청구법인은 동·식물원 수족관을 영위할 목적으로 쟁점건물을 완공하였으며 기부채납 이후에도 면세사업을 영위하고 있으므로 쟁점건물에 대하여 실지 사용면적에 따라 공통매입세액을 정산하고 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당함
청구법인은 동·식물원 수족관을 영위할 목적으로 쟁점건물을 완공하였으며 기부채납 이후에도 면세사업을 영위하고 있으므로 쟁점건물에 대하여 실지 사용면적에 따라 공통매입세액을 정산하고 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당함
2021. 7.2. ○○시에 쟁점건물을 기부채납(이하 “쟁점기부채납”이라 한다)하면서 조세특례제한법 제105조제1항 제3호의2를 근거로 영세 율 세금 계산서 15,437,041,343원(이하 “쟁점 영세율세금계 산서”라 한다)을 발급하였다.
가. 사실관계 1) 청구법인은 공유재산 및 물품 관리법,국토의 계획 및 이용에 관한 법률및 동법 시행령 등에 의거 ○○ 아쿠아리움 건립 을 위한 민간투자사업에 대한 설계·건립 및 관리·운영 등을 목적으로 설립된 법인으로, 경상남도
○ ○시와 2019.5.20. ｢공유재산 및 물품관리법」 (이하 “공유재산관리법”이라 한다) 에 따라 “
○○ 아쿠아리움 건립 실시협약 〞을 1차 체결하고, 2019.12.12. 변경 협약을 체결하였으며, 2021.5.10. 쟁점건물을 준공하여, 2021. 7.2.
○○시에 기부채납(소유권이전등기) 하였고, ○○시로부터 쟁점건물을 20년간 사용⋅수익 할 수 있는 허가를 받았다.
2. 청구 법인은 과세사업자로 판단하여 쟁점건물의 건설 단계에서 부담한 매입 세액을 공제하여 부가가치세 신고하였다.
3. 청구법인의 기부채납 과정 및 아라마루 아쿠아리움 개장
- 가) 청구 법인은 2019.3.5. ○○시에 사업계획서를 제출하였고, ○○시는 20 19.3.11. ”○○ 아쿠아리움 기부채납방식 민간투자사업“과 관련하여 사업제 안서 공모를 위한 공고(○○시 공고 제2019-334호) 하였으며, 사업 제안서 제출 마감기한(2019.4.10.) 까지 다른 사업자의 사업제안이 없어 공 고 문 내용에 따라 사용·수익신청(최초제안)자인 청구법인이 협상대상자 로 지정 되었다 (증빙1. ○○아쿠아리움 민간투자 사업제안서 공모 공고 사본 1부.).
- 나) 2019.5.20. 청구법인과 ○○시는 공유재산 및 물품 관리법, 국토의 계 획 및 이용에 관한 법률에 따른 실시협약을 체결하고 건물공사 착수를 하였으며 (증빙2. ○○아쿠아리움 건립 실시협약서 사본 1부(1차협약,2차변경협약)
건물은 2021.5.10. 준공 되어 2021.5.13. 청구법인 명의로 소유권 보 존등기 되었다가 ○○시가 공유재산관리법에 따라 기부서와 필요한 서류 를 제출할 것을 요구하여, ○○시로 2021.7.2. 소유권을 이전 (기부채납) 하였다. (증빙3. 아라마루아쿠아리움기부채납 관련 서류제출 (○○시 공문사본) 1부.) 다)
○○ 시는 청구법인이 2021.7.10.〜2041.7.9. 기간 쟁점건물을 사용·수익 할 수 있는〝공유재산 사용수익 허가서〞를 2021.7.9. 교부 하였다. (증빙4. 아 라마루 아쿠아리움 공유재산 사용수익허가 통보 사본 (○○시 공문) 1부. 증빙5. 공유재산 사용·수익 허가서 1부.)
- 라) 청구 법인은 수족관 운영을 위하여 동물원 및 수족관의 관리에 관한 법률 제3조에 따라 2021.7.7. 수족관 등록을 하고 면세사업을 추가 하여 2021.7.23. 아라마루아쿠아리움을 정식 개장 하였다 (증빙6. 수족관등록증 사본 1부). 나. 청구법인 주장
1. 청구 법인과 ○○시는 민간투자법이 아닌 ‘공유재산 및 물품관리법’에 따른 사 업 을 추진 하였므로 조특법 제10 6조를 적용하여 매입세액을 불공제 한 것은 부당하다.
- 가) 청구법인은 당초 ○○시와 사회기반시설에 대한 민간투자법 (이하 ” 민간투자법“이라 한다) 에 따른 사업시행을 추진하려 하였으나 민간투자법에 따 른 사업시행자로 지정받는 것에 어려움이 있어 공유재산관리법에 따른 사업을 추진 하게 되었다. 공유 재산관리법에 따른 사업추진이라는 근거는 공모 및 실시협약서 등에 다수 명시되어 있으며 구체적인 내용으로는
○ ○ 시가 청구법인과 실시협약을 체결하기 전 단계에 실시한 공모(“○○ 시의 아쿠아리움 민간투자 사업제안서 공모”) 에서 공유재산 및 물품관 리 법제7조, 제20조, 제21조의 규정에 의거 기부채납방식의 민간투 자사업으로 사업을 추진하기 위한 공모라는 사실을 명시 하였으며, 쟁점협약서에도 공유재산관리법에 따른 사업시행임을 확인할 수 있는 조항이 다수 있다.
- 나) 청구법인은 쟁점건물을 준공하여 소유권보존 등기 하였다가 ○○시의 기부채납 요구로 공유재산관리법 제7조 및 같은 법 시행령 제5조의 규정에 따른 기 부채납 서류를 제출하였고, 이에 ○○시는 공유재산관리법 제20조 와 제21조에 의한 조건을 부여하여 사용·허가 하였다. 민간투자법과 공유재산관리법에서 사용·허가상 차이점으로는, 민간투자법에서는 관리운영권을 물권 (민간투자법 제27조 1항) 으로 보며, 사회 기반시설의 관리·운영에 대하여는 같은 법 제26조에 주무관청에서 준공확인을 받 은 경우 사업시행자에게 관리운영권은 설정할 수 있고, 민간투자법에 의한 사업 시행자 지위를 가지고 실시협약에서 정한 바에 따라 관리 운영되어야 하는 원 칙상, 실시협약에 사업시행 조건과 권리의무관계가 규율되어 있 어 시설물 이용에 별도의 사용·허가가 필요치 않으나, 공유재산관리법은 “국유재산 등의 관리청이 하는 행정재산의 사용·수익에 대한 허가는 관리청이 공권력을 가진 우월적 지위에서 행하는 행정처분으로서 특정인에게 행정재산을 사용할 수 있는 권리를 설정하여 주는 강학상 특허에 해 당” (대법원 1998.2.27. 선고 97누1105 판결, 대법원 2006.3.9. 선고 2004다31074 판결 등 참조) 하며 시설물 준공 후 법에 정한 기부채납 절차에 따라 지방자치단체에 기부 채납 한 후 지방자치단체의 사용 수익허가 처분을 받아야 비로소 사용이 가능하 여 민간 투자법과는 차이가 있다. 청구 법인은 공유재산 및 물품관리법」제13조 및 같은법 시행령 제9조 제1항 1호에 따라 축조된 시설물을 같은 법 제7조【기부채납】제1항 및 같은 법 시행령 제5조【기부채납】에 따른 절차로 기부채납 하였고, 같은법 제20조【사용허가】 제2항 제2호 및 제21조 【사용허가기간】제1항에 따라 사용허가를 받았
- 다. 따라서 쟁점건물의 신축 및 기부채납 등 과정은 공유재산관리법에 따른 사업 추 진 이며, 공유재산관리법에 규정되어 있지 않은 사업시행에 필요한 세부 적인 부분 을 다른 법 즉, 민자투자법의 일부 규정을 준용하여 시행 하였는데 이를 두 고 쟁점 건 물의 기부채납이 민자투자법에 의한 시설물의 공급이라고 할 수는 없다.
2. 쟁점건물의 기부채납은 조특법 제106조제1항 7의2호 부가가치세 면제대상이 아니다.
- 가) 조특법 상 부가가치세 면제가 되기 위해서는 민간투자법에 따라 지정된 사업 시행자가 민간투자법 규정에 따른 방식으로 공급하는 사회기반시설 및 용역에 해당 되어야 한다. 그러 나 쟁점건물의 기부채납은 공유재산관리법에 따라 추진된 사업으 로 공유재산관리법에 규정되어 있지 않은 실시계획의 승인(제15조), 준공확인(제22조), 감 독명령(제45조), 공익을 위한처분(제47조)등에 대하여 민간투자법을 일부 준용 하고 있을 뿐이다. 민간투자법 제2조8호 에는 사업시행자에 대한 정의를 규정하고 있는데 이 법에서의 사업시행자는 “민간투자법에 따른 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.”고 규정하고 있어 민간투자법에 따라 지정받은 사업시행자가 민간투자법에서 규정된 조건 및 절차 에 따라 사업추진을 해야 하므로 청구법인이 민간투자법에 따라 사업 시 행자로 지정받은 지위에서 공급해야만 부가가치세 면제대상에 해당 된다. 나) 민간 투자법에 의한 사업시행자 지정에 대하여는 민간투자법 제13조 에 규 정하고 있는데, 민간투자법에서 규정하고 있는 조건·절차에 맞게 주무 관청과 협상 대상자가 실시협약을 체결함으로써 사업시행자로 지정되는 것이다. 민간투자법 중 민간부분의 사업제안(민간투자법 제9조)으로 사업을 추진하는 경우 구체적인 추진 절차등은 같은 법 시행령 제7조에 규정하고 있다. 이 사건 실시협약은 청구법인의 제안으로 진행되고 공유재산관리법에서 규정하지 않은 일부 절차적인 조항들을 민간투자법을 준용하여 실시협약을 체 결함으로써 얼핏 민간투자법에 의한 사업으로 오인할 수 있으나, 청구법인과 ○○시의 사업추진은 사업계획서(2019.3.5.제안서) 제출 ⇨ 사업제안서 공모, 공고(2019.3.11.) ⇨ 실시협약 체결(2019.5.20.) ⇨ 공사시행 ⇨ 준공 ⇨ 기부채납(2021.7.2.) ⇨ 사용·수익 허가(2021.7.9.)로 진행 되었다.
- 다) 본 사업은 민간투자법 시행령 제7조 에 정한 추진절차 즉, 공공투자관리 센 터 의 사전검토등 절차적인 어려움으로 결국 공유재산관리법에 따 른 기부 채 납 으로 진행하게 된 것이므로 민간투자법에서 정한 법적 절차를 밟지 않아 민간투자법에 의한 사업추진이 아니므로 같은 법에 따른 사업시행자가 아니다. 민간투자법상 민간부분의 사업제안으로 사업추진을 하는 경우 같은 법 시행령 제7조의 추진절차에 따라야 하며, 아래 절차도에서 보듯 주무관청이 민간 에서 제안한 내용을 공고하기에 앞서 공공투자관리센터의 검토를 받아 진행해야 한다. 그러나 이건 사업은 ○○시가 공공투자관리센터의 검토의견을 받아 진행한 사 실이 없다. 그런 까닭에 ○○시와 체결한 실시협약서(제2조 33항)에도 쟁점법인을 사회 기반시설에 대한 민간투자법제13조제3항을 준용하여 본사업의 사업시행자로 지정 받은 자로 정의 한 것이다.
- 라) 또, 조특법 제106조 1항은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용 역의 공급에 대하여 열거하고 있는데, 열거된 각 호별에는 공급자의 요 건 (〇〇법에 따른 사업자) 과 대상이 되는 재화나 용역의 종류(〇〇법 에 따른 재화, 용역)등을 별도로 규정하고 있다. 이 사건 실시협약 전문 및 개별 조항을 보면 민간투자법의 조항을 준용하는 내용은 다수 있다. 준 용이란 어떤 사항을 규율하기 위하여 만들어진 법규를 그것과 유사 하나 성 질이 다른 사항에 대하여 필요한 약간의 수정을 가하여 적용시키는 입법 기술을 말하는 것으로, 같은 종류의 규정을 되풀이하는 번잡을 피하기 위 한 입법기술의 하나이며... 준용의 주요 목적은 중복을 피하고 법문을 간소화하는 데 있으므로 (한국법제연구원 법령용어 해석) 준용은 유사한 사례에 대해서 다른 법에 규정한 부분을 따라서 해석하고 효과를 부여하는 것을 말한다. 조특법 제106조제1항 7의2호는 조사청이 매입세액 불공제 한 근거 조문으 로 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조제8호 에 따른 사업시 행자가....... 같은 법 제4조제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로.......... 공급하는 같은 법 제2조 제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역”으로 규정하고 있는데, 위 법과 같은 항 8호 및 8의2호, 8의3호는 ”…00추천을 받은자 혹은 00법에 따라 설립한 특수목적 법인이...사회기반시설에 대한 민간투자법제4조 제1호 방식을 준용하여 건설한 …“으로 되어 있어 민 간투자법을 준용하여 건설한 시설의 부가가치세 면제 대하여는 별도 항 으로 규 정하여 민간투자법을 적용하는 대상과, 민간투자법을 준용할 수 있는 대상을 구 분하고 있다. 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않으며(대법원 1984.6.26. 선고 83누709 판결; 1990.5.22. 선고 89누7191 판결; 1991.7.9. 선고 90누9797 판결) 특히, 조 세특례에 대한 규정은 과세의 공평을 도모하고 조세정책을 효율적 으로 수행하기 위해 목적으로 엄격 해석 하여야 할 것이다. 청구법 인의 쟁점건물 기부채납은 위 법에서 열거하고 있는 준용 대상의 시설 물도 아니고 민간투자법의 절차에 따라 건설한 시설물도 아니므로 조특법 의 적용을 받는 면제대상이 아니다. 만약 청구법인과 ○○시가 추진했던 사업이 민간투자법에 따라 진행된 것 이라면 민간투자법에 따라 추진하는 사업임을 공고문 및 협약서에 명시하면 당연히 민간 투자법의 절차 및 조건에 따라 진행되는 것이므로, 굳이 공고 문, 협약서의 개별 조항에 민간투자법을 준용한다는 조문을 추가 할 필요가 없었을 것이다.
3. 쟁점건물의 기부채납은 부가가치세법상 열거된 면세대상이 아니므로 기부채납 시설물의 건설에 소요된 매입세액은 공제되어야 한다.
- 가) 부 가가치세법 제9조 제1항은 재화의 공급에 대하여 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다고 규정하고 제2조제2항은 재 화라 함은 재산적 가치가 있는 물건 및 권리를 규정하고 있으며, 제3항에 용역 이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타행위를 말한다고 규정하고 있으므로 법률에 특별한 규정이 없는 한 원칙적으 로 모든 재화 또는 용역의 공급이 부가가치세의 부과대상이 된다 할 것 이다. 부가가치세법 제26조제1항 은 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 한 다음 각호에 면세대상인 재화 또는 용역을 열거하고 있는데 제20호 에 는 국가, 지방자치단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 면세한다고 규정하고 있다. 위 의 면세대상에 대한 규정은 예시적인 것이 아니라 제한적인 것으로서 위 법 조 항에 없는 거래에 대하여는 이를 섣불리 면세대상으로 단정하여서는 아니 될 것이다. 나) 부가가치세법 통칙 9-18…8 【 기부채납하는 재화에 대한 과세 】1호에 사업 자가 건물 등을 신축하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 동 건물등에 대한 무상사용 ‧ 수익권을 얻는 경우 해당 건물등의 공급거래는 과세대상이 된다고 되어 있고, 3호에는 사 업자가 생산·취득한 재화를 국가나 지방자치단체에 아무런 대가관계 없이 무상으로 기부채납하는 경우 부가가치세가 면제 된다고 되어 있
- 다. 부가가치세법 제29조제3항 은 부가가치세 과세표준을 대금, 요금 수수료 그밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함한다고 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제6 1조제2항3호에 기부채납의 경우 해당 기부채납의 근거가 되는 법률에 따라 기부채납된 가액을 공급가액으로 규정하고 있다. 기부 채납은 국가 또는 지방자치단체가 부동산 등의 소유권을 무상으로 받아 들이는 것을 말하며, 기부는 민법상의 증여와 같으며, 채납은 승 낙에 해당하므로 기부채납의 대가로 일정기간 동안 재산권에 대한 무상 사용·수 익권을 얻는 경우에는 재화와 용역의 교환거래에 해당한다. 청구법 인은 ○○시에 쟁점건물을 기부채납하면서 관리운영권을 무상취득 하 고 6년 차 부터는 연간 사용료 수익의 10%를 ○○시에 납부 하기로 협약 하였으므로, 사 업자가 자기의 비용을 투입하여 공공시설인 시설물 등을 완성하여 기부 채납 하고 그에 대한 반대급부로 일정기간 무상사용권 등을 취득하는 것은 그 기부채납과 무상사용권 등 사이에 실질적ㆍ경제적 대가관계가 있어 부가가치세 과세대상이 되는 재화 내지 용역의 공급에 해당한다고 할 것(대법원 1990.4.27. 선고 98누596 판결 등 참조)이다.
- 다) 법 원은 기부채납사업에 대한 영세율 적용 및 면세 여부와 기부채납 후에 이루어지는 사업의 과세 또는 면세 여부는 논리 필연적인 관계에 있지 않고 정책적인 판단에서 결정되어야 할 문제(서울고등법원 2018.7.12. 선고 2017누74599 판결)라고 판시하고 있다. 청구법인은 쟁점건물에서 수족관을 운영하기 위해서는 동물원 및 수족관의 관리에 관한 법률에서 정한 등록요건을 갖춘 서류를 구비하여 지자체에 등록 신청하여, 2021.7.7. 수족관 등록증이 발급 받았으며, 사업자등록 에 수족관 운 영업을 추가하고, 2021.7.23. 아라마루아쿠아리움을 정식개장 하였으므로 면세 사업은 기부채납 후 개시 한 것이다(증빙7. 협약 및 기부채납 당시 사업자등록증 사본 2부). 또, 부가가치세법 통칙 9-18…8 【 기부채납하는 재화에 대한 과세 】에서도 사 업자가 기부채납하는 자산이 유상이냐 무상이냐에 따라 과세·면세 를 따로 규정하고 있을 뿐 공급하는 사업자의 지위를 면세사업자나 과세사업자 라고 구분 하고 있지도 않으므로 이 사 건 기부채납 거래 이후에 관리운영권을 취득하여 면세사업을 영위 하 였다고 하더라도 그 공급의 주체나 기부채납 이후 영위하는 사업이 과세사업인지 여부를 제한하는 명문의 규정이 없는 이상 쟁점법인이 기부채납 후 과세·면세사 업을 겸영 하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 기부채납의 공급시기는 청구법인이 국가에 기부의사를 표시하고 국가가 그 귀속조치를 통지하여 기부채납절차가 완료된 때로 보는 것(재소비 46015-209, 2002. 8.8., 대법원 1991.4.26. 선고 90누7272 판결) 이 므로, 쟁점건물의 기부채 납 공 급시기는 기부채납 절차가 완료 된 2021.7.2.이다(증빙8. 쟁점건물 등기부등본 1부). 따라서 면세사업개시일 현재 기부채납 공급시기는 이미 완료 되었으므로, 무상 사 용권의 존속기간(20년)에 계속적으로 공급 된다고도 볼 수 없 어 기부 채납자산 관련 매입세액은 공제되어야 한다.
1) 청구법인이 ○○시청에 쟁점건물을 기부채납한 것은 조세특례제한법 제106조에 따라 부가가치세 면제되는 거래이다. 가) 조세특례제한법 제106조제1항 7의2호에는 민간투자법 제2조제8호 에 따른 사업시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법 제2조제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역을 부가가치세 면세대상으로 규정하고 있으며, 청구법인은 민간투자법에 따라 기부채납을 한 것이 아닌 공유재산 관리법에 따라 기부채납을 한 것이라고 주장하고 있으나
○○시 산업관광국(관광진흥과) “민선7기 시장공약 민간투자사업 민간부문 사업제안에 대한 검토보고”에(등록일자2019.01.04.) 애니멀킹덤이 제출한 민간 제안서 제출에 대한 검토에 사회기반시설에 대한 민간투자법 제9조 및 같은 법률 시행령 제7조제1항과 민간투자사업 기본계획 제74조와 제75조를 준용하여 제출로 명시되어있으며, 시장공약사업의 신속한 추진을 위하여 공유재산 및 물품관리법 제10조 의 규정에 의한 관련절차를 이행한다고 규정되는바 사업시행자의 선정과정은 사회기반시설에 대한 민간투자법을 준용한 것을 확인할 수 있다. 바) 또한 ○○시 산업관광국(관광진흥과)“민선7기 시장공약 아쿠아리움건설 추진계획 보고”(등록일자 2019.03.07.) 추진방식에 공유재산 및 물품관리법에 의한 기부채납 방식으로 추진하되 사업의 공정성과 기회균등보장 차원에서 공모절차를 거치고자 하며, 민간투자사업 추진과 공모절차 등에 대하여 상기 법에 별도 규정이 없으므로 사회기반시설에 대한 민간투자법과 민간투자 사업기본 계획의 절차 규정을 일부 인용하여 추진한다고 되어 있다.
- 사) ○○시의 “수익형 민간투자사업 민간부문 사업제안 안내”를 살펴보면 사회기반시설에 대한 민간투자법 제9조 (민간부문의 사업제안 등) 제2항 및 같은 법률 시행령 7조제1항에 따라 민간부문 사업 제안 요청한다는 내용으로 청구법인 외 다수의 법인에게 통보하였으며, 이에 대해 청구법인이 사업제안 후 ○○시청에서 초양도 아쿠아리움 건립 협상대상자 지정을 통보한 후 이후 ○○시청과 청구법인간 실시협약(2019.5.20., 2019.12.12. 변경협약)을 체결하였다. 실시협약서상 민간투자 시설사업과 관련하여 경상남도 ○○시와 청구법인은
○○아쿠아리움 건립 투자사업의 시행과 관련하여 사회기반시설에 대한 민간투자법 제15조, 제22조, 제45조, 제46조, 제47조와 같은 법 시행령 제16조, 제35조를 준용하고 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 및 같은 법률 시행령, 공유재산 및 물품 관리법에 따라 협약한다고 명시되어 있다.
- 아) 청 구법인은 사회기반시설에 해당하는 아쿠아리움 시설을 신축·기부 채납하였으므로 조특법 제106조에 따라 기부채납 거래를 부가가치세 면세거래로 보아야 할 것이다. 자) 2021.8.3. ○○시청 담당공무원이 청구법인의 영세율 세금계산서 발급 관련 문의에 대한 국세상담센터의 답변 시 “사업자가 민간투자법 제4조 제1호 부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 사회기반시설을 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 관리운영권을 얻어 일정기간 무상사용하는 경우 준공 후 국가 등에 기부채납 시 영세율이 적용되는 것이나, 귀 시설이 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 복합문화시설에 해당 하는지는 관련기관에 문의하시어 판단하셔야 할 것으로 사료됩니다,”라고 답변하 였다.
- 차) 청구법인은 영세율 세금계산서를 발급하고 2021년 2기 부가가치세 신고 시 영세율 첨부서류 상 영세율 세금계산서 발급에 대한 사유를 조특법 제105조제1항제3호의2 (국가 등에 공급하는 사회기반 시설 등)로 작성하여 제출하였으며, 이는 청구법인이 민간투자법에 따른 사회기반시설을 기부채납한 것을 시인하는 것이고 이후 공유재산관리법으로 부가가치세 과세대상 이라고 주장을 하는 것은 일관성이 없는 주장이다. 2) 청구법인은 면세사업을 목적으로 기부채납하였으며, 기부채납 이후에도 면세사업을 영위 중이다. 가) 부가가치세법 제26조제1항제17호 에서 동물원, 식물원 등의 입장료 수익은 면세로 규정하며, 동물원ㆍ식물원에는 지식의 보급 및 연구에 그 목적이 있는 해양수족관 등을 포함하나, 오락 및 유흥시설과 함께 있는 동물원ㆍ식물원 및 해양수족관을 포함 하지 않는다(부가가치세법 기본통칙 26-0…5). 나) 청구법인이 2018년 12월 ○○시에 제출한 ○○ 아쿠아리움 프로젝트의 사업개요상 시설용도는 문화 및 집회시설 (동·식물원·수족관), 교육연구시설, 박물관으로 확인되는 등 면세사업을 영위할 목적이었으나 부가가치세 매입세액을 공제받은 것으로 확인된다.
- 다) 청구법인은 기부채납 당시와 기부채납 이후에 대해서는 구분을 해야한다는 주장과 함께 서울고등법원 2017누74599(2018.
7.
12. 결정)을 근거로 제출하였으나, 해당 판결 이후 법개정(제17759호, 2021.
1.
1. 시행)을 통해 면세사업에 사용할 목적으로 국가 등에 공급하는 사회기반 시설의 건설용역을 부가가치세 면제로 규정하고 있고 해당 기부채납 전에 법조항이 개정되었음에 따라 면세사업 목적으로 한 기부채납하는 건물의 건설용역은 부가가치세 면세로 해당 면세에 해당하는 매입세액 불공제한 처분은 정당한 것이다. 3) 청구법인의 주장과 같이 쟁점건물 기부채납을 과세거래로 보는 경우 조사청 의 고지세액보다 더 큰 고지세액이 발생된다. 가) 국세기본법 제55조 에서 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있다.
- 나) 조사청 에서는 청구법인이 쟁점건물을 신축하면서 부담한 매입세액 중 과세사업인 부동산임대업 부분을 제외한 면세사업관련 매입세액 1,262,925,971원을 부인하고 관련 가산세를 포함하여 1,653,334,275원을 부과하였다.
- 다) 청구법인의 주장과 같이 기부채납이 민간투자법에 따른 것이 아니고 부가가치세 과세대상이라고 한다면 2021.2기 영세율 세금계산서 발급분 15,437,041,343원의 10%인 1,543,704,134원이 납부세액으로 변경됨에 따라 280,778,163원의 추가납부세액이 발생한다.
- 바) 청구주장과 같이 ○○시청에 쟁점건물을 기부채납한 것을 과세거래로 본다면 해당 거래에 대해서 과세 세금계산서 수정 발급 및 매입세액공제를 적용하여 증액되는 세액 411,173,059원에 대해 수정신고를 함으로써 해당 신고를 확정하면 된다.
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
17. 도서관, 과학관, 박물관, 미술관, 동물원, 식물원, 그 밖에 대통령령으로 정하는 곳에 입장하게 하는 것 2) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 3) 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세 사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 3-1) 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액의 안분 계산】
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입 가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계 산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. 4) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부 가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용 한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적 용하고, 제5호 및 제6호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용 한다. 3의2. 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조제8호 에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법 제2조제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역 4-1) 조세특례제한법 집행기준 제105-0-4 【사회기반시설 등의 공급에 대한 영세 율 적용】
① 부가가치세 영세율이 적용되는 사회기반시설이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 해당 시설의 효율을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서 사회기반시설에 대한 민간투자법제2조 제1호에 열거된 것을 말한다.
② 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따른 사업시행자가 사회기반시설을 준공과 동시에 국가에 귀속시키고 일정기간 무상사용·수익권을 얻어 면세사업에 사용하는 경우 해당 시설의 기부채납에 대해서는 부가가치세가 면제되고 건설단계에서 부담한 매입세액은 공제되지 아니한다. 5) 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호 및 제4호의5는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일 부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다. 7의2. 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조제8호 에 따른 사업시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조제1호부터 제3호까지의 규 정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법 제2조제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역 6) 부가가치세법 기본통칙 9-18…8【기부채납하는 재화에 대한 과세】
1. 사업자가 건물 등을 신축하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 동 건물 등에 대한 무상사용ㆍ수익권을 얻는 경우 해당 건물등의 공급거래는 과세대상이 된다.
2. 사업자가 사업을 수행하기 위한 인허가 조건에 의하여 사회기반시설 등을 국가나 지방자치단체에 기부채납하는 경우 해당 거래는 부가가치세가 면제된다.
3. 사업자가 생산·취득한 재화를 국가나 지방자치단체에 아무런 대가관계없이 무상으로 기부채납하는 경우 부가가치세가 면제된다. 7) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 【정의】
8. "사업시행자"란 공공부문 외의 자로서 이 법에 따라 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다. 8) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제9조 【민간부문의 사업제안 등】
① 민간부문은 대상사업에 포함되지 아니한 사업으로서 민간투자방식으로 추진할 수 있는 사업을 제안할 수 있다.
② 제1항에 따라 사업을 제안하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제안서를 작성하여 주무관청에 제출하여야 한다.
③ 주무관청은 제1항에 따라 제안된 사업을 민간투자사업으로 추진하기로 결정한 경우에는 이를 제안자에게 통지하고, 제안자 외의 제3자에 의한 제안이 가능하도록 제안 내용의 개요를 공고하여야 한다.
④ 주무관청은 제2항에 따른 최초 제안자의 제안서 및 제3항에 따른 제3자의 제안서에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 검토ㆍ평가한 후 제안서를 제출한 자 중 협상대상자를 지정하여야 한다. 이 경우 최초 제안자에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 우대할 수 있다.
⑤ 제4항에 따라 지정된 협상대상자와의 실시협약 체결 등에 관하여는 제13조 제3항부터 제5항까지의 규정에 따른다.
⑥ 제1항에 따라 제안된 사업의 추진절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다. 9) 사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령 제7조 【민간부문 제안사업의 추진 절차】
① 법 제9조제2항에 따른 제안서에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 제안사업에 대한 타당성 조사의 내용
3. 총사업비의 명세 및 자금조달계획
4. 무상 사용기간 또는 소유ㆍ수익 기간 산정 명세(귀속시설만 해당한다)
6. 사용료 등 수입 및 지출 계획
7. 부대사업을 시행하는 경우 그 내용 및 사유
8. 그 밖에 제안자가 해당 사업의 시행을 위하여 필요하다고 인정하는 사항
② 주무관청은 법 제9조제2항에 따라 제출된 제안서에 제1항 각 호의 기재사항이 누락 되거나 그 내용이 분명하지 아니한 경우에는 일정한 기간을 정하여 제안자에게 보완을 요구할 수 있으며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당된다고 판단되는 경우에는 접수일부터 30일 이내에 제안서를 반려할 수 있다.
1. 법령 및 주무관청의 정책에 부합되지 아니하다고 판단되는 경우
2. 주무관청에서 법 제8조의2제1항에 따른 민간투자대상사업으로 지정하거나 재정사 업으로 하여 동일한 내용으로 기본설계를 이미 시행 중인 경우
③ 주무관청은 법 제9조제2항에 따라 제출된 제안서가 형식적 요건을 갖추고 있고, 법령 및 주무관청의 정책에 부합한다고 판단되는 경우에는 제안된 사업을 민간투자사업 으로 추진할 것인지를 확정하기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관의 장에게 해당 제안서 내용의 검토를 의뢰해야 한다. 다만, 총사업비가 500억원 이상인 사업 중 국 가의 재정지원 규모가 300억원 이상인 사업과 총사업비가 2천억원 이상인 사업은 제1호 또는 제2호에 해당하는 기관의 장에게 의뢰해야 한다. <개정 2019.5.7>
1. 법 제23조제1항에 따른 공공투자관리센터(이하 "공공투자관리센터"라 한다)
2. 국가재정법 제38조제1항 의 예비타당성조사를 수행하도록 같은 법 제8조의2제1항에 따라 지정된 전문기관
3. 그 밖에 제안서 검토 수행을 위한 조직과 전문인력을 갖추고 타당성 분석 및 적격성 조사와 관련된 업무를 수행한 실적이 있는 기관으로서 기획재정부장관이 제안사업에 대한 검토를 수행할 수 있다고 인정하여 지정ㆍ고시하는 전문기관
④ 주무관청은 제2항에 따라 보완을 요구하는 경우 등 특별한 사정이 있는 경우를 제외하고는 제안서를 접수한 날부터 30일 이내에 제3항에 따라 제안서 내용의 검토를 의뢰해야 하고, 그 기간에 검토를 의뢰할 수 없을 때에는 그 사유와 검토 의뢰 예정일을 제안자에게 통지해야 한다. <신설 2019.5.7>
⑤ 제3항 각 호에 해당하는 기관의 장은 제3항에 따라 의뢰된 제안서의 내용을 검토 하는 데 필요한 관련 자료가 미비된 경우에는 주무관청에 일정한 기간을 정하여 보완을 요청할 수 있다. <개정 2019.5.7>
⑥ 제3항제1호 및 제2호에 해당하는 기관의 장은 제3항에 따라 검토의뢰를 받은 제안 사업 중 총사업비가 2천억원 이상인 사업에 대해서는 다음 각 호의 내용을 포함하는 적격성 조사를 해야 한다. 이 경우 제안사업이 국가재정법 제38조제2항 각 호에 해당하는 경우로서 심의위원회가 제안사업에 대해 경제적ㆍ정책적 판단을 할 필요가 낮다고 결정한 경우 제1호와 제2호의 사항을 제외할 수 있다. <개정 2019.5.7>
3. 재정사업으로 추진할 경우와 비교한 민간투자방식의 적정성 분석
⑦ 제3항 각 호에 해당하는 기관의 장은 제안서 검토 또는 적격성 조사 착수 전에 사업제안자의 의견을 들어야 한다. <신설 2019.5.7>
⑧ 제3항 각 호에 해당하는 기관의 장은 제5항에 따라 요청한 보완이 지연되거나 제6항에 따라 적격성 조사를 해야 하는 등 특별한 사정이 있는 경우를 제외하고는 주무관청으로 부터 검토의뢰를 받은 날부터 60일 이내에 해당 제안서에 대한 의견을 주무관청 및 기획 재정부장관에게 제출해야 하고, 민간투자사업으로 추진하기에 적합하다고 판단되는 경우 에는 적정 사업비ㆍ사용료ㆍ수익률 등 각종 사업추진을 위한 조건에 관하여 최초 제안서와 다른 의견을 제시할 수 있다. <개정 2019.5.7>
⑨ 주무관청은 제3항 각 호에 해당하는 기관의 장의 의견 등을 고려하여 제안사업의 민 간투자사업 추진 여부 등 해당 제안서에 대한 의견을 특별한 사정이 있는 경우를 제외 하 고는 제3항 각 호에 해당하는 기관의 장으로부터 의견을 제출받은 날부터 60일 이내에 제 안자에게 서면으로 통지해야 하고, 그 기간에 통지할 수 없는 경우에는 그 사유와 통지 예정일을 제안자에게 통지해야 한다. 이 경우 제8조 각 호의 어느 하나에 해당하는 제안사업을 민간투자사업으로 추진하려면 제안내용 등에 대하여 미리 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. <개정 2019.5.7>
⑩ 주무관청은 법 제9조제3항에 따라 제안 내용의 개요를 공고할 때에는 제3자가 제안할 수 있는 기간을 30일 이상으로 정하여 관보와 세 개 이상의 일간지 및 주무관청의 인터넷 홈페이지에 게재해야 한다. 이 경우 주무관청은 적정 사업비ㆍ사용료ㆍ수익률 등 각종 사업추진을 위한 조건에 관하여 해당 제안 내용과 다른 내용을 포함하여 공고할 수 있고, 최초 제안자는 공고에서 정한 기한까지 최초 제안 내용을 변경하여 다시 제안서를 제출할 수 있다. <개정 2019.5.7> 10) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제13조 【사업시행자의 지정】
① 민간투자사업을 시행하려는 자는 제10조제3항에 따라 고시된 시설사업기본계획에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업계획을 작성하여 주무관청에 제출하여야 한다.
② 주무관청은 제1항에 따라 제출된 사업계획을 대통령령으로 정하는 바에 따라 검토ㆍ평가한 후 사업계획을 제출한 자 중 협상대상자를 지정하여야 한다. 이 경우 공익성이 높은 장기투자자금의 제공 등 주무관청의 원활한 사업시행에 부합하는 사업계획을 제출한 자에 대하여는 사업계획을 평가할 때 우대할 수 있다.
③ 주무관청은 제2항에 따라 지정된 협상대상자와 총사업비 및 사용기간 등 사업시행의 조건 등이 포함된 실시협약을 체결함으로써 사업시행자를 지정한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 일정요건에 해당하는 사업시행자 지정에 관한 사항은 사전에 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다.
④ 제3항에 따라 사업시행자로 지정된 자는 관계법률에 따른 사업시행자로 본다.
⑤ 사업시행자로 지정받은 자는 지정받은 날부터 대통령령으로 정하는 기간에 제15조제1항에 따른 실시계획의 승인을 신청하여야 하며, 이 기간에 실시계획의 승인을 신청하지 아니하였을 때에는 사업시행자 지정의 효력을 상실한다. 다만, 주무관청은 불가피하다고 인정하는 경우에는 1년의 범위에서 한 번만 그 기간을 연장할 수 있다. 11) 공유재산 및 물품 관리법 제2조 【정의】
3. "기부채납"이란 지방자치단체 외의 자가 제4조제1항 각 호에 해당하는 재 산의 소유권을 무상으로 지방자치단체에 이전하여 지방자치단체가 이를 취득 하는 것을 말한다.
7. "사용허가"란 제5조제2항에 따른 행정재산을 해당 지방자치단체 외의 자가 일정 기간 유상이나 무상으로 사용ㆍ수익할 수 있도록 허용하는 것을 말한다. 12) 공유재산 및 물품 관리법 제7조 【기부채납】
① 지방자치단체의 장은 제4조제1항 각 호의 재산을 지방자치단체에 기부하려는 자가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 받을 수 있다.
② 제1항에 따라 기부하려는 재산이 지방자치단체가 관리하기 곤란하거나 필요하지 아니한 경우 또는 기부에 조건이 붙은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 받아서는 아니 된다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 에는 기부에 조건이 붙은 것으로 보지 아니한다.
1. 행정재산으로 기부하는 재산을 기부자, 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인에게 무상으로 사용허가하여 줄 것을 조건으로 하는 경우 13) 공유재산 및 물품 관리법 제20조 【사용허가】
② 지방자치단체의 장은 제1항에 따라 사용허가를 하려면 일반입찰로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제한경쟁 또는 지명경 쟁에 부치거나 수의(隨意)의 방법으로 허가할 수 있다.
1. 허가의 목적ㆍ성질 등을 고려하여 필요하다고 인정되는 경우로서 대통령령 으로 정하는 경우
2. 제7조제2항제1호에 따른 기부자와 그 상속인 또는 그 밖의 포괄승계인에게 무상으로 사용허가하는 경우 14) 공유재산 및 물품 관리법 제21조 【사용허가기간】
① 행정재산의 사용허가기간은 사용허가를 받은 날부터 5년 이내로 한다. 다만, 제7조제2항제1호의 경우에는 무상사용을 허가받은 날부터 사용료의 총액이 기부를 받은 재산의 가액에 이르는 기간 이내로 하되, 그 기간은 20년(이하 이 조에서 "총 사용가능기간"이라 한다)을 넘을 수 없다. 15) 공유재산 및 물품 관리법 시행령 제5조 【기부채납】
① 지방자치단체의 장은 법 제7조제1항에 따라 기부(寄附)를 받아들일 때에는 기부자로부터 다음 각 호의 사항을 분명하게 적은 기부서와 권리 확보에 필요한 서류를 받아야 한다. 이 경우 지방자치단체의 장은 필요한 경우 전자정부법 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 재산의 건물등기 사 항증명서 또는 토지등기사항증명서, 건축물대장, 토지대장, 임야대장, 지적도나 임야도 등을 확인하여야 한다.
1. 조사청은 조세특례제한법 제105조, 제106조에 따라 매출을 경정하였으며, 부가가치세법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조제1항, 제4항, 제5항에 따라 과․면세 실제 사용면적에 따라 안분하여 과다 공제받은 매입세액을 아래와 같이 경정․고지하였다.
2. 청구법인은 쟁점건물과 관련한 부가가치세 신고내역은 아래와 같다. <표 생략>
3. 아쿠아리움 입장등의 수입은 면세수입으로 신고하였으며, 카페 및 푸드코트 임대용역에 대하여 과세분으로 아래와 같이 신고하였다. <표 생략>
4. 조사청의 종결보고서에는 청구법인이 아쿠아리움등 쟁점건물을 신축 후 기부채납(BTO방식)하고 20년 관리운영권을 얻어 2021년 제1기 영세율로 세 금계산서를 발급한 바, 기부채납한 쟁점건물이 영세율 세금계산서 발급대상인지 여부와 쟁점건물 신축에 대한 매입세액을 적정하게 공제받았는지 여부를 검토 하였으며 조사 종결보고서를 일부 발췌한 내용은 아래와 같다.
1. 부가가치세법제40조에서 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하 는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산하고, 같은 법 시행령제81조제1항에서 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분계산 하도록 규정하고 있다. 또한, 5항에서는 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계 산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다고 규정하고 있다. 조세특례제한법은 2020.12.29. 민간투자법 제2조제8호 에 따른 사업 시 행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 국가 또는 지방자치단체에 공급 하는 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역은 영세율의 적용대상 에 서 제외하는 것으로 개정되었고, 조세특례제한법집행기준에서는 사회 기 반 시 설에 대한 민간투자법에 따른 사업시행자가 사회기반시설을 준공과 동시에 국가에 귀속시키고 일정기간 무상사용․수익권을 얻어 면세사업에 사용 하는 경우 해당 시설의 기부채납에 대해서는 부가가치세가 면제되고 건설단계 에서 부담한 매입세액은 공제되지 아니한다고 규정하고 있다.
2. 청구법인은 ○○시와 협약하여 신축한 쟁점건물의 기부채납은 조세특례 제한법 제106조에 따른 부가가치세 면세대상에 해당하지 않으므로 과세거래에 해당하여 쟁점건물에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 주장하나, 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
3. 위 법리 및 앞서 살펴본 사실관계를 종합하여 살펴보면, 청구법인이 주장하는 바와 같이 공유재산관리법에 따라 사업시행자로 지정받아 쟁점건물을 완공하여 ○○시에 기부채납하고 그 대가로 20년간 무상으로 사용·수익 허가를 받아 과·면세 사업을 겸영하는 경우에는 과세사업에 관련된 기부채납 부분에 대해서는 부가가치세가 과세되고 관련 매입세액을 공제하는 것이나, 면세사업과 관련한 기부채납에 대해서는 부가가치세가 면제되는 것이므로 관련 매입세액은 공제되지 아니하는 것이다(기획재정부 부가가치세제과-43, 기획재정부 부가가치세제과-471). 따라서, 과·면세 사업을 겸영하는 경우 기부채납과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제40조 와 같은 법 시행령 제81조에 따라 매입세액을 실지사용면적에 따라 안분해야 하는 것이므로, 청구법인은 동·식물원 수족관을 영위할 목적으로 쟁점건물을 완공하였으며 기부채납 이후에도 면세사업을 영위하고 있는 것으로 보아, 처분청이 쟁점건물에 대하여 실지 사용면적에 따라 공통매입세액을 정산하고 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조제1항제2호(기각)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 공유재산: 지방자치단체의 부담, 기부채납(寄附採納)이나 법령에 따라 지방자치단체 소유로 된 부동산 등
과·면세 사업을 겸영하는 경우 기부채납과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제40조와 같은 법 시행령 제81조에 따라 매입세액을 실지사용면적에 따라 안분해야 하는 것이므로, 청구법인은 동·식물원 수족관을 영위할 목적으로 쟁점건물을 완공하였으며 기부채납 이후에도 면세사업을 영위하고 있는 것으로 보아, 처분청이 쟁점건물에 대하여 실지 사용면적에 따라 공통매입세액을 정산하고 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음