매매계약 체결 후 쟁점건물을 멸실하여 나대지 상태로 양도한 경우 쟁점부동산의 양도를 토지의 양도로 볼 수 있는지 여부

[ 세 목 ] 양도소득세 [ 결정유형 ] 인용 [ 문서번호 ] 이의-인천청-2024-0127(2025.02.05.) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 매매계약 체결 후 쟁점건물을 멸실하여 나대지 상태로 양도한 경우 쟁점부동산의 양도를 토지의 양도로 볼 수 있는지 여부 [ 요 지 ] “매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당하는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재로 비과세 요건 충족여부를 판정한다.”고 한 국세청 해석의 취지는 계약 성립 이후 비과세대상의 주택을 멸실한 경우 매매계약일 현재를 기준으로 하여 비과세 여부를 판정하도록 함으로써 납세자에게 유리하게 적용 하도록 하기 위한 것이지 납세자에게 불리하게 적용하려는 것이 아닌 점 등으로 보아 아 청구주장을 받아 들이기 어려움 [ 결정내용 ] [주 문] 붙임과 같습니다. [이 유] 붙임과 같습니다. [

] 소득세법 제89조, 소득세법 시행령 제155조

• 가. A(이하 “청구인”이라 한다)는 1988. 11. . 서울시 B 토지(대) 265.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여, 1989. 8. . 지상에 건물 연면적 614.72㎡(지하 1층, 지상 4층의 건물로 옥탑층 23.21㎡를 제외한 면적이며, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 쟁점건물의 멸실 여부와 관계없이 “쟁점부동산”이라 한다)를 숙박시설로 신축하고 2011. 4. .경부터 주택(원룸)으로 용도를 변경하여 사용하였다. 쟁점부동산은 2014. 8. . C지구 도시정비형 재개발사업 정비구역에 편입되었고, 청구인은 2020. 3. . 쟁점부동산을 0,000,000,000원에 주식회사 D(이하 “양수법인” 이라 한다)에 매매하는 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결한 후, 2021. 6. . 잔금을 수령하고 양도하였다.
• 나. 청구인은 쟁점건물이 공부상은 숙박시설이나 실제는 다가구주택으로 사용하여 실질적 으로 소득세법 시행령제155조 제15항에 따른 다가구주택으로서 하나의 매매단위로 하여 양도하였으므로 쟁점건물을 1세대 1주택 비과세 대상인 고가주택으로 보아 양도가액 9억원까지는 비과세를 적용하고, 9억원을 초과하는 양도가액에 대하여 장기보유특별공제율을 적용하여 2021. 6. **. 양도소득세 000,000,000원을 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 2024. 7. .부터 2024. 8. .까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후, 쟁점건물의 1층과 옥탑층을 주택으로 보아 주택으로 사용하는 층수가 5개 층인 공동주택에 해당하고 쟁점건물이 건축법 시행령별표1 제1호 다목의 요건을 충족하는 다가구주택에 해당하지 않는다고 판단하여, 청구인의 양도소득세 1세대 1주택 비과세 신고를 부인 후, 면적이 가장 넓은 1층 주택만 1세대 1주택 비과세 특례 적용 하고 나머지 주택은 다주택자 중과세율을 적용한 후 장기보유특별공제를 배제하여 양도 소득세 세무조사결과를 통지하였다.
• 라. 청구인은 이에 대하여 매매계약일 현재 쟁점건물의 1층과 옥탑층을 주택으로 볼 수 없으므로 쟁점건물을 다가구주택으로 볼 수 있는지 여부(주위적청구)와, 쟁점부동산의 매매계약 체결 후 잔금 수령 전에 쟁점건물이 멸실되었으므로 쟁점부동산의 양도를 나대 지의 양도로 볼 수 있는지 여부(예비적청구)에 대하여 2024. 9. . 과세전적부심사를 청구하였으나 2024. 10. 31. 불채택 되었고, 처분청은 2021년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원 (가산세 000,000,000원 포함)을 2024. 11. . 고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2024. 11. **. E지방국세청에 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산에 대한 매매계약 체결 후 잔금수령 전에 쟁점건물이 멸실되었음에도 처분청이 이를 나대지의 양도로 보지 않고, 과세대상은 매매계약일 현재 기준으로 다주택으로 보고, 적용 세율은 양도일(잔금청산일) 현재 기준으로 중과세율(2주택 이상 1주택은 기본세율에 20%를 가산하고 3주택 이상은 30%를 가산 및 장기보유특별공제 배제) 적용하여 과세한 것이 정당한지 여부 청구인은 “매매계약일 현재 쟁점건물의 1층(원룸)과 옥탑층을 사실상 멸실하였기에 주택으로 볼 수 없으므로 쟁점건물을 다가구주택으로 보아야 한다”는 주장에는 여전히 변함없으나, 처분청이 이를 부인하여 0,000,000,000원이라는 예상하지 못한 고액의 양도소득세를 부과한 상황에서 가족에게는 경제적으로 너무나 엄중한 상황 이기에, 다가구주택 해당여부에 대한 쟁점은 차치하고, 이번 이의신청에서는 다가구 주택 요건 불충족이라는 처분청의 주장 인정을 전제로 쟁점을 삼고자 한다.
• 나. 청구인 주장

1. 쟁점건물의 연도별 연혁과 층별 용도는 다음과 같다. <표1> 쟁점건물 연도별 연혁 가) 쟁점건물은 공부상 숙박시설로 청구인이 ‘F’라는 상호로 숙박업을 1989. 9. *. 개업 하여 2011. 4. **. 폐업하였으며, 그 이후 실제 주택으로 용도를 변경하여 사용한 사실과 쟁점건물의 매매계약일 현재 2층부터 4층까지 19가구라는 사실에 대해서는 처분청과 다툼이 없다 1).

• 나) 쟁점건물에 대한 일반건축물대장을 보면, 2019. 10. **. G구청 도시계획과

• **** 호에 의거 위반건축물 표기사항으로 무단용도변경 455.6㎡(지상 1층∼지상4층 숙박시설을 주택으로 사용) 및 무단증축 23.21㎡(옥탑층 부분을 주택으로 사용)한 사실이 나타나고,

2021. 6. 1. G구청 도시계획과-****호에 의거 건축물 해체․멸실에 의한 말소처리를 한 것을 알 수 있으나, 처분청의 세무조사 당시에는 쟁점건물이 현존해 있지 않아 현장확인이 불가능한 상황이었다.

• 다) 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 시 쟁점건물의 2층부터 4층까지를 숙박시설로 사용한 것이 아니라 실제는 주택으로 사용하였고 주택으로 사용하는 층수가 3개층(2․3․4층)이라고 하여, 쟁점건물을 다가구주택으로 보아 1세대 1주택 비과세(고가주택) 로 신고하였으나, 처분청은 1층과 옥탑층을 주택으로 보아 청구인의 양도소득세 신고를 부인 하였다.
• 라) 쟁점건물은 등기부(표제부)상 철근콘크리트조 슬라브지붕 4층(지하1층 포함) 근린 생활시설 및 숙박시설로 기재되어 있는데, 건축물대장상 내용과 용도에 대한 청구인과 처분 청의 주장은 다음과 같다 2). <표2> 쟁점건물 일반건축물대장의 층별 용도 마) 쟁점건물이 소재한 서울시 B(265.5㎡)는 C지구 도시정비형 재개발사업 정비구역에 편입된 토지로서, 청구인이 2020. 3. . 주식회사 D와 체결한 “부동산매매계약서” 제1조 제2항을 보면, “본계약은 상기 표기된 갑 소유의 부동산(토지와 건축물 일체)을 을이 추진 하는 C지구 주상복합 신축사업(가칭)의 대상부지로 매수하여 도시 및 주거환경정비 법에 의한 정비사업 추진함을 그 목적으로 한다”고 되어 있고, 동 계약서 제16조 제5항에는 사업의 원활한 진행을 확실히 하기 위하여 “잔금 전에 건물을 멸실하기로 한다”고 되어 있다. 실제로 쟁점건물에 대한 등기부등본을 보면, 2021. 6. . 멸실된 사실이 등재되어 있다. 2) 처분청은 종합적 검토를 소홀히 하여 양도소득세 과세대상과 세율을 잘못 적용하여 청구인에게 무리한 과세를 하였다. <그림1> 이 사건 업무 흐름도 (청구인 의견) 가) 소득세법상 1세대 1주택 비과세 규정 3) 과 다주택자에 대한 중과 규정 4) 은 그 입법 취지가 달라 각각 적용되어야 하므로(조심2020중2007, 2021. 1. 19. 참조), 처분청이 양도소득세 세무조사를 한 결과, 쟁점건물이 매매계약일(2020. 3. .) 현재 1세대 1주택 비과세 특례를 받을 수 있는 다가구주택에 해당하지 않는다고 판단하였다면, 그 다음으로 양도일(2021. 6. *., 잔금청산일) 현재 양도자산이 무엇인지에 대한 검토를 하여 정확한 양도소득세 과소신고 납부세액을 계산하여야 한다. 청구인의 사례는 잔금청산일 전에 쟁점건물이 멸실되어 나대지 상태에서 양도한 경우이므로 나대지의 양도로 보아 양도소득세를 계산하여 과세하여야 함에도 처분청은 주택 수 계산은 매매계약일 현재를 기준으로 하면서도 세율 적용은 마침 2021. 6. 1. 이후 양도하는 분부터 인상된 다주택자 양도소득세 중과세율(1세대 2주택: 기본세율 + 20%, 1세대 3주택 이상: 기본세율 + 30%)을 적용하여 과세하였는데, 이는 과세를 위한 과세 로서 납세자의 재산권을 부당하게 침해한 잘못된 과세이다. 나) 국세청 해석(법령해석재산-0823, 2020. 12. 14.)에 따르면, “매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당하는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 따른 1세대 1주택 비과세 요건 충족여부를 판정하는 것”이라고 해석하고 있는바, 이는 다가구주택을 매매계약 성립 후 양도일 이전에 매매특약에 따라 1세대 1주택 비과세 대상이 되는 다가구주택을 멸실한 경우 매매계약일 현재를 기준으로 하여 비과세 여부를 판정하도록 함으로써 납세자에게 유리하게 적용하도록 하기 위한 것이지 납세자에게 불리하게 적용하려고 하는 것이 아니다. 다) 다가구주택에 대한 1세대 1주택 특례를 규정한 소득세법 시행령 제155조 제15항에서도 서두에 “제154조 제1항을 적용할 때 ”라고 전제를 하면서 “ 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다”고 규정하고 있다. 라) 한편, 청구인의 쟁점건물은 C지구 도시정비형 재개발사업 정비구역에 편입되었기 때문에 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역 내의 쟁점건물을 사업시행자 등에게 양도하여 공익사업의 원활한 진행에 협조한 측면이 있다. 이는 쟁점건물에 대한 부동산 매매계약서 제1조(계약의 목적 및 사업목적의 고지)에 다음과 같이 명확하게 적시되어 있다. <그림2> 부동산매매계약서 일부 발췌 참고로,도시 및 주거환경정비법제1조【목적】에는 “이 법은 도시기능의 회복이 필요하거나 주거환경이 불량한 지역을 계획적으로 정비하고 노후ㆍ불량건축물을 효율적 으로 개량하기 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 도시환경을 개선하고 주거생활의 질을 높이는 데 이바지함을 목적으로 한다.”고 되어 있다.
• 마) 양도소득세는 자산의 양도에 의하여 과세요건이 성립하는 소득세의 일종으로서 양도자산이 “과세요건”에 해당하는지 여부는 양도시기(잔금청산일 등)를 기준으로 판단 하는 것인바(심사양도2004-0009, 2004. 4. 19. 참조), 처분청이 우선적으로 쟁점건물이 매매계약일 현재 양도소득세 1세대 1주택 특례를 받을 수 있는 다가구주택에 해당하지 않는다고 판단하였다면, 다주택자 중과세율을 곧바로 적용할 것이 아니라 그 다음으로 아래와 같이 2021. 6. . 건축물관리대장 및 등기부등본상 쟁점건물의 멸실이 완료된 사실을 파악하여 양도일(2021. 6. ., 잔금청산일) 당시소득세법제94조【양도소득의 범위】에 따른 양도자산의 종류를 검토하여 나대지를 양도한 청구인에게는 토지 양도로 보아 양도소득세를 계산하여야 마땅함에도 이를 소홀히 하여 양도자산을 다주택으로 보아 양도소득세를 중과세로 계산하여 과다 고지한 것은 잘못된 양도소득세 업무 집행이다. <그림3> 등기부등본 등 발췌 바) 조사사무처리규정제32조(과세품질의 제고)에 따르면, 제1항에서 “조사공무원은 세무조사를 수행함에 있어 객관적인 사실에 근거하여 적법․공정하게 과세하여야 한다.”고 규정하고, 제2항에서 “조사공무원은 조사과정에서 납세자와 이견이 있거나 단독적으로 판단하기 곤란한 법령해석 사항이 있는 경우에는 과세기준자문 신청서에 의해 국세청 징세법무국장에게 과세기준자문을 신청할 수 있다.”고 규정하고 있으나, 처분청은 부동산 투기를 하지도 않은 청구인에게 이렇게 엄청난 세액을 과세하면서도 세무조사 당시에 이러한 조사사무처리규정을 지키지 않고 단독으로 판단하였다.
• 사) 청구인이 소유한 쟁점건물은 그 취득경위와 보유기간 및 매매과정을 종합하여 볼 때 부동산투기와는 전혀 무관하고, 더구나 공익적 사업에 협조한 청구인에게 멸실되어 양도일 현재 현존하지 않았고, 세무조사 당시에 확인하지도 못한 주택을 1세대 21주택으로 보아 중과세하는 것은 사실에 부합하지 않을 뿐만 아니라 너무나 불합리하고 무리한 과세이다. 아) <표3>과 같이 처분청은 청구인의 양도소득세 신고를 부인하고 면적이 가장 넓은 1층 주택(원룸)만 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하고 나머지 주택(옥탑층을 포함 20가구)은 다주택자 중과세율(2주택 이상 1주택은 기본세율에 20%를 가산하고 3주택 이상은 30%를 가산)을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 가산세 000,000,000원을 포함하여 무려 0,000,000,000원을 부과하였는데, 이는 쟁점건물을 1세대 1주택으로 보지 않고 나대지의 양도로 보아 양도소득세를 계산한 0,000,000,000원보다도 무려 0,000,000,000원이나 많은 고액의 세금을 과세한 것으로, 1세대 1주택 비과세 특례와 다주택자 중과세에 대한 세법령의 취지를 오인하고 세법령을 잘못 적용하여 잘못 계산한 과세이다. 자) 쟁점부동산에 대한 양도소득세 계산내역을 비교하면 다음과 같다. <표3> 양도소득세 계산 내역 비교 3) 처분청은 세법을 과세에 유리하게 자의적으로 해석하였고, 처분청이 세율을 인상된 중과세율로 적용한 것은 부당하며, 근거로 제시한 판례는 청구인의 사례와는 다르다. <표4> 처분청의 과세편의적 세법해석 및 세율 적용 가) 국세기본법제18조 제1항은 “세법을 해석․적용할 때는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.” 라고 규정하고 있다. 처분청은 양도소득세 집행기준 89-154-12 (주택의 판정 기준일)과 국세청 법령해석 (법령해석재산-0823, 2020. 12. 14.)을 제시하면서, 매매특약에 의하여 매매계약일 이후 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 기준으로 주택에 해당하는지 여부를 판단해야 한다고 하는데, 이는소득세법제89조【비과세 양도소득】과 소득세법 시행령제154조【1세대 1주택의 범위】와 관련하여 1세대 1주택 해당여부를 판정하기 위한 집행기준과 법령해석이지, 청구인이 1세대 1주택자가 아니라고 판단을 하였다면 양도일 전에 쟁점 건물을 멸실한 청구인의 사례에서는 그 다음으로 양도일 현재를 기준으로 과세대상의 종류를 판단하였어야 한다. 나) 처분청은 “매매특약에 따라 잔금청산 전에 주택을 멸실한 경우 양도물건의 판정기준 일은 양도일(잔금청산일)이며, 2022. 12. 20. 이후 매매계약을 체결한 분부터 적용한다”는 기획재정부 법령해석(재산세제과-1543, 2022. 12. 20., 이하 “쟁점해석”이라 한다)이 회신일 (2022. 12. 20.) 이후 매매계약을 체결한 분부터 적용하기 때문에 매매계약일이 2020. 3. **.인 청구인의 쟁점건물은 해당하지 않는다고 하나, 그 쟁점해석은 청구인의 양도일에는 생산되지도 않았으며, 그 쟁점해석과는 관계없이 그동안 소득세법상 양도소득세 과세요건의 판정기준일은 양도일 현재를 기준으로 판정(대법원 2011두31963, 2012. 7. 12. 참조)해 왔다. 참고로, 쟁점해석의 적용시기를 회신일(2022. 12. 20.) 이후 매매계약을 체결한 분부터 적용한다고 한 것은 예측가능성을 고려하여 납세자가 1세대 1주택을 적용받을 수 있도록 보호하여 불이익을 받지 않게 하기 위함이지, 처분청이 청구인에게 과세한 것과 같이 고액의 양도소득세를 부과하도록 불이익을 주기 위함이 아니므로 쟁점해석의 취지를 고려한다면 부동산 투기와는 상관없이 쟁점건물 1개만을 오랜 기간 보유해 온 청구인에게도 적용되어야 하는 것이 마땅한바, 처분청이 이 건 청구인의 양도 당시에는 생산되지도 않은 쟁점해석을 근거로 양도소득세 과세대상의 기준일을 매매계약일로 본 것은 잘못된 것이다. 다) 다가구주택 요건 충족 판정일에 대한 서울고등법원 판결(2021누75636, 2022. 8. 17., 전심 서울행정법원2020구단65886, 2021. 11. 24.)에 따르면, 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 않도록 하여야 하고, 소득세법에서 정한 비과세대상의 범위를 축소시키는 것은 허용될 수 없다고 하여 납세자에게 유리하게 적용하여야 한다는 취지로 1세대 1주택 해당 여부는 양도일(대금청산일) 기준으로 판단하여야 한다고 하였다.
• 라) 처분청은 다주택자 중과 규정 적용을 위한 주택 수 판정도 매매계약 체결일 현재를 기준으로 판단해야 한다고 하나, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 관한 중과세율은 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위한 것이라는 입법취지 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인과 같이 오랜기간 보유하고 있었고 재개발사업 정비구역에 편입되어 있는 쟁점건물을 양도일 전에 멸실한 경우에는 양도일 기준으로 판단하는 것이 타당하며, 처분청에서 주택 수 판정을 매매계약일 기준으로 하면서도 양도소득세 세율은 양도일 기준으로 적용하는 것은 이현령비현령의 잘못된 부당한 과세로 양도소득세의 면제나 중과요건의 판정은 특별한 사정이 없는 한 양도시를 기준으로 하는 것이 원칙이라는 대법원 판례(대법원2011두31963, 2012. 7. 12.)와도 배치된다.
• 마) 다가구주택은 건축법상 단독주택이나 세법상 공동주택으로 보아 개별호실을 각각 주택으로 보는 취지는 부가가치세법상 국민주택 규모 판정(다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말함), 지방세법상 재산세 부담 경감, 종합부동산세 합산배제 임대주택 등에서 납세자에게 더 유리하게 적용하겠다는 것인데, 소득세법 시행령제155조 제15항에서 1세대 1주택의 범위를 적용할 때 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하겠다는 것도 납세자에게 유리하게 적용하려는 취지가 있는 것인바, 청구인의 경우 1세대 1주택으로 보는 다가구주택으로 볼 수 없다고 한다면, 1세대 1주택 비과세 특례 대상이 아닌 것으로 판단하면 족한 것이지, 양도일 전에 쟁점건물이 멸실되었음에도 청구인을 1세대 21주택자로 보아 중과세하는 것은 법리를 오인한 것이다. 바) 매매특약에 따라 잔금청산 전 주택을 상가로 용도변경 시 양도물건의 판정기준일이 양도일(잔금청산일)이라는 기획재정부 세법해석(재산세제과-1322, 2022. 10. 21.)에 대하여 국세청이 공개한 구체적 검토내용을 보면, 다주택자․법인에 대한 취득세율을 강화(조정대상지역에서 2주택 8%, 3주택 이상 12%, 법인은 12% 적용)하자, 다주택자 또는 법인이 주택을 취득 시 세제상 규제를 피하기 위해 매수인 요청으로 매매특약에 따라 잔금청산 전 주택을 상가로 용도 변경하는 사례가 빈번한바, 이러한 사례에 대하여 기본법리대로 양도일 현재를 기준으로 양도소득세 과세요건을 판정하도록 한 것으로, 이후부터는 매매계약일을 기준으로 판정하는 예외가 없어지게 된 것이다. <그림4> 기획재정부 재산세제과-1322, 2022. 10. 21. 검토내용(국세법령정보시스템 발췌) 사) 처분청은 쟁점건물의 매매계약 목적물에 토지뿐만 아니라 주택도 포함되어 있으므로 나대지만을 양도한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 매매계약 당시 건물이 존재하고 있었기 때문에 ‘부동산 매매계약 목적물의 표시’에 공부상 토지와 건물 표시를 명확히 기재하는 것은 부동산중개 또는 매매실무상 당연한 것이다. 쟁점건물은 1989년에 신축되어 30년 이상 경과한 노후화된 건물이고 C지구 도시정비형 재개발사업 정비구역에 편입되어 있고, 매매계약서상 제1조(계약의 목적 및 사업목적의 고지)에 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업 추진임을 명시하였고 잔금 전 건물 멸실 조건으로 계약한 것을 보면, 통상적으로 재개발지역의 대지지분이 중요하고 멸실할 수 밖에 없는 건물의 가격은 거의 없이 실제 토지 면적만을 가지고 평당(80.31평) 가격을 정한 것이다. 아) 처분청은 양도일(잔금청산일) 현재 건물이 멸실되어 현존하지 않더라도 주택의 양도로 인하여 얻은 소득은 양도소득세가 과세되는 소득으로 보아야 한다고 주장하면서 대구지방법원2009구합12(2009. 8. 12.) 및 그 사건의 2심인 대구고등법원2009누1823(2010. 7. 16.) 판결을 제시하고 있으나, 그 사례의 양도물건은 양도하기 3년 전에 신축한 다가구주택으로, 매입한 이후 4억원 이상을 들여 리모델링을 한 그 다가구주택을 포함하여 1세대 3주택자에 해당하는지 여부가 쟁점인 사례로, 청구인과 같이 토지가 재개발 정비사업에 편입되어 있고 30년 이상 노후화된 쟁점건물을 멸실하는 조건 및 실제 토지 가격 중심으로 양도한 청구인과 사실관계가 달라 청구인에게 적용하는 것은 부적절하다. 자) 조세심판원 심판례(국심2004서3207, 2005. 4. 26., 국심2004중2337, 2004. 11. 1.) 에서는 “당해 토지가 주택부수토지인지의 여부는 당해 토지의 양도시점인 잔금청산일을 기준으로 판단함이 원칙이라 할 것이고 쟁점토지 양도 당시 지상주택이 멸실되고 없었다면 청구인은 주택이 없는 나대지를 양도한 결과가 된다”라고 하면서, 소득세법 기본통칙89-21(현 89-154-12)의 규정에 의하면 “매매계약일 이후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우 1세대 1 주택의 판정은 매매계약일 현재를 기준으로 한다”고 규정하고 있으나 위 통칙은 매매특약에 의하여 매수자가 양도대금청산일 이전에 당해 토지를 사용하기 위하여 양도자의 승낙을 받아 지상주택을 멸실하고, 건축착공 등을 한 경우에도 1세대 1주택으로 인정하기 위한 것이므로, 매매계약시에 당사자간 약정에 따라 양도시기 전에 건물의 철거를 전제로 토지만을 매매계약한 이 건에 위 통칙을 직접 적용하기는 어려운 것으로 보이므로 쟁점토지는 양도당시 주택의 부수토지가 아니라 나대지라고 봄이 타당하다고 판결하고 있다.

4. 결론 처분청이 양도일 현재 쟁점건물이 멸실된 청구인에게 무조건 매매계약일 기준으로 양도 소득세 과세요건을 판정하여야 한다고 보는 것은 소득세법제98조에서 정한 양도시기(원칙적으로 잔금청산일) 규정, 양도소득세의 면제나 중과요건의 판정은 특별한 사정이 없는 한 양도시를 기준으로 하는 것이 원칙이라고 한 대법원 판례나 심사․심판례 등과는 배치되는 것으로 양도시기에 대한 법리를 잘못 해석한 것이다. 쟁점건물을 1세대 1주택으로 보는 다가구주택으로 볼 수 없다고 한다면, 청구인에게 1세대 1주택 비과세 특례 대상에서 배제하면 족한 것이지, 양도일인 잔금청산일 전에 쟁점건물이 멸실되었음에도 청구인을 1세대 21주택자로 보면서 2021. 6. 1. 이후 시행된 인상된 중과 세율을 적용하여 중과세 하는 것은 청구인에게 불리한 규정을 두 번이나 중첩 적용한 것으로 법리를 오인한 것이다. 처분청은국세기본법제18조 제1항에서 “세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”는 규정을 위배하여 청구인의 재산권을 부당하게 침해하면서 무리한 과세를 한 것으로, 이는 2남 1녀를 둔 5인 가족이 30년 이상 여관업 및 원룸임대를 하면서 풍족하지 못한 수입으로 열심히 살아온 청구인 가족에게는 무거운 가산세와 함께 너무나 부당하고 가혹한 것이다. 따라서 이 건 처분청의 양도소득세 부과처분은 과세대상 판단과 세율 적용을 잘못한 것이어서 위법하므로 바르게 하여 경정하여 주시기 바란다.

• 가. 쟁점건물의 사용·처분권이 사실상 양수법인에 이전되어 실질과세 원칙상 주택을 양도한 것으로 나대지만을 양도한 것으로 볼 수 없다. 소득세법제88조【정의】에 따르면 ‘양도’를 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하고, 양도소득세를 위와 같은 양도로 인하여 양도자가 얻는 소득(양도 차익)에 대한 과세로 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 양도소득세는 양도자가 얻는 소득인 ‘양도차익’을 과세대상으로 하는 것이지 양도의 대상이 되는 ‘자산’ 자체를 과세 대상으로 하는 것은 아니라 할 것이므로, 소득세법이 양도시기로 규정하고 있는 대금청산일 현재 자산 자체가 현존하고 있어야만 하는 것은 아니다[대구지방법원2009구합12, 2009. 8. 12.(대법원2010두16875,

2010. 11. 25.), 대구지방법원2009구합1770,

2009. 11. 18.(대법원2010두13227, 2010. 10. 14.) 참조]. 쟁점부동산 매매계약서상 매매계약 목적물의 표시 부분에는 ‘서울시 B번지의 토지 및 위 지상 건축물, 정착물과 건축물 및 지상권 등의 부동산 일체, 건물용도 근린생활, 숙박시설’이라고 표기되어 있고 동 계약서 제1조(계약의 목전 및 사업목적의 고지) 제2항에는 ‘본 계약은 상기 표기된 청구인 소유의 부동산(토지와 건축물 일체)을 양수법인이 추진하는 C지구 주상복합 신축사업(가칭)의 대상부지로 매수하여 도시 및 주거환경정비법 (혹은 주택법)에 의한 정비사업 추진함을 그 목적으로 한다.’, 제3조(매매대금 지불방법) 제3항에는 ‘위 매매대금에는 대상 토지 및 지하, 지상 건축물, 구축물, 지장물 등의 부동산 일체 및 소유권 이외의 권리 등의 가액이 모두 포함된 것’이라고 기재되어 있는 점, 동 계약서 제16조(특약사항) 제4항에는 ‘청구인은 잔금을 지급받기 전까지 소유권 확보 및 기타 모든 권리관계를 해지·해제하여 양수법인이 진행하는 본 사업이 원활하게 진행될 수 있도록 하여야 하며’라고 기재되어 있으며 ‘위 제4항을 확실히 하기 위하여 잔금 전에 건물을 멸실하기로 한다. 이 경우 멸실비용은 양수법인이 부담한다.’라는 내용의 제6항 조항이 추가되어 수기로 기재되어 있는바 청구인은 쟁점주택을 주택 상태에서 매각하되, 단지 쟁점건물을 포함한 인근 부지에 재개발사업을 진행하기 위한 양수법인의 사업이 원활하게 진행될 수 있도록 쟁점건물의 철거에 동의한 것으로 보인다. 더욱이 양수법인은 2021. 3. . 쟁점건물 철거공사 관련하여 J㈜와 하도급 계약을 체결하고 철거진행의 책임과 비용을 모두 양수법인이 부담한 사실이 확인된다. 만약 매매계약에 쟁점건물이 포함되어 있지 않다면 쟁점건물에 대한 처분 권한이 없는 양수법인이 잔금청산일 전에 자기의 비용으로 쟁점건물을 철거할 수 없을 것이다. 또한 쟁점건물의 2019년 주택임대수입이 000백만원 발생 5) 하였고 2020년 3월 매매계약일 당시에는 정상적인 건물이 현존하여 월 0,000,000원의 임대수익(임차인 12명)이 지속적으로 발생하고 있어 사용가치 없는 건물이라고 단정하기 어렵고, 주택이 건립된 토지를 매도할 때 그 지상의 건물이 주택으로 사용할 수 없는 정도로 낡은 경우가 아닌 한 토지만을 매매한다는 것은 일반적이라고 할 수 없다. 나아가 청구인과 양수법인이 쟁점부동산의 매매계약을 체결할 당시 매매 목적물인 토지 지상에는 쟁점건물이 있었고 매매대금 00억원에는 토지의 가액뿐만 아니라 쟁점 건물의 가액도 포함되어 있어 양도계약 당시에는 양도소득세의 과세요건을 갖추고 있었 으며 실제로 양도인인 청구인이 양수법인으로부터 매매계약에 따른 매매대금 전부를 지급받음으로써 쟁점건물에 대한 대금을 지급받은 이상, 매매계약 후 잔금수령 이전에 쟁점건물이 철거됨으로써 해당 토지가 나대지 상태가 되었다고 하더라도, 청구인이 쟁점건물의 양도로 소득을 얻었다는 사실에는 변함이 없다. 더욱이 쟁점건물은 2011. 4. . 주택으로 무단용도 변경되어 2021. 6. . 건물 멸실 사실 등재될 때까지 약 9년 이상 공동주택(위반건축물)으로 일관되게 존재하였으며 멸실 이후 잔금청산일(2021. 6. .)까지 단 9일간 나대지로 존재하였을 뿐인데 이를 주택의 양도가 아닌 나대지 양도로 보는 것은 실질과세 원칙을 위배하고 해당 법리를 오인한 것이다. 참고로 청구인이 인용한 조세심판원 판례(국심2004서3207, 2005. 4. 26., 국심2004 중2337,

2004. 11. 1.)는 토지만을 매매대상 물건으로 하여 매매계약을 체결하고 주택을 멸실한 것으로 잔금청산일 당시 주택이 없는 나대지를 양도한 것으로 판단하였다. 그러나 청구인의 이 건 쟁점부동산 매매계약서 상 목적물의 표시 부분에는 쟁점토지와 쟁점건물이 모두 포함되어 있고, 쟁점건물을 양수법인이 자기의 비용으로 철거하였으며, 매매대금에는 쟁점토지의 가액뿐만 아니라 쟁점건물의 가액도 포함되어 있어 매매대금 전부를 지급 받아 나대지의 양도가 아니므로 청구인이 인용한 조세심판원 판례는 쟁점부동산의 양도와는 사실관계가 전혀 달라 청구주장의 근거로는 부적절하다.

• 나. 청구인이 양도한 양도물건은 쟁점건물을 포함한 쟁점부동산이며 해당 쟁점건물은 다가구주택이 아닌 공동주택이다. 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우 1주택으로 보는 구소득세법 시행령제155조 제15항 단서 조항은 소득세법 시행령이 1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 개정되면서 신설된 것인데, 이는 다가구주택은 원칙적으로 소득세법상 공동주택에 해당하나, 다가구주택이 무주택영세민의 주거안정을 위해 건축하고 있는 점을 감안하고 일반단독주택을 부분 임대하다가 양도시 1주택으로 비과세하는 것과 형평을 유지하기 위해 도입된 예외적인 규정이다(대법원2020두58175, 2021. 4. 15. 참조). 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2020두9537, 2003.

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24. 참조). 따라서 다가구주택 비과세 조항은 법 문언에 따라 엄격하게 해석함이 타당하고, 명시적인 예외 규정을 두고 있지 않은 이상 규정을 확대해서 적용할 수 없다. 쟁점건물의 경우 2층부터 4층까지 각 층별로 7가구가 거주할 수 있도록 구분된 구조를 갖추고 있으며 이처럼 하나의 건물 안에서 구획된 부분이 각각 독립되어 그 실질에 있어 공동주택에 해당하는 경우에는 원칙적으로 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 주택수를 산정하는 것이 타당하다(대법원2020두42583, 2020.

10. 15., 대법원2020두45711, 2020.

11.

12. 참조). ‘1세대 1주택’의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니 하는 취지는, 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주 하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있다(대법원92누12988, 1993.

1.

19. 참조). 그런데 쟁점건물과 같이 원룸 형태로 되어 있는 각 호실을 임대하여 수익을 얻는 경우에는 ‘1세대 1주택’ 비과세 규정을 적용하지 않는다고 하더라도 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지에 반한다고 보기 어렵다. 한편 소득세법 시행령제155조 제15항에서 건축법 시행령에 따른 다가구 주택의 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보되, 하나의 매매단위로 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다고 규정하고 있으나, 쟁점건물은 주택으로 사용하는 층이 5개 층이고 2층부터 4층까지 각 층별로 7가구가 거주할 수 있도록 구분된 구조로 확인되어 건축법 시행령에서 정하는 다가구주택이 아니라 공동주택에 해당하므로 소득세법 시행령제155조 제15항 단서 규정이 적용될 수 없다. 참고로 아래 표와 같이 2층부터 4층까지 19가구라는 사실에 대해 처분청과 다툼이 없다는 청구인의 주장은 사실과 달라 동의하기 어렵다. <표5> 쟁점부동산의 일반건축물대장 및 층별 용도 청구인은 쟁점건물의 양도는 부동산투기와는 전혀 무관하고 공익적 사업에 협조한 당사자에게 양도일 현재 멸실되어 현존하지 않았고, 세무조사 당시 확인하지도 못한 주택을 1세대 21주택으로 보아 중과세하는 것은 너무나 불합리하고 무리한 과세라고 주장한다. 부동산투기와 무관하고 공익사업에 협조하였다는 일방적인 청구인의 주장에 따라 실질은 공동주택을 양도하였는데 법령을 확대·유추 해석하여 나대지를 양도한 것으로 보는 것은국세기본법제14조 제2항에서 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다” 는 규정을 위배하며, 신고·납세의무를 성실하게 이행하는 대부분의 납세자들과의 조세형평을 심각하게 훼손하는 것으로, 처분청이 조세법령을 유리하게 자의적으로 해석하여 무리한 과세로 청구인의 재산권을 부당하게 침해하였다는 청구주장에 동의하기 어렵다. 청구인은 쟁점건물을 공동주택으로 양도할 경우 양도소득세가 과다하게 나올 것을 걱정하여 세무사에게 컨설팅비용 00백만원을 지급 6) (2021. 2. . 0백만원, 2021. 6. *. 00백만원, 2021. 10. . 0백만원)하고 세무대리인의 조언에 따라 옥탑층과 1층을 철거 하여 쟁점건물이 다가구주택 요건을 충족한다는 양도소득세 신고서를 제출 하였으나 처분청의 세무조사 결과 매매계약일 당시 쟁점건물의 옥탑층과 1층이 철거되지 않은 사실이 확인되면서 청구인에게 불리해지자 전심 과세전적부심사 청구를 진행하며, 신청(2024. 9. .) 당시에는 주장하지 않았던 예비적청구(잔금청산일 전 건물 멸실되어 나대지 양도로 보아야 함)를 추가하여 통지관서 의견에 대한 청구인 주장을 제출(2024. 10. .) 하였다. 이처럼 청구인은 공동주택 양도에 따른 고액의 양도세액이 걱정되자 고액의 컨설팅 비용을 지급하고 적극적으로 절세 플랜을 세워 다가구주택을 양도하였다고 주장하였다가 세무조사 및 과세전적부심사 심의 결과 공동주택을 양도한 것으로 확인되자 쟁점건물의 다가구주택 양도 주장을 철회하고 다시 나대지를 양도한 것으로 주장을 변경하여 이의신청서를 제출하였다. 이러한 일련의 행위들은 청구인이 조세법령을 자의적으로 해석해서 본인의 유불리에 따라 주장을 변경하였다는 사실을 보여주며, 당초 본인의 주장과 서로 배치되고 논리적 일관성도 결여되어 동의하기 어렵다. 참고로 청구인은 처분청이조사사무처리규정제32조에 따라 과세기준자문 신청을 하지 않고 단독으로 고액 과세를 판단하였다고 주장하나, 해당 규정은 강행규정이 아니며 세무조사 당시 나대지 양도 여부와 관련하여 세무대리인과 어떠한 이견도 발생하지 않았다. 또한 청구인은 납세고지서를 받기 전인 2024. 9. . 사전적 권리구제 제도인 과세 전적부심사를 청구하여 세무조사결과 통지에 대한 위법 여부를 충분히 주장하였으며, 처분청은 2024. 10. . 국세심사위원회 ‘불채택’ 결정에 따라 2024. 11. **. 양도소득세를 경정·고지하였는데, 조사공무원이 조사사무처리규정을 지키지 않고 단독으로 판단하였다고 사실과 다른 주장을 하는 것은 잘못된 업무집행으로 보이도록 하기 위한 흠집 내기용 비판으로 전혀 동의하기 어렵다.

• 다. 쟁점건물의 양도물건 판정기준일은 잔금청산일이 아닌 매매계약 체결일 현재 기준 으로 판단해야 한다. 양도소득세 집행기준 89-154-12【주택의 판정기준일】에서는 “주택에 해당하는지 여부는 양도일 현재를 기준으로 판단하며, 매매특약에 의하여 매매계약일 이후 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다.”고 규정되어 있고, 법원도 양도 소득세 과세요건으로서 소득세법이 양도시기로 규정하고 있는 대금청산일 현재 자산 자체가 현존하고 있어야만 하는 것은 아니라고 다수 판단하고 있음이 확인되며, 기획재정부에서 2022. 12. 20. 이후 매매계약을 체결한 분부터 잔금청산 전에 주택을 멸실한 경우 양도물건의 판정기준일을 양도일(잔금청산일)로 하겠다고 해석(기획재정부 재산세제과-1543, 2022. 12. 20.) 하였는데, 이 건 쟁점부동산의 매매계약 체결일은 2020. 3. 10.로 확인되므로 이 건 부동산의 거래에는 적용되지 않는다. 따라서 쟁점건물 양도시기는 잔금청산일(2021. 6. 9.)이지만 양도 당시 세율 적용을 위한 양도물건 판정기준일은 매매계약일이기 때문에 쟁점건물은 매매계약일 당시 공동주택에 해당하고 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택 이상에 해당하는 바 다 주택자 중과 세율이 적용(1세대 2주택: 기본세율 + 20％, 1세대 3주택 이상: 기본세율 + 30％)되어야 한다. 상기 내용과 같이 쟁점건물은 매매계약일 당시 주택으로 사용한 층이 총 5개 층으로 건축법 시행령에 규정된 다가구주택이 아니라 공동주택에 해당하고 양도일(잔금청산일) 현재 건물이 멸실되어 현존하지 않더라도 실질과세 원칙상 청구인이 쟁점건물 양도로 소득을 얻었다는 사실에는 변함이 없으므로 나대지의 양도가 아닌 주택의 양도로 보아 가장 넓은 1층 주택만 비과세 특례 적용하고 나머지 층은 과세대상으로 양도소득세 경정·고지한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 매매계약 체결 후 쟁점건물을 멸실하여 나대지 상태로 양도한 경우 쟁점부동산의 양도를 토지의 양도로 볼 수 있는지 여부 나.

1) 소득세법 제88조 【정의】

7. "주택"이란 허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 1-1) 소득세법 시행령 제152조의4 【주택의 범위】 법 제88조 제7호 전단에서 "대통령령으로 정하는 구조"란 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조를 말한다. 2) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. (중략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 2-1) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 2-2) 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. 3) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 4) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명 하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득 세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

5. 2020년 양도소득세 집행기준 89-154-12【주택의 판정기준일】 주택에 해당하는지 여부는 양도일 현재를 기준으로 판단하며, 매매특약에 의하여 매매 계약일 이후 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다.

6. 2024년 양도소득세 집행기준 89-154-3【주택의 판정기준일】 주택에 해당하는지 여부는 양도일 현재를 기준으로 판단하며, 매매특약에 의하여 매매계약일 이후 주택을 멸실 또는 상가로 용도변경한 경우에도 양도일 현재를 기준으로 판단 한다. 〈양도물건 판정일 해석 변경〉 매매특약 용도변경(주택→상가) 멸실 물건 판정일 매매계약일→양도일 매매계약일→양도일 적용시기 2022.10.21. 이후 계약 체결분부터 2022.12.20. 이후 계약 체결분부터 7) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.(중략)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용 하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상 지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 8) 건축법 제2조 【정의】

② 건축물의 용도는 다음과 같이 구분하되, 각 용도에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다.

1. 단독주택 2. 공동주택(이하 생략) 8-1) 건축법 시행령 제3조의5 【용도별 건축물의 종류】 법 제2조 제2항 각 호의 용도에 속하는 건축물의 종류는 별표 1과 같다. <별표 1>

• 다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니 하는 것을 말한다. 1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2. 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것 3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

• 다. 사실관계

1. 국세청 대내포털시스템에서 확인한 내용은 다음과 같다.

• 가) 처분청이 1세대 1주택 비과세를 부인하고 다주택자 중과세율 적용 및 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 경정·고지한 내역은 다음과 같다. <표9> 양도소득세 신고·경정 내역
• 나) 쟁점건물의 등기사항전부증명서는 다음과 같다. <그림5> 쟁점건물 등기사항전부증명서
• 다) 쟁점부동산의 토지 등기사항전부증명서는 다음과 같다. <그림6> 토지 등기사항전부증명서
• 라) 쟁점건물의 일반건축물대장은 다음과 같다. <표10> 쟁점건물의 일반건축물 대장 기록 사항 요약

2. 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. 가) 쟁점부동산의 매매계약서는 다음과 같고, 매매계약 목적물에 쟁점건물이 포함되어 있으며, 양수법인의 비용으로 잔금전에 쟁점건물을 멸실하는 조건이다. <그림7> 부동산매매계약서 <그림7-1> 부동산매매계약서 <그림7-2> 부동산매매계약서 <그림7-3> 부동산매매계약서

• 나) 쟁점부동산 소재지의 사업시행계획인가 고시는 다음과 같고, 수용 또는 사용할 토지·건축물의 명세에 “권리의 소재지: B, 지목: 대, 면적: 265.5㎡, 용도지역: 일반 상업”이 확인된다. <그림8> 사업시행계획인가 고시 <그림8-1> 사업시행계획인가 고시 <그림8-2> 사업시행계획인가 고시 다) 청구인은 쟁점부동산 소재지에서 운영하던 숙박업의 폐업사실증명원을 제출하였고, 국세청 대내포털시스템에서 1989. . .∼ 2011. . **. 동안 운영하였음이 확인된다. <그림9> 폐업사실증명 라) 주민등록표(초본)상 2008. . *. ∼

2020. *. **. 기간 동안 청구인이 쟁점부동산에 전입신고 되어있음이 확인된다. <그림10> 주민등록표(초본)

• 마) 청구인은 다주택자 중과와 관련된 개정세법 해설을 제시하며, 양도물건 판정은 쟁점부동산 매매계약당시 기준인 2020. 3. **.으로 하면서, 2021. 6. 1. 이후 양도분부터 적용하는 인상된 세율로 중과하는 것은 부당하다고 주장한다. <그림11> 2018년 개정세법 해설 <그림12> 2021년 개정세법 해설
• 바) 청구인은 매매대금에 건물가액은 포함되어 있지 않다고 주장하며 항변서와 함께 다음과 같이 양수법인의 확인서를 제출하였다. <그림13> 확인서

3. 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. 가) 처분청은 양수법인의 비용과 책임으로 쟁점건물을 철거한 다음의 철거공사 계약서를 제시하며 쟁점건물이 매매목적물에 포함된 것이라고 주장한다. <그림14> 건설공사 하도급 계약서 <그림14-1> 건설공사 하도급 계약서

• 라. 판단 청구인은 쟁점부동산에 대한 매매계약 체결 후 잔금수령 전에 쟁점건물이 멸실되어 나대지 상태로 양도하였음에도 처분청이 과세대상은 매매계약일 현재 기준으로 다주택 으로 보고, 적용 세율은 양도일(잔금청산일) 현재 기준으로 중과세율(2주택 이상 1주택은 기본세율에 20%를 가산하고 3주택 이상은 30%를 가산 및 장기보유특별공제 배제)로 하여 이 건 양도소득세를 고지함은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 소득세법제88조에서는 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 ‘양도’로 정의하고, 같은 법 제89조 및 같은 법 시행령 제154조에서는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 주택의 양도로 발생하는 소득을 비과세 양도소득으로 규정하고 있고, 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않으며(대법원2005다19163, 2006.

5.

25. 참조), 국세청이 발간한 양도소득세 집행기준 89-154-12【주택의 판정기준일】에는 “주택에 해당하는지 여부는 양도일 현재를 기준으로 판단하며, 매매특약에 의하여 매매계약일 이후 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다.”고 규정되어 있었으나, 기획재정부는 “주택매매계약을 체결하고, 매매특약에 따라 잔금청산 전에 주택을 멸실한 경우 양도물건의 판정기준일은 양도일(잔금청산일)이며, 2022. 12. 20. 이후 매매계약을 체결한 분부터 적용(기획재정부 재산세제과-1543, 2022. 12. 20.)된다.”고 새롭게 해석하였다. 아울러, 양도소득세는 자산의 양도에 의하여 과세요건이 성립하는 소득세의 일종으로서 양도자산이 과세요건에 해당하는지 여부는 양도시기(잔금청산일 등)를 기준으로 판단하는 것이다(심사양도2004-0009, 2004. 4. 12. 참조). 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① “매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당하는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재로 비과세 요건 충족여부를 판정한다.”고 한 국세청 해석의 취지는 계약 성립 이후 비과세 대상의 주택을 멸실한 경우 매매계약일 현재를 기준으로 하여 비과세 여부를 판정하도록 함으로써 납세자에게 유리하게 적용하도록 하기 위한 것이지 납세자에게 불리하게 적용하려는 것이 아닌 점, ② 양도소득세 과세요건 등은 양도일 현재를 기준으로 판정하는 것이 양도소득세 기본 법리에 부합하고, 양도소득세의 면제나 중과 요건의 판정은 특별한 사정이 없는 한 양도 당시를 기준으로 하는 것이 원칙인 점, ③ 매매계약서상 쟁점건물이 포함되어 있는 것은 계약당시 쟁점건물이 존재하고 있었기 때문에 공부상의 토지와 건물의 표시를 명확히 한 것으로 보이는 점, ④ 통상적으로 재개발지역의 대지지분이 중요하고 잔금 전 건물 멸실 조건으로 계약한 것을 보면 실제 토지 면적만을 가지고 가격을 산정한 것으로 건물의 양도로 인한 양도소득이 발생되었다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보건대, 양도일 당시 쟁점건물이 멸실되었음에도 처분청이 이를 나대지의 양도로 보지 않고 다주택 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 부인하여 청구인에게 한 2021년 과세 연도 양도소득세 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 청구인은 이 건 이의신청에서 다가구주택 여부에 대하여는 쟁점으로 삼지 않겠다고 하였으나, 19가구 인정 여부에 대하여는 21가구임을 주장하는 처분청과 이견이 있음 2) 청구주장 <표2>의 4층 주택수는 5가구, 처분청 주장은 7가구(<p.23,<표5>)로, 1층 및 옥탑 외 전체 주택 수에도 일부차이가 존재함 3) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 4) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 5) 처분청이 청구인의 신한은행(110-069-)계좌에 입금된 임차인들 명의의 입금액 합계로 확인함 6) 처분청이 청구인의 신한은행(110-069-)계좌에서 확인한 세무법인 한*, 전**세무사로 출금된 금액