청구법인이 중소기업에 해당하지 않은 것으로 보아 이월결손금 공제비율 60%를 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

• 가. 주식회사 AAA(이하 ‘청구법인’이라 한다)은 경기도 BB시 CC구 DD로 xx에서 20..**.부터 부동산개발 및 주택신축판매업을 주업으로 하는 법인 사업자로서, 2021 사업연도 법인세 신고 시 중소기업 기준을 적용하여 각사업연도소득의 100%인 14,586,761,954원의 이월결손금을 각사업연도소득금액 에서 공제하여 신고하였다.
• 나. OO 세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)은, 청구법인은 조세특례제한법 시행령제2조제1항 및 중소기업기본법 시행령제3조제1항제2호나목에 따라 ‘자산총액이 5천억원 이상인 법인이 주식등의 100분의 30 이상을 직·간접적으로 소유한 경우’ 에 해당되어 중소기업에서 제외되는 것으로 보아, 2021 사업연도 이월결손금 공제한도 60%를 적용하여 초과공제금액 x,xxx,xxx,xxx원을 제외하여 법인세 x,xxx,xxx,xxx원을 경정고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 20xx.xx.xx. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 청구법인은 BB시 OOOO개발사업을 위해 청구외 OO건설과 OOOOO이 공동으로 설립한 SPC(특수목적법인)로서, OO건설이 누적적비참가적우선주 85% 지분을, OOOOO이 보통주 15% 지분을 출자하는 방안으로 설립되었다.
• 나. OO건설은 OOOO개발사업 건축물의 시공권과 SPC 지분출자 의무만을 부담하고, 사업에 대한 경영권이나 이익에 대한 권리(우선주에 대한 배당권한은 보유)는 모두 OOOOO이 보유하여, OO건설은 시공사로 시공권만을 보유하고 본 사업의 주체(시행사)는 OOOOO이므로, 의결권이나 경영권이 전혀 없는 OO건설의 지분율을 기초로 청구법인이 중소기업이 아니라는 판단은 적법하지 않다.
• 다. OO건설이 보유한 지분 85%의 의결권은 OOOOO에 조건 없이 무기한 으로 위임되고 OO건설은 주주권을 행사하지 않기에 OO건설이 보유한 지분 85%는 실질적으로 의결권이 전혀 없는 지분이다. 라. 공정거래위원회는, 공정거래법상 OO건설이 청구법인지분을 보유하지 않은 것으로 보아 청구법인이 OO건설의 계열집단에 속하지 않는 것으로 판단하여 계열제외통지를 한 사실이 있다.
• 마. 조세특례제한법 시행령제2조제1항제3호의 규정은 공정거래법과 동일하게 해석되어야 하는 것으로, 공정거래법상 기업집단에 속하는 기업이 중소기업으로 분류되어 공정거래법의 취지에 어긋나게 세법상 중소기업의 혜택을 누리지 못하도록 한 취지에 따라 적용되어야 한다.
• 바. 중소기업기본법 시행령제2조(용어의 정의)에서 주식등에는 의결권 없는 주식을 제외하여, 자산 5천억원 이상 법인이 출자한 의결권 없는 주식은 중소기업 판단 시 주식에서 제외하고 있기에, OO건설의 청구법인에 대한 출자지분은 OO건설에 의결권이 없는 주식에 해당되어 청구법인은 중소기업에 해당한다.
• 사. OO건설은 OOOOO과 기본협약서에 의하여 시공사로 건축물의 시공을 하고 있으며, 그 이외에 청구법인에 대한 인사권등 경영권행사는 물론 주식의 지분권도 행사한 사실이 전혀 없고, 청구법인의 경영권과 자금조달, 인사, 주주권 등의 모든 권한은 OOOOO이 행사하고 있다.

• 가. 중소기업기본법 시행령제3조제1항제2호나목에서, 자산총액 5천억원 이상인 법인이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우에는 중소기업에서 제외한다고 명백하게 규정하고 있으며, OO건설이 소유한 주식은 제1종우선주(이익에 대한 우선배당을 하고 1주당 1개의 의결권이 있는 주식)로 정관, 등기부등본, 감사보고서 등에서 명확하게 의결권이 있는 주식으로 확인된다. 나. 청구법인이 발행한 주식의 의결권 유무는 상법제344조 및 제344조의 3제1항에 따라 정관에 의결권의 존재 또는 행사 가능 여부를 정한 경우에 따라 결정되는 것이지, 주주 간 협약을 통해 주식을 위임하였다고 의결권 유무가 변동될 수 없다. 다. 또한 청구법인은 공정거래법상 기업집단에서 제외된 사실을 근거로 해당 법률에서 의결권이 없는 주식으로 보았으니 조세특례제한법도 동일하게 적용하여야 한다고 주장하나, 공정거래위원회는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령제5조의 규정에 따라 기업집단에서 제외시켰을 뿐, 해당 주식을 의결권이 없는 주식으로 본 것도 아니고 조세특례제한법이 해당 법률을 전부 준용하는 것도 아니므로 동일하게 적용할 아무런 법적 근거가 없다.
• 라. 그리고 의결권 행사 여부에 따라 실질적인 독립성 여부를 판단하고 그에 따라 중소기업 여부를 판단해야 한다는 청구법인의 주장은 법령을 확장해석 한 것으로, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없니 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고 특히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.
• 마. 이상과 같이, 청구법인은 자본금 5천억원 이상인 법인이 주식등의 100분의 30 이상을 직·간접적으로 소유한 경우로서, 중소기업기본법 시행령제3조 제1항제2호나목에 해당하여 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 않으므로, 이월결손금 공제 시 한도 규정(소득의 100분의 60)을 적용하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 이월결손금 공제비율 60%를 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제13조 【과세표준】[2021.01.01., 제17799호로 개정되기 전의 것]

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60 [조세특례 제한법 제6조제1항에 따른 중소기업 (이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100 ]을 한도로 한다.

1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 2) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】

① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업" 이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

3. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조제1항 에 따른 공시대상 기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 중소기업기본법 시행령 제3조제1항 제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조제1항제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업"으로 본다. 3) 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】

① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

• 가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것
• 나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인 (외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다) 이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우 로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조제3항 을 준용한다. 4) 중소기업기본법 시행령 제2조 【정의】

4. “주식등”이란 주식회사의 경우에는 발행주식(의결권이 없는 주식은 제외한다) 총수, 주식회사 외의 기업인 경우에는 출자총액을 말한다. 5) 상법 제344조 【종류주식】

① 회사는 이익의 배당, 잔여재산의 분배, 주주총회에서의 의결권의 행사, 상환 및 전환 등에 관하여 내용이 다른 종류의 주식(이하 "종류주식"이라 한다)을 발행할 수 있다.

② 제1항의 경우에는 정관으로 각 종류주식의 내용과 수를 정하여야 한다. 6) 상법 제344조의3 【의결권의 배제·제한에 관한 종류주식】

① 회사가 의결권이 없는 종류주식이나 의결권이 제한되는 종류주식을 발행하는 경우에는 정관에 의결권을 행사할 수 없는 사항과, 의결권행사 또는 부활의 조건을 정한 경우에는 그 조건 등을 정하여야 한다.

② 제1항에 따른 종류주식의 총수는 발행주식총수의 4분의 1을 초과하지 못한다. 이 경우 의결권이 없거나 제한되는 종류주식이 발행주식총수의 4분의 1을 초과하여 발행된 경우에는 회사는 지체 없이 그 제한을 초과하지 아니하도록 하기 위하여 필요한 조치를 하여야 한다. 7) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제5조 【기업집단으로부터의 제외】

① 공정거래위원회는 제4조제1항에도 불구하고 다음 각 호의 회사로서 동일인이 그 사업내용을 지배하지 않는다고 인정되는 회사를 이해관계자의 요청에 따라 동일인이 지배하는 기업집단의 범위에서 제외할 수 있다.

1. 출자자 간의 합의ㆍ계약 등에 따라 다음 각 목의 자 외의 자가 사실상 경영을 하고 있다고 인정되는 회사

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2021 사업연도 법인세 신고 시 각사업연도소득금액의 100%를 이월결손금으로 하여 신고하였으나, 처분청에서 이월결손금 공제비율 60%를 적용하여 법인세를 경정한 내용은 다음과 같다.

• 이월결손금 공제비율 외에 신고내역에 대하여는 이견이 없다. 2) 청구법인이 본 건 이의신청 시 제출한 설립배경과 지분구조 및 사업영위 내역은 다음과 같다.

3. OO시의 “OOOO 민간개발 조성사업 우선제안대상자 공모”에 OO건설과 OOOOO이 컨소시엄으로 참여하였으며, 20xx.x.xx.에 선정되었다. SPC 설립 수행이 입찰조건이기에 OO건설과 OOOOO은 SPC(청구법인)을 설립하여 OOOO개발사업을 시행하고 있다. 4) OOOOO을 시행사로 OO건설을 시공사로 추진하였으며, 대형건설사의 지분이 많아야(OO 본점 건설사 최소 15% 지분 보유) 사업자선정이 가능하도록 공모지침이 있었기에 OO건설과 OOOOO이 각각 85% 및 15%의 지분구조로 OO시에 사업제안 하였다.

5. SPC가 공정거래법상 자회사에 해당되면 해당 사업에 참여하지 않겠다는 OO건설의 입장표명이 있어, OO건설이 누적적비참가적우선주로 85% 지분으로 참여하게 되고 OOOO개발 사업자로 선정되었다. 6) SPC 지분구성과 관련하여 OO건설과 OOOOO이 검토한 주요 내역은 다음 과 같다.

• 가) 누적적비참가적우선주의 잔여재산에 대한 청구권등에 관한 의견서: OOOOO이 영흥공원사업의 실질적 시행사로서, 시행의 손익은 궁극적으로 OOOOO에게 귀속되고 OO건설은 사전에 정해진 배당(누적적 우선주)만을 수령하는 것이 상법상 위배되지 않는다는 법률해석을 받음(법무법인 OO, 20xx.x.xx.)
• 나) OO건설이 SPC지분 누적적비참가적우선주 85% 인수 시 공정거래법상 자회사 해당여부에 관한 의견서: OO건설이 누적적비참가적우선주 85%를 보유하면서 경영에 참여하지 않는 경우에 공정거래법상 자회사에 해당되지 않을 수 있다는 법률해석을 받음(법무법인 OO, 20xx.x.xx.)

7. OO건설과 OOOOO 간에 기본합의서 체결내용은 다음과 같다. 가) OO건설의 권리의무: OO건설은 SPC지분투자(정해진 배당만 수령)와 건축물시공 및 하자보수 등 협약서에 정한 책임만을 부담하고, SPC출자지분 전부에 대한 의결권과 경영권을 OOOOO에 위임하기로 규정하고 있어, 시공권만 보유하고 나머지 경영관련 모든 의무와 책임은 부당하지 않는다. <OO건설과 OOOOO 간 기본협약서 일부 발췌1> 제4조【구성원의 역할 및 업무분담】

1. 각 당사자의 역할 및 업무는 다음과 같다.

• 가. OO건설

(1) SPC에 대한 지분출자

(2) 비공원시설 건축물의 시공 및 하자보수 업무

(3) SPC의 자금조달, 인허가 등의 업무 협조 (책임준공 등)

(4) 기타 본 사업과 관련하여 필요한 사항

• 나. OOOOO

(1) SPC에 대한 지분출자

(2) SPC의 자금조달, 인허가 등의 업무 협조

(3) SPC의 이사회 구성 등 SPC의 운영

(4) 본 사업의 진행에 필요한 업무의 일체

• 다. 업무의 분담원칙 협약이행보증금 납부 등 본 사업의 시행 및 추진에 따른 모든 지위와 권한 및 의무는 본조에서 OO건설의 권한 및 의무로 규정한 경우를 제외하고는, OOOOO이 모든 의무와 권한을 가진다. 나) OOOOO의 권리의무: OOOOO은 SPC이사회구성과 운영 및 사업에 필요한 업무일체를 수행하고 SPC출자금 이외의 필요자금을 조달하도록 규정하고 있어, OOOOO은 SPC의 완전한 경영권과 소유권을 보유한다. <OO건설과 OOOOO 간 기본협약서 일부 발췌2> 제5조【출자지분 등】

1. SPC에 대한 본 협약 당사자들의 출자지분율(이하 “출자지분율”)은 별첨1과 같다. <별첨1> 1. 출자자: 100% 주식회사 OO건설: 85% (누적적 비참가적 의결권 있는 상환 우선주) OOOOO 주식회사: 15% (보통주)

2. 출자금액: 금 xx억원 (\xx,000,000,000원) 주식회사 OO건설: 금 xx억원 (\xx,00,000,000원) OOOOO 주식회사: 금 xx억원 (\xx,000,000,000원)

2. 당사자들은 공동으로 SPC를 설립한다. SPC의 설립자본금 및 설립자본금 출자금액은 별첨1을 따르며, 추후 SPC 설립자본금 이외에 추가 자금 필요시 해당 금액은 전액 OOOOO의 부담으로 조달한다. 이 때 본 협약에서 정한 지분율은 OO건설 지분의 상환시까지 변동될 수 없다.

3. OO건설은 OOOOO이 SPC의 경영권을 행사할 수 있도록 SPC의 출자지분 전부에 대한 의결권을 OO건설의 출자금을 회수할때까지 서면으로 OOOOO에 위임하기로 한다.

8. 상기 기본합의서에 따라 청구법인을 설립(20xx.x.xx. 등기)하였고, 공정거래 위원회는 청구법인을 OO건설의 공정거래법상 자회사에서 제외(20xx.x.xx.)하였다.

9. 기본합의서에 의해 OO건설은 현재까지 시공사의 역할만 수행하고 주주권을 행사하거나 경영권에 참여한 사실이 한번도 없으며, SPC의 추가자금조달과 경영의 모든 책임과 의무를 OOOOO이 행사하고 있다. 10) 처분청에서 청구법인에 대한 경정 전 신청한 과세사실판단자문 결정통보서는 다음과 같다.

• 라. 판단 청구법인은 청구법인의 주식 85% 지분을 보유한 OO건설의 주식이 의결권 없는 주식이기에 중소기업이 아닌 것으로 보아 법인세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론 하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다 (대법원2005다19163, 2006.05.25 등 참조).. 이상의 관련법령 및 사실관계에 따라 살피건데, 중소기업기본법 시행령제2조제1항제2호나목에서는 ‘자산총액이 5천억원 이상인 법인이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우’에는 중소기업에서 제외한다고 규정하고 있는 점, 상법제344조 및 제344조의3제1항에 따르면 의결권이 없거나 제한되는 주식을 발행하는 경우에는 정관에 의해 정하여야 한다고 규정하고 있으며, OO건설이 소유한 청구법인의 주식은 제1종우선주로 정관, 등기부등본, 감사 보고서 등에서 명확하게 의결권이 있는 주식으로 확인되는 점, 공정거래위원회 에서 청구법인이 OO건설의 소속회사에서 제외되었다고 하더라도 이는 독점 규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령에 따른 것일 뿐, 이로 인해 조세특례 제한법 상 중소기업에 해당된다는 근거로 보기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인의 2021 사업연도 법인세 신고 시 중소기업에 해당하는 것으로 보아 100%를 적용하여 공제한 것을 부인하고, 60%의 공제율을 적용하여 법인세 및 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 심리결과 청구주장이 이유가 없다고 인정되므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.