유치권포기대가로 지급한 부가가치세매입세액을 공제할 수 있는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005. 6. 13. 원고에게 한 2005년 제1기 부가가치세 102,309,900원의 부과처분을 취소한다(아래에서 보는 바와 같이 93,009,000원의 환급을 거부한 결정과 신고불성실가산세 9,300,900원의 부과처분의 취소를 구하는 취지로 선해한다).

• 가. 원고는 2005. 3. 10. ○○○○제조 주식회사(이하 ‘○○○○’라 한다)로부터 ○○ ○구 ○○동 000-000 공장부지 39,792㎡ 및 그 지상에 산재한 공장건물 연면적 합계 34,645.34㎡(이하 위 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 자신의 사업장으로 사용하기 위하여 250억원(토지 부분 211억 4,000만원+건물부분 38억 6,000만원)에 매수하고, 이와는 별도로 2005. 2. 17. 영창악기와 이 사건 부동산의 매매위임약정을 체결하고 있던 ○○산업개발 주식회사(이하 ‘○○산업’이라 한다)에게 이 사건 부동산에 관한 유치권포기 대가로 11억원을 지급하면서 그로부터 공급가액 11억원, “매입세액 1억 1,000만원(이하 ‘이 사건 유치권 매입세액’이라 한다)”의 세금계산서를 교부받았다.
• 나. 원고는 2005. 5. 4. 피고에게 이 사건 유치권 매입세액과 다른 매입세액을 합한 1,562,469,527원(최초 신고시 1,592,792,743원)을 매출세액에서 공제하여 203,230,240원(최초 신고시 235,069,619원)의 부가가치세 수정 환급신고를 하였다.
• 다. 그러나 피고는 2005. 6. 13. 이 사건 유치권 매입세액은 이 사건 부동산의 취득과 관련된 부대비용으로 보고, 부가가치세법 제61조 제1항 규정에 따라 원고가 이 사건 부동산을 취득한 토기가액과 건물가액 비율로 안분계산하여 토지분에 해당하는 93,009,000원(‘매입세액 110,000,000원×토지 가액 21,140,000,000원/이 사건 부동산 가액 25,000,000,000원’은 계산상 93,016,000원이 되나, 피고는 착오로 7,000원을 적게 계산한 것으로 보인다)은 토지관련매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니하고(부가가치세법 제17조 제2항 제4호), 신고불성실가산세(10%) 9,300,900원을 가산하여 원고가 수정 환급신고한 금액에서 102,309,900원(= 93,009,000원+93,00,900원)을 공제한 100,920,330원(‘203,230,240원-102,309,900원’은 100,920,340원이 되나, 10원의 차이는 편의상 무시하기로 한다)을 환급결정하였다(피고가 원고에 대하여 위와 같이 이 사건 유치권 매입세액 중 93,009,000원을 불공제함으로써 환급을 거부한 결정과 신고불성실 가산세 9,300,900원의 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증, 갑5, 6호증의 각 1, 2, 갑7, 8, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

○○산업이 이 사건 부동산의 공장건물 리모델링 공사비 11억원을 ○○○○로부터 지급받지 못해 이 사건 부동산 중 건물에 대해서 유치권을 행사하고 있던 것을 원고가 ○○산업에 유치권 포기의 대가로 11억원을 지급한 후 건물의 점유를 이전받은 것이다. 따라서 위 11억원은 이 사건 부동산의 소유권 취득과는 별개이므로 이 사건 부동산의 취득에 관련된 비용으로 볼 수 없고, 설령 취득관련비용으로 본다고 하더라도 위 유치권은 건물에만 관련된 것으로서 이 사건 유치권 매입세액에는 토지관련매입세액이 포함되어 있지 않으므로 그 전액을 공제하여야 한다. 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 처분은 위법하다. 나 관련법령 ■ 부가가치세법 제12조(면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

제17조(납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 제21조(결정 및 경정)

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 ■ 부가가치세법 시행령 제60조(매입세액의 범위)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제61조(매입세액의 안분계산)견

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하“공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액= 공통매입세액 × ____________ 총 공급가액

• 다. 인정사실 앞서 든 각 증거와 갑3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다. (가) ○○○○는 2004. 2. 26. △△△ 외 9인과 사이에 ‘△△△ 외 9인이 ○○○○로부터 위임을 받아 이 사건 부동산을 리모델링하여 타에 매매하기로 하는 사업을 수행하되 매수인으로부터 받아낼 금액(매매위임약정 금액)은 262억원으로 하고, 공장 1동과 2동 사이에 설치된 육교철거비용은 △△△ 외 9인이, 2, 3동 사이에 설치된 육교철거비용은 ○○○○가 각 부담하며, 경계담장설치비용은 △△△ 외 9인과 ○○○○가 1/2씩 부담하기로 한다’는 내용의 매매위임약정을 체결하였다. (나) 그 후 ○○산업이 △△△ 외 9인으로부터 위 수임인의 지위를 승계하여 리모델링공사를 완료하였으나 ○○○○가 부담하여야 할 비용 11억원을 지급하지 않자 이 사건 부동산에 대하여 유치권을 행사하였다. (다) 원고는 2005. 3. 10. ○○산업의 중개로 ○○○○로부터 250억원에 이 사건 부동산을 매수하는 계약을 체결하였다. (라) 한편, 위 매매계약 체결에 즈음하여 원고는 2005. 2. 17. ○○산업과 사이에, ○○산업이 이 사건 부동산에 행사하고 있던 유치권을 포기하기로 약정하였고, 2005. 3. 10. ○○산업에게 그 대가로 11억원을 지급한 후 ○○산업으로부터 이 사건 유치권매입세액이 기재된 세금계산서를 교부받았다.
• 라. 판단 (1) 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 는 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 매입세액으로 공제한다는 원칙을 규정하고 있는 바, 그에 따르면 이 사건 유치권 매입세액은 원고가 이 사건 부동산을 자신의 사업장으로 사용하기 위하여 매수하면서 발생한 것으로서 일단 위 공제될 매입세액에 해당하는 듯이 보인다. 그러나 같은 조 제2항 제4호는 특별히 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입 세액’을 규정하고 있고, 같은 법 제12조 제1항 제12호는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급’으로 ‘토지의 공급‘을 들고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제6항은 같은 법 제17조 제2항 제4호에서 ’대통령령이 정하는 토지관련 매입세액‘이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 ’토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액‘(제1호), ’건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용에 관련된 매입세액‘(제2호), ’토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액‘(제3호)이라고 하고 있다. 따라서 이 사건 유치권 매입세액의 전부 또는 일부가 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 규정한 매입세액에 해당하는지 여부가 이 사건의 쟁점이라 할 것이다.

(2) 살피건대, 원고는 이 사건 부동산을 취득한다고 하더라도 ○○산업의 유치권행사에 의하여 제한이 있는 소유권을 취득할 수밖에 없으므로, 유치권포기의 대가로 지급한 11억원은 이 사건 부동산의 취득과 관련된 비용으로 봄이 상당하고, 한편 유치권의 성립요건인 ‘점유’는 사회통념상 유치권자가 사실적 지배에 속한다고 보여지는 객관적 관계에 있는 것을 말하는 것으로서 ○○산업의 유치권 행사범위에는 공장 건물 뿐만 아니라 공장건물이 들어서 있는 공장부지 전부가 포함되었던 것으로 보이므로(갑5호증의 1, 2의 각 기재에 의하면 원고와 ○○산업 사이에 체결된 유치권 양도 ․ 양수계약서에도 유치권의 대상물은 ‘이 사건 부동산 전체’로 되어 있다), 위 11억원은 공장건물 뿐만 아니라 공장부지에 대한 완전한 소유권의 확보를 위하여 지급된 금액이라고 할 것이고, 결국 이 사건 유치권 매입세액에는 토지관련매입세액 중 토지취득에 관련된 매입세액(부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제1호)이 포함되어 있다고 봄이 상당하다.

(3) 따라서 피고가 유치된 매입세액 중 토지부분에 해당하는 매입세액에 대해 매출 세액에서 공제하지 않고 한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 대법원2007두19652 (2007.11.30)

1. 상고를 기각한다.

2. 상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유에 관한 주장이 ‘상고심절차에 관한 특례법’ 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 포함하더라도 그 주장 자체로 이유없을 때 등에는, 더 이상 심리를 하지 아니하고 상고를 기각하되 그 판결에는 이유의 기재를 생략할 수 있도록 되어 있다(위 특례법 제4조, 제5조) 이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴 본 결과 위의 심리불속행 사유에 해당함이 명백하므로 상고를 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.