매입처의 하청업체로부터 입금받은 금액의 사유를 입증하지 못하므로, 매입처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 처분은 정당함

[ 세 목 ] 부가 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 이의-서울청-2023-0271(2023.12.08) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 매입처의 하청업체로부터 입금받은 금액의 사유를 입증하지 못하므로, 매입처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 처분은 정당함 [ 요 지 ] 신청법인이 투자받은 사실을 입증할 투자약정서 등 관련 증빙이 제출하지 않았고, 하청업체가 지급받은 금액을 당일 또는 수일 내에 신청법인 대표자 또는 가족 등에게 입금한 점 등에 비추어, 신청법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨 [ 결정내용 ] [주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다. [

] 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 법인세법 제19조 【손금의 범위】

• 가. ○○컴퍼니㈜(대표이사 구○○, 이하 “신청법인”이라 한다)은 20○○ 개업하여 ○○ ○○구 소재에서 부동산개발업을 영위하는 법인이고, 임☆☆는 20○○.○○.○○∼20○○.○○.○○ 기간동안 신청법인의 대표이사를 역임하였다.
• 나. 신청법인은 근린생활 분양사업을 진행하면서, ㈜□□디앤씨와 20○○.○○.○○ 분양대행용역계약을 체결하고, 20○○년 제○기 과세기간에 4차례에 걸쳐 공급가액 ○○억원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고, 수취한 당일 또는 다음날에 매입대금을 전액 지급하였다.
• 다. ㈜□□디앤씨는 20○○년 제○기 과세기간 동안 주식회사 제○○, 주식회사 홀○○, 주식회사 여○○(이하 “㈜제○○”, “㈜홀○○”, “㈜여○○”이라 하고, 3개 업체를 “쟁점하청업체”라 한다)으로부터 5차례에 걸쳐 공급가액 ○○억원의 세금계산서를 수취하고, 수취한 당일 또는 다음날에 매입대금을 전액 지급하였다.
• 라. ○○지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)은 20○○.○○.○○부터 20○○.

○○.○○까지 신청법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점하청업체가 20○○년 제○기 과세기간에 신청법인 대표이사인 임☆☆에게 직접 또는 임☆☆의 가족 등을 거쳐 총 ○○억원(이하 “쟁점입금액”이라 한다)을 입급한 사실을 확인하고, 쟁점매입세금계산서 중 공급가액 ○○억원(㈜□□디앤씨가 쟁점하청업체로부터 발급받은 세금계산서의 공급가액으로, 이하 “쟁점공급가액”이라 한다)을 실제 공급받은 분양대행용역보다 과다하게 수취한 것으로 보아,

○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 쟁점공급가액을 매입세액 불공제 및 손금불산입하고 ○○억원(쟁점공급가액+부가가치세)을 임☆☆에게 상여로 소득처분하는 20○○년 제○기 부가가치세, 20○○ 사업연도 법인세 결정결의(안)을 통보하였으며, 처분청은 20○○.○○.○○ 20○○년 제○기 부가가치세 ○○억원, 20○○ 사업연도 법인세 ○○억원을 결정·고지 및 소득금액변동통지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.

• 마. 신청법인은 이에 불복하여 20○○.○○.○○ 이 건 이의신청을 하였다.

• 가. 처분청은 신청법인이 ㈜□□디앤씨에게 지급한 분양대행수수료를 쟁점하청업체를 통해 돌려받은 것으로 판단하였으나, 신청법인은 ㈜□□디앤씨로부터 분양대행용역을 제공받았고, 쟁점하청업체가 신청법인의 전 대표이사 임☆☆에게 입금한 쟁점입금액은 신청법인이 쟁점하청업체로부터 투자를 받은 것이다.
• 나. 신청법인은 투자약정서를 제출하려고 하였으나 분실하여 제출할 수 없어, 쟁점하청업체로부터 확인서를 받아 제출하려고 하였으나 쟁점하청업체의 대표자가 잠적하여 제출하지 못하였다.

• 가. 신청법인은 ㈜□□디앤씨로부터 실제 공급받은 분양대행용역보다 과다하게 매입세금계산서를 수취하였다.

1. 쟁점매입세금계산서 중 20○○.○○.○○ 공급가액 ○○억원 세금계산서

• 가) 신청법인은 20○○.○○.○○ ㈜□□디앤씨에게 ○○억원 송금하였고, ㈜□□디앤씨는 20○○.○○.○○ ㈜제○○로부터 공급가액 ○○억원의 세금계산서를 수취하고 ○○억원을 송금하였으며, 20○○.○○.○○ ㈜여○○으로부터 공급가액 ○○억원의 세금계산서를 수취하고 ○○억원을 송금하였다.
• 나) ㈜□□디앤씨가 대금을 지급한 날에, ㈜제○○는 임☆☆ 계좌로 ○○억원을 송금하였고, ㈜여○○은 임☆☆ 계좌로 ○○억원을 송금하고 임○○(임☆☆의 동생, 임☆☆ 이전 신청법인의 대표이사)에게 ○○억원을 수표로 입금하였다.
• 다) 따라서 쟁점매입세금계산서 중 ㈜제○○, ㈜여○○이 ㈜□□디앤씨에게 발행한 세금계산서 공급가액 ○○억원 상당이 가공거래로 확인된다.

2. 쟁점매입세금계산서 중 20○○.○○.○○ 공급가액 ○○억원 세금계산서

• 가) 신청법인은 20○○.○○.○○. ㈜□□디앤씨에게 ○○억원을 송금하였고, ㈜□□디앤씨는 20○○.○○.○○ ㈜홀○○으로부터 공급가액 ○○억원의 세금계산서를 수취하고 ○○억원을 송금하였다.
• 나) ㈜□□디앤씨가 대금을 지급한 날에, ㈜홀○○은 임☆☆, 임○○, 이○○(임☆☆의 배우자)에게 각 ○○억원씩 총 ○○억원을 수표로 입금하였다.
• 다) 따라서 쟁점매입세금계산서 중 ㈜홀○○이 ㈜□□디앤씨에게 발행한 세금계산서 공급가액 ○○억원 상당이 가공거래로 확인된다.

3. 쟁점매입세금계산서 중 20○○.○○.○○ 공급가액 ○○억원 세금계산서

• 가) 신청법인은 20○○.○○.○○ ㈜□□디앤씨에게 ○○억원 송금하였고, ㈜□□디앤씨는 20○○.○○.○○ ㈜제○○로부터 공급가액 ○○억원의 세금계산서, ㈜홀○○으로부터 공급가액 ○○억원의 세금계산서를 수취하고, 20○○.○○.○○ ㈜제○○에게 ○○억원, ㈜홀○○에게 ○○억원을 송금하였다.
• 나) ㈜□□디앤씨가 대금을 지급한 다음 날인 20○○.○○.○○, ㈜제○○와 ㈜홀○○은 각각 ○○억원, ○○억원을 수표로 출금하여 임☆☆와 권○○ 등 5명에게 각 ○○억원씩 총 ○○억원을 수표로 입금하였다.
• 다) 따라서 쟁점매입세금계산서 중 ㈜제○○, ㈜홀○○이 ㈜□□디앤씨에게 발행한 세금계산서 공급가액 ○○억원 상당이 가공거래로 확인된다.
• 나. 쟁점입금액은 쟁점하청업체가 신청법인에게 투자한 것으로 볼 수 없다.

1. 쟁점하청업체는 분양대행업을 영위한 이력이 없고, 국세를 체납한 자료상으로 확정된 업체로 쟁점입금액을 장부상 투자자산으로 계상하지 않았다.

2. 앞서 설명한 바와 같이 쟁점하청업체는 ㈜□□디앤씨로부터 대금을 지급받은 당일 또는 수일 내에 임☆☆에게 직접 입금하거나 수표로 출금하여 임☆☆의 관련인을 우회하여 임☆☆에게 입금하였고, 신청법인은 조사기간동안 투자계약서를 제출하지 않고, 임☆☆는 조사관서의 출석에도 응하지 않으며 심문조서 작성에도 협조하지 않은 점 등으로 보아, 신청법인이 분양매출에 대한 세금을 줄일 목적으로 거래질서를 문란케 하는 사실과 다른 세금계산서를 수취하고, 지급한 대금을 회수한 한 것이 분명하다.

• 가. 쟁점 매입처의 하청업체로부터 투자금을 지급받은 것으로, 매입처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하지 아니하였다는 주장의 당부
• 나. 관계 법령

○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계

1. 신청법인의 20○○년 제○기 과세기간 부가가치세, 20○○ 사업연도 법인세 신고 및 경정 내역은 아래와 같다.

2. 신청법인과 ㈜□□디앤씨 간에 20○○.○○.○○ 작성된 분양대행용역계약서는 아래와 같다.

3. 국세청 전산자료에 의하여 확인되는, 신청법인의 20○○ 사업연도 주주현황은 아래와 같다.

4. 국세청 전산자료에 의하여 확인되는, ㈜□□디앤씨와 쟁점하청업체의 사업자등록내역은 아래와 같다.

5. 쟁점하청업체가 ㈜□□디앤씨에게 발급한 전자세금계산서 내역은 아래와 같다.

6. 조사관서가 금융거래 조회하여 확인한, 신청법인이 ㈜□□디앤씨에게 매입대금을 지급한 내역, ㈜□□디앤씨가 쟁점하청업체에게 매입대금을 지급한 내역, 쟁점하청업체가 임☆☆에게 직접 또는 가족 등을 거쳐 쟁점입금액을 지급(계좌이체 또는 수표로 출금하여 입금)한 내역은 아래와 같고, 신청법인도 쟁점입금액이 임☆☆에게 지급된 사실에 대하여 다툼이 없다.

7. 심리담당자가 신청법인의 대리인에게 쟁점입금액에 대한 회계처리 내역을 문의한 바, 대리인은 회계처리 하지 않았다고 답변하였고, 쟁점하청업체는 20○○ 사업연도 법인세 무신고하여 쟁점입금액과 관련된 회계처리 내역이 확인되지 않는다.

• 라. 판단

1. 신청법인은 쟁점하청업체로부터 쟁점입금액을 투자받은 것으로, ㈜□□디앤씨로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하지 아니하였다는 의견이나,

① 신청법인이 쟁점입금액을 투자받은 사실을 입증할 투자약정서 등 관련 증빙이 전혀 제출되지 않았고, 쟁점입금액에 대한 회계처리도 이루어지지 않은 점,

② 쟁점하청업체가 ㈜□□디앤씨로부터 대금을 입금받은 당일 또는 수일 내에 임☆☆에게 직접 또는 임☆☆의 가족 등에게 현금이나 수표로 입금하였고, 임☆☆의 가족 등이 임☆☆에게 수일 내에 다시 입금한 점,

③ 쟁점하청업체가 신청법인에게 투자하면서, 신청법인 명의 계좌가 아닌 대표이사인 임☆☆에게 자금을 입금하고, 더욱이 임☆☆ 가족 등에게 투자금을 입금하였다는 주장은 사회통념상 납득하기 어려운 점 등으로 보아 신청법인의 주장을 받아 들이기 어렵다.

2. 따라서 처분청에서 신청법인에게 20○○년 제○기 과세기간 부가가치세, 20○○ 사업연도 법인세를 과세(소득처분 포함)한 당초 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 신청인 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 따라 주문과 같이 결정한다.