고유목적사업준비금 설정 취소 후 경정청구

• 가. OO 법인 OO학원 (교육서비스업/교육사업 등 관련사업, 이하 “ 청구법인 ” 이라 한다)은 19××. ××. ××. 설립된 OOO OOO OOO OOO 000번길 00 에서 ‘OOOOO’ 등을 운영하고 있는 비영리법인이다.
• 나. 청구법인은 19××. ××. 월 ∼ 20 ××. ××. 월까지 수익사업(부동산임대)에 사용하던 부동산을 20××. ××. ××. 매각하고, 그 매각대금에 대하여 20××. ××. ××. 고유목적사업준비금으로 설정하여 20 ×× 사업연도 법인세 신고를 하였으나, 20××. ××. ××. 고유목적사업준비금 설정을 취소하고 법인세 ×,××× 백만원을 추가 납부하는 수정신고서를 제출하였다.
• 다. 청구법인 은 상기 수정신고에 대해 세무대리인의 세법해석 오류로 인하여 법인세를 착오 납부 하였다는 사유로 20××. ××. ××. 법인세 ×,××× 백만원 을 경정 청구 하였고, OOO 세무서장(이하 “ 처분청 ”이라 한다)은 해당 경정청구 내용 을 검토한 결과, 고유목적 사업준비금으로 설정한 금액이 고유목적사업에 사용된 것으로 볼 수 없다고 판단하여 해당 경정청구에 대해 거부 통지하였다.
• 라. 청 구법인은 이에 불복하여 20××. ××. ××. 이 건 이의신청을 청구하였다.

• 가. 청구이유

1. 청구법인은 수익사업에 사용하던 자산을 매각하여 유형자산처분이익 ×,××× 백만원 을 법인세법제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】및 조세특례제한법제74조【준비금 손금산입특례】의 규정에 의거 고정자산처분손익을 고유목적사업 준비금으로 설정하고 고정자산 처분손익 ×,××× 백만원 을 손금산입하고 20××. ××. ××. 법인세 신고를 하였다. 2) 청구법인은 해당 법인세 신고 이후 세무대리인을 변경하였는데, 신규수임 세무대리인은법인세법제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금 산입】 및 조세특례제한법제74조【준비금 손금산입특례】의 규정을 오해하여 20××. ××. ××. 법인세를 수정신고하여 납부하지 않아도 될 법인세 ×,××× 백만원 (가산세 포함)을 착오로 납부하게 하여 착오 납부한 법인세의 환급을 요구하는 경청청구를 하였다.

• 나. 처분청의 경정처분 거부사유 처분청은 청구법인이 소유한 OOO OOO OOO OO동 OOO번지(지목: 임야) 에 청구법인의 고유목적사업인 ‘(가칭) OOOOO O OOO’을 건립하고자 20××. ××. ××. 주식회사 OOO와 체결한 계약을 임대용 부동산 취득 및 컨설팅 계약으로 사용하였다는 근거 없는 사유와 위의 준비금을 정기예금 및 수익용 부동산에 투자하자는 이사회의 회의내용(20××. ××. ××.)과 이를 실행하지도 않은 사항을 근거로 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인 주장 청구법인의 고유목적사업 준비금은 5년 이내에 고유목적사업에 사용하여야 하는 의무규정에 따라 고유목적사업인 (가칭) OOOOO O OOO 건립 목적 으로 계약한 건을 임대용 부동산 취득 및 컨설팅 비용이라는 것은 부당하며, 수익사업에 투자하자는 이사회의 의결(20××. ××. ××..) 이후 수익사업에 투자한 사실이 없으며, 추후 (가칭) OOOOO O OOO 사업개발 확정 이사회 의결(20××. ××. ××.)에 따라 고유목적사업으로 사용한 것이므로 경정처분을 거부한 처분은 취소되어야 한다.
• 라. 처분청 의견에 대한 항변 1) 처분청은 청구법인의 정관에 고유목적사업 종류에 대한 언급이 없고 수익 사업의 종류만 열거하고 있다고 주장하나, 청구법인의 정관 제1장 제1호 (목적) 에 “대한민국의 교육이념에 입각하여 유아교육을 실시함을 목적으로 한다.”라고 정해져 있으며, 제4장 제32조(수익사업의 종류)의 규정은 수익사업의 종류를 열거했을 뿐 청구법인은 수익사업만 하는 법인이 아니다.

2. 처분청은 정관에 별도 첨부된 재산명세서에 수익용 기본재산으로 분류하였다고 주장하나, 수익사업에 사용하던 자산을 매각한 후 유형자산 처분이익을 세법상 고유목적사업 준비금으로 설정하고 해당금액을 고유목적 사업에 사용하기 전에 임시로 정기예금을 한 것은 수익사업에 사용한 것으로 볼 수 없으며 정기예금은 교육용 기본재산이 아니므로 편의상 수익용 기본재산으로 분류한 것일 뿐이다.

3. 고유목적사업 준비금 중 충청남도 서산시 부석면 창리 소재 토지 관련 매매 약정(매매대금: ×,××× 백만원)에 따른 계약금 ××× 백만원은 고유목적 사업용으로 사용한 것이 아님을 인정하나, 주식회사 OOO에 지출된 ×,××× 백만원 은 고유목적사업에 사용한 것으로 당초 경정청구 당시 제출한 금액이 확정 안 된 계약서 (20××. ××. ××..)는 시안으로 작성된 것으로 금액이 확정된 계약서는 20××. ××. ××. 이사회 에서 확정 승인하고 20××. ××. ××. 로 소급하여 작성된 것이다. 4) 처분청은 20×× 년 제출된 (가칭) OOOOO O OOO 조성사업 용역비용 검토내용 중 지급할 금액이 정해져 있지 않았고 이 사건 이의신청 시 제출된 계약서(지급금액이 확정된 계약서)는 경정청구 거부처분 이후 임의로 변경되어 이를 신뢰할 수 없다고 주장하나, 이의신청 시 제출한 계약서는 경정청구일(20××. ××. ××.)이전인 20××. ×× 월부터 수원세무서에서 주식회사 OOO를 세무조사 하면서 확보된 계약서로 경정청구 거부처분 이후 임의로 변경하였다는 것은 사실관계를 오해한 주장이다. 5) 청구법인과 주식회사 OOO는 (가칭) OOOOO O OOO 건립을 위한 용역 계약을 하였으나, 계약금 및 1차 중도금(합계: ×,××× 백만원)을 지급한 상태에서 주식회사 OOO가 계약내용을 이행하지 않아 현재 민·형사 소송을 제기한 상태로 이를 청구법인의 책임으로 고유목적에 사용한 것으로 볼 수 없다는 처분청의 주장은 피해자인 청구법인에게 이중 부담을 지우는 부당한 처분이다.

• 가. 처분청 의견

1. 청구법인의 정관을 살펴보면 고유목적사업 종류에 대한 언급은 없으며, 수익사업의 종류에 대해서만 열거하고 있다.

2. 정관에 별도 첨부된 재산명세서에 대하여 연도별로 살펴보면, 2019 사업연도에 수익사업을 위해 사용되는 재산을 정관의 수익용 기본재산으로 분류 하였으며, 20 ×× 사업연도에 해당 재산을 매각한 후 매각대금을 계속하여 수익용 기본재산으로 분류하고 있음이 확인된다. 3) 청구법인이 교육청에 제출하는 연도별 세입세출결산서에 따르면, 2022 사업 연도에 재산매각대금 ×,××× 백만원 을 수입으로 계상하면서 수익용 재산인 ‘투자비’ 로 분류한 것이 확인되고, 세입명세서 상 수익용 자산으로 분류되어 20 ×× 사업 연도로 이월되었으며, 20 ×× 사업연도 세출명세서 상 토지계약금 ××× 백만원, (가칭) OOOOO O OOO 조성사업 용역비용 ×,××× 백만원, 법인세 등 ×,××× 백만원 이 지출된 것이 확인된다. 4) 20 ×× 사업연도 지출된 (가칭) OOOOO O OOO 조성사업 용역비용 등 검토

• 가) 청구법인은 (가칭) OOOOO O OOO 조성사업 용역비용 항목으로 20 ××. ×× 월 ∼ 20 ××. ×× 월 기간동안 ×,××× 백만원 이 지출되었으나, 해당 용역계약서를 보면 사업관련 구체적인 내용이 없고 계약금액 등이 정해져 있지 않은 것이 확인된다.
• 나) 토지계약금 ××× 백만원 은 OOOO OOO OO O리 소재 토지 관련 매매약정(매매대금: ×,××× 백만원)에 따른 계약금으로 이사회 회의록 및 토지계약서 상 특약사항을 보면 임대사업 내용을 확인할 수 있다.

5. 청구법인이 이 사건 관련 경정청구 검토과정에서 제출한 재산 진행상황표를 보면, (가칭) OOOOO O OOO 조성사업 용역비용(×,××× 백만원)을 지출한 것은 세금계산서를 통해 확인되나, 청구법인이 20 ××. ×× 월 거래처를 상대로 부당 이득금 반환청구 소송(20 ×× 가합1 ××××)을 제기한 것을 보면 20 ×× 년 대금 지급이후 1년여 기간 동안 사업관련 어떠한 행위도 없었음을 알 수 있고, 토지계약금 (××× 백만원)도 의무 미이행으로 ××× 백만원을 반환 요청한 상태로 확인되어 이를 고유목적사업에 사용하였다고 인정하기 어렵다.

6. 또한, 이 사건 관련 경정청구 검토과정에서 청구법인이 제출한 (가칭) OO OOO O OOO 조성사업 용역 계약서상에는 공사 면적, 공사 대금 등이 정확히 기재되어 있지 않으나, 이 사건 이의신청과 함께 제출된 계약서에는 지급할 금액이 수기로 기재된 것이 확인되는바, 이는 경정청구 거부처분 이후에 임의로 계약서를 변경한 것으로 보이므로 해당 계약서를 신뢰할 수 없다.

7. 상기와 같이 청구법인의 고유목적사업준비금 설정 후 그 사용내역에 대해 검토한바, ① 수익사업에 사용한 재산의 매각대금을 계속하여 수익용 기본재산 으로 분류하고 있는 점, ② 매각대금을 용역비용 등으로 사용하였다고 하나 1년여 기간 동안 사업관련 어떠한 진행도 없이 반환청구소송 중인 점, ③ 임대사업용 부동산을 취득하기 위해 계약금으로 사용한 점 등을 볼 때, 청구법인이 고유 목적사업준비금을 설정한 후 그 준비금을 고유목적사업에 사용하였다고 볼 수 없는바, 착오 납부한 법인세를 환급해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 나. 청구법인 항변에 대한 의견

1. 정관에 유아교육을 실시함을 목적으로 한다고 정해져 있으며, 수익사업의 종류를 열거했을 뿐 수익사업만 하는 법인이 아니라는 청구법인의 항변에 대하여,

• 처분청은 정관에 고유목적사업의 종류를 나열하지 않았다고 하는 것이지 수익사업만을 영위하는 법인이라 주장한 것은 아니다. 2) 고유목적사업준비금으로 설정하고 해당금액을 고유목적 사업에 사용하기 전에 임시로 정기예금을 한 것은 수익사업에 사용한 것으로 볼 수 없으며, 정기예금은 교육용 기본재산이 아니므로 편의상 수익용 기본재산으로 분류한 것이라는 청구법인의 항변에 대하여,

• 법인세법제113조【구분경리】제1항에 “비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.”라고 규정되어 있으므로 이에 따라 예금 등에 대하여 수익사업용 기본재산인지 고유목적사업용 기본재산인지 구분 기재하여야 한다.

3. 고유목적사업준비금 중 주식회사 OOO에게 지출된 ×,××× 백만원은 고유 목적사업에 사용한 것으로, 당초 경정청구 시 제출된 금액이 확정 안 된 계약서 는 시안으로 작성된 것이며 금액이 확정된 계약서는 20 ××. ××. ××. 이사회에서 확정 승인하고 20 ××. ××. ××.로 소급하여 작성된 것이라는 청구법인의 항변에 대하여,

• 거래처 주식회사 OOO의 관할 세무서인 수원세무서장이 주식회사 OOO에 대한 세무조사 시 청구법인으로부터 제출받은 계약서에도 금액이 기재되어 있지 않았으며, 금액이 기재된 계약서는 주식회사 OOO가 세무조사 소명을 위하여 임의로 작성하여 제출한 것으로 판단되는바, 청구법인의 의견을 신뢰하기 어렵다.

4. 이의신청 시 제출한 계약서는 경정청구일(20 ××. ××. ××.) 이전인 20 ××. ×× 월 부터 수원세무서장이 주식회사 OOO를 세무조사하면서 확보된 계약서로 처분청에서 경정청구 거부처분 이후 임의로 변경하였다는 것은 사실관계를 오해한 것이라는 청구법인의 항변에 대하여,

• 이의신청 시 제출된 계약서는 거래처 세무조사 시 확보된 계약서로 확인되나, 거래처 세무조사를 담당한 조사팀은 해당 계약서에 대해 거래처인 주식회사 OOO가 임의로 작성하여 제출한 것으로 판단한 계약서이다. 5) 청구법인이 주식회사 OOO와 맺은 계약은 고유목적사업인 OOO 건립 계약으로 주식회사 OOO가 계약내용을 이행하지 않아 현재 민·형사 소송을 제기한 상태로 이를 청구법인의 책임으로 고유목적에 사용한 것으로 볼 수 없다는 처분청의 주장은 피해자인 청구법인에게 이중 부담을 지우는 부당한 처분이라는 청구법인의 항변에 대하여,

• 주식회사 OOO에 대한 세무조사 시 청구법인의 대표자가 제출한 확인서 및 진술서의 내용을 보면, 해당 건립부지는 개발제한구역으로 지자체로부터 허가도 없었고 계약서에 부지면적·계약금액이 공란으로 되어 있는바, ‘잘못된 계약 이며 계약서로 볼 수도 없다.’라고 진술하였으나, 청구법인이 이 사건 이의신청을 하면서 해당 계약이 고유목적사업을 위한 계약이었다고 주장하는 것은 동일한 계약에 대하여 상황에 따라 다른 주장을 하는 것으로 이를 고유목적사업에 사용했다고 보기 어렵다.

• 가. 쟁점 청구법인이 고유목적사업준비금으로 설정했던 금액을 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다고 판단하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 법인세 법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. <개정 2018.12.24, 2020.12.22, 2022.12.31>

• 가. 소득세법 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
• 나. 소득세법 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.
• 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다. <신설 2018.12.24>

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다. <개정 2018.12.24>

④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다. <개정 2018.12.24>

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

국세기본법 제13조제3항 에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다. <신설 2018.12.24>

⑦ 제5항제4호ㆍ제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다. <개정 2014.1.1, 2018.12.24, 2022.12.31>

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다. <개정 2018.12.24>

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2018.12.24>

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입 】

⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다. <개정 2019.2.12>

⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 3) 법인세법 제113조 【구분경리 】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 4) 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리 】

① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익 사업 과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채 (충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. <개정 2005.2.28>

5. 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례 】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업 (이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

• 가. 사립학교법에 따른 학교법인

6. 사립학교법

• 가) 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "사립학교"란 학교법인, 공공단체 외의 법인 또는 그 밖의 사인(私人)이 설치하는유아교육법제2조 제2호,초·중등교육법제2조 및 고등교육법 제2조에 따른 학교를 말한다.

2. "학교법인"이란 사립학교만을 설치·경영할 목적으로 이 법에 따라 설립되는 법인을 말한다.

• 나) 제28조【재산의 관리 및 보호】

① 학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다.

② 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다.

• 다) 제29조【회계의 구분】

① 학교법인의 회계는 그가 설치·경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.

③ 제1항의 규정에 의한 법인의 업무에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 제6조의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다.

• 다. 사실관계 등

1. 사실관계 가) 청구 법인의 사업자등록 기본사항과 법인세 신고내역은 다음과 같다. 사업자등록 기본사항 상호 소재지 업종 개업일 (사업연도) 대표이사 OO법인 OO학원 OOO OOO OOO OOO ×× 번길 ×× 교육서비스업 / 교육사업 등 19 ××. ××. ××. AAA (단위: 백만원) 법인세 신고·수정신고 내역 사업연도 구분 수입금액 과세표준 산출세액 가산세 차감납부세액 20 ××. ××. ××. ∼ 20 ××. ××. ××. 신고 ××

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• - 수정 ×× ×××× ×××× ×× ×××× 나) 해당 사업연도에 청구법인은 임대부동산을 ×,××× 백만원에 매각하여 유형 자산 처분이익 ×,××× 백만원이 발생하였으며, ×,××× 백만원을 고유목적사업준비금으로 손금 산입하여 20 ××. ××. ××. 법인세를 신고하였다. 다) 위 신고 후, 20 ××. ××. ××. 청구법인은 손금 산입한 고유목적사업준비금 ×,××× 백만원을 익금 산입한 후 법인세를 재계산하여 수정신고하면서 ×,××× 백만원 을 추가 자진 납부하였고, 20 ××. ××. ××. 법인세 수정신고 납부세액에 대하여 착오로 납부하였다 는 사유로 경정청구 하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. 라) 청구법인의 고유목적사업준비금 사용내역 중 충남 소재 토지매매 관련 계약금 ××× 백만원 과 (가칭)OOOOO O OOO 조성사업 관련 용역비용 ×,××× 백만원을 지출한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간 이견이 없다.

• 라. 판단 청구법인이 (가칭)OOOOO O OOO 조성사업을 위해 용역 계약을 하고 그 대금으로 ×,××× 백만원을 지급한 것은 고유목적사업을 위해 사용한 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다고 주장하여 이에 대해 살펴본다. 살피건대, ① 청구법인이 제출한 용역계약서가 경정청구(20 ××. ××. ××.) 당시 제출본과 이 사건 이의신청(20 ××. ××. ××.) 시 제출본의 그 기재사항이 상이하여 해당 계약 내용을 신뢰하기 어려운 점,

② 청구법인이 상기 용역계약에 따른 대금을 일부 지급(×,××× 백만원, 공급대가)하고 세금계산서를 수취한 사실이 확인 되나, 대금 지급 이후 고유목적사업 관련 진행내역 등이 확인되지 아니하고, 용역계약 의 당사자인 주식회사 OOO를 상대로 부당이득금 반환소송(20 ×× 가합1 ××××)을 진행 중인 것이 확인되어 해당 금원이 고유목적사업에 사용되었다고 보기 어려운 점 등을 비추어 볼 때, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세 기본 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.