조세심판원 이의신청 법인세

1) 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 처분이 적법한지 여부2) 외국주식의 시가산정 방법(순자산가치평가)이 적정한지 여부

사건번호 이의-대구청-2025-0035 선고일 2025.08.07

부과제척기간 만료일이 임박하여 조사가 개시되었다고 하더라도 부과제척기간 만료일 전에 적법하게 조사결과통지 및 고지가 된 이상 중대한 절차적 하자가 있다고 보기 어려움. 외국 비상장주식을 순자산가치로만 평가하는 경우, 상증법상 보충적평가방법에 따르더라도 부당하다고 볼 이유가 없고, 현지회계법인의 순자산가치 평가액은 처분청이 계산한 순자산가치와 거의 일치하고 그 평가금액 이내이므로 ‘평가방법 및 평가액 자체’가 부적법하다고 보기 어려움. 또한 ’18년 매매사례 거래는 E법인의 재무상태표로 볼 때 적정한 시가로 보기 어려움.

[ 세 목 ] 법인 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 이의-대구청-2025-0035(2025.08.07) [ 전심번호 ] [ 제 목 ]

1. 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 처분이 적법한지 여부

2. 외국주식의 시가산정 방법(순자산가치평가)이 적정한지 여부 [ 요 지 ] 부과제척기간 만료일이 임박하여 조사가 개시되었다고 하더라도 부과제척기간 만료일 전에 적법하게 조사결과통지 및 고지가 된 이상 중대한 절차적 하자가 있다고 보기 어려움. 외국 비상장주식을 순자산가치로만 평가하는 경우, 상증법상 보충적평가방법에 따르더라도 부당하다고 볼 이유가 없고, 현지회계법인의 순자산가치 평가액은 처분청이 계산한 순자산가치와 거의 일치하고 그 평가금액 이내이므로 ‘평가방법 및 평가액 자체’가 부적법하다고 보기 어려움. 또한 ’18년 매매사례 거래는 E법인의 재무상태표로 볼 때 적정한 시가로 보기 어려움. [ 결정내용 ] 결정 내용은 붙임과 같습니다. [

관련법령

] 국세기본법 제81조의15 / 법인세법 제15조 / 법인세법 제52조 [주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유]

1. 처분 내용
  • 가. 청구법인은 2018. 4. 13. 개업하여 경상북도 구미시에서 섬유 제조업을 영위하는 비상장법인으로 대표이사 A과 자녀 B, C이 청구법인의 지분 100%를 보유하고 있고, A의 배우자인 D는 2006년경 인도네시아에 PT. E(이하 ‘E’라 한다)를 설립 및 운영하였다.
  • 나. D는 2019. 5. 20. 보유하던 E의 발행주식 1,062,500주(취득가액 1,084,705,136원, 주당 1달러 42.5%, 이하 ‘쟁점주식’이라 한다) 전부를 청구법인에게 1,267,243,750원(주당 1달러)에 양도하고, 2019. 9. 2. 양도소득세 36,207,722원을 신고하였다.
  • 다. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사 결과, 법인세법 시행령 제89조 (시가의 범위 등) 제2항 제2호에 따라 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 함)에 규정된 보충적 평가방법을 준용하여 쟁점주식을 1주당 2.78달러(최대주주할증적용)로 산정하여 해당 가액을 쟁점주식의 시가로 보고, 청구법인이 쟁점주식을 시가보다 저가양수한 것으로 보아 시가와 쟁점주식 거래가액과의 차액에 대해 부당행위계산부인을 적용하여, 2025. 3. 27. 2019사업연도 법인세 624,948,670원을 경정 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025. 6. 18. 이 건 이의신청을 제기하였다.
2. 청구 주장
  • 가. (쟁점1) 과세전적부심사청구 기회를 부여하지 않은 처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하여 중대한 절차적 하자에 해당하여 위법하다.

1. 처분청이 2019사업연도 법인세에 대한 부과제척기한(2025. 3. 31.) 만료 41일 전에 법인세통합조사를 실시(조사착수 2025. 2. 17.)하였고, 2025. 3. 27. 조사결정통지 및 법인세를 고지하였는바, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대한 하자로서 위법하다.

2. 헌법 제12조 제1항에서 규정하는 적법절차 원칙은 모든 국가 작용 전반에 대하여 적용되는바, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 준수해야 한다. 3) 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 규정은 정상적인 세무조사 종료 이후 납세자가 과세전적부심사청구를 할 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 경우 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것이지, 처분청이 세무조사를 장기간 해태함으로써 부과제척기간 만료일이 임박한 경우에도 동 규정을 적용하게 되면, 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제절차를 박탈할 수 있게 되고, 이는 입법 취지와 부합하지 아니하고 합목적인 해석으로도 볼 수 없다.

4. 청구법인은 국세기본법 제81조 의 15 제3항 제3호에 해당하지 않는다. 세무조사결과가 나온 후 부과제척기간이 3개월 이내라면 위 규정을 적용하는 것에 문제가 되지 않으나, 조사착수한 날에 이미 3개월 이내에 해당되어 위 규정을 적용하는 것은 부당하다.

  • 나. (쟁점2) 처분청이 쟁점주식의 시가를 세무법인의 주식가치평가보고서에 따른 가액으로 본 것은 상증세법 및 법인세법 규정에 존재하지 않는바, 이 사건 처분은 실질과세 및 근거과세원칙을 위반하여 위법하다.

1. 청구법인의 쟁점주식 취득가액은 실지거래가액이고, 이미 제3자간의 매매사례가액을 참고하여 매수하였다. 양도인 D의 쟁점주식 취득내역을 살펴보면, 2006. 1. 3. 750,000주(출자), 2006. 1. 6. 100,000주(출자), 인도네시아 현지법인인 ‘F’로부터 2011. 9. 8. 76,500주, 2013. 9. 9. 10,000주, 2013. 11. 2. 46,462주, 2023. 11. 14. 79,538주 합계 1,062,500주를 모두 주당 1달러(취득 당시 환율 적용)에 출자·양수하였다(이후 D는 2019. 5. 20. 청구법인에게 위 쟁점주식을 주당 1달러에 양도하였다.) 그밖에 E 주식의 매매사례를 살펴보면, ㈜G이 H에게 2007. 5. 17. 200,000주, 2007. 8. 27. 100,000주를 모두 주당 1달러에 양도하였고(계약서 참고), 주식회사 I가 특수관계가 없는 J에게 2018. 1. 15. 304,687주를 주당 1달러에 양도한 사례가 있다.

2. 청구법인은 제3자간 형성된 매매사례를 파악하고 쟁점주식을 주당 1달러에 매수한 것이다. 처분청은 이를 무시하고 청구법인이 참고하려는 회계법인의 주식가치평가서상의 평가가액을 시가로 본 것 같다. 그러나 세법 어디에도 회계법인의 주식 평가를 시가로 본다는 규정은 없다.

3. 청구법인이 쟁점주식 취득하게 된 경위는 청구법인의 대표이사의 배우자인 D가 고령 및 건강상 이유로 인도네시아에 장기체류가 곤란한 것을 알고 쟁점주식을 매수하게 되었다.

4. 조사 당시 청구법인은 K회계법인에게 의뢰한 E 주식가치평가보고서(이하 ‘이 사건 회계법인 주식평가서’라 한다)를 처분청에게 제출한 바 있다. 처분청은 해당 보고서상의 평가액을 시가로 보아 고지한 것이다. 이 사건 회계법인 주식평가서는 한국회계감사기준에 따른 것도 아니고 참고자료로 활용하기 위해 작성되었다고 보고서 내용에서 알 수 있다. 5) 법인세법 제52조 에서 부당행위계산 부인을 규정하면서 같은 법 시행령 제89조에서 시가의 범위를 규정하고 있다. 시가가 불분명할 경우, 제2항 제1호에 감정평가업자가 평가액으로 평가한 것을 시가로 볼 수 있고, 없을 경우 상증세법 시행령 제54조 규정에 의해 평가한 금액(소위 보충적평가방법)을 시가로 갈음한다. 그런데, 쟁점주식 경우 조사선정 당시는 보충적인 방법으로 평가하여 조사대상으로 선정해놓고, 정작 과세 시에는 보충적인 평가방법이 과세유지가 어렵다고 다른 평가방법(순자산가치로만 평가)으로 과세한다는 것은 당초의 시가적용 자체가 잘못되었음을 스스로 인정하는 것이다.

6. 회계법인이 평가한 가액을 시가로 본다는 규정은 어디에도 찾아 볼 수 없는바, 이는 위법한 처분이다.

  • 다. 결론 이 사건 처분은 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 절차상 중대한 하자가 있어 마땅히 취소되어야 하고, 설령 절차가 정당하다 하더라도 쟁점주식의 시가를 회계법인의 주식평가서상 금액으로 보 이 사건 처분은 실질과세 및 근거과세원칙에 위배되어 취소되어야 한다.
  • 라. 처분청 의견에 대한 항변 1) 쟁점주식은 비상장주식으로, 상증세법 제63조 제1항 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 규정하는 보충적평가방법에 따라 주식을 평가할 경우, 순손익가치와 순자산가치를 일정비율로 가중평가하여 산정해야하는데, 처분청은 쟁점주식의 시가가 불분명하다고 보아 순자산가치만으로 시가를 산정하였다. 그러나 세법상 순자산가치만으로 평가할 수 있는 경우는 제한되어 있다(상증세법 시행령 제54조 제4항). 해당 규정에 해당하지 아니함에도 순자산가치로만 평가한 이 사건 처분은 과세근거가 부족하다.

2. 처분청은 법원 판례(서울행정법원2015구합71747, 2016. 12. 8.)를 근거로 순자산가치로만 평가하는 것이 정당하다고 주장하나, 이 판결은 그러한 산정방법이 보충적평가방법으로 부당하다고 보기 어렵다는 내용이지 순자산가치가 곧 시가임을 인정하는 판결은 아니다. 그리고 법인세법 및 상증세법상 보충적평가방법에서 순자산가치만으로 평가하는 것이 정당하다는 법적 근거는 존재하지 않는다.

3. 쟁점주식 거래가액은 제3자간 정상적인 거래사례를 통해 산정된 가액이다. 처분청은 거래사례들이 특수관계인 간 거래에 해당한다고 보았으나, ㈜I와 J은 친족관계가 아니고, 임원 선임해임 등에 영향력을 행사하거나 계약상 지배관계에 있지 않다. 단지 양 당사자는 E의 주주일 뿐이다. 법인세법 시행령 제87조 ∼89조에 따른 특수관계인 요건에 비추어 보았을 때, 단지 동일한 외국법인의 주주라는 이유만으로 특수관계인이라 단정하는 것은 명백한 법리 오해이다.

4. 외국법인 또한 중소기업 기본법시행령 제3조 기준에 따라 평가하면 이 건 E는 중소기업에 해당하여 할증평가를 적용할 수 없는바, 결론적으로 처분청이 산정한 평가액은 시가로 볼 수 없다.

  • 마. 심리자료 사전열람 후 추가의견

1. 쟁점1에 관하여 대법원은 2025. 6. 25. 과세전적부심사 기회를 박탈한 과세처분은 위법한다고 판결한 바가 있다(2025두33014, 2025. 6. 5. 선고). 처분청이 제시한 판례는 무신고하거나 해명자료안내문이 반송된 등의 특별한 사정이 있는 경우로 이 건과 사실관계를 달리한다.

2. 쟁점주식 매매사례가액을 시가로 인정해야 한다.

  • 가) 쟁점주식 거래가액은 시장가격에 의한 반복적이고 지속적인 실지거래가액이 존재하는 매매사례가액과 동일한 가격으로 시가로 인정해야 한다. 거래 당시 인도네시아 시장에서는 E의 주식이 반복적 거래로 시장가격을 형성하였다. 쟁점주식 거래 외에도 주당 1달러의 거래가액으로 제3자간의 거래가 15회에 걸쳐 1,642,187주의 거래가 있었다. E는 주식변동이 있을 시 인도네시아 투자청산하인 투자조정위원회에 회사자본 참여 변경승인을 받아야 하고 이후 인도네시아 법원에 등기를 한다.

2008. 1. 8., 2011. 3.경의 투자조정위원회에 의하면, 2006. 4. 상업생산시설 개시일로부터 최대 15년 내 회사는 인도네시아 국민 및 또는 인도네시아 법인에 주식의 일부를 매각해야 한다고 되어 있다. 이때 당초 주주들 중 누군가가 액면가액으로 처분을 해야 한다. 15회에 걸친 1달러 거래가액은 이러한 사유가 있었기 때문이고, 당초 투자자들도 청산 시 청산가치가 없다 생각하여 배당을 통해서 투자금을 회수하려는 의도가 있었으며, 주주가 자주 바뀐 이유 중 하나는 수익성은 확실하나 투자회수기간이 길다는 판단 등으로 주주변동이 잦았다. 청구법인 뿐만 아니라 개인, 법인 주주 모두 1달러에 거래하였으므로 이는 특별한 사정이 없는 한 시가로 인정되어야 한다. 아래 매매사례는 모두 특수관계인이 아니고 제3자들 간의 매매거래이다.

  • 나) 법인세법상 시가는 상증세법상 시가와 달리 평가기준일과 상관없이 경제적 합리성을 따져서 시가 인정 여부를 결정하여야 한다. 처분청은 2018. 1. 15. ㈜I와 J 간의 거래가 상증세법상 매매사례가액으로 볼 수 있는 기간을 벗어난 거래여서 시가로 인정할 수 없다는 의견이나, 이는 법인세법상 시가 규정을 잘못 이해하고 있는 것이다. 법인세법상 시가는 상증세법상과는 달리 매매거래일 또는 평가기준일의 기간에 따라 시가 인정 여부가 달라지는 것이 아닌, 계약 체결 당시의 상황에 따라 일반적이고 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있는지를 살펴보고, 경제적 합리성을 따져서 시가 인정 여부를 결정하여야 한다. 처분청은 쟁점주식 거래가액이 왜 시가에 해당되지 않는지를 검토 없이 시가가 불분명한 것으로 보아 순자산 가치로 평가한 가액을 시가로 산정하였다.
  • 다) 위 표(표 생략)의 매매사례 당사자들은 모두 법인세법상 특수관계에 해당하지 않는다. 2018년 ㈜I와 J 간의 거래도 법인세법상 특수관계에 해당하지 않는다. 두 거래당사자는 E의 주주 관계일 뿐이다.

3. 처분청의 순자산가치 평가는 평가기준일 오류, 평가방법 오류로 시가로 인정할 수 없다.

  • 가) 조사 당시 청구인에게 보충적 평가방법으로 과세되면 40억 원 정도의 세금이 나온다고 하였고, 청구법인에게 주식평가를 따로 한 것이 없냐고 하여 D가 인도네시아로 가 회계법인에 의뢰하여 참고자로로 처분관서에 제출한 바가 있다.
  • 나) 그런데 처분청은 청구법인이 제출한 평가서 그대로 시가로 보아 과세하였는데, 해당평가서의 기준일은 2019. 12. 31.로 취득일 이후 7개월이 경과한 시점의 재무제표를 기준으로 평가한 것인바, 평가기준일 및 평가방법에 오류가 있으므로 이를 시가로 볼 수는 없다.
3. 처분청 의견
  • 가. (쟁점1) 처분청은 국세기본법 제81조의6 제3항 에 따라 청구법인에 대하여 조사를 선정하였고, 국세부과제척기간 이내에 부과처분을 완료하는 등 고의나 과실로 업무절차를 지연한 사실이 없다. 청구법인 대표자 A과 배우자이자 양도인인 D의 요청으로 대표자 주소지 인근에서 세무조사결과통지서를 직접 교부하였고, A는 이 건 조사내용에 대하여 충분한 설명을 들은 후 세무서장에게 과세전적부심사를 청구하지 않을 것이므로 즉시 결정고지하여 줄 것을 신청하는 조기결정 신청서를 제출하였으므로, 처분청이 납세자의 권리를 침해하는 절차적 위반행위를 하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
  • 나. (쟁점2) 처분청의 시가 산정 적정 여부

1. (처분청의 쟁점주식 평가방법) 쟁점주식에 대하여 적용할 매매사례가액 등이 없어, 상증법상 보충적 평가방법으로 주당가액을 평가하되 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하여 산정하지 않고 순자산가치로만 평가하여 쟁점주식의 가액을 산정하였다(쟁점주식의 가치를 왜곡하지도 않고 시가에 가장 근접하다고 판단함). 순손익가치는 미래의 기대수익을 우리나라의 3년 만기 회사채 유통수익율을 반영한 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 것이므로 외국 비상장주식의 평가에 국내이자율을 적용할 수 없기에 순자산가치로만 평가하는 것이 해외법인의 가치를 왜곡하지도 않고 시가에 가장 근접하게 평가할 수 있는 방법이다. 또한, 청구법인이 제출한 회계법인의 주식평가서에도 순자산가치로만 평가하는 것이 정당하다는 평가의견이 있었다.

2. (매매사례가를 쟁점주식의 시가로 볼 수 있는지) 청구법인은 제3자간의 매매사례가액(거래가액 1주당 1달러)을 참조하여 쟁점주식을 매수하였다고 주장하나, 가장 최근 매매사례는 2018. 1. 15. ㈜I가 J에게 1주당 1달러로 취득한 사례로, 이는 양도자 D가 2006년경 쟁점주식을 취득할 당시의 액면가액(1주당 1달러)과 동일하고, 상증법상 매매사례가액으로 볼 수 있는 기일을 벗어난 거래이어서, 소득세법 시행령 제167조 제5항 및 상증세법 시행령 제49조 제1항에 따른 적법한 매매사례가로 볼 수 없다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

1. 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 처분이 적법한지 여부

2. 외국주식의 시가산정 방법(순자산가치평가)이 적정한지 여부

  • 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제81조의15 【과세전적부심사】

① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. (단서 생략)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. (단서 생략)

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우 2) 법인세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

12. "특수관계인"이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 3) 법인세법 시행령 제2조 【정의】

⑤ 법 제2조제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 임원(제40조제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2제1항 에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(국세기본법 시행령 제1조의2제1항 에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

2. 제50조제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

  • 가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)
  • 나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 해당 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 4) 법인세법 시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】

② 제1항제1호 및 제2호에서 "소액주주등"이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 "소액주주등"이라 한다)을 말한다. 5) 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액 6) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 7) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. (이하 생략) 8) 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가
  • 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

③ 제1항제1호, 제2항 및 제60조제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(대통령령으로 정하는 중소기업, 대통령령으로 정하는 중견기업 및 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법제14조제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다. 9) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【코스닥시장에 상장신청을 한 법인의 주식등의 평가 등】

⑥ 법 제63조제3항 전단에서"대통령령으로 정하는 중소기업"이란 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업을 말한다. 10) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식등의 평가】

① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(소득세법 제94조제1항제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다. 1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 3년 만기 회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

1. 법 제67조 및 법 제68조에 따른 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등

2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 법인세법 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.

3. 법인의 자산총액 중

소득세법 제94조제1항제4호 다목1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

5. 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

6. 법인의 설립 시 정관에 존속기한이 확정된 법인으로서 평가기준일 현재 잔여 존속기한이 3년 이내인 법인의 주식등

  • 다. 사실관계 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료, 국세청 전산자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

1. 청구법인 사업자등록 내용 및 주주지분 현황 개업일 업종 대표이사 비고 2018.04.10. 섬유제조업 A D의 배우자 이름 A(63년생) B(86년생) C(90년생) 주식수 4,000주 3,000주 3,000주 지분율 40% 30% 30% 관계 본인 자녀 자녀

2. 청구법인과 양도인 D는 특수관계이다.

3. 청구법인은 2019. 5. 20. D로부터 쟁점주식 1,062,500주를 주당 1달러(매매당시 기준환율 1,192원, 매매금액 1,267,243,750원)에 취득하였고, D는 2019. 10. 15. 2019년 양도소득세 36,207,722원을 신고하였다.

4. 처분청은 2025. 2. 17.∼ 3. 31. 청구법인의 2019∼2020사업연도, 2022사업연도 법인통합조사를 실시한 결과(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다), 특수관계인으로부터 해외현지법인 주식을 시가(주당 2.78달러, 기준환율 적용시 3,314원)보다 저가양수한 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용하였다.

5. 청구법인은 세무조사 당시 처분청에게 인도네시아에 소재하는 회계법인이 작성한 E의 주식가치 평가보고서(2019. 12. 31.기준)를 제출하였고, 1주당 평가가액을 1주당 순자산가치 2,675.23원으로만 평가하였다. (주식평가보고서 생략) ※ 주식평가보고서에 첨부된 재무제표는 인도네시아 루피아(IDR) 단위의 재무상태표로, 회계법인은 루피아 단위를 기준으로 1주당 순자산가치를 계산한 후, 원화 환산(2019. 12. 31.기준 현재 IDR 100 = 8.31원)하였다(1주당 2,675.23원).

6. 처분청은 위 3)의 평가보고서의 검토를 위해, D의 종합소득세신고 시 제출된 해외현지법인 재무상태표(2018. 12. 31.기준 작성)를 근거로 쟁점주식의 2018. 12. 31. 기준 주당 순자산가치를 다음과 같이 계산하였다. (단위: 백만원) 적용환율(2018.12.31.) 1,118원 자산총계 7,244 부채총계 598 순자산가액 6,645 발행주식총수 2,500,000주 주당 순자산가액 2,658원

7. 처분청은 회계법인 ‘주식평가보고서 상의 주당 순자산가치’를 시가로 인정하여 다음의 계산으로 양도가액을 산정하였다. 구분

2018. 12. 31.기준 재무상태표

2019. 12. 31.기준 주식평가보고서 비고 환율 $1= ₩1,118 IDR 100 = ₩8.31 $1= ₩1,156 순자산가액(₩) ₩6,645,781,586 ₩6,688,076,701 14p. 참고 총 발행주식수 2,500,000주 2,500,000주 1주당 순자산가액(₩) ₩2,658 ₩2,675 14p. 참고 할증 후 가액 ₩3,190 ₩3,210 1주당 순자산가액($) ₩ 3,190/1,118=$2.85 ₩ 3,210/1,156=$2.78 달러로 환산 양도 시 환율 $1= ₩1,192 $1= ₩1,192 양도시 평가액 $2.85 × ₩1,192= ₩3,397 $2.78 × ₩1,192=₩3,313 양도 주식수 1,062,500주 1,062,500주 양도가액 ₩3,397×1,062,500주 =₩3,609,312,500 ₩3,313×1,062,500주 = ₩ 3,520,062,500

8. 이 사건 처분의 법인세 경정결의내역은 다음과 같다. (단위: 원) 구분 신고 경정 증감 비고 수입금액 586,307,824 586,307,824

• 과세표준 -99,752,233 2,153,874,017 2,253,626,250 시가와 거래가액 차액 익금산입 세율

• 20% 산출세액

• 410,774,803 410,774,803 가산세액

• 214,173,874 214,173,874 총결정세액

• 624,948,677 624,948,677

9. 처분청은, D가 이 사건 세무조사 당시 작성한 ‘쟁점주식을 특수관계법인에게 주식가치보다 저가양도하여 과소신고하였다’는 내용의 확인서를 제출하였다.

10. 2025. 3. 27. 청구법인에게 이 사건 세무조사에 대한 세무조사결과통지서를 교부송달하였고, 같은 날 청구법인은 조기결정신청서를 제출하여, 같은 날 처분청은 청구법인에게 납부고지서를 교부송달하였다.

11. 청구법인은 쟁점주식 매매 이전에 발생한 E 주식 매매사례(주당 1달러)가 있으므로 쟁점주식 거래가액을 시가로 보아야 한다고 주장하면서 쟁점주식 외의 E 주식 매매계약서를 제출하였다. [2018. 1. 주식 매매계약서] (사진생략) * 박스 기재내용: the total purchase price is 1.0 US dollar per share

12. 양도인 D의 종합소득세신고서상 배당수입내역은 다음과 같다. (단위: 백만원) 연도 2015 2016 2017 2018 2019 지급처 ㈜I ㈜I ㈜I ㈜I ㈜I 금액 250 204 204 278 299

13. D가 종합소득세신고 시 제출한 해외현지법인 명세서에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

  • 가) 해외현지법인(E) 기본사항 (표생략)
  • 나) 투자명세 (단위: 주, %) 주주명 2016 2017 2018 2019 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 지분율 D 1,062,500 42.5 1,062,500 42.5 1,062,500 42.5 1,062,500 42.5 J 250,000 10 250,000 10 250,000 10 654,687 26.19 L 328,125 13.1 328,125 13.1 328,125 13.1 328,125 13.12 H 304,688 12.2 304,688 12.2 304,688 12.2 304,688 12.19 M 100,000 4 N 50,000 2 ㈜ I 304,687 12.2 304,687 12.2 304,687 12.2

• - G 250,000 10 250,000 10 250,000 10

• - 계 2,500,000 100 2,500,000 100 2,500,000 100 2,500,000 100

  • 다) E 재무제표 (단위: 억원) 사업연도 ’19 ’18 ’17 ’16 ’15 ’14 ’13 ’12 ’11 매출 136 136 119 133 134 139 144 152 183 당기순손익 14 20 15 15 12 4 8 9 13 이익잉여금 49 44 31 31 23 13 17 22 19 중간배당액 11

14. 처분청이 제출한 ‘MOODY’S(orbis.bvdinfo.com)의 보고서에 의하면, J는 E의 대표이사(President Director)로 기재되어 있다.

  • 라. 판단 (쟁점1) 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 처분이 적법한지 여부 1) 국세기본법 제81조의15 제1항 제3호 에 의하면, 납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우, 세무서장 또는 지방국세청장은 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(과세예고통지)하여야 하고, 같은 법 제81조의15 제2항 제2호에서 ‘과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다.’고 규정하고 있으나, 같은 조 제3항 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다.’고 규정하고 있다.

2. 구 국세기본법 및 같은 법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세예고 통지를 생략하고 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결, 대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 다수 참조).

3. 청구법인의 2019사업연도 법인세 부과제척기간은 2025. 3. 31.까지로서, 이 사건 과세예고통지일인 2025. 3. 27.기준으로 위 제척기간의 만료일까지의 기간은 3개월 이하이므로 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호 가 규정하고 있는 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다. 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있으므로 관련 법령에 근거하여 과세전적부심사 기회를 부여하지 않았다는 이유만으로 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보기 어려운 점(수원지방법원 2024. 4. 24. 선고 2023구단1570 판결 등 참조) 등에 비추어 보면, 처분청이 부과제척기간 만료일에 임박하여 청구법인에게 과세예고한 후 곧바로 이 사건 처분을 하였다고 하더라도 여기에 위법이 있다고 볼 수 없는바 과세전적부심사청구 기회를 부여하지 않았다는 이유만으로 이 사건 처분이 부적법하다고 볼 수 없다. (쟁점2) 외국주식의 시가산정 방법(순자산가치평가)이 적정한지 여부

1. 쟁점주식의 거래가액이 시가에 해당하는지 여부

  • 가) 시장성이 적은 비상장주식의 경우도 그에 대한 매매사실이 있는 경우에는 거래가액을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하고, 상증세법이 규정한 보충적 평가방법에 의하여 평가해서는 아니 된다고 할 것이나, 시가란 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하므로 그와 같은 매매사례가액이 시가로 인정되기 위해서는 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 양도일 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 한다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결 등 참조).
  • 나) 청구법인은 쟁점주식의 거래가액이 시가에 해당한다고 주장하나,

① 쟁점주식의 거래가액은 특수관계자 사이에서 임의로 결정된 가격인 점, ② 청구법인이 예로 든 매매사례($1)는 불특정 다수인 사이의 거래가 아니라 현지법인 운영에 직·간접으로 관련된 자 간의 거래인 점, ③ 쟁점거래 당시 E의 당기손익은 10억원 이상 발생하고 이익잉여금 또한 증가하는 추세인 점 등 객관적인 주식 가치의 상승요인이 존재한 사정을 고려하면, 청구인이 제시한 매매사례(2006년부터 2019년까지 15건 주당 $1)는 정상적인 시장가치를 적정하게 반영한 가격이라고 보기 어려운 점, ④ 쟁점주식 거래가액은 2019. 12. 31.기준 주식가치평가보고서상 주당 순자산가치 2.31달러(주당2,675원÷2019. 12. 31.기준 환율1,156원)의 43%에 불과한 점 등을 종합하면, 쟁점주식 거래가액은 법인세법 제54조 제2항, 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 규정하는 시가라고 보기 어렵다고 판단된다.

2. 이 사건 처분의 주식평가가 적법한지 여부 가) 법인세법 시행령 제89조 제2항 에 규정하는 평가방법에 따라 쟁점주식을 평가한 가액을 시가로 볼 것인데, 법인세법 평가대상 주식이 외국에 있는 비상장법인의 주식인 경우, 상중세법 시행령 제54조, 상증세법 시행규칙 제17조 제1항 소정의 보충적 평가방법을 그대로 적용하는 것이 부적당하지 아니한 때에 한하여 위 보충적 평가방법을 적용할 수 있고, 위 보충적 평가방법을 적용하는 것이 부적당하지 아니하다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다 할 것이다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두5646 판결 등 참조). 그런데 위 대법원 판결의 취지는, 보충적 평가방법에 따를 때 비상장주식의 가치는 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하여 산정하는데, 그 중 순손익가치는 미래의 기대수익을 우리나라의 3년 만기 회사채 유통수익율을 반영한 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 것이므로 이는 원칙적으로 우리나라에 있는 비상장법인의 주식을 그 적용대상으로 한다고 보아야 하고, 외국 비상장주식의 평가시 위와 같은 방법을 그대로 적용할 수 없다는 것이다(서울행정법원 2016. 12. 9. 선고 2015구합71747 판결 참조).

  • 나) 이 사건과 같이 외국 비상장주식을 순손익가치의 고려 없이 순자산가치로만 평가하는 경우에는 우리 상증세법상 보충적 평가방법에 따르더라도 부당하다고 볼 이유가 없고(서울행정법원 2016. 12. 9. 선고 2015구합71747 판결), 주식가치평가보고서상 E 의 순자산가치 평가액은 처분청이 해외현지법인 명세서상의 재무제표를 근거로 계산한 순자산가치 평가액(주당 $2.37)과도 거의 일치하고 그 평가금액 이내여서, 해당 평가금액 자체가 위법하다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 상증법상 보충적방법(순자산가치)에 의하여 주당 $2.31로 평가하고 이 사건 부당행위계산부인규정을 적용한 이 사건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)