조세심판원 이의신청 법인세

청구법인이 지급한 급여는 가공경비가 아니며, 청구법인은 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

사건번호 이의-인천청-2025-0016 선고일 2025.04.16

청구법인은 지급한 급여가 가공경비가 아니라고 주장하나, 사무실에 출입할 때 지문접촉 기록이 확인되지 않는 점 등으로 보아 청구주장을 받아들이기 어려움 청구법인은조세특례제한법제6조 제2항에 의한 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상이라고 주장하나, 청구법인의 사업내용, 주요 매출처, 사업장 소재지, 사용 장비, 인력공급업체 등을 보면 사업을 실질적으로 승계한 것으로 판단되는 점 등으로 보아아 청구주장을 받아들이기 어려움

[ 세 목 ] 법인세 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 이의-인천청-2025-0016(2025.04.16) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 청구법인이 지급한 급여는 가공경비가 아니며, 청구법인은 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상에 해당한다는 청구주장의 당부 [ 요 지 ] 청구법인은 지급한 급여가 가공경비가 아니라고 주장하나, 사무실에 출입할 때 지문접촉 기록이 확인되지 않는 점 등으로 보아 청구주장을 받아들이기 어려움 청구법인은 조세특례제한법제6조 제2항에 의한 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상이라고 주장하나, 청구법인의 사업내용, 주요 매출처, 사업장 소재지, 사용 장비, 인력공급업체 등을 보면 사업을 실질적으로 승계한 것으로 판단되는 점 등으로 보아 아 청구주장을 받아 들이기 어려움 [ 결정내용 ] [주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다. [

관련법령

] 법인세법 제19조, 조세특례제한법 제6조

1. 사실관계 및 처분내용
  • 가. 주식회사A(이하 “청구법인”이라 한다)는 2021.

1. 개업하여 현재 인천 부평구 B에서 휴대폰 케이스 제조업을 주업으로 영위하고 있는 법인이다.

  • 나. 청구법인은 2021년 ∼ 2022년 기간 C에게 급여 총94,454천원(2021년 36,000천원, 2022년 58,454천원)을 지급하고 이를 손금에 산입하여 법인세 신고하였고, 2023 사업연도 법인세 신고 시조세특례제한법제6조 제2항에 의한 창업중소기업 등에 대한 세액감면 445,977천원을 적용하여 법인세 신고하였다.
  • 다. D세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2024.

8. 30.부터 2024.

10. 30.까지 청구 법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 C에게 2021년 1월 ∼ 2022년 8월 기간(이하 “쟁점기간”이라 한다)에 지급한 급여 총 69,231천원(2021년 36,000천원, 2022년 33,231천원)을 가공급여로 보아 손금불산입하여 2025.

1.

6. 2021 사업연도 법인세 7,677천원, 2022 사업연도 법인세 8,771천원을 경정·고지하였고, 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수한 경우에 해당하여 창업을 한 것으로 보기 어렵다고 보아 조세특례제한법 제6조 제2항 의 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제하고 2025.

1.

6. 2023 사업연도 법인세 526,600천원을 경정·고지하였다.

  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.

2.

7. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

(쟁점1) 청구법인이 쟁점기간에 C에게 지급한 급여를 가공급여로 보아 손금불산입한 처분의 당부

  • 가. C는 청구법인에서 2021년 1월부터 현재까지 실제로 근무하고 있다. 1) C는 청구법인 설립 전부터 개인사업자 E(이하 “E”이라 한다)에서 경제활동을 영위한 자로, E에서 함께 근무하다 퇴직한 F의 제안으로 청구법인의 설립에 참여하여 청구법인의 주주가 되었다. E의 대표자는 G F는 청구법인 설립 직후인 2021년 1월부터 근무하였고, 2024.

15. ∼

3.

5. 기간 청구법인의

공동대표이사로 근무함 2) C는 청구법인을 설립한 2021년 1월부터 청구법인에서 직원으로 근무하였고, 2022년 10월경 다른 주주들로부터 주식을 추가로 매입하여 청구법인의 최대주주가 된 후,

1.

8. 청구법인의 대표이사로 취임하였다. * 청구법인의 통합조사 당시 C는 보유한 청구법인 주식이 명의수탁 주식인지 여부에 대하여 증여세 조사를 받았으나 무실적으로 종결됨 3) 입사초기 C는 E에서 했던 플라스틱 제품의 개발·제조·품질검사 관련 지원업무를 주로 하였고, 대표이사 취임 이후에는 주요 의사결정을 하는 공동대표이사 F를 보조하면서 법인 전반에 대한 업무를 처리하였다. 4) C는 청구법인을 설립한 2021년 1월부터 현재까지 청구법인에서 계속 근무하였으나, 처분청은 쟁점기간에 C의 사무실 출입기록이 없다는 사유로 청구법인이 쟁점기간에 C에게 지급한 급여를 손금불산입 처분하였다. 5) 쟁점기간은 청구법인을 설립한 초창기로 근태 등의 관리가 제대로 이뤄지지 않은 시기였고, C도 본인이 설립·근무하는 회사에 근태기록을 남겨야 한다는 인식이 부족하여 지문인식 없이 사무실 출입을 하였던 것이다.

6. 처분청이 사무실 출입기록이 없다는 단순한 사유로 C가 청구법인에서 근무하지 않았다고 판단하는 것은, 청구법인에게 근거 없이 과도한 불이익을 주는 것이다. (쟁점2) 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수한 것으로 보아 창업중소기업 세액감면을 배제한 처분의 당부

  • 나. 청구법인은 E로부터 사업을 실질적으로 인수한 바 없다. 1) 청구법인은 창업 이후 3년 이내인 2023.

7.

19. 벤처기업 인증을 받아 2023 사업 연도 법인세 신고 시 창업벤처중소기업으로서 법인세 445,977천원을 세액감면 받았으나, 처분청은 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수한 것으로 보아 창업중소기업 세액감면을 부인하였다. 2) 청구법인은 E에서 근무하다 퇴직한 직원들이 주축이 되어 설립한 법인이나, E에서 추진하던 사업에 관한 권리·의무를 포괄적으로 승계한 사실이 없는 독립적인 회사로 설립되었고, 사업의 분할 또는 양수도에 의하여 설립된 법인도 아니다. 3) 조세특례제한법 규정에 따르면 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전 사업에 사용하던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 창업으로 보지 아니하나, 인수 또는 매입한 자산이 창업 당시의 사업용자산 총액의 30% 이하의 경우에는 창업으로 본다고 규정하고 있다. 4) 청구법인의 경우 E로부터 자산을 인수 또는 매입한 바가 없음에도, 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수한 것이라고 판단하는 것은 법률에 규정한 내용을 유추 또는 확장해석 하는 것으로서 조세법률주의에 위배되는 것이다.

5. 청구법인 설립 시 E의 대표자인 G 자금이 자본금으로 납입된 바가 없는 점, 청구법인과 E의 경영주체가 다른 점 등으로 보아 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수하였다고 보기는 어렵다. * G는 E을 폐업하고 청구법인에 직원(관리부 대리)으로 근무하였으나, 청구법인의 주식을 취득 하거나 경영자로 근무하지는 않음

  • 다. 쟁점1, 2에 대한 결론

1. 청구법인은 E에서 근무하던 직원들이 주축이 되어 2021년 1월 설립된 법인으로, 설립 당시 출자자이면서 직원이었던 C은 설립 시부터 근무하여 현재는 대표이사로 회사의 발전을 위해 부단히 노력하고 있다. 2) 청구법인은 벤처기업 인증을 기반으로 더욱 발전할 수 있는 기틀을 마련하였으므로, 청구법인 및 그 대표자가 더욱더 발전된 모습으로 사회에 기여할 수 있도록 선처하여 주기 바란다.

3. 처분청 의견

(쟁점1) 청구법인이 쟁점기간에 C에게 지급한 급여를 가공급여로 보아 손금불산입한 처분의 당부

  • 가. C는 청구법인에서 2021년 1월부터 급여를 수령하였으나, 실제는 2022년 9월부터 근무하였으므로 쟁점기간의 급여를 손금불산입한 처분은 적정하다. <표1> C의 청구법인 근로소득 내역 1) 청구법인은 사무실에 출입할 때 보안장치에 지문을 접촉하여야 출입문이 열리므로 지문 접촉이 필수적이나, 청구법인이 제출한 C의 2022년 ∼ 2023년 기간의 근태내역 자료에 의하면, C는 2022.

9. 13.부터 해당 기록이 있다. 2) 청구법인은 쟁점기간에 대한 C의 근무 증빙을 제출하지 못하였다. 가) 청구법인은 C의 근무 증빙으로 메일캡처·주간회의자료·C의 근태내역자료 등을 제출하였는데, 메일캡처 중 날짜가 가장 빠른 것은 2023.

1. 9.이고, 주간회의자료 중 날짜가 가장 빠른 것은 2023년 5월분으로 확인된다. 나) 처분청이 C의 쟁점기간 급여를 부인하겠다는 의사를 전달한 이후에도, 청구법인은 C의 쟁점기간 근무 증빙을 제출하지 못하였다. 3) 청구법인이 주장하는 C의 업무 내용을 보아도 C는 쟁점기간에 청구법인에서 근무하지 않은 것으로 보인다.

  • 가) 청구법인은 C가 입사초기 제품 개발 보조업무를 수행하였다고 주장하고 있으나, 청구법인은 2021년 ∼ 2022년 기간에는 연구개발 부서가 없었고 연구 업무를 수행할 만한 다른 부서 및 직원도 없었으며, 2023년 이후에 연구개발 부서를 설치하였다. 나) 청구법인이 제출한 2021년 ∼ 2022년 기간의 조직도를 보면 부서는 ‘경영 관리부, 제조본부, 사출부’ 등 3개의 부서가 있는 것으로 확인되는데, 제조본부 에는 H상무 외 담당 직원은 없으며, 사출부는 G 대리와 I사원이 있고, 경영관리부의 총무팀에 C가 기재되어 있으므로, C는 쟁점기간에 청구법인에서 연구 보조 업무를 수행할 수 없었다. 청구법인의 제조활동은 전부 인력공급업 업체로부터 공급받은 인력이 수행함 4) 또한 C의 체크카드 사용내역을 보면, 쟁점기간에 용인에서 사용한 내역이 다수 발견되는바, C는 쟁점기간에 주로 용인에서 거주하였거나 활동한 것으로 보인다.
  • 나. 쟁점1에 대한 결론 청구법인은 C가 쟁점기간에 청구법인에서 근무를 하였다고 주장하나, ① C의 근태 내역이

9. 13.부터 확인되는 점, ② 청구법인이 C의 쟁점기간 근무증빙을 제출하지 못한 점, ③ 청구법인이 C가 수행하였다고 주장하는 업무는 실제로는 수행하기 불가능한 것으로 보이는 점, ④ C의 쟁점기간 체크카드 사용내역을 보면 청구법인과 원거리인 용인에서 주로 활동한 것으로 보이는 점 등으로 보아 C는 쟁점기간에 청구법인에서 실제 근무하지 아니한 것으로 판단된다. (쟁점2) 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수한 것으로 보아 창업중소기업 세액감면을 배제한 처분의 당부 다. 쟁점2 관련한 조세심판원 심판례 및 서울고법 판결은 다음과 같다. 조세심판원 심판례(조심2013구4077, 2013.

12. 13.)에 따르면 창업에 해당하기 위해 서는 같은 조 제10항의 규정에 해당하지 아니하여야 하고, 구체적으로 ‘창업’인지 여부는 그 외형만을 가지고 볼 것이 아니라 당해 중소기업의 성립 경위, 성립 시부터 사업인수 시까지의 시간적 간격을 비롯한 사업인수의 경위, 당초의 사업과 인수한 사업의 각 규모와 실태 등을 종합적으로 참작하여 조세감면의 혜택을 주는 것이 공평의 원칙 등에 부합하는지를 기준으로 실질적으로 판단한다 하였고, 서울고법 판결(서울고등법원2024누43821, 2024.

12. 18.)에 따르면조세특례제한법제6조 제10항 제1호, 제4호에서 정한 ‘창업’의 예외 사유에 해당하더라도 ‘새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우’에 해당한다고 보기 부족한 경우에는 조세감면이 부인되는 것으로 판결하였다.

  • 라. 청구법인은 E의 사업을 실질적으로 승계하였기 때문에 창업중소기업 세액감면을 부인하는 것은 적정하다. 1) (사업내용 동일) 청구법인은 설립 후 주식회사 J (이하 “J”라 한다) 에 휴대폰 케이스 관련 사출, 코팅 외주용역을 공급하였는데, 이는 E가 제공하던 용역이었다. J 의 2020년 11월 ∼ 2021년 2월 기간의 매입 내역을 보면, 청구법인의 설립 전후에 청구법인과 E로부터 똑같이 ‘사출’과 ‘코팅’ 용역을 매입한 사실이 확인된다. <그림1> J의 E으로부터의 매입 내역 <그림2> J의 청구법인으로부터의 매입 내역 2) (주요 매출처 동일) 청구법인의 주요 매출처는 J인데, E의 주요 매출처도 J로 동일 하였다. <표2> E와 청구법인의 매출처 내역

3. (사업장 소재지 동일) 청구법인과 E는 사업장 소재지도 동일하였다.

  • 가) E는 2019.

10.

23. ‘인천 부평구 K 일부’에서 개업하고 2020.

12.

31. 폐업하였는데, 청구법인도 2021.

1.

1. ‘인천 부평구 K’에서 개업하였다. 나) 청구법인은 2021.

12.

7. 사업장 소재지를 ‘인천 부평구 L’로 이전하였는데, 이곳은 E에서 사용하던 사업장이기도 하였다.

4. (사용 장비 동일) E는 기계장치나 시설장치의 취득 없이 J이 보유한 장비를 사용한 것으로 판단되며, 청구법인도 설립 시 기계장치나 시설장치의 취득 없이 J의 장비를 사용한 것으로 판단된다. 가) (사출기) E는 J으로부터 2020년 8월(2020년 6월분)부터 전기요금 매입이 발생 하였고 이것으로 보아, 이때부터 J의 사업장 소재지인 ‘인천 부평구 M’에 있는 사출기를 사용한 것으로 보이며, 청구법인도 J로부터 2021년 1월(2020년 12월분)부터 전기요금 매입이 발생한 것으로 보아 J의 사업장 소재지에 있는 사출기를 사용한 것으로 보인다.

  • 나) (코팅 시설장치) E와 청구법인은 ‘인천 부평구 L’에 소재한 ㈜N으로부터 임차료 매입이 발생하였는데, 해당 임차 사업장에는 J의 코팅 시설장치(UV COATING LINE 2 BOOTH 등)가 위치해 있었다.

5. (인력공급업체 동일) E는 인력공급업체를 통하여 J에 외주 용역을 제공하였고, 청구법인도 동일한 인력공급업체를 통하여 J에 외주 용역을 제공하였다. <표3> 인력공급업체와의 매입내역 6) 청구법인과 E는 ① 사업내용, ② 주요 매출처, ③ 사업장 소재지, ④ 사용 장비,

⑤ 인력공급업체 등이 동일한 점 등으로 보아, 청구법인은 E의 사업을 실질적으로 승계한 것으로 판단된다.

  • 마. 청구법인이 휴대폰 케이스 제조 사업을 영위하게 된 일련의 과정을 살펴보아도 청구 법인이 새로이 창업을 한 것이 아님을 알 수 있다.

1. ㈜O의 기본사항은 다음과 같다.

  • 가) ㈜O(이하 “O”라 한다)의 논산 소재 본점에서는 대용량 공기청정기, 제습기를 제조하였고, 부평공장 및 청천동 공장에서는 주로 ㈜P (이하 “P”라 한다)에 휴대폰 케이 스를 제조하여 납품하였다. * O의 대표이사는 Q로 C의 부
  • 나) O의 연혁은 다음과 같다. (

1. 2000.07.21. 인천광역시 남동구 **을 소재지로 하여 설립

(2) 2004.12.02. 충청남도 논산시 **로 이전 (3) 2011.04.28. 부평공장(지점) 개업하고, 2015.11.12. 인천 부평구 M, 1층으로 이전

(4) 2012.03.13. 청천동공장 ‘인천 부평구 L’을 소재지로 하여 개업

(5) 2020.05.11. 폐업

2. 청구법인의 주주 변동내역은 다음과 같다. 청구법인 설립 시 주주는 F(35%, 3,500주), R(25%, 2,500주), H (20%, 2,000주), C(20%, 2,000주)이었고, 2022년 10월경 F, R, H은 S에게 4,500주, C에게 3,500주를 양도하여 현재는 C(55%, 5,500주)과 S(45%, 4,500주)이 주식 전부를 보유하고 있다. * C은 O 대표이사 Q의 아들 S은 O 대표이사 Q의 배우자 F, R, H은 O의 직원으로 근무한 이력 존재함 3) O가 영위하던 사업의 일부는 O → J → 청구법인으로 몇 단계에 걸쳐 승계되었다. <그림3> 거래구조 변경1 (O → J) 가) O의 부평공장 및 청천동 공장에서는 주로 P에 휴대폰 케이스를 제조하여 공급하였다.

  • 나) O 부평공장은 2015.

11.

12. 청구법인의 특수관계법인 J의 현재 소재지인 인천 부평구 M으로 이전하였고, J은 2018.

2.

6. 같은 장소에서 사업을 시작하여 2월부터 바로 매출이 발생하였다. 다) J 설립연도의 직원들은 T대표이사를 포함하여 모두 13명인데, 이중에 T를 제외한 나머지 12명은 모두 2018.

2.

18. O에서 동시에 퇴사하고 2018.

2.

19. J에 동시에 입사한 금형부서 직원들이다.

  • 라) 즉 J은 O의 금형부서를 분리하여 사업을 시작하였고, O에 휴대폰 케이스 관련 금형 제작, 수리 용역을 제공한 것이다. <표4> O에서 J으로 옮긴 직원 마) 이 과정에서 거래구조의 변경이 발생하여, 당초 O가 P에 휴대폰 케이스를 공급을 하다가, 2019년 2월부터 J이 P에 직접 공급하고, J은 O로부터 ‘사출’과 ‘코팅’ 용역을 매입한다.
  • 바) 그리고 2019년 9월부터 J은 O로부터 매입하던 ‘사출’, ‘코팅’ 용역도 직접 수행하면서, O가 하던 사업은 단계를 거쳐 J이 전부 인수 하게 된다. <그림4> 거래구조 변경 2 (J → E) 사) 이후 2019.

10.

23. E이 사업을 개시하여, J에 휴대폰 케이스 제조 관련 ‘사출’과 ‘코팅’ 용역을 공급하면, J은 P에 휴대폰 케이스를 공급하게 된다.

  • 아) 그 후 E의 사업을 청구법인이 승계하여 휴대폰 케이스 제조 관련 ‘사출’, ‘코팅’ 용역을 J에 제공하였고, 사주일가가 청구법인의 지분을 모두 보유하게 된 2023년 1월부터는 청구법인이 P에 휴대폰 케이스를 공급하고, J으로부터는 외주 용역을 공급받게 된다.
  • 자) 또한, 2023년 1월에는 J 소속이었던 직원 중 11명이 청구법인으로 이직하였다. <표5> J에서 청구법인으로 옮긴 직원
4. 청구법인 항변
  • 가. 주된 쟁점은 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수하여 “창업”에 해당하는지 여부를 판단하는 것이나, 처분청이 Q 일가가 운영하던 법인과의 연관성을 논하는 것이 이해되지 않는다.
  • 나. C은 청구법인의 주식변동에 대하여 조사를 받았으나 무혐의 처리되었고, 실질적 으로 E에서 퇴직한 직원들이 퇴직하면서 지급받은 퇴직금으로 청구법인에 출자하였음이 확인되었다
  • 다. 청구법인은 새롭게 설립된 법인으로 E으로부터 사업에 관한 권리‧의무를 포괄적으로 승계한 사실이 없고, 사업의 분할 또는 양수도한 사실이 없으며, 직원을 인수한 사실도 없다. 라. 청구법인은 사업초기에 자금부담으로 사업용 고정자산을 매입하지 않고, J의 장비를 빌려 제조를 하였으나, 2022년 9월부터는 사업용 고정자산을 매입하여 제조에 사용하는 등 E으로부터 사업에 사용하던 자산을 인수 또는 매입한 사실도 없다.
  • 마. ① 청구법인의 설립시 E의 대표자인 G의 자금이 자본금으로 납입된 바가 없는 점, ② 청구법인과 E의 경영주체가 다른 점, ③ 청구법인이 E와 동종업종을 영위하더라도 사업용 자산을 인수 또는 매입한 사실이 없는 점, ④ 청구법인은 E에서 직원을 인수한 사실이 없는 점 등으로 보아 청구법인은 “창업”의 요건을 충족하는 것으로 보는 것이 적정하다.
4. 관련 법령 및 판례 등
  • 가. 쟁점 (쟁점1) 청구법인이 쟁점기간에 C에게 지급한 급여를 가공급여로 보아 손금불산입한 처분의 당부 (쟁점2) 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수한 것으로 보아 창업중소기업 세액감면을 배제한 처분의 당부 나.
관련법령

1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외 하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 법인세법 시행령 제19조 【손금의 범위】 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

3. 인건비[내국법인{ 조세특례제한법 시행령제2조에 따른 중소기업(이하 "중소 기업"이라 한다) 및 같은 영 제6조의4 제1항에 따른 중견기업으로 한정한다. 이하 이 호 에서 같다}이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다) 를 포함한다] 2) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업" 이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2024년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인 세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일

2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효 기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인 받은 경우는 제외 한다): 유효기간 만료일

⑦ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 감면을 적용받는 업종별로 대통령령으로 정하는 상시근로자 수(이하 이 조에서 "업종별최소고용인원"이라 한다) 이상을 고용하는 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업(청년창업중소 기업은 제외한다), 창업보육센터사업자, 창업벤처중소기업 및 에너지신기술중소기업의 같은 항에 따른 감면기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수(직전 과세연도의 상시근로자 수가 업종별최소고용인원에 미달하는 경우에는 업종별최소고용인원을 말한다)보다 큰 경우에는 제1호의 세액에 제2호의 율을 곱하여 산출한 금액을 같은 항에 따른 감면세액에 더하여 감면한다. 다만, 제6항에 따라 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도에는 이 항에 따른 감면을 적용하지 아니한다.

1. 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세

2. 다음의 계산식에 따라 계산한 율. 다만, 100분의 50(제5항에 따라 100분의 75에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도의 경우에는 100분의 25)을 한도로 하고, 100분의 1 미만인 부분은 없는 것으로 본다.

⑨ 제7항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  • 가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우
  • 나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령 령으로 정하는 요건에 해당하는 경우

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 2-1) 조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

⑰ 법 제6조 제9항에 따른 상시근로자의 범위 및 상시근로자 수의 계산방법에 관하여는 제23조 제10항부터 제13항까지의 규정을 준용한다.

⑱ 법 제6조 제9항에 따른 상시근로자의 수를 계산할 때 해당 과세연도에 법인전환 또는 사업의 승계 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

1. 법 제6조 제10항 제2호에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 법인전환 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.

  • 가. 해당 과세연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우
  • 나. 제11조 제1항에 따른 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우

⑲ 법 제6조 제10항 제1호 가목에서 "토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 토지와 법인세법 시행령제24조의 규정에 의한 감가상각자산을 말한다.

⑳ 법 제6조 제10항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 30을 말한다. 3) 조세특례제한법 집행기준 6-0-2【창업의 범위】

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병

·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용하던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 인수 또는 매입한 자산이 창업 당시 토지와 사업용자산 총액의 30% 이하인 경우 및 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 조세특례제한법 시행령 제5조 제21항 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 창업으로 본다.

  • 다. 사실관계 1) 국세청 대내포털시스템에서 확인되는 내용은 다음과 같다.
  • 가) 청구법인, E, J, O의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다. <표6> 청구법인 기본사항 <표7> E 기본사항 <표8> J 기본사항 <표9> O 기본사항 나) 청구법인의 2021년∼2024년 사업연도 법인세 신고내역은 다음과 같다. <표10> 법인세 신고내역 다) 청구법인에 대한 2021년 ∼ 2023년 사업연도 법인세 경정·고지 및 이의신청 청구 내역은 다음과 같다. <표11> 경정·고지 및 이의신청 청구 내역 <표12-1> 법인세 경정·고지내역 <표12-2> 법인세 경정·고지내역

2. 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

  • 가) C의 주식변동조사에 대한 결과통지서는 다음과 같다. <그림5> 주식변동조사 결과통지서
  • 나) 청구법인 설립 시 자본 출자금에 대한 금융증빙은 다음과 같다. <그림6> 출자금 금융증빙

3. 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.

  • 가) 청구법인의 2021년, 2022년 조직도는 다음과 같다. <그림7> 청구법인 2021년 조직도 <그림8> 청구법인 2022년 조직도
  • 나) C의 근태내역은 다음과 같다. <그림9-1> C 근태내역 일부 <그림9-2> C 근태내역 일부
  • 다) C가 용인에서 사용한 체크카드 내역은 다음과 같다. <그림10> 용인에서 사용한 체크카드 내역 라) 청구법인과 E의 개업 당시의 사업장 소재지 임대차 계약서는 다음과 같다. <그림11> 청구법인 임대차 계약서 <그림12> E 임대차 계약서
  • 라. 판단 (쟁점1) 청구법인이 쟁점기간에 C에게 지급한 급여를 가공급여로 보아 손금불산입한 처분의 당부 청구법인은 C가 2021년 1월부터 현재까지 실제로 근무하고 있으므로 처분청이 청구법인이 쟁점기간에 C에게 지급한 급여를 가공경비로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 법인 세법제19조 제1항에 의하면 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생 하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다고 규정하고 있다. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 청구법인은 직원 들이 사무실에 출입할 때 지문 접촉이 필수적이나, C는 2022.

9. 13.부터 지문 접촉 기록이 확인되는 점, ② 청구법인은 C의 쟁점기간 근무증빙을 제출하지 못하고 있는 점, ③ 청구법인이 C가 수행하였다고 주장하는 업무는 실제로는 수행하기 불가능한 것으로 보이는 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점기간에 C에게 지급한 급여를 가공경비로 보아 청구법인에게 한 2021년 ∼ 2022년 사업연도 법인세 고지처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (쟁점2) 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수한 것으로 보아 창업중소기업 세액감면을 배제한 처분의 당부 청구법인은 조세특례제한법제6조 제2항에 의한 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상에 해당한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법제6조 제2항에서 창업벤처중소기업의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다. 한편조세특례제한법제6조 제1항에서 창업중소기업에 대한 소득세 또는 법인세의 감면에 관하여 규정하면서 제10항 각 호에서 창업으로 보지 않는 예외에 관하여 규정하고 있는 취지는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 소득세 또는 법인세의 감면혜택을 주려는 데에 있다(서울고등법원2024누 43821, 2024.

12.

18. 참조). 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 청구법인과 E은 사업내용, 주요 매출처, 사업장 소재지, 사용 장비, 인력공급업체 등이 동일한 점 등으로 보아, 청구 법인은 E의 사업을 실질적으로 승계한 것으로 판단되는 점,

② 청구법인이 휴대폰 케이스 제조 사업을 영위하게 된 일련의 과정을 보면, 청구법인이 O가 운영하던 사업의 일부를 승계한 것으로 판단되는 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인이 E의 사업을 실질적으로 인수한 것으로 보아 창업중소기업 세액감면을 배제하고 청구법인에게 한 2023년 사업연도 법인세 고지처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

7. 결 론

이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)