쟁점토지를 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용한 처분의 당부(부당행위 기준시점을 임시주주총회일로 볼 수 있는지 여부)

[ 세 목 ] 법인 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 이의-대구청-2025-0007(2025.04.09) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 쟁점토지를 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용한 처분의 당부(부당행위 기준시점을 임시주주총회일로 볼 수 있는지 여부) [ 요 지 ] 쟁점거래의 부당행위 판단 기준시점은 매매계약일로 봄이 타당한 것으로 판단되는바, 쟁점거래의 시가는 매매계약일로부터 24일 후에 거래된 당해토지 및 연접토지 매매금액으로 봄이 타당함. [ 결정내용 ] 결정 내용은 붙임과 같습니다. [

] 법인세법 제52조 / 법인세법 시행령 제88조 [주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유]

• 가. 주식회사 A(이하 ‘청구법인’이라 한다)는 2016. 7. 1. 설립되어 대구에서 부동산임대업을 영위하는 법인사업자로, 설립 당시 대표이사는 B(C의 차남)이었고 2021. 4. 20. C로 변경되어 현재까지 재직 중이다.
• 나. 한편, 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다)는 2000. 10. 14. 설립되어 대구에서 ○○○, ○○○○○○업을 영위하는 법인사업자로 2012. 8. 22. 이후로 C가 대표이사로 계속 재직 중이다.
• 다. 청구법인은 2016. 7. 28. 대구 E동 F 458.2㎡ 토지를 1,700,860,000원에 취득하고, 2021. 1. 27. 해당 토지 458.2㎡ 중 247.9㎡를 같은 동 G로 분할하여(이하 ‘쟁점토지’라 한다), 2021. 2. 1. 쟁점토지를 D에게 855,000,000원에 양도하기로 하는 매매계약(이하 ‘쟁점거래’라 한다)을 체결하였고, 같은 날 소유권이전등기를 완료하였다.
• 라. D는 2021. 2. 25. 쟁점토지를 H 주식회사에게 2,998,000,000원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 2021. 10. 25. I 주식회사를 소유자로 하여 소유권이전등기를 완료하였다.
• 마. J세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시한 결과, 쟁점거래는, 쟁점토지의 2021. 2. 25.자 거래가액(2,998,000,000원)을 쟁점거래 당시 시가로 보고 쟁점토지를 시가보다 저가양도한 것으로 보아, 시가와의 차액 2,143,000,000원에 대해 부당행위계산부인을 적용하고 2021사업연도 법인세 과세표준에 해당 차액을 익금산입하여 법인세 545,311,330원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 거쳐 2025. 1. 21. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 쟁점거래 경위(청구법인→D) 1) D는 코로나로 인해 경영난을 겪던 중 2020년 5월경, ㈜J로부터 D가 소유하는 3층 건물(1,018㎡)을 주택전시장(견본주택)으로 사용하기 위해 임대해 달라는 요청을 받았다. D는 3층을 임대하기로 결정하였는데, 주택전시장은 법정 주차대수를 확보해야 해서 부설주차장을 설치해야했다. D는 주택전시장과 가까운 청구법인 소유 토지 E동 F 부지 일부를 인근부설 주차장으로 설치하기로 결정하였고, 주차장법에 따른 최소한의 주차대수는 4대였기에 K건축사 및 L로부터 주차대수 4대를 설치하는데 필요한 최소 토지면적이 247.9㎡라는 것을 자문받았다(2020. 6. 17.자 K건축사 직원의 현장답사 촬영사진 참고).

2. 2020년 6월경, D 대표이사 C는 청구법인 대표이사 B(차남)에게 쟁점토지를 매수하고 싶다는 의향을 전달했고, 두 법인은 쟁점토지를 855백만원에 매매하기로 구두합의하였다. 목적물, 매매가액을 포함한 주요거래 조건 등은 임시주주총회를 통해 확정하기로 했다. 청구법인은 2020. 8. 28.에, D는 2020. 9. 4.에 각각 임시주주총회를 개최하여 쟁점토지를 855백만원에 매매하는 것에 대해 주주 만장일치로 승인 가결하였다.

3. D는 2020. 11. 1. 소유건물 3층을 주택전시장으로 용도변경하는 설계계약을 체결하였고, 2020. 12. 15. ㈜J과 임대차 계약을 체결하였으며, 2021. 1. 5. 주차장 부지에 대한 교통영향평가 용역을 의뢰하였다.

• 나. 두 법인의 임시주주총회로 쟁점거래의 거래조건이 확정되고 구속력 있는 합의가 있었으므로, D의 임시주주총회일자 2020. 9. 4.을 쟁점거래의 ‘행위당시’(부당성을 판단하는 기준일)로 보아야 한다.

1. 부당행위계산 판단의 기준시점인 ‘행위당시’란 ‘주요거래조건’을 확정하고 이에 대해 ‘거래당사자’간 ‘구속력 있는 합의’가 있는 시점이다. 다만, 그러한 내용이 ‘기재된 경위’와 당사자의 ‘진정한 의사 등’을 종합적으로 ‘고려’하여 판단할 사항이다(기획재정부 법인세제과-350, 2022. 8. 31., 기준2017법령해석법인 0049, 2017. 9. 1.).

2. 주주총회에서 구체적인 거래조건이 확정되었다. 두 법인은 각각의 임시주주총회를 개최하여 토지를 매매하는 것에 대하여 심의(면적, 거래금액)를 상정하였고, 두 법인의 주주는 만장일치로 이를 승인가결하였다. 두 법인은 쟁점토지에 대해 사전에 거래조건(매매목적물, 거래금액)을 구체적으로 구두 합의하였고, 이를 근거로 두 법인은 재산양수도 거래조건에 관해 주주총회에서 최종 승인가결하였으므로, 이로써 거래조건은 확정된 것이다.

3. 주주총회를 통해 쟁점거래에 대하여 두 법인 간 구속력이 발생하였다. 쟁점토지 매매의사 표시가 합치되고 주주총회를 개최하여 거래조건을 승인가결함으로써 확정력이 부여되었으므로 두 법인 간에 구속력이 발생하였다.(두 법인 주주총회 승인 가결일 중 늦은 날 즉, D의 주주총회일에 구속력 발생)

4. 민법에서 계약은 그 체결에 있어 일정한 방식을 요하지 않고(불요식 계약) 당사자의 의사표시 합치만으로 성립(낙성계약)하므로 구두합의도 계약으로서 유효하다. 민법 제563조 에 의하면, 매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다고 규정하고 있고, 계약이 성립하기 위해서는 당사자 사이에 의사의 합치가 있을 것이 요구되고 이러한 의사의 합치는 당해 계약의 내용을 이루는 모든 사항에 관하여 있어야 하는 것은 아니나, 그 본질적 사항이나 중요 사항에 관하여는 구체적으로 의사의 합치가 있거나 적어도 장래 구체적으로 특정할 수 있는 기준과 방법 등에 관한 합의는 있어야 한다(대법원 2001. 3. 23. 선고 2000다51650 판결). 이 건의 경우에도, 두 법인의 임시주주총회 의사록에 계약의 본질적 사항인 ‘목적물’, ‘목적물의 크기와 그 가액’이 명확히 기재되어 있고, 두 법인의 쟁점토지 매매에 관한 구체적인 의사표시 합치가 있었기에 각각의 주주총회가 가결된 것이다. 따라서 법인간의 합의는 D 임시주주총회일인 2020. 9. 4. 이전에 있었음이 명백하고, 그 합의 내용을 주주총회로 확정하였으므로 구속력이 있다. 주식회사의 최고의사결정 기관은 주주총회이고, 주주총회에 상정된 심의안건은 승인가결된 때 즉시 효력이 발생하므로 강행 규정이다. 주주총회의 결의는 이사회를 구속하고, 두 법인의 대표이사는 주주총회의 결의내용을 이행할 의무가 있으며, 실제 결의내용대로 이행이 되었다. 대표이사는 주주총회 결의내용을 이행할 의무가 있을 뿐이므로, 가격 조정이 불가능하기에 매매계약서와 동일한 효력을 가지므로 당 법인 간 구속력 있는 합의가 있는 것이다. 따라서 주주총회 의사록이 소급작성되었다는 등 부정하게 작성된 것으로 확인되지 않는 이상 거래조건, 거래금액을 구체적으로 확정하여 주주총회에서 승인가결한 시점이 쟁점거래에 대한 부당성을 판단하는 기준일이 되어야 하는바, 요식행위일 뿐인 매매계약의 계약서 작성일(2021. 2. 1.)을 행위당시로 본 처분청의 판단은 잘못되었다.

• 다. 2020. 10. 15.자 매매계약서에 대한 처분청의 소급작성 의심에 대한 해명 조사 당시, 청구법인은 쟁점거래에 대하여 2020. 10. 15.자에 작성한 매매계약서를 조사청에 제출하였고, 조사청은 해당 매매계약서가 소급작성된 것으로 의심하고 있는데, 그 이유는, 쟁점토지는 임대토지로부터 2021. 1. 27.에 분필되었는데, 2020. 10. 15.자 매매계약서에 분필 후 지번이 기재되었기 때문이다. 앞서본 거래경위와 같이, 2020. 6.경 K건축사로부터 부설주차장 최소 필요면적이 247.9㎡라는 내용의 자문을 받고, 그 주차대수 산정근거에 대한 도면을 받았는데, 도면에 분필 후 지번이 기재된 것을 보고 지번을 G으로 기재한 것이지 조사과정에서 소급하여 임의로 작성 및 제출한 것이 아니다(부설주차장 설치 평면도 첨부). 건축사와 구청 지적과 담당자로부터 문의한바, 분필되지 않았어도 분필을 가정하였을 때 분필 후 지번을 예측할 수 있다고 답변을 받았다. E동 309-12는 2017. 8. 2. 309-7번지에 합병으로 소멸되어 쟁점토지 일대에서 분필 시 새로운 지번은 G번지로 예측이 가능하다.
• 라. 부당행위여부에 대한 판단기준일을 2020. 9. 4.(D 주주총회일)로 본다면, 쟁점거래는 부당행위에 해당하지 않는다.

1. 대법원은, 조세의 부담을 부당하게 감소시킨지 여부는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 때내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래행태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여, 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 한다고 판시하고 있다(대법원2008두15541, 2010. 10. 28., 대법원2017두47519, 2018. 12. 28. 등 다수). 또한 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다(대법원2013두 2013. 9. 27 등 다수).

2. 쟁점토지는 민간아파트 시행부지에 편입되어 특수관계 주주총회 승인일(2020. 9. 6.)과 2021. 2. 25.자 매매거래 사이에 급격한 가격변동이 발생하였다. 민간아파트 시행사업의 특징상, 통상 시세보다 훨씬 높게 매매대금을 책정하므로 시행사에서 매입하는 가격은 필요에 따른 특별한 가격이다. 토지계약 작업은 보통 소문이 나지 않게 비밀리에 작업하므로 계약시기 및 지주들의 상황에 따라 거래가격은 천차만별이다. 개발사업이 아무리 소문이 나더라도 본인이 소유한 토지가 아파트 부지에 편입되는지 등의 정보를 미리 알고 선행거래를 하기는 쉽지 않다. 아파트 시행사업 부지의 지주 수는 18명으로 많지 않고 짧은 기간(2020. 4. 24.∼2021. 2. 26.)에 시행사에서 토지계약을 체결하였다. 계약시기 및 계약자별로 매매가액의 편차가 큰 점을 볼 때, 개발정보가 세지 않고 비밀리에 부동산을 매매한 것으로 보여진다(아파트 시행부지 토지 매매계약일 및 가격 참고).

2021. 2. 25.자 가액은 아파트 시행사와의 거래라는 특별한 사정으로 산정된 것이고 일반적으로 형성된 가격이 아닌바, 시가로 볼 수 없다.

• 마. 쟁점거래의 정당성 쟁점거래는 개발사업정보를 미리 알고 거래를 한 것이 아닌, D의 경영상 이유로 거래된 것이다. 통상 부의 이전은 부모에서 자녀로 이전되는데 청구법인의 주주는 자녀가 70%지분을 가지고 있고 D는 부모가 100%로 자녀가 주주로 있는 청구법인의 이익을 희생해가면서 부모가 주주로 있는 D의 이익을 극대화할 이유가 없다.
• 바. 결론 처분청은 부당행위기준일을 쟁점거래 매매계약일인 2021. 2. 1.로 두고 2021. 2. 25.자 매매가액을 시가로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하였으나, 부당행위기준일은 D 주주총회승인일인 2020. 9. 4.이고 주주총회 승인일과 2021. 2. 25.자자 매매계약 사이에는 쟁점토지가 아파트사업부지에 편입됨으로써 급격한 가격변동이 수반된 특별한 사정이 있으므로, 이를 시가로 볼 수 없는바, 이에 반한 처분청의 과세는 잘못되었다.

• 가. 쟁점토지 양도거래(쟁점거래)의 권리의무 확정일은 청구법인과 D 쌍방간에 매매계약서를 작성한 2021. 2. 1.로 보아야 한다. 쟁점거래에 대하여 2020. 10. 15.자로 작성된 토지매매계약서는 정상거래를 위한 계약이 아니다. 청구법인은 이 건 조사 당시, 청구법인의 2020. 8. 28.자 임시주주총회와 D의 2020. 9 4.자 임시주주총회 결과에 따라, 쟁점거래에 대하여 작성한 2020. 10. 15.자 매매계약서를 제출하였다. 해당 매매계약서는 매매대금 855백만원을 계약금과 중도금 없이 2020. 10. 30. 잔금 855백만원을 지불하는 것으로 작성되었고, 2021. 2. 1.자 매매계약서는 매매대금 855백만원을 계약금과 중도금 없이 2021. 2. 1. 전액 지불하는 것으로 작성되었다. 쟁점토지는 2021. 2. 1.에 청구법인에서 D로 소유권이전등기되었고, ‘청구법인과 D 간 매매대금 계좌거래 내역’과 같이 관청에 공동으로 신고하여야 한다는 규정이 있음에도, 두 법인은 2020. 10. 15.자 매매계약서로 실거래를 신고하지 않은 것으로 확인되는 점에 비추어 볼 때, 2020. 10. 15.자 매매계약서는 정상거래를 위한 계약이 아니다.
• 나. 2021. 2. 1.자 매매계약서에 따라 청구법인과 D 간 권리의무가 확정된 것으로 봄이 타당하므로 2021. 2. 25.자 쟁점토지의 매매가액 2,998,000,000원을 시가로 보아 한 이 사건 처분은 정당하다. 청구법인은 임시주주총회 승인일과 2021. 2. 25. 사이에 급격한 가격변동이 있어 2021. 2. 25.자 매매가액을 쟁점토지의 쟁점거래 당시 시가로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점거래의 매매가액은 평당 11백만원으로 인근 최저 매매가액인 평단 16백만원의 70%에도 미치지 않는 수준이고, 청구법인의 쟁점토지 취득가액 985백만원보다 적은 금액인 점 등을 비추어 보면, 청구인이 시가라 주장하는 855백만원은 정상 거래가액으로 볼 수 없다. 따라서 쟁점거래에 대한 2021. 2. 1.자 매매계약일이 쌍방 간 권리의무가 확정된 날로 봄이 타당하고, 이후 거래된 쟁점토지의 양도대금 2,998백만원을 시가로 본 이 사건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용한 처분의 당부(부당행위 기준시점을 임시주주총회일로 볼 수 있는지 여부)
• 나. 관련 법령 1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우(단서 생략)

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략)

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 3) 민법 제563조 【매매의 의의】 매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

• 다. 사실관계 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료, 국세청 전산자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

1. 청구법인과 D(특수관계법인)에 관한 기본사항 및 주주현황은 다음과 같고, 쟁점거래 당시 청구법인의 대표이사는 B, D는 C이다. 법인 설립일자 업종 대표이사 변경이력 주주현황 성명 지분율 청구법인 ’16.07.01. 부동산 임대업 ’21.04.13. B →C C(본인) 30% B(자) 30% N(자) 40% D ’00.10.14.

○○○,

○○○업 ’12.08.22. M→ C C(본인) 78% M(배우자) 22% ※ 쟁점토지 쟁점거래 매매계약일: 2021. 2. 1.

2. 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 2021. 1. 27. E동 F, 458.2㎡(청구법인이 D에 임대 중이던 토지)에서 E동 G 247.9㎡로 분필되어, 2021. 2. 1. 청구법인에서 D로 소유권이 이전되었다.

3. 이 사건 처분에 대한 처분청의 법인세 결정내역(토지등양도소득결정내역 제외)은 다음과 같다. (단위: 원) 구분 당초 경정 차이 결산서상당기순손익 15,495,893,047 15,495,893,047

• 소득조정금액 익금산입 109,784,789 3,107,784,789 2,998,000,000 손금산입 0 855,000,000 855,000,000 과세표준 15,605,677,836 17,748,677,836 세율 20% 20% 산출세액 3,101,135,567 3,529,735,567 428,600,000 총부담세액 3,099,635,567 3,654,543,987 기납부세액 3,099,635,567 3,099,635,567 차감징수할세액

• 554,908,420 차감고지세액

• 554,908,420 ※ 쟁점토지의 시가로 본 2021. 2. 25.자 거래가액 2,298백만원을 익금산입, 당초 신고한 쟁점토지 양도가액 855백만원을 손금산입

4. 청구법인이 주장하는 쟁점토지 거래경위와 거래 흐름도를 정리하면 다음과 같다. 구분 ’20.08.28. ’20.09.04 ’20.10.15. ’20.11.01. ’20.12.15. ’21.01.05. ’21.01.27. ’21.02.01. ’21.02.25. ▲ ▲ ▲ ▲ ▲ ▲ ▲ ▲ ▲ 청구법인 쟁점거래 임시 주주총회 쟁점토지 매매계약 855백만원 쟁점토지 분할 (쟁점거래) 쟁점토지 매매계약 855백만원 소유권 이전등기 I 양도계약 D 쟁점거래 임시 주주총회 본사 건물 3층 용도변경 설계계약 본사 건물 3층 임대차계약 (견본주택용) 3층 용도변경 교통영향 평가 쟁점토지 H 양도계약 비고 매매물건 E동 F일부 247.9㎡ 매매물건 E동 F 일부 (면적기재X) (①매매계약서) 매매물건 표시: E동 G 247.9㎡ D↔ ㈜J E동 F에서 247.9㎡ G으로 분필 (②매매계약서) 매매대금 2,998백만원 ※ 쟁점거래에 대한 부당행위계산 판단의 기준시점 을, 청구법인은 D가 임시주주총회한 날(2020. 9. 4.) 로, 처분청은 쟁점토지 매매계약일(2021. 2. 1.) 로 보아야 한다고 주장한다.

5. 쟁점토지에 대한 일련의 거래과정 및 이에 대하여 청구법인과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.

• 가) 청구법인은 E동 F번지 토지 일부를 매매하기로 하는 2020. 8. 28.자 임시주주총회 의사록을 제출하였다. 해당 의사록에 의하면, 양수자는 확인되지 않는다.
• 나) D는 E동 F번지 토지 일부 매매에 관하여 2020. 9. 4.자 임시주주총회 의사록을 2부 작성하였다. 이 건 과세전적부심사청구 결정서에 의하면, ①임시주주총회의사록은 조사 당시 제출된 자료이고, ②임시주주총회의사록은 과세전적부심사청구와 이 건 이의신청시 제출된 자료이다.

(1) ①임시주주총회의사록(조사당시 처분청에게 제출)

(2) ②임시주주총회의사록(과세전적부심사청구, 이의신청시 제출)

(3) 이 건 과세전적부심사청구 결정서에 의하면, 청구법인은 ②임시주주총회의사록이 원본이라 주장한 것으로 확인된다.

• 다) 청구법인은 D에게 쟁점토지를 양도한다는 내용의 2020. 10. 15.자 토지매매계약서(①매매계약서)를 제출하였는데, 해당 계약서상 ‘토지의 표시’란에는 2021. 1. 27.에 분필된 쟁점토지가 기재되어 있다.
• 라) D는 2020. 11. 1. 해당 법인이 소유하는 대구 E동 (이하 ‘D 본 건물’이라 한다) 3층 건물의 용도변경공사에 대한 설계 표준계약서를 작성하였다.
• 마) D는 2020. 12. 15. 주식회사 J(부동산 컨설팅업)과 D 본 건물 3층을 2021. 1. 30.∼2022. 1. 30. 임대하기로 하는 부동산임대차계약서를 작성하였다.
• 바) 청구법인은, D가 한터이앤씨와 작성한 2021. 1.자 기술용역계약서와 대금이체내역서를 제출하였다. 대금이체내역에 의하면, D는 2021. 1. 18. 최용석에게 10,000,000원을 이체한 것으로 확인된다.
• 사) 청구법인은 ①매매계약서(2020. 10. 15.자) 외에도, 2021. 2. 1. 쟁점토지를 D에게 양도하기로 하는 매매계약서(②매매계약서)를 작성하였다. 쟁점토지 소유권이전등기일은 ②매매계약서의 잔금일과 동일하다.
• 아) 청구법인명의의 계좌 입출금 거래내역에 의하면, D는 2021. 2. 1∼2. 2. 쟁점토지 매매대금 855,000,000원을 청구법인 계좌에 이체하였다.
• 자) D는 2021. 2. 25. 쟁점토지를 H 주식회사에게 2,998,000,000원에 양도하기로 하는 매매계약서를 작성하였고, 2021. 10. 25. I 주식회사를 소유자로 하여 소유권이전등기를 완료하였다.
• 차) 청구법인은 가)∼자)의 일련의 거래에 앞서, K건축사 직원이 2020. 6. 17. 청구법인이 소유하는 E동 F 주차장부지를 현장답사하여 D 본 건물 3층의 용도변경에 필요한 부설주차장의 면적이 247.9㎡라는 내용을 자문해 주었다고 주장하며, 인근부설주차장계획도와 E동 F을 촬영한 사진을 제출하였다. ※ 그림 오른쪽 하단 점선박스 기재내용: 위치 E동 G번지, 부지면적 247.90㎡, 주차대수 자주식 주차 4대

6. 대구 E동 9필지는 청구법인이 소유하는 토지로, D이 전용주차장으로 임차하여 사용하던 토지이고, 쟁점토지는 E동 F 토지 중 주차차단기가 있는 주차장 출입구 쪽을 분할한 토지이다.

7. 처분청이 제출한 분할측량 성과도에 의하면, 쟁점토지는 2021. 1. 22. 지적측량이 이루어져 2021. 1. 26. 측량검사된 것으로 확인된다.

8. 청구법인 및 D 법인세 신고내역은 다음과 같다. [청구법인 신고내역] (단위: 백만원) 사업 연도 수입금액 과세 표준 총부담 세액 대차대조표 손익계산서 자산총계 부채총계 자본총계 당기순이익 2019 289 △70

• 8,177 8,228 △50 △86 2020 519 50 3 8,958 8,902 55 105 2021 470 15,605 3,099 23,652 9,350 14,301 15,495 [D 신고내역] (단위: 백만원) 사업 연도 수입금액 과세 표준 총부담 세액 대차대조표 손익계산서 자산총계 부채총계 자본총계 당기순이익 2019 2,645 3

• 15,226 14,900 326

• 2020 1,224 △594

• 14,715 14,983 △268 △595 2021 1,324 507 45 25,326 13,796 11,530 1,010

9. 부동산실거래 신고내역에 의하면, 쟁점토지(E동 G)를 포함한 대구 E동 일원의 토지 및 건물은 현 대구 E동 아파트 재개발 부지로, 시행사 I 주식회사가

2020. 4. 24. ∼2021. 2. 26. 매매계약을 체결한 것으로 확인된다.

10. 아파트 시행사업 부지 내 토지(건물) 매매내역은 다음과 같다. (단위: ㎡, 백만원) 양도계약일 지번 지목 토지면적 건물면적 거래가액 토지1㎡당 거래가액 2020.04.24. 토지 399 3,018 7 2020.10.10. 토지건물 463.2 1,249.18 4,450 9 2020.10.20. 토지건물 723.6 7,000 9 2020.11.02. 토지 460.8 6,189 13 2020.11.02. 건물 807.76 2,063 2020.12.31. 토지건물 929.9 14,064 15 2021.01.07. 토지 535.9 7,452 13 2021.01.12. 토지건물 642.4 1,411.44 6,100 9 2021.01.14. 토지건물 618.1 994.2 4,700 7 2021.01.24. 토지건물 166 584.69 3,000 18 2021.01.25. 토지건물 660.5 809.5 9,600 14 2021.01.25. 토지건물 631.5 1,363.07 8,718 13 2021.01.25. 토지 166 2,282 13 2021.02.10. 토지건물 343.8 1,059.57 10,900 31 2021.02.01. G (쟁점토지) 토지 247.9 855 3 2021.02.25. G (쟁점토지) 토지 247.9 2,998 12 2021.02.25. F 등 8필지 토지 1,922.3 23,262 12 2021.02.25. 토지건물 775.2 657.8 12,000 15 2021.02.26. 토지건물 194 720.57 3,970 20 2021.02.26. 토지건물 361.3 960.42 3,250 8 * 쟁점토지 거래내역:

2021. 2. 1.자 매매계약(쟁점거래): 청구법인 → D

2021. 2. 25.자 매매계약: D → H 주식회사(시행사)

• 라. 판단

1. 앞서 본 사실관계에 비추어 다음과 같은 법리 및 사정들을 종합하면, 쟁점거래의 부당행위 판단 기준시점은 매매계약일로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

• 가) 계약이 성립하기 위해서는 당사자 사이에 의사의 합치가 있을 것이 요구되고 이러한 의사의 합치는 당해 계약의 내용을 이루는 모든 사항에 관하여 있어야 하는 것은 아니나 그 본질적 사항이나 중요 사항에 관하여는 구체적으로 의사의 합치가 있거나 적어도 장래 구체적으로 특정할 수 있는 기준과 방법 등에 관한 합의는 있어야 하며, 한편 당사자가 의사의 합치가 이루어져야 한다고 표시한 사항에 대하여 합의가 이루어지지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 계약은 성립하지 아니한 것으로 보는 것이 상당하다 할 것이다(대법원 2001. 3. 23. 선고 2000다51650 판결). 특수관계 있는 자 간의 거래가 부당한 행위에 해당하는지 여부는 거래당시 즉 양도가액을 확정지을 수 있는 시점인 매매계약일 기준으로 판단하고 양도차익을 계산함에 있어 양도가액은 양도시기를 기준으로 산정하여야 한다(대법원 2010.5.13. 선고 2007두14978 판결 참조). 또한, 부당행위계산 판단의 기준시점인 ‘그 행위당시’란 주요 거래조건을 확정하고, 이에 대해 거래당사자 간 구속력 있는 합의가 있는 시점이다. 다만, 거래당사자간 합의가 구속력이 있는지 여부는 해당 합의의 목적 및 내용, 그러한 내용이 기재된 경위와 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단할 사항이다(기획재정부 법인세제과-48, 2016. 1. 18.).
• 나) 청구법인은, 청구법인과 D가 각각의 임시주주총회를 통해 쟁점토지를 매매하기로 의결하였으므로, 쟁점거래의 부당행위 판단 기준시점인 ‘그 행위당시’를 D의 임시주주총회일로 보아야 한다고 주장하나,

① 청구법인과 D의 임시주주총회 의사록을 보면 매매물건은 E동 F일부로만 기재되어 있어 쟁점토지를 특정한 것이 아니고, 기재된 토지면적은 확정된 면적도 아니며(토지분할측량성과도에 의하면 쟁점토지 측량은 2021. 1. 22., 측량검사는 2021. 1. 26.에 완료되어, 2021. 1. 27. 분할등기되었다), 거래상대방, 소유권이전일자, 대금 지급일자, 지급방법, 계약해지에 관한 사항 등 부동산 매매에 있어 본질적이고 중요한 사항 등의 거래조건을 명시하지 않은 점에 비추어 보면, 쟁점토지 매매에 대한 주요 거래조건이 당시에 확정되었다고 보기 어렵다.

② 또한 행위당시에 당사자 간의 의사표시 합치(합의)가 있어야 하나, 임시주주총회는 법인이 내부 경영에 대한 사안에 대해서 결정한 것, 즉 매매계약 체결을 위해 회사 내부적으로 주주간의 동의를 구하는 절차일 뿐, 각각의 법인 내 주주들이 자산을 처분 또는 취득하기로 결정하였다고 하여 이를 곧바로 상대방에 대한 공식적 의사표시(법률행위)가 있었다거나 계약상 합의가 있었다고 볼 수는 없다(2020. 10. 15. 작성된 855백만원의 매매계약서는 계약금 등의 지급이 이행되지 않았으므로 그 법적효력은 상실되었다고 봄이 상당하다).

• 다) 쟁점토지 매매거래는 2021. 2. 1.자 매매계약서를 통해 양도자 및 양수자 간 매매대금 지급방법 등 구체적 거래조건이 결정되었고, 해당 매매계약서의 계약일을 등기원인으로 소유권이전등기를 완료하였는바, 2021. 2. 1.자 매매계약에 의해 주요거래 조건이 확정되고 당사자 간의 구속력이 발생하였다 볼 수 있으므로, 쟁점거래의 부당행위 판단기준인 그 ‘행위당시’는 쟁점거래의 매매계약일로 봄이 타당하다.

2. 따라서 쟁점토지 매매계약일 현재(2021. 2. 1.) 시가는 2021. 2. 25. D와 아파트시행사가 체결한 쟁점토지 매매계약서상 거래금액인 2,998,000,000원으로 봄이 타당하고, 결손법인인 특수관계인 D과의 저가양도를 통해 청구법인의 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는바, 쟁점거래에 부당행위계산부인 규정을 적용한 이 사건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.