중소기업 유예규정 적용 대상이었으나 독립성 기준 미충족으로 유예기간 적용 배제된 청구법인이 개정 법률에 따라 유예규정으로 다시 적용받을 수 있는지 여부

가. 청구법인은 2001.12.20. 개업하여 경남 ○○시 ○○구 소재에서 제조업(금속박판가공)을 주업종으로 하여 계속사업중이며 2010.3.2. ㈜○○상사의 지분인수(지분율 51%)로 인해 상호출자제한기업 집단에 속하게 되었으며, 2013.4.19. ㈜○○상사가 보유지분 전부를 매각함에 따라 상호출자제한기업집단에서 제외되었다. 청구법인은 2021사업연도 법인세 신고시 중소기업 유예규정을 적용하여 통합투자세액공제 6,942,162,568원에 대해 중소기업공제율을 적용하여 694,216,256원으로 신고하였으며, 2022.8.3. 중소기업 공제금액을 적용하여 고용증대세액공제 누락분에 대한 경정청구를 신청하여 42,966,000원을 환급결정(농어촌특별세 8,593,200원 충당)한 사실이 확인된다.

• 나. 청구법인의 2009년 매출액은 73,164백만원이며, 2010사업연도 이후 연도별 매출액을 기준으로 한 중소기업 해당 여부는 다음 <표1>과 같다. <표 생략>
• 다. 부산지방국세청장은 2023.10.10.부터 2023.10.27. 기간동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 조세특례제한법 시행령 제2조제2항 (이하 “중소기업 유예규정”이라 한다) 적용 대상에 해당되지 않아 2021사업연도에 통합투자세액공제 및 고용증대세액공제에 대하여 중견기업 공제율 및 공제금액을 적용하여 세액을 경정할 것을 처분요구하였으며, 이에 처분청은 2024.4.1. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 628,560,160원(농어촌특별세 100,761,470원 감액경정)을 경정·고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.1. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 사실관계 및 청구취지

1. 청구취지 및 사업현황 청구법인은 조세특례제한법 시행령의 개정으로 기존의 관계기업 규정에 따라 유예기준을 적용받지 아니한 회사의 경우에도 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우부터 1회에 한하여 중소기업유예규정을 적용받도록 함에 따라 청구법인은 2021사업연도에 매출액이 처음으로 1,500억원을 초과하게 되었으며, 2021사업연도부터 2024사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용 받아야 할 것이다. 따라서 2024.4.1. 고지된 세액 628,560,160원 중 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제에 대한 감사결과에 따른 경정사항을 제외한 고지세액의 취소를 청구한다.

2. 사업현황

1. 2010년부터 청구법인의 매출액은 조세특례제한법 제2조제1항제1호 에서 규정하고 있는 중소기업기본법 시행령 별표1의 규정에 의한 매출액 규모기준을 초과하게 되었다. 그러나 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보도록 규정하고 있다.

2. 또한 2009.12.31. 현재 청구법인의 최대주주는 지분 100%(주식수 190,000주)를 보유한 조○제였으나, 2010.2.5. ㈜○○상사가 기존 최대주주 조○제51%(주식수 96,900주)를 취득하여 새로운 최대주주가 되었으며, 그 결과 2010.3.2.로 청구법인은 ㈜○○상사의 종속회사로 ㈜○○의 계열회사로 편입되었다. 이로 인하여 청구법인은 조세특례제한법 시행령 제2조제1항제3호 의 “실질적 독립성 기준”을 충족시키지 못하게 되었다. 즉, 청구법인이 “ 중소기업기본법 시행령 제3조제2호 가목 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조제1항에 따른 상호출제제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것”이라는 규정을 충족시키지 못하였기 때문이다. 그러나 중소기업이 동 독립성 요건을 충족하지 못하게 된 때에는 유예기간을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다.

3. 이에 청구법인은 매출액 기준으로 1,000억원이 초과한 2010년부터 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하여 중소기업 유예기간의 적용을 받지 아니하였다.

• 나. 과세처분에 대한 청구법인 주장 청구법인은 2021사업연도에 대한 법인세 신고시 중소기업 유예규정을 적용하여 법인세를 신고하였으며, 청구법인이 중소기업으로 본 사유는 다음과 같다.

1. 2015년 중소기업기본법 시행령의 개정으로 조세특례제한법 제2조제1항 및 제2항이 개정되었으며, 조특법 시행령 제2조제1항 및 제2항(2015.2.3. 대통령령 제26070호)의 개정이유는 중소기업기본법 시행령 개정사항(2015.1.1. 시행)을 반영하여 중소기업 요건을 간소화하고, 관계기업도 비관계기업과 동일하게 졸업 유예기간을 적용하여 기업간 형평을 제고하기 위한 것으로, 조세특례제한법상 세제지원의 대상이 되는 중소기업의 규모 기준을 상시 종업원 수, 자본금 및 매출액에서 매출액으로 간소화하여 중소기업기본법상 중소기업의 범위와 세법상 중소기업의 범위를 동일하게 일치시켰다.

2. 세법상 중소기업 유예는 위 개정된 조특법 시행령의 부칙 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례)에 따라 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하는 것인 바, 중소기업기본법에서는 중소기업기본법 시행령 부칙 <대통령령 제25302호, 2014.4.14.> 제3조(중소기업 간주 범위 변경에 관한 특례)에서 “제9조 제3호의 개정규정에도 불구하고 이 영 시행 전에 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간에 있었거나 그 기간에 있는 기업이 이 영 시행 후 중소기업에 해당하게 되는 경우에는 이 영 시행 전에 중소기업으로 보았던 횟수에 관계없이 이 영 시행 후 1회에 한정하여 중소기업으로 볼 수 있다’라고 동일한 취지로 명확하게 규정하고 있다.

3. 개정된 중소기업기본시행령(2015.1.1. 시행)의 중소기업 요건 간소화라는 동일한 취지에 비추어 2015.2.3. 개정된 조특법 시행령 제2조제2항의 중소기업 유예기간 적용은 부칙 <대통령령 제26070호, 2015.2.3.> 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례)에 따라 조세특례제한법일부개정법률시행(2015.1.1.)이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하는 것으로서, 이때 “최초”는 청구법인의 설립일 이후가 아닌 2015.1.1. 개정법률 시행 이후이므로 이는 2014년 이전 귀속분에서 비록 중소기업에 해당하지 않았다 하더라도, 2015년부터 새로 판단하자는 것이다(기획재정부조세특례-360, 2021.5.7. 등 참조)

4. 따라서 청구법인 2010년 매출액 규목의 기준인 1,000억원을 초과하여 중소기업을 졸업하였다고 하나 상기 규정에 따라 기획재정부조세특례-360에 따라 새로이 판단할 경우 2015.1.1. 시행된 중소기업기본법 시행령의 적용에 따라 최초로 중소기업의 기준을 충족하지 못하게 된 2021년부터 2024년까지는 중소기업 유예규정을 적용하여야 할 것이다.

1)청구법인은 2001.12.20. 설립되어 경상남도 ○○시 ○○구에서 철강재 제조업을 영위 중인 법인으로서 2010사업연도 매출액 1,079억원으로 최초로 중소기업 기준(매출액 1,000억원 이상)을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 2010.3.2. ㈜○○상사의 지분인수(지분율 51%)로 인해 상호출자제한기업집단에 속하게 된 바, 실질적인 독립성 요건을 충족하지 못하여 조세특례제한법 시행령제2조제2항제3호에 따라 중소기업 유예기간을 적용받지 못하였다. 이후 2013.4.19. 최대주주였던 ㈜○○상사가 보유지분 전부를 대표이사 조○제에게 매각함에 따라 상호출자제한기업집단에서 제외되었다. 청구법인은 2010~2013 “○○ 기업집단”의 소속 기업으로 공시됨 <표 생략> 2)청구법인은 상호출자제한기업집단에서 제외되어 실질적인 독립성 기준을 충족하고 2014～2020사업연도 기간 매출액이 중소기업 규모기준에 미달하여 중소기업에 해당되었다가 2021사업연도 매출액이 1,876억원으로 증가함에 따라 다시 중소기업 규모기준(1차 금속제조업, 1,500억원 이상)을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으며, 청구법인의 연도별 매출액 및 중소기업 기준 충족 여부에 따른 법인세 신고 시 법인종류는 <표1>과 같다. 3)청구법인은 2021사업연도 법인세 신고 시 중소기업 유예기간에 해당된다고 보아 통합투자세액공제 시 투자금액 6,942백만원에 대해 중소기업 공제율 10%를 적용하여 694,216,256원을 공제하였고, 2022.8.3. 중소기업 공제금액을 적용하여 고용증대세액공제 누락분을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으며, 이에 처분청은 2022.9.30. “인용” 결정하면서 2021사업연도에 대해 42,966,000원을 환급결정하고 농어촌특별세 8,593,200원을 충당하였다. 4)부산지방국세청장은 2023.10.10.～10.27. 기간 처분청에 대한 종합감사를 실시하면서 청구법인은 중소기업 유예기간 적용이 배제되는 기업이므로 중견기업에 해당하는 바 통합투자세액공제 및 고용증대세액공제에 대해 각각 중견기업 공제율 및 공제금액을 적용하여 세액을 경정할 것을 처분요구 하였으며, 이에 따라, 처분청은 2024.4.1. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 628,560,160원(농어촌특별세 100,761,470원 감액경정)을 경정·고지하였다.

1. 2015.2.3. 개정된 조세특례제한법 시행령부칙 제4조(이하 “쟁점부칙조항” 이라 한다)와 관련한 개정법률의 구체적인 내용이다. 가) 중소기업기본법 시행령(이하 “중기령”이라 한다)이 2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부 개정되면서 중소기업의 규모기준 및 졸업기준 을 판단할 때, 관계기업에 해당하는 경우 지배기업과 종속기업의 상시근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액을 합산하도록 하였고, 이에 따라 2010.12.30. 조세특례 제한법 시행령(이하 “조특령”이라 한다)을 대통령령 제22583호로 일부 개정 시, 중기령의 관계기업제도를 도입하였으며, 2012.1.1. 시행되었다. 또한, 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 조특령 제2조제1항(중소기업 요건) 및 제2항(중소기업 유예기준)은 중기령 개정사항(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되어 2015.1.1. 시행된 것)을 반영하여 중소기업 요건을 간소화 하였으며, 관계기업에 대해서도 중소기업 유예기간을 적용하는 것으로 개정(이하 해당 개정을 “이 건 개정”이라 한다)되었다. 나)중소기업 유예와 관련한 이 건 개정의 구체적인 내용을 살펴보면, 이 건 개정 전, 제2조제2항(중소기업 유예기준)에서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 졸업기준에 해당하지 않거나 규모기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 ”유예기간“이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당여부를 판정하도록 하면서 단서 규정을 두어 각 호의 사유에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하도록 하였는데, 이 건 개정으로 인해 조특령 제2조제2항제3호의 사유에서 관계기업이 제외되었다.

• 다) 위와 같이, 중소기업 유예기간을 적용함에 있어 종전에는 독립성기준(중기령 제3조제1항제2호 가~다목 전부)을 충족하지 못할 경우 유예기간 적용을 배제하였으나, 이 건 개정으로 독립성기준 중 “중기령 제3조제1항제2호다목”에 해당하는 관계기업에 대해서는 매출액 등 합산 시 중소기업의 요건을 충족하지 못하게 된 경우에도 유예기간을 적용하도록 확대·개정된 것이며, 중기령 제3조제1항제2호 가목 및 나목 사유에 해당하는 경우에는 계속적으로 중소기업 유예기간 적용을 배제하고 있다.
• 라) 또한, 이 건 개정의 부칙 제25조에서는 아래와 같이 2015.1.1. 전에 개시하는 사업연도에 중소기업의 규모기준 또는 졸업기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 된 기업의 경우에는 제2조제2항(중소기업 유예기준)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따를 것으로 규정하고 있어, 쟁점부칙조항은 중소기업이었으나 관계기업제도 시행에 따라 관계기업 매출액 등 합산 시 중소기업 기준을 초과하여 중소기업 유예기간을 적용받지 못한 기업에 대해 적용하는 것이다. 2)청구법인은 당초 상호출자제한기업집단 편입에 따라 실질적인 독립성 요건을 미충족하여 중소기업 유예기간 적용이 배제된 기업이다. 앞서 진술한 바와 같이, 청구법인은 2012.1.1. 관계기업제도 시행 전에 이미 2010.3.2. “중기령 제3조제1항제2호가목”의 상호출자제한기업집단에 속한 기업에 해당됨에 따라 중소기업 유예기간이 적용이 배제된 것이며, 아래 기획재정부 조세특례제도과-371(2024.5.3.) 등 다수의 유권해석과 같이, 독립성기준을 충족하지 못하여 중소기업 유예기간 적용이 배제된 기업은 중소기업이 되었다가 재차 중소기업에 해당하지 않게 되더라도 중소기업 유예기간을 적용받지 못하는 것이다. 3)또한, 청구법인은 이 건 개정법률 시행 전에 중소기업 졸업기준을 초과하였으므로 종전 규정을 따라야 한다. 청구법인은 이 건 개정법률 시행 전 2010~2013사업연도 매출액이 1,000억원을 초과함에 따라 구 조특령(이 건 개정 전의 것) 제2조제1항 부분 단서(졸업기준)에 해당되어 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로, 이 건 개정의 부칙 제25조에서 명백히 정하는 바와 같이, 종전의 규정을 따라야 하므로 청구법인의 주장과 달리 쟁점부칙조항을 적용받을 수 없고 매출액 1,000억원을 초과한 사업연도에 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하여 유예기간이 적용이 배제되었으므로 유예기간을 적용하지 아니하고 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정하여야 하는 것이다. 4)중소기업의 해당여부나 유예여부는 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 한다(대법원2013두10458, 2015.4.23.)
• 가) 청구법인은 쟁점부칙조항을 중기령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되어 2015.1.1. 시행된 것) 부칙 제3조에 비추어 “이 법 시행 전의 중소기업 판정 횟수와 무관하게 2015.1.1. 이후에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에 다시 유예기간을 적용하는 것”으로 해석함에 따라 청구법인이 2010사업연도 매출액이 1,000억원을 초과하여 중소기업을 졸업하였다고 하더라도 쟁점부칙조항에 따라 새롭게 중소기업 해당 여부를 판정하여야 한다고 주장하였으나, 중소기업기본법 및 그 시행령은 중소기업을 육성하기 위한 시책의 기본적인 사 항을 규정하는 것이고, 조세특례제한법 및 그 시행령은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하는 것으로써 법령 적용의 범위가 다르다.
• 나) 조세특례제한법령에서 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 일부 달리 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면 조세특례제한법에 규정된 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하는 것이며, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없다.
• 다) 이와 같이, 조특령의 이 건 개정의 부칙 제25조에서는 2015.1.1. 전에 개시하는 사업연도에 중소기업의 규모기준 또는 졸업기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 된 기업의 경우에는 제2조제2항(중소기업 유예기준)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따를 것을 명백히 규정하고 있고
• 라) 청구법인은 중소기업 졸업기준을 초과한 사업연도에 “중기령 제3조제1항제2호가 목”의 상호출자제한기업집단에 속하게 되어 중소기업 유예기간 적용이 배제된 기업이고, 중소기업 유예기간 적용이 배제된 기업은 재차 중소기업이 되었다하더라도 유예기간을 적용할 수 없다. 5)청구법인이 제시한 해석사례 및 판례는 청구법인의 사례와 다르다. 청구법인은 기획재정부의 해석사례(기획재정부 조세특례제도과-360, 2021.5.7.), 국세청의 해석사례(서면-2015-법인-2390[법인세과-107], 2017.1.11) 및 판례(심사-법인-2021-0007, 2021.8.25.)를 들어 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하는 경우부터 유예기간을 적용할 수 있다고 주장하였으나, 해당 사례는 중소기업이었던 기업이 2012.1.1. 관계기업제도 시행으로 “중기령 제3조제1항제2호다목”에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나 유예기간 적용이 배제된 기업에 대한 것으로, 청구법인은 관계기업제도 시행과 관계없이 이미 단독기업으로서 졸업기준을 초과하였으며, “중기령 제3조제1항제2호가목”의 상호출자제한기업집단에 속하게 되어 중소기업에 해당하지 않게 되었고 중소기업 유예기간 적용도 배제된 것인 바, 동일한 사례로 볼 수 없다. 6)결론 앞서 살펴본 바와 같이, 청구법인은 쟁점부칙조항 적용대상이 아니며 이 건 개정의 부칙 제25조에 의하여 종전의 규정을 따라야 하고, “중기령 제3조제1항제2호가목”의 상호출자제한기업집단에 속하게 되어 중소기업 유예기간 적용이 배제된 기업은 실질적인 독립성 요건을 충족하더라도 중소기업 유예기간을 적용할 수 없으므로 청구법인이 중소기업 규모기준을 초과한 2021사업연도에 대해 중소기업 유예 기 간 적용을 배제하고 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 중소기업 유예규정 적용 대상이었으나 독립성 기준 미충족으로 유예기간 적용 배제된 청구법인이 개정 법률에 따라 유예규정을 다시 적용받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업의 법위】

① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 - 중략 -을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29>

중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)제2조【중소기업의 법위】

① - 중략 - 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조제1항제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호(중소기업기본법 시행령제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 3) 조세특례제한법 시행령 부칙<26070호, 2015.2.3.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 제3조(중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조 제1항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조 제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다. 제25조(중소기업 유예기간 적용에 관한 경과조치) 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 전에 종전의 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하거나 종전의 제2조제1항제1호의 기준을 초과한 기업에 대해서는 제2조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 4) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것) 부칙 제1조(시행일) 이 영은 2015년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제3조(중소기업 간주 범위 변경에 관한 특례) 제9조 제3호의 개정규정에도 불구하고 이 영 시행 전에 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간에 있었거나 그 기간에 있는 기업이 이 영 시행 후 중소기업에 해당하게 되는 경우에는 이 영 시행 전에 중소기업으로 보았던 횟수에 관계없이 이 영 시행 후 1회에 한정하여 중소기업으로 볼 수 있다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 2021사업연도 중소기업 유예규정을 적용하여 세액감면 등을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 감사관은 2010~2013사업연도 중소기업 유예규정을 이미 적용 받은 청구법인은 2021사업연도 중소기업 유예규정 적용 대상에 해당하지 아니하여 세액감면 등을 적용할 수 없다고 주장하고 있으며, 이 외 청구법인과 감사관 간 다툼은 없다.

2. 청구법인은 2024.5.7. 대표이사 이수항에서 권우준으로 변경되었고 2001년부터 제조업으로 영위중인 법인사업자이다.

3. 청구법인의 주주는 2009년 연도말 조○제 보유지분이 100%이며, 2010.2.5. ㈜○○상사가 조○제의 주식 96,900주를 양수(지분율 51%)하고, 2015년 유상증자(200,000주)를 실시하여 조○제의 주식수는 390,000주로 확인된다.

4. 청구법인의 연도별 매출액 및 중소기업 해당 여부, 법인세 매출액은 <표1>과 같은 것으로 국세통합전산망 등에서 확인되며, 청구법인의 법인세 신고내역은 아래와 같고, 2021사업연도 법인세 신고시 중소기업으로 신고하였다.

5. 청구법인은 2010사업연도 최초로 매출액이 1,000억원을 초과하여 2010사업연도부터 2013사업연도 중소기업 졸업요건에 해당되나, 중기령 제3조제1항제2호가목의 상호출자제한기업집단에 속하게 되어 실질적인 독립성 요건을 충족하지 못하여 중소기업 유예기간을 적용받지 못한 것으로 나타난다.

• 라. 판단

1. 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정 전 구 조특법시행령 제2조제2항에는 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 제1항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 이후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 조특법 시행령 제2조제2항에는 상기 제1항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 제1항제1호의 기준을 초과하는 경우 외에 제1항제3호의 실질적인 독립성요건을 갖추지 못하여 중소기업에 해당되지 아니하게 된 때에도 유예기간을 적용하는 것으로 개정되었다. 부칙 제4조에는 “제2조제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다.” 라고 규정하고 있고, 부칙 제25조에는 “법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 전에 종전의 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하거나 종전의 제2조제1항제1호의 기준을 초과한 기업에 대해서는 제2조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하고 있다.

2. 다음의 사정을 종합하여 보면 청구법인의 경우 제25조에 따라 개정 전 구 조세특례제한법 시행령을 적용하여야 하고 이에 따르면 청구법인은 2021~2024사업연도 중소기업 유예규정 적용 대상에 해당하지 않는 것으로 판단된다. 가) 조세특례제한법 시행령 부칙 제25조(제26070호, 2015.2.3.)에서는 2015.1.1. 전에 개시하는 사업연도에 중소기업의 규모기준 또는 졸업기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 된 기업의 경우에는 제2조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

• 나) 청구법인은 2010사업연도 매출액 1,000억원을 초과하였으나 중소기업기본법 시행령제3조제1항제2호가목인 상호출자제한기업집단에 속한 기업에 해당됨에 따라 독립성 요건을 충족하지 못하여 중소기업 유예기간을 적용받지 못하였으나, 개정법률 시행 전에 중소기업 졸업기준을 초과하였으므로 종전 규정을 적용해야 한다.
• 다) 청구법인이 제시한 심판례 등은 이 건 개정 전 졸업기준 또는 규모기준을 초과한 사실이 없는 기업이 관계기업 매출액 등으로 인해 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당되지 않게 된 사례들로 부칙 제25조에 적용되는 사례가 아니므로 이 건에 원용할 수 없는 것으로 보인다.
• 라) 청구법인은 2015.1.1. 개정법률 시행 이후에 중소기업을 새로 판단해야 하며, 시행 이후 중소기업기본법 시행령의 적용에 따라 최초로 중소기업 매출액 기준을 충족하지 못하게 된 2021사업연도부터 2024연도까지 중소기업 유예규정을 적용받아야 한다고 주장하나, 기획재정부 조세특례제도과-371(2024.5.3.)호는 중소기업이었던 법인이 독립성 기준 미충족으로 유예없이 비중소기업이 되었다가 중소기업이 되었고, 이후 매출액 증가로 비중소기업이 된 경우 중소기업 졸업유예기간을 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있는 바, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

3. 따라서 청구법인이 2021사업연도 중소기업에 해당되지 않는 것으로 보아 처분청이 세액감면 등을 부인하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호(기각)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.