신성장․원천기술 연구개발비 해당 여부에 대한 전문기관의 사전적 판단은 규정 및 제도 마련 취지와 실질적인 제도의 운영 방법에 있어 전문기관의 사전적 판단은 필수 불가결한 요소임
신성장․원천기술 연구개발비 해당 여부에 대한 전문기관의 사전적 판단은 규정 및 제도 마련 취지와 실질적인 제도의 운영 방법에 있어 전문기관의 사전적 판단은 필수 불가결한 요소임
3.
경정청구를 하였다.
22. 청구법인에 경정청구 거부통지를 하였다.
8.
21. 이 건 이의신청을 하였다.
1. 청구법인은 기술인수계약서에 따라 A주식회사와 위탁 ․ 공동연구 개발을 통해 개량신약의 개발 중에 있어 A주식회사는 기업부설연구소를 설립하여 청구법인과 함께 위탁 ․ 공동연구개발을 진행해 왔다. 2) 청구법인과 A주식회사의 위탁 ․ 공동연구 개발에 따른 비용은 10,046,487,536원 이었으나, 2019 사업연도 법인세 신고 시 3상으로 자산화된 금액인 3,042,217,580원만을 세액공제 대상금액으로 산정하였고, 당기 비용으로 계상한 7,004,269,956원을 세액공제 대상금액에서 누락하였다. 3) 쟁점 신성장 연구개발비는 A주식회사 의 위탁연구개발비 중 과제코드 AD-12, AD-21 ~ AD-23, AD-26 ~ AD-2*9 총 8가지 과제와 관련된 것으로 이는 아래와 같이 조세 특례제한법 시행령 별표 7에 해당하는 신성장 ․ 원천 기술 개발에 대한 것이다. 과제코드
비고 AD-12 조세특례제한법 별표 7 혁신형 개량신약 라○○○○○○ + 콜○○○○○ AD-21 로○○○○ + 텔○○○○ 3제복합체 AD-22 아○○ + 암○○○ 3제복합제 AD-23 R○○○○ 서방정 AD-26 에○○○○○ + 탄○○○ AD-27 로○○○○ + 트○○○ 4제복합제 AD-28 저용량 ○○○○○○ 탈모치료제 AD-29 저용량 트○○
1.
에서 ‘세제지원대상 관련 이견 발생 시 이를 심의 하는 신성장동력산업 및 원천기술 연구개발 심의위원회 설치’라고 밝히고 있어 사전적 신성장 ․ 원천기술의 판단을 위함이 아닌 사후적 세제지원 대상 판단을 위한 것임을 확인할 수 있다. 3) 조세특례제한법 시행령 제9조 제14항 에 따라 지출한 비용이 연구 ․ 인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있도록 사전심사 제도를 마련한 것은
1. 1.부터 시행한 개정사항으로 경정청구 대상 연도인 2019 사업연도 해당 사항이 아니며, 이 또한 납세자의 선택 사항 이지, 강행규정이 아니다.
3.
17. 공동 제정한 ｢신성장동력·원천 기술 심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정｣에 의하면, 내국인이 지출한 연구 개발비 등이 신성장동력 ․ 원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 대한 심의를 위해 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 설치하여 위원회에서 신성장동력‧원천기술 인정 여부를 최종 심의(2018년부터 시행)하는 것으로 규정하고 있으며, 산업통상자원부가 2017.
9.
29. 고시한 ｢신성장동력·원천기술심의위원회 운영 세칙｣에 의하면, 연구개발비가 조세특례제한법 제10조 에 따른 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 대하여 질의를 하려는 자는 한국산업기술 진흥원에 신성장동력·원천기술 인정 신청서와 증빙서류를 첨부하여 신청하여야 하고, 한국산업기술진흥원장은 신청인의 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구 개발 비에 해당하는지를 조사한 의견서를 산업통상자원부에 송부하며, 산업통상 자원부 장관은 신성장동력·원천기술심의위원회의에서 의결한 결과를 신청인과 기획재정부 장관에게 통보하여야 한다고 규정하고 있는바, 신성장 ․ 원천기술 연구개발비 해당 여부에 대한 판단은 특수한 전문분야의 전문 지식을 필요로 하여 사실상 과세관청에서 수행이 불가하므로 위와 같이 각 부처의 기능을 통할할 수 있도록 규정과 제도를 마련하여 신성장 ․ 원천기술 연구개발에 적극 투자 하는 납세자에 대한 세제지원이라는 정책 목적을 달성 하고자 한 것이다. 청구법인은 법령상 이와 같은 규정이 강행규정으로 명시되어 있지 않으므로, 신성장 ․ 원천기술 연구개발비 해당 여부에 대한 전문기관의 사전적 판단은 필수요소가 아니라 주장하나, 규정 및 제도 마련 취지와 실질적인 제도의 운영 방법에 있어 전문 기관의 사전적 판단은 필수 불가결한 요소이다. 2) 조세특례제한법 시행령 제9조 제9항 에서는 동법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제 신청서, 연구및연력개발비명세서 및 연구 개발계획서 “등” 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 되어 있는바, 처분관서는 2025.
4.
신성장 ․ 원천기술 연구개발비 해당 여부를 확인 할 수 있는 증거서류로써 한국산업기술진흥원의 검토 결과서 및 관련 서류를 제출요구 하였으나 청구법인은 검토 결과서 및 관련서류를 제출하지 않았다. 3) 그러므로 신성장 ․ 원천기술 연구개발비 해당 여부가 확인되지 않는 청구법인의 경청정구를 거부한 처분관서의 처분은 잘못이 없다.
신성장 연구개발비를 일반 연구개발비로 경정을 청구할 경우, 경졍 여부에 대해 검토해야 할 사안이다. 청구법인이 쟁점 신성장 연구개발비를 일반 연구개발비로 경정청구 하지 않은 이상, 처분관서는 이와 관련하여 어떠한 작위 혹은 부작위 상태에 있지 않으므로 불복신청의 대상이 될 수 없다.
1. 제16009호로 개정된 것)
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액
1. 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30 2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]
3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력 개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
3. 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다) 해당 과세연도의 수입금액에서 일반 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력·원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 (2019.
12. 제29527호로 개정된 것)
① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구 개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당 하는 비용은 제외한다.
1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액 3-1) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구‧인력개발비에 대한 세액공제】 (2019.
12. 제29527호로 개정된 것)
① 법 제10조제1항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구 개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용
2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력·원천기술연구 개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매 시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용
⑨ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령 으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑩ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의5제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 산업 통상자원부장관 소속으로 신성장동력·원천기술심의위원회를 둘 수 있다.
⑪ 제10항에 따른 신성장동력·원천기술심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획 재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한다. 3-2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구‧인력개발비에 대한 세액공제】 (2020.
11. 제30390호로 개정된 것)
⑫ 내국인이 지출한 신성장·원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 별표 7에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의9제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 신성장·원천기술심의위원회를 둘 수 있다.
⑬ 제12항에 따른 신성장·원천기술심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한다.
⑭ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 제11항에 따른 신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 심사 방법 및 요청 절차 등에 필요한 사항은 국세청장이 정한다. <신설 2019.2.12, 2020.2.11> 4) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 (2019.
20. 제726호로 개정된 것)
⑥ 영 제9조제1항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 기관"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다. 다만, 제4호부터 제6호까지의 기관에 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무를 위탁하는 경우(영 별표 7의 제7호가목6)부터 8)까지의 규정에 따른 임상1상·2상·3상 시험과 같은 목 7)에 따른 임상2상 시험 및 희귀질환 관리법제2조제1호에 따른 희귀질환의 진단 및 치료를 위한 의약품 개발을 위하여 실시 하는 임상시험의 경우는 제외한다)에는 국내에 소재한 기관으로 한정한다.
1. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학
4. 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
5. 기업의 연구기관 또는 전담부서등(신성장동력·원천기술연구개발업무만을 수행 하는 전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)
6. 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법에 따른 연구개발 서비스업을 영위하는 기업 5) 조세특례제한법 시행령 [별표 6] < 2019.
2.
12. 개정 > 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)
1. 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외 한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용
2.
12. 개정 > 신성장동력‧원천기술 분야별 대상기술(제9조 제1항 관련) 구분 분야 대상기술
7. 바이오ㆍ헬스
• - 6,277,886 6,277,886
• 1,980,647 ＊ ＊ 신성장‧원천기술 연구개발비에 대한 세액공제는 1,980,647천원이나, 최저한세 적용으로 2019 사업 연도 법인세 공제대상은 1,193,027천원이며, 787,619천원은 이월공제 대상임 2) 청구법인은 위탁 ․공동연구개발사인 A주식회사에 지급한 위탁 ․ 공동 연구개발비가 연구개발비 세액 공제 대상이 되는 요건을 갖추고 있다는 주장의 근거로 A 주식회사가 한국산업기술진흥협회장으로부터 받은 아래 기업부설연구소 인정서를 제출하였다. < A주식회사의 기업부설연구소 인증서 > (그림 생략) 3) 청구법인은 위탁 ․ 공동연구개발사인 A주식회사에 지급한 위탁 ․ 공동 연구개발비가 연구개발비 세액공제 대상이 되는 요건을 갖추고 있다는 주장의 근거로 A 주식회사와 체결한 총 10가지 연구 과제 코드 AD-11 ~ AD-13, AD-21 ~ AD-23, AD-26 ~ AD-29에 대한 기술인수계약서를 제출하였다. < 연구 과제코드 AD-1 2 기술인수계약서 1page 발췌 > (그림 생략) 4) 청구법인은 위탁 ․ 공동연구개발사인 A주식회사에 지급한 위탁 ․ 공동 연구개발비가 연구개발비 세액공제 대상이 되는 요건을 갖추고 있다는 주장의 근거로 A 주식회사와 체결한 총 1 0가지 연구 과제 코드 AD-11 ~ AD-13, AD-21 ~ AD-23, AD-26 ~ AD-29에 대한 과제별 연구개발 보고서를 제출 하였다. < 연구 과제코드 AD-1 2 과제별 연구개발 보고서 1page 발췌 > (그림 생략) 5) 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한 ｢신성장동력·원천기술 심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정｣ 내용을 발췌하면 아래와 같다. [기획재정부령 제612호, 2017.
3. 17., 제정] [산업통상자원부령 제249호, 2017.
3. 17., 제정] 제1조 (위원회의 설치) 내국인이 지출한 연구개발비가 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 에 따른 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 같은 영 제22조의5제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 같은 영 제9조제11항에 따라 산업통상 자원부장관 소속으로 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둔다. 제2조(위원회의 구성): 내용 생략 제3조(위원장의 직무): 내용 생략 제4조(위원회의 개최)
① 위원장은 위원회의 회의를 소집하고, 그 의장이 된다.
② 회의는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 소집한다.
1. 내국인이 지출하는 연구개발비가 조세특례제한법 제10조 에 따른 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 대하여 해당 내국인의 질의가 있는 경우
조세특례제한법 제25조의5 에 따른 신성장기술의 사업화를 위한 시설에 해당되는지 여부에 대하여 해당 내국인의 질의가 있는 경우
③ 항∼⑤항: 내용 생략 제5조(관계 기관 등에 대한 협조 요청 등): 내용 생략 제6조(회의 결과의 통지) 산업통상자원부장관은 제4조제2항 각 호의 사항을 심의한 경우에는 즉시 그 내용을 기획재정부장관에게 통지하여야 한다. 6) 산업통상자원부장관이
29. 고시한 ｢신성장동력·원천기술심의위원회 운영 세칙｣ 내용을 발췌하면 아래와 같다.
내국인이 지출한 연구개발비, 시설투자 등이 신성장동력‧원천기술연구개발비, 신성장기술의 사업화를 위한 시설에 해당되는지 여부에 대한 심의를 주요 내용 으로 하는신성장동력‧ 원천기술심의위원회 설치 및 운영에 관한 규정이 제정됨에 따라, 심의위원회 운영에 필요한 사항 등 동 규정에서 위임된 사항과 그 시행을 위하여 필요한 사항을 정하려는 것임
9. 29.) 제1장 총칙 제2조(정의) 이 지침에서 사용되는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. “신성장동력‧원천기술”이란 조세특례제한법 시행령 [별표 7]에 따른 기술을 말한다.
6. “신성장동력․원천기술심의위원회”란 조세특례제한법 시행령 제9조제10항 및 규정에 따라 설치된 위원회를 말한다. 제2장 신성장동력‧원천기술심의위원회 제3조 (신성장동력‧원천기술심의위원회)
① 산업통상자원부장관은 규정에 따라 신성장동력‧ 원천기술심의위원회(이하 “심의위원회”라 한다)를 구성‧운영한다. 제4조(심의위원회 회의): 생략 제3장 전담기관 제5조(전담기관의 지정)
① 전담기관은 한국산업기술진흥원 으로 한다.
② 전담기관은 다음 각 호의 업무를 수행 한다.
3. 신성장동력‧원천기술 인정 신청서 접수 및 검토
6. 기타 신성장동력·원천기술 심의·인정 제도에 필요한 사항 제6조(신성장동력‧원천기술 심의사무국의 설치): 생략 제7조(사전조사단의 구성 및 운영): 생략 제4장 신성장동력‧원천기술 인정 절차 제8조(인정 신청 접수 및 처리기간)
① 규정 제4조제2항 각 호에 따른 질의를 하려는 자(이하 “신청인”이라 한다)는 전담기관의 심의사무국에 별지 제1호 및 제2호 서식의 신청서(이하 “신청서”라 한다)에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다. 이하 같다)를 첨부하여 제출하여야 한다.
1. 신성장동력‧원천기술 해당여부 확인에 필요한 다음 각 목의 서류
2. 기타 전담기관의 장이 신성장동력‧원천기술 인정을 위해 필요하다고 판단하여 요구한 자료
④ 산업통상자원부장관은 신청서를 접수한 날이 속하는 달의 말일부터 6월 이내 (이하 “처리 기간”이라 한다) 에 신성장동력‧원천기술 인정 여부를 결정하여야 한다. 다만, 제2항에 따라 신청서 및 첨부서류의 보완에 소요되는 기간은 처리기간에 산입하지 아니한다.
⑤ 전담기관의 장은 제출된 신청서 및 첨부서류를 신청인에게 반환하지 아니하며, 신청인의 동의 없이 신청서 및 첨부서류의 내용을 공개하여서는 아니 된다. 제9조(사전조사)
③ 전담기관의 장은 다음 각 호의 사항을 조사 한다.
조세특례제한법 제10조제1항제1호 에 따른 “신성장동력‧ 원천기술연구개발비”에 해당 여부의 판단에 필요한 사항
조세특례제한법 제25조의5제1항 에 따른 “사업화를 위한 시설에 대한 투자금액”에 해당 여부의 판단에 필요한 사항
3. 기타 신성장동력‧원천기술 인정 검토에 필요한 사항
④ 전담기관의 장은 제1항 및 제2항에 의한 사전조사의 내용을 기재한 별지 제6호 서식의 신성장동력‧원천기술 사전조사결과 종합의견서를 산업통상자원부장관에게 송부한다. 제10조(결과의 통보) 산업통상자원부장관은 심의위원회의 의결을 한 날로부터 15일 이내에 그 결과를 신청인과 기획재정부장관에게 통보하여야 한다. 6) 산업통상자원부 고시 제2017-142호에 따라 신성장동력·원천기술심의위원회 운영을 위해 전담 기관으로 지정된 한국산업기술진흥원은 2018년부터 조세특례제 한법 시행령 별표 7에서 규정한 기술 해당 여부 검토하고 있으며, 그 심의 절차는 아래 그림과 같다. (그림 생략)
3.
·원천 기술 심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정에 의하면, 내국인이 지출한 연구 개발비 등이 신성장동력 ․ 원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 대한 심의를 위해 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 설치하여 위원회에서 신성장동력‧원천기술 인정 여부를 최종 심의하는 것으로 규정하고 있고, 산업통상자원부가 2017.
9.
29. 고시한 신성장동력·원천기술심의위원회 운영 세칙에 의하면, 연구개발비가 조세특례제한법 제10조 에 따른 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 대하여 질의를 하려는 자는 한국산업기술 진흥원에 신성장동력·원천기술 인정 신청서와 증빙서류를 첨부하여 신청하여야 하며, 한국산업기술진흥원장은 신청인의 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발 비에 해당하는지를 조사한 의견서를 산업통상자원부에 송부하고, 산업통상 자원부 장관은 신성장동력·원천기술심의위원회의에서 의결한 결과를 신청인과 기획재정부 장관에게 통보하여야 한다고 규정하고 있는바, 신성장 ․ 원천기술 연구개발비 해당 여부에 대한 판단은 특수한 전문분야의 전문 지식을 필요로 하여 사실상 과세관청에서 수행이 불가하므로 위와 같이 각 부처의 기능을 통할할 수 있도록 규정과 제도를 마련하여 신성장 ․ 원천기술 연구개발에 적극 투자 하는 납세자에 대한 세제지원이라는 정책 목적을 달성 하고자 한 것인데, 청구법인은 법령상 이와 같은 규정이 강행규정으로 명시되어 있지 않으므로, 신성장 ․ 원천기술 연구 개발비 해당 여부에 대한 전문기관의 사전적 판단은 필수요소가 아니라 주장하나, 규정 및 제도 마련 취지와 실질적인 제도의 운영 방법에 있어 전문 기관의 사전적 판단은 필수 불가결한 요소이므로, 이와 같은 관련 법령 및 규정을 종합하여 고려할 때, 청구법인이 쟁점 신성장 연구개발비가 신성장 ․ 원천기술 연구개발비에 해당하는 것인지를 산업통상자원 부 장관 소속의 신성장동력 ․원천기술심의 위원회의 확인을 통해 입증하지 못함을 사유로 처분관서가 청구법인에게 한 본 건 경정청구 거부통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 2) (예비적 청구) 신성장 ․ 원천기술에 해당하지 않는다 하더라도 일반 연구 개발비에 해당하므로 경정청구 거부는 부당하다는 청구주장의 당부 청구법인은 쟁점 신성장 연구개발비가 신성장 ․ 원천기술 연구개발비에 해당하지 않는다 하더라도 일반 연구개발비에 해당하므로 경정청구 거부는 부당하다는 주장이나, 일반 연구 개발비 세액공제는 신성장 ․ 원천기술 연구개발비 세액공제 와 공제 요건 및 금액의 산정, 공제율 등이 전혀 다른 별개의 경정청구 대상이며, 처분관서는 청구 법인이
신성장 연구개발비를 일반 연구개발비로 경정을 청구할 경우 경정 여부에 대해 검토해야 할 사안으로 보이는바, 청구법인이 쟁점 신성장 연구개발비를 일반 연구개발비로 경정청구 하지 않은 이상, 처분관서는 이와 관련하여 일반 연구개발비 해당 여부에 대한 판단과 과세표준 및 세액의 경정의 의무가 있다거나, 해당 의무의 이행을 해태 하였다고 보기 어려우므로, 본 건 처분 관서가 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 이의신청은 청구인 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.
[주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다.