부외원가의 손금인정

1. 피고가 2004. 10. 14. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세398,460,761원의 부과처분 중 314,890,924원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2004. 10. 14. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세 398,460,761원의 부과처분 중 209,485,606원을 초과하는 부분 및 2001년 제2기분 부가가치세 245,538,030원 의 부과처분 중 217,049,794원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 공항화물용 계량기를 제작하여 DDDD항공과 대한항공에 납품하는 업체로, 2000. 10. 23. CC건설 주식회사(이하 ‘CC건설’이라 한다)와 사이에 CC건설이 서울 서대문구 AA동 AA 제3구역재개발주택조합(이하 ‘조합’이라 한다)으로부터 ‘AA원 CC아파트1이하 ‘이 사건 아파트’라 한다) 건설공사비 및 대여금의 변제로 받은 조합 소유 자산인 이 사건 아파트단지 내 미분양상가, 상가분양미수금채권, 보유현금 등 (이하 ‘처분수탁자산’이라 한다)의 처분ㆍ추심 권한을 위임받는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 이 사건 계약(갑 제1호증)의 주요 내용은 다음과 같다. 제1조(목적) 조합과 원고 사이의 종전 분양계약은 이 사건 계약 체결과 동시에 무효화하고, 원고는 조합과 CC건설간의 자산양도에 따라 자산 처분권한을 원고에게 위임하고 이에 따라 CC건설과 원고의 권리 의무를 정함에 있다. 제2조(채무상환)

1. 원고는 조합의 자산을 처분한 금액을 조합이 CC건설에게 상환하여야 할 채무금 및 등기 비용(근저당설정·말소, 가압류 해제, 신탁등기수수료) 일체를 CC건설에게 상환한다.

2. 원고는 자산처분의 수입금으로 조합의 CC건설에 대한 채무금 및 등기비용을 최우선 상환하여야 한다. 단 등기비용은 총액 34,000,000원으로 하며 다소 금액의 증감이 있을 경우 실비 정산하기로 한다. 제8조(입금구좌) CC건설에게 상환하여야 할 모든 금액은 조합과 CC건설 간에 체결한 합의 약정서 제9조에 따라 CC건설 단독구좌에 입금하여야 한다. 제11조(조합운영비용) 원고는 조합자산처분으로 조합운영비용 4억 원을 조합에게 지급하기로 한다. 단, 조합운영비용 4억 원은 현재 조합보유현금 중 CC건설과 원고 간의 약정 체결과 동시에 CC건설이 원고에게 지급한 금액 및 이민자 소송 승소시의 금액을 공제한 금액이다. 제12조(초과수입금)

1. 원고의 수입금은 상기 제2조 및 제11조의 금액을 상환한 후 잔여금액과 잔여 점포로 한다.

2. 상기 제1항을 제외한 CC건설의 통장에 입금된 초과 금액은 원고 명의 통장에 입금하기로 한다.

3. 조합이 CC건설에게 상환하고 남은 금액 및 점포 수입금은 원고의 분양수수료, 상가 기투 입비용 조로 사용하며, 이에 대해 조합과 CC건설은 어떠한 이의도 제기하지 아니한다.

4. CC건설은 원고에게 자산 처분에 필요한 비용을 지급하기로 하며, 비용은 상가분양(잔금 포함)시 원고의 구좌에 입금된 금액 중 분양대금 10%를 지급하기로 하며, 보류세대는 5%의 수수료를 지급한다. 제13조(기타)

1. 상기 제12조(약정서상 제10조로 되어 있으나, 제12조의 오기로 보인다) 제1항의 원고의 수입금(잔여금액 및 잔여점포)으로 원고는 AA3구역 재개발상가와 관련된 제반 모든 사항(기제 기된 민원 포함)을 책임지고 처리하기로 하고, 이와 관련 CC건설에게 어떠한 청구도 하지 않는다.

• 다. 피고는 원고가 이 사건 계약에 따라 CC건설로부터 위임받은 업무를 수행하는 과정에서 발생한 분양수입수수료 및 경비 등을 신고함에 있어서 분양수입수수료 등 수 입금액의 신고를 누락하였다는 이유로 2004. 10. 14. 원고에 대하여 2001 사업연도 법인세 608,668,830원 및 2001년 제2기 부가가치세 286,263,920원을 경정고지하였다.
• 라. 이에 불복하여 원고는 2004. 11. 15. 국세섬판원에 심판청구를 제기하였고, 국세 심판원이 2007. 1. 11. 원고의 청구를 일부 인용하는 결정을 함에 따라, 피고는 2007. 2.경 2001사업연도 법인세를 398,460,760원으로, 2001년 제2기 부가가치세를 245,053,830원으로 감액경정하였다(위 2004. 10. 14. 경정고지한 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 위와 같이 각 감액되고 남은 2001 사업연도 법인세 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 2001년 제2기 부가가치세 부과처분을 ’이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하며, 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 별지1. ‘부외원가 내역’의 ‘주장금액(원)’란 기재 각 금액은 모두 부외원가로서 2001사업연도의 손금에 산입되어야 하고, 또한 위 각 비용에 대한 매입세액도 공제되어야하므로 이 사건 법인세 부과처분 중 209,485,606원을 초과하는 부분 및 이 사건 부가가치세 부과처분 중 217,049,794원을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다고 주장한다.
• 나. 관계 법령 별지2. 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 이 사건 법인세 부과처분에 대한 판단 (1) 법인세법 제40조 제1항 은 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 사업연도로 한다고 규정하고 있는바, 원고 주장의 별지1. ‘부외원가 내역’의 ‘주장금액(원)’란 기재 각 금액(이하 순번으로만 표시한다)이 2001 사업연도에 지출된 비용으로 손금에 산입되어야 하는지 여부에 관하여 본다.

1. 법무사 최BB에게 지급한 비용 8,802,240원(순번1 기재 금액) 갑 제1, 2, 3호증, 을 제2, 3, 5호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 원고가 법무사 최BB에게 처분수탁자산 처분비용인 등기비용 으로 지급하였다고 주장하는 12,609,630원 중 2001. 2. 7. 지급된 690,000원, 2001. 3. 경 지급된 1,500,000원, 2001. 3. 22. 지급된 2,337,000원 합계 4,547,400원이 최BB에게 등기비용으로 지급되었다고 보아 2001 사업연도의 손금으로 산입한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 채택한 증거에 의하여 인정된다. 나아가 원고는 위 금액 외에 8,802,240원도 최BB에게 지급된 등기비용으로 2001 사업연도의 손금으로 산입되어야 한다고 주장하나, 갑 제2호증의 기재만으로는 2001 사업연도에 위 비용이 지출되었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 오히려 앞서 채택한 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고 주장의 위 8,802,240원 중 7,432,610원(919,500원 + 620,670원 + 598,590원 + 1,951,250원 + 1,837,200원 + 1,505,400원)은 2000 사업연도에 지출된 사실이 인정될 뿐이므로, 위 금액이 2001사업연도의 손금에 산입되어야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

2. 법무사 윤EE에게 지급된 비용 15,779,110원(순번2 기재 금액) 갑 제1, 2, 3호증, 을 제2, 3, 5호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 CC건설 명의로 개설하여 관리하던 계좌[이 사건 약정상 CC건설은 원고에게 처분수탁자산의 처분에 필요한 비용을 지급하기로 되어 있고(제12조), 원고가 CC건설에 상환하여야 할 모든 금액은 조합과 CC건설 사이의 약정에 따라 개설된 CC건설 계좌에 입금하도록 되어 있는 점(제8조) 등 이 사건 약정의 내용 등에 비추어 보면, 위 계좌는 원고가 관리하면서 처분수탁자산처분 비용 등을 지급하거나 분양대금 입금 용도로 사용한 것으로 인정되는 바, 이하 위 계좌를 'CC건설 계좌’라 한다]에서 법무사 윤EE에게 이 사건 처분수탁 자산의 처분비용인 등기비용으로 지급하였다고 주장하는 27,708,950원 중 2001. 2. 22. 2,159,840원이 윤EE에게 등기비용으로 지급되었음이 인정되어 피고가 위 금액을 원고의 2001사업연도의 손금으로 산업한 사실은 인정된다. 나아가 원고는 위 금액 외에 15,779,110원도 윤EE에게 지급된 등기비용으로 2001사업연도의 손금으로 산입되어야 한다고 주장하므로 살피건대, 갑 제2호증의 기재만으로는 2001 사업연도에 위 비용이 지출되었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 오히려 갑 제2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고 주장의 15,779,110원 중 5,472,010원은 2000. (10. 23.에, 나머지 2,159,840원 은 2000. 11. 20.에 각 지출된 사실이 인정될 뿐이므로, 위 금액이 원고의 2001 사업연도의 손금에 산업되어야 한다는 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 토지신탁비용으로 지급된 9,000,000원(순번3 기재 금액) 원고는 한국토지선닥에게 토지신탁비용으로 지급한 9,000,000원은 2001 사업연도의 손금으로 산업되어야 한다고 주장하나, 갑 제2, 3호증의 각 기재에 의하면, 2000사업연도인 2000. 12. 19. CC건설 계좌에서 한국토지신탁에 토지신탁비용으로 9,000,000원이 지급된 사실이 인정될 뿐, 2001 사업연도에 토지신탁비용 9,000,000원이 지급되었다는 사실을 인정할 만한 증거가 없으므로, 위 비용이 원고의 2001사업연도의 손금에 산입되어야 한다는 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

4. 잔여점포 분양수수료 5,000,000원(순번2 기재 금액) 갑 제3호증의 기재, 증인 조GG의 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 아파트 미분양상가 분양수수료로 2001. 3. 24. 방FF에게 4,000,000원, 조GG에게 1,000,000원을 각 지급한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 각 비용은 원고의 2001 사업연도의 손금에 산입함이 상당하다.

5. 미분양상가 제세금 136,720,000원(순번 5 기재 금액) 원고는 처분수탁자산인 미분양 상가를 추가 분양함에 따라 부과된 부가가치세, 재산세 등으로 136,720,000원을 납부하였으므로 이를 손금에 산입하여야 한다고 주장 하나, 갑 제6호증의 기재, 증인 이KK의 증언만으로는 원고가 2001 사업연도에 제세금으로 136,720,000원을 지출하였다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

6. 미분양상가 관리비 25,799,070원(순번 6 기재 금액) 갑 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2001 사업연도에 처 분수탁자산인 미분양상가에 대하여 부과된 관리비로 합계 25,799,070원(2000. 10.부터 2000. 12.까지의 가스요금 7,784,920원, 전기요금 2,589,240원, 상하수도요금 4,499,025 원, 상가관리비 3,545,285원 및 2001. 3.부터 2001. 8.까지의 상가관리비 7,380,600원)을 지급한 사실이 인정되므로, 위 비용은 원고의 2001 사업연도의 손금에 산입함이 타당하다.

7. 수영장 인계 정산비용 64,317,240원(순번 7 기재 금액) 갑 제1, 3, 6, 8, 10호증의 각 기재, 증인 이KK 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 아파트 내 수영장(이하 ’이 사건 수영장’이라 한다)은 원래 1998. 4. 29. 조HH에게 13억 5,000만 원에 분양되었으나 이후 위 조HH는 1998. 8. 5.경 이 사건 수영장에 관한 분양계약을 포기한 사실, 이후 원고는 대표이사인 구재우 명의로 이 사건 수영장을 관리하여 오던 중, 2000. 10. 7. 박JJ에게 이 사건 수영장을 8억 원에 분양하였고, 원고와 박JJ는 이 사건 약정 이후 2001. 1. 27.경 수영장 장기회원 회비, 직원급여, 관리비 등을 정산하기로 약정한 사실, 그에 따라 박JJ는 2001. 1.경 원고에게 이 사건 수영장 분양대금 8억 원 중 위와 같은 내용의 정산금 5,000만 원을 제외한 나머지 7억 5,000만 원만을 지급한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 수영장 관리비 등으로 지출된 위 정산금 5,000만 원은 원고의 2001 사업연도의 손금으로 인정함이 타당하다. 나아가 원고는 박JJ에게 위 정산금으로 현금 14,317,240원을 더 지급하였다는 취지로 주장하나, 증인 이KK의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인 정할만한 증거가 없으므로, 위 14,319,240원도 원고의 2001 사업연도의 손금으로 산입되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

8. 수영장 보수공사비용 인수대금 23.500.000원(순번 8 기재 금액) 갑 제10 내지 13호증의 각 기재, 증언 이KK의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면, 당초 원고로부터 이 사건 수영장을 분양받은 조HH는 공사업자에게 수영장 보수공사를 도급 주었으나 그 공사대금을 지급하지 아니한 사실, 이후 조HH와의 분양 계약이 해제되고, 박JJ가 2000. 10. 7. 이 사건 수영장을 분양받은 이후 앞서 본 바와 같은 원고와 박JJ 사이의 정산합의에 따라 원고는 2001. 1.경 수영장 보수공사를 한 공사업자에게 미지급 공사대금으로 합계 23,500,000원(박용찬에게 3,000,000원, 정NN에게 5,500,000원, 박MM에게 15,000,000원)을 지급한 사실이 인정되므로 위 금액은 원고의 2001 사업연도의 손금에 산입함이 상당하다.

9. 상가 민원제기 합의금 13.000.000원(순번 9 기재 금액) 갑 제1, 6, 13, 14호증의 각 기재, 증인 이KK의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면, 상가 수분양자들이 이 사건 아파트 상가의 하자보수를 요구하며 서울 서대문 구청에 집단민원을 제기한 사실, 이 사건 계약에는 원고가 위와 같은 민원을 처분수탁 자산 처분금액으로 해결할 것이 포함되어 있는 사실(이 사건 약정 제13조), 이에 따라 원고는 2001년경 상가 수분양자들로 구성된 상조회의 대표인 김영철에게 합의금 명목으로 13,000,000원을 지급한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 위 금액은 원고의 2001사업연도의 손금에 산입함이 상당하다.

10. 상가분양 중개수수료 63,000,000원(순번 10 기재 금액) 갑 제17, 33호증의 각 기재, 증인 조GG의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 약정 이후 조GG, 김OO, 김PP, 박QQ 등에게 미분양 상가 분 양시 분양금액의 0.8%를 중개수수료로 지급하기로 한 사실, 이에 따라 원고는 2001년 경 조GG에게 5차례에 걸쳐 합계 52,000,000원(10,000,000원 + 2,000,000원 + 5,000,000원 + 5,000,000원 + 30,000,000원), 2001. 4. 24. 김OO에게 5,000,000원, 2001. 9. 7. 김RR에게 2,000,000원, 2001. 9. 7. 박QQ에게 4,000,000원을 각 분양수수료로 지급하여 총 63,000,000원을 지급한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면, 위 63,000,000원은 원고의 2001 사업연도의 손금에 산입함이 상당하다.

11. 2000년 조합매출신고액 45.000.000원(순번 11 기재 금액) 원고는 2000년 제2기분 부가가치세 신고시 첨부한 매출세금계산서 중 공급받는 자를 조합 명의로 한 2000. 12. 30.자 공급가액 45,000,000원의 매출세금계산서는 사실은 CC건설로부터 이 사건 계약에 따라 지급받은 비용(분양수수료)인데, 원고가 실수로 조합을 공급받는 자로 하여 발행한 것이므로, 위 45,000,000원은 이 사건 계약에 따라 지출된 비용으로서 원고의 2001사업연도의 손금에 산입되어야 한다는 취지로 주장하나, 원고 주장 자체에 의하더라도 위 45,000,000원은 2000년 제2기 부가가치세 과세기간(2000. 7. 1. ~ 2000. 12. 31.)에 지출된 비용으로서 2000년 제2기분 부가가치세에 대한 경정청구 및 2000 사업연도의 손금으로 산입될 수 있는지 여부는 별론으로 하더라도 위 45,000,000원이 2001 사업연도의 손금에 산입되어야 한다고 볼 수는 없다.

(2) 위와 같은 판단을 종합하면, 원고의 2001 사업연도의 손금에 산입하여야 함에도 손금에 산업하지 아니한 부외원가는 별지2. 부외원가 내역의 ‘손금(원)’란 기재와 같다 할 것인바, 위 부외원가 합계 180,299,070원을 손금에 산입하여 2001 사업연도 법인세액을 계산하면 별지3. ‘정당한 세액표’ 기재와 같이 314,890,924원이 되므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 314,890,924원을 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이다.

• 라. 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 판단 원고는 별지1 ‘부외원가 내역’의 ’주장금액(원)’란 기재 각 금원은 모두 부외원가로서 2001 사업연도에 지출된 비용이므로 2001년 제2기분 부가가치세액을 산정함에 있어 위 비용에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하므로 살피건대, 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받으면서 세금계산서를 교부받지 아니한 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 다.항에서 본 바와 같이 원고가 처분수탁자산 처분 비용으로 180,299,070원을 지출하였음에도 피고가 위 비용에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 세액으로 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였다고 하더라도, 위 비용 지출에 대하여 원고가 매입세금계산서를 교부 받았다는 점에 대한 주장ㆍ입증이 없는 이상, 이 사건 부가가치세 부과처분이 위법하다고 할 수는 없다.

그렇다면 이 사건 청구 중 이 사건 법인세 부과처분 중 314,890,924원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.