청구법인은 본인 책임 아래 쟁점사업에 대한 권한을 행사하였다고 보여져 쟁점사업을 단순 대행했다고 보기 어렵고,부가가치세법제29조제3항에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있으므로 쟁점사업 대행사업비는 부가가치세 과세표준에 포함됨
청구법인은 본인 책임 아래 쟁점사업에 대한 권한을 행사하였다고 보여져 쟁점사업을 단순 대행했다고 보기 어렵고,부가가치세법제29조제3항에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있으므로 쟁점사업 대행사업비는 부가가치세 과세표준에 포함됨
□□ △△ 등
□□ 시 소유 공공시설에 대한 관리(이하 “□□시 위탁사업”이라 하고 위탁사업의 대상이 되는 시설을 “쟁점위탁시설”이라 한다)를 수행하기로 하고, 매년 해당 대행사업비 1) 를 수령‧정산한 후 남은 잔액은 □□시에 반납하고 있다. 다. 청구법인은 법인세 신고 시 □□시 위탁사업수행에 따른 해당 대행사업 비를 수입금액에 포함하였으나, 대행(위탁)수수료만을 부가가치세 과세대상으로 신고하고, 나머지 대행사업비는 부가가치세 면제대상 으로 보아 부가가치세 신고하지 않았으며 자체 사업은 부가가치세 신고를 하였다. 라.
□□지방국세청 종합감사 결과 청구법인이 2019∼2023 사업연도 중 수행한 □□시 위탁사업 중 숙박시설, 운동시설 관리‧운영(이하 “쟁점사업”이라 한다)은 조세특례제한법 시행령(이하 “조특령”이라 한다) 제106조제8항단서(이하 “쟁점단서조항”이라 한다)에서 정하는 부가가치 세가 면제되지 아니하는 사업으로 보고, 처분청에 쟁점사업 대행사업비 상당액의 부가가치세 과세 대상 여부를 확인하여 신고 누락 여부를 검토하라는 권고지시를 하였다. 마. 이에 처분청은 2024년 6월 부가가치세 세무조사를 실시하고 2019년 제2기 ∼2023년 제2기 과세기간 중 쟁점사업과 관련된 대행사업비 상당액 6,414백만원 (공급가액)에 대해 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아 총 981백만원을 결정고지 하였고, 청구법인은 과 세전적부심사 청구를 거쳐 2025.2.4. 이 건 이의신청을 제기하였다.
1. 청구법인은 □□시가 100% 출자하여 설립한 지방공기업으로, □□시와 위‧수탁계약을 체결하고, 동 계약에 따라 체육‧문화시설, 숙박시설 등의 시설관리와 수입징수 업무를 대행하는 대행사업(□□시 위탁사업)과 △△△ 및 △△△ 등 자체 수익사업을 수행하고 있다.
2. □□시 위탁사업과 관련된 대행사업비 집행에 대하여 청구법인은 부가가치세법 제2조제3호 에서 규정한 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’에 해당하지 않는다고 판단하여 부가가치세 신고 및 납부를 하지 않았다.
1. 쟁점사업은 ‘위탁’이 아닌 ‘대행’으로 보는 것이 타당하다.
1. "위임"이란 법률에 규정된 행정기관의 장의 권한 중 일부를 그 보조기관 또는 하급행정기관의 장이나 지방자치단체의 장에게 맡겨 그의 권한과 책임 아래 행사하도록 하는 것을 말한다.
2. "위탁"이란 법률에 규정된 행정기관의 장의 권한 중 일부를 다른 행정기관의 장에게 맡겨 그의 권한과 책임 아래 행사하도록 하는 것을 말한다. 수탁사무의 처리에 관한 책임은 수탁기관에 있으며, 위탁기관의 장은 그에 대한 감독책임을 지고, 수탁사무에 관한 권한을 행사할 때에는 수탁기관의 명의로 하여야 한다(행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정제8조). 나) 지방자치법 제117조제2항 에 의하면, 지방자치단체의 장은 조례나 규칙으로 정하는 바에 따라 그 권한에 속하는 사무의 일부를 관할 지방자치단체나 공공단체 또는 그 기관에 위임하거나 위탁할 수 있으며, 이에 따라 지방공공기관은 자신의 명의와 책임으로 사업을 수행할 수 있다. 이처럼 지방자치단체의 사무 일부를 지방공공기관의 명의와 책임으로 수행하는 사업이 위탁사업인 것이다.
□□ 시의 책임과 계산으로 운영되고 있다. (1) 청구법인의 책임과 계산으로 운영한 것인지 판단하는 기준으로 ‘타인의 위험과 계산’에 의한 것인지는 쟁점사업의 경우 가격결정권의 주체, 영업에 따른 손익, 자산의 멸실‧훼손 등에 대한 위험부담의 귀속 주체, 관련 계약의 문헌 및 거래 관행 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는데(인천지법2016.6.9. 선고 2015구합52740), (2) 쟁점사업에서 부가가치를 창출하기 위한 수입수수료의 책정 및 결정에 대한 권한, 요금징수에 대해서는 위‧수탁계약서에 명시된 조항에 따라 □□시의 관련 조례에서 정하고 있으며, 쟁점사업에 소요되는 자금은 청구법인의 예산안 보고를 통해 최종적으로 □□시에서 예산 검토 및 결정을 하고 있고, 쟁점사업에서 발생한 수입금 및 비용의 유휴자금 이자소득에 대한 소유권한은 □□시에 있으므로 청구법인은 모든 이자소득을 □□시로 이전하고 있다. (3) 청구법인은 □□시로부터 교부받은 대행사업비 예산을 집행하는 경우 쟁점사업과 관련하여 단순한 대행자의 지위에서 재화와 용역을 공급하는 자 로부터 쟁점사업의 유‧무형자산을 소유하고 있으며, 수입과 비용에 대한 책임을 진 □□시를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 수취하고 있다. (4) □□시는 청구법인 설립 시부터 계속해서 경영관리부서의 관리자를 파견하고 있어, 청구법인 조직도의 경영관리부는 □□시의 영향을 받는다고 보는 것이 타당하다. (5) 또한 청구법인은 ‘지방공기업 결산기준’에 따라 회계처리하였으며, 이 결과로 손익계산서 및 법인세 신고 시 대행사업비가 수입으로 반영된 것일 뿐인데 이를 ‘청구법인의 자기책임과 계산’에 따른 것으로 판단하는 것은 타당하지 않다. 2) 청구법인의 쟁점사업에 대한 수행내용은 다음과 같으며, 이는 □□시 사업을 대행한 사업으로 부가가치세법상 사업자에 해당하지 않는다. 가) 청구법인의 사업은 □□시에 자금집행계획 및 예산안을 수립‧보고하고 최종 결정을 득한 후, 예산을 교부받고 있으며, 쟁점사업의 경우 사용자에게 징수한 수입금 전액을 □□시로 입금하고, 회계연도 종료시 집행잔액 및 발생이자를 □□시에 반납하고, 예산수지 상황과 함께 정산보고를 하고 있다. <쟁점사업 대상이 되는 시설> ①국민체육센터 수영장 ②국민체육센터 볼링장 ③ ●● 수영장 ④△△수영장 ⑤□□□□□□ 나) 청구법인은 위‧수탁계약서에서 정한 바와 같이 □□시 위탁사업을 추진함에 있어 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다하여야 하고, 위탁받은 지방정부대행업무에 대해 이용목적에 반하는 일체의 행위를 할 수 없으며, □□시의 승인없이 제3자에게 양도, 재위탁도 할 수 없다. 다) □□시의 지시 또는 공익상 필요에 따라 □□시는 계약을 해지하거나 기간 단축 등 필요한 조치를 취할 수 있으며, 청구법인은 이로 인한 손실의 보상 또는 이익의 반환을 청구할 수 없다고 명시되어 있다. 라) □□시에서 쟁점사업과 관련된 부가가치세 신고 및 세액을 정당하게 부담하고 있으며, 청구법인이 쟁점사업을 위해 수령한 사업비에 대한 집행잔액 전부가 반납되어 동 사업의 수익이 최종적으로 □□시에 귀속되므로 쟁점사업은 청구법인의 수익사업으로 볼 수 없다. 마) 쟁점사업과 관련한 단순 대행업무만을 하는 청구법인을 부가가치세 납세의무자로 보는 것은 타당하지 않다. (1) 부가가치세법에서는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 자를 사업자라 하여 납세의무자로 규정하고 있는데, 여기서 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자란 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적, 반복적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다. (2) 청구법인은 위‧수탁계약 당시부터 별도의 부가가치를 창출할 수 없는 사업형태로 계약되어 있으며, 대행사업비에 대해서도 일체의 부가가치가 창출 될 수 없도록 예산보고에 따라 대행사업비 수취, 예금이자의 반환, 위탁사업비 지출 후 잔액의 반환을 계약조건으로 하고 있으며 이를 계속 준수하고 있다. 다. 소결 1) 쟁점사업은 청구법인이 □□시의 사업을 대행하는 것으로 자기계산과 책임하에 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급한다고 볼 수 없다. 2) 쟁점사업과 관련된 수입은 전액 □□시로 귀속되며, 지출과 관련된 세금계산서의 수취가 청구법인이 아닌 □□시를 공급받는 자로 하고 있고, 위‧수탁계약서 조항의 수익 창출 및 결정의 주체가 □□시라는 점으로 볼 때 청구법인을 부가가치세법상 사업자로 보아 쟁점사업 대행사업비에 대하여 부과한 부가가치세 과세처분은 취소되어야 한다. 라. 처분청 의견에 대한 항변 처분청은 청구법인이 쟁점사업을 자기계산과 책임하에 수행하였다고 주장하나 아래 서류와 같이 청구법인은 쟁점사업의 매출을 □□시에 주기적으로 보고하고 있다. △△△△의 경우 온라인결제 및 현장결제(전부 카드결제임) 전액이 □□시장에게 매월 징수결정보고 될 뿐만 아니라, 해당 대금이 청구법인의 계좌를 거치지 않고 □□시 금융계좌로 입금된다. 수영장의 경우 부득이 현금매출이 발생하는 경우가 있어 매일 발생한 현금매출을 □□시 체육시설사업소에 보고하고 입금처리하고 있다. 이와 같이 쟁점사업의 경우 발생하는 매출은 청구법인의 금융계좌를 거치지 않을 뿐만아니라, 쟁점위탁시설에서 발행하고 있는 신용카드 매출전표 및 현금영수증의 공급자도 청구법인이 아니다. 따라서 쟁점사업은 청구법인의 자기계산과 책임하에 제공되었다고 볼 수 없다.
청구법인은 쟁점단서조항에 따라 부가가치세가 면제되지 않는 숙박, 운동시설에 대하여 쟁점사업을 자기계산과 책임하에 관리‧운영하였음에도 법령을 오인하여 □□시 위탁사업 전체를 면제대상으로 보아 부가가치세 신고누락하였다. 청구법인은 아래 <표1>과 같이 □□시의 여러 가지 사업을 위‧수탁받아 관리‧운영하고 있으며, 처분청은 □□시 위탁사업 중 숙박업(□□□□□□□□) 및 운동시설 운영업(수영장, 볼링장)을 부가가치세 과세표준 신고 누락한 것으로 보아 경정‧고지하였다. <표1>연도별 □□시 공공시설물 위탁사업 및 관련 사업비 현황 <표 생략> <쟁점사업 부가가치세 과세표준 누락 내역> <표 생략>
1. 청구법인은 □□시 위탁사업과 관련하여 □□시로부터 매년 인건비‧경비‧대행수수료 등으로 구성된 대행사업비 총액을 지급받고 있고, 독자적인 수입과 지출로 회계처리하고 있으며, 금액의 대부분은 청구법인의 인건비 등을 근거로 책정된 것으로 단순 업무대행이라는 주장은 근거가 없다. 가) 청구법인이 □□시에 제공하는 쟁점사업의 범위는 시설물의 관리‧운영 및 유지관리 업무, 시설이용료 징수 및 세입조치, 기타 시설물대여사업에 필 요한 업무로, 청구법인이 대행사업비를 자체 사용계획에 따라 □□시에 승인을 받아 지출하고 있고, 대행사업비에 대해 지배‧통제권이 없다고 주장하나, 법인세 신고 시 수 익금액으로 계상하였고, 대행사업비 대부분을 차지하는 인건비도 필요한 인력을 직접 공고, 근로계약 체결 후 지급하였음이 직원채용계획 및 공고문에 의해 확인되며, 소모품비, 복리후생비 등도 청구법인의 책임과 계산하에 지급하였다.
2. 다수의 판례에서도 청구법인과 유사한 사례에서 지방도시공사가 자기책 임과 계산하에 위탁사업을 수행한 것으로 보아 위탁사업비 전체를 부가가치세 과세대상으로 판단하였다. 사건번호 (최종사건번호) 판결유형 (최종판결) 요지 조심2015중1439 서울고법2017누32908 (대법원2017두60123) 기각 국승 국승 위탁계약에 따른 대행사업비와 위탁수수료를 본인의 계산으로 지출한 이상 대행사업비와 위탁수수료 전체가 용역의 대가이므로 대행사업비는 부가가치세 과세대상에 포함됨 조심2016중4286 서울고법2018누37993 (대법원2019두34333) 기각 국승 국승 이 사건 위탁관리비 전액이 이 사건 용역의 대가 이므로 부가가치세 과세표준은 이 사건 위탁관리비 전액에 해당하는 금액이지 이 사건 위탁관리비 중 일부분인 이윤에 해당하는 금액은 아님 수원지법2010구합5753 (대법원2011두18410) 국승 국승 지방공사가 지방자치단체에 용역을 제공하고 위탁수수료를 받은 경우 부가가치세 과세대상이며, 또한 지방공사는 조특법 제106조에서 부가가치세 면제대상으로 열거한 지방공단 및 한국수자원공사와 동일시 할 수 없음 서울행정2020구합50508 (서울고법2021눈30213) 국승 진행 원고가 지급받은 사업비는 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하며 공급한 이 사건 용역의 대가로서 부가가치세의 과세표준이 되고, 이 사건 용역은 부가가치세 면제 대상에 해당하지 않음
3. 또한 대행사업비를 총액으로 지급받아 본인 명의로 계약을 체결‧대금을 지급하고 있고, 수령한 대행사업비를 청구법인의 수입으로 계상하고 이에 대해 이익이 발행하는 경우 지방공기업법 및 청구법인 설립, 운영조례에 따라 결 손금 보전, 준비금 적립, 이익배당 또는 적립 등의 순서에 따라 처리하고 있는 사실 등으로 미루어 볼 때,
□□시의 승인을 얻은 범위 안에서 대행사업비를 집행하고, 지출하고 남은 금액을 □□시에 반환한다고 하여 청구법인이 대행사업비의 지출에 대해 단순히 □□시를 대행하는 지위에 있었다고 보기는 어렵다. 나. 대법원은 부가가치세의 납부의무는 영리목적의 유무에 불구하고 발생하는 것으로 규정한 부가가치세법 제2조제1항 의 취지 등에 비추어 볼 때 반드시 정부업무대행단체가 사경제주체로서 영리를 목적으로 하는 경우만을 의미한다고 볼 수 없다(대법원2012.10.25. 선고 2010두3527 판결 참조)고 판시한바 있으며, 아래와 같이 다수의 판례에서 쟁점 단서조항 사업 이외의 위탁사업에 대해서도 대행사업비를 부가가치세 과세대상이라고 판결하였다. 위탁 사업 내용 판례 환경기초시설 운영관리용역 대법원 2011. 12. 8. 선고 2011두18410판결 장례식장 운영·관리용역 대법원 2017. 12. 21. 선고 2017두60123판결 하수·분뇨·폐수처리장 운용·관리용역 대법원 2019.5. 16. 선고 2019두34333판결 집단에너지공급사업 서울행정법원 2019. 11. 25. 선고 2020구합50508판결 이는 쟁점단서조항의 사업이 아니더라도 공사가 정부 등을 대신하여 자기책임과 계산하에 관리용역을 제공하고 대행사업비를 수취하는 것으로 보아 대행사업비 전체를 부가가치세 과세대상으로 판결한 것으로서 이러한 관리용역을 제공하는 수탁자를 부가가치세법상 사업자로 판단한 것이다. 결국 청구법인이 수령한 위탁사업비 모두를 부가가치세 과세대상으로 보고 부가가치세를 과세하는 것이 마땅하나, 조특령 제106조제7항22의2호에 따라 청구법인이 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사인 경우 정부업무대행단체로 보아야 하고, 이러한 정부업무대 행단체가 공급하는 재화나 용역으로서 쟁점단서조항에 해당하지 않는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이다. 따라서 본 건 과세처분은 쟁점사업이 쟁점단서조항에서 열거한 사업을 자기의 계산과 책임하에 수행하였다고 본 것으로 부가가치세 면제대상에서 제외된다고 판단한 것이다. 다.
□□시가 부담하는 비용
□□시와의 위‧수탁계약서에 따르면 청구법인은 쟁점사업 수행에 소요되는 모든 비용을 대행사업비에서 지출하도록 되어 있고, 시설에 대한 기본경비 및 대수선비, 즉 자본적 지출액 등 계약서에 명시되어 있는 항목의 비용만을 □□시가 부담하게 되어 있다. 처분청은 상기 내용을 근거로 청구법인이 □□시로부터 수취한 대행사업비 중 □□시 명의로 수취한 매입세금계산서(자본적 지출분 등)의 대금지급 건에 대해서는 □□시 소유 공공시설물의 수선비를 청구법인이 단순히 자금 집행(대행)한 것으로 보아 부가가치세 과세대상 공급가액에서 차감하였다. 라. 소결 이와 같이 처분청은 단순 집행으로 볼 수 있는 항목을 파악(청구법인이 □□시를 공급받는 자로 하여 수취한 매입세금계산서 상당액 등)하여 이를 과세표준에서 제외하였음에도 청구법인은 인건비를 포함한 사업비 항목 모두를 단순 집행에 불과하다고 주장하면서도 이를 뒷받침할 수 있는 구체적‧객관적 증빙을 제시하지 못하고 있다. 따라서 ‘위탁계약에 따른 대행사업비와 대행수수료를 본인의 계산으로 지출한 이상 대행사업비와 대행수수료 전체가 용역의 대가’이므로 대행사업비는 부가가치세 과세대상에 해당하고 쟁점사업을 수행한 청구법인은 부가가치세법상 사업자에 해당하며, 숙박시설 및 운동시설 운영관련 대행사업비는 쟁점 단서조항에 따라 부가가치세가 면제되지 않으므로 본 건 과세처분은 정당하다. 마. 항변에 대한 의견 청구법인이 □□시에 제공하는 위탁 운영용역의 범위는 시설물의 관리․운영 및 유지관리 사무, 시설이용료 징수 및 세입 조치, 기타 시설물 대여사업에 필요한 업무로 확인되고, 청구법인이 쟁점 대행 사업비를 미리 받아 경비로 사용하고 차후에 정산하는 것은 용역거래 시 일반적으로 널리 쓰이는 실비정산계약으로서 쟁점사업 대행사업비는 대가에 포함된다. 청구법인은 □□시 등에 발송한 시설사용료 징수결정 등 총 5건의 발송문 서를 제출하면서 쟁점위탁시설의 입장료 등이 청구법인의 계좌가 아닌 □□시 금융계좌로 입금되는 등 수입금액 전액이 □□시에 귀속되므로 위탁시설 공급 주체는 □□시이고 청구법인은 부가가치세법상 공급자가 아니라고 주장하고 있으나, 이와 같은 주장은 쟁점사업 관리‧운영에 대한 사실관계, 부가가치세법상 과세대상 및 과세표준에 대한 오인에서 비롯된 것이다. 처분청이 부가가치세법상 과세대상으로 보아 과세표준으로 산출한 쟁점사업 운영용역은 □□시가 자체사업을 운영함에 있어 시설관리 및 운영을 청구법인에 위탁한 “위탁관리계약”을 근거로, 청구법인이 □□시로부터 위탁받은 사업을 대행함에 있어 부가가치가 창출되는 위탁관리용역에 대한 대가를 의미하는 것이지 □□시의 시설이용료․입장료가 청구법인의 수입금액 대상인지 여부와는 관련이 없다. 따라서 쟁점 대행사업비는 시설 위탁운영에 대한 대가로서 부가가치세 과세대상이 명백하므로 처분청의 당초 처분은 적법하고 타당하다.
3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제3조 【용역의 범위】 [시행령 제29535호, 2019.02.12.]
① 법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다. <개정 2019.2.12>
6. 부동산업. 다만, 다음 각 목의 사업은 제외한다.
7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대서비스업
8. 공공행정, 국방 및 사회보장 행정 2) 부가가치세법 제3조 【납세의무자】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
4) 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 5) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 부가가치세법 제29조 【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. (중략)
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함 하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. <개정 2017.12.19> 7) 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 [법률 제16009호,2018.12.24.]
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 7-1) 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세의 면제 등】 [시행령 제29527호,2019.02.12.]
⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
22. 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단 22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 지방공기업법 제49조 에 따라 설립된 지방공사
⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외 하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령 제45조제1호 에도 불구하고 적용한다.
숙박업·욕탕업 및 예식장업
2. 부가가치세법 시행령 제3조제2항 에 규정된 사업
운동시설 운영업
8) 지방공기업법 제67조 【손익금의 처리】 [법률 제11852호,2013.06.04.]
① 공사는 결산 결과 이익이 생긴 경우에는 그 이익금을 다음 각 호의 순서에 따라 처리한다.
1. 전 사업연도로부터 이월된 결손금이 있으면 결손금을 보전
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 이익준비금으로 적립
3. 대통령령으로 정하는 바에 따라 감채적립금으로 적립
4. 이익을 배당하거나 정관으로 정하는 바에 따라 적립
② 제1항제3호의 감채적립금은 공사의 사채를 상환하는 목적 외에는 사용할 수 없다.
③ 공사는 결산 결과 손실이 생긴 경우에 그 결손금을 제1항제4호의 적립금으로 보전하고, 그 적립금으로도 보전하지 못한 결손금은 제1항제2호의 이익준비금으로 보전하거나 이월한다. 9) 지방공기업법 제71조 【대행사업의 비용 부담】
① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.
② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다. [전문개정 2011.8.4.] 9-1) 지방공기업법 시행령 제63조 【대행업무의 비용부담등】 [대통령령 제28586호,2018.1.18.]
① 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.
② 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.
1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비
2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비
3. 사업의 종료 후 결산이전 또는 시설물 등의 인계이전까지의 사이에 시설물 등을 관리하는 데 소요되는 경비
4. 사업의 대행에 따른 대행수수료
5. 기타 사업집행 상 필수적으로 소요되는 경비
③ 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.
④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.
⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다. 10) 지방공기업법 제76조 【설립·운영】
① 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립할 수 있다. [강원특별자치도 □□시 조례 제1114호,2015.12.16.]
11. □□관광개발공사 설립 및 운영 조례 제27조【결산】
① 공사는 매 사업연도의 결산을 해당 사업연도 종료 후 2개월 이내에 완료하여야 한다.
② 공사는 결산 완료 후 결산서를 작성하여 관계법령이 정하는 서류와 시장이 지정하는 공인회계사의 회계감사보고서를 첨부하여 지체없이 시장에게 보고하여 승인을 받아야 한다.
③ 시장은 결산서에 부당하다고 인정되는 사항이 있을 때에는 그 시정을 명할 수 있다.
12. □□관광개발공사 설립 및 운영 조례 제28조【손익금의 처리】
① 공사는 결산한 결과 이익이 생긴 때에는 다음 각 호의 손서에 따라 처리하여야 한다.
4. 정관이 정하는 바에 따른 적립금의 적립
② 공사는 결산한 결과 손실이 생긴 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 이를 처리하여야 한다.
13. □□관광개발공사 설립 및 운영 조례 제29조【일반회계 등이 부담할 경비】
① 법 제71조 제2항에 따라 공사가 국가나 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체에서 부담하여야 하는 경비는 다음 각 호와 같다.
1. 영 제63조 제2항에 따른 경비
2. 지방자치단체의 공공의 목적에 따라 무상으로 공급하거나 평균공급가격 이하의 낮은 가격으로 공급하는 급부에 대한 평균공급가격과 실제공급가격의 차액
② 제1항 제2호의 비용부담에 관해서는 공사는 해당 지방자치단체와 협의하여야 한다.
1. 처분청은 청구법인에 대하여 2024년 6월 부가가치세 세무조사를 실시하고 2019년 제2기∼2023년 제2기 과세기간 중 쟁점사업과 관련된 대행사업비 상당액 6,414백만원(공급가액)에 대해 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아 총 981백만원을 결정‧고지 하였다. <지자체 위탁사업 매출누락 고지세액> <표 생략>
2. 처분청이 제시한 □□시 업무대행사업 거래흐름 <그림 생략>
3. 청구법인의 기본사항
□□시와 체결한 시설위수탁계약서 4 위탁시설보험증권 2 대행사업비 세부집행내역 5 청구법인 손익계산서 3 채용공고 1) 청구법인이 □□시와 체결한 시설관리‧운영에 관련된 위·수탁계약, 위탁협약 내용 등은 다음과 같다. 가) 2018년 12월 체결, □□□□□□□□(숙박시설) 위·수탁계약서 <그림 생략> 나) 2021년 11월 체결, □□국민체육센터 수영장 위·수탁계약서 <그림 생략> 2) 대행사업비 세부 집행내역 <표 생략> - 처분청은 대행사업비 중 청구법인의 결산서상 수익인식액(대행사업비-자본적 지출)에 수탁시설과 관련된 □□시의 지급을 단순 대행하여 □□시를 공급받는자로 하여 수취한 매입세금계산서 결제금액과 기신고한 위탁수수료를 제외한 가액을 최종 과세표준 누락액으로 산출하였다. <표 생략> 3) 청구법인 채용공고(일부발췌) <그림 생략> 4) 위탁시설관련 보험증권(일부발췌) <그림 생략> 5) 청구법인의 손익계산서(일부발췌) <그림 생략> 마. 판단 1) 쟁점①에 대하여 청구법인은 쟁점사업에 대하여 □□시의 명의와 책임하에 관련 실무만을 수행하였으므로 업무“위탁”이 아닌 “대행”으로 보아야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다. 청구법인은 쟁점사업의 수입수수료 책정 및 결정이 □□시 조례에 따라 정해지고, 소요되는 자금에 대해 □□시에서 예산 검토 및 결정을 하는 등 가격결정권의 주체, 손익의 주체가 □□시이므로 □□시의 책임과 계산으로 쟁점사업이 수행된다고 주장하나, 청구법인이 자체적으로 쟁점사업 관련 연간집행계획을 수립하여 □□시에 예산 편성 요구‧승인을 받아 집행하는 점, 위탁수수료도 쟁점사업 정산금액을 토대로 책정되고, 청구법인의 법인세 신고 시 대행사업비를 수입금액으로 계 상한 점, 위탁운영에 필요한 인력을 직접 공고하고 면접 등을 거쳐 근로계약을 체결한 후 인건비, 복리후생비를 지급한 점, 쟁점위탁시설의 배상책임보험 계약자로서 보험료를 부담한 점 등을 종합적으로 고려하면 청구법인은 본인 책임 아래 쟁점사업에 대한 권한을 행사하였다고 보여져 쟁점사업을 단순 대행했다고 보기 어렵다. 2) 쟁점②에 대하여 청구법인은 쟁점사업에 대하여 □□시의 사업을 대행한 것으로 부가가치세법상 사업자 위치에서 업무를 수행하지 않았다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다. 부가가치세법 제2조3호 에 의하면 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 사업자로 규정하고 있고, 앞서 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 자기의 책임과 계산하에 쟁점사업을 관리‧운영하였으므로 사업상 독립적으로 용역을 제공한 것으로 판단되는바, 청구법인은 부가가치세법상 사업자로서 쟁점사업 관리‧운영용역을 제공하고, 대행사업비와 대행수수료를 용역의 대가로 수취한 것으로 볼 수 있다. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법제29조제3항에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있는바, 쟁점사업 대행사업비는 부가가치세 과세표준에 포함되어야 할 것이고 쟁점 단서조항에 따라 숙박시설 및 운동시설 관리‧운영 용역에 대해서는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 용역이라 하더라도 부가가치세가 면제되지 않으므로 처분청이 쟁점사업 대행사업비에 대해 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 이의신청은 심리결과 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호 및 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 통상 “위탁사업비”로 통칭하나 청구법인과 □□시는 “대행사업비”라는 문구를 사용하여 같은 뜻으로 본다.
쟁점1에 대하여: 이 건 이의신청은 기각합니다. 쟁점2에 대하여: 이 건 이의신청은 기각합니다.