감사처분 결과에 따른 재조사가 중복조사에 해당된다는 주장의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 12. 15. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 종합소득세 30,520,380원의 부과처분을 취소한다. 이 유 l. 처분의 경위

• 가. 원고는 고양시 ○○구 ○○동 ○○○-14에서‘○개발’이라는 상호로 부동산, 건물신축판매업을 영위하던 사업자로서,2002. 2. l. 위 ○○동 697-14 지상 2층 건물을 낙찰 받은 후 2003. 7. 위 건물을 6층 규모의 상가(이하 ‘이 사건 상가’라고 한다)로 증축·준공하였으며,2003년부터 2004년에 걸쳐서 위 상가의 45개 점포를 ○○유통 주식회사 외 30명에게 분양한 후 부가가치세 및 종합소득세를 신고하였다.
• 나. 중부지방국세청장은 2005. 10. 10.부터 2005. 12. 9.까지 이 사건 상가의 분양계약과 관련하여 세무조사(이하‘ 1 차 세무조사’라고 한다)를 실시한 결과, 원고가 분양수입 금액 732,280,000원의 신고를 누락하고, 필요경비 항목에 11,437,000원을 과다 산입한 사실을 적발하였고, 중부지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 피고는 원고에게 2002년부터 2004년까지 과세기간에 대한 종합소득세 합계 400,749,070원, 2003년 제1기분부터 2004년 제2기분까지의 과세기간에 대한 부가가치세 합계 67,4 22,480원을 결정·고지하였다.
• 다. 이후 중부지방국세청장은 국세청의 종합감사 지적에 따라 2006. 9. 4.부터 2006. 9. 13.까지 원고에 대하여 재조사(이하‘2차 세무조사’라고 한다)를 실시한 결과, 과 세·면세 겸용사업자인 원고가 공통매입세액을 안분하여 불공제하여야 함에도 안분계산을 누락하여 2003년 제2기까지 수취한 분양대행수수료가 매입세액에 부당하게 포함 된 사실, 한○우는 독립된 사업자로 볼 수 없으므로 원고가 한○우로부터 수취한 세금계산서 887,390,000원은 사실과 다른 세금계산서임에도 매입세액 공제액에 포함된 사 실, 원고가 2004. 11. 30. 이○광에게 분양대행수수료로 지급하였다는 3억 원 중 1억 원은, 원고가 2005. 2. 3. 이○광으로부터 차용한 1 억 원을 반환한 것임에도 3 억 원 전부를 필요경비에 포함시킨 사실 등을 적발하여 고양세무서장과 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 라. 위 과세자료를 토대로, 고양세무서장은 안분계산을 누락하여 부당하게 매입세액에 포함된 119,599,000원과 한○우로부터 직접 수취한 세금계산서 887,390,000원을 매입 세액에서 불공제하여 2006. 12. 15. 원고에 대하여 2003년 제1기 부가가치세 27,268,580원, 2003년 제2기 부가가치세 271,793,100원, 2004년 제2기 부가가치세 24,837,970원의 부과처분을 하였고, 피고는 2006. 12. 15. 이○광에 대한 차용금 1 억 원을 필요경비에 불산입하고, 공통매입세액을 안분하여 매입세액에서 불공제된 필요경비 42,159,399원을 필요경비에 산입하여 2003년 귀속 종합소득세(가산세 포함) 30,520,380원을 부과하는 처분(피고의 위 부과처분을 이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 2007. 1. 18. 이 사건 처분과 고양세무서장의 위 부가가치세 부과처분에 대하여 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2007. 8. 24. ‘고양세무서장이 2006. 12. 15. 원고에 대하여 한 2003년 제2기 및 2004년 제2기 부가가치세 부과처분 중 원고가 한○우로부터 수취한 2003년 제2기 685,990,000원, 2004년 제2기 191,4 00,000원 합계 887,390,000원의 세금계산서 매입세액을 불공제한 처분은 이를 공제하는 매입세액으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다’는 내용의 결정을 하였고, 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이 사건 소를 제기하기에 이르렀다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 4 호증, 을 제 1, 2, 7 호증(각 가지번호 포 함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 (1) 원고의 주장 원고는, 2차 세무조사는 1차 세무조사와 같은 세목 및 과세기간에 대하여 실시된 중 복세무조사이고, 국세기본법에서 규정하고 있는 중복세무조사의 예외적인 허용사유에 도 해당되지 아니하므로, 2차 세무조사에 기초하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다 고 주장한다. (2) 피고의 주장 이에 대하여 피고는, 2 차 세무조사는 국세청의 감사결과 처분지시에 따른 재조사로서 과세·면세 겸업에 따른 매입세액에 대한 안분계산을 누락하여 부당하게 매입세액을 공제하고, 분양계약서상 분양수수료를 초과하여 분양대행수수료를 과다하게 필요경비에 산입하는 등 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이루어진 것이므로 적법하다고 주장한다.
• 나. 관계 법령 구 국세기본법 제81조의3 (세무조사권 남용금지) 구 국세기본법 시행령 제63조의2 (중복조사의 금지)
• 다. 판단 구 국세기본법 (2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의 3 제2항은 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등을 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여는 중복세무조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 이 사건에 있어서 중부지방국세청장의 2차 세무조사가 위법한 중복세무조사에 해당하는지 여부에 관하여 살펴보기로 한다. 앞서 채택한 증거, 갑 제6 내지 8호증, 을 제3 내지 6, 8호증(각 가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 종합하면, 중부지방국세청장의 원고에 대한 1 차 세무조사 결과 원 고가 상가 분양수입금액 732,280,000원의 신고를 누락하고 복리후생비 등 업무무관경비 11,437,000원을 필요경비로 과다계상한 사실이 적발되어, 피고가 원고에 대하여 앞 서 본 바와 같은 종합소득세 및 부가가치세를 부과한 사실, 이후 국세청은 2006. 4. 20.부터 2006. 5. 12.까지 사이에 실시한 중부지방국세청에 대한 정기종합감사에서 원 고가 이 사건 상가분양과 관련하여 과세·면세 겸용사업자로서 공통매입세액을 안분하여 불공제하여야 함에도 분양대행수수료 2003년 제1기 500,000,000원, 2003년 제2기 2,390,990,000원에 대하여 안분계산을 누락하고, 당초 원고가 신고한 분양수입금액과 분양대행계약서상의 분양가액 비교시 분양대행 수수료가 과다계상되었으며, 원고가 소명한 분양대행수수료의 지급내역이 원고가 운영한‘○개발’의 회계처리 및 장부와 일치 하지 않은 사실 등을 밝혀내고, 이를 지적하여 중부지방국세청장에게 원고에 대한 재조사를 실시할 것을 지시한 사실, 이에 중부지방국세청장은 2차 세무조사를 실시하여 앞서 본 바와 같은 사실을 적발함에 따라, 피고가 이 사건 처분에 이른 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 중부지방국세청장이 당초 원고에 대한 1 차 세무조사 이후 또 다시 2차 세무조사를 실시하게 된 것은, 국세청의 정기감사를 통해 필요경비에 산입된 분양대행수수료가 과다계상되거나 분양수입금액이 과소하게 계상된 점 등이 1 차 세무 조사 이후 새로이 적발되어 원고의 종합소득세 등의 추가 탈루 혐의가 인정되었기 때 문이라 할 것이므로, 이는 구 국세기본법 제81조의3 제2항 의 "조세탈루의 혐의를 인정 할만한 명백한 자료가 있는 경우"에 해당한다고 할 것이고, 따라서 2차 세무조사가 위법한 중복조사에 해당하여 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한 다.