경정처분에 대해 불복하는 경우 당초처분을 기준으로 불복제기 기산일을 산정함

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 8. 3. 원고에 대하여 한 2003년도 법인세 75,734,360원, 2003년도 2기 부가가치세 30,604,010원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 부천시 원미구 A동 403 BB프라자 401호에 주소를 두고 건설업을 영위 하다가 2004. 12. 30. 폐업된 법인이다.
• 나. 피고는, 원고가 2003년 2기 부가가치세 및 2003년 법인세를 신고함에 있어 매입 세액으로 공제하고, 손금에 산입한 주식회사 CC포인트(이하 ‘CC포인트’라 한다)로부터 교부받은 매입 세금계산서 5매(이하 ’이 사건 세금계산서’라 한다)가 실물거래 없는 가공의 세금계산서라는 이유로, 2007. 8. 13. 원고에 대하여 부가가치세 30,604,010원, 법인세 75,734,360원의 부과처분(이하 ’이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
• 다. 원고는 2007. 11. 9. 피고에게 이의신청을 하였다가 같은 해 12. 6. 기각되자 2008. 3. 10. 조세심판원에 행정심판을 제기하였고, 조세심판원장은 2008. 6. 25. ‘이 사건 처분은 사실관계를 재조사하여 그에 따라 과세표준과 세액을 경정한다’는 결정을 하였으며(원고는 같은 달 30. 위 결정을 송달받았다), 피고는 2008. 9. 1.경 사실관계를 재조사한 후 원고에 대하여 원처분이 정당하다는 통지를 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제l(가지번호 포함, 이하 같다), 9, 14 내지 18호증, 을 제l 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고는, 이 사건 소는 제소기간을 도과하여 제기되었으므로 부적법하다고 항변한다.
• 나. 국세기본법 제56조 제2항 및 제3항 본문에 의하면, 과세처분에 대한 항고소송은 심판청구 또는 심사청구에 대한 결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있는데, 원고는 행정심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 2008. 6. 30.로부터 90일이 도과한 2008. 11. 26.에 이 사건 소를 제기하였다.
• 다. 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초의 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 아직 취소되지 않고 남은 부분이고, 그 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 하고, 이러한 법리는 국세청장이 심사청구를 일부 인용하면서 정당한 세액을 명시하여 취소하지 아니하고 경정기준을 제시하여 당해 행정청으로 하여금 구체적인 과세표준과 세액을 결정하도록 함에 따라 이루어진 감액경정처분의 경우에 있어서도 그에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 없는 한 마찬가지로 적용된다고 할 것이다(대법원 2009. 5. 28. 선고 2006두16403 판결, 대법원 1999. 5. 28. 선고 99두1021 판결 등 참조).
• 라. 그러므로, 이 사건의 경우에 있어서도 원고가 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부는 당초의 처분인 이 사건 부과처분을 기준으로 판단하여야 하고, 조세심판원장의 심판결정의 취지는 사실관계를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하라는 것일 뿐 원래의 부과처분을 취소하라는 취지가 아닌바, 원고로서는 조세심판원장의 위 재조사 경정을 명하는 심판결정만으로써는 그 쟁송목적을 전부 달성한 것이라고 할 수 없어, 이러한 심판결정에 대하여 바로 행정소송을 제기하여 이 사건 처분에 대한 취소를 구하였어야 할 것이므로, 조세심판원장의 심판결정을 송달받은 날로부터 90일이 경과하여 제기된 이 사건 소는 제소기간을 도과하여 부적법하다.

그러므로 이 사건 소를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.