사는 2005. 2. 25. □□시스템산업에게서 이 사건 토지와 건물(매매 계약서에 기재된 면적은 5,761.22㎡) 및 기계 설비를 대금 합계 2,678,852,593원(부가 가치세 별도)에 매수하면서 토지 대금은 992,565,308원, 건물 대금은 1,423,456,915원, 기계설비 대금은 262,830,370원으로 정하였으며, 위 매매대금을 모두 지급하고 2005. 4. 8. 이 사건 토지와 건물에 대하여 이전등기를 마쳤다.
• 나) 소외 회사의 2005년도 대차대조표상 이 사건 토지의 가액은 1,016,386,560원, 이 사건 건물의 가액은 1,416,319,737원으로 기재되어 있다.

4. 소외 회사와 원고의 매매계약

• 가) 원고와 소외 회사가 2006. 4. 25. 작성한 매매계약서(갑 제2호증)에는 이 사건 부동산의 매매대금이 42억 원(토지 1,350,000,000원, 건물 2,850,000,000원), 대금 지급 방법은 계약금 235,500,000원은 계약 당일 지급하고, 중도금 3,350,000,000원은 은행 대출을 받아 지급하며, 잔금 614,500,000원은 2006. 6. 30.까지 지급하는 것으로 기재되어 있다.
• 나) 원고가 위 매매대금을 지급하기 위하여 주식회사 하나은행에서 자금을 대출 받는 과정에서 이 사건 토지와 건물에 대해 감정평가가 이루어졌는데, 주식회사 ◇◇감정평가법인의 감정평가 결과 가격 시점을 2006. 4. 24.로 한 이 사건 토지의 감정가액은 1,918,144,000원, 이 사건 건물의 감정가액은 2,127,442,400원, 기계·기구는 259,715,000원이다.

5. 이 사건 토지와 건물의 가액 비율

• 가) 이 사건 토지에 대한 국세청의 2006년 기준시가는 1,333,344,000원, 이 사건 건물에 대한 기준시가는 1,501,479,980원이다.
• 나) 2005. 2. 25. 소외 회사가 □□시스템산업에게서 이 사건 토지·건물을 매수 할 때의 토지·건물 가액, 소외 회사의 2005년도 대차대조표상 이 사건 토지·건물 가액, 2006. 4. 24.를 기준으로 한 이 사건 토지·건물의 감정가액, 이 사건 토지·건물의 2006년 기준시가, 2006. 4. 25. 원고와 소외 회사가 작성된 매매계약서상의 이 사건 토지·건물의 매매대금과 그 비율을 비교하면 아래 표와 같다. (아래 표 생략) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4, 5호증(5호증의 1 제외), 제7 내지 12호증, 을 제 1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
• 라. 판단

1. 먼저 이 사건 매매계약상 토지와 건물 가액의 구분이 불분명한지에 관하여 본다. 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 본문은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하도록 정하고, 단서에서는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명 한 경우 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ’부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법’에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산하거나(제1호 단서), 기준시가에 따라 안분 계산하는 등의 방법을 규정하고 있다. 위 단서 규정은 부가가치세 과세대상인 건물의 공급 가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서, 세법에 의한 장부나 그 밖의 증빙 서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분기장되어 있는 경우에는, 그 기재에 허위 또는 누락이 있다고 인정되는 경우에만 적용되어야 한다 (대법원 1989. 12. 26. 선고 89누169 판결 등 참조). 이 사안의 경우, 앞에서 살펴본 사실 관계와 이에 비추어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고와 소외 회사가 작성한 매매계약서에 기재된 이 사건 건물 가액은 원고가 부가가치세를 경감받기 위하여 원고와 소외 회사가 실제와 다르게 임의로 기재한 것이라고 보기에 충분하고, 이에 반하는 증인 차BB, 성CC의 증언은 믿지 않는다. 따라서 이 사건 매매계약은 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하므로, 이를 다투는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고의 대표이사인 황AA은 이 사건 매매계약 당시 소외 회사의 대표이사를 겸임하고 있었고 소외 회사 주주의 지위에도 있었으며, 소외 회사는 이 사건 토지·건물을 원고에게 양도한 직후 폐업하였던 점에 비추어 볼 때 원고와 소외 회사는 긴밀한 특수관계에 있었다.

② 소외 회사의 이 사건 토지·건물 매수 가액, 소외 회사의 2005년 대차대조표상 이 사건 토지·건물 가액, 이 사건 토지·건물에 관한 2006년 국세청 기준시가, 이 사건 토지·건물에 관한 2006. 4. 24.를 기준으로 한 감정평가 가액 등에 비추어 볼 때, 원고와 소외 회사가 작성한 2006. 4. 25.자 매매계약서에 기재된 이 사건 토지·건물 전체 매매대금은 적정하다고 하더라도, 이 사건 건물 가액은 지나치게 높게 기재되어 있으며, 통상 건물은 토지와 달리 감가상각으로 가치가 감소하는 점에 비추어 보더라도 그러하다.

③ 원고는 소외 회사가 이 사건 건물을 매수한 후 약 14억 원을 투자하여 5, 6, 7층 2,525.7㎡ 부분 증축 공사를 완성하였으므로, 원고가 소외 회사가 □□시스템산업으로부터 이 사건 건물을 매수한 가액이나 소외 회사의 2005년 장부 기재 가액보다 높은 가액으로 이 사건 건물을 매수한 것이 합리적이라고 주장한다. 그러나 앞에서 인정한 바와 같이 소외 회사가 □□시스템산업에게서 이 사건 토지·건물을 매수하기 이전에 이 사건 건물 5, 6, 7층 부분 증축 공사가 완성되어 사용승인이 이루어졌고, □□ 시스템산업과 소외 회사가 매매계약서(갑 제9호증)에도 이 사건 건물 면적을 증축 후의 면적으로 기재한 점, 소외 회사의 2005년 1기 부가가치세 신고 내역에 이 사건 토지·건물을 매입한 이외에 건설공사 매입분이 전혀 신고되지 않은 점(을 제10호증) 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 전혀 설득력이 없다.

2. 다음으로 원고는, 피고가 이 사건 토지·건물 매매가액을 42억 원, 건물 가액을 2,850,000,000원으로 오인하여 부가가치세를 이중으로 부과하였다고 주장하나, 앞에서 살펴본 바와 같이 피고가 이 사건 매매대금을 감정평가가액 비율로 안분하여 이 사건 건물 대금을 2,098,000,000원으로 산정한 사실이 인정되므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.