사업자등록전 매입세액에 해당하여 사실과 다른 세금계산서로 본 처분의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2006. 5. 19. 원고에 대하여 한 2005년 2기 귀속 부가가치세 환급거부처분(환급액 158,166,905원) 및 가산세 15,816,690원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 재단법인 00교유지재단(이하 ‘재단법인’이라고 한다)은 대한민국 내 ㅇㅇ인 교회의 예배전도, 교육, 구호 및 연보사업에 필요한 재산의 관리운영을 목적으로 설립된 법인이고, 원고는 위 재단법인에 소속된 교회이다.
• 나. 재단법인은 자신 소유의 인천 중구 00동3가 00 대 991.7㎡ 위에 근린생활시설 건물을 신축하기 위하여 2002. 10. 30. 인천광역시 중구청장으로부터 건축허가를 받고 2003. 2. 21. 착공하였으나, 2004년경 건물시공을 맡은 ‘00건설’이 부도가 나 신축공사는 중단되었다.
• 다. 이후 재단법인은 2005. 10. 14. ‘00산업’이라는 상호로 건물임대업 등을 영위하는 사업자인 000과 사이에, 000이 재단법인 소유의 위 토지 위에 자신의 비용부담과 책임 하에 소유권을 재단법인 앞으로 하는 건물 2동을 신축하고, 이에 대하여 재단법인은 000에게 제3자에 대한 임대권한을 포함하여 15년간 신축건물을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 부여하는 내용의 투자개발계약을 체결하였다.
• 라. 000은 주식회사 00종합건설 등에게 위 건물신축공사를 도급 주어 근린생활시설 용도의 건물 2동(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 완공하고, 2005. 12. 2. 인천광역시 중구청장으로부터 사용승인을 받았다.
• 마. 재단법인은 2005. 12. 31. 이사회를 열어 000이 이 사건 건물공사에 투입한 공사비를 1,581,669,055원으로 확정하였고, 원고 교회의 대표자인 목사 000은 이후 원고가 이 사건 건물의 임대사업을 위하여 사업자등록을 하는 경우 매입세액을 공제받기 위하여 자신 명의로 000으로부터 작성일자가 2005. 12. 31., 공급가액 1,581,669,055원, 세액 158,166,905원으로 된 세금계산서 1장(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)을 교부받았다.
• 바. 이어서 원고는 2006. 1. 13. 00세무서장에게 대표자를 000, 사업장소재지를 인천 ○구 ○○동 0-0, 사업의 종류를 부동산임대업으로 하는 사업자등록을 신청하여 법인사업자용 사업자등록증을 발급받았다.
• 사. 원고는 2006. 1. 25. 2005년 2기분 부가가치세 확정신고시 매출세액 0원, 매입세액 158,166,905원으로 신고하면서 매입세액 158,166,905원에 대한 부가가치세 환급신청을 하였다.
• 아. 이에 대하여 피고는 현지확인조사를 통하여 이 사건 세금계산서의 거래시기(공급시기)가 이 사건 건물의 사용승인일인 2005. 12. 2.이라고 보아, 위 세금계산서의 매입세액이 원고가 사업자등록을 마친 2006. 1. 13.로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액이 아니어서 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 소정의 사업자등록 전 매입세액에 해당한다는 이유로 매입세액을 불공제하여, 2006. 5. 1. 원고 교회의 위 환급신청을 거부하고, 2005년 2기분 부가가치세(신고불성실가산세) 15,816,690원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 환급거부 및 부과처분’이라고 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증, 갑 제4 내지 6호증, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제11, 13호증, 을 제1, 2호증, 을 제4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 환급거부 및 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 부가가치세법 제9조 제1항 제3호 에 의하면, 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때를 재화의 공급시기로 규정하고 있는바, 이 사건 건물의 공급은 원고가 소속된 재단법인과 ㅇㅇㅇ 사이의 투자개발계약에 비추어 일반적인 재화의 공급과는 달리 기부채납이라고 하는 특수한 형태의 재화의 공급으로서, 그 공급시기는 공사비총액이 확정되어 기부채납절차가 완료된 때이므로, ㅇㅇㅇ이 차후 발생예정인 공사비까지 포함하여 총 공사비를 산정해 이 사건 세금계산서를 발행한 2005. 12. 31.이라고 할 것이다. 그런데, 그 때는 원고의 사업자등록 신청일인 2006. 1. 13.로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액이므로, 당연히 매입세액을 공제하여야 할 것임에도 불구하고, 매입세액을 불공제한 이 사건 환급거부 및 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판 단

(1) 이 사건 건물의 공급이 재화의 공급인지, 또는 용역의 공급인지 여부 앞서 든 증거에 의하면, 재단법인을 건축주로 한 건축허가가 나와 있는 상황에서 000이 재단법인과의 투자개발약정에 따라 자신의 비용부담과 책임 하에 주식회사 00종합건설, ㅇㅇㅇㅇ공사, 주식회사 000시스템 등에 도급주어 이 사건 건물을 완공하게 하였고, 이후 재단법인은 곧바로 자기 앞으로 이 사건 건물에 관한 소유권보존 등기를 경료한 사실을 인정할 수 있는바, 이는 000이 스스로 건축주가 되어 이 사건 건물에 관하여 일단 자신 앞으로 소유권보존등기를 마친 후 비로소 재단법인에게 소유권이전등기를 마쳐주는 경우와는 달리 000이 제3자를 이용하여 건축주인 재단법인에게 건설용역을 제공한 것으로 봄이 상당하다.

(2) 이 사건 건설용역의 공급시기 부가가치세법 제9조 제항은 ‘역무가 제공되는 때’등을 용역의 공급시기로 삼으면서 제4항에서 공급시기에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고, 이에 따라 그 위임을 받은 부가가치세법 시행령 제22조 는, ① 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때(제1호)를, ② 완성도기준지급・중간지급・장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(제2호)를, ③ 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(제3호)를 각 그 용역의 공급시기로 규정하고 있는바, 이에 의하면 역무의 제공이 완료되었음에도 공급시기가 도래하지 아니하였다고 보는 예외적인 경우는 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니한 경우이고(위 제3호), 용역제공 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 된다할 것이다(대법원 1999. 5. 14. 선고 98두3952 판결, 대법원 2004. 11. 26. 선고 2004두4796 판결 참조). 이 사건 건설용역의 경우, 용역제공 완료시 000에 의해 공급가액 확정이 가능하여 통상적인 용역공급에 해당한다고 할 것이므로, 역무의 제공이 완료되는 때를 용역의 공급시기로 보아야 할 것인데, 건축법 제18조 에 의하면, 건축물의 사용승인은 건축주가 건축허가를 받거나 신고를 한 건축물의 건축공사를 완료한 후 그 건축물을 사용하고자 하는 경우 허가권자에게 신청하는 것으로서(제1항), 건축주는 사용승인을 얻은 후가 아니면 그 건축물을 사용하거나 사용하게 할 수 없는 점(제2항), 건축주가 사용승인을 얻은 경우에는 관련법률에 의한 각종 검사를 받은 것으로 의제되는 점(제4항) 등에 비추어 보면, 이 사건 건설용역은 이 사건 건물의 사용승인일인 2005. 12. 2.에 제공완료되었다고 봄이 상당하므로, 2005. 12. 2.이 건설용역의 공급시기라고 할 것이다. 이에 대하여 원고는 위 사용승인일 이후에도 잔여공사가 있었다고 주장하나, 갑 제5호증의 기재만으로는 이를 인정하기에 미흡하고, 달리 사용승인일 이후 잔여공사가 있었음을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 이 사건 건설용역 관련 매입세액이 등록 전 매입세액인지 여부 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 는 사업자등록의 성실한 이행을 확보하기 위하여 사업자등록 전의 매입세액을 공제대상에서 제외하면서도, 그 단서와 그에 따른 부가가치세법 시행령 제60조 제9항 은 예외를 인정하여 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액은 이를 공제할 수 있도록 규정하고 있는바, 여기서 공제대상이 되는 등록 전 매입세액에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 부가가치세법 제9조 제2항 (재화공급의 경우에는 제1항)에서 규정하는 거래시기(공급시기)가 그 기준이 된다고 할 것이다. 그런데, 원고의 이 사건 건설용역 관련 매입세액은 그 공급시기가 2005. 12. 2.이므로, 원고가 사업자등록을 신청한 2006. 1. 13.로부터 역산하여 20일을 초과하는 매입세액으로서 매입세액 공제대상에 해당하지 아니한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없고, 결국 이 사건 환급거부 및 부과처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.