재개발사업의 수익사업(일반분양)과 비수익사업(조합원분양)에 대한 공통손금을 분양가액이 아니라 분양면적의 비율에 따라 안분계산하여야 한다는 주장의 당부

• 가. ○○○ ○○ ○○○○ ○○○○○○○○○○(이하 “신청법인” 이라 한다)은 20○○.

○○.

○○. 도시 및 주거환경정비법에 따라 설립된 후 비수익(조합원 분양) 및 수익사업(일반 분양) 등을 영위하였고, ○○시 ○○구 ○○○번지 일대 “○○○○○ ○ ○○○”을 신축·공급한 재개발조합이다. 신청법인은 20○○ 사업연도 법인세 신고 시 수익사업(일반분양)과 비수익사업(조합원분양)의 공통손금을 분양가액기준으로 안분하였으나, 20○○.

○.

○○. 분양면적으로 재계산하여 당초 신고 시 과다납부한 법인세 0,000백만원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

• 나. ○○지방국세청장(이하 “조사청” 이라 한다)은 조합원 현물출자 부동산 평가액 및 공사원가·구분경리 등의 적정여부 확인을 위하여 소명자료 및 관련 증빙 등을 ○○차례 신청법인에게 요청하였으나 이에 불응하여, ○○세무서장(이하, “처분청” 이라 한다)은 경정청구 내용에 대한 검토불가로 신청법인에게 20○○.

○.

○○. 거부통지를 하였다.

• 다. 신청법인은 이에 불복하여 20○○.

○○.

○○. 이 건 이의신청을 하였다.

• 가. 신청법인은 도시정비사업법에 따른 도시환경정비사업 (재개발)조합으로 비수익사업과 수익사업을 병행하고 있으며, 20○○ 사업연도 법인세 신고 시 분양가액기준으로 공통손금을 안분 계산하였으나, 착오로 세법적용을 잘못하여 분양면적으로 재계산하였다.

1. 대법원은 도시정비사업의 일반분양가액은 사전에 감독관청의 승인을 얻어 적정하게 산정되는 반면, 조합원에게 분양되는 아파트는 조합원들의 의결을 거쳐 임의로 산정되는 사정이 있어 그 공통손금을 일률적으로 재건축아파트의 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것은 합리적인 계산방법이라 할 수 없으므로, 일반 분양분 아파트와 조합원 분양분 아파트의 공통손금을 그 분양가액이 아닌 분양면적에 비례하여 안분계산하였다고 하여 이를 위법하다고 할 수는 없다고 판시(대법원 2008두17479, 2011.

7. 14.)하였다.

2. 위 대법원 판결내용과 같이 분양면적비율을 이 건에 적용할 경우 20○○ ~ 20○○ 사업연도 기간 동안 공사원가에 대한 손금불산입 과다계상액은 ○○,○○○백만원이고, 판매관리비와 일반관리비에 대한 손금불산입 대상액은 ○,○○○백만원이며, 건설용지충당금에 대한 손금산입 과다계상액은 ○,○○○백만원, 이월결손금 과소공제액은 ○○,○○○백만원 등이다.

• 가. 법인세법시행규칙 제76조는 수익과 비수익사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 손금은 원칙적으로 수익과 비수익사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하지만 이를 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통손금의 비용항목에 따라 사용면적 등의 기준에 의하여 안분 계산한다고 규정하고 있다.
• 나. 신청법인이 제시한 대법원 판례(2008-두-17479, 2011.

7.

14. 외 조세심판원의 결정례(국심 2007-서-2220,

8.

24. 등은 일반분양분의 경우 사전에 감독관청의 승인을 얻어 적정하게 산정되는 반면 조합원 분양분의 경우 조합원들의 의결을 거쳐 비교적 낮게 산정되는 사정이 있어 공통손금을 일률적으로 재건축아파트의 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것은 비합리적인 계산방법으로 보고, 분양면적기준 안분을 합리적인 계산방법으로 판단한바 있으나, 이 사례들은 일반분양분의 분양면적비율이 분양가액비율보다 낮은 경우에 해당한다. 위 판단 취지 등을 감안할 때, 일반분양가액이 조합원분양가액보다 높게 산정되어 일반분양분의 분양가액비율이 분양면적비율보다 더 높아야 함에도 이 건의 경우에는 분양가액비율(○○.○○%)이 분양면적비율(○○.○○%)보다 오히려 낮다.

• 다. 한편 기획재정부 및 국세청은 종전의 예규(조합원설립인가일, 신탁등기접수일 중 빠른 날)를 변경하여 2020.

11. 24 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터는 관리처분계획인가일과 신탁등기접수일 중 빠른 날로 조합원 현물출자 부동산의 평가시점을 적용한다고 각각 해석(재산세과-1024, 2020.11. 24, 법령해석과-3868, 2020.11 26)을 하였다.

• 라. 이에 조사청에서는 신청법인에게 조합원설립인가일(20○○.

○○.

○○) 또는 관리처분계획인가일(20○○.

○○.

○○) 현재를 평가시점으로 하여 평가한 조합원 현물출자 부동산의 감정평가서를 요구하였고, 신청법인의 20○○ 사업연도 계정별원장상 조합원 현물출자 부동산 평가액과 감정평가서 (평가시점: 사업인가고시일 20○○.

○.

○○)상 금액이 서로 불일치하여 이에 대한 소명자료를 요구하였음에도 신청법인은 이를 제시하지 않았다. 또한 조사청은 신청법인의 재무제표상 수익사업인 일반분양과 비수익사업인 조합원분양분에 대해 구분경리가 되어 있지 않아 관련 기록자료 및 증빙 등의 제출을 요구하였으나, 이에 응하지 않았다. 따라서 신청법인이 당초 신고한 공통손금에 대한 안분기준(분양가액비율) 보다 분양면적비율이 더 합리적이라는 주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 재개발사업의 수익사업(일반분양)과 비수익사업(조합원분양)에 대한 공통손금을 분양가액이 아니라 분양면적의 비율에 따라 안분계산하여야 한다는 주장의 당부
• 나. 관계 법령 1) 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 2) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 3) 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

• 나. 그 밖의 경우: 해당 자산의 시가 4) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조의2제2항 에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 상속세 및 증여세법 시행령 제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다. 5) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

• 다. 사실관계

1. 신청법인의 20○○ 사업연도 법인세 신고에 대한 경정청구 내용은 다음과 같다. (백만원) 구 분 당 초 신 고 경 정(결 정) 청 구 과세표준금액

○○,○○○

• 산 출 세 액

○,○○○

• 가 산 세 액

• - 공제 및 감면세액

• - 납 부 할 세 액

○,○○○ △○,○○○ 환 급 세 액 △○,○○○

2. 신청법인의 도시환경정비사업에 대한 추진일정은 다음과 같다. 구 분 추 진 일 조합설립일

○○○○.

○○.

○○ 사업시행인가일

○○○○.

○○.

○○ 관리처분계획인가일

○○○○.

○○.

○○ 착공신고일

○○○○.

○○.

○○ 준공신고일

○○○○.

○○.

○○

3. 신청법인의 이 건 사업과 관련한 조합원 및 일반 분양내용은 다음과 같다. (억원, ㎡, %) 구 분 분양가액 분양면적 가액 비율 면적 비율 조합원분양

○,○○○

○○.○○

○○,○○○

○○.○○ 일반분양

○,○○○

○○.○○

○○○,○○○

○○.○○ 계

○○,○○○

○○.○○

○○○,○○○

○○.○○

4. 신청법인은 사업시행인가일(

○○○○.

○○.

○○) 직후

○○○○.

○○.

○○ 을 평가기준일로 하여

○ 개 감정기관이 조합원 현물출자 부동산을 평가한 감정평가자료를 제시하였다. (백만원) 구 분 토 지 건 물 합 계

○○ 감정평가법인

○○,○○○

○○,○○○

○○,○○○

○○ 감정평가법인

○○○,○○○

○○,○○○

○○○,○○○ 평균액

○○○,○○○

○○,○○○

○○○,○○○

5. 신청법인의 20

○○ 사업연도 법인세 신고서 등(재무제표, 계정별원장)에 의해 확인되는 조합원 현물출자 부동산 평가액은 다음과 같다. (백만원) 토 지 국공유지 건 물 합 계

○○○,○○○

○,○○○

○○,○○○

○○○,○○○

6. 조사청은 이 건 공통손금에 대한 합리적인 안분기준을 검토하기 위하여 신청법인에게 조합원 현물출자 부동산 평가(관리처분계획인가일 현재) 및 공사원가 등 구분경리 자료의 제출을

○○ 차례(20

○○.

○.

○○ 부터 20

○○.

○.

○ 까지) 요구하였으나, 신청법인은 이에 응하지 않았다는 의견이고, 이 건 심리일 현재까지도 관련 자료가 제시되지 아니하였다.

• 라. 판단 1) 법인세법 시행규칙제76조 제6항은 “비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다”고 규정하고 있다.

2. 신청법인은 비수익사업(조합원 분양) 및 수익사업(일반 분양)을 병행하였고, 법인세 신고 시 분양가액비율을 기준으로 공통손금에 대한 착오 안분계산을 하였는바, 합리적인 안분기준인 분양면적비율을 적용하여 20

○○ 사업연도 법인세를 감액경정하여야 한다고 주장하나 재건축아파트의 일반분양가액이 조합원분양가액보다 높고 그 분양가액비율이 분양면적비율보다 높은 것이 일반적이나, 이 건의 경우 일반분양의 가액비율(

○○.

○○ %)이 면적비율(

○○.

○○ %)보다 오히려 낮게 산정되어 있음에도, 신청법인은 이 건 심리일 현재까지 공사원가 등의 구분경리와 관련한 자료 및 조합원 현물출자 부동산에 대한 감정평가서(사업시행인가일 현재) 상 평가액과 계정별원장 상 평가액이 상이한 이유에 대한 증빙 등을 제시하지 아니한 점 등에 비추어, 신청법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청에서 신청법인의 20

○○ 사업연도 법인세 경정청구를 거부한 당초 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 신청인 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 따라 주문과 같이 결정한다.