조세심판원 이의신청 법인세

쟁점명도비용의 손금 산입 귀속시기

사건번호 이의-광주청-2025-0062 선고일 2025.10.16

2020년 3월 23일 체결한 확약서를 통해 쟁점부동산의 명도와 관련된 지급액 및 대금지급일, 명도이행일 등이 확정되었으므로 권리의무확정주의에 따라 명도비용의 이행 의무가 확정된 2020 사업연도를 손금 산입 귀속시기로 보아야함.

주 문

이 건 이의신청은 기각합니다.

1. 사실관계 및 처분내용
  • 가. 유한회사 A(이하 “신청법인”이라 한다)는 자동차운전학원업을 영위하는 법인사업자로 전남 목포시 B 소재 본점 부지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2019년 4월 (주)C에 매각하고 그 양도차익에 대해 2019 사업연도 법인세 약 36억원을 2020년 3월 신고·납부하였다.
  • 나. 신청법인은 쟁점부동산의 매각 과정에서 쟁점부동산의 일부를 점유하고 있던 (유)D(舊 (유)E, 이하 “D”라 한다)에 2020년 3월 명도비용으로 35억원(이하 “쟁점명도비용”이라 한다)을 지급하였다.
  • 다. 광주지방국세청은 2022년 8월 신청법인에 대한 통합조사를 실시하면서 신청법인이 쟁점명도비용을 당기 비용처리하지 않고 기타투자자산으로 재무제표에 계상한 것을 확인하여, 조사 후 쟁점명도비용을 2020 사업연도 손금 산입하였다.
  • 라. 신청법인은 2025.3.25. 쟁점명도비용이 쟁점부동산의 2019년도 양도가액(익금)에서 차감되어야 할 손금에 해당한다는 취지로 2019 사업연도 법인세 경정청구를 제기하였으나, F세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 쟁점명도비용의 귀속 시기를 최종금액 등 협의가 확정된 2020년으로 보아야 한다고 판단하여 2025.5.26. 신청법인의 경정청구를 기각 결정하였다.
  • 마. 신청법인은 이에 불복하여 2025.8.25. 이의신청을 제기하였다.
2. 신청주장
  • 가. 신청법인이 쟁점부동산 양도 과정에서 D에게 2020년 쟁점명도비용을 지급한 경위는 다음과 같다.

1. 신청법인은 (주)C에 신청법인의 회사 부지 및 건물을 매각하면서 별첨 매매계약서 사본(본 사건조사서 16P 참조)에서 확인되는 바와 같이 2019년 4월 부동산 등기 소유권을 이전하고 해당 부지 내 건물 일체의 명도를 2020년 3월말까지 완료하였다.

2. 쟁점부동산의 양도계약은 신청법인이 쟁점부동산의 명도이전을 약속된 2020년 3월말까지 완료하지 못할 경우 계약이 해지되고 손해배상금을 지급해야 하는 조건으로, 양도매매 계약일 이후 2019년 당시 쟁점부동산의 일부를 임차하여 사용하던 D는 40억원의 명도비를 요구하였다.

3. 신청법인은 대표자의 부친 G의 지인에게 명도비의 조정을 의뢰하였고, 그 결과 35억원의 합의금을 지급하고 (주)C에 쟁점부동산의 명도를 이행할 수 있게 되었다.

  • 나. 쟁점명도비용의 손금 귀속 시기는 2019 사업연도이다.

1. 부동산 명도와 관련하여 지급한 쟁점명도비용 35억원은 2020년 지급하였으나 그 지급 의무는 2019년 4월 쟁점부동산의 매매와 관련하여 발생한 것이고, 통상적으로 양도인이 부담하는 부동산 명도비는 부동산의 매매가격에 포함되어 거래가 이루어지는 것이 일반적이다.

2. 현행 법인세법은 손익 귀속 시기에 대하여 권리의무 확정주의를 채택하고 있고, 권리의무확정주의란 익금과 손금이 확정되는 날이 속하는 사업연도를 손익의 귀속 사업연도로 판단하는, 기업회계의 실현주의 또는 발생주의에 대응하는 법인세법 특유의 개념이다. 또한 ‘확정’의 의미는 손익이 현실적으로 실현될 것까지는 필요로 하지 않더라도 실현 가능성이 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되었다면 권리 및 의무가 확정된 것으로 본다는 것이다.

3. 따라서 2020년에 지급된 쟁점명도비용 35억원은 2019년 쟁점부동산의 매각 당시 이미 지급 의무가 확정되었는바 이는 2019년도의 부동산 양도가액인 익금의 금액에서 차감되어야 할 손금에 해당하므로, 이와 관련하여 2025년 3월 신청법인이 제기한 경정청구를 처분청이 기각 결정한 것은 부당한 처분이다.

  • 다. 처분청의 의견에 대한 항변은 다음과 같다

1. 쟁점부동산의 소유권 이전은 2019.4.30. 완료되었으나 신청법인은 2020년 3월말까지 쟁점부동산 일체의 명도를 완료하여야 했고, 이러한 계약 조건에 따라 2019년에 부동산 명도와 관련하여 합의를 하였는바, 양도인인 신청법인에게 주어진 부동산 명도와 관련되어 발생하는 비용의 지급의무는 쟁점부동산의 매매계약일에 확정되었다고 보아야 할 것이다.

2. 따라서 현행 법인세법의 손익 인식 기준인 권리의무확정주의에 따라 쟁점명도비용은 그 지급 의무가 확정된 2019 사업연도의 손금으로 계상되어야 한다.

3. 처분청 의견
  • 가. 신청법인은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 지출된 명도비용은 부동산 매매가격에 포함되어 거래되는 것이 일반적이고, 권리의무 확정주의에 따라 2019년 매각 당시 이미 지급의무가 확정되었으므로 2020년에 지출한 쟁점명도비용 35억원은 2019년의 손금에 해당한다고 주장한다.
  • 나. 그러나 처분청에서 쟁점부동산의 양도 손익 귀속시기에 대해 검토한바 부동산의 잔금 지급(대금청산일) 및 소유권 이전 등기 완료는 2019년으로 확인되나, 해당 무허가 건축물의 명도 관련 쟁점명도비용 35억원에 대하여는 2020.3.23. 작성된 합의서에 의하여 해당 권리의무에 대한 지급 의무가 확정되었으므로 쟁점명도비용의 손익 귀속시기는 손금 확정된 2020년으로 보는 것이 타당하다.
  • 다. 신청인의 항변에 대한 처분청 의견은 다음과 같다.

1. 2019년 신청법인(양도인)과 (주)C(양수인)가 작성한 쟁점부동산의 매매계약서에 따르면 계약 지번 내 일체의 명도를 완료한다고 되어 있으나 해당 무허가 건물의 명도와 관련된 쟁점명도비용 35억원에 대한 별도로 규정된 사항은 존재하지 않는다.

2. 쟁점명도비용에 대한 구체적인 사항은 2020.3.23. 신청법인과 D 사이에 작성된 합의서에 의하여 권리의무에 대한 지급의무가 확정되었므로 해당 손금의 귀속시기는 2020년이 타당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점명도비용의 손금 산입 귀속시기는 2020 사업연도가 아니라 2019 사업연도라는 신청주장의 당부
  • 나. 관련 법령 1) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매:그 상품 등을 인도한 날

2. 상품 등의 시용판매:상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도:그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

4. 자산의 위탁매매:수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날

5. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장에서 같은 법 제393조제1항에 따른 증권시장업무규정에 따라 보통거래방식으로 한 유가증권의 매매: 매매계약을 체결한 날 3) 법인세법 시행규칙 제36조 【기타 손익의 귀속사업연도】 영 제71조제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 4) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

  • 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
  • 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
  • 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
  • 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용
  • 마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용
  • 다. 사실관계 1) 국세청 대내포털 사이트에서 다음과 같은 사실들이 확인된다.
  • 가) 신청법인의 사업자 현황은 다음과 같다. 법인명 (유)A 사업자번호 411-81-* 주 소 전라남도 목포시 B 대표자 OOO 개업일 1996.3.1. 업 태 서비스 업 종 자동차학원
  • 나) 신청법인의 2019 사업연도 법인세 경정청구 내역은 다음과 같다. (단위:천원) 구 분 조사 경정 경정청구 차액 과세표준금액 18,255,695 14,755,695 △3,500,000 산 출 세 액 3,631,139 2,931,139 △700,000 가 산 세 액 4,881 0 4,881 공제 및 감면세액 0 0 0 납부할 세액 3,616,278 2,931,139 △685,139 환급받을 세액 685,139 2022.8월 신청법인에 대한 세무조사로 인한 경정 내역
  • 다) 처분청은 쟁점명도비용에 대하여 2020년 최종 협의 및 금액 확정이 완료되었으므로 2020년을 손금 귀속시기로 보아야 한다는 사유로 2025.5.26. 신청법인의 경정청구를 기각 결정하였다. <처분청의 경정청구 처리 결과 통지서 일부> <그림 생략>
  • 라) 토지 및 건물 등기부등본 조회결과 쟁점부동산은 2019.4.30. 소유권 이전된 것으로 확인되고 이에 대하여 양측의 이견은 없다. <쟁점부동산 중 토지 등기부등본 일부> <그림 생략> <쟁점부동산 중 건물 등기부등본 일부> <그림 생략>
  • 마) 2022년 H지방국세청에서 실시한 신청법인에 대한 세무조사 결과, 신청법인이 쟁점명도비용 등을 당기(2020년) 비용처리하지 않고 기타투자자산으로 재무제표에 계상한 것으로 확인되어 해당 조사청은 쟁점명도비용을 손금산입하였다. <신청법인에 대한 조사종결보고서 일부> <그림 생략>

2. 신청법인은 다음과 같은 자료를 제출하였다.

  • 가) 신청법인은 경정청구 시 쟁점명도비용에 대한 ‘경위서’를 제출하였고 주요 내용은 다음과 같다.

• 신청법인은 쟁점부동산의 매수자 (주)C에 쟁점부동산의 명도를 2020년 3월까지 완료하기로 확약하였다.

• 신청법인은 2019년부터 D에 점유한 건물의 명도를 요구하였으나 보상금으로 40억원을 요구하는 등 합의가 이루어지지 않았다.

• 명도가 완료되지 않아 매수자 (주)C로부터 2020년 2월 및 3월 ‘매매계약해지 및 손해배상 최고장’을 받게 되었고, 어쩔 수 없이 D가 요구하는 35억원을 지불하고 2020년 3월 명도를 완료하였다. <신청법인이 경정청구시 제출한 경위서> <그림 생략>

  • 나) 신청법인은 신청법인의 전대표자 G의 지인 I가 작성한 확인서를 제출하였다. 확인서에서 I는 2019년 가을경 D 대표자 J를 만나 명도비용에 대해 논의하였다고 진술하였다. <그림 생략>
  • 다) 신청법인은 쟁점부동산의 ‘토지매매(변경) 계약서’를 제출하였고, 계약서의 작성일은 2019.4.17.이며, 명도기한은 명시되어 있으나 명도비용, 지급대상 등 구체적인 내용은 명시되어 있지 않다. <그림 생략>
  • 라) 신청법인은 2020년 2월 및 3월 쟁점부동산의 매수자 (주)C로부터 쟁점부동산의 명도문제가 해소되지 않고 있으며, 계약서에 따라 2020년 3월까지 명도가 완료되지 않으면 계약해제 및 손해배상을 진행할 예정이라는 내용의 최고장을 받은 것으로 확인된다. <그림 생략> <그림 생략>
  • 마) 신청법인이 제출한 입금증에 의하면, 신청법인은 2020.3.23. 및 3.24. 쟁점명도비용 35억원을 5억원씩 7차례에 걸쳐 D 이사 K에게 입금하였다. <쟁점명도비용 입금증 일부> <그림 생략>

3. 처분청은 쟁점명도비용의 지출과 관련하여 신청법인과 D가 체결한 합의서를 제출하였고, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  • 가) 합의서의 작성일은 2020.3.23.이고 전산프로그램으로 내용을 기재한 후 쌍방이 직인을 날인하는 방식으로 작성되었다.
  • 나) D는 2020.3.25.까지 점유한 건물을 명도하기로 합의하였다.
  • 다) 신청법인은 D의 명도 이행에 대해 35억원을 D가 지정하는 회사에 투자하기로 합의하였다.
  • 라) D 대표 J를 상대로 신청법인은 합의서의 내용을 확약하는 또 다른 합의서를 작성하였다. <처분청이 제출한 명도관련 합의서①> <그림 생략> <처분청이 제출한 명도관련 합의서②> <그림 생략>
  • 라. 판단 신청법인은 쟁점부동산의 매각과정에서 쟁점명도비용의 지급의무가 발생하였고 2019년에 쟁점부동산의 소유권이 이전되었으므로 쟁점명도비용의 손금 산입 귀속시기는 2019 사업연도로 보아야 한다고 주장하나, 익금이나 손금이 확정되었다고 하기 위하여서는 소득의 원인이 되는 권리나 의무가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이나 손금이 확정되었다고 할 수 없다. 여기서 소득이 발생할 권리나 의무가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상․사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것인바(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조), 신청법인의 경우 2020년 3월 23일 D와 체결한 확약서를 통해 쟁점부동산의 명도와 관련된 지급액 및 대금지급일, 명도이행일 등이 확정되었으므로 권리의무확정주의에 따라 쟁점명도비용의 이행 의무가 확정된 날을 기준으로 손금에 귀속시켜야 할 것이다. 따라서 쟁점명도비용의 손금 산입 귀속시기를 2020 사업연도로 보아 신청법인의 2019 사업연도 법인세 경정청구를 기각 결정한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
5. 결론

이 건 이의신청은 신청주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

이 건 이의신청은 기각합니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)