가공세금계산서에 대한 국세부과 제척기간이 얼마인지 여부

1. 피고가 2007. 4. 16. 원고에게 한 2000년 제1기분 부가가치세 12,594,040원, 2000년 제2기분 부가가치세 22,179,150원, 2001년 제1기분 부가가치세 18,570,270원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 김포시 ○○면 ○○리 ○○○에서 ‘○○엠엔피’라는 상호로 합성수지제품 제조업을 영위하는 사업자로서, 2000년 제1기분부터 2001년 제1기분까지의 각 과세기간 동안 ○○화학의 최○석으로부터 2000년 제1기분 공급가액 51,870,000원, 2000년 제2기분 공급가액 94,945,000원, 2001년 제1기분 공급가액 82,700,000원 합계 229,515,000원 상당의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 교부받은 후 위 세금계산서상의 매입세액을 각 과세기간별 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 피고는, 위 최○석이 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상이므로 이 사건 세금계산서 역시 실물거래 없이 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불공제하여, 2007. 4. 16. 원고에게 2000년 제1기분 부가가치세 12,594,040원, 2000년 제2기분 부가가치세 22,179,150원 및 2001년 제1기분 부가가치세 18,570,270원을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 2007. 6. 19. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 국세심판원은 2007. 9. 12. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 피고는, 원고가 최○석으로부터 이 사건 세금계산서를 가공매입하였고 이러한 행위는 사기 기타 부정한 행위에 해당하여 부가가치세의 부과제척기간은 5년이 아닌 10년이므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, ① 피고가 이 사건 처분을 부과할 당시 이미 부가가치세의 부과제척기간인 5년이 경과하여 원고의 납세의무는 소멸하였고, ② 피고는 납세자의 장부 및 증빙자료의 법정보존기간인 5년이 도과된 후에 과세하면서 실지조사도 없이 막연한 추측에 의하여 이 사건 세금계산서를 가공거래에 의한 세금계산서로 판단함으로써, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행되었다는 점에 관하여 충분한 정도의 입증이 되지 않았으므로 이 사건 처분은 근거과세의 원칙에 위배된다고 다툰다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 (납부세액) 국세기본법 제26조 (납세의무의 소멸) 국세기본법 제26조의2 (국세부과의 제척기간) 국세기본법 제85조의3 (장부 등의 비치와 보존)
• 다. 판단 (1) 국세기본법 제26조의2 제1항 은 국세부과의 제척기간을 규정하면서, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급, 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(제1호), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(제2호), 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(제3호)으로 각 규정하고 있다. 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세범처벌법 제9조 의 ‘사기 기타 부정한 행위’와 마찬가지로, 조세포탈의 의도를 가지고, 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위가 있음을 의미하는 것이고, 이러한 행위가 수반됨이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 과세표준을 과소신고하여 이에 대한 조세를 납부하지 아니한 사실은 부정행위에 해당되지 아니한다(대법원 2005. 3. 25. 선고 2005도370 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 을 제2, 3, 7, 8, 9호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 이 법원의 국민은행장에 대한 사실조회결과에 의하면, 원고의 매입처인 최○석은 1998. 8. 31. 김포시 ○○동 ○○○-2에서 ‘○○화학’이라는 상호로 제조 합성수지 등의 사업을 목적으로 사업자등록을 한 후 2001. 9. 30. 폐업한 자로서, 위 ○○화학을 운영하면서 2000. 1.부터 폐업할 때까지 총 매입액 709,041,000원 상당액 중 88%에 이르는 624,737,000원 상당액을 자료상으로부터 가공매입한 사실, 피고는 최○석에 대한 자료상조사를 진행하던 도중 최○석이 2005. 3. 28. 사망하는 바람에 2006. 5.경 최○석에 대한 자료상조사를 종결하였는데, 원고가 국민은행 통장(계좌번호: A)을 통하여 ○○화학의 최○석에게 2000. 4. 15. 지급한 것으로 기재되어 있는 10만원 수표 50장 중 13장은 2000. 4. 18. 원고의 위 통장으로 다시 입금되고, 3장은 원고의 배우자인 민○연에게 지급된 사실은 인정할 수 있으나, 위 인정사실만으로는 원고가 최○석으로부터 이 사건 세금계산서 전체를 실물거래 없이 허위로 작성하여 이를 과세관청에 제출하는 등 원고의 위계 기타 부정한 적극적인 행위가 있었다고 추단하기에 부족하고 달리 이를 인정하기에 족한 증거가 없으므로, 원고가 이 사건 부가가치세를 포탈하기 위하여 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 단정하기는 어렵다. 따라서 이 사건 처분인 부가가치세의 부과제척기간은 5년이라 할 것인데, 피고의 이 사건 처분은 그 각 확정신고기한인 2000. 7. 25, 2001. 1. 25. 및 2001. 7. 25.의 각 다음날로부터 5년이 경과한 후에 이루어졌음이 역수상 분명하므로, 피고의 이 사건 처분은 국세부과의 제척기간을 도과하여 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.