조세심판원 이의신청 국세기본

청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정한 처분의 당부

사건번호 이의-부산청-2025-0046 선고일 2025.04.16

약정서 체결할 당시 청구인의 체납법인 발행주식을 양수인들에게 양도하는 계약이 함께 체결되어 주식이 사실상 양수인들에게 이전되었다고 보기 어려운 점, 청구인의 주식 양도소득세 신고서나 증권거래세 신고 부속서류인 주권 또는 지분의 양도거래명세서 및 주식매매계약서에 의하면, 청구인의 체납법인 주식 양도계약일과 양도일은 2020.1.13.로 확인되는 점 등에 비추어, 청구인이 체납법인의 부과된 세액에 대한 납세의무성립일 현재, 소유하고 있던 체납법인의 발행주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 봄이 타당함

1. 처분내용
  • 가. A 주식회사(이하 “체납법인”이라 한다)은 2012.7.5. 설립되어 울산광역시 C호 (B타워)에서 부동산 임대 업 및 부동산 매매업을 영위하다가 현재 휴업 중인 법인이다.
  • 나. 청구인은 2012.7.5.부터 2019.12.19.까지 체납법인의 대표이사로 재직하였으며, 2019사업 연도 기말 현재, 주주명부상 체납법인의 총 발행주식 75,000주 중 66,375주(88.5%)를 보유하고 있다.
  • 다. D지방국세 청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인이 2024.12.16. 기준일로 체납법인의 2019년 제2기 부가가치세 수시분 고지 904,218,810원이 체납함에 따라, 납 세의 무성립일(2019.12.31.) 현재, 청구인이 체납법인의 과점 주주에 해당하는 것으로 보아 처분청에게 제2차납세의무자로 지정하도록 하고, 처분청은 2024.12.16. 체납법인의 2019년 제2기 부가가치세 체납액 중 청구인의 주식 보유지분율 88.5%에 해당하는 800,233,640원을 납부고지 하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.20. 이 건 이의신청을 제기하였다.
2. 청구주장

청구인은 체납법인의 체납액에 대한 납세의무성립일인 2019.12.31. 이전 2019.10.15. 체납법인에 대한 모든 권리와 의무를 양도하였으므로, 과점주주에 따른 체납 법인의 제2차납세의무자에 해당하지 않는다.

  • 가. 사실관계

1. 청구인은 2012.7.5. 울산광역시에서 체납법인을 설립하여 2019.12.19.까지 대표이사로 재직 하였다.

2. 청구인은 2019.10.15. E와 F(이하 “양수인들”이라 한다)과 “B빌딩 1) 양도양수 약정서”(체납 법인 소유 건물(B빌딩) 및 주식 양수도 약정 계약, 이하 “쟁점약정서” 라 한다)을 체결하고, 쟁점약정서 체결일 이후 체납법인에 대한 권리 의무 행위를 양수인들 에게 인계하고 모든 행위에 대한 책임을 양수인들이 부담 하기로 하였다.

3. 2019.10.15. 이후 쟁점약정서 체결에 따라 체납법인에 대한 모든 권리·의무는 양수인들에게 넘어갔지만, 사실과 달리 양수인의 사정으로 인해 법인 등기부등본상 대표자 변경은 2019.12.19.에 이루어졌고, 주주명의개서 또한 주식대금 미정산으로 2020.1.13.로 늦어지게 되어 2019.12.31. 현재 주주명부상 청구인이 과점주주로 등재된 사실이 있다.

4. 처분청은 체납법인이 2019년 제2기 부가가치세 904,218,810원을 체납하자 청구인이 2019.12.31. 납세의무성립일 현재 주주명부상 과점주주로 등재되어 있다는 사실만으로 청구인을 출자자의 제2차납세의무자로 지정하여 부가가치세 800,233,640원을 고지하였다.

  • 나. 청구인은 납세의무 성립일 현재 과점주주로서 체납법인의 제2차납세의무자에 해당하지 않는다.

1. 국세기본법제39조제2항을 살펴보면, 해당법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들을 과점주주로 보고 제2차 납세의무자로 보도록 규정하고 있다. 단순히 주식총수가 50%를 초과한다고 해서 과점주주로 볼 수 있는 것이 아니라 해당 과점주주가 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당하여야만 하는 것이다. 헌법재판소 판결(현재 97헌가13, 1998.5.28.)도 맥락을 같이 하고 있다.

2. 청구인은 2019.9.25. 양수인들과 ‘양해각서’를 작성하고, 그로부터 20일 뒤인 2019.10.15. 쟁점약정서를 작성하면서 본 계약을 체결하였다. 쟁점약정서를 살펴보면 7항에 “더불어 본 약정서 체결일 이후에 ”병(체납 법인)“ 에서 일어난 모든 행위에 관한 것은 ”을(인수자)이 진행한 것이므로 그에 따른 모든 책임 또한 “을”이 지는 것으로 한다.“라고 기재되어 있다.

3. 해당 약정서에 따라 청구인은 체납법인에 대한 어떠한 경영 및 법률 행위를 한 사실이 없으며, 양수인들의 요구로 2019.12.19. 법인대표에서 사임을 하고 양수인 E(대표이사), F(사내이사)로 법인 등기부상 임원사항 변경 및 사업자등록증도 변경하였다.

4. 체납법인의 주식 또한 쟁점약정서 작성일인 2019.10.15. 양수인들에게 실제 양도 되었으나, 양수인들의 자금 사정으로 인하여 주식매매대금이 2020.1.13.에 정산되어 부득이 주식 명의개서가 지연 되었을 뿐, 실질적인 주권의 행사 및 체납법인의 경영에 대한 실질적인 지배는 양수인들이 납세의무성립일 이전 모두 이행을 하고 있었다.

5. 한편 체납법인에 부과된 2019년 제2기 부가가치세 904,218,810원의 원인을 살펴보면 양도양수 약정서 작성일 이후 분양에 따른 매출세금계산서 발행 및 건물분 분양금액 변경(감액 수정)에 따른 5,600,000,000원이 (-)매출세금계산서 발행 으로 인한 것으로서, 이는 청구인이 체납법인의 대표이사에서 물러난 시점으로 새로운 대표이사 E가 발행하였으며, 이러한 행위 때문에 당해 체납액에 대한 부가가치세가 부과된 것이다.

6. 그리고 문제의 원인이 된 2019년 제2기 부가가치세 904,218,810원에 대하여 청구인은 부과 경위 및 체납사실 또한 알지 못하였고, 처분청의 제2차납세의무자 지정 통지 이후 사실관계를 인지 하였다. 따라서 그 책임 또한 쟁점약정서 조항에 따라 양수인들에게 묻는 것이 타당하다고 사료된다.

7. 이와 같이 청구인은 쟁점약정서 계약 체결일인 2019.10.15. 체납법인의 실질적 법인 지배력을 포함한 모든 권리와 의무를 양수인들에게 다 넘겨주었으며, 양수인들의 사정으로 주식명의개서가 지연된 것이나, 단순히 납세의무성립일(2019.12.31.) 현재 청구인이 주주명부상 과점주주였다는 사유로 청구인에게 제2차납세의무자를 지정한 처분은 취소되어야 한다.

  • 다. 조사청 의견에 대한 항변

1. 국세기본법제39조 제2호(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전 이하 ”구 국 세기본법“이라 한다)에서 규정한 출자자의 제2차납세의무를 지는 과점주주에 대하여 ‘발행주식 총수의 10분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’이라고 하면서, 구 국세기본법 기본통칙 39-0···2[과점주주의 요건]에서는 구체적으로 ‘법인의 주주에 대하여 제2차 납세의무를 지우기 위해서는 과점주주가 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적 으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요하며, 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없다’라고 명확하게 행정업무의 기준을 제시 하고 있다. 2) 국세기본법 제39조 출자자의 제2차 납세의무에 관한 규정은 헌법재판소의 위헌 판결과 관련하여 1993년과 1998년 그리고 2020년 개정을 통하여 현행의 규정을 가지고 있다. 여기에서 헌법재판소 결정문의 일관된 취지는 ‘법인의 경영을 사실상 지배 하는자’ 또는 ‘발행 주식 총액의 100분의 51이상의 주식에 관한 권리를 실질적 으로 행사 하는 자’ 이외의 과점주주에게 제2차 납세의무를 지우는 것은 실질적 조세법률주의에 위반된다는 것이다.

3. 조사청 의견서에 대한 항변

  • 가) 2019.10.21. 분양계약서에 대한 조사청 의견의 항변 상업등기부상 대표이사 명의로 분양계약서가 발급되어야 한다. 분양받은 자는 그 계약서를 금융기관에 제출하고 상가 취득자금 융자 신청을 하기 때문 이다. 대표이사 변경등기일인 2019.12.19. 이후의 모든 계약과 세금계산서 발급, 부가가치세 및 법인세 신고 등 업무가 변경된 대표이사 E 명의로 되어 있다.
  • 나) 쟁점약정서 5항에 대한 조사청 의견의 항변 ‘기존 비용 및 권한 승계를 위한 준비와 기존 인력 및 업무인수인계를 위한 행위를 진행하기로 한 약정’은 경영에 참여한 것으로 볼 수 없고 다만 체납법인이 소유한 부동산의 자산 가치를 감안하면 청구인이 양도양수 약정 이전에 발생한 체납법인의 제반 관리업무에 대하여 업무인수인계를 위하여 필요한 조치를 함께한다는 내용일 뿐이다. 오히려 인계인수 이외의 모든 행위를 양수인의 책임 하에 진행하는 원칙을 약정한 부분을 보면 실질적인 경영에서 제외되어 있다는 확인이 가능하다.
  • 다) 쟁점약정서 6항에 대한 조사청 의견의 항변 쟁점약정서 작성일 현재 체납법인과 체납법인으로부터 분할된 법인인 주식회사 G의 새마을금고 차입금 140억원에 대하여 각 대표이사인 청구인과 H은 개인 자격으로 연대보증이 된 상태였으며, 부동산의 처분 권한이 양수인 에게 있는 상태에서 분양수입금등을 양수인 임의로 처분하고 차입금 상환을 미루게 되면 뜻하지 않은 보증 채무가 발생할 경우를 감안하여 작성된 문구 이고, 이 또한 약정 당시 이미 실질적인 의사결정권을 넘겨준 상태에 있다.

4. 경제적 실질을 판단하였을 때 청구인은 쟁점약정서 작성 이후 체납법인을 실질적 으로 지배할 수 있는 위치에 있지 아니함으로써 과점주주에 해당되지 않는다.

  • 가) 쟁점약정서 계약의 당사자는 6명이 기명 날인되어 있다.

○양도인: 청구인(체납법인과 주식회사 G 및 H로부터 권한 위임)

○양수인: E, F

○양수인 측의 보증인: I, J, K 양수인 측의 보증인이 필요한 부분은 실제 이 계약을 추진했던 I과 J는 신용불량상태로 경제 활동이 제약받는 상태였으므로 대리인인 E와 F을 통하여 계약을 추진하였던 것이다. 양수인들의 관계를 살펴보면 E는 I의 아들이며 F은 I과 사실혼 상태였다. E와 F은 모자간이 아니고, J와 K는 죽마고우 이다.

  • 나) 양도양수 약정서 계약의 목적은 체납법인과 주식회사 G 2) 이 공동소유한 엠빌딩 총 164개호 중 미분양분 100개호의 처분권한을 받아 분양 사업 수익을 실현할 목적인 양수인들측은 체납법인의 자산가치를 290억원으로 추산하고 제반 부채를 공제한 금액을 주식가치로 평가하여 체납법인의 주식을 주주들로부터 양도 양수하고자 하였다.
  • 다) 약정일(2019.10.15.) 이후 체납법인의 분양계약

(1) 2019.10.21 체납법인은 L주식회사 대표이사인 K에게 6층 에서 10층까지 미분양 28개 호를 181억원에. P에게 2층과 3층 30개호를 219억원에(각 부가가치세 포함 가격) 분양하였음을 알 수 있다.

(2) L주식회사의 대표이사 K는 약정서상 양수인 측의 보증인 으로 날인한 자이고, 또한 P은 의사면허를 가지고 서울에서 건강검진센터를 운영하던 자로서 K의 지인이다. 약정일에는 이미 체납법인의 미분양 상가에 대한 분양계획과 분양대금의 회수방안 등 제반 설정을 완료한 상태에서 계약을 하였다는 것을 알수 있다.

(3) 분양받은 K와 P은 분양계약서를 제출하고 상가 취득자금에 대한 금융기관 차입금을 발생시켜 각각 2019.11.12.까지 분양대금을 전액 납부하였으나, 이후 분양대금에 대한 이견이 발생하여 체납법인에서 2019.12.31. (-)세금계산서를 발급하였던 것이다.

  • 라) 이와같이 청구인은 분양계약과 (-)세금계산서 발급에 관한 의사 결정에 전혀 관여한 바가 없는 것으로 확인되며 이는 구 국세기본법과 구 국 세기본법 기본 통칙에서 규정하고 있는 주주총회나 운영에 참여하여 체납법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있지 아니함으로써 과점주주에 해당되지 않는 것으로 명확하게 사실관계가 인정된다.
  • 마) 체납법인 주식의 명의개서에 대하여

(1) 실질적인 인수 계약 담당인 I과 J는 대리인으로 I의 아들 E 및 I과 사실혼 관계인 F의 지인 M 명의로, J의 조카인 N 명의로 주식을 양수받고 명의개서 신고하였다.

(2) 체납법인으로부터 2016년에 분할된 법인인 주식회사 G의 주식의 명의 개서 내용도 체납법인의 지분과 동일하게 다음과 같이 명의개서 신고하였다. <표> 생략

  • 바) 결정례 등 다음의 다수 결정례들도 일관되게 경제적인 실질을 판단하여 제2차 납세의무를 부담시키는데 있어 법인운영의 실제적인 지배력으로 과세를 회피하고자 하는지 여부를 따져 주고 있음이 나타난다.

○ 심사-기타-2024-0388, 2024.7.10.

○ 조심-2024-중-0575, 2024.6.18.

○ 심사-기타-2023-0080, 2024.2.21.

○ 심사-기타-2023-0079, 2024.1.10.

○ 국심-2002-서-29, 2002.5.6.

5. 구 국세기본법과 행정업무의 기준을 제시하는 기본통칙의 규정인 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없고, 청구인은 그 법인의 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있지 않다.

  • 라. 결론 청구인은 체납법인의 체납액에 대한 납세의무성립일인 2019.12.31. 이전 2019.10.15.에 체납법인에 대한 모든 권리와 의무를 양도하여 국세기본법 제39조 에 의한 ”출자자에 대한 제2차납세의무“에 해당되지 않으므로, 2024.12.16. 청구인 에게 한 체납법인의 체납액에 대한 제2차납세의무는 취소되어야 한다.
3. 조사청 의견

청구인의 주식매매계약서 등에서 주식 양도일이 2020.1.13.로 확인되어, 납세 의무성립일 현재 체납법인의 주식을 소유하고 있으므로 주주권을 행사할 수 있는 위치에 있는 등 청구인에게 체납법인의 과점주주로 보아 제2차납세의무를 지정한 처분은 정당하다.

  • 가. 청구인이 납세의무성립일 현재 체납법인의 경영을 지배하지 않았기에 과점주주에 해당하지 않는다는 주장에 대한 조사청 의견

1. 청구인은 2021. 1. 1. 이후 납세의무가 성립되는 분부터 적용되는 현행 법령을 착오 적용한 것에 불과하다.

  • 가) 2019년 2기 귀속 부가가치세의 납세의무성립일은 2019.12.31.로 2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 구 국세기본법 을 적용하여야 한다. 구 국세기본법 제39조 제2호는 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자 들로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’로 규정하고 있으며, 2020.12.22. 법 개정(법률 제17650호)으로 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유 주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 변경하고 2021. 1. 1. 이후 법인의 납세 의무가 성립하는 분부터 적용하도록 하였다. 나) 구 국세기본법 제39조 제2호를 적용함에 있어 과점주주에 해당 하는지 여부는 특수관계에 있는 100분의 51 이상 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하며, 그 스스로가 법인의 경영에 관여하여 이를 사실상 지배하거나 당해 법인의 발행주식총수의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자일 필요는 없다(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 2008.1.10. 선고 2006두19105 판결, 대법원 2008.9.11. 선고 2008두983 판결 등 참조).
  • 다) 과점주주 중 발행주식 총수의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주에 해당하는 자들은 모두 제2차 납세의무를 부담 하되, 다만 그 책임 범위는 자신의 소유지분 범위 내로 제한된다는 취지로 보는 것이 타당하고, 과점주주에 해당하는 주주 1인이 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 달라고 요구하는 것은 아니며(대법원

2008. 1.10. 선고 2006두19105 판결 등 참조), 위 가목에서 말하는 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다(대법원 2008.9.11. 선고 2008두983 판결 등 참조).

  • 나. 약정서에 따라 2019.10.15. 청구인의 주식이 E, F(양수인들) 에게 사실상 양도되었는 주장에 대한 조사청 의견

1. 청구인은 납세의무성립일 현재 체납법인의 주식을 소유하고 있어 주주권을 행사할 수 있는 위치에 있었다.

  • 가) 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황 명세서 등 자료에 의하여 이를 입증하면 된다 (대법원 2004.7.9. 선고, 2003두1615 판결 등 참조). 나) 「소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】및 동법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 에서는 주식의 양도일을 대금을 청산한 날과 명의개서일 중 빠른 날로 규정하고 있다. 주식매매계약서의 주식매매계약일 및 양도소득세 신고서상 주식 양도일이 2020.1.13.인 점, 주식매매 대금 또한 2020. 1. 13.에 지급된 것으로 청구인이 인정 하고 있고 주주명부의 명의개서 시점 또한 동일자일 것으로 판단되는 점, 체납 법인의 주식등변동상황명세서에도 청구인의 주식변동은 2020년에 발생한 것으로 확인 되는 점, 증권거래세 신고 부속서류인 주권 또는 지분의 양도거래명세서의 주식 매매일자 또한 2020.1.13.인 점 등으로 보아 납세의무성립일 현재 청구인이 체납법인의 주식을 소유 하고 있었던 사실이 확인된다.
  • 다) 청구인이 2020. 1. 23. 제출한 주식매매에 대한 양도소득세 신고 서에 첨 부된 주식매매계약서(2020.1.13. 작성) 제1조 [매매조건]에서는‘청구인의 주식은 의결권이 있는 기명식 보통주이고, 청구인은 체납법인의 주식을 정당하게 소유·매도에 관한 모든 권리를 보유하고 있으며, 양도 후 매수인이 증자, 배당 등과 같은 주주로서의 모든 권리를 행사할 수 있도록 협력해주어야 한다’, 제3조 [매매대금 지급방법 및 주권 교부] 에서는 ‘청구인은 매매대금 수령과 동시에 주권을 양수인들에게 교부하고 양수인들 명의로 주식명의개서 절차를 완료한다’ 고 정하고 있어, 2020.1.13.에서야 청구인의 주식이 양도되었으며 그 전까지는 청구인이 주식에 관한 모든 권리를 보유하고 있었음이 확인된다.
  • 라) 또한 주식등변동상황명세서, 양도소득세신고서 등에 의해 실제 청구인의 주식 66,375주 중 30,000주는 E에게, 13,875주는 M에게, 22,500주는 N 에게 양도된 것으로 나타나므로 2019.10.15. 당시 사실상의 주주가 양수인들 이라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.
  • 마) 다수의 대법원 판례 역시 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 주주권을 행사할 수 있고, 회사 역시 주주명부상 주주 외에 실제 주식을 인수하거나 양수하고자 하였던 자가 따로 존재 한다는 사실을 알지 못하였더라도 주주명부상 주주의 주주권 행사를 부인할 수 없으며, 주주명부에 기재를 마치지 아니한 자의 주주권 행사를 인정할 수도 없다고 일관되게 판시하고 있으므로 청구인이 납세 의무 성립일 현재 소유하고 있던 의결권 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 봄이 타당하다.

2. 쟁점약정서에는 청구인의 주주권 행사에 대한 그 어떤 내용도 나타나지 않는다.

  • 가) 청구인이 제출한 약정서에는 주식매매가액 평가에 대한 언급만 있을 뿐 청구인의 주식이 E, F에게 양도되었음을 확인하거나, 청구인의 주주권을 이들이 행사할 수 있다거나, 청구인이 주주권을 행사하는 것을 금지하는 등의 내용은 전혀 나타나지 않는다.
  • 나) 약정서 작성일 이후에도 청구인을 대표이사로 하여 체납법인의 계약이 이루 어졌고, 약정서 5항에서 약정 이후 주식거래 시까지 청구인의 경영에 대한 책임이 계속되고 있음이 확인되며, 약정서 6항에는 청구인의 체납법인에 대한 대표자로서 연대보증이 끝나지 않은 사실이 나타나는 등 청구인이 2019.10.15. 체납법인에 대한 모든 권한을 상실했다고 볼 수 없다.
  • 다) 법인을 실질적으로 운영하였다거나 경영에 관여하였다는 것과 구 국 세기본법 제39조 제2항의 과점주주 인정 요건인 주주권을 행사할 수 있다는 지위에 있다는 것은 별개의 사정으로, 청구인이 체납법인의 대표이사직을 사임하였다고 해서 청구인의 주주권 또한 함께 상실되었다고 볼 수 없다.

3. 청구인은 E, F이 세금에 대한 모든 책임을 지기로 약정하였므로 이들을 제2차 납세의무자로 지정해야 한다고 주장하나, 설사 이러한 약정이 있었 다 하더라도 개인 간의 약정에 따라 법령에 규정된 납세의무자를 변경할 수 없다.

  • 다. 청구인들이 인용한 판례에 따라 청구인을 제2차납세의무자로 지정한 것은 부당하다는 주장에 대한 조사청 의견

1. 청구인이 인용한 헌법재판소 97헌가13 판례는 구 국세기본법 (2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 이전의 법령에 대한 위헌여부 판단 으로 ‘법인의 발행주식총액의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자 이외의 과점주주에 대하여 제2차납세의무를 부담하는 범위내에서 헌법에 위반된다’고 판시하여 오히려 법인의 발행주식 총액의 100분의 51이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자는 과점주주에 해당함을 인정하고 있을 뿐이다.

2. 청구인이 인용한 대법원 2011두9287 판례는 청구인이 납세의무 성립일 전 주식을 양도하여 주주명부상 명의개서까지 마쳐 주주권을 행사할 수 없었던 상황으로 청구인과 사실관계가 달라 청구인의 상황에 그대로 적용할 수 없다.

  • 라. 청구인 항변에 대한 조사청 추가의견

1. 청구인은 납세의무성립일 현재 체납법인의 주식 88.5%를 보유하여 주주권을 행사할 수 있는 위치에 있었다. 가) 구 국세기본법 및 구 국세기본법 기본통칙에서는 과점주주를 ‘법인의 경영을 사실상 지배하는 자 또는 법인의 발행주식 총액의 100분의 50을 초과하는 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사할 수 있는 위치에 있는 자’로 규정하고 있어 체납 법인의 주식 88.5%에 관한 권리를 실질적으로 행사할 수 있는 위치에 있는 청구인은 과점주주에 해당한다. 나) 체납법인의 주식변동상황명세서, 주식매매계약서, 양도소득세 및 증권거래세 신고서에 의해 2020.1.13.에 청구인의 주식이 양도된 사실이 확인되는 점, 주식 매매대금 역시 2020.1.13.에 지급된 사실을 청구인이 인정하고 있는 점, 주식매매 계약서에 매매대금 수령과 동시에 주권을 양수인들에게 교부하고 명의개서 절차를 완료하기로 약정하여 주식명의개서 역시 2020.1.13.에 이루어진 것으로 판단되는 점 등으로 보아 납세의무성립일(2019.12.31.) 당시 청구인은 체납법인의 주식 88.5%를 보유하고 있었다.

  • 다) 주식매매계약서 제1조 [매매조건] 에서는 ‘청구인의 주식은 의결권이 있는 기명식 보통주이고, 청구인은 체납법인의 주식을 정당하게 소유·매도에 관한 모든 권리를 보유하고 있으며 양도 후 매수인이 증자, 배당 등과 같은 주주 로서의 모든 권리를 행사할 수 있도록 협력해주어야 한다’라고 명시하고 있고,
쟁점

약정서에도 청구인의 주주권 행사에 관하여 어떠한 제약도 두고 있지 않으므로 납세의무 성립일(2019.12.31.) 당시 청구인은 체납법인의 주식 88.5%에 대한 주주로서의 권리를 보유하고 있었음이 확인된다. 라) 또한 주식회사의 주주가 회사의 대표이사나 임원으로 반드시 경영에 참여 하여야만 주주로서의 지위나 권한이 인정되는 것은 아니며, 청구인이 체납법인의 대표이사로서 권한을 행사하지 않았다고 해서 형식적인 주주로서 주주권을 행사하지 못한다고 볼 수도 없다(대전지방법원-2022-구합-102313, 2023.9.7.).

2. 청구인이 인용한 결정례는 사실관계 등이 달라 청구인에게 그대로 적용할 수 없다. 가) 심사-기타-2024-0388의 경우 2021.1.1. 납세의무가 성립되어 청구인과는 달리 개정 후 법령 (법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사)을 적용하여야 한다. 또한 해당 사건의 청구인은 체납법인의 업무와 유사한 경험을 한 사실이 없고 납세의무성립일 현재 체납법인과 무관한 업체에 근무하고 있는 등 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 없었던 사실이 인정되었고, 납세의무가 성립되기 전 주식양도계약이 이루어졌다. 나) 조심-2024-중-0575의 경우도 2021. 1. 1. 납세의무가 성립되어 청구인과는 달리 개정 후 법령 (법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사)을 적용하여야 한다. 또한 해당 사건의 청구인들은 주식 취득 당시 초등학생과 대학생이었고 출자금을 부담한 사실이 없는 등 나이, 직업, 경력 등을 고려하였을 때 경영에 관여할 수 없었던 정황이 인정된 경우이

  • 다. 다) 심사-기타-2023-0079 또한 2021.1.1. 납세의무가 성립되어 청구인과는 달리 개정 후 법령 (법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사)을 적용하여야 한다. 또한 해당 사건은 체납법인이 주식변동상황명세서를 제출하지 않아 청구인의 주식 변동 여부를 확인할 수 없고, 청구인이 법인설립 당시부터 명의만 대여한 차명주주임이 인정된 경우이
  • 다. 라) 심사-기타-2023-0080은 납세의무성립일 전 주식 양도대금의 대부분이 지급된 사실이 금융 증빙에 의해 확인된 경우로 납세의무성립일 후 주식매매대금이 지급된 청구인과는 사실관계가 다르다. 마) 국심-2002-서-0029의 경우 청구인이 주금을 납입한 사실이 없어 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있지 않았음이 인정된 경우로 납세의무성립일 현재 체납법인의 주식을 보유하고 있고, 주주권을 행사할 수 있는 청구인의 상황에 동일하게 적용할 수 없다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정한 처분의 당부
  • 나. 관련법령 1) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】 (2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 (의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자 로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사 하는 자들(이하 "과점주주"라 한다) 1-1) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】 (2020.12.22. 법률 제17650호로 개정) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자 총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배 적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

  • 가. 합자회사의 유한책임사원
  • 나. 유한책임회사의 사원
  • 다. 유한회사의 사원

□ 부칙(제17650호, 2020.12.22.) 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 1-2) 국세기본법 기본통칙 39-0…1 【주주】

법 제39조에서 “주주”라 함은 주식의 소유자로서 주주명부 등에 기재유무와 관계없이 사실상 주주권을 가진 자를 말하며, 주권의 발행 전에 주식 또는 주주권이 양도된 경우에는 그의 양수인을 말한다. 1-3) 국세기본법 기본통칙 39-0…2 【과점주주의 요건】

① 법인의 주주에 대하여 제2차 납세의무를 지우기 위해서는 과점주주가 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요하며, 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없다.

② 어느 특정주주와 그와 친족・기타 특수관계에 있는 주주들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100 분의 50을 초과하게 되면, 특정주주 를 제외한 여타주주들 사이에 친족 기타 특수관 계가 없더라도 그 주주 전원을 과점주주로 본다. 1-4) 국세기본법 기본통칙 39-0…3 【과점주주의 판정】 과점주주의 판정은 국세의 납세의무성립일 현재 주주 또는 유한책임사원과 그 친족 기타 특수관계에 있는 자의 소유주식 또는 출자액을 합계하여 그 점유 비율이 50%를 초과하는지를 계산하는 것이며, 이 요건에 해당되면 당사자 개개인을 전부 과점주주로 본다. 2) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 2-1) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령 으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

  • 다. 사실관계 국세통합전산망, 청구인, 조사청이 제출한 심리자료 등을 종합하면 다음의 사실들이 나타난다.

1. 체납법인의 현황 체납법인은 2012.7.5. 설립되어 부동산 임대업 및 부동산 매매업을 영위 하였던 업체(현재 휴업중)로, 울산 소재의 상가(집합 건물)을 신축하여 2016.2.18. 사용 승인을 받았으며, 2016.1.18. 체납법인으로부터 분할 설립한 주식 회사 G과 집합건물의 각 호를 1/2지분으로 하여 소유권 보존등기 후 분양하였던 것으로 나타난다. 체납법인 등기사항증명서의 2014년부터 대표이사 변경 이력과 임원에 관한 사항을 일부 요약하면 아래와 같고, 청구인은 설립 시부터 체납법인의 대표이사로 재직하였으며, 2019.12.19. 대표이사를 사임한 것으로 나타난다. <표> 체납법인 대표이사 변경 이력 대표자 변경일 변경 전 변경 후 신규개업 H, 청구인

• 2016.1.29. H, 청구인 청구인 2019.12.19. 청구인 E 2021.10.21. E K 2023.4.4. K J < 표> 체납법인 등기사항증명서 중 ‘ 임원에 관한 사항’ 일부 요약 성명 임원 기간 청구인 사내이사 설립~2019.12.19. E 대표이사 2019.12.19.~2021.10.21. F 사내이사 2019.12.19.~2022.1.15.

2. 제2차납세의무자 지정·납부고지 내역 처분청은 2024. 12.16. 체납법인의 체납액 중 납세의무성립일이 2019.12.31.인 부가 가치세와 법인세에 대하여 청구인의 주식 보유지분율 88.5%에 해당하는 금액만큼 납부고지 하였다.

3. 청구인의 체납법인 주식 양도 관련 사항

  • 가) 청구인의 체납법인 주식 관련 양도소득세 신고내역 (매매일: 2020.1.13.)

(1) 국세통합전산망에 의하면, 청구인은 2020.1.13. E, N, M에게 보유하고 있는 체납법인 주식 66,375주를 주당 15,000원 총 995,625,000원에 양도 하는 주식 매매계약서를 체결하고 2020.1.23. 양도소득세 및 증권거래세를 신고하였다.

(2) 청구인 외 당시 체납법인의 주주였던 O 및 N 또한 보유주식 1,125주와 7,500주를 매수인 E, N, M에게 2020.1.13. 주식 양도한 것 으로 나타나고, 당시 주식 양도소득세 신고 시 첨부된 주식매매계약서(매도인: 청구인, O, N 매수인: E, N, M)는 다음과 같다. 주식매매계약서 <그림> 생략

  • 나) 체납법인의 주식등변동상황명세서 제출내역 체납법인이 제출한 주식 등 변동상황명세서에 의하면 청구인은 2016사업 연도말 부터 2019사업연도말까지 체납법인 주식 88.5%를 보유하고 있는 것으로 나타난다. 다) 청구인이 제출한 쟁점약정서(작성일: 2019.10.15.) 관련 사항

(1) 청구인은 쟁점약정서 작성 전 2019.9.25. 양수인들 중 F과 울산광역시 B 빌딩 건물 매매계약을 위한 체결에 앞서 기본적인 사항에 대한 합의 작성하였다는 “양해각서”를 제출하였고, 그 주요내용을 발췌 하면 아래와 같다. <표> 양해각서(2019.9.25. 작성) 양 해 각 서 갑: 청구인 을: F 엠빌딩의 실질적 소유주인 청구인(이하 “갑”)와 F(이하 ”을“)은 갑이 소유한 울산광역시 B빌딩[본 건 건물, 매매대상: 근린생활시설 총1개동 164개호 중 100개호(미분양)] 건물 매매계약을 위한 주식 양도양수 계약 체결에 앞서 기본적인 사항에 대하여 다음과 같이 합의한다. 제1조 【목적】이 각서는 본건 건물 매매계약을 위한 주식 양도양수 매매계약 체결에 앞서 ”갑“과 ”을“의 업무와 역할 및 향후 절차 등 기본적인 사항에 대하여 미리 양해하고 인식하여 관련 업무를 원활히 추진함을 목적으로 한다. 제3조 【우선협상권】

① ”갑“은 건물 매매에 있어 을에게 이 각서 체결일로부터 3개월간 독점적 우선 협상대상자의 지위를 부여하고 ”을“은 이를 승낙한다.

② ”을“은 우선협상기간이 종료되기 전 최소 2주전까지는 ”갑“에게 제6조에 따른 매매 계약 조건을 제시하여야 하며 그러하지 아니 할 경우 그 날로부터 이 계약은 효력을 잃게 된다. 제4조 【역할 및 의무】 기본적인 ”갑“, ”을“의 역할 및 의무는 다음 각 호와 같다.

① ”갑“의 역할 및 의무

• 매매 대상의 확정·건물 매매계약의 타당성 검토 등을 위해 ”을“ 또는 ”을“이 지정한 회계사, 변호사, 자문사 등이 요청하는 각종 자료의 제공

• 관할 지방자치단체 등과의 협의가 필요한 사안이 있는 경우 이에 대한 협조

② ”을“의 역할 및 의무

• 적정 매매 금액의 산정

• 본건 거래의 종결을 위한 최적의 자금조달계획 수립

• 매매 대상에 대한 인수 후 분양(또는 일괄 매각) 및 임대 계획 수립 제6조 【매매 계약의 체결】

① ”갑“은 ”을“이 우선협상기간이 종료되기 전에 다음 각호 중 어느 하나의 조건을 충족하는 매매 조건을 제시한 때에는 그 조건 대로 ”을“또는 ”을“이 지정한자와 본건 건물에 대한 매매계약을 체결하여야 한다. ”을“이 제시한 매매 가격이 금이백구십억원(₩29,000,000,000) 또는 그 이상인 경우 2019.9.25. 갑 청구인 (날인) 을 F (날인)

(2) 청구인은 2019.10.15. B빌딩 및 체납 법인 주식의 거래를 위해 양수인들 (E, F)과 체결한 쟁점약정서를 제출하였다. 약정서 내용에는 체납법인과 ㈜G이 발행한 주식수 75,000주에 대하여 1주당 15,000원으로 평가하여 양수인들이 양수하는 것으로 기재되어 있고, 주식 매매 계약일 등은 기재되어 있지 않다. 또한 약정서 제7항에서 “본 약정서 체결일 이 후에 체납법인 등에서 일어난 모든 행위에 관한 것은 양수인들이 진행한 것이므로 그에 따른 모든 책임 또한 양수인들이 지는 것으로 한다”는 내용이 기재되어 있다. 청구인은 2019.10.15. 쟁점약정서 체결 이후 실질 적으로 주권 행사 및 체납법인의 경영에 대한 의사결정권 등을 양수인들 및 보증인들이 이행하고 있었으므로, 납세 의무성립일 당시 청구인은 체납법인의 과점주주에 해당되지 않는다는 주장이다. 쟁점약정서 <그림> 생략

4. 청구인의 체납법인 근로이력 국세통합전산망에 의하면 청구인은 2013.1.1.~2019.12.31.까지 체납법인으로부터 근로소득을 지급받은 것으로 나타나고, 청구인이 제출한 퇴직소득원천징수 영수증에서 징수의무자 체납법인의 대표는 E로 기재되어 있고, 청구인의 퇴사일은 2019.12.31.로 확인된다.

5. 기타 청구인 제출자료 관련 사항

  • 가) 청구인은 당초 체납법인의 체납액인 2019년 제2기 부가가치세 부과된 경위가 쟁점약정서 작성일(2019.10.15.) 이후 2019.10.31.과 2019.11.12. 분양에 따른 매출세금계산서를 발행 으로 인한 것이고, 이는 청구인이 아닌 양수인 들의 책임하에 발행한 것일 뿐 청구인은 체납법인의 분양계약 등 의사결정에 전혀 관여 한 바가 없다고 주장하며, 계정별원장(분양수입) 및 체납법인의 매출세금계산서 (2019.10.31.작성, 2019.11.12.작성 매출세금계산서)를 제출하였다.
  • 나) 국세통합전산망에 의하면 체납법인은 2019.11.12. 수분양자인 P에게 상가 30개호를 분양 후 매출세금계산서를 발행하였으나, 대금 일부를 미지급 받았다는 사유로 계약 해지에 따른 2019.12.31. 공급가액 5,600,000,000원의 수정 세금계산서를 발행하였고, 처분청은 수정세금계산서가 사유에 적법하게 발행 된 것이 아니라고 보아, 2023.3.2. 부가가치세 766,287,200원을 부과하였으며, 체납 법인은 이를 납부하지 아니한 것으로 확인된다.
  • 라. 판단

1. 구 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호는 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경 우에 과점주 주에게 그 국세의 납세의무성립일 현재 제2차 납세의무를 지울 수 있 도록 하 면서 그 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자들로서 그들 의 소 유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’로 규정하고 있다. 여기서 100분의 50을 초과하는 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것이다(대법원 2004.10.15. 선고 2003두8418 판결, 대법원 2008.9.11. 선고 2008두983 판결 등 참조). 한편, 법 제39조 제2항 소정의 과점주주에 해당하는지 여부는 특수관계에 있는 100분의 51 이상 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하며, 주식의 소유사실은 과세 관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유 주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것이다(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 등 참조).

2. 이상의 관련법리 및 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 체납법인에 부과된 세액의 납세 의무 성립일(2019.12.31.) 이전 2019.10.15. 쟁점약정서를 양수인 들과 체결하면서 실질적으로 체납 법인의 경영 권리와 의무 등을 양수인들에게 양도 하였으므로, 납세의무성립일 당시 체납법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있지 아니하여 체납법인의 과점주주에 해당하지 않는다고 주장하나, 국세통합전산망에서 확인되는 체납법인의 주식등변동상황명세서에 의하면, 2019사업연도 기말 현재 청구인이 체납법인의 주식 88.5%를 보유하는 것으로 확인되는 점, 청구인이 제출한 약정서에는 주식매매가액 평가에 대한 언급만 있을 뿐 구체적으로 청구인의 주식을 양수인들에게 양도하는 계약의 내용이나, 양수인들이 약정 체결 이후 청구인의 주주권을 양수인들이 행사할 수 있는 등 의 내용은 나타나지 않아 약정서 체결할 당시 청구인의 체납법인 발행주식을 양수인들에게 양도 하는 계약이 함께 체결되어 주식이 사실상 양수인들에게 이전되었다고 보기 어려운 점, 청구인의 주식 양도소득세 신고서나 증권거래세 신고 부속서류인 주권 또는 지분의 양도거래명세서 및 주식매매계약서에 의하면, 청구인의 체납법인 주식 양 도계약일과 양도일은 2020.1.13.로 확인되는 점, 주식매매계약서상 청구인은 계약 체결일에 매매대금을 교환하고, 매매대금 수령과 동시에 주권을 양수인들에게 교부하고 양수인들 명의로 주식명의 개서 절차를 완 료한다는 내용이 나타나므로 2020.1.13.이 체납법인 주식을 양도한 날로 볼 수 있는 점, 또한 2020.1.13. 체납법인의 주식등변동상황명세서 등에서 확인되는 주식의 양수인들(E, N, M)이 앞서 쟁점약정서의 양수인들(E, F)과 상이한 것으로 나타나므로 2019.10.15.부터 당시 사실상의 주주가 양수인들 이라고 명확히 입증된다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 봤을 때,

3. 청구인이 체납법인의 부과된 세액에 대한 납세의무성립일 현재, 소유하고 있던 체납법인의 발행주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 봄이 타당하므로, 처분청이 청구인을 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하고 납부 고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조제1항제2호(기각)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 체납법인이 신축한(2016.2.18.사용승인) 울산 소재 지하4층 지상 10층의 상가(집합건물) 2) 2016년 1월 체납법인으로부터 분할 설립된 법인으로, 체납법인과 ‘B빌딩’을 1/2씩 공동소유하고 있는 법인임

[주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)