추계로 결정한 소득금액에 대하여 재조사를 통하여 재결정함이 타당함

○○세무서장이 2025.

3.

4. 청구법인에게 한 2019년 사업연도 법인세 1,441,468,512원의 부과 처분은, 청구법인이 제시한 장부 및 증빙서류에 대한 사실관계 확인에 따른 실지조사 결정 방법으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

가. ㈜○○ 과 미래(이하 “청구법인” 이라 한다)는 2006.

5.

제공 서비스업 등을 영위하는 법인이다. 나.

○○세무서장 (이하 “처분청” 이라 한다)은 2024.10.28.부터 2024.12.19.기간 동안 청구법인에 대하여 2019 사업연도 법인세 정기조사를 실시하여 청구 법인의 과세표준과 세액을 계산하는데 있어서 필요한 장부 및 증빙서류 등 중요한 부분이 미비 또는 허위에 해당하는 것으로 보아 기준 경비율을 적용한 추계경정을 하여 2 019 사업연도 법인세 1,435,700,303원 (가산세 551,460,678원 포함)을 부과 한다는 내용 으로 세무조사 결과를 통지하였다. 다.

2.

과세전적부심사청구가 불채택 결정됨 에 따라 처분청은

3.

4. 청구법인에게 2019 사업연도 법인세 1,441,468,512원 (가산세 557,228,887원 포함)을 고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.

5.

기하였다.

청구법인은 세무조사 종결일 이후인 2024.12.19. 2019사업연도의 계정과목별·월별 지출 내역이 있는 회계자료 백업파일을 추가로 제출한 바 이 자료를 반영하여 실지조사에 의한 소득금액으로 경정하여 주기 바란다.

가. 청구법인이 세무조사 종결일 이후 제출한 회계자료와 관련하여 1) 처분청은 2024.10.28.부터 2024.12.19.까지 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 대표이사 조충열에게 회계자료(장부, 증빙서류 등) 제출을 아래 <표1>과 같이 총 3회에 걸쳐 요구하였고, 해명 기간을 보장하기 위해 세무조사 중지 신청을 받아들여 기한의 이익을 부여하였음에도 조사종결일까지 제출하지 않았다. <표1> 세무조사 진행 경과 일시 진행내용 비고 2024.10.28. 조사착수 조사기간개시 2024.11.04. 장부·서류 등 자료 제출 요구(1차) 1차 공문발송 (조사과-1018) 2024.11.06. 1차 조사중지 (2024.11.6.∼2024.11.17.) 청구법인의 조사중지 신청 2024.11.18. 조사재개 및 장부·서류 등 자료 제출 요구(2차) 2차 공문발송 (조사과-1064) 2024.11.19. 2차 조사중지 (2024. 11.19.∼2024.11.25.) 청구법인의 조사중지 신청 2024.11.26. 조사재개 2024.12.02. 장부·서류 등 자료 제출 요구(3차) 3차 공문발송 (조사과-1109) 2024.12.05. 조사기간 연장(2024.12.5.∼2024.12.19.) 2024.12.19. 조사종결 조사기간 만료 2) 세무조사 진행 과정 중 청구법인은 2024.11.27. 조사담당자의 국세청 메일로 회계자료 백업파일(SDB파일 1)) 접속 링크를 발송하였으나 열람이 불가하였고, 이에 조사담당자는 회계자료 백업파일을 엑셀파일로 변환하여 2024.11.29.까지 메일로 회신해달라고 요청하였으나 청구법인은 자료를 회신하지 않았다. 3) 처분청의 지속적인 자료제출 요구에도 불응하던 중 청구법인은 조사종결일인 2024.12.19. 21시 21분에 처분청 조사팀원의 국세청 기관메일로 회계자료 백업파일(SDB파일) 2) 접속 링크를 발송하고, 다음날인 2024.12.20. 오전 11시경 현 대표이사 조충열이 해당 백업파일이 저장된 외장메모리를 퀵서비스로 제출하였으나 도달한 시점에는 이미 조사 기간이 종결되어 결국 조사기간 내에 정상적인 장부 및 관련 증빙 등의 부속서류는 제출되지 않았다. 4) 청구법인이 제출한 자료는 세무조사 기간 내에 제출하지 않고 있다가 세무조사가 종료되고 제출한 회계처리 자료로서 그 신뢰성을 인정하기 어려우므로 청구법인이 세무조사 기간 이후 제출한 회계자료는 본 건을 심리함에 있어 배척하여야 한다. 5) 또한, 회사 장부의 구성은 회계처리 자료와 그 회계처리를 위한 증빙자료로 이루어지는데 청구법인이 세무조사 기간 이후 제출한 자료는 회계처리 자료 뿐으로서 이것만으로는 청구법인이 신고한 소득금액 등의 적정 여부를 검증하는 세무조사의 적법한 결과를 도출할 수 없으며, 장부의 구성요소 중 하나인 회계처리의 근거가 되는 증빙자료는 보유하지 않은 것으로 보여 완전한 장부를 보유하지 않은 것으로 판단되므로 법인세법 제66조 3항 에 따라 추계경정함이 타당하다.

• 나. 청구법인이 이의신청시 제시한 계정과목별·월별 지출내역과 관련하여 1) 법인이 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 법인세법 제116조 에 따라 증명서류를 수취하여 보관하여야 하며, 그 경비를 지출하였다는 사실을 입증할 금융거래내역 등을 제출하여야 한다. 2) 청구법인이 추가로 제시한 자료는 2019사업연도 월별 세부 지출내역에 불과하여 해당 비용을 언제, 어떠한 방식으로 지급하였는지, 누구의 소득으로 귀속되었는지 등 거래사실을 구체적으로 입증할만한 자료에 해당하지 않으므로 동 자료를 통해 청구법인이 당초 신고한 소득금액이 적정한지 여부를 검증하기 어렵다. 3) 법인세 과세처분 취소소송에 있어서 과세근거가 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2002두1588. 2004.09.23.).

• 가. 쟁점 청구법인이 제출한 회계자료를 반영하여 실지조사에 의한 소득금액으로 경정하여야 한다는 주장의 여부
• 나. 관련법령  국세기본법 제16조 【근거과세】

① 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. <개정 2020.6.9>

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. [전문개정 2010.1.1.]  법인세법 제66조 【결정 및 경정】 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. <개정 2013.6.7>

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 현황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우

• 가. 제117조 제1항에 따른 신용카드가맹점 가입 요건에 해당하는 법인이 정당한 사유 없이 여신전문금융업법에 따른 신용카드가맹점(법인만 해당한다. 이하 "신용카드가맹점"이라 한다)으로 가입하지 아니한 경우
• 나. 신용카드가맹점이 정당한 사유 없이 제117조 제2항을 위반하여 신용카드에 의한 거래를 거부하거나 신용카드 매출전표를 사실과 다르게 발급한 경우
• 다. 제117조의2 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 법인 및 부가가치세법 제46조 제4항 에 따라 현금영수증가맹점 가입 대상자로 지정받은 법인이 정당한 사유 없이 조세특례제한법 제126조의3 에 따른 현금영수증가맹점(이하 "현금영수증가맹점"이라 한다)으로 가입하지 아니한 경우
• 라. 현금영수증가맹점이 정당한 사유 없이 현금영수증 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.  법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】<개정 2011.6.3, 2019.2.12>

① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2011.6.3, 2019.2.12>

1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다. <개정 2001.12.31, 2003.12.30, 2005.2.19, 2009.2.4, 2013.2.15, 2014.2.21, 2019.2.12>

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액  법인세법 제112조 【장부의 비치·기장】 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만,비영리법인은 제4조제3항제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정한다.  법인세법 시행령 제155조 【복직부기에 의한 기장】 법 제112조에 규정하는 복식부기에 의한 기장은 법인의 재산과 자본의 변동을 빠짐없이 이중기록하여 계산하는 정규의 부기형식에 의하여 기장하는 것으로 한다.
• 다. 사실관계 1) 처분청은 청구법인의 2019 사업연도 법인세를 다음과 같이 추계 결정하였다. (단위: 백만원) 구 분 당초신고 결정 비고 수입금액 9,858 9,858 소득조정 익금 45 4,447 추계소득금액 4,402백만원 익금산입 및 대표자 상여 처분 손금 20 0 과세표준 199 4,620 산출세액 20 904 가산세 0 551 총부담세액 20 1,455 기납부세액 20 20 차감고지세액 0 1,435 2025.2.3. 소득금액 변동통지: 2019년 대표 백○○에게 4,402,034,378원 상여처분 2) 처분청은 아래와 같이 기준경비율(724000: 22.9%)를 적용하여 추계소득금액을 산정하였다. 수입 금액 (①) 주요경비(②) 기준경비(③) (①x적용률) 가산 항목 (④) 차감 항목 (⑤) 추계소득금액 (①-②-③+④-⑤) 소계 매입 비용 임차료 인건비 9,858 3,008 1,730 202 1,076 2,257 0 191 4,402 <기준경비율 계산 근거> (단위: 백만원)

• 매입비용 (1730백만원): 매입세금계산서 중 주요매입 (지급수수료는 제외)

• 임차료 (202백만원): 매입세금계산서 중 임차료 지급분

• 인건비 (1,076백만원): 근로소득 및 퇴직소득 지급명세서제출자료 합계 3) 처분청의 조사종결보고서 주요내용은 다음과 같다.

□ 조사선정사유

○ 전산성실도분석에 의한 정기조사 대상자 선정

• 조사대상 선정 후 ○○세무서→△△세무서→○○세무서로 세적변경 되면서 조사착수가 지연됨

□ 사업현황 등

○ 2006년 연세대학교 공학원에서 개업(당시대표: 백○○)

○ □□대학교 산학협력단과 협력 창업,

□□대학교 지분(400주, 091%) 보유

○ 주사업방식: 영업사원을 통한 방문판매 형태로 사원별 매출액의 50~60%를 영업수당으로 지급하는 방식

○ I-☆BC와 독학사 온라인 강의 사업을 진행하였던 사업자로서, 2019년 외형은 99억 이었으나 2023년에는 18억으로 감소

□ 회계자료 수집

○ 조사법인의 회계자료 보관 실태

• 회사가 자체기장하고 있어 대표에게 회계자료 요청하였으나, 회계담당 직원이 자료를 가지고 있으며, 급여 미정산 문제로 회사와 다툼이 있어 조사업체가 회계자료 제출에 시일이 걸릴 것으로 파악

• 장부가 있는 서버 로그인 자료를 제출했으나 이는 더존프로그램 유저만 열람가능해, 전산자료를 다운로드 후 재차 제출 요구

□ 수입금액 적정여부 등 확인 (단위:백만원) 합계 신용카드 등 계산서 세금계산서 9,484 8,920 523 41

□ 기타 손금사항 확인 등

○ 기타원가명세서 상 지급수수료는 4,343백만원이나, 사업소득 지급명세서 제출금액은 4,097백만원으로 확인 필요 *

□ 조사실적

○ 적출 내용: 추계경정

○ 추징 예상세액: 법인세 1,436백만원

○ 장부 및 주요 근거서류가 없는 것으로 보아 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호에 따라 추계경정(3회에 걸쳐 장부제출 요구하였으나 미제출) * 추계결정시 지급수수료(4,343백만원 또는 4,097백만원) 미반영: 금융으로 확인되지 않으며 주요경비에 해당하지 않아 추계결정에 영향없어 차액 확인 의미없음

4. 청구법인은 이의신청시 다음과 같이 월별 지출내역을 제출하였다. (단위:백만원) 5) 국세청 전산망에서 확인되는 2019년 부가세신고 매출내역은 다음과 같다. (단위: 백만원) 과세기간 매출액 매입액 납부세액 면세사업 수입금액 2019년 제1기 예정 22 623 2.2 2,347 2019년 제1기 확정 10 492 1.0 2,399 2019년 제2기 예정 6 428 0.6 1,982 2019년 제2기 확정 3 667 0.3 3,146 계 41 2,210 4.1 9,874

6. 2019 ~ 2023년 사업연도 법인세 신고내역은 다음과 같다. 사업연도 매출액 당기순손익 과세표준 산출세액 2019 9,858 173 199 20 2020 9,562 101 115 12 2021 12,655 137 162 16 2022 11,012 121 149 15 2023 1,785 -1,996 -2,004 0 (단위: 백만원)

7. 청구법인이 제출한 2019년 사업연도 손익계산서는 다음과 같다. 계 정 과 목 코드 금 액 계 정 과 목 코드 금 액 I.매출액 001 9,858,009,734 2.제품매출 005 552,794,751 가.국내제품매출 006 552,794,751 9.기타매출 024 9,305,214,983 가.온라인매출 025 9,305,214,983 Ⅱ.매출원가 035 7,079,686,385 (2)제조원가 042 401,882,304 1.기초재고액 043 2,258,652,130 2.당기총원가(명세별첨) 044 836,381,534 4.기말재고액 046 1,868,564,360 5.타계정대체액 047 824,587,000 (8)기타매출원가 061 6,677,804,081 2.당기총원가(명세별첨) 063 6,677,804,081 Ⅲ.매출총손익 066 2,778,323,349 Ⅳ.판매비와관리비 067 2,451,259,359 1.급여 068 439,434,015 나.직원급여 070 439,434,015 2.퇴직급여 074 22,124,210 다.퇴직급여충당부채전입액 077 22,124,210 3.보험료 078 24,867,160 4.복리후생비 079 108,473,610 5.여비교통비 080 15,769,375 6.임차료 081 220,191,310 다.기타임차료(리스료 포함) 084 220,191,310 7.접대비 085 4,093,360 8.유형자산감가상각비 086 221,072,319 9.무형자산상각비 087 2,005,333 나.기타무형자산상각비 089 2,005,333 10.세금과공과 090 50,382,010 11.광고선전비(판매촉진비 포함) 091 662,509,133 13.차량유지비(유류비 포함) 093 16,723,899 15.경상개발비 095 32,480,420 20.지급수수료 104 497,619,137 가.국내지급수수료 105 497,619,137 22.소모품비 108 7,237,228 23.통신비 109 21,944,390 24.운반비 110 3,865,620 28.수도광열비(전기료 제외) 114 88,650 30.인쇄비 116 1,152,410 31.교육훈련비 117 99,225,770 Ⅴ.영업손익 129 327,063,990 Ⅵ.영업외수익 130 4,192,734 1.이자수익 131 212,865 28.기타잡이익 174 3,979,869 Ⅶ.영업외비용 179 136,052,243 1.이자비용 180 113,031,360 15.기부금 206 3,150,000

8. 주요경비에 대하여 이의신청시 제출한 회계자료와 손익계산서, 국세청전산망 자료를 비교하면 다음과 같다. 계정과목 회계자료 (이의신청시) 손익계산서 (법인세신고시) 주요경비 (추계 결정시) 지급조서,세금계산서 (NTIS신고금액) 매입비용 1,016 7,079 1,730 2,210 임차료 254 220 202 202 인건비 1,254 461 1,076 1,076 지급수수료 1,560 497

• 4,097 광고선전비 391 662

• (단위:백만원)

9. 2025. 2월 과세전적부심사청구 중 청구법인은 수수료 정산자료를 제출하였다.

• 라. 판 단 법인세법 제19조 제2항 은 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련 된 것을 손비로 규정하고 있고, 법인세법 제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제10 4조 제1항 제1호에서는 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙 서류가 없거나 그 중요 한 부분이 미비 또는 허위인 경우에는 소득금액을 추계할 수 있다고 규정하고 있다. 처분청은 청구법인의 신고내용이 적정한지를 조사하기 위하여 관련 장부 및 증빙자료를 수차례 제출요구하였음에도 청구법인의 불응으로 실지조사가 불가 하였던 바, 청구법인이 조사기간내 관련자료를 정상 제출하였다면 사업과 직접 관련된 비용을 손비로 인정하는 등 실지조사가 가능하였을 것으로 보인다. 쟁점 법인세 결정은 실지장부를 제때 제출하지 않음에 따른 추계결정으로, 매출액 (9,874백 만원)의 44.6%에 달하는 과중한 추계소득 금액 및 상여처분 소득금액 (4,402백만원)이 발생하였고, 비록 조사종결일 이후이지만 관련 회 계자료가 제출되어 현재 처분청 에서 보관 중인 점, 2019년 사업연도 법인세 결정으로서 부과제척기간이 만료되긴 하였으나 이의신청 결정에서 재조사 결정이 있는 경우 결정일 로부터 1년이내에 경정결정이 가능한 점(법규과-970. 2009.7.16.)등을 종합해 볼때, 이건 법인세 과세처분은 재조사를 통하여 경정결정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 이의신청은 신청인 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 따라 주문과 같이 결정한다. 1) 더존의 Smart A 프로그램(회계 및 세무 관리 소프트웨어)에서 사용되는 데이터 백업 파일 형식 2) 계정별원장, 결산서 자료로서 조사팀에서 보관중임