8년 자경 농지에 대한 양도소득세 감면 해당여부

1. 피고가 2007. 5. 2. 원고에 대하여 경정 고지한 2006년 귀속 양도소득세 58,083,490원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

1.처분의 경위

• 가. 원고와 원고의 동생 유○종은 1996. 12. 24. 인천 ○구 ○○동 ○○○-1 전 4,423㎡ 및 같은 동 ○○○-2 전 992㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 각 1/2지분씩 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 이 사건 토지를 포함한 그 일대는 2003. 8. 11. 인천광역시 경제자유구역 ○○복합레저단지개발사업이 시행되면서, 이 사건 토지 중 원고 소유지분은 2006. 4. 5. 공공용지의 협의취득을 원인으로 위 개발사업을 시행하는 인천광역시 도시개발공사에게 소유권이전등기가 경료되었다.
• 다. 원고는 2006. 6. 30. 피고에게 이 사건 토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당한다는 이유로 양도소득세 감면신고를 하였다.
• 라. 피고는 원고가 조세특례제한법 제69조 의 규정에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보고 2007. 5. 2. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 58,083,490원을 결정⋅고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 마. 원고가 이에 불복하여 2007. 7. 18. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2007. 12. 14. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 12호증, 을 1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장 원고는 이 사건 토지를 8년 이상 밭으로 직접 경작하다가 인청광역시 도시개발공사에게 양도하였는바, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장 원고는 2002. 11. 14.부터 2007. 1. 1.가지 인천 ○구 ○○동 ○○○-6 소재 주식회사 ○○시스템의 대표이사로 취임하여 사업을 영위하는 등 이 사건 토지를 원고가 자경한 사실이 없다. 또한 이 사건 토지는 2004. 5. 3.부터 2005. 12. 31.가지 유○종이 운영한 ○○조정개발의 사업장부지로 이용되었으므로 위 가간을 제외할 경우 자정기간은 8년 이상이 되지 아니하므로 이 사건 처분은 적법하다.

• 나. 관계법령 조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 조세특례제한법 시행령 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
• 다. 인정사실

(1) 이 사건 토지는 경제자유구역으로 지정된 도시관리계획구역 중 자연녹지지역으로 농업진흥지역 밖에 소재하고 있는 농지인데, 원고와 유○종은 1996. 12. 24. 이 사건 토지를 취득한 후 2003. 8. 11. 이 사건 토지가 경제자유구역 ○○복합레저단지개발사업에 편입되어 2006. 4. 5. 이 사건 토지를 인천광역시 도시개발공사에 원고의 지분을 505,016,320원, 유○종의 지분을 505,016,320원에 각 양도하였다.

(2) 인천광역시 도시개발공사의 보상내역회신문(갑 6호증)에는 이 사건 토지에는 유○종의 소유의 백○련 200주, 살구나무 300주, 홍단풍 500주, 홍단풍 700주가 식재되어 있는 것으로 기재되어 있고, 인천광역시 도시개발공사는 유○종에게 임목보상으로 37,000,000원의 손실을 보상하고, 농업손실보상금으로 원고에게 10,592,400원, 유○종에게 3,258,410원을 지급하였다.

(3) 이 사건 토지에 관하여 1997. 10. 11. 원고를 경작자로 하여 농지원부가 작성되어 있다.

(4) 유○종은 2004. 5. 3. 이 사건 토지를 사업장소재지로 하여 관상, 유실수 도매업을 하는 ○○조정개발을 설립하였다가 2005. 12. 31. 폐업하였으나, 이는 유○종이 인천광역시 도시개발공사로부터 영업보상을 받기 위한 수단으로 이루어진 것이고, 이후 유○종의 양도소득세 감면신청에 대한 피고의 실사조사에서 보상목적의 사업자등록임이 밝혀졌고, 사업인정고시일 이후에 사업자등록이 된 것이 판명되어 인천광역시 도시개발공사로부터 영업보상을 받지 못하였다.

(5) 2002. 11. 14. 인천 ○구 ○○동 ○○○-6을 소재지로 하여 설립된 통신업을 영위하는 주식회사 ○○시스템의 대표이사 명의가 원고로 되어 있다가 2007. 1. 1.이후 휴업한 후 2007. 6. 30. 피고에 의하여 직권폐업되었는데, 위 회사는 국제전화 선불카드를 판매하는 법인으로서 위 서비스요금은 모두 유○종의 신용카드를 통하여 결제되었고, 위 사업장 전화사용요금, 차량구입비를 유○종이 모두 납부하는 등 유○종이 실질적으로 경영하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2 내지 11, 14 내지 22호증, 을 2, 3호증의 각 기재, 증인 유○종의 증언, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 그러므로 원고가 이 사건 토지를 8년간 자경하였는지에 관하여 살피건대, 위 인정사실에다 주식회사 ○○시스템은 명목상 원고가 대표이사로 기재되어 있을 뿐 유○종이 실질적인 경영주인 점, 유○종은 이 사건 토지에 관하여 8년 이상 직접 경작하였다는 이유로 양도소득세 감면신청을 하였는데 피고는 유○종이 이 사건 토지를 9년 4개월간 보유하면서 8년 이상 자경한 것으로 보아 양도소득세를 감면한 점 등을 종합해 보면, 원고가 1996. 12.경부터 2006. 4. 5경까지 8년 이상 이 사건 토지를 직접 경작하였다고 봄이 상당하다. 다라서 원고가 이 사건 토지를 양도한 것에 대하여는 양도소득세를 부과할 수 없다고 할 것이므로 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.