쟁점금액을 가공매입으로 보아 쟁점법인의 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

[ 세 목 ] 소득 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 이의-인천청-2023-0159(2024.3.15) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 쟁점금액을 가공매입으로 보아 쟁점법인의 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득 처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부 [ 요 지 ] 청구법인이 쟁점거래가 가공매입이 아니라 위장매입이라는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점금액을 가공매입으로 보아 손금불산입하여 법인세를 경정하고 대표자 상여로 소득처분하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없음 [ 결정내용 ] [주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다. [

] 법인세법 제76조 【소득처분】 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

• 가. AAA(이하 “청구인”이라 한다)은 20XX. X. X. 개업하여 비철금속 도소매업을 영위하다 20XX. X. XX. 폐업한 주식회사 BBBBB(이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 20XX. X. X. ∼ 20XX. X. XX. 기간 동안 대표이사로 근무하였으며, 쟁점법인은 부 가가치세 신고시 재활용폐자원 및 중고자동차 매입세액 공제신고서(이하 “재활용폐자원 매입세액공제신고서”라 한다)를 제출하고 매입세액을 공제받았다.
• 나. CCC세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 20XX. XX. XX.부터 20XX. X. XX.까지 쟁점법인에 대한 법인통합조사(조사연도: 20XX년∼20XX년 사업연도)를 실시한 결과, 쟁점법인이 제출한 재활용폐자원 매입세액공제신고서상의 공급자 중 사망자 및 근로자 등과 같이 실질적으로 거래가 불가능한 개인이 기재되어 있어 이들에게 거래사실을 확인한바 쟁점법인과 거래하지 않았다는 것을 확인하고 재활용폐자원 매입금액 0,000,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 가공매입으로 보아 부가가 치세 매출세액에서 불공제하고 법인세 손금불산입 경정하면서, 쟁점금액을 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득처분하고는 청구인 관할세무서에 과세자료(자료종류: 인정상여소득자료) 통보하였다.
• 다. 처분청은 위 과세자료에 따라 20XX. X. X. 청구인에게 20XX년 과세연도 종합 소득세 00,000,000원, 20XX년 과세연도 종합소득세 000X000X000원, 20XX년 과 세연도 종합소득세 000,000,000원을 과세예고통지하자, 청구인은 이에 불복하여 20XX. X. XX. 과세전적부심사청구 하였으나 20XX. XX. XX. 불채택결정되어, 처분청은 20XX. XX. XX. 20XX년 과세연도 종합소득세 00,000,000원, 20XX년 과세연도 종합소득세 000,000,000원, 20XX년 과세연도 종 합소득세 000,000,000원, 합계 000,000,000원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 20XX. XX. XX. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 쟁점법인이 신고한 쟁점금액은 매입처에 대한 정보미비로 부가가치세법에 따른 매입세액공제를 적용받기 위한 적격요건을 충족하지 못한 것은 사실이나 실물을 매입하였고, 영업관행상 매입대금은 현금으로 지급하였다. 또한 실물은 매출처에 판매하고 판매대금은 전액 수취하여 쟁점법인에게 판 매대금이 귀속되었으므로 청구인에게 귀속된 금전은 존재하지 않는바, 상여처분에 의해 청구인에게 부과된 종합소득세는 취소되어야 한다.

1. 처분청이 가공매입으로 분류한 매입건에 대해 쟁점법인의 물품수불기록과 쟁 점법인 거래상대방의 물품수불 내역을 통하여 해당 매입건에 대한 판매내역을 정리한바 모두 거래처에 판매하였다.

2. 매입품목에 대한 주 가공업체인 ㈜DD(이하 “DD”이라 한다)은 00도 00 00공단에 위치하고 있고, 동전선 소재인 동로드를 월간 2,000톤 이상 생산중인 업력 30년의 중견업체이자 EEEE, FFFF, GGGG 등 중견 전선업체들의 공동출자로 설립된 국내 최대의 동로드 임가공 전문생산업체로서 경쟁적 영업이 아닌 소액의 수수료를 받고 단순가공만을 행하는 회사이다. 쟁점법인은 임가공에 대한 수수료로 월 1천만원 정도의 비교적 소액을 지급하였으며, DD의 매출에서 쟁점법인이 차지하는 비중은 2% 내외이므로 청구인이 제출한 DD 입출고 장부의 신뢰성은 의심할 수 없다. 청구인이 제출한 DD의 쟁점법인에 대한 물품수불부에 대해 처분청에서는 세무조사 당시 제출된 적이 없던 자료라고 주장하나 세무조사 당시에는 매입처에 대한 소명만을 요구하였고 매출의 가공여부에 대한 질의는 전혀 없었던바, 이에 대한 제출의 필요성 자체가 제기된 적이 없었다.

3. 쟁점법인의 주거래 임가공사업장인 DD이 제공한 물품수불부에는 입고차량 번호, 실제 입고량, LOSS율 등 세부정보가 포함되어 있으며, 쟁점법인이 영향력을 전혀 행사할 수 없는 외부업체인 DD이 제공한 20XX년∼20XX년 물품수불부 관련 정보에 대해 세무조사 당시에 제공된 사실이 없어 사후적으로 맞추어 제출하였다는 처분청의 주장은 합리적인 증거에 입각한 과세의 기본을 몰각한 것이라고 할 수 있다.

• 나. 쟁점법인의 상품매출액은 20XX년 0,000백만원, 20XX년 0,000백만원, 20XX년 0,000백만원이며, 제출한 쟁점법인의 외상매출금 거래처원장에서 확인할 수 있듯이 20XX년에 증액된 외상매출금 000,000원 이외에는 전액 입금되었고, 입금 또한 같 이 제출한 쟁점법인의 은행계좌내역에서 보듯이 은행계좌로 입금되어 가공매출의 가능성은 전혀 없음을 알 수 있다.
• 다. 쟁점법인의 20XX년부터 20XX년까지의 상품매출에 대한 원가율 및 쟁점금액을 제외한 원가율, 동종업종 원가율은 처분청이 제시한 바와 같이 다음과 같다. <표1> 쟁점법인의 관련 매출원가율 쟁점금액을 제외한 원가율과 동종업종 원가율의 차이를 비교하면 20XX년 0.0%, 20XX년 00.0%, 20XX년 00.0%임을 알 수 있으며, 쟁점법인이 영위하는 업 종이 특별한 기술이 필요하지 않고 단순 폐자원을 수집하여 단순 임가공하여 판 매하는 업종인 점을 감안할 때 쟁점금액 없이 매출이 이루어질 수 없음은 명약관화하다고 할 수 있다.
• 라. 결론 쟁점법인은 쟁점금액에 대하여 매입처 정보미비로 부가가치세법에 따른 매입세액공제를 적용받기 위한 적격요건은 충족하지 못하였으나 실물을 매입하였고, 매입한 실물은 매출처에 판매되고 판매금액은 전액 수금하여 쟁점법인에게 그 판매대금이 귀속된바, 청구인에게 귀속된 금전은 존재하지 않기에 상여처분에 따라 청구인에게 부과된 종합소득세는 취소되어야 한다. < 처분청 의견에 대한 항변 >
• 마. 처분청은 당해 매입이 가공매입이 아니라 실지거래처가 따로 있는 위장 매입 으 로써 매입금액을 손금으로 인정받기 위해서는 그 거래내역이 금융증빙 등에 의 하여 명확히 입증되어야 함에도 불구하고 청구인이 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있다고 하나, 쟁점법인이 영위하고 있는 업종단체인 한국비철금속협회가 조 사한 자료에 의하면 해당업종의 경우 무자료거래가 절반에 가까운 비중을 가지고 있는 것으로 조사되어 산업자원부에 보고된바 있으며, 업계는 이에 대한 대비책을 정부에 건의하고 있는 상황이다.
• 바. 무자료거래가 광범위하게 형성되어 있는 환경하에 사업을 영위하는 상황에서 객관적인 증빙을 제출하지 못하기 때문에 손금을 부인한다는 논리에 따라 결과적으로 연봉 00백만원에 불과한 청구인에게 종합소득세 00백만원을 과세한다면 이는 과잉 조세행정에 해당하는 것이며 결과적으로 해당 사업을 영위하지 못하게 하는 결과를 초래하는 것이다.

• 가. 청구인은 쟁점법인을 운영하며 재활용폐자원 매입거래 과정에서 거래상대방인 개인의 신상 등 명단을 정확히 기록·관리하지 못한 미비점이 있어 부가가치세법에 따른 매입세액공제는 불가하지만 실제 매입은 존재하였다고 주장하나, 세무조사 당 시 재활용폐자원 매입거래의 신고내용이 실제와 같다고 주장하며 거래상대방으로부터 받은 판매확인서를 제출하였다. 하지만 제출된 판매확인서 중 일부는 처분청이 수집한 거래사실확인서와 글 씨체와 내용이 상이하는 등 조사과정에서 거짓 작성된 것임이 확인되었다. 이에 청구인은 불복과정에서는 ‘거래상대방에 대한 정보를 관리하지 못한 것은 맞다’고 소명내용을 변경하였으며, 거래상대방별 매입품목을 세부내역으로 쪼개어 매출처로 이어지는 소명자료를 20XX. XX. XX.부터 20XX. X. XX.까지 약 0개월간 이어진 세무조사가 모두 종결되고 법인에 대한 모든 경정결정까지 이루어지고 나서 청구인에 대한 종합소득세 고지 시점이 되어서야 제출하였는데, 제출된 소명자료의 거래상대방 내역에 오류가 있음은 청구인도 인정하였으며 당초 부가가치세 신고서와 중량만 일치하고 품목이 쪼개어져 있을뿐 아니라 금융증빙도 없어 신뢰할 수 없는 소명자료이다.
• 나. 과거 동종 업종의 사업이력이 존재할 뿐 아니라 외형이 00억원이 넘는 쟁점 법 인을 운영한 청구인이 거래상대방별 금액이 천만원대인 고액 거래를 진행하면서도 거래 관행에 따라 모든 거래 상대방과의 거래가 현금으로만 이루어졌기에 거래 상 대방에 대한 어떠한 정보도 관리하려고 하지 않았다는 것은 믿기 어렵다. 또한 당해 매입이 가공매입이 아니라 실지거래처가 따로 있는 위장매입으로써 매입금액을 손금으로 인정받기 위해서는 그 거래내역이 금융증빙 등에 의하여 명 확히 입증되어야 함에도 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있는 경우 해당 거래를 실제 거래로 인정하기는 어렵다(조심2012서1369, 2012. 12. 3. 참조).
• 다. 법인세법의 납세의무자인 쟁점법인이 지출증명서류의 수취 및 보관의무를 다 하지 못하였는데 단순히 원가율이 낮아진다는 사유만으로 거래상대방을 확인할 수도, 관련된 금융증빙 등 객관적인 매입의 증빙이 존재하지 않음에도 손금을 인정할 수는 없다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 가공매입으로 보아 쟁점법인의 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득 처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제67조 【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타 사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처 분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 1-1) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금 액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다 만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀 속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다 만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소 득이나 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 비거주자의 국내사업장의 사 업소득을 구성하는 경우에 한한다.
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득 2) 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】(2021. 8. 10. 법률 제18371호로 일부개정된 것)

① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원을 2021년 12월 31일까지, 중고자동차를 2022년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 다음 각 호의 값을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

1. 재활용폐자원: 103분의 3. 다만, 2014년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 취 득하는 경우에는 105분의 5로 한다.

2. 중고자동차: 110분의 10

② 제1항에 따라 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 재활용폐자원에 대한 부가 가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 경우에는 부가가치세 확정신고를 할 때 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대해서는 100분의 90을 적 용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 발급받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액은 제외한다)을 뺀 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 부가가치세법 제48조 에 따른 예정신고 및 같은 법 제59조제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제49조에 따른 확정신고를 할 때 정산하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2-1) 조세특례제한법 시행령 제110조 【재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세 액공제 특례】(2021. 11. 9. 대통령령 제32105호로 일부개정된 것)

① 법 제108조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 부가가치세과세사업을 영 위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가 가치세법 제36조의2제1항 또는 제2항에 따라 영수증 발급에 관한 규정이 적용되는 기간에 재화 또는 용역을 공급하는 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용 하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자

2. 자동차관리법에 따라 자동차매매업등록을 한 자

3. 한국환경공단법에 따른 한국환경공단

4. 제4항제2호의 중고자동차를 수출하는 자

5. 기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 기획재정부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 "재활용폐자원등"이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

• 아. 폐비철금속류

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제48조 또는 제49조에 따른 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원등의 매입 세액공제신고서에 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원등의 매입세액공제신고서에 다음 각호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명 (개인의 경우에는 그의 성명)

⑥ 제5항에 따른 매입세액의 공제에 관하여는 부가가치세법 시행령 제74조 를 준용한다. 2-2) 조세특례제한법 시행규칙 제50조 【재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례】

① 영 제110조제3항제5호에서 "기획재정부령이 정하는 자"라 함은 재생재료수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.

• 다. 사실관계

1. 국세청 대내포털시스템에서 확인한 사항은 다음과 같다.

• 가) 청구인에 대한 20XX년∼20XX년 과세연도 종합소득세 결정·고지 내역은 다 음과 같다. <표2> 청구인 종합소득세 신고 및 결정 내역
• 나) 쟁점법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다. <표3> 사업자등록 기본사항
• 다) 쟁점법인의 20XX년∼20XX년 사업연도 주주현황은 다음과 같다. <표4> 각 사업연도 말 쟁점법인 주주현황
• 라) 쟁점법인에 대한 20XX년∼20XX년 사업연도 법인세 경정 내역은 다음과 같다. <표5> 쟁점법인 법인세 경정 내역
• 마) 쟁점법인에 대한 20XX년 제2기∼20XX년 제2기 과세기간 부가가치세 경정·고지 내역은 다음과 같다. <표6> 쟁점법인 부가가치세 경정·고지 내역
• 바) 조사대상연도(20XX년∼20XX년)에 쟁점법인이 부가가치세 신고시 제출한 재 활용폐자원 매입세액공제신고서 요약 내용은 다음과 같다. <표7> 쟁점법인의 재활용폐자원 매입세액공제신고서 요약
• 사) 청구인의 사업자등록 내역은 다음과 같다. <표8> 청구인 사업자등록 내역

2. 처분청이 쟁점법인에 대한 조사과정에서 재활용폐자원 매입세액공제신고서상 사망자와 근로자로 확인된 명단과 이들에게 거래내역 조회에 대한 우편물을 보내 확인한 내용 및 이에 대한 쟁점법인의 소명자료를 정리한 내역은 다음과 같다. <표9> 재활용폐자원 가공매입 관련 확인사항 정리내역

3. 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

• 가) 처분청이 가공매입으로 분류한 쟁점금액에 대해 청구인은 재활용폐자원 매입 세액공제신고서상 공급자 정보를 제대로 확인하지 못해 명단이 잘못되었지만 실물을 매입하였으며 매입한 물품들은 가공업체인 DD에 수수료를 주고 실제 임가공 주 었다고 주장하며 부인 내역에 대한 소명자료를 다음과 같이 제출하였다. <그림1> 실물매입 근거 소명자료
• 나) 청구인은 재활용폐자원에 대한 실물 매입이 있었다고 주장하며 쟁점법인의 임가공 거래처인 DD의 입출고 장부 사본을 제출하였으며, DD의 매출에서 쟁점 법인이 차지하는 비율은 0% 내외로 DD에 영향력을 행사할 수 있는 위치가 아니므로 장부의 신뢰성은 의심할 여지가 없다고 주장하고 있다. <그림2> DD의 쟁점법인에 대한 입출고 장부 일부 발췌
• 다) 청구인은 쟁점법인의 외상매출금 거래처원장과 은행계좌 내역을 제출하면서 외상매출금이 모두 청구법인의 계좌로 입금되었기에 가공매출의 가능성은 없다고 주장하고 있다. <그림3> 쟁점법인의 20XX년 거래처원장(계정과목: 외상매출금) <그림4> 쟁점법인 농협은행 입출금 거래내역 일부 발췌 <그림5> 쟁점법인 신한은행 입출금 거래내역 일부 발췌
• 라) 쟁점금액이 가공매입이 아닌 실거래처가 따로 있는 위장매입으로 매입금액을 필요경비로 인정받기 위해서는 거래내역이 금융증빙 등에 의해 입증 되어야하나 객관적인 증빙이 없어 인정할 수 없다는 처분청의 주장에 대해, 청구인은 쟁점법인이 영위하고 있는 업종의 거래구조상 무자료 거래가 이루어질 수밖에 없으며 비철금속 업계에서 이에 대한 대비책을 정부에 건의하고 있는 실정이라고 주장하며 한국비철금속협회가 산업통상자원부에 제출한 연구용역 보고서를 제출하였다. <그림6> 비철금속협회의 연구용역 보고서 일부 발췌

4. 처분청이 20XX. XX. XX.∼20XX. X. XX. 기간 동안 쟁점법인의 3개 사업연도 (20XX년, 20XX년, 20XX년)에 대해 조사한 결과, 재활용폐자원 매입 중 사망자 등 과의 거래로 실제 거래사실이 없는 0,000백만원의 가공매입을 확인하였고, 조사관련 보충조서에 기재된 가공매입 판단 근거와 회신 받은 거래사실 확인서는 다음과 같다. <그림7> 조사내용 <그림8> 처분청이 회신 받은 거래사실 확인서 중 일부 발췌

5. 처분청은 쟁점법인이 조사 당시 재활용폐자원 매입거래의 신고내용이 실제와 같다고 주장하며 거래상대방으로부터 받은 판매확인서를 제출하였으나 판매확인서의 필체가 처분청이 거래상대방으로부터 제출받은 거래사실 확인서와 다르고 확인자의 신분증 등과 같이 본인이 작성하였음을 입증할 증빙 또한 같이 제출하지 못하였기에 쟁점금액을 실제 거래하지 않은 가공매입으로 판단하였다. <그림9> 판매확인서와 거래사실 확인서 일부 발췌

6. 2019년부터 2021년까지 신고된 쟁점법인의 상품매출에 대한 원가율 및 쟁점금 액을 제외시의 원가율, 동종업종 원가율에 대해 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. <표10> 쟁점법인 관련 매출원가율

7. 쟁점법인은 외형이 00억원을 넘고 재활용폐자원 매입세액공제신고서 상 거래 상대방별 금액이 천만원대로 고액임에도 불구하고 거래상대방에 대한 확인이 제대로 이루어지지 않은 것에 대해 심리담당자가 청구인에게 확인한바, 거래상대방 개개인으로부터 재활용폐자원을 매입한 것이 아니라 1차 수집상인 중간상으로부터 매입을 하고 이때 일괄로 넘겨받은 공급자 명단으로 재활용폐자원 매입세액공제신고서 명단을 작성하기에 일일이 사망자인지 근로자인지 확인할 수 없었으며, 업계 사정상 중간상의 정보를 알려줄 수 없을 뿐 실제 매입은 있었다고 답변하였다.

8. 처분청에 쟁점법인의 매출에 대한 확인 내용을 심리담당자가 문의한바, 쟁점 법인의 고액매출처에 대하여 거래사실확인을 진행하였으나 검토과정에서 특이사항을 발견하지 못하였다는 답변을 받았다.

9. DD의 쟁점법인에 대한 입출고 장부의 진위 여부를 확인하기 위해 20XX. X. XX. 심리담당자가 청구인이 제출한 장부를 보여주면서 DD측 담당자와 통화한바, DD에서 작성된 장부가 맞다는 답변을 받았다.

• 라. 판단 청구인은 쟁점법인이 재활용폐자원 매입거래 과정에서 거래상대방인 개인의 신상 등을 명단에 정확히 기록·관리하지는 못하였으나 실제 매입은 존재하여 가공매입이 아니기에 이 건 종합소득세 과세처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 법인세법 제67조 에서는 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다고 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제106조에서는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당, 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여, 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출로 한다고 규정되어 있다. 한편 조세특례제한법 제108조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제110조 제1항은 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 간이과세자로부터 취득한 재활용폐자원 취득금액에 103분의 3을 곱하여 계산한 금 액을 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제110조 제5항에서는 법 제108조 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원등의 매 입세액공제신고서에 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 하고, 이 경우 재활용폐자원 매입세액공제신고서에 공급자의 등록번호(개인의 경우 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명, 취득가액 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 한편, 당해 매입이 가공매입이 아니라 실지거래처가 따로 있는 위장매입으로써 매입금액을 손금으로 인정받기 위해서는 그 거래내역이 금융증빙 등에 의하여 명 확히 입증되어야 함에도 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있는 경우 해당 거래를 실제 거래로 인정하기는 어렵다(조심2012서1369, 2012. 12. 3. 참조). 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인이 제출한 자료 및 적격증빙 수취가 어려운 재활용폐자원 업계의 거래구조를 고려하면 1차 수집상으로부터의 실물거래의 개연성은 있어 보이나, 실제 이의 매입을 입증할 수 있는 원시매입 수기장부, 매입처별 원장, 금융거래내역, 현금지급 관련 분개장, 현금출납장, 대표 개인명의 계좌의 현금출금 거래내역, 1차 수집상의 정보 등의 객관적인 자료가 전혀 제시되지 않아 쟁점금액에 해당하는 실물매입이 있었다고 단정할 수 없기에 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 경정하고 대표자 상여로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.