이주비 이자대납액 중 수익사업 해당분은 손금 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 가. 청구법인은 20○○.○○.○○. 부산 ○○ 일원 ○○,○○○㎡의 주택재개발을 목적으로 개업하여 도시 및 주거환경정비법제2조에 따른 재개발정비사업을 영위하는 조합법인이다.
• 나. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 20○○~20○○ 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 조합원들이 부담하여야 할 이주목적 이주비 차입금에 대한 이자비용 ○,○○○백만원(이하 “쟁점이자비용”라 한다)을 대납한 것을 수익사업의 손금으로 계상한 사실을 확인하고, 쟁점이자비용을 비수익사업(조합원분양) 관련 개별손금으로 보아 전액 손금불산입하고, 그 중 면적비율로 안분한 수익사업 해당분 ○,○○○백만원을 조합원들의 배당소득으로 하며, 쟁점이자비용과 무관한 비수익사업 개별손금 등 적출내역을 포함하여 ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 법인세를 부과하도록 결정결의서(안)을 통보하였고, 20○○.○○.○○. 청구법인에게 ○,○○○백만원을 소득금액변동통지하였다.
• 다. 처분청은 조사청의 결정결의서(안)에 따라 20○○.○○.○○. 청구법인에게 법인세 ○,○○○백만원을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 20○○.○○.○○○○. 이 건 이의신청을 제기하였다. <표1> 쟁점이자비용에 대한 조사청의 세무조정 내역 청구법인 회계처리) 이자비용 ○,○○○백만원 / 현금 ○,○○○백만원 조사청 회계처리) 비수익자산 ○,○○○백만원 / 현금 ○,○○○백만원 배당금 ○,○○○백만원 세무조정) 손금불산입 비수익사업이자(비수익자산) ○,○○○백만원 (기타) 손금불산입 수익사업이자(배당금) ○,○○○백만원 (배당)

• 가. 조사청이 손금부인한 쟁점이자비용은 청구법인의 주택재개발사업의 수익사업과 비수익사업을 수행하는데 필수적인 사업비로 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다. 쟁점이자비용은 ① 청구법인이 조합원총회 결의를 통해 재개발정비사업의 사업경비 예산으로 편성하여 부담한 것으로, ② 재개발사업의 기초가 되는 건물신축용 용지인 조합원의 종전토지의 취득에 필수적으로 수반되는 사업비로서, 이들 용지 상에 조합원에게 공급하는 주택뿐만 아니라 일반분양용 주택 등도 함께 건축하여 공급하고 있으므로, 조합원으로부터 취득하는 종전 토지의 취득원가와 마찬가지로 비수익사업과 수익사업에 배분되어야 하는 공통손금에 해당된다.
• 나. 쟁점이자비용은 비수익사업만을 위해 지출하는 비수익사업의 개별손금이 아닌 공통손금이므로 법인세법 시행규칙 제76조제6항 에 따라 국세청장이 정하는 사용면적 등의 기준에 의하여 안분 계산되어야 한다. 처분청이 청구법인의 사업비 중 비수익사업의 개별손금이라고 보아 손금부인한 조합원분양 중도금대출이자 및 특화상품비 등이 조합원에게 신축 주택을 공급하는 것에 한하여 발생한 개별손금인 것과 달리, 쟁점이자비용은 조합원뿐만 아니라 일반인에게도 신축주택 등을 분양하는 것과 관련된 사업비로서 공통손금에 해당하게 되어 법인세법 시행규칙 제76조제6항 에 따라 국세청장이 정하는 사용면적 등의 기준에 의하여 안분 계산되어야 한다. 따라서 쟁점이자비용 ○,○○○백만원은 공통손금으로서 그 중 수익사업비율 상당액 ○,○○○백만원은 수익사업의 손금에 산입되어야 한다.
• 다. 쟁점이자비용이 공통손금에 해당하게 되므로 이를 비수익사업의 개별손금으로 보아 그 중 수익사업 비율 상당액 ○,○○○백만원을 조합원의 배당소득으로 본 소득금액변동통지 처분 또한 취소되어야 한다.

• 가. 쟁점이자비용은 조합원들의 대체주거에 필요한 차입금의 이자를 청구법인이 대납한 것으로 수익사업(일반분양) 및 비수익사업(조합원분양)의 공통손금에 해당하지 않는다. 청구법인이 언급한 건물신축용 용지의 취득가액은 해당 용지 지상에 건물이 신축되고, 해당 용지가 신축건물과 함께 직접 조합원 및 일반분양자에게 분양되어 용지의 경제적 효익을 조합원 및 일반분양자에게 모두 귀속되고 있으므로 용지의 취득가액이 수익사업 및 비수익사업의 공통손금이 되는 것으로써 쟁점이자비용과는 그 성격이 다르다. 쟁점이자비용은 일반분양자에게는 지출되지 않고, 청구법인의 조합원들을 위해서만 직접 지출되는 것이므로 지출의 경제적 효익이 조합원들에게만 귀속되고 있다. 쟁점이자비용은 조합원들의 대체주거에 필요한 자금을 금융회사로부터 대출받은 후에 발생한 이자를 조합원들이 아닌 청구법인이 대납한 것으로, 만약 청구법인이 대납하지 않더라도 주거가 반드시 필요한 조합원들로서는 스스로 부담할 수밖에 없으며, 이주비 대출은 조합원들이 필요에 의해 선택적으로 진행하는 것으로써, 쟁점이자비용이 청구법인의 일반분양(수익사업)을 진행하는데 반드시 필요한 지출이라고 할 수 없다. 재건축ㆍ재개발사업에서 조합의 개별 여건 등에 따라 이주비 대출이자를 조합원들이 직접 부담하기도 하고, 시공사 등이 부담하기도 하는 등 이자를 부담한 주체가 다양한데 이 건과 같이 조합이 대신 부담해 준 경우만 공통손금으로 인정할 수도 없다. 또한 다수의 예규(기준-2019-법령해석법인-0485 등) 및 심판례(조심2020부0371 등)에서도 이주비대출이자는 조합원이 직접 부담해야 하는 비용이므로 수익사업의 손금에 해당하지 않고, 그 중 수익사업 부분 부분 상당액은 조합원의 배당소득에 해당한다고 일관되게 해석하고 있다.
• 나. 조사청은 쟁점이자비용을 법인세법 시행규칙 제76조제6항 에 따라 사용면적 기준으로 안분 계산하였다. 조사청은 중도금이자 ○,○○○q백만원과 쟁점이자비용 ○,○○○백만원을 합한 ○,○○○백만원에 대해 사용면적에 의한 수익사업 부분 비율 61.23%인 ○,○○○백만원에서 사망한 조합원 귀속분 등을 차감한 후 ○,○○○백만원을 조합원의 배당소득으로 소득처분하였다. 당초 청구법인의 주장과 같이 수익사업 및 비수익사업의 사용면적 비율에 따라 안분계산하여 조사청이 법인세 경정 및 배당소득 소득처분에 의한 소득금액변동통지하였다.
• 다. 쟁점이자비용 중 수익사업 부분 상당액은 조합원에 대한 배당소득이므로 소득금액변동통지는 정당하다. 청구법인은 각 조합원들이 부담하여야 할 쟁점이자비용을 대신하여 부담한 것으로, 이 중 수익사업부분 상당액은 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】또는 법인세법 제19조 【손금의 범위】에 따라 청구법인의 손금에 해당하지 않는다. 또한 법인세법 제67조 에 따라 손금에 산입하지 않은 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자가 주주 등인 경우 배당으로 처분하도록 하고 있으므로 쟁점이자비용 중 수익사업부분 상당액은 청구법인의 손금에 해당하지 않고, 조합원들에게 귀속되었으므로 조합원들의 배당소득으로 소득처분한 소득금액변동통지는 정당하다.
• 라. 상기 내용을 종합하면, 청구법인이 부담한 쟁점이자비용은 공통손금에 해당하지 않아 손금불산입 대상이고, 이 중 수익사업 부분 상당액은 조합원들의 배당소득에 해당한다. 쟁점이자비용은 일반분양자와는 무관하게 조합원들을 위해서만 지출되는 금액으로, 해당 지출의 경제적 효익이 조합원들에게 귀속되고 있으며, 이주비 대출은 각 조합원 개인의 필요에 따라 선택적으로 진행되는 것이므로 일반분양 및 조합원분양의 진행을 위해 필수적인 공통손금으로 볼 수 없다. 쟁점이자비용은 조합원이 부담해야 하는 비용으로 청구법인의 수익사업(일반분양)과 무관하며, 이를 조합원 대신 청구법인이 부담하였으므로 수익사업 부분 상당액은 조합원의 배당소득으로 소득처분되어야 한다. 처분청은 수익사업 및 비수익사업의 사용면적 기준에 따라 수익사업 부분을 안분계산하였으며, 쟁점이자비용이 사외로 유출되었음은 분명하고 해당 금액이 조합원들에게 귀속되어 배당처분한 것으로, 이에 따라 소득금액변동통지 또한 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점이자비용 중 수익사업 해당분을 손금불산입하여 법인세를 부과하고, 배당소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제104조의7 【정비사업조합에 대한 과세특례】

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 법인세법 제2조 에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 법인세법(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제35조 에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다)

2. 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제23조 에 따라 설립된 조합 2) 조세특례제한법 시행령 제104조의4 【정비사업조합의 수익사업의 범위】 법 제104조의7제2항을 적용할 때 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제4조제3항 에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다. 3) 법인세법 제67조 【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 4) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 5) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 6) 소득세법 제17조 【배당소득】

① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

4. 법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액

• 다. 사실관계

1. 조사청이 청구법인의 20○○~20○○사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인은 법인세 ○,○○○백만원을 부과받고, ○,○○○백만원을 배당소득으로 소득처분 받았으며, 이 중 쟁점이자비용 외의 처분에는 다툼이 없다.

2. <표1>과 같이 청구법인은 쟁점이자비용 전액을 청구법인의 손금으로 계상하였고, 이에 대해 조사청은 쟁점이자비용이 비수익사업(조합원분양)의 개별손금에 해당하는 것으로 보아 전액 손금불산입한 후, 이 중 면적 기준 안분계산하여 수익사업 부분 해당액 ○,○○○백만원을 조합원들의 배당소득으로 소득처분하였다.

3. 청구법인은 쟁점이자비용이 비수익사업(조합원분양)과 수익사업(일반분양)의 공통손금에 해당하므로 수익사업 해당분을 손금으로 인정하여 법인세를 경정하고, 배당소득으로 소득처분한 소득금액변동통지를 취소해 달라고 주장하고 있다.

4. 처분청이 제출한 대출취급협약서를 보면 청구법인이 이주비 대출을 신청한 조합원에 대해 ○○새마을금고와의 대출협약을 맺으면서 청구법인이 조합원을 연대보증하고, 대출이자는 청구법인이 조합원을 대위하여 직접 ○○새마을금고에 납입하는 것으로 기재되어 있다.

• 라. 판단 1) 법인세법 제113조 는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제76조 제6항 본문은 비영리법인이 구 법인세법 제113조 제1항 에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 일정한 기준에 의하여 구분 계산하도록 규정하고 있다. 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요 없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 하며, 비영리법인이 수익사업을 영위함에 있어서 위와 같은 회계원칙을 지키지 않은 경우에도 그 수익 또는 비용은 실질과세의 원칙상 위와 같은 기준에 따라 수익사업과 비수익사업에 귀속되어야 한다. 법인세법 제19조 제2항 에서 손비는 ‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 규정하고 있다.

2. 청구법인은 비수익사업(조합원분양)과 수익사업(일반분양)을 함께 영위하는 재개발사업을 영위하고 있고, 재개발사업의 원활한 진행을 위해서는 이주비 대출이자를 지원하는 것이 필수적이므로 쟁점이자비용은 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다고 주장하고 있으나, 쟁점이자비용은 조합원들의 대체주거에 필요한 자금을 금융회사로부터 대출받은 후에 발생한 이자를 조합원들이 아닌 청구법인이 대납한 것으로, 만약 청구법인이 대납하지 않더라도 주거가 반드시 필요한 조합원들로서는 스스로 부담할 수밖에 없으며, 이주비 대출은 조합원들이 필요에 의해 선택적으로 진행하는 것으로써, 쟁점이자비용이 청구법인의 일반분양(수익사업)을 진행하는데 반드시 필요한 지출이라고 인정하기는 어려운 점, 재건축ㆍ재개발사업에서 조합의 개별 여건 등에 따라 이주비 대출이자를 조합원들이 직접 부담하기도 하고, 시공사 등이 부담하기도 하는 등 이자를 부담한 주체가 다양한데 이 건과 같이 조합이 대신 부담해 준 경우만 공통손금으로 인정하기도 어려운 점, 다수의 예규(기준-2019-법령해석법인-0485 등) 및 심판례(조심2022부5068 등)에서도 이주비대출이자는 조합원이 직접 부담해야 하는 비용이므로 수익사업의 손금에 해당하지 않고, 그 중 수익사업 부분 상당액은 조합원의 배당소득에 해당한다고 일관되게 해석하고 있는 점, 청구인이 제시한 판례(서울행정법원2023구합51205, 2023.9.15., 2심 진행중)에서는 이주비 대출이자를 공통손금으로 인정하였으나, 다른 판례(서울행정법원2021구합87972, 2023.1.20., 2심 진행중)에서는 이주비 대출이자는 수익사업의 손금에 해당되지 않고, 조합원의 배당소득에 해당되는 것으로 해석하고 있는 등 명확한 법원의 일관된 해석을 찾을 수 없는 점 등을 종합하여 보면 쟁점이자비용을 비수익사업(조합원분양)과 수익사업(일반분양)의 공통손금으로 인정하기는 어려우므로 처분청의 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호(기각)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.