조세심판원 이의신청 법인세

장애인고용부담금이 법인세법상 손금산입대상에 해당하는지 여부

사건번호 이의-서울청-2025-0218 선고일 2025.10.02

장애인고용부담금은 장애인고용법 제33조에 따라 의무고용률에 못미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로서 이는 법인세법 제21조 제5호에 규정된 손금불산입대상 공과금에 해당하므로 법인세 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당함

주 문

이 건 이의신청은 기각합니다.

1. 사실관계 및 처분내용
  • 가. A주식회사 (이하 “청구법인”이라 한다)는

9.

23. F주식회사로 설립되어, 1983.

10.

20. G주식회사로 상호를 변경하고 합병기일 2016.

12. 29.로 하여 A주식회사를 흡수합병하고 2021.

3.

24. 상호를 A주식회사로 변경하였다.

  • 나. 청구법인은 2019 ~ 2023 사업연도 법인세 신고 시 장애인 고용촉진 및 직업재활법(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금 28억 5,979만원(이하 “쟁점 장애인고용부담금”이라 한다)을 손금불산입하여 신고하였다.
  • 다. 청구법인은 장애인고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 (이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 규정하는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 않는다는 판례(2023.

12.

5. 선고 2023누45325)를 근거로 2025.

3.

24. 쟁점 장애인고용부담금을 손금산입하고 멤버십 포인트를 판매부대비용으로 보아 손금산입하여 달라는 취지의 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

  • 라. B지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 기획재정부 유권해석에 따라 장애인고용부담금의 손금산입 경정청구를 거부하고 멤버십 포인트의 손금산입은 인용한다는 취지의 경정결의서(안)을 C세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 통보하였고, 처분청은 각 사업연도에 대한 환급세액 및 처리결과를 부분인용으로 하여 2025.

7.

7. 경정청구 처리결과 통지하였다.

  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.

7.

29. 이 건 이의신청을 하였다.

2. 청구법인 주장

쟁점 장애인고용부담금은 의무불이행에 대한 제재적 성격의 공과금으로 볼 수 없으므로, 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않는다.

  • 가. 장애인고용부담금의 법적 성격

1. 쟁점규정은 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금은 손금불산입 대상이라고 규정하고 있다. 2) 장애인고용법 제28조 에서 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수에 따라 대통령령으로 정하는 비율(이하“의무고용률”이라 한다) 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 하고, 같은법 제33조에서 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다고 규정하고 있다.

3. 헌법재판소는 장애인고용부담금에 대하여, “사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주 간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동갹출금”으로써, “고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화”하기 위한 목적의 부담금, 즉 “고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다”고 판시하였다(헌법재판소 2003. 7. 24. 선고 2001헌바96 전원재판부).

4. 즉, 장애인고용부담금은 장애인고용법상 의무고용률을 적용받지 않거나, 또는 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 지급되는 장애인고용장려금을 지급하기 위하여 설치된 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금의 주된 재원으로써, 의무불이행에 대한 제재로써 부과되는 공과금이라기보다 장애인 고용촉진이라는 공적 목표를 달성하기 위하여 사업자 간에 비용을 분담하기 위한 공과금으로 보는 것이 타당하다.

5. 더욱이 장애인고용법은 장애인고용부담금 관련 신고의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우에는 별도로 제재로서의 성격을 가진 과태료를 부과하도록 장애인고용법 제86조 제3항 제1호 로 규정하고 있으므로, 구조적 측면에서도 장애인고용부담금 그 자체를 장애인고용법에 따른 “제재로서 부과되는 부담금”으로 보기는 어렵다.

  • 나. 법인세법 제21조 의 개정 연혁

1. 종전 법인세법에서는 내국법인이 납부하는 공과금에 대하여 원칙적으로 손금불산입 대상으로 규정하는 한편 시행령에서 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금을 제한적으로 열거하였는데, 장애인고용부담금은 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금으로 열거되어 있었다.

2. 그러나 헌법재판소(헌법재판소 1997. 7. 16. 선고 96헌바36내지49 전원재판부)는 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띄는 것으로 법인세법상 손금산입됨이 원칙이라고 하여, 구 법인세법령이 손금불산입을 원칙으로 손금산입을 제한적 열거방식으로 규정한 것을 위헌으로 판결하였다.

3. 헌법재판소 판결 이후 손금불산입 대상 공과금의 범위를 현행 법령과 같은 방식의 법인세법 개정은 헌법재판소의 위헌 결정의 취지에 따라 법인세법상 공과금의 손금산입 범위가 더 넓어지는 방향으로 개정되었을 뿐, 과거에는 손금 산입 대상으로 인정되던 공과금(장애인고용부담금 등)을 더이상 손금 산입 대상으로 인정하지 않겠다는 취지로 개정된 것이 아니다. 따라서 장애인고용부담금이 손금산입 대상 공과금에 해당한다는 입법 취지는 현행 법인세법 하에서도 계속해서 유지되고 있다고 보아야 한다.

  • 다. 장애인고용부담금에 대한 법원의 관점

1. 최근 서울행정법원(서울행정법원 2023. 5. 2. 선고 2022구합65757) 판결에 따르면 청구법인의 경정청구와 동일한 쟁점에 대하여 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 아니하므로 손금에 산입되는 공과금이라고 판단하였으며, 서울고등법원(서울고등법원 2023.

12.

5. 선고 2023누45325) 또한 동일한 이유로 과세관청의 항소를 기각하였다.

2. 헌법재판소는 아래와 같은 사정 등을 고려할 때 장애인고용 촉진이라는 목적의 달성을 위하여 세법 해석을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입하는 방식으로 납세자에게 불리하게 해석하는 것은 바람직하지 않다고 판결하였다.

  • 가) 장애인고용부담금이 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하며,
  • 나) 장애인고용법상 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이에 대하여 형사처벌하는 등의 규정은 없고, 설령 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 경우에도 모든 사업주가 장애인고용부담금을 납부할 의무가 발생하는 것도 아니며,
  • 다) 장애인고용부담금은 장애인을 고용하는 사업주와 그렇지 않은 사업주 간의 경제적 부담을 평등하게 조정하기 위한 사업주의 공동갹출금으로서 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 성격을 가진다고 볼 수밖에 없으며,
  • 라) 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금이나 과태료의 경우 고의 또는 과실이라는 귀책 사유를 고려하여야 하지만, 장애인고용부담금은 그러한 사유를 고려하지 않고 일률적으로 부과되는 점 등
3. 조사청 의견
  • 가. 장애인고용부담금은법인세법상‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다.

1. 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하므로 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당한다.

2. 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 최저임금법상 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의‘중한 정도’에 따라‘가산’되어 있고, 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘부담기초액’은 최저임금법상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 장애인 고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있는 것을 보여주는 것이다.

3. 또한, 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 장애인고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있다(장애인고용법 제37조).

  • 나. 장애인고용부담금은 기획재정부 유권해석 및 장애인고용부담금 부과 목적 등을 통해 손금불산입 대상 공과금으로 보는 것이 타당하다.

1. 장애인고용부담금은 장애인고용법의 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무 이행을 강제하면서 그 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록 하고 있는 점

2. 기획재정부 또한 유권해석(기획재정부 법인세제과, 2018.

2. 21.) 을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면 장애인고용부담금을 법인세법 제21조 제5호 의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당한 점 장애인고용법 제33조 제1항 에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 법인세법 제21조 제5호 에 따른 공과금에 해당하는 것임. 다만, 동 예규는 회신일 이후 장애인고용부담금을 신고․납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임

3. 또한, 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과 문제가 예상되므로 당초 정책적 목적달성을 저해할 우려도 감안해야 하는 점

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 장애인 고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부
  • 나. 관계 법령 1) 법인세법 제21조 【세금과 공과금의 손금불산입】(2018.

12.

24. 법률 제16008호로 개정된 것) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금 2) 장애인 고용촉진 및 직업재활법 제1조 【목적】 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다. 3) 장애인 고용촉진 및 직업재활법 제28조 【사업주의 장애인 고용 의무】

① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 "의무고용률"이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다. 4) 장애인 고용촉진 및 직업재활법 제33조 【사업주의 부담금 납부 등】

① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

  • 다. 사실관계

1. 청구법인은 2019 ~ 2023 사업연도 장애인고용법 제33조 에 따라 납부한 쟁점 장애인고용부담금 28억 5,979만원을 손금불산입하여 법인세 신고하였다.

2. 처분청은 2025.

7.

7. 장애인고용부담금은 손금산입 거부결정하고 멤버쉽 포인트의 손금산입은 인용한다는 취지의 부분인용으로 경정청구 처리결과 통지하였다.

  • 라. 판단

1. 법인세법제21조 제5호에서는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다고 규정하고 있다.

2. 청구법인은 쟁점 장애인고용부담금이 손금산입 대상 공과금에 해당한다는 주장이나,

  • 가) 어떠한 공과금이 법인세법 제21조 제5호 (쟁점규정)에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라, 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언), 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바(서울고등법원 2020.

1.

31. 선고 2019누35635 판결, 같은 뜻임), 장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점

  • 나) 장애인 고용부담금은 장애인고용법 제33조 에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 쟁점규정에 해당하는 공과금으로 보이고, 기획재정부도 해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.

2. 21.)을 통하여 장애인 고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 따라서 처분청이 쟁점 장애인고용부담금을 법인세법 제21조 제5호 의 손금불산입 대상 공과금으로 보아 청구법인의 2019 ~2023 사업연도 법인세 경정청구를 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결 론

이 건 이의신청은 청구법인 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 따라 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)