조세심판원 이의신청 부가가치세

부동산임대업의 실질적 폐업일이 임대료 정산일이라고 주장하는 2019.09.30인지, 소유권이전등기일인 2020.07.29인지 여부

사건번호 이의-서울청-2025-0257 선고일 2025.11.21

부동산임대업의 폐업일은 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날을 말하며, 폐업일이 분명하지 아니한 경우 소유권이전등기일 등 임대차관계 사무가 종료되는 시점이므로 이 건 부동산임대업의 실질적 페업일은 소유권이전등기일인 2020.07.29임

1. 처분내용
  • 가. A (이하 “ 청구인 ”이라 한다)는 2025.04.17 사망한 故 B의 상속인(妻)이며, 故 B는 C, D, E(故B를 포함하여 이하, “임대인들” 이라 한다)와 서울시 F구 소재 토지(이하, “쟁점토지” 라 한다)를 공동으로 소유하면서, 1998.07.01부터 부동산임대업을 영위하였다.
  • 나. 임대인들은 2007.05.05 ㈜G(이하, “임차인” 이라 한다)와 쟁점토지를 임대하고, 예식장 건물(이하, “쟁점건물” 이라 하고, 쟁점토지 및 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산” 이라 한다)을 신축하는 내용의 임대차계약을 체결하였으며, 임차인은 쟁점건물을 ㈜H(이하, “전차인” 이라 한다)에게 전대하여, 전차인이 ‘I’라는 상호로 예식장업을 영위하였다.
  • 다. 임대인들은 2019.10. 30 J㈜에 쟁점부동산을 일괄 양도하면서 쟁점건물의 매매대금을 ‘0’원으로 하여 매매계약을 체결하였으며, 부동산임대업의 폐업일을 2020.07.08로 하고, 쟁점건물가액을 ‘0’원으로 하여 2020. 08.25 부가가치세 확정신고를 하였다. * 2020.09.22 쟁점건물 양도가액 ‘0’원으로 양도소득세 신고
  • 라. K 세무서장은 임대인들의 양도소득세 신고서를 검토하던 중 임대인들이 쟁점부동산을 일괄 양도하면서 자산별 안분가액이 기준시가 안분가액과 30%이상 차이가 남에도 건물가액을 ‘0’원으로 신고하여, 부가가치세를 과소신고한 혐의가 있다는 내용으로 P세무서장(이하, “처분청” 이라 한다)에게 과세자료를 통보하였으며, 이에 처분청은 쟁점건물의 양도를 실질적 폐업일 이전에 이루어진 재화의 공급에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산을 기준시가로 안분계산하고, 쟁점건물의 공급가액 7,260백만원에 대하여 2025.07.16 청구인에게 2020년 제2기 부가가치세 1,240백만원을 경정·고지하였다.
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.09.02 이 건 이의신청을 하였다.
2. 청구인 주장
  • 가. 불법점유에 대한 임대료를 정산하고, 세금계산서를 발급한 2019.09.30(이하, “쟁점폐업일”이라 한다)을 실제 폐업일로 보는 것이 타당하다.

1. 청구인은 임차인이 계약기간 종료일인 2018.08.31까지 쟁점건물에서 퇴거하지 않아 2019.01.21 전차인을 상대로 쟁점부동산의 인도 등을 구하는 소를 제기하였으며, 쟁점폐업일에 전차인이 실질적으로 퇴거한 사실이 확인되어 불법 점유기간(2018.09. 01.~ 2019.09.30)에 발생한 금액에 대하여 세금계산서를 발급하였고, 쟁점폐업일 이후 추가적인 임대료(부당이득금 포함)를 청구하거나 세금계산서를 발급하지 않았다. 이는 청구인 스스로 쟁점폐업일 이후 임차인의 점유로 인해 발생하는 경제적 이익(대가) 수취 행위를 중단하였다는 것을 시사하는 것이므로 용역(부동산 사용) 제공 및 대가 수령이라는 사업활동을 쟁점폐업일에 실질적으로 종료한 것으로 보는 것이 타당하다.

2. 사업을 폐업한 날이라 함은 사업자가 당해 영업을 계속할 의사가 없어 영업활동을 영구적으로 종료한 날을 의미하는 것으로, 청구인은 임대업을 계속할 의사가 없어 임차인에게 계약에 따라 건물 철거의무 이행에 대하여 통고하였는바, 이는 쟁점부동산을 양도하면서 임대업을 영구적으로 종료하고자 하는 취지이다. 따라서 임차인에게 퇴거 통보 후 법원의 조정과정을 거쳐 임차인이 실제로 퇴거한 것으로 보고 무단점유에 대한 부당이득금의 계산 종료일을 실제 폐업일로 보는 것이 타당하다.

3. 임대자산의 물리적 반환이 완료된 날이 중요하기도 하지만, 사업의 종료시점과는 구별되어야 하는바, 쟁점폐업일 이후의 대가를 포기한 시점에 해당 임대업은 영리성 및 사업의 실질을 상실하였다. 따라서 물리적 점유의 종료보다 경제적 활동의 종료가 세법상 폐업일 판단에 있어 우선하는 것으로 사료된다.

  • 나. 부동산 임대업을 영위하다가 폐업 후 부동산을 양도한 경우에는 폐업 시 잔존재화로 보아야 한다.

1. 청구인은 2019.10.30 쟁점부동산을 양도하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 쟁점부동산의 등기부등본상 2019.10.30을 원인일로 하여 2020.07.29 소유권이 이전된 것으로 등재되어 있다.

2. 계약상 원인이 폐업 이전에 발생한 경우에는 공급시기가 폐업일 이후에 도래하더라도 그 폐업일을 공급시기로 보아야 하지만, 이 사건의 경우 계약상 원인(2019.10. 30)이 쟁점폐업일 이후에 발생하였으므로, 쟁점부동산은 폐업일 이후에 비사업자의 지위에서 공급한 것이 명백하다.

3. 사업의 본질은 영리 추구 활동에 있으며, 청구인은 쟁점폐업일에 쟁점부동산으로부터 발생하는 모든 수익 창출활동 및 채권 추심행위를 종결하였다.

4. 임차인이 쟁점부동산을 쟁점폐업일 이후 점유한 것에 대하여 임대인들이 대가의 청구를 포기한 것은 비특수관계자에 대한 ‘용역의 무상공급’에 해당하고, 이는 부가가치세법상 과세대상 거래가 아니므로 해당 기간 사업을 영위한 것으로 볼 수 없다. 5) 부가가치세법 시행령 제28조 는 공급의 원인이 되는 계약 등 법률행위가 폐업일 이전에 발생했다면 공급시기가 폐업일 이후라도 폐업 전 공급으로 본다는 기준을 제시하고 있으나, 이 사건은 그 반대의 경우로서 쟁점폐업일 이후 매매계약(2019.10.30)이라는 법률상 원인행위가 발생하였으므로, 이는 명백한 ‘폐업 후 자산 처분’에 해당한다.

6. 쟁점폐업일에 마지막으로 세금계산서를 발급한 행위는 과세 대상이 되는 모든 경제적 거래가 그 시점에 종료되었음을 공식적으로 입증하는 결정적 증거이다. 이는 단순한 금전 거래를 마무리하고, 과세대상 활동을 종료한다는 선언적 의미를 가지는 것으로, 비록 임차인의 퇴거가 지연되었다 하더라도 쟁점폐업일 이후의 점유는 임대인의 대가 청구 포기로 인해 부가가치세 과세요건인 ‘대가를 받고 용역을 공급하는’ 사업활동으로 볼 수 없다.

7. 쟁점부동산은 쟁점폐업일 이후 비사업자의 지위에서 공급한 것이므로 쟁점건물은 사업용 자산의 양도가 아닌 폐업 시 잔존재화에 해당하므로 철거예정인 쟁점건물을 안분계산하지 않고 ‘0’으로 신고하는 것이 타당하다.

3. 처분청 의견
  • 가. 부동산임대업의 실질적 폐업일은 소유권이전등기일인 2020.07.29로 보는 것이 타당하다.

1. 부동산임대업의 폐업일은 폐업신고서 접수일 등 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날을 말하며, 폐업한 날이 분명하지 아니하는 경우에는 소유권이전등기일 등 임대차관계 사무의 종료시점이다.

2. 임대인들의 주장대로라면, 쟁점폐업일을 사업종료일로 보아 2019.10.25까지 부가가치세 확정신고를 하여야 하나, 임대인들은 2020.

7. 8.을 폐업일로 하여 2020. 08.25 부가가치세 확정신고를 하였을 뿐만 아니라, 쟁점폐업일 이후에도 사업자의 지위에 있었던 것을 확인할 수 있다.

① 임대인들이 2020.08.25. 제출한 부가가치세 확정신고서 상 폐업일은 2020. 07.08이고, 폐업사유는 ‘기타’로 기재한 사실이 확인된다.

② 임대인들은 2020.01~ 12 기간에 대한 도로사용료를 2020.03.18 강남구청에 납부하면서 매입세금계산서를 수취하였고, 2020.06.22 및 2020.07.08 이를 정산하는 수정매입세금계산서를 각각 수취하였다. 임대인들이 수취한 수정매입세금계산서의 작성일은 부가가치세 신고서 상 기재된 폐업일과 동일한 2020.07.08이다.

③ 임대인들은 상기 매입세금계산서에 대하여 각 공급시기가 속하는 과세기간에 부가가치세 신고를 하고, 매입세액을 공제받은 사실이 확인된다.

④ 임대인들은 실질적 폐업일이라고 주장하는 쟁점폐업일이 속하는 2019.2기 과세기간에 대하여 2020.01.09 부가가치세 신고·납부하였으며, 폐업신고서는 제출하지 않았다.

3. 임대인들은 명도소송 조정에 따른 임차료 정산 및 세금계산서 발급 시점인 쟁점폐업일이 실질적 폐업일이며, 같은 날 임차인이 퇴거한 것으로 확인된다고 주장하나, 다음의 내용을 살펴볼 때 쟁점폐업일을 임차인의 실제 퇴거일로 볼 수 없으며, 그 시점 또한 불분명하다.

① 쟁점폐업일에 명도소송 조정(임차인과 불법점유에 대한 임대료 정산)에 따라 세금계산서를 발급하였다고 주장하나, 명도소송 조정 조항에서“피고는 원고들에게 2019.09.30까지 1,095,146,800원을 지급하였음을 확인한다”는 내용을 통해 세금계산서 발급일 이후인 2019.10.18에 명도소송의 조정이 성립된 사실이 확인되므로, 조정 성립에 따라 임대료를 정산하였다는 청구인의 주장은 사실과 다르다.

② 또한 전차인이 2020.02.29까지 철거 및 인도의무를 이행하지 않을 경우 2020.03.01부터 위약벌에 대한 돈을 지급하기로 합의한바, 이는 조정기일 이전까지 임차인이 퇴거하지 않았다는 것을 의미하므로, 쟁점폐업일까지 임차인이 퇴거하였다는 청구인의 주장은 사실과 다르다.

③ 임대인들이 임차인에게 2020.01 발송한 내용증명 ‘임대차 계약 만료에 따른 건물 철거 청구’에 따르면 명도소송 결과 전차인이 2020.02.29 쟁점건물에서 퇴거할 예정이라고 기재되어 있는바, 이는 내용증명 발송일 전까지 임차인이 퇴거하지 않았음을 의미하는 것이다.

④ 2020.06 임대인들과 임차인은 쟁점건물의 철거 시점, 임차보증금의 반환 및 철거공사 비용 공제 등의 조항에 합의한바, 이는 합의 이후 실질적으로 임대차계약이 종료되는 것을 의미하는 것이다.

⑤ 전차인이 운영한 예식장 I가 납부한 전기요금에 대하여 한국전력공사로부터 수취한 매입세금계산서 내역을 살펴보면, 퇴거 약정일 및 인도 약정일(2020.02.

29. 이후에도 임차인들이 퇴거하지 않고, 쟁점건물을 사용한 것을 알 수 있다. 또한 임대인들이 도로사용료에 대한 수정매입세금계산서를 2020.07.08에 수취하였다는 것은 전차인이 2020.07.08까지 퇴거하지 않고, 쟁점건물을 사용한 것으로 볼 수 있다.

⑥ 쟁점부동산의 양수인 J㈜와 시공사 ㈜L은 쟁점건물 철거공사 계약(2020.06. 07 착공, 2020.08.24 준공)을 체결하였으나, 착공일이 2020.09.30으로 지연되는 등 공사 지연으로 인해 2021.07.28에 쟁점건물의 건축물대장이 말소된 것으로 보아 임차인의 실제 퇴거일이 인도 약정일 이후에도 상당 시일 지연되었음을 알 수 있다.

4. 따라서 실질적 폐업일은 임차인과 임대료를 정산한 날(쟁점폐업일)이나, 명도소송 조정 성립일(2019.10.18)이 아닌, 전차인의 실제 퇴거일 또는 쟁점부동산의 소유권이전등기일로 하여야 하며, 이 사건의 경우 실제 퇴거일이 불분명하므로 쟁점부동산의 소유권이전등기일을 실질적 폐업일로 하는 것이 타당하다.

  • 나. 부동산 임대업에서 경제적 실질은 해당 부동산의 사용·수익을 제공하고, 그 대가로 임대료를 받을 권리·의무가 존재하느냐에 달려있으며, 해당 부동산으로부터 발생하는 수익 창출 활동 및 채권 추심 행위를 종결하였다는 이유만으로 경제적 실질이 소멸되었다고 볼 수 없다.

1. 임대인들이 최종 세금계산서를 발급한 시점(쟁점폐업일) 이후에도 전차인이 퇴거하지 않고 쟁점부동산을 점유·사용하였다는 사실이 확인되며, 부동산 임대용역은 임차인의 사용·수익 가능성이 유지되는 한 실제 임대료의 수취 여부와는 관계없이 계속 공급되고 있는 것으로 보아야 하므로 임대용역에 대한 대가를 수령하지 않았다고 하여 경제적 실질이 소멸되었다고 볼 수 없다.

2. 2020.06 체결한 ‘임대차계약 종료 및 건물 철거에 관한 합의서’ 제4조의 ‘토지 임대차 계약 종료일 이후 쟁점건물 철거 완료일까지의 철거의무 불이행과 차임 미지급 등에 대한 어떠한 청구도 하지 않으며, 보증금에서 공제하지 않는다’는 합의내용을 통해서 합의서 작성일 전까지 차입 미지급 등에 대한 청구가 종결되지 않았음을 알 수 있다.

3. 청구인은 최종 세금계산서 발급일 이후 전차인이 쟁점부동산을 계속 점유한 것에 대하여 임대인들이 대가의 청구를 포기함으로써 부가가치세법상 과세대상 거래가 아닌 비특수관계자에 대한 ‘용역의 무상공급’으로 전환되었다고 주장하지만, 임대인들과 전차인 간 명도소송 조정조서에서 전차인이 건물인도 의무를 이행하지 않을 경우 위약금을 지급할 것을 명시한 점 등을 볼 때 임대인들이 부동산 임대용역과 관련된 대가를 포기하였다고 볼 수 없으며, 용역의 무상공급에 해당한다고 볼 수도 없다.

4. 세금계산서는 조세의 부과·징수를 위한 과세자료에 불과하며, 세금계산서를 발급하지 않았다는 사실만으로 과세요건이 성립되지 않았다고 볼 수 없다.

5. 따라서 청구인이 주장하는 실질적 폐업일은 객관적으로 명백하지 아니하므로 부동산임대업의 실질적 폐업일은 소유권이전등기일로 보는 것이 타당하며, 쟁점건물의 공급시기 또한 소유권이전등기일로 보아야 하므로 쟁점건물은 폐업 시 잔존재화로 볼 수 없고, 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보는 것이 타당하다.

  • 다. 임대인들은 당초 쟁점부동산의 소유권이전등기일이 속하는 달(2020. 07)에 폐업신고 및 부가가치세 확정신고를 정상적으로 하였음에도, 사후적으로 실질적 폐업일을 소급하여 쟁점부동산의 양도를 사업자의 지위에서 한 것이 아니라고 주장하는 것은 귀속시기를 조작하여 조세를 회피하려는 주장에 불과하다. 따라서 부동산임대업의 실질적 폐업일 이후에 비사업자의 지위에서 쟁점부동산을 공급한 것이며, 쟁점건물은 사업용 자산이 아닌 폐업 시 잔존재화에 해당하므로 임대인들에 대한 부가가치세 부과처분을 취소하여야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다.

4. 처분청 의견에 대한 청구인 항변

  • 가. 임대인들이 2020.07.08을 폐업일로 하여 2020.08.25 부가가치세 확정신고를 하고, 쟁점폐업일 이후에도 사업자의 지위에 있었다는 처분청 의견에 대하여 1) 부가가치세법 시행령 제7조 제1항 제3호 는 ‘실질적 폐업일’을 우선 적용하고, 불분명할 때만 예외적으로 ‘폐업신고서 접수일’을 적용하도록 규정하고 있다. 납세자가 법리 해석의 착오로 폐업일을 잘못 신고했다고 하더라도, 행정적 신고행위가 명백한 실질적 폐업일을 뒤집을 수 없으며, 세법의 판단기준은 납세자의 신고 행위가 아닌 객관적 실질이다.
  • 나. 임대인들이 2020.01.~12. 도로사용료에 대한 매입세금계산서를 수취한 것에 대하여

1. 도로사용료는 임대사업의 영위 여부와 관계 없이 해당 부동산의 ‘소유자’에게 부과되는 공과금이며, 쟁점폐업일 이후 쟁점부동산은 임대수익을 창출하는 ‘사업용 자산’이 아니라, 매각예정인 ‘비사업용 자산’으로 성격이 전환되었으므로, 2020년에 발생한 도로사용료는 임대수익을 얻기 위한 사업경비가 아니라, 폐업 후 남은 자산을 보유함에 따라 소유자로서 부담하는 유지관리비에 해당한다.

2. 2020.06.22 및 2020.07.08 수정세금계산서가 발급된 것은 금액을 확정하고 정산하는 ‘마무리’ 절차였음을 보여주는 것이고, 최종 작성일과 임대인들이 착오로 신고한 폐업일이 동일한 것은 행정처리를 그 날짜에 종결시킨 것일 뿐, 그날까지 사업을 계속하였다는 실질적 증거가 될 수 없다.

  • 다. 세금계산서 발급일 이후 조정이 성립된 것이라는 의견에 대하여

1. 조정조서는 판결문이 아니라, 당사자 간 합의내용을 공식적으로 기록한 문서로서, 조정기일에 당사자들의 합의에 따라 조정이 성립되며, 법원에서 성립된 합의내용을 조서에 기재하면 조정 절차가 마무리되는 것인바, 당사자간의 합의가 있었기 때문에 조정조서가 작성되는 것이다. 즉 조정조서는 조정성립의 결과물이지, 원인이 아니다.

2. 조정조서 제2항 “피고는 원고들에게 2019.09.30까지 1,095,146,800원(부가가치세 포함)을 지급하였음을 확인한다”는 내용은 2019.10.18에 새로운 지급 의무를 부여한 것이 아니라, 2019.09.30에 지급의무가 이행되었고, 모든 정산이 끝났다는 사실을 법원이 공식적으로 확인해 준 것이다. 즉 조정성립일(2019.10.18)은 과거에 완료된 사실(2019.09.30 정산 완료)을 법적으로 확정하고 분쟁을 종결시킨 날에 불과하다.

  • 라. 조정조서의 위약벌 조항을 들어 대가관계가 지속되었으며, 임차인이 퇴거하지 않았다는 의견에 대하여

1. 위약벌은 ’건물의 인도 불이행‘이라는 채무를 이행하지 않을 경우에 부과되는 벌칙, 즉 손해배상금의 성격으로 재화나 용역의 공급없이 받는 위약금이나 손해배상금은 부가가치세 과세대상이 아니다.

2. 위약벌 조항은 사업 관계를 지속하기 위한 것이 아니라, 완전히 종료된 사업 관계의 마지막 의무(건물명도)를 강제하기 위한 수단으로, 이 조항의 존재 자체가 이미 임대사업이라는 본질적인 용역의 공급관계가 종결된 것을 전제로 하는 것이다.

3. 처분청의 의견대로 법적 절차의 완료를 중시한다고 하더라도, 모든 분쟁이 법적으로 종결되고, 확정판결과 동일한 효력이 발생한 조정성립일(2019.10.18) 이후에는 어떠한 사업 활동도 하지 않았고, 쟁점부동산의 매매계약이 2019.10.30에 체결되었으므로 쟁점부동산의 양도는 ’폐업 후 자산 처분‘에 해당한다.

  • 마. 2020.

06. 합의서 내용을 통해 임대인들이 2020.06까지 사업을 계속한 것이라는 의견에 대하여

1. 해당 합의서는 새로운 임대수익을 창출하거나 사업관계를 지속하기 위한 계약이 아니라, 2019.09.30(쟁점폐업일)에 실질적으로 폐업한 사업의 법률관계를 최종적으로 마무리하기 위한 ’사후적 처리‘에 관한 합의로서, 폐업 후 남은 의무(건물 철거, 보증금 반환)를 이행하는 ’청산사무‘에 해당한다.

  • 바. 전기요금에 대한 매입세금계산서를 통해 전차인들이 퇴거 약정일 및 인도 약정일 이후에도 퇴거하지 않고 쟁점건물을 사용한 것을 알 수 있다는 처분청의 의견에 대하여 1) 전차인이 전기요금을 납부한 것은 임대인들의 사업활동과 법률적으로 완전히 무관한 제3자 간의 거래에 불과하다. 단지 해당 공간에 물리적으로 존재했다는 증거일 뿐, 청구인이 어떠한 경제적 이익을 얻었거나, 사업활동을 했다는 증거가 될 수 없고, 청구인은 해당 거래에 전혀 관여하지 않았다.

2. 전기요금의 납부는 사업의 계속이 아닌 전차인의 불법점유를 입증하는 증거일 뿐이며, 임대인들은 불법점유 상태를 해결하기 위해 명도소송을 제기하고 법원 조정을 통해 퇴거를 종용하는 등(2019.10.18) 사업관계를 종료하기 위해 적극적으로 노력하였다. (①임대차계약 종료1차 통보(2018.03), ②2차 통보(2018.10), ③명도소송(2019. 01), ④최종 대금정산(2019.09.30.), ⑤법원판결일(2019.10.18))

  • 사. 임차인의 물리적 점유상태나 소유권이전등기일과 같은 형식적인 기준만으로 폐업일을 판단하려는 처분청의 접근은 사건의 실질을 왜곡하는 결과를 초래하게 된다. 따라서 청구인의 사업은 ’토지 임대‘를 통한 수익창출 활동이 종료된 시점에 실질적으로 폐업한 것으로 보아야 한다.

5. 청구인 항변에 대한 처분청 의견

  • 가. 부동산 임대업의 실질적 폐업일은 임대차관계 사무의 종료일이다.

1. 임대인들과 임차인이 2020.06 체결한 ’임대차계약 종료 및 건물 철거에 관한 합의서‘ 제3조 임대차보증금의 반환 및 제한물권의 말소 조항에 따르면, 합의 이전까지 임대차보증금의 반환이 전혀 이루어지지 않았음을 확인할 수 있다. 청구인이 주장하는 쟁점폐업일 이후에도 임대차관계가 지속되었고, 소유권이전등기일에 비로소 최종적으로 임대차관계 사무가 종료되었으므로, 부동산임대업의 실질적 폐업일은 소유권이전등기일로 보아야 한다.

2. 임대인들은 당초 2020.07.08을 폐업일로 하여 2020.08.25 부가가치세 확정신고를 하였고, 2022.10.31 폐업일을 소유권이전등기일인 2020.07.09로 하여 폐업일 정정신청을 한 내역이 국세청 전산자료를 통해 확인된다.

  • 나. 도로 사용료 납부 및 관련 세금계산서 수취 및 신고 등의 행위는 임대인들의 건물유지 관리 행위이며 자산관리 활동에 해당하는 것으로, 임대사업의 증거라 할 수 있다.

1. 도로 사용료는 원칙적으로 공과금·사용료 성격의 행정수입으로 세금계산서를 발급하지 않지만, 부가가치세 과세대상 거래에 해당할 경우 세금계산서를 발급할 수 있다.

2. 청구인은 도로 사용료 관련 수정세금계산서 발급이 금액을 확정하고 정산하는 마무리 절차라고 주장하나, 청구인의 주장대로라면, 과세사업과 관련 없는 비용에 해당하므로 전액 취소하는 수정세금계산서를 발급하거나 당초 신고한 도로 사용료 관련 매입세액을 업무무관 매입세액으로 보아 불공제하는 수정신고를 하였어야 한다.

  • 다. 위약벌 조항의 명시는 조정성립 시점에 임차인의 퇴거가 이루어지지 않았음과 동시에 임대사업이라는 본질적인 용역 공급관계가 지속되고 있음을 보여주는 핵심 근거이다.

1. 쟁점건물 명도소송 조정조항에서의 위약벌은 쟁점건물에서 퇴거 및 인도의무 미이행 시 발생하는 것으로서 사업의 종료를 강제하는 수단이므로, 위약벌 조항은 임차인의 퇴거 및 인도의무 미이행의 증거이자, 임대사업이 지속된 것을 입증하는 증거로 보는 것이 타당하다.

  • 라. 부동산임대업의 실질적 폐업일을 임차인의 최종 퇴거 시점으로 보는 것은 다수의 대법원 판례 등을 통해 확립된 일관된 판단이며, 처분청은 청구인이 주장하는 쟁점폐업일 이후에도 임차인이 퇴거하지 않았음을 증명하는 증거자료를 제출하였다.

1. 전차인이 운영하던 예식장과 관련된 SNS 게시물 등을 통해 쟁점폐업일 이후에도 예식 진행, 공간 대여, 예약 상담 등 예식장업을 계속하여 영위한 것을 확인할 수 있으므로, 이를 통해 전차인이 단순히 쟁점건물을 물리적으로 점유한 것이 아니라 수익활동을 지속하였다는 사실이 명확하게 확인된다.

  • 마. 2020.

06. 합의서를 통해 임대인들이 합의서 작성 전까지 임대보증금을 반환하지 않았고, 미지급 차임 등 청구권리를 포기하지 않았다는 사실이 명확하게 확인되며, 이는 곧 부동산임대업이 실질적으로 종료되지 않았다는 것을 의미한다. 1) 부동산임대업은 임차인이 퇴거하고 임대인이 보증금을 반환하여야 비로소 그 건물에 대한 임대업이 실질적으로 종료된 것이므로 임대보증금 반환은 임대업 종료시점을 판단하는 중요한 지표이다.

2. 청구인의 주장대로 명도소송 조정 성립으로 모든 사업이 종료되었고 대가에 대한 청구권을 명시적으로 포기하였다고 본다면, 부동산임대업의 종료와 관련된 추가적인 합의가 필요하지 않았어야 함이 타당하다.

  • 바. 전차인이 쟁점건물에서 예식장을 운영한 사실만으로도 임대인이 임대사업을 영위하였다는 것을 부인할 수 없다.

1. 청구인의 주장대로 전차인의 예식장 운영이 임대인의 임대사업과 법률적으로 무관하다면, 청구인이 실질적 폐업의 근거로 제시하는 명도합의금 관련 세금계산서 또한 임대인이 임대사업과 무관한 사업자와 거래한 세금계산서로서, 청구인이 주장하는 경제적 실질의 종료와 전혀 관계없는 별도의 세금계산서로 보는 것이 타당하다.

2. 부동산임대업에 있어 사업의 계속성 판단을 위한 중요한 기준은 임대인이 아닌 임차인이 실제로 점유하면서 사용·이익을 얻고 있는지 여부이다. 전차인은 쟁점건물에서 쟁점폐업일 이후에도 예식장을 운영하면서 그에 따른 이익을 얻어왔으므로 쟁점건물을 단순히 물리적으로 점유한 것이 아니라 과세대상 사업활동을 지속한 것이다.

6. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 부동산임대업의 실질적 폐업일이 임대료 정산일이라고 주장하는 2019.09.30인지, 소유권이전등기일인 2020.07.29.인지 여부
  • 나. 관계 법령 1) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】

⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제8조제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. 4) 부가가치세법 제12조 【용역 공급의 특례】

① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

③ 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정된 사항 외에 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 6) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아있는 재화의 시가

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2021.12.8>

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 7) 부가가치세법 시행령 제7조 【폐업일의 기준】

① 법 제5조제3항에 따른 폐업일은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 합병으로 인한 소멸법인의 경우: 합병법인의 변경등기일 또는 설립등기일

2. 분할로 인하여 사업을 폐업하는 경우: 분할법인의 분할변경등기일(분할법인이 소멸하는 경우에는 분할신설법인의 설립등기일)

3. 제1호및제2호 외의 경우: 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조제1항에 따른 폐업신고서의 접수일 8) 부가가치세법 시행령 제28조 【구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기】

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에도 불구하고 사업자가 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 9) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

  • 다. 사실관계

1. (표1)처분청의 청구인에 대한 2020년 제2기 부가가치세 경정 주요 내용

2. (표2)임대인들과 임차인이 2007.05.05 작성한 쟁점토지 임대차계약서의 일부 내용

3. (표3)2018.03.12 임대인들이 임차인에게 발송한 ‘퇴거통고서’의 내용

4. 임대인들이 실질적인 폐업일로 주장하는 2019.

9. 30에 발급한 세금계산서를 통해 품목을 명도합의금으로 기재하여 발급한 것을 확인할 수 있다.

5. 임대인들이 매출세금계산서를 반영하여 2019. 2기 부가가치세를 신고한 내역을 보면, 신고서 상 폐업일이 기재되어 있지 않은 것을 확인할 수 있다.

6. (표4)임대인들이 전차인을 상대로 제기한 명도소송에 따른 조정조서 및 조정조항의 일부 내용

7. (표5)임대인들이 임차인에게 임대차계약 만료에 따른 건물 철거와 관련하여 2020.01 발송한 내용증명의 일부 내용

8. 2020.06 임대인들과 임차인이 작성한 임대차계약 종료 및 건물 철거에 관한 합의서의 내용을 통해 쟁점건물의 철거시점, 임대차보증금의 반환 및 철거공사 비용공제 등에 관하여 합의한 내용이 확인된다.

9. 임대인들은 2020.01~12 기간에 대한 도로사용료 납부 관련 수정매입세금계산서를 2020.07.08 수취하여 2020. 2기 부가가치세 신고 시 매입세액공제를 받고, 2020.07.08 폐업일로 기재한 사실이 세금계산서 및 부가가치세 신고서를 통해 확인된다.

10. 임대인들은 2020년 2기 부가가치세 확정신고 시 폐업일을 2020.07.08로 기재하였다가 2022.10.31 폐업일을 2020.07.29(쟁점부동산 소유권이전등기일)로 하여 정정신청을 한 사실이 국세청 전산자료를 통해 확인된다.

11. 쟁점건물의 전차인이 운영한 예식장 빌I가 2019.06.28부터 2020.06.28까지 한국전력공사로부터 수취한 매입세금계산서의 내역을 통해 명도소송 조정 조항에 기재된 쟁점건물의 인도일인 2020.02.29 이후에도 전차인이 쟁점건물에서 전기요금을 납부한 것으로 확인된다.

12. 전차인의 예식장 운영과 관련된 SNS 게시물의 발췌 내용을 통해 청구인이 주장하는 쟁점폐업일인 2019.09.30 이후 게시된 내용이 확인된다.

  • 라. 판단 1) 부가가치세법 제5조 제3항 에서는 ‘사업자가 폐업하는 경우의 과세기간은 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일부터 폐업일까지로 하고, 이 경우 폐업일의 기준은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제7조 제1항 제3호에서는 ‘사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날, 다만 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조제1항에 따른 폐업신고서의 접수일’을 폐업일로 규정하고 있다.

2. 부동산임대업의 경우 실제 폐업시점에 관하여 보면, 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상 등록, 신고 여부와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정되는 것으로서(대법원 1997.06.27 선고 96누16193 판결 등 참조), 부동산임대업에 있어서의 사실상 폐업시기는 각 임차인들이 임차보증금을 반환받고 당해 건물에서 모두 퇴거하거나 또는 당해 건물에 관하여 제3자 앞으로 소유권이전등기가 경료되는 등 임대차관계 사무의 종료시점이라고 봄이 상당하다(대법원 2003.01.

10. 선고 2002두8800, 1998.09.18. 선고 97누20625 판결 등 참조). 3) 부가가치세법 시행령 제21조 제1항 단서는 “폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다”고 규정하고 있는바, 위 단서규정의 입법취지 및 문맥에 비추어 볼 때, 위 규정 중 ‘폐업 전에 공급한’의 의미는 재화의 인도 또는 양도의 전부 또는 일부가 폐업 전에 이루어진 경우에만 한정되는 것이 아니라, 그와 같은 재화의 인도 또는 양도의 원인이 되는 행위, 즉 그 공급의 상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업 전에 발생한 경우에는 위 시행령 제21조 제1항 본문 각 호에 의하여 공급시기로 정해지는 시기가 폐업일 이후에 도래하더라도, 위 ‘폐업 전에 공급한’ 경우에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2006.01.13 선고 2005두10453 판결 등 참조).

4. 청구인은 2019.

09. 30 임차인의 무단점유에 따른 부당이득금을 수령하고, 명도합의금 명목으로 세금계산서를 발급한 이후 임차인들에게 더 이상 대가를 청구하지 않기로 하였으며, 전차인이 쟁점건물에서 퇴거하였으므로 쟁점폐업일(2019.

09. 30)을 실질적인 폐업일로 보아야 하며,

10. 30 쟁점부동산의 매매계약을 체결하여 계약상 원인이 쟁점폐업일 이후에 발생하였으므로 쟁점건물은 폐업 시 잔존재화에 해당한다는 주장이나,

① 2020. 06 임대인들과 임차인이 작성한 ‘임대차계약 종료 및 건물 철거에 관한 합의서’에 따르면 전차인이 2020.02.29까지 쟁점건물의 철거 및 인도의무를 이행하지 않을 경우 위약벌에 대한 돈을 지급하기로 합의하여 조정기일 전까지 임차보증금의 반환이 이루어지지 않았으며, 철거시점, 임차보증금 반환 및 철거공사 비용공제 등에 대한 합의 내용으로 보아 실질적인 임대차계약이 합의 이후에 종료된 것을 알 수 있는 점,

② 2020. 01 임대인들이 임차인에게 발송한 내용증명에 ‘명도소송 결과 전차인이 2020.

2. 29 쟁점건물에서 퇴거할 예정’이라고 기재되어 있는 것은 내용증명 발송일 이전까지 전차인이 쟁점건물에서 퇴거하지 않았다는 사실을 증명하는 것이므로 쟁점폐업일에 전차인이 퇴거하였다는 청구인의 주장은 사실과 달라 이를 신뢰하기 어려운 점,

③ 전기요금 납부 내역이나 SNS 게시글을 통해 전차인들이 쟁점건물에서 쟁점폐업일 이후에도 예식장을 계속하여 운영한 것으로 확인되는 점,

④ 2020.07.08 임대인들이 2020년 도로사용료에 대한 수정매입세금계산서를 수취하여 2020년 제2기 부가가치세 신고 시 매입세액공제를 받은 것으로 확인되는 점,

⑤ 당초 2020년 제2기 부가가치세 신고서에 폐업일을 2020.07.08로 기재하여 신고한 이후, 2022.10.31 폐업일을 쟁점부동산의 소유권이전등기일인 2020.07.08로 하여 정정신청을 한 사실이 국세청 전산자료를 통해 확인되는 점 등에 비추어 청구인이 주장하는 쟁점폐업일을 부동산임대업의 실질적인 폐업일로 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 부동산임대업의 실질적 폐업일을 소유권이전등기일로 보고, 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 청구인에게 2020년 제2기 부가가치세를 경정․고지한 당초 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

7. 결론

이 건 이의신청은 청구법인 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 따라 주문과 같이 결정한다.

[주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)