1. 처분의 경위
- 가. ▢▢산업 주식회사는 2005. 4. 8. 부도가 발생하여 인천지방법원으로부터 회사정 리절차개시결정을 받은 후 2006. 1. 10. 회사정리계획 인가결정을 받았다(▢▢산업 주 식회사에 대한 정리절차 개시 전후를 불문하고，위 회사를 이하에서는 ‘▢▢산업’이라 한다).
- 나. ▢▢산업은 위 부도가 발생하기 전 주식회사 ■■포리 등 10개 업체(이하 ‘■■포리 등’이라 한다)로부터 재화 등을 공급받고 그 대가로 어음을 발행 또는 배서하여 교부하였는데, ■■포리 등은 ▢▢산업의 부도로 위 각 어음금 합계 1，304，583，000원(이 하 ‘이 사건 매출채권’이라 한다)을 지급받지 못하자 위 각 어음의 부도발생로부터 6월 이 경과한 날이 속하는 2005년 제271분 부가가치세 신고시 이를 대손금액으로 신고하여 합계 118，598，000원0，304，583，000 x 110/10, 1，000원 미만 버림)의 대손세액공제를 받았다.
- 다. 그런데 ▢▢산업이 2005년 제271분 부가가치세 확정신고시 위와 같이 공제된 대 손세액 상당액을 매입세액에서 차감하지 아니하자，■■포리 등 거래업체의 각 관할세무서장으로부터 위와 같은 대손자료를 통보받은 피고는 2007. 12. 1. 위와 같이 공제된 대손세액 상당액을 ▢▢산업의 매입세액에서 차감하여 ▢▢산업에 대하여 2005년 제2 기분 부가가치세 118，598，530원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
- 라. ▢▢산업은 이에 불복하여 2008. 4. 24. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원이 2008. 8. 18. 기각결정을 하자 이 사건 소를 제기하였고, 이후 2009. 3. 5. 인천지방법원으로부터 파산선고를 받자 원고가 이 사건 소송절차를 수계하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재，변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 ▢▢산업이 2006. l. 10. 인천지방법원으로부터 인가받은 회사정리계획안에 의하면, ▢▢산업에 대한 이 사건 매출채권을 포함한 상거래 채권에 대하여 각 채권액의 50% 는 면제받고, 나머지 50%에 대하여는 2차 및 3차 연도에 각 250만 원씩 변제하고 그 나머지는 4차 연도부터 6년간 분할변제하는 것으로 되어 있다. 따라서 이 사건 매출채권 중 50%는 상환받을 수 있는 정리채권으로 존속하므로 대손되어 회수할 수 없는 경우에 해당한다고 할 수 없고, 한편 이 사건 매출채권 중 면 제된 나머지 50%도 이 사건 거래업체가 스스로 채권 회수를 포기한 것이므로 대손세액공제 대상에 해당하지 않는다. 그렇다면 이 사건 매출채권액을 대손금액으로 보아 그에 해당하는 대손세액을 ▢▢ 산업의 매입세액에서 차감하여 경정·고지한 이 사건 처분은 위법하다.
- 나. 관계 법령 부가가치세법 제17조의2 (대손세액공제) 구 부가가치세법시행령 제63조의2 (대손세액공제의 범위) 다.판단 부가가치세법(이하 ‘법’이라 한다) 제17조의2 제1항, 제3항및제5항, 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이 라 한다) 제63조의2 제1항 제6호의 규정에 의하면, 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 공급을 받는 자로부터 배서·양도받은 어음이 부도가 나 그 부도발생일로부터 6월이 경과할 때까지 어음이 결제되지 않아 매출채권 을 회수할 수 없는 경우에는 그 대손세액(대손금액의 110분의 10에 상당하는 금액)을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있도록 하되, 나중에 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련 된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산하고, 반면에 재화 또 는 용역의 공급을 받은 사업자가 대손세액을 매입세액으로 이미 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 당해 공급을 받은 사업자의 폐업 전에 확정되는 때에는 관련 대손세액 상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감하되, 나중에 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 변제한 대손금액에 관련된 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 가산하여 매입세액 공제를 받을 수 있도록 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대, ■■포리 등이 ▢▢산업으로부터 배서·교부받은 어음이 그