고객사에 판매된 시제품 관련 쟁점비용이 연구‧인력개발비 공제 대상이기에 경정청구를 거부한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

[ 세 목 ] 법인 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 이의-중부청-2024-0147(2024.11.21.) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 고객사에 판매된 시제품 관련 쟁점비용이 연구‧인력개발비 공제 대상이기에 경정청구를 거부한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부 [ 요 지 ] 청구법인이 제작한 쟁점 시제품은 연구용 시제품이라기보다는 고객사가 원하는 공정률을 충족시켜 납품되는 영리활동의 목적물에 가까워 연구개발비 세액공제 대상의 시제품으로 보기는 어려운 점에 비추어, 처분청에서 청구법인이 쟁점비용을 연구개발비 세액공제대상으로 보아 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨 [ 결정내용 ] [주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다. [

] 조세특례제한법 제10조

• 가. 청구법인은 XX. X. X. 설립되어 경기도 이천시 소재에서 반도체 생산장비개발업을 영위하는 사업자로, XX. X. X. 20XX년부터 20XX년 사업연도의 법인세 신고 시 주요 매출처인 OOO와 체결한 공동개발계약에 따라 지출된 반도체 식각장비 개발을 위한 시제품 (이하 “ 쟁점 시제품 ”이라 한다) 의 설계 및 제작비용 (이하 “ 쟁점비용 ” 이라 한다) 을 연구개발비 세액공제를 적용해 달라는 경정청구를 신청하였다.
• 나. OOOO 청장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구법인의 경정청구 내용을 검토한바, 쟁점비용은 거래처에 판매할 목적의 생산설비 제작비용으로 조세특례 제한법 시행령[별표6]의 ‘연구용 견본품 (시제품) ’이 아닌 ‘제품’에 해당한다는 사유로 2024.

5.

16. 경정청구 거부통지를 하였다.

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 ’XX. X. X. 본 건 이의신청을 제기하였다.
• 라. 청구법인의 법인세 신고내역 및 경정청구 내역은 아래와 같다.

• 가. 사실관계

1. 청구법인의 현황 가) 청구법인은 20XX. X. X.에 설립되어 반도체 생산장비개발업 등을 사업목적 으로 하고 있는 식각(Etching) 1) 장비 원천기술을 보유한 반도체 장비 전문기업 이며, 주요 매출처는 OOO㈜ (이하 “OOO”라 한다)이다. 나) 반도체장비 산업의 개발 은 표준품을 개발하는 일반적인 방식이 아니라 발주처의 제조공정에 맞는 장비를 개발하여 납품하는 “주문생산 방식” 으로 진행되며, 주문생산 방식은 발주처가 보유한 첨단 반도체 생산기술에 부합하는 반도체 장비를 적시에 공급하기 위하여 고안된 개발방식이다.

• 다) 이러한 주문생산 방식개발을 위해서는 독자적인 연구개발활동 외에도 발주처와의 공동연구개발 활동을 통해 기술 및 설비를 최적화하는 과정이 필수적 이며 청구법인은 OOO와 JD/DEMO계약 2) 을 체결 하여 제품을 개발하고 있다.

2. 청구법인의 공동연구개발 현황 가) 반도체 장비산업은 표준품 없이 각 발주처의 제조공정에 적합한 설비를 주문에 의해 생산하는 방식으로 사업을 영위하므로 발주처(공동개발사)와 장비업체 간 공동연구개발이 절실하게 요구되며, 양사는 제품 기획 단계부터 서로 긴밀하게 개발 방향을 협의하여야 한다.

• 나) OOO는 기술개발활동과 관련하여 연구소, 제조, 생산 부서가 참여하는 기술운영위원회(TSC) 를 매월 개최하고 있다. 기술운영위원회는 발주처 내부적으로 도입할 평가장비를 발의하고, 현재 공정평가 중인 장비의 상황을 확인하며, 장비 관련 평가결과를 확인 하는 등 역할을 수행하고 있다. 다) 한편, OOO는 국내 반도체 장비업체에게 수율 향상 및 원가 절감 등을 위한 반도체 장비제작과 제작기술의 국산화를 요청하고 있다. 청구법인은 해외 선도기업들과 동등한 기술수준을 달성하여 외산 장비를 청구법인의 장비로 대체하고, OOO의 신공정개발에 참여하여 연구개발을 수행하고 있다. 라) 청구법인이 OOO와 체결한 JD/DEMO계약 은 위 공동연구개발 활동의 일부이며, JD/DEMO계약에 따른 설비기술활동 은 부품이나 모듈 단위의 개발과는 달리 하나의 완성된 설비 단위(부품→모듈→시스템)인 “시제품(Prototype)의 제작 형태”로 연구개발대상 기술과 제품이 시각화‧구체화되는 과정 이다.
• 마) 이러한 시제품 제작활동은 설비를 양산하기 이전에 공동연구개발의 성공여부를 확인하는 차원에서 반드시 수반되는 과정이며, 발주처의 라인에 시제품을 설치(Set-up)를 하여야만 개발 평가와 공정 테스트를 수행할 수 있으므로, 청구법인은 OOO와 긴밀히 협력하여 시제품 제작활동을 수행하고 있다.
• 나. 청구법인 주장 1) 쟁점비용은 공동연구개발 과정에 따라 시제품 제작을 위해 발생한 비용 에 해당하는바, 시제품 판매 여부와 관계없이 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다.
• 가) 조특법상 공동연구개발 비용에 대한 세액공제 대상 여부 (1) 조특법 시행령 별표 1항 나목에 따르면, 대학, 국공립연구기관 등의 기관 (이하 “연구기관 등”이라 한다)과 과학기술 및 산업디자인 분야의 공동연구개발 용역을 수행하면서 발생한 비용은 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다.

(2) 청구법인은 OOO의 연구소(조특법 시행령 별표6 1항 나목의 연구기관 등에 해당함)와 반도체 식각장비 분야(과학기술 분야에 해당함)의 시제품 개발 및 제작을 위해 공동연구개발용역을 수행하였으며, 시제품 개발‧제작 비용은 아래에서 설명드리는 바와 같이 조특법상 연구개발비 세액공제 대상 금액에 해당한다.

• 나) 조특법상 시제품 제작 비용에 대한 연구개발비 세액공제 대상 판단 (1) 한국산업기술진흥협회(KOITA)는 연구활동범위에 시제품의 설계 시험 제작은 연구활동에 포함된다고 보고 있고, 舊 기술개발촉진법 제2조 에서도 기술개발이란 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함하는 것으로 규정하고 있으므로, 시제품의 설계시험 제작 활동이 현행 법령상 연구개발 활동에 포함 되는 것은 명확하다. (2) 또한, 조특법 시행령 별표6은 ‘전담부서등 및 연구개발서비스가 연구용으로 사용하는 견본품‧부품‧원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)’를 자체연구개발비로 열거하고 있는데, 당해 조항에서는 견본품 등의 용도(연구용인지 여부)만을 요건으로 명시할 뿐, 견본품 등의 제작 주체 또는 구입처를 요건으로 하지는 않고 있다. (3) 기존의 유권해석(서면2팀-446, 2004.

3. 16.)에서 과세관청은 반도체장비 업체가 연구개발활동을 통해 제작한 시제품을 폐기하거나 사용 또는 판매하는 경우에도 당해 연구에 투입된 연구 및 인력개발비는 연구 및 인력개발 등에 소요된 비용으로 보는 것 이라고 회신하고 있으며,

(4) 이외 다수의 유권해석에서도 다음과 같이 시제품 제작비용을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보고 있다(법규과-1623, 2011.

12.

8. 외 다수). [시제품 제작비용 관련 유권해석 등] 유권해석 등 사례 요지 서면2팀-446,

16. 연구개발과정에서 부수적으로 시제품이 발생하여 당해 시제품을 폐기하거나 사용 또는 판매하는 경우에도 당해 연구에 투입된 같은 법 시행령 별표5의 연구 및 인력개발비는 연구 및 인력개발 등에 소요된 비용으로 보는 것 임 기획재정부 조세지출예산과-64,

20. 기술개발활동이 거래처의 납품의뢰에 따른 경우에도 동일하게 적용하는 것 이므로 납품업체가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행 개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 조세특례 제한법 시행령 별표6 1.기술개발란 가목의 자체기술개발비용에 해당하는 것 임 법인-478,

4.

시제품 외주제작비용은 세액공제 대상임 귀 질의가 자체기술을 개발하는 과정에서 전담부서 연구용도의 외주가공비에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항 임 법인-828,

30. 법인이 전담부서에서 시험용 원재료 등으로 사용하기 위해 자체제작 함에 따른 비용은 연구인력개발비 세액공제 대상임 신제품 및 신공정 개발단계에서는 웨이퍼 등의 연구용 부품 및 견본품을 연구 개발부서의 의뢰에 따라 당사 생산라인에서 제작하거나 외부구매처에서 조달함 사전법령법인-65,

7.

연구용 바이오시밀러(바이오의약품의 복제약) 및 대조약(오리지널 바이오의약품)을 자체 생산하거나 구입하여 임상 사이트에 제공 하는 경우, 해당 법인이 부담한 비용은 세액공제 대상임 법인22601-4125,

14. 같은 법 시행령 별표6 1.기술개발 가목 2호의 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품 구입비용 해당여부는 그 구체적인 용도 및 사용내역에 따라 판단할 사항 임 법규과-1623,

12. 8, 내국법인이 외주제작한 연구개발용 시제품을 시험용으로 설치하여 작동 한 후 그 시험장소를 제공한 법인과의 협약에 따라 해당 시제품을 무상으로 이전한 경우 해당 시제품의 제작에 소요된 외주가공비는 조세특례제한법 시행령 별표6의 1.연구개발 가.자체연구개발비용에 해당 하는 것으로 조세특례제한법 제10조에 따른 연구‧인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것임 법인세과-93,

2.

별표6의 1.연구개발 나목의 ‘공동연구개발을 수행함에 따른 비용’이라 함은 동 별표6의 1.연구개발 가목의 자체연구개발에 지출된 금액과 나목의 ㉮ 내지㉷의 기관에서 지출한 비용을 말하는 것임 조심2010서2689,

22. 살피건대, 청구법인이 체결한 제품개발계약서를 보면,

② 카드결제기는 주문에 의하여 개발‧생산되는 것이므로 청구법인이 개발의뢰한 제품은 동 법인에게만 독점적으로 공급되는 사실 등으로 보아 청구법인이 OOO에게 지급한 위탁연구개발비는 공동연구개발비의 성격을 갖고 있는 점 (생략) ⇨ 청구법인이 제품 개발을 거래처(납품업체)에 의뢰하는 제품 개발계약을 거래처와 체결하고 거래처에게 지급한 제품 개발비에 대해, 해당 제품의 지적재산권은 거래처가 소유하더라도 지적재산권 외의 권리 등이 청구법인 에게 귀속되는 점 등을 고려하여, 청구법인이 거래처에게 지급한 제품 개발비의 성격을 “위탁 연구개발비”가 아닌 “공동 연구개발비”로 판단함 (5) 결론적으로 시제품 제작비용은 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는바, 청구법인이 반도체 장비 시제품의 제작을 위하여 공동개발계약(JD/DEMO계약)에 따라 지출한 쟁점비용은 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당하다. 2) 처분청은 시제품을 공동연구개발 상대방(OOO)에 판매하였으므로 시제품 제작비용이 판매목적비용에 해당하고 연구개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 주장하나 이는 유권해석의 취지에 어긋나는 주장이다. 가) 아래의 관련 유권해석은, 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유‧사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구‧인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하지 아니하는 것이라고 판단한 바 있다. [시제품 제작비용 관련 유권해석] 사전-2021-법령해석법인-1658, 2021.

23. 【회신】 내국법인이 거래처의 구매조건부 납품의뢰에 따라서 자기의 책임과 비용으로 자체기술에 의한 시제품 제작 과정 에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 조세특례 제한법 시행령별표6 제1호 연구개발란 가목의 자체연구개발 비용에 해당하는 것 이며, 이 경우 연구‧인력개발비 세액공제 대상 시제품 제작비용은 법인세법 시행령제72조제2항제2호에 따라 산정하는 것임 기획재정부 조세특례제도과-177, 2017.

9. 【회신】 납품업체가 자기의 책임과 비용으로 거래처의 납품의뢰에 따라서 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술로 상품화개발 등을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 조세특례제한법 시행령별표6 제1호 연구개발란 가목의 자체연구개발 비용에 해당하는 것임 이 경우 연구‧인력개발비에 해당하는 비용 중 조세특례제한법 시행령제8조 제1항 단서 규정에 해당되는 비용이 있는 때에는 동 비용을 차감하는 것이나, 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유‧사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구‧인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하지 아니하는 것 임

• 나) 더불어, 처분청 주장과 같이 시제품을 납품하고 대가를 받는 경우는 연구개발비 세액공제 대상이 아니라고 볼 경우, 시제품을 무상으로 인도하고 이후 양산제품 납품 시 양산제품의 가격에 시제품 제작 대가를 추가하는 조건으로 공동연구개발을 진행한 회사만이 연구개발비 세액공제를 인정받을 수 있게 되는 불합리함을 초래할 수 있다. 다) 결론적으로, 위 유권해석에 따르면 연구개발을 위해 발생한 시제품 제작비용은 판매 여부와 상관없이 연구개발비 세액공제 대상에 해당하며, 처분청의 주장대로라면 공동연구개발의 실질이 동일하더라도 공동연구개발계약의 조건에 따라 연구개발비 세액공제 대상 여부가 변동가능하므로 이는 불합리한 과세 로 이어질 수 있는바, 청구법인이 연구개발을 위해 발생한 시제품 제작비용은 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다.

3. 지출된 비용의 최초 목적이 연구개발인지 여부 에 따라 연구개발비 세액공제 대상 여부가 결정되고, 연구개발의 결과물이 고객사 입장에서 어떤 목적으로 사용되는지 여부 는 연구개발비 세액공제 대상인지를 결정하는 요소로 볼 수 없으므로, 공동연구개발자가 납품받은 시제품을 제품제조에 사용 하였기 때문에 세액공제를 적용할 수 없다는 처분청의 주장은 타당하지 않다. 가) 조특법 제10조에 따르면, 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(연구‧인력개발비)이 있는 경우 내국인의 법인세에서 공제한다고 규정하고 있으며, 그 이외의 조특법상 연구개발의 결과물이 고객사 입장에서 어떤 목적으로 사용되는 것인지가 연구개발비 세액공제 대상인지를 결정한다는 단서 조항이나 별도의 사후관리 조항은 존재하지 않는다. 나) 한편, 연구개발활동에 관하여 조특법 제2조 제1항 제11호는 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다고 규정하고 있는데, 청구법인의 쟁점비용의 지출활동은 조특법 시행령에 따라 연구개발활동에서 제외되는 활동에 해당하지 않는다.

• 다) 정리하면, 청구법인의 쟁점비용은 반도체 식각장비의 연구개발을 위해 지출한 것으로 이는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동 을 위한 비용이며, 조세특례제한법 시행령 제1조의2 에 따른 연구개발활동에서 제외되는 활동에도 해당하지 아니한다.
• 라) 또한, 연구개발의 결과물이 고객사 입장에서 어떤 목적으로 사용되는 것인지가 연구개발비 세액공제 대상인지를 결정한다고 하면 단서 조항 또는 별도의 사후관리 규정이 있어야 하나 현재 별도의 단서조항 및 사후관리 규정이 존재하지 아니한다.
• 마) 이러한 본 사실관계를 조세법률주의에 비추어 보면, 쟁점비용은 연구개발의 결과물이 고객사 입장에서 어떤 목적으로 사용되는지 여부와 상관없이 연구개발비 세액공제 대상 금액에 해당한다고 보아야 한다. 4) 관련 조특법상 법문에 비추어 보더라도, 청구법인의 시제품 제작비용에 연구개발비 세액공제를 적용하고 납품받은 고객사 입장에서 시제품 취득 비용에 통합투자세액공제를 적용하는 것이 중복지원 배제 대상에 해당한다고 볼만한 근거를 찾을 수 없는바, 중복지원에 해당한다는 처분청의 주장은 부당하다.
• 가) 조특법 시행령에는 연구개발 단계에서 이미 지출된 연구개발비를 사후적으로 감액하는 규정이 없고 (조특법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제1항), 국가 등으로부터 출연받은 출연금 등에 대해 통합투자세액공제를 배제하는 규정은 존재하나(조특법 제127조 제1항), 납품받은 고객사에서 통합투자세액공제를 적용한다는 이유로 시제품 납품업체의 R&D 세액공제 적용을 부인하는 별도의 규정이 존재하지 않는다. 즉, 고객사의 통합투자세액공제 적용을 이유로 회사의 R&D 세액공제 적용을 배제해야 한다는 처분청의 주장은 현행 조특법령의 문언상 아무런 근거가 없는 잘못된 주장이다.
• 나) 한편, 과거 국세청 은 납품업체가 거래처에 시제품을 공급하고 수령한 대가를 납품업체의 연구개발비에서 차감하여 납품업체가 실질적으로 부담한 연구개발비에 대해서만 R&D 세액공제를 인정한다는 입장이었고(서면법인 -1552, 2015.

9. 17.외), 이와 같은 과거의 입장은 거래처의 연구개발비를 구성하는 시제품 대가를 납품업체의 연구개발비에서 차감하지 않으면 해당 시제품 대가만큼 납품업체와 거래처가 모두 R&D 세액공제를 적용받는 중복문제가 발생할 수 있는 점을 고려한 해석으로 이해된다.

• 다) 그러나 전술한 바와 같이, 이후 기재부 에서 시제품 대가를 납품업체의 R&D 세액공제 대상 비용에서 차감하지 않는다는 유권해석을 생산함에 따라(기획재정부 조세특례제도과-177, 2017.

2. 9.), 이와 상반된 과거 국세청 유권해석들이 모두 삭제되었음을 고려할 때(2017.

2.

15. 세법해석정비), 회사와 고객사의 중복공제 문제로 인해 회사의 R&D 세액공제 대상 비용에서 쟁점비용을 제외해야 한다는 처분청의 주장은 위 기재부 유권해석, 세법해석정비와 괴리되는 부당한 주장이다. 라) 다시 말해, 처분청의 주장은 조세법률주의에 따른 문언해석과 최근 유권해석의 취지에 어긋나는 불합리한 주장이므로, 납품받은 고객사의 통합투자세액공제 적용과 상관없이 청구법인의 연구개발비 세액공제 적용은 가능하다고 해석 하여야 한다.

• 다. 결론 1) 쟁점비용은 공동연구개발 과정에 따라 시제품 제작을 위해 발생한 비용에 해당하고, 시제품 판매 대가를 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하지 않는 기존 유권해석의 취지에 비추어볼 때, 쟁점비용은 연구개발비 세액공제 대상에 해당 한다고 보아야 한다. 2) 연구개발비 세액공제 대상 여부는 지출된 비용의 최초 목적이 연구개발인지 여부에 따라 결정 되고, 연구개발의 결과물이 고객사의 입장에서 어떤 목적으로 사용되는지 여부는 연구개발비 세액공제 대상인지를 결정하는 요소로 볼 수 없다.

3. 쟁점사항 관련 법령에 비추어 보더라도, 청구법인의 시제품 제작비용에 연구개발비 세액공제를 적용하고 납품받은 고객사 입장에서 시제품 취득 비용을 통합투자세액공제에 적용하는 것이 중복지원 배제 대상에 해당한다고 볼만한 근거는 찾을 수 없다. 4) 청구법인은 국가적 차원의 차세대 반도체 발전전략에 따라 수요대기업과 반도체설비 제조기업 간의 상생협력을 통해 반도체 장비의 국산화 비율을 높이고, 기술력 제고를 통한 가격 경쟁력 을 갖추기 위하여 부단히 노력하고 있다. 건실한 국내 반도체산업의 기반을 구축하기 위해 애쓰는 청구법인의 입장을 살펴봐 주실 것을 간곡히 요청드린다.

• 라. 항변 내용 1) 시제품은 연구개발 과제성공을 직접적인 목적으로 수행된 활동에 기초 하여 만들어진 결과물을 의미하며, 쟁점 시제품은 이에 해당하는바 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다.
• 가) 처분청은 쟁점 시제품이 영리활동의 목적물에 해당하며 판매가격과 구성품목, 성능 측면에서 양산품과 유의미한 차이가 없으므로 연구용 시제품으로 볼 수 없다고 주장하고 있으나, ⅰ) 영리활동의 목적물에 해당하는지 여부와 ⅱ)판매가격과 구성품목, 성능상 차이 존재 여부는 시제품과 양산품 (판매목적 제품)을 구분하는 기준이 될 수 없다.

(1) 청구법인은 영리를 추구하는 기업으로서 연구개발활동을 비롯한 청구법인의 광범위한 활동과 결과물이 궁극적으로 영리추구를 목적으로 한다는 사실은 논리상 당연한 귀결이다. 그러므로 단순하게 시제품을 통하여 수익을 창출하는지 여부만 따져서는 세액공제 대상인 시제품과 대상이 아닌 양산품을 분명하게 구별할 수 없다.

(2) 다수의 유권해석 3) 에서 다음과 같이, 거래처와 납품계약을 체결하고 납품조건을 충족시키기 위한 연구개발을 수행하여 납품한 시제품의 제작비용도 연구개발 세액공제 대상이 된다고 일관되게 판단한 사실 을 살펴보더라도, 청구법인이 영리활동의 목적으로 공동연구개발의 종료 후 쟁점 시제품을 유상으로 공급하였다는 이유로, 쟁점 시제품 제작비용이 세액공제 대상이 될 수 없다는 처분청의 주장은 타당하지 않다.

(3) 한편, 처분청은 쟁점 시제품과 양산품 사이에 판매가격과 구성품목, 성능상 유의미한 차이가 존재하지 않는다는 점을 근거로 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 주장하나, (4) 청구법인은 쟁점 시제품을 설치부터 공동연구개발을 완료하기까지 1년가량의 시간을 투입하였고, 다수의 시행착오를 거쳐 마침내 연구개발과제를 달성하여 쟁점 시제품을 개발완료하고 이어서 양산품을 최종적으로 제작하였는바, 쟁점 시제품과 양산품 모두 공동연구개발 과제라는 공통적 기초자료를 바탕으로 제작이 이루어진 한 판매가격과 구성품목, 성능상 유의미한 차이가 없는 점은 자연스러운 결과 일 뿐이다. 나) 조세심판원 선결정례에 비추어 볼 때, 해당 목적물이 제작된 직접적인 원인을 판단기준으로 삼아 연구개발을 원인으로 제작되었다면 연구개발 시제품에 해당 하고, 물품구매계약을 원인으로 제작되었다면 양산품으로 보아야 한다.

(1) 연구개발을 통하여 제작된 목적물이 시제품과 양산품 중 어느 것에 해당하는지에 대한 판단은 해당 목적물이 제작된 직접적인 원인을 찾아 연구 개발과제를 달성하기 위한 목적(연구개발계약)에서 제작되었는지 아니면 물품구매계약에 따라 목적물을 공급하고 매매대금을 수취하기 위한 목적(물품구매계약)에서 제작되었는지를 기준 으로 이루어져야 한다.

(2) 이는 구매처에 납품한 목적물이 연구개발 세액공제 대상인 시제품에 해당하지 않는다고 판단한 조세심판원 결정의 판단근거에 부합한다(조심2023구3514, 2024.02.27., 조심2018부4066, 2021.06.21. 참조). (3) 한편 다음과 같이 청구법인은 순번 ①, ②, ⑥, ⑧(평가진행 중) 프로젝트를 제외한 나머지 프로젝트에 대해서는 공동연구개발을 마치고 양산품을 공급 하였으므로, 순번 ③, ④, ⑤ 프로젝트의 양산품이 공급되지 않았다는 잘못된 사실관계를 바로잡겠다. 다) ⅰ) 공동연구개발계약이 물품구매계약의 법적 성질을 갖는다고 볼 수 없으며, ⅱ)청구법인은 연구개발활동에 내제한 위험을 감수 하고 쟁점 시제품의 개발을 마쳐 ⅲ)별도의 주문절차에 따라 구매처에 납품 하였는바, 쟁점 시제품 제작비에 대한 연구개발 세액공제를 적용하는 것이 타당하다. (1) 처분청은 공동연구개발계약이 물품구매계약의 성격을 갖고 있다고 주장하나, 물품구매계약은 매도인이 목적물의 소유권을 매수인에게 이전하고, 매수인은 매매대금을 매도인에게 지급할 것을 약정함으로써 성립하는 계약 을 의미하는데(민법 제563조 4), 공동연구개발계약서 전체를 살펴보더라도 청구법인이 매도인으로서 쟁점 시제품 공급의무를 부담한다거나 구매처에 매매대금을 청구할 수 있는 권리가 형성되었다고 볼 수 없는바, 공동연구개발계약이 물품구매계약에 해당한다고 볼 수 없다. (2) 처분청은 XXX 프로젝트를 예시로 공동연구개발계약 제4조 및 제8조에 따라 청구법인이 구매처에 쟁점 시제품을 공급할 의무가 있다고 주장하고 있으나, 공동연구개발계약을 보면 구매처에는 청구법인에게 최혜고객 조건으로 쟁점 시제품 및 양산품의 구매를 요청할 권리(장래 체결가능한 물품공급 계약조건)만 부여되었으며, 청구법인에게는 공동연구개발의 참여자로서 오로지 연구개발의 성공과 실패 가능성에 내재하는 고유한 비용부담 위험만 지워지고 그 반대 급부로 연구개발을 통해 달성된 기술을 얻을 수 있는 권리가 부여되었을 뿐 이다.

(3) 평가기간이 종료되고 구매처가 청구법인에게 협의한 내용으로 발주서(Purchase Order, PO)를 보내는 별도의 절차가 이루어진 후 청구법인은 쟁점 시제품과 양산품을 공급하였는데, 위 절차가 이루어진 후에야 비로소 목적물의 정확한 구성품목 및 성능, 판매가격이 정해져 청구법인의 목적물의 소유권 이전의무가 구체적으로 확정되고, 구매처로부터 수령할 매매대금 또한 확정되는바, 물품구매계약은 위 발주서의 주요사항을 청구법인이 승낙하였을 때 성립 한다고 보아야 한다. (4) 공동연구개발계약이 물품구매계약에 해당하지 아니함은 명백하고, 조세 심판원은 선결정례를 통하여 해당 목적물이 제작된 직접적인 원인이 물품구매 계약인 경우에 시제품에 해당하지 아니한다고 판단을 내린바 5), 쟁점 시제품은 판매목적이 아니라 연구개발 과제를 달성하여 완성된 것으로 보는 것이 타당하고, 쟁점 시제품의 제작비용은 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다. 2) 연구개발 종료 후의 이익발생 여부는 적격 연구개발 판단과는 무관하다. 가) 현행 조특법은 시제품 제작 등 사업화 전까지의 과정, 즉 연구개발 과정 에서 발생한 비용 중 연구개발비 세액공제 대상 적격 연구개발비를 열거하여 규정하고 있고(조특법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조제1항, 별표6), 연구개발 단계에서 이미 지출된 적격 연구개발비를 연구개발 종료 후 사후적으로 감액하는 규정은 적격 개발비 중 중소기업이 중도해지를 이유로 환급받는 핵심인력 성과보상기금만이 유일할 뿐, 적격 연구비를 사후적으로 감액하는 규정은 존재하지 않는다(같은 법 시행규칙 제7조제10항제4호나목). 나) 또한, 기존 유권해석에서도 연구개발 단계에서 개발제작이 완료된 시제품을 연구개발이 종료된 후 외부에 판매하거나 폐기 또는 사용하더라도 시제품 개발 제작에 투입된 연구개발비에 대해서는 연구개발 세액공제 적용이 가능하다는 입장이고(서면인터넷방문상담2팀-446, 2004.03.16.), 나아가 청구법인은 공동연구 개발을 마치고 나서는 쟁점 시제품을 판매하여 이익을 얻을지 아니면 양산품을 판매하여 이익을 얻을지 자유로운 의사결정을 내릴 수 있음 에도 불구하고, 다) 청구법인이 쟁점 시제품에 대한 연구개발 종료 후 쟁점 시제품을 판매 했거나 이익이 있다는 이유로 쟁점 시제품 제작비용을 연구개발 활동이 아닌 영리활동에 기초한 제조원가로 본다는 주장은 연구개발 종료 후의 사후적인 사실관계를 소급하여 종료된 적격 연구개발을 부인함은 물론 연구개발 과정에서 발생한 적격 연구개발비를 사후적으로 감액할 수 없는 조특법 문언에 반하고, 연구개발 종료 후 시제품의 판매‧폐기‧재활용 등은 연구개발 세액공제 적용 여부와 무관하다는 기존 유권해석의 입장에도 반하는 부당한 주장이다. 3) 처분청의 주장대로라면 성공한 연구개발 기업의 연구개발 세액공제를 부인하게 되는 불합리한 결과를 초래하게 된다.

• 가) 청구법인이 고객사에게 쟁점 시제품을 납품하여 이익이 발생했다는 결과에 착안하여 쟁점 시제품 제작 활동을 당초 연구개발 활동이 아닌 영리활동에 불과하다는 처분청의 주장은 반대로 쟁점 시제품 개발에 실패하여 쟁점 시제품의 납품과 대가 수령이 없었다면 쟁점 시제품 제작 활동이 적격 연구개발 활동에 해당할 수 있다는 불합리한 주장 에 불과하다. 나) 연구개발 세액공제 제도는 연구개발의 속성상 시행착오나 실패의 위험이 따르는 점을 고려하여 연구개발 기업이 감내하는 위험을 세제지원 하는 것 이고(서울행정법원2018구합78923, 2020.07.02. 외), 조세심판원도 반도체 기업의 시제품 개발비용에 대한 연구개발 세액공제 적용 여부를 판단함에 있 어 개발에 성공한 시제품 개발비용의 경우에도 개발에 실패한 시제품 개발비용과 마찬가지로 연구개발 단계에서는 동일한 위험을 안고 투자된 것 이므로 연구개발 세액공제 제도의 입법취지상 연구개발 세액공제 적용이 타당하다는 취지로 결정한바 있으므로(조심2021서5419, 2022..8.23.), 다) 청구법인이 연구개발에 성공한 쟁점 시제품이 연구개발 종료 후의 납품으로 이익이 발생했다는 연구개발 종료 후의 사후적인 결과를 가지고 당초의 연구개발을 영리활동으로 간주하는 것은, 곧 성공한 연구개발은 연구개발 세액공제 적용이 배제되어야 한다는 불합리한 주장으로 볼 수밖에 없다.

4. 구매처의 투자세액공제와 청구법인의 연구개발 세액공제는 문언상‧ 취지상 중복 적용과 무관하며, 연구용‧양산용으로 사용하는 구매처의 용도에 따라 청구법인의 세액공제 적용이 좌우되는 것은 불합리하다. 가) 현행 조특법의 연구개발 세액공제 규정에서는 연구개발 단계에서 지출한 시제품 연구개발비에 대해 해당 시제품을 납품받은 구매처가 시제품 투자에 대해 투자세액공제 등을 적용했다는 이유로 시제품 제작비용에 대한 연구개발비 세액공제 또는 구매처의 투자세액공제를 부인하거나 아니면 각각의 세액공제 중 어느 하나를 선택하도록 하는 별도의 명문규정이 존재하지 않고, 나) 조특법은 동일한 자산에 대해 세액공제의 동시 적용을 제한하는 중복지원 배제규정이 있으나 이는 동일한 납세의무자가 투자한 동일한 자산에 대해 과도한 지원을 배제하기 위한 것일 뿐 청구법인과 구매처와 같이 서로 다른 납세의무자의 세액공제를 제한하려는 것이 아니므로, 조특법 문언상 근거 여부를 불문 하더라도 청구법인과 구매처 각각의 세액공제 적용에 대해 이중공제라는 주장은 배제규정의 입법취지상으로도 불합리한 주장 이다. 다) 나아가, 시제품을 납품받는 구매처는 연구용 또는 양산용 사업 목적으로 시제품을 납품받는 것이고 양산용 시제품을 투자세액공제로, 연구용 시제품은 연구개발 세액공제로 각각 적용하는 것이 시제품을 납품받아 사업용으로 사용하는 구매처 입장의 당연한 세제혜택일 수 있음에도 불구하고,

• 라) 청구법인이 납품한 쟁점 시제품에 대해 구매처가 통합투자세액공제 혜택을 부여받았다는 이유로 청구법인의 쟁점 시제품 비용에 대해 연구개발 세액공제 적용을 부인하는 것이 타당하다는 주장은, 곧 구매처가 쟁점 시제품을 연구용 또는 양산용이 아닌 비사업용으로 사용하는 경우에만 비로소 청구법인이 연구개발 세액공제 적용이 가능할 수 있다는 불합리한 주장 이다.
• 마) 또한, 처분청 주장은 구매처가 쟁점 시제품 취득대가에 대해 통합투자 세액공제를 적용받지 않은 경우, 예컨대 구매처 사업장이 수도권과밀억제권역 내에 소재하여 투자세액공제 적용이 불가능하거나 또는 구매처가 통합투자세액공제 대신 시제품과 무관한 세액감면 등을 선택적용하는 경우라면, 청구법인이 쟁점 시제품 제작비용에 대해 연구개발 세액공제를 적용이 가능하다는 주장과 동일한 것이나, 바) 구매처의 통합투자세액공제 선택적용 여부를 청구법인이 통제하거나 제한할 수 없을 뿐 아니라 쟁점 시제품을 납품받는 구매처가 해당 시제품에 대해 투자세액공제 적용이 가능한지 여부에 따라 청구법인의 연구개발 세액 공제 적용 여부가 달라져야 한다는 불합리를 야기할 것 으로 판단된다.

5. 항변 결론 위에서 말씀드린 사항을 종합하면 다음과 같다. 가) 시제품은 연구개발 과제성공을 직접적인 목적으로 수행된 활동에 기초 하여 만들어진 결과물을 의미하며, 쟁점 시제품은 이에 해당하는바 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다. 나) 연구개발 종료 후의 이익발생 여부는 적격 연구개발 판단과는 무관하다.

• 다) 처분청의 주장대로라면 성공한 연구개발 기업의 연구개발 세액공제를 부인하게 되는 불합리한 결과를 초래하게 된다. 라) 구매처의 투자세액공제와 청구법인의 연구개발 세액공제는 문언상‧취지상 중복 적용과 무관하며, 연구용‧양산용으로 사용하는 구매처의 용도에 따라 청구법인의 세액공제 적용이 좌우되는 것은 불합리하다. 이 사건 거부처분의 불합리함을 위와 같이 상세히 설명드리오니 살펴봐 주실 것을 요청드린다.

• 가. 쟁점 시제품은 연구용 시제품에 해당하지 않는다. 1) 시제품(試製品)의 일반적인 의미는 최초로 제작한 제품을 의미하는 것이 아니라, 본격적인 상품화에 앞서 성능을 검증‧개선하기 위해 핵심기능만을 넣어 제작한 기본 모델을 의미하는 것으로 양산과정에서 발생할 수 있는 위험을 줄이기 위한 시험용 제품 을 의미하는 것이다. 2) 청구법인의 쟁점 시제품은 보통 제조업에서 제작되는 연구용 시제품이 아니고, 업종 특성상 고객사에 설치 하여 여러 번의 변경을 거쳐 고객사가 원하는 공정률을 충족시켜 납품 되는 영리활동의 목적물로 시제품에 해당하지 않는다. 3) 또한, 청구법인은 시제품과 양산품은 구성품목이 다르다고 하나 판매가격이 유사 하고, 시제품과 양산품의 가격비교가 가능하다는 것은 그 구성품목이 동일한 것 으로 볼 수 있고 시제품과 양산품의 성능차이는 크게 없는 것으로 판단 된다. 4) 결국, 시제품과 양산품은 동일하게 판매를 목적으로 고객사 라인에 설치 되어 제품 제조에 사용되고 판매 되었으므로 연구용으로 사용되는 시제품으로 볼 수 없다. <표 삽입을 위한 여백>
• 나. 쟁점 시제품은 연구개발활동 중 ‘부수적’으로 제작된 연구용 견본품(시제품)이 아니다. 1) 연구‧인력개발비 세액공제 대상이 되는 것은 ‘전담부서 등이 연구용으로 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비’ 일 뿐이고, 거래처에 공급할 목적으로 제작한 ‘설비 제작비용 전체’가 세액공제의 대상이 되는 것은 아니다.

• 쟁점 시제품은 고객사에 공급하기 위한 것이고, 고객사에서도 생산설비로 사용될 것이므로 청구법인의 시제품을 ‘전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 견본품’으로 볼 수 없다. 2) 또한, 청구법인의 쟁점비용 발생 과정을 살펴보면, 장비평가계약 체결 전 고객사인 OOO와 내부 미팅을 통해(TSC협의-사전검토) 사양(SPEC)을 결정하고 그 이후 공동개발/공동평가 계약을 체결한다. [ 쟁점 시제품 관련 주요 일정]

• 가) 청구법인은 ‘투자심의’부터 ‘출하’기간 동안, 해당 설비의 설계‧제작을 진행하며 그 기간은 약 1개월〜1년 5개월 정도 소요되며, 나) 투자심의 후 고객사와 TSC협의를 거쳐 사양을 확정지어 시제품 설계 ‧제작 후 해당 목적물의 고객사 설치를 위한 출하 직전에 공동개발/공동평가 계약이 진행 되고 있다. 다) 조특령 [별표6]은 전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 견본품 등의 구입비 를 세액공제 대상 비용으로 정하고 있으며, [별표6]의 문리해석상 연구개발비 세액공제가 적용되는 견본품에 해당하기 위해서는 적어도 연구개발과정에서 부수적으로 만들어진 시제품 이어야 하나(조심2018부4066, 2021.

6.

21. 참조), 라) 쟁점 시제품은 연구개발활동 과정에서 부수적으로 발생한 연구용 시제품이 아니라 매출단가와 이익이 기획단계부터 고려된 판매 목적 제품에 해당 한다.

• 다. 쟁점 시제품 제작비용은 거래처에 판매할 목적의 비용이다. 1) 청구법인은 공동연구개발활동의 증빙으로 OOO와 체결한 장비평가 계약서 를 아래와 같이 제출하였다. 가) 본 계약의 목적은 장비 평가에 관한 필요한 제반 사항을 정하는 것 으로(제1조 목적), 나) 청구법인이 제작한 시제품을 고객사 생산라인에 설치하여 수년간 고객사인 OOO의 평가를 받게 되며, 다) 평가기준을 만족한 경우 본 계약에 의한 평가업무는 종료되고, 평가기준을 만족하지 못한 경우 청구법인 자신의 비용과 책임으로 평가 일정 내에 평가기준을 충족할 수 있도록 대상 장비를 개선하여야 한다(제4조 평가).
• 라) 또한, OOO 는 본 계약의 종료 후 청구법인에게 대상장비 또는 본 계약상 평가기간 중 개선점이 반영된 대상장비의 공급을 요청할 수 있는 권한을 보유 하며, 마) 청구법인은 양 당사자 간에 별도 체결하는 최혜고객 조건의 공급계약에 따라 해당 장비를 OOO에 공급하여야 한다 (제8조 사업협력). 2) 상기와 같이 장비평가계약서상 연구용 시제품으로 언급하는 내용을 찾아볼 수 없고, 오히려 향후 양산에 적용할 설비로 가정 하고 있다(제8조 사업협력).

• 이러한 장비평가 과정은 OOO의 일반적인 구매절차와 동일 한 바, 본 계약서는 공동연구개발이 아닌 물품구매계약의 성격을 가지고 있다. <그림 삽입을 위한 여백> [ OOO 구매절차] (OOO 홈페이지 발췌)

3. 또한 청구법인은 OOO와 기술혁신기업, 다변화 활동을 통해 공동개발한 것으로 주장하나,

• 다변화 활동 진행절차 상 장비평가계약 체결 전 TSC(기술운영위원회) 장비구매 상정이 이루어진 점, 장비평가계약서상 청구법인의 시제품에 대한 구매가 전제가 된 점 등, 공동연구개발이 아닌 주문자 생산방식으로 쟁점 시제품을 제작하여 판매한 것 으로 판단된다. [다변화 활동 진행절차(장비) ]

• 라. 쟁점 시제품 제작비용은 영리활동을 위한 제조원가에 해당한다. 투자심의 단계에서 매출을 예상하고 있고, 실제 매출로 진행되어 이익이 평균 XX % 확보된 점으로 보아 이익을 더한 금액을 거래처로부터 전액 회수한 것으로 확인되므로 쟁점 시제품 제작비용은 영리활동을 위한 제조원가에 해당한다. ｜ 쟁점 시제품 별 투자액 및 매출액 ｜
• 마. 동일한 자산에 대한 이중공제 우려가 있다. 1) 쟁점 시제품은 새로운 기술이 반영된 제품에 해당 하므로 고객사의 투자 세액공제 대상 자산으로 보아야 하며,

2. 쟁점 시제품에 대한 R&D세액공제를 인정하면, 동일한 자산에 대하여 청구법인과 고객사 간 이중공제를 받게 되는 불합리한 경우가 발생 하게 된다.

• 바. 결론 따라서 쟁점 시제품 제작비용은 거래처에 판매할 목적의 생산설비 제작비용 이며, 조특령 [별표6]의 ‘연구용 견본품(시제품)’이 아닌 제품으로 보아 경정청구를 기각한 처분청의 당초 처분은 정당하다.
• 사. 항변에 대한 의견

1. 쟁점 시제품은 시제품에 해당하지 않는다.

• 국세청 법령해석(기준-2015-법령해석법인-0037, 2015.

4. 15.)에 따르면 내국법인의 기업부설연구소에서 연구개발 활동과 관련없이 거래처에 판매할 목적의 시제품을 제작하기 위해 지출하는 비용은 연구‧인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것 으로 판단하고 있다.

2. 쟁점 시제품은 연구개발활동 중 ‘부수적’으로 제작된 연구용 견본품(시제품)이 아니다.

• 가) 청구법인의 주장을 뒷받침하는 유권해석(서면인터넷방문상담2팀-446, 2004.

3. 16.)은 연구개발과정에서 부수적으로 시제품이 발생 하여 폐기하거나 사용 또는 판매하는 경우 해당 연구에 투입된 연구 및 인력개발비는 연구 및 인력개발 등에 사용된 비용으로 인정한다는 해석으로, 나) 쟁점 시제품은 연구개발활동 과정에서 부수적으로 발생한 연구용 시제품이 아니라 매출단가와 이익이 기획단계부터 고려된 판매 목적 제품에 해당 한다.

3. 쟁점 시제품 제작비용은 거래처에 판매할 목적의 비용이다.

• 가) 청구법인은 ‘물품구매계약’이 아닌 ‘공동연구개발계약’이라고 주장하나, 장비평가계약서 상 최혜고객 조건의 공급이 전제 되어 있고, 연구용 시제품으로 언급하는 내용은 찾아볼 수 없다.
• 나) 이는 오히려 향후 양산에 적용한 설비로 가정 한 것이며, 이러한 장비 평가 과정은 OOO의 일반적인 구매절차와 동일 한바, 본 계약서는 공동 연구개발이 아닌 주문자 생산방식의 물품구매계약의 성격 을 가지고 있다.

4. 제품 양산활동은 불확실성 등 연구개발 활동의 핵심기준이 제거된 이후의 생산활동이기에 연구개발활동으로 인정될 수 없다.

• 가) OECD에서 제공하는 프라스카티 매뉴얼은 연구개발 활동으로 인정될 수 있는 활동으로 신규성, 창의성, 불확실성, 체계성, 재현가능성 등 다섯가지 핵심기준을 들며 이를 충족시켜야 함을 명시하고 있다. (1) 신제품 출시 이전 기획, 설계, 개발, 시제품 제작, 시험 과정 등은 상기 연구개발활동 핵심기준을 충족하는 활동이므로 연구개발활동으로 인정될 수 있으나, (2) 제품 양산활동은 불확실성 등 상기 다섯가지의 핵심기준이 제거된 이후의 생산활동이기에 연구개발 활동으로 인정될 수 없다.

(3) 위 논리를 바탕으로 국세청은 R&D세액공제 사전심사 과정에서 일관되게 양산품 제조비용의 경우 R&D세액공제 대상에서 제외하고 있는 것이다.

• 나) 또한, 처분청의 처분이, 성공한 연구개발 기업의 R&D세액공제를 부인하게 되는 불합리한 결과를 초래하게 된다는 청구법인의 주장을 뒷받침하는 조세심판원의 심판례(조심2021서5419, 2022.

8. 23.)는 본 건에 적용할 수 없다.

(1) 심판례에 나오는 Mask는 시제품 개발을 위해서 설계한 법인의 자산(기계장치)으로, Mask 제작은 반도체 시제품 제작의 필수적인 요소로서 그 개발비용은 조특령 [별표6]에서 규정하는 ‘전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품 시범제작에 소요되는 외주가공비’로서 R&D세액공제 대상에 해당되어 인정된 것으로, (2) 심판청구법인에게 소유권이 있는 자산의 개발비용으로서 개발에 실패한 비용이나 개발에 성공한 비용이나 모두 연구개발 단계에 있어 동일한 위험을 안고 투자된 것으로 보아 R&D세액공제 대상으로 인정된 것이다. (3) 그러나 본 건은 반도체 생산설비로 고객사의 유‧무형의 효익이 예상되는 자산성 물품으로, 연구용으로 사용되는 시제품이 아닌 영리목적의 제품에 해당 되어 R&D세액공제 적용을 인정하지 않은 것이다.

• 가. 쟁점 고객사에 판매된 시제품 관련 쟁점비용이 연구‧인력개발비 공제 대상이기에 경정청구를 거부한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. "연구개발"이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다. 2) 조세특례제한법 제10조 【연구‧인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용 (이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세 에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액 3) 조세특례제한법 시행령 제1조의2 【정의】 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제11호에서 "대통령령으로 정하는 활동"이란 다음 각 호의 활동을 말한다.

2. 시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치 확인 등 조사ㆍ탐사 활동

8. 이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동

9. 기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동 4) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2제1항에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액 5) 조세특례제한법 시행령 별표6【연구‧인력개발비 세액공제를 적용받는 비용】

• 가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발 서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. (중략)

3. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비 4) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제25조의3제3항제2호가목에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 따른 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

• 나. 위탁 및 공동연구개발

1. 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁 (재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보 관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

• 가) 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학
• 나) 국공립연구기관
• 다) 정부출연연구기관
• 라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) 마) 산업기술혁신 촉진법 제42조 에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관
• 바) 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분으로 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관
• 사) 영리를 목적으로 연구산업진흥법 제2조제1호 가목 또는 나목의 산업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업 아) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단
• 자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업 차) 산업디자인진흥법 제4조제2항 각 호에 해당하는 기관
• 카) 산업기술연구조합 육성법에 따른 산업기술연구조합 6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 【정의】

5. "연구개발활동"이란 과학기술 분야 또는 서비스 분야(별표 1의 유흥 등 관련분야는 제외한다)의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시험제품의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 2017〜2022 사업연도 법인세 신고내역 및 경정청구 내역은 아래와 같다.

2. 청구법인의 연도별 쟁점비용 발생내역은 아래와 같다. 3) 청구법인이 개발‧생산하고 있는 반도체 식각장비 OOO 제품별 기능과 특징은 다음과 같다.

4. 다음은 청구법인과 OOO 간에 체결한 장비 평가 계약서의 일부 발췌 내역이다. 청구법인과 OOO 간 장비 평가 계약서 일부 발췌(1/2) 청구법인과 OOO 간 장비 평가 계약서 일부 발췌(2/2)

5. 다음은 쟁점 시제품 관련 품의서 및 입고확인서 일부 발췌 내역이다. 청구법인 품의서 일부 발췌(1/2) 청구법인 품의서 일부 발췌(2/2) 입고확인서 일부 발췌

6. 청구법인은 사전열람 후 동일한 쟁점으로 진행된 심판례(조심2023중10011, 2024.

10. 24.)를 제출하였으며, 그 내용은 아래와 같다. 조심2024중10011, 2024.

10. 24., 인용 [쟁점] 쟁점시제품을 판매할 목적으로 생산한 것으로 보아, 그 제작 비용에 대한 신성장 ‧원천기술 연구개발비 세액공제를 적용하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부 [판단] 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점시제품이 판매 목적으로 제작된 것이므로 쟁점세액공제의 적용을 배제하여 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 쟁점시제품과 관련한 쟁점기술에 대한 주무부처(산업통상자원부 및 기획재정부)의 심의결과, 동 기술이 신성장‧원천기술에 해당하는 것으로 확인된 점, 청구법인과 고객사 간 공동기술개발‧공동평가계약에 의하면, 공동기술개발의 부산물인 연구용 시제품의 구매여부는 고객사의 선택사항이고, 기술개발이 성공한 경우 고객사는 자신의 필요에 따라 양산품을 별도로 주문하는 것으로 약정되어 있는 점, 청구법인의 개발완료보고서 등에 의하면, 쟁점시제품의 프로젝트 종류는 “평가설비 (JEP/JDP/DEMO)”로, 양산품은 “M(생산)”으로 구분‧관리하고 있고, 프로젝트명도 쟁점시제품은 공정라인 중 삼정연구라인 SRD로, 양산품은 공정라인 중 삼성양산라인 S5L로 구분‧관리하고 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제시한 거래기본계약서 등에 의하면, 쟁점시제품의 판매단가는 양산품의 판매단가보다 약 30〜40% 정도 저렴하고, 쟁점시제품의 제작원가 비중은 양산품 공급가액 대비 약 22%에 불과한 점, 쟁점시제품이 청구법인과 고객사 간 물품구매계약에 의한 것이 아니라 공동개발계약 ‧공동평가계약 등의 연구개발 목적에 따라 청구법인의 비용과 책임으로 제작되어 연구개발 활동과정에서 사용된 이상, 연구개발 이후에 유상판매 되었다는 이유만으로 쟁점세액공제의 적용을 배제할 수는 없는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

• 라. 판단 청구법인은 쟁점 시제품 관련하여 지출한 쟁점비용이 조세특례제한법제10조에서 규정하는 연구‧인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당한다고 주장하기에 이에 대해 살펴본다. 조세특례제한법제2조제1항제11호에서는 ‘연구개발’이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 의미한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 [별표6]에서는 ‘전담부서등 및 연구개발서비스가 연구용으로 사용하는 견본품‧부품‧원재료와 시약류구입비’를 자체연구개발비로 열거하고 있다. 청구법인은 쟁점 시제품과 관련하여 지출된 쟁점비용은 청구법인과 고객사 와의 공동연구개발 과정에 따라 시제품 제작을 위해 발생한 비용에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 제작한 쟁점 시제품은 연구용 시제품이라기보다는 고객사가 원하는 공정률을 충족시켜 납품되는 영리활동의 목적물에 가까워 연구개발비 세액공제 대상의 시제품으로 보기는 어려운 점 에 비추어, 처분청에서 청구법인이 쟁점비용을 연구개발비 세액공제대상으로 보아 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 심리결과 청구주장이 이유가 없다고 인정되므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) Etching: 동그란 웨이퍼 위에 쌓인 막에서 불필요한 부분을 깎아내어 회로패턴을 형성하는 작업 2) JD(Joint Development Project): 공동개발 프로젝트, JEP(Joint Evalation Project): 공동평가 프로젝트 3) 기획재정부 조세특례제도과-990, 2011.10.28., 기획재정부 조세지출예산과-641, 2006.09.20., 서면인터넷방문상담2팀-446, 2004.03.16. 등 4) 민법 제563조 【매매의 의의】매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 발생한다. 5) 조심2023구3514, 2024.02.27., 조심2018부4066, 2021.06.21.)