사실과 다른 세금계산서 인지 여부

1. 이 사건 소 중 피고 ○○○세무서장의 2006. 1. 10.자 2002년 2기분 부가가치세 3,541,910원의 부과처분 및 피고 ○○○세무서장의 2006. 8. 3.자 2002년 귀속 종합소득세 7,981,550원, 2006. 8. 17.자 2003년 귀속 종합소득세 8,764,650원의 각 부과처분의 취소를 구하는 부분을 모두 각하한다.

2. 원고의 피고 ○○○세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고 ○○○세무서장이 원고에 대하여 한 2006. 1. 2.자 2003년 1기분 부가가치세 3,390,490원, 2006. 1. 10.자 2002년 2기분 부가가치세 3,541,910원의 각 부과처분과, 피고 ○○○세무서장이 원고에 대하여 한 2006. 8. 3.자 2002년 귀속 종합소득세 7,981,550원, 2006. 8. 17.자 2003년 귀속 종합소득세 8,764,650원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 ‘○○○○’이라는 상호로 주방용품 도·소매업을 영위하면서 2002년 제2기 과세기간에 주식회사 ○○○○(이하 ‘○○○○’이라고만 한다) 명의의 공급가액20,350,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 제1세금계산서’라고 한다)를, 2003년 제1기 과세기간에 ○○○○ 주식회사 (이하 ‘○○○○’라고만 한다) 명의의 공급가액23,107,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 제2세금계산서’라고 한다)를 각 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제하고, 종합소득세 필요경비에 산입하여 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하였다.
• 나. 피고 ○○○세무서장은 이 사건 제1,2세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 공제하지 아니하고, 원고에 대하여 2006. 1. 2.자로 2003년 1기분 부가가치세 3,390,490원, 2006. 1. 10.자로 2002년 2기분 부가가치세 3,541,941원을 각 부과하고 (이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라고 한다), 소득세 과세자료를 피고 ○○○세무서장에게 통보하였다.
• 다. 피고 ○○○세무서장은 위 과세자료에 근거하여 이 사건 제1, 2 세금계산서 공급가액을 필요경비에 산입하지 아니하고, 원고에 대하여 2006. 8. 3.자로 2002년 귀속 종합소득세 7,981,550원, 2006. 8. 17.자로 2003년 귀속 종합소득세 8,764,650원을 각 부과하였다.(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라고 한다).
• 라. 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2006. 1. 2.자 2003년 1기분 부가가치세 부과처분에 불복하여 2006. 2. 22. 이의신청을 제기하고(2006. 3. 24. 이의신청 기각), 2006. 4. 12. 국세심판원에 심판청구를 하였으나(2006. 11. 16. 심판청구 기각), 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2006. 1. 10. 자 2002년 2기분 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분에 대하여는 따로 전심절차를 거치지 아니하였다. [인정근거] 다툼없는 사실, 을 제1 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고의 본안전 항변 피고는 이 사건 소 중 2006. 1. 10.자 2002년 2기분 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분의 취소청구 부분은 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다고 주장한다.
• 나. 판단 국세처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하고자 하는 경우 먼저 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거쳐야 하고(국세기본법 제56조 제2항), 위 심사청구 또는 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기해야 하는데(국세기본법 제61조, 제68조), 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2006. 1. 2. 자 2003년 1기분 부가가치세 부과처분에 대하여는 전심절차를 거쳤으나, 2002년 2기분 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분에 대하여는 전심절차를 거치지 아니하고 이 사건 소를 제기하였으므로, 이 사건 소 중 2002년 2기분 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다 할 것이다.

3. 2003년 1기분 부가가치세 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고가 실제 알루미늄 등을 매입하고 이 사건 제1,2세금계산서를 교부받았음에도 불구하고, 피고가 현장조사나 증빙서류의 확인 없이 위 세금계산서를 가공이라고 보아 원고에 대하여 부가가치세를 부과한 것은 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지와 같다.
• 다. 판단 살피건대, 을 제7호증의 1,2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○○은 2003. 원고에게 23,107,000원 상당의 제품박스를 납품하였으나 위 ○○○의 사업자 등록증이 없어 ○○○○ 명의의 이 사건 제2세금계산서를 원고에게 교부한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 이 사건 제2세금계산서는 세금계산서에 기재된 사업자가 실제 거래상대방과 달라 그 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다 할 것이다. 그렇다면 이 사건 제2세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 아니한 2003년 1기분 부가가치세 부과처분은 적법하고, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없다 할 것이다.

그러므로 주문과 같이 판결한다.