비영리법인의 매입세액이 면세사업과 관련된 매입세액인지 여부

1. 피고가 2007. 1. 3. 원고에 대하여 한 2006년 제2기분 부가가치세 916,650원의 부과 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 지방공기업법 제49조, 인천광역시 관광공사설립 및 운영에 관한 조례(제3858호)에 근거하여 인천광역시가 자본금 전액을 출자하여 2005. 12. 27. 설립한 지방 공사이다.
• 나. 원고는 당초 비영리법인으로 사업자등록을 하였다가 2006. 2. 21. 부동산임대업 및 문화관광 서비스업을 추가하여 수익사업개시신고를 한 후 2006년 제2기분 과세기 간 중 매출세액 194,919원과 매입세액 7,452,979원 중 276,546원을 제외한 나머지 7,176,433원의 차액인 6,981,510원을 환급세액으로 신고하였다.
• 다. 피고는 원고의 위 부가가치세 환급신고에 대하여 원고가 신고한 매입세액 7,452,979원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)은 비영리법인의 고유목적 사업을 위한 면세사업과 관련된 것으로 보아 위 매입세액을 공제하지 아니하고 2007. 1. 3. 원고에 대하여 2006년 제2기 부가가치세(가산세 포함) 916,650원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 중부지방국세청에 이의신청을 하였으나 2007. 5. 30. 위 이의신청이 기각되었고, 국세심판원에 심판청구를 하였으나 국세심판원도 2008. 2. 25. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7호증, 을 제1, 2, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 나. 판단 (1) 부가가치세법 제17조 제1항 은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액 에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고, 매출세액을 초과하는 매입세액을 환급세액으로 정하고 있는데, 같은 조 제2항 제4호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액 의 하나로 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 을 들고 있고, 같은 법 제12조 제1항 제16호는 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것을 부가가 치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급의 하나로 정하고 있으며, 구 부가가치세법 시 행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제37조는 위 "대통령령이 정하는 것"의 하나로 제1호에서 "주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역"을 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행규칙(2008. 4. 22. 기획재정부령 제12호로 개정되기 전의 것) 제11조의5 제1항은 위 "재정경제부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다고 규정하고 있다. 위 각 규정에 의하면, 어느 사업자의 매입세액이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액임을 이유로 매출세액에서 공제하지 않기 위해서는, ① 그 사업자가 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 공익을 목적으로 하는 비영리법인이어야 하고, ② 당해 매입세액이 그 비영리법인의 고유 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 설비 또는 무상으로 공급하는 재 화 및 용역과 관련된 매입세액이어야 할 것이다. 따라서 이 사건 매입세액이 위 요건을 충족하는지에 관하여 살펴보기로 한다.

(2) 원고가 비영리법인에 해당하는지 여부 위 ① 요건과 관련하여 원고는, 원고 공사가 지방공기업법에 의하여 설립된 법인이 나 관광자원개발과 운영사업 등 수익사업을 목적으로 하고 있고, 2006. 2. 21. 수익사업개시신고를 하였으며, 지방공기업법 제50조, 제53조에 의하면 설립 또는 증자시 지방자치단체 외의 자를 참여하게 할 수 있고 같은 법 제67조에 의하면 이익발생시 주주에게 배당을 할 수 있도록 하고 있으므로, 원고는 비영리법인에 해당하지 않는다고 주장한다. 살피건대, 원고는 지방공기업법, 인천광역시 관광공사설립 및 운영에 관한 조례(제3858호, 이하 ‘조례’라고만 한다)에 근거하여 인천광역시가 자본금 전액을 출자하여 설립한 지방공사인 사실은 앞서 본 바와 같고, 지방공기업법에 의하면, 지방공사는 지방 자치의 발전과 주민의 복리증진에 기여하게 함을 목적으로 지방자치단체가 설립한 법인으로서(지방공기업법 제49조 제1항, 제1조), 그 설립ㆍ업무 및 운영에 관한 기본적인 사항은 조례로 정하도록 되어 있는데(같은 법 제49조 제2항) 조례(갑 제6호증)에 의하면, 인천광역시가 자본금 전액을 출자하여 원고를 설립하고(조례 제4조 제1항), 정관이 정하는 목적을 위하여 관광자원개발과 운영사업, 특수관광시설개발과 운영사업, 관광진흥사업 등을 행하며(조례 제19조) 원고의 사업계획과 예산은 인천광역시장이 정한 예산편성지침에 따라 편성하고, 인천광역시장은 예산의 시정을 명할 수 있으며(조례 제22조), 원고는 결산이 완료된 이후에는 인천광역시장에게 보고하여 승인을 얻어야 하고(조례 제23조), 결산상의 이익은 이월결손금의 보전, 이익준비금의 적립, 부채상환, 사업준비 등을 위한 적립의 순서로 처리하여야 하고(조례 제26조 제1항), 인천광역시장은 사업의 운영을 위하여 필요하다고 인정되는 경우 공사에 보조금을 교부하거나 장기 대부를 할 수 있으며(조례 제32조), 원고의 정관(갑 제5호증)에 의하면, 원고는 관광을 통한 관광산업육성과 시민 삶의 질 향상 및 지역사회 발전에 이바지함을 목적으로 하여 조례에서 정한 사업을 수행하고(정관 제1조, 제7조) 결산 결과 이익이 생긴 때에는 조례에서 정한 바와 같이 이월결손금의 보전, 이익준비금의 적립, 부채상환, 사업준비 등을 위한 적립의 순서로 처리하도록 되어 있다(정관 제38조 제1항). 위와 같은 지방공기업법, 조례 및 정관의 규정에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고 공사는 관광을 통한 관광산업육성과 시민 삶의 질 향상 및 지역사회 발전이라 는 공익을 목적으로 인천광역시가 전액 출자하여 설립된 지방공사인 점, 지방공기업법 제67조 제1항 은 결산한 결과 이익이 생긴 때에는 이익을 배당할 수 있는 것으로 정하 고는 있으나, 원고의 정관은 발생한 이익을 배당할 수 있는 규정이 없어 이익배당을 할 수 없는 점, 그 밖에 원고는 설립 후 2005. 12. 27.경 피고에게 최초 사업자 등록시 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 등록한 점 등을 종합하면, 원고는 공익 목적의 비영리법인에 해당한다고 봄이 상당하다.

(3) 이 사건 매입세액이 면세사업과 관련된 매입세액인지 여부 다음으로, 위 ② 요건과 관련하여 이 사건 매입세액 전액이 원고 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 관련된 매입세액에 해당하는지 여부에 관하여 보기로 한다. 이에 관하여 피고는, 원고가 2006년 제2기분 과세기간 중 매출세액으로 신고한 1,949,191원은 인천광역시와 위탁계약에 따라 관광홍보사업 등을 대행하고 수령한 수수료임에 반하여, 원고가 같은 기간 중 매입세액으로 신고한 이 사건 매입세액은 과세 사업과 관련된 매입세액인지 면세사업과 관련이 있는 매입세액인지 명확히 구분할 수 는 없으나, 과세사업과 관련된 매입세액으로 보기에는 위 수입수수료의 액수가 너무 미미하므로 이 사건 매입세액은 원고 설립 초기에 인천광역시로부터 위탁받아 집행하던 공익목적의 사업과 관련된 것으로 볼 수 있으므로, 이 사건 매입세액을 고유 목적 사업과 관련된 것으로 보아 매출세액에서 공제하지 않고 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 매입세액이 면세사업에 관련된 매입세액임을 이유로 그 전액을 매출세액에서 공제하지 않기 위해서는, 위 매입세액이 그 고유의 사업 목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 관련된 매입세액이어야 할 것이고, 이러한 사실은 이를 주장하는 피고가 입증하여야 할 것인데, 피고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 매입세액 전부가 원고 고유의 사업 목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 관련된 매입세액이라고 볼 수 없고, 오히려 피고는 원고가 고유목적 사업과 관련된 수 입금액이나 매입가액을 구분하여 기장하지 않았다는 등의 이유로 이 사건 매입세액이 과세사업과 관련된 매입세액인지 면세사업과 관련된 매입세액인지 구분할 수 없다고 스스로 인정하고 있다. 따라서 이 사건 매입세액이 전부 면세사업과 관련된 매입세액 임을 전제로 세액을 산출하여 부과한 이 사건 처분은 위법하다. 나아가 당사자들이 제출한 모든 증거자료에 의하더라도 이 사건 매입세액 중 면세사업과 관련된 부분을 가려낼 수 없으므로, 이 사건 처분의 전부를 취소할 수밖에 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.