신성장동력·원천기술인지에 대하여 한국산업기술진흥원으로부터 확인받은 증빙이 없어 해당연구개발비 세액공제 경정청구를 거부한 처분의 당부

이 유

• 가. ○○약품㈜(이하 “신청법인” 이라 한다)는 20☆☆. ☆. ☆☆. 20☆☆사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법 제10조 제1항에 따라 일반연구·인력개발비 ○○백만원에 대한 세액공제 ○○백만원을 법인세에서 공제하여 신고한 후, 20○○.

○.

○○. 일반연구·인력개발비로 신고한 ○○백만원 중 ○○백만원(이하 “쟁점연구개발비” 라 한다)은 신성장동력·원천기술연구개발비로서 세액공제 ○○백만원을 추가 공제해야 한다며 법인세 경정청구를 하였다.

• 나. ○○세무서장(이하 “처분청” 이라 한다)은 신청법인의 경정청구 검토결과, 신청법인이 쟁점연구개발비에 대하여 한국산업기술진흥원으로부터 신성장동력·원천기술인지를 확인받은 검토결과서 등을 미제출 하였다며, 20

○○.

○○.

○○. “거부” 통지를 하였다.

• 다. 신청법인은 이에 불복하여 20

○○.

○.

○○. 이 건 이의신청을 하였다.

• 가. 사실관계 1) 신청법인은

○○○○.

○.

○○.에 설립하여 의약품 제조 및 판매를 주요사업으로 하고 있으며, 본사는

○○

○○ 에 소재하고 있고 공장은

○○ 에 두고 있다. 2) 신청법인은

○○ 사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 의 “신성장·원천기술연구개발비”에 해당하는 쟁점연구개발비를 “일반연구·인력개발비”로 신고하였으며, “일반연구·인력개발비 세액공제”로

○○백만원을 법인세에서 공제받았다. 3) 이후 신청법인은 신성장·원천기술연구개발비에 해당하는 쟁점연구개발비는 신성장·원천기술연구개발비의 공제율을 적용받아야 함에도 불구하고 일반연구·인력개발비의 공제율을 적용받음으로써 20

○○사 업연도의 법인세를 과다 납부하였다는 점을 인지하고, 20

○○.

○.

○○. 과다신고·납부한 20

○○ 사업연도 법인세의 경정을 청구하였다(아래 [표1]의 ① 세액공제 증가금액 참조). [표1] 20

○○ 사업연도 연구·인력개발비 세액공제 경정청구 내역 (단위: 원) 구분 20

○○ 년 합계 신성장 R&D ⓐ 신성장 R&D 전환 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓑ 세액공제율(주1) 30.00% 세액공제 증가 금액 (A)=ⓐ×ⓑ ☆☆☆ ☆☆☆ 일반 R&D ⓐ 기신청금액 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓑ 신성장 R&D 전환 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓒ 합계 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓓ 세액공제율 8.00% ⓔ 세액공제 금액 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓕ 기신청 세액공제액 ☆☆☆ ☆☆☆ 세액공제 증가 금액 (B)=ⓔ-ⓕ ☆☆☆ ☆☆☆

① 세액공제 증가금액 (C)=(A)+(B) ☆☆☆ ☆☆☆ 4) 처분청은 20

○○.

○.

○○. 신청법인의 신성장원천기술연구개발비 관련하여 한국산업기술진흥원의 검토결과서 미제출 등의 사유로 신청법인의 경정청구를 거부하였다.

• 나. 구) 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 제2호, 같은 법 시행규칙 제7조 제6항 규정과 입법취지를 종합적으로 고려할 때, 신청법인이 20

○○ 사업연도에 지출한 쟁점연구개발비는 신성장·원천기술연구개발비에 해당한다. 1) 조세특례제한법 시행령(20

○○.

○○

○○. 대통령령 제

○○ 호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제9조 제1항 제2호는 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장·원천기술연구개발업무를 위탁함에 따른 비용은 위탁 및 공동연구개발비로 보고 있고, 조세특례제한법 시행규칙(20

○○.

○○.

○○. 기획재정부령 제

○○ 호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제7조 제6항 제4호부터 제6호까지의 기관에 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무를 위탁하는 경우에는 국내 소재 기관으로 한정하고 있으나, 영 별표7의 제7호 가목 6)에 따른 임상1상 시험과 같은 목 7)에 따른 임상2상 시험은 제외하고 있다. 2) 동 규정은 신성장동력·원천기술 위탁·공동연구개발을 지원하고,

○○ 에 대한 임상1상 시험과 임상2상 시험의 위탁연구개발은 국내뿐만 아니라 국외기관까지 포함하여,

○○ 기업의

○○ 연구개발 투자활성화를 통한 국제경쟁력을 확보하기 위함이다. 3) 신청법인이 수행하는 연구과제는

○○ 개발을 위해 국외기관에 위탁한 임상시험비용으로, 이는 연구·인력개발비 중 미래 유망성 및 산업 경쟁력 등을 고려하여 지원할 필요성이 있다고 인정되는 기술로서 조세특례제한법 시행령 별표 7에 따른 신성장·원천기술에 해당한다.

• 다. 조세특례제한법 시행령 제9조 제10항 및 제11항을 고려할 때, 신성장동력·원천기술심의위원회의 심의결과 미제출의 사유는 거부처분의 사유에 해당하지 않는다. 1) 조세특례제한법 시행령 제9조 제10항 및 제11항은 ‘지출한 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부’에 관한 사항을 심의하기 위하여 산업통상자원부장관 소속으로 신성장동력·원천기술심의위원회를 둘 수 있음을 규정하였다. 2) 신청법인은 신성장 기술을 인정받기 위하여 신성장 동력·원천기술심의위원회에 관련 서류를 제출하였고, 기술판단에 상당한 시간이 소요되므로 심의결과 미제출 사유는 거부처분의 사유에 해당하지 않는다.

1) 신청법인은 20

○○ 사업연도 법인세 신고시 쟁점연구개발비를 일반연구·인력개발비로 신고하여 이에 대한 경정청구를 접수하였고, 쟁점연구개발비에 대하여는 국세청이 발간한 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인(아래 [표])에 명시한바와 같이 경정청구 신청일 전까지 한국산업기술진흥원(KIAT)에서 발급한 신성장원천기술에 대한 검토결과서를 제출하여야 한다. [표] 신성장·원천기술 연구인력개발 비 세액공제 기술여부 판단 2) 신청법인이 신성장·원천기술로 주장하는 연구과제명 및 기술명은 아래와 같고, 조세특례제한법 시행령 별표7 에 명시하고 있는 시각적으로 확인 불가능한 전문적인 기술로 이에 대한 기술 해당 여부 판단은 한국산업기술진흥원(KIAT)이 하게 되어 있다.

• 아 래 - 연번 연구과제명 기술명(신성장·원천기술) 별표 7 1 ☆☆ ☆☆☆☆ 7-가-4) 2 ☆☆ ☆☆☆☆ 7-가-5) 3 ☆☆ ☆☆☆☆ 7-가-7) 3) 처분청은 20

○○.

○○.

○○. 쟁점연구개발비 관련하여 한국산업기술진흥원(KIAT) 검토결과서 및 관련서류를 제출요구 하였으나 신청법인은 검토결과서 및 관련서류를 제출하지 않았고, 본 건 이의신청일 20

○○.

○○.

○○. 현재도 한국산업기술진흥원에 관련서류를 제출하지 않았다. 4) 이에 신청법인은 신청일 현재 쟁점연구개발비에 대한 한국산업기술진흥원(KIAT)에 신성장·원천기술에 대한 기술검토 의뢰를 하지 않았을 뿐만 아니라 관련서류도 미제출하여 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

• 가. 신청법인의 신성장·원천기술 관련 연구개발비에 대해 한국산업기술진흥원(KIAT)의 검토결과서 및 관련서류 미제출의 사유로 경정청구를 거부한 처분은 타당하다는 의견에 대하여 1) 조세특례제한법 시행령 제9조 제10항 및 제11항은 지출한 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 관한 사항을 심의하기 위하여 산업통상자원부장관 소속으로 신성장동력·원천기술심의위원회를 둘 수 있음을 규정하였고, 동 규정은 신청법인이 지출한 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당하는지 여부를 심의하기 위한 임의규정일 뿐, 신성장동력·원천기술심의위원회의 결과에 따라 신청법인이 지출한 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부를 판단하는 규정이 아니다. 2) 신청법인이 지출한 연구개발비는 ★★★★ ★★★★의 ★★기술개발 ★★개발지원 과제이며, 기술심의를 위하여 상당한 시간이 소요되므로 심의결과 미제출의 사유로 이루어진 처분청의 거부처분은 부당하다고 할 것이다.

• 가. 쟁점 신성장동력·원천기술인지에 대하여 한국산업기술진흥원으로부터 확인받은 증빙이 없어 해당연구개발비 세액공제 경정청구를 거부한 처분의 당부 1) 조세특례제한법 (20

○○.

○○.

○○. 법률 제

○○ 호로 개정된 것) 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 20

○○ 년

○○ 월

○○ 일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 다음 각 목의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

• 가. 중소기업의 경우: 100분의 30
• 나. 중소기업에 해당하지 아니하는 경우: 다음의 계산식에 따른 비율(100분의 30을 한도로 한다) 100분의 20 + (해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율 × 대통령령으로 정하는 일정배수)

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 30[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50]에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가)∼나): 생략

3. 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

④ 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 (20

○○.

○○.

○○. 대통령령 제

○○ 호로 개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

• 가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
• 나. 신성장동력·원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력·원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

⑧ 법 제10조 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력·원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력·원천기술연구개발비가 일반연구·인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구·인력개발비로 한다.

⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의5 제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 산업통상자원부장관 소속으로 신성장동력·원천기술심의위원회를 둘 수 있다.

⑪ 제10항에 따른 신성장동력·원천기술심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한다. 3) 조세특례제한법시행규칙 (20

○○.

○○.

○○.기획재정부령

○○ 호로 개정된 것) 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

⑥ 영 제9조 제1항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 기관"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다. 다만, 제4호부터 제6호까지의 기관에 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무를 위탁하는 경우(영 별표 7의 제7호 가목6)에 따른 임상1상 시험과 같은 목 7)에 따른 임상2상 시험 및 희귀질환관리법 제2조제1호 에 따른 희귀질환의 진단 및 치료를 위한 의약품 개발을 위하여 실시하는 임상시험의 경우는 제외한다)에는 국내에 소재한 기관으로 한정한다.

1. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학

4. 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

5. 기업의 연구기관 또는 전담부서등(신성장동력·원천기술연구개발업무만을 수행하는 전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)

6. 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 4) 조세특례제한법 시행령 [별표 7]

• 다. 사실관계 1) 처분청이 제출한 신청법인의 경정청구서 내용을 발췌하면 다음과 같다. 가) 쟁점연구개발비 경정청구 내용 발췌 (단위: 원) 구분 2017년 합계 신성장 R&D ⓐ 신성장 R&D 전환 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓑ 세액공제율(주1) 30.00% 세액공제 증가 금액 (A)=ⓐ×ⓑ ☆☆☆ ☆☆☆ 일반 R&D ⓐ 기신청금액 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓑ 신성장 R&D 전환 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓒ 합계 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓓ 세액공제율 8.00% ⓔ 세액공제 금액 ☆☆☆ ☆☆☆ ⓕ 기신청 세액공제액 ☆☆☆ ☆☆☆ 세액공제 증가 금액 (B)=ⓔ-ⓕ ☆☆☆ ☆☆☆

① 세액공제 증가금액 (C)=(A)+(B) ☆☆☆ ☆☆☆ 나) 법인세 경정청구서 상 “신성장동력·원천기술 연구개발비 명세서” 내용 다) 신청법인은 쟁점연구개발비 ☆☆☆ 백만원의 연구과제명은 아래와 같고, 이는 조세특례제한법 시행령 별표7에서 규정한 신성장·원천기술에 해당한다는 주장이다. 2) 처분청이 신청법인에게 한 경정청구 “거부” 통지 내용은 다음과 같다. 3) 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한 ｢신성장동력·원천기술심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정｣ 내용을 발췌하면 다음과 같다. 4) 산업통상자원부장관이

29. 고시한 ｢신성장동력·원천기술심의위원회 운영 세칙｣ 내용을 발췌하면 다음과 같다. 5) 20○○.

○○.

○○. 대통령령 제○○호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제9조 제13항 에 의하면, 연구·인력개발비 대한 국세청 사전심사제도를 신설하였고, 국세청이 발간한 ｢연구인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인｣에 의하면 조세특례제한법 시행령 별표7에서 규정한 기술 해당 여부는 한국산업기술진흥원에서 검토한다고 되어 있다.

• 라. 판단 1) 구) 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호에 ‘연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력·원천기술연구개발비에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당 비율을 곱한 금액을 법인세에서 공제한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제9조 제1항에 ‘ 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비를 각 호에 규정하면서 별표7에 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술을 나열하고 있으며, 제10항에 ‘ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 관한 사항을 심의하기 위하여 산업통상자원부장관 소속으로 신성장동력·원천기술심의위원회를 둘 수 있다.’고 규정하고 있다. 2) 기획재정부와 산업통상자원부가 20○○.

○○.

○○. 공동 제정한 ｢신성장동력·원천기술심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정｣에 의하면, 내국인이 지출한 연구개발비 등이 신성장동력‧원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 대한 심의를 위해 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 설치하여 위원회에서 신성장동력‧원천기술 인정 여부를 최종 심의하는 것으로 규정하고 있다. 3) 산업통상자원부가 20○○.

○○.

○○. 고시한 ｢신성장동력·원천기술심의위원회 운영 세칙｣에 의하면, 연구개발비가 조세특례제한법 제10조 에 따른 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 대하여 질의를 하려는 자는 한국산업기술진흥원에 신성장동력·원천기술 인정 신청서와 증빙서류를 첨부하여 신청하여야 하고, 한국산업기술진흥원장은 신청인의 연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당하는지를 조사한 의견서를 산업통상자원부에 송부하며, 산업통상자원부장관은 신성장동력·원천기술심의위원회의에서 의결한 결과를 신청인과 기획재정부장관에게 통보하여야 한다고 규정하고 있다. 4) 이와 같이 관련법령 및 규정에 따르면 신청법인은 쟁점연구개발비가 신성장동력·원천기술연구개발비에 해당하는 기술인지를 산업통상자원부장관 소속의 신성장동력·원천기술심의위원회에서 확인 받은 관련서류를 통해 입증하여야 하나, 이에 대한 입증이 없으므로 처분청이 경정청구를 거부한 통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.