실물 납품의 경로만을 근거로 위장거래로 판단하여 부가가치세 매입세액을 부인한 처분이 부당하다는 신청주장의 당부

이 유

• 가. ㈜ A리뉴어블(이하 “신청법인” 이라 한다)은 2018.11.16. 개업하여 B시에서 고철·비철금속을 도소매하는 사업을 운영하는 법인으로 2021.6.22. C시 로 사업장을 이전하여 현재까지 운영하고 있으며, 주요 매출처는 제강사 ㈜G베스틸(이하 “제강사” 라고 한다)이다.
• 나. S세무서장(이하 “조사청” 이라 한다)은 2025.2.12.부터 2025.4.28.까지 신청법인의 부가가치세 세목별 세무조사를 한 결과, 신청법인이 자료상 업체로 확인된 ㈜K케어시스템(現 ㈜K산업), ㈜E스틸, F자원(해당 사업자들을 이하 “쟁점매입처들” 이라 한다)으로부터 사실과 다른 세금계산서 7,507,202천원(공급가액, 이하 “쟁점매입세금계산서” 라고 한다)을 수취한 것으로 보아, 2022.1기 부가가치세 993,268천원, 2023.2기 부가가치세 82,080천원, 2024.1기 부가가치세 54,848천원을 2025.6.2. 경정·고지하였다.
• 다. 신청법인은 이에 불복하여 2025.8.22. 이의신청을 제기하였다.

(주위적 청구) 고철 유통의 통상적인 거래구조에 따라 실제 재화의 유통 및 납품이 이루어진 정상적인 거래에 대해, 실물 납품의 경로만을 근거로 위장거래로 판단하여 부가가치세 매입세액을 부인한 처분이 부당하다는 신청주장의 당부

• 가. 신청법인은 2019.3월경에 제강사 에서 구좌업체 1) 자격을 부여받아 정식 납품업체로 등록이 되어 있으며, 신청법인 은 고철 납품 유통의 총괄적 역할을 수행하는 중간 관리자로서, 고철 수집업체인 쟁점매입처들을 포함하여 복수의 매입처와 철스크랩 구매 계약을 체결하고, 매입한 고철을 제강사 요청에 따라 직송(직납)형태로 납품하였다.
• 나. 고철 유통 구조는 일반적으로 고철수집업자, 중간도매상(매입자), 1차 벤더 업체(신청법인), 제강사(최종)의 단계로 이루어진다. 그러나 비용절감 및 운영 효율을 위해 수집업자 또는 중간도매상이 제강사로 직접 납품(직송)하게 되며, 구좌업체인 신청법인은 제강사의 입고 명세와 계량표 등을 확인한 뒤 세금계산서를 수취하고, 그에 따른 매입세액을 공제한다. 이는 신청법인이 유통의 계약상 주체이나, 실제 운송이나 실물 이동의 모든 단계에 관여하지는 않는 구조적 특성에 기인한 것이다. 이와 같은 유통 구조는 유사한 쟁점으로 진행되었던 서울고등법원 판결에서도 다음과 같이 명확히 인정되었다. (그림생략) 신청법인의 거래는 업계의 일반적 유통 관행에 부합하는 정상적인 구조에 기반한 것이며, 해당 구조 자체를 부정하여 매입세액 전체를 부인한 이 건 처분은 유통 구조에 대한 오해에서 비롯된 위법·부당한 판단이다.
• 다. 신청법인의 주요 거래처 제강사는 고철 납품과 관련하여 다음과 같은 납품 통제 절차를 운영하고 있다. (그림생략) 제강사 전산시스템의 GPS 기록관리(운행시간, 거리 등) 일부 발췌 (그림생략)
• 라. 신청법인은 사전확인 절차 및 각 거래별 실물 증빙자료를 확보하고 있어, 쟁점매입처들과 실제로 거래를 하였다. 제강사 고철 입고 시스템에는 납품 차량이 제강사 도착하여 계근 절차를 거치면, 계근 정보와 GPS 정보를 바탕으로 계근표, 차량번호, 납품일자, 고철 품목 및 중량 정보 등이 자동 으로 기록된다. 이 자료는 실제 물품이 납품된 사실을 전제로 발급되는 문서로 재화의 공급을 객관적으로 입증하는 핵심 증빙이다.(쟁점거래처들 사업자등록 사본, 명함, F산업·(주)E스틸의 스크랩 전용계좌) (그림생략)
• 마. 신청법인은 유통 업계의 통상적 유통 구조에 따라 실질적인 납품과 대금 지급을 완료한 정당한 거래 당사자이나, 조사청은 쟁점매입처들의 회계자료 일부 부실 및 전산등록 누락을 이유로 해당 거래를 위장거래로 판단하고, 세금계산서상 매입세액 전액을 부인하였다. 그러나 실질적으로 재화가 공급되었고, 그 과정이 제강사의 시스템과 신청법인의 자료로 객관 적으로 입증(제강사의 시스템 통제, 입고자료, 납품사진, 문자내역, 거래대금 지급 등)이 가능한 상황임에도, 거래 상대방의 사정만을 근거로 신청법인에게 과도한 세무상 불이익을 전가하는 부당한 처분이다.
• 바. 쟁점매입처들에 대한 과세처분은 현재 행정소송 진행중으로, 과세 사실 및 그 위법 여부에 대한 법원의 최종 판단이 확정되지 않았다. 부가 가치세법 상 매입세액 공제 부인은 세금계산서가 허위이거나, 공급의 사실이 존재하지 않는다는 점에 대한 명확한 증명이 있어야 한다.(부가가치세법 제38조 제1항, 제39조) 그러나, 그 거래가 실재하지 않았는지에 대한 거래처의 법적 판단이 완료되지 않은 상황에서 이를 기정 사실로 받아들여 신청법인에게만 세부담을 전가하는 것은, 조세법률주의 원칙(헌법 제59조) 및 과세형평 원칙에 위반된다. (조사청 의견에 대한 항변내용) (예비적 청구) 신청법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 조사청이 부가가치세 매입세액을 부인한 처분은 부당하다는 신청주장의 당부
• 가. 조사청은 신청법인이 쟁점매입처들과 거래하며 수취한 세금계산서에 대하여

① 쟁점매입처의 주소지와 상차지 주소가 다른 점 ② 상차과정 확인 등 실물관리 부족 ③ 쟁점매입처의 대표자가 아닌 자와 소통한 점 ④ 쟁점 매입처의 범칙조사 결과(가공거래) 등을 이유로 위장매입세금계산서라 판단 하고 매입세액 공제를 부인하였다.

• 나. 쟁점매입처들의 사업장과 상차지의 주소가 다른 점은 고철 유통 구조상, 중간도매상이 자사 소유의 야드(적치장)를 상차지로 등록하거나 거래 매입처의 야드를 상차지로 등록하여 운영하는 경우가 존재한다. 이는 고철 유통업체의 통상적이고 일반적인 거래 관행이며, 대규모 제강사의 상차지 등록 및 심사를 통해 적정성이 확인된 상차지만 거래에 사용된다. 신청법인의 경우에도 다음과 같은 유형의 매입처와 정상 거래를 수행하고 있다. ㉠ 야드를 직접 운영하는 중간 도매상 ㉡ 유통사의 형태로 운영하는 중간 도매상 ㉢ 자사 소유 야드와 매입처의 야드를 동시에 운영하는 중간도매상 조사 청의 의견(p.23)에 제시한 I자원은 ㉠유형에 해당하며, J 스틸은 ㉢의 유형에 해당한다. 신청법인의 정상거래 매입업체 중 ㉡형태의 유통사를 예를 들면 ‘주식회사 L스크랩거래소’가 있다. 이 업체(사업장 소재지: 서울)는 약 60여개의 상차지를 등록하여 거래 하였으며, 상차지 등록화면을 통해 그 내역을 확인할 수 있다. (그림생략) 이처럼 고철 유통 구조상 사업장 주소지와 달리 여러 곳의 상차지 주소를 등록하는 것은 업계의 일반적인 거래방식에 해당하며, 사업장 주소의 불일치를 이유로 위장매입세금계산서의 단서로 간주하는 것은 현실을 충분히 반영하지 못한 조사청의 판단이다.
• 다. 신청법인이 쟁점매입처들의 상차 과정 확인 등 실물 관리가 부족 하다는 조사청의 내용에 대하여, 신청법인의 M 대표는 본 건의 쟁점 매출처인 ㈜G베스틸 외에도, H제철의 1군 협력사인 ㈜P이엔에스 (B시)의 대표이사이며, 두 법인을 합하여 160여개 이상의 상차지와 거래처를 관리하고 있다. 신청법인은 전남 광양에 소재하고 있으나, 실제 거래처 및 상차지는 전국에 편재되어 있어 모든 상차지를 직접 방문하고 상차하는 과정을 확인하는 것은 물리적으로, 현실적으로 불가능한 조건이다. 다만, 신규 거래시에는 신청법인의 담당 직원(N전무, O 이사)등이 매입처를 직접 방문하고, 필요시 상차지 확인을 포함한 제반 조치를 성실하게 수행 하였다. 이 후에 납품이 시작되면 매입처와 카카오톡 등의 메신저를 통해 사진과 계근표(계근대가 없는 상차지의 경우 가까운 공인계량소 발행), 운반차량 등 입고의 전 과정을 매번 확인하고 관리하였다. (그림생략) 신청법인의 불복이유서에서 언급했듯이 실제 거래과정에서 매번 기 등록된 상차지에서 정상적으로 재화가 이동하는 지 세밀하게 관리하였고, GPS 상 오차 발생 시에는 즉시 제강사와 협력하여 원인을 파악하고, 시정 하는 등 성실한 거래 관리자로서 주의 의무를 다하였다. 아울러 ㈜G베스틸 측에서도 상차지 관리의 중요성을 강조하며, 출발보고 사진의 품질 및 투명성 확보를 위한 공문을 발송하여 관련 기준을 사전에 안내 하였으며, 신청법인은 해당 기준에 따라 업체 간판을 포함한 출발사진 제출 등 실물관리 절차를 성실히 이행하였다. 따라서, 상차 과정을 제대로 확인하지 않았다는 조사청의 주장은 실제 신청법인의 업무 프로세스를 충분히 반영하지 않은 일방적 해석에 불과하며, 실물 인도 및 거래 관리에 있어 신청법인은 충분한 주의의무를 다하였음을 입증할 수 있다.
• 라. 쟁점매입처의 대표가 아닌 자와 소통한 부분에 대해서는 신규 거래시, 가능할 경우에는 대표자 면담을 진행하기도 했으나, 일정상 불가한 경우에는 대리인 또는 실무담당자와 소통하여 거래를 진행해 왔다. 이는 국내 상거래 관행상 일반적이고, 통상적인 비즈니스 절차로, 대표자 본인 외에 임직원 또는 실무 대리인과 실무 협의가 이루어지는 것은 통상적인 거래 형태이다. 신청법인의 대표가 모든 매입처의 실무자 또는 대표자의 이름까지 모두 기억하는 것은 현실적으로 어려운 일이며, 특정 인물을 ‘대표’라 호칭한 부분은 실제 법적 대표자를 지칭한 것이 아니라, 실무상 주 담당자 에게 한 일반적인 존칭에 불과하다. 이는 업계 전반에서 통용되는 호칭 업그레이드로 아주 일반적인 형상일 뿐, 허위 세금계산서 수취나 거래의 비정상성을 의미하지 않는다. 이상의 내용과 같이 ‘신청법인의 대표가 쟁점매입처 관리에 허술하고 쟁점매입처를 허위세금계산서를 위한 자료상으로 이미 알았다거나 아니면 고철 실물이 입고되기만 하면 되고, 매입거래처를 알 필요가 없다고 생각한 것으로 판단된다.’는 조사청의 의견은 사실과 전혀 부합하지 않으며, 신청법인의 실질적 거래 관리의 노력과 일반적인 관행을 고려할 때 타당하지 않다.
• 마. 쟁점매입처의 조세범칙과 관련해서는 현재 법원의 소송이 진행되고 있으며, 만일 쟁점거래처가 과실이 있다면, 조세정의에 따라 그에 따른 처분을 받아야 한다는 것이 신청법인의 입장이다. 그러나 쟁점매입처가 위 법한 목적하에 가공거래를 한 것으로 밝혀진다고 하더라도, 이는 신청 법인이 사전에 인지하거나 통제할 수 있는 범위를 명백히 벗어난 사안이다. 불복이유서와 항변서에서 밝혔듯이 신청법인은 거래 당사자로서 실질 거래의 전 과정을 성실히 관리하였으며, 공급자 측의 사후 위법행위 까지 신청법인이 책임져야 할 의무나 권한은 존재하지 않는다. 이에 대해 대법원 판례에도 ‘실거래가 존재한다면 거래처가 자료상이라 하더라도 매입세액 공제를 부인할 수 없다.’(대법원 2008두9737)라고 되어 있다. 즉, 쟁점매입처가 범칙조사에서 가공거래로 확정되었다고 하더라도, 신청법인이 이를 사전에 알거나 통제할 권한은 없다. 신청법인은 재화의 인도, 대금지급, 운송 및 검수 등 전 과정을 관리하였으며, 이는 선량한 거래당사자에 해당한다.
• 바. 쟁점 매입처에 대해 위장사업자 여부를 둘러싼 행정소송이 진행 중에 있으며, 그 실체와 세금계산서의 정당성에 대해서는 법원의 판단이 아직 확정되지 않았다. 그럼에도 조사청은 해당 거래처들이 ‘위장업체’임을 전제로 하여 매입세금계산서 전액을 부인하고, 신청법인에게 매입세액 불공제 및 부가가치세 부담을 일방적으로 전가하였으며, 이는 법률적, 행정적으로도 중대한 문제를 야기한다. 신청법인은 ‘선의의 제3자’로서 정당한 절차에 따라 거래를 수행하였다. 공급자와의 계약 내용이 담긴 문자내역, 운전기사 계근표 사진, 납품 사진, GPS기록 등 실물 인도에 대한 객관적 입증자료, 제강사의 입고 전산등록 시스템상 실물 입고 기록 등으로 거래 과정에서 사기성 의도나 허위 기망 행위가 없었음이 명백히 확인된다.
• 사. 신청법인은 성실한 거래 당사자로 정상적인 관리·검증 절차를 거쳐 거래를 수행하였고, 실질적 재화 인도 및 대금 지급이 명백히 입증이 된다. 따라서, 쟁점매입세금계산서를 위장매입세금계산서라 단정하고, 매입세액 공제를 부인한 처분은 부당하다. 더구나, 조사청이 입증책임을 다하지 못한 상황에서 신청법인에게 과세와 압류 등의 불이익을 전가하는 것은 조세법률주의와 신의성실 원칙에 위배된다.

(주위적 청구) 고철 유통의 통상적인 거래구조에 따라 실제 재화의 유통 및 납품이 이루어진 정상적인 거래에 대해, 실물 납품의 경로만을 근거로 위장거래로 판단하여 부가가치세 매입세액을 부인한 처분이 부당하다는 신청주장의 당부

• 가. 신청법인은 쟁점매입처들과의 거래는 모두 실물의 유통이 있었으므로 위장 거래로 판단한 처분이 부당하다고 주장하나, 1) 조사청의 조사 결과 신청법인이 매출처인 제강사에 고철을 입고하기 위 해서는 제강사의 전산에 상차지, 운전자, 운송차량번호 등을 필수적으로 입력해야 하고, 이를 GPS를 통해 관리하고 있다는 사실을 근거로 고철 실물이 거래되었다는 사실에 대해서는 이견이 없다. 2) 쟁점매입처들의 조사결과 및 기타 확인된 사항들에 의해 신청법인이 수 취한 쟁점매입세금계산서가 실제 매입처가 아닌 곳으로부터 수취한 사실과 다른 세금계산서 즉, 위장매입세금계산서에 해당하는 것으로 판단 하였고, 매입처 조사결과에 대한 불복청구에서도 해당 조사 결과가 정당 하다고 결정 되었던바, 신청법인이 수취한 쟁점매입세금계산서에 대한 매입세액을 부인하고, 부가가치세만 과세하였다.
• 나. 신청법인은 고철 유통의 통상적인 거래구조에 따라 정상으로 발행·수취된 세금계산서를 실물 납품의 경로를 근거로 매입세액을 부인한 처분은 부당하다고 주장하나, 이는 주장대로 실물 거래분에 대한 세금계산서가 정상적으로 발행·수취 되었을 때 적용되는 사안이다. 고철 유통의 통상적인 거래구조가 아닌 경우를 살펴보면, 최초 고철 판매상인 바닥업체는 고철이 대량 발생하는 현장을 관리하며 물품을 공급하 는 미등록사업자로, 조세탈루, 비자금 조성을 위해 세금계산서를 발급하지 않고 무자료로 매출을 발생시키며, 이를 최종매출처인 제강업체에 공급하기 위해 세금계산서를 발급하여야 하는 사정으로 무자료거래를 정상거래로 세탁하는 과정에서 폭탄업체·간판 업체를 내세워 위장(가공)세금계산서를 발급하는 실정이다. (그림생략)

1. 신청법인의 경우도 위와 같이 1군업체로서 제강사에 고철을 공급 하기 위해 세금계산서를 발급하여야 하는 사정으로 폭탄업체 및 간판업체에 해당하는 쟁점매입처들로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 판단된다. < 신청법인의 매입처 D케어시스템·E스틸 유통 경로 > (그림생략) (가) R금속은 화성세무서의 범칙조사 결과, R금속은 운반비 및 경비 등에 대한 매입 외에 고철 매입분에 대한 매입자료 없이 고철 매출만 발생시켰으며, 계좌에 입금된 매출 대금은 경기・강원・충남・충북・전북 지역 등의 은행 지점을 통해 수백 차례에 걸쳐 현금으로 출금한 사실이 확인되는 폭탄업체에 해당한 것으로 판단하고, 이에 대하여 조사관서는 매출은 전액 가공, 매입은 사업과 직접 관련 없는 위장 사업장 유지 비용으로 보아, 매출・매입 전액을 부인하여 과세자료를 통보하였다. ※ R금속(사업기간: ’22.1.3.~’22.3.24.)의 조사실적 (그림생략) * R금속 조세심판원에 불복 (기각) (나) E스틸(사업기간: ’18.4.26.~’22.10.25., 수원지방법원 소송중) SS 세무서의 범칙조사 결과, E 스틸은 폭탄업체인 R금속으로부터 고철을 매입하여 신청법인에 매출한 간판업체에 해당하는 것으로 판단하고, 이에 대하여 조사관서는 매출 ・매입 전액 부인하여 과세자료를 통보 하였으며, D케어시스템 (사업기간: ’ 19.1.30~ ’ 25.2.28.) 역시 폭탄업체인 R금속으로부터 고철을 매입하여 신청 법인에 매출한 간판업체에 해당하는 것으로 보아 관련 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하였다. < 신청법인의 매입처 F자원 유통 경로 > (그림생략) (다) F자원은 MM지방국세청의 범칙조사 결과, 운반비 및 경비 등에 대한 매입자료를 제외한 고철 매입과 관련한 매입자료 없이 고철 매출만 발생시켰으며, 스크랩계좌에 입금된 매출대금은 해당 계좌에서 즉시 현금 출금되거나, 다른 3개 계좌로 이체 후 현금으로 출금되는 패턴이 반복되었으며, 충청・경기・강원 지역 등의 은행 지점을 통해 수백 차례에 걸쳐 현금으로 출금한 사실이 확인되는 폭탄업체에 해당한 것으로 판단 하고, MM지방국세청은 매출은 전액 가공, 매입은 사업과 직접 관련없는 위장 사업장 유지 비용으로 판단하고 매출・매입 전액 부인하여 과세자료를 통보하였다. ※ F자원(사업기간: `22.11.1.~`24.12.18.)의 조사실적 (표생략) 2) 신청법인은 실제 고철을 매입하여 제강사에 매출하였다고 하나, 상기 쟁점매입처들의 조사 결과에 따르면, 신청법인이 수취한 매입 세금계산서는 실제 매입처가 아닌 곳으로부터 수취한 즉, 위장매입세금 계산서에 해당하는 것으로 판단되고, 이에 대한 E스틸의 불복청구도 기각되어 당초 매입세액을 부인한 것은 정당하다. 신청법인은 쟁점매입처들과의 거래가 모두 실물의 유통이 있었으며, 제강사의 시스템 통제, 입고자료, 납품사진, 문자내역, 거래대금 지급 등의 구체적이고 실증적인 자료가 존재하고 있어 가공거래로 판단한 처분은 부당하다는 주장에 대하여, 일반적인 고철의 매매거래에 의하면 매입처 에서 상차시 계근한 후 매출처에 하차시 2차 계근한 계근표를 상호 비교·교부하는게 일반적인 거래 형태임에도, 비록, 신청법인은 상차시 교부한 계근표 등 매입처로부터 수집한 관련 증빙이 없었지만, 조사청은 고철의 최종 매출처인 제강사에 고철을 입고하기 위해서는 제강사의 전산에 상차지, 운전자, 운송차량번호 등을 필수적으로 입력하여야 하고, 이를 GPS를 통해 관리하고 있다는 사실을 근거로 실물이 거래되었다는 사실은 인정하였다. 그러나, 조사과정에서 확보한 제강사의 전산자료에 의한 상차지와 매입처 사업장 주소 일치 여부를 확인한 바, 쟁점매입처들 이외 정상거래 매입처인 주식회사 J스틸, ㈜JJ, BB의 경우에는 상차지의 주소가 본인의 사업장과 일치하는 것으로 보아 해당 사업자로부터 고철을 정상적으로 매입하고 매입세금계산서 수취하였다고 판단되는 반면, 쟁 점매입처들의 경우에는 상차지의 주소가 전부 쟁점매입처들의 사업장이 아 닌 다른 장소로 확인되어 실제 쟁점매입처가 아닌 다른 매입처에서 고철을 구입한 것으로 판단된다 < 정상거래 매입처의 상차지 내역 > (표생략) 신청법인이 제시한 사업자등록증, 명함, 문자 내역 등을 살펴보면, 이중 N진의 경우 E스틸의 이사 명함이 제시되어 있음에도, N진과의 문자 내역에는 ‘D케어시스템 계약 부탁드립니다’라고 기재 되어 있어 쟁점매입처들 각 업체 대표자인 KK(E스틸)과 DD(D케어시스텝)가 아닌 N진이 두 업체의 명의를 이용하고 있는 것으로 보이는 점, D케어시스템의 사업자등록증상 대표자는 DD이나 청구법인 대표 M의 휴대폰 연락처 상 N진이 D케어시스템 대표로 저장되어 있어 M에게 DD를 알고 있는지 물어보았으나, ‘DD라는 이름은 처음 들어봅니다’라고 진술하고 있는 점, N진은 쟁점매입처들 중 E스틸의 조세범칙조사 결과 실행위자로 고발된 자로 확인되는 점 등으로 보아 쟁점매입처들인 E스틸과 D케어시스템은 신청법인이 최종 매출처인 제강사에 고철을 공급 하기 위해 세금계산서를 발급하여야 하는 사정으로 무자료거래를 정상거래로 세탁하는 과정에서 이용된 간판업체로 판단된다. < 신청법인 대표 M의 휴대폰연락처 상 저장내역 > (그림생략) < M 심문조서 일부발췌 > (그림생략)

• 다. 신청법인은 매입처의 사업장을 직접 방문하여 현장 상태를 확인하는 등 상대방에 대한 기본적인 실사 절차를 성실히 수행하였다고 주장하고 있으나, 신청법인의 대표 M의 심문조서 상 사전에 상차지 확인 여부에 대 한 질문에 단 한곳도 가본 적이 없으며 상차하는 과정을 확인한 사실이 없다고 진술하였으며, 제출한 문자내역 등에서도 쟁점매입처의 대표들과의 문자내역은 확인되지 않았다. < M 심문조서 일부발췌 > (그림생략) 따라서, 신청법인은 쟁점매입처들과 거래하는 과정에서 상차지와 사업장 소재지가 상이함에 따라 실제 상대방이 쟁점매입처들이 아님을 알고 있었 거나, 제강사에 고철 실물이 입고되기만 하면 될 뿐 굳이 고철 매입 거래처를 알 필요가 없었던 것으로 보이므로 매입세금계산서를 수취하기 위해 간판업체를 이용하였을 뿐 실제 매입 거래처는 쟁점매입처들이 아닌 것으로 판단된다.
• 라. 신청법인은 현재 행정소송 진행 중으로 법원의 판단이 아직 확정 되지 않은 상태에서 부가가치세를 부과한 처분은 적정하지 않다고 주장하나, 신청법인의 주장과 같이 모든 과세에 있어 행정소송이 제기되면 해당 결과에 따라 과세가 이루어져야 하고 행정소송이 끝나기 전까지는 어떠한 과세도 집행하지 못한다는 주장인데, 기존 불복 결과에 따라 집행이 되었고, 이에 수긍하지 못하여 행정소송을 제기 하였다면 추후 재판결과에 따라 당초 처분을 유지 또는 취소하면 될 사안으로 판단된다. 쟁점매입처들은 범칙조사를 통해 매출・매입 전액 가공으로 확정된 폭탄업체 및 간판업체에 해당하고, E스틸의 조사결과에 대한 불복청구에 대해서도 조세심판원에서 정당하다고 판결한 바 있으므로 쟁점매입세금 계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 당초 처분은 정당하다. (신청법인 항변서에 대한 조사청 의견) (예비적 청구) 신청법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 조사청이 부가가치세 매입세액을 부인한 처분은 부당하다는 신청주장의 당부
• 가. 신청법인이 쟁점매입처들에서 수취한 세금계산서는 위장매입세금계산서가 아니라는 주장과 관련하여, 상차지의 용도에 대해 제강사의 철스크랩 담당 부서인 구매팀에 유선상 확인한 바, 제강사의 구매관리 시스템에 상차지명・위도・경도 등 상차지, GPS, 운전자, 차량번호 등의 정보를 입력하는 이유는, 고철 가격은 고시되어 고정되어 있는 값이고 해당 고철을 배송하는 거리에 따라 기름값, 인건비 등 배송비용이 추가로 발생함에 따라 거리에 따른 배송비용을 보전해 주기 위해 정확한 상차지 즉 출발지를 등록하도록 하고 있고 이를 근거로 ‘운송 보조금’을 추가 지급하고 있는 것으로 확인된다. 또한, 신청법인이 제시한 ‘G베스틸 납품 출발보고 관리기준 및 공식 지침(p.14)’에 의하면 제강사에서 신청법인에 정확한 운송 보조금을 지급하기 위해 상차지에서 출발시 ‘공차상태 차량과 업체간판 사진’ 그리고 ‘만차상태 차량과 업체간판 사진’을 차량 운전자가 직접 촬영하여 본인 핸드폰을 이용하여 업로드를 한다고 구매팀 담당자가 진술하였다. 구매팀 담당자에게 물어본 결과, 해당 공문은 본인이 발송하였음을 확인해 주었고, 상차지에서 출발보고가 명확하게 이루어지지 않아 제강사에서 납품업체에 주의를 통보하는 공문이라고 진술하였다. 위 공문의 내용에 따르면, 2020년 7월부터 3차례에 걸쳐 발송한 공문으로, 이는 신청법인이 상차지 관리에 부주의 하였음을 반증한다. 특히 해당 사진은 상차지에서 운송기사가 직접 사진을 찍어 핸드폰으로 업로드 하는 방식으로, 신청법인의 관계자가 직접 촬영하여 업로드 하는 방식이 아님을 구매팀 담당자의 진술에 의해 확인이 되는 바, 신청법인이 상차지를 직접 관리하지는 않고 당초 의견서에 제출한 카카오톡 메시지처럼 제강사의 전산에 입력하기 위한 정보만 상대방으로부터 전달 받은 것으로 신청법인이 직접 관리를 하였다면 ‘G베스틸 납품 출발보고 관리기준 및 공식지침(p.14)’이 발송되지 않았을 것으로 판단된다.
• 나. 상차지는 철스크랩을 싣고 출발하는 장소를 의미하는 것으로 신청 법인의 주장처럼 야드를 직접 운영하는 중간도매상의 경우에는 중간도매상의 사업장 주소지가 이에 해당할 것이고, 유통사의 형태로 운영하는 중간도매상일 경우에는 중간도매상의 매입처 사업장 주소지가 상차지에 해당할 것이다. 신청법인은 ‘주식회사 L스크랩 거래소 상차지 등록화면’을 예시로 제시하면서 중간도매상 사업장 주소지와 달리 여러 곳의 상차지 주소를 등록하는 것은 업계 일반적인 거래 방식에 해당하므로 사업장 주소의 불일치 사유를 위장매입세금계산서의 단서로 간주하는 것은 현실을 충분히 반영하지 못한 것이라고 주장하나, 신청법인이 제시한 L스크랩 상차지 주소를 조회해 보면 해당 주소지에는 흔히 말하는 고철 매매상 등 정상적인 사업장이 존재하는 것으로 확인되고, 조사청의 의견(p.23)와 같이 조사 당시에 정상거래로 판단한 신청법인의 매입처들은 상차지 주소지에 고철 관련 사업자가 정상적으로 존재하는 것으로 확인되었다. 또한, 신청법인이 지적한 J스틸은 자체 소유 야드를 운영하고 있지만 L스크랩 거래소와 같이 유통사 형태의 거래도 함께 운영하고 있어 J스틸의 상차지 주소지를 조회해 보면, 본인 사업장 주소 이거나 고철 매매상이 있는 J스틸의 매입처 사업장으로 둘 다 정상적으로 확인이 된다. 그러나, 쟁점매입처들의 상차지 주소지를 조회해 보면 고철매매 관련 사업장이 존재하지 않고 공인계량소 또는 제3의 장소(일반 건물 등) 등 으로 확인되어, 해당 철스크랩이 어디로부터 왔는지를 알 수 없으며, 쟁점 매입처들 중 하나인 F자원의 경우에는 부가세 신고서상 철스크랩 관련 매입처(매입금액)가 전혀 없어, 어디서 철스크랩을 구매하여 신청법인에 납품하였지를 전혀 알수가 없다. 따라서, 정상적인 상차지의 경우에는 해당 주소지에 고철을 판매하는 사업장이 확인되는 반면, 쟁점매입처들의 상차지는 고철 관련 사업장이 확인되지 않아, 쟁점 매입세금계산서는 실제 공급자가 따로 있는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.
• 다. 신청법인이 성실한 거래 관리자로서 주의의무를 다하였다는 주장과 관련하여, 신청법인은 160여개 이상의 상차지와 거래처를 관리하고 있고, 공급자와의 계약내용이 담긴 문자내역, 운송기사 계근표 사진, 납품 사진, GPS 기록, 제강사의 입고 전산등록 시스템상 실물 입고 기록 등을 제시 하면서 ‘선의의 제3자’로서 정당한 절차에 따라 거래를 수행하였다고 주장하고 있으나, 신청법인이 제시한 카카오톡 메신저를 통한 사진, 계근표, 운반차량 등의 정보는 앞서 언급하였듯이 제강사에서 운송 보조금을 지급하기 위해 제강사 전산에 등록을 요하는 정보로써 이는 실제 매출이 있었다는 근거 자료에 해당하는 것으로 보아 조사청은 매출을 인정하였다. 신청법인이 쟁점매입처들과의 실거래 중 발생한 구체적 의사소통 내역 이라고 주장하면서 당초 제출한 카카오톡의 상대방인 ‘)F자원 안실장님’, ‘케이 티 O팀장’에 대해 검토한 바, F자원은 근로・사업・일용 등 인건비 관련 신고가 전무하여 안실장님 이라는 사람이 어느 사업체 소속이고 누구인지 확인되지 않으며, N진 팀장의 경우는 2021년 E스틸에서 근로소득이 발생한 것 외에는 조사대상 기간인 2022년부터 2024년까지 어떠한 소득도 발생하지 않은 것으로 확인된다. 특히 D케어시스템은 사업장 주소가 인천이고, E스틸의 사업장 주소는 SS으로 주소가 다른 엄연히 다른 법인임에도 조사대상기간 소득이 전무하고, 근무처가 확인되지 않는 N진 혼자 두 업체에 대한 거래내용을 신 청법인과 소통하였다는 것은 신청법인이 관리에 대한 성실한 주의 의무를 다했다고는 볼 수 없다. 더구나, 쟁점매입처들이 정상거래처라고 한다면 굳이 폐업을 할 이유는 없을 것이고, MM지방국세청 및 SS세무서에서 실시한 쟁점매입처들에 대한 조세범칙조사 결과와 같이 쟁점매입처들은 단지 폭탄업체로서 이용만 한 것으로 판단된다. < 조사대상기간 쟁점매입처 사업자 등록사항 > (표생략) 라. 신청법인은 160여개 이상의 상차지와 거래처를 관리하고, 입고의 전 과정을 매번 확인하고 관리하였다고 주장하나, 앞서 언급하였던 제강사에서 발송한 공문에 의하면 2020년 7월부터 2023년까지 빈번히 발생하는 관리부족에 대한 내용과 추후에는 각별히 유의하라는 내용이 기재되어 있는 것으로 보아, 관리하였다는 신청법인 주장은 주장일 뿐이고, 160여개 이상의 상차지를 관리하였다는 주장을 입증할 증빙은 제시하지 못하고 있다. 제강사의 구매 담당자의 진술에 의하면 상차지에서 출발시 업로드하는 ‘공차상태 차량과 업체간판 사진’ 그리고 ‘만차상태 차량과 업체간판 사진’은 신청법인이 아닌 차량 운전자가 직접 촬영하여 본인 핸드폰을 통해 업로드 하는 것으로 확인되는 등 제강사의 전산에 입력하기 위한 정보만 N진 등으로부터 전달 받은 것일 뿐이지 신청법인이 직접 관리하였다고 볼 수는 없다.
• 마. 신규 거래시에는 신청법인의 담당직원 등이 매입처를 직접 방문하였다고 주장하나, 신청법인의 대표 M은 조사 당시 ‘철스크랩 매입 상차지나 중량 등은 굳이 확인할 필요가 없다. 왜냐하면 제강사에서 검수할 것이고 통과 되면, 매입처에 세금계산서와 거래명세표를 보내주면 되고, 통과되지 않으면 다시 되돌려 보내면 되기 때문’이라고 말하였으며, 이는 상차지를 단 한 곳도 가본 적이 없고, 상차하는 과정을 확인한 사실이 없다는 심문조서 상 진술과도 일맥상통한다. 또한 상차지와 거래처를 관리하였다고는 하나 해당 주장을 입증할 수 있는 증빙자료는 제시하지 못하고 있고 단순히 앞서 언급한 것과 같이 제강사의 전산에 입력 해야하는 정보 등 실제 매출이 있었다는 근거 자료만 제시하고 있다.
• 바. 신청법인은 쟁점매입처들로부터 단기간 동안 총 7,507백만원의 매입세금계산서를 수취하였으며 이는 총 수취액의 50.4%를 차지하고 있으며, 나머지 매입세금계산서 수취액 중 30.6%는 신청법인 대표이사가 운영하고 있는 ㈜P이엔에스가 차지하고 있으며, ㈜P이엔에스는 신청법인과 동일한 사업장에 위치하고 있다. < 조사대상기간 매입세금계산서 수취 내역 > (표생략)
• 사. 판례(대법원 2002두2277외 다수)에 따르면, 실제 공급자가 다른 세금계 산서는 공급받는자가 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 특별한 과실이 없는 한 매입세액공제를 받을 수 없으며 선량한 관리자의 주의의무를 다하여 과실이 없다는 점의 입증책임은 매입세액을 공제받는 자가 입증하여야 하고, 쟁점매입처와의 신규·고액거래에 앞서 해당 사업자가 실제 공급자인지 여부 등에 대해 더욱 주의를 기울여 확인할 필요가 있는 (대법원2013두22079) 바, 신청법인이 제시한 상차지, 차량, 운전자, GPS 등은 제강사가 운송 보조금을 정확히 지급하기 위해 필요한 자료로, 이는 매출을 인정한 자료에 불과할 뿐, 철스크랩의 실제 매입처가 어디 인지를 알 수 있는 증빙은 될 수 없는 점, 사업자등록증, 거래명세표, 법인 계좌 등은 제강사에 납품 및 신청법인이 매입처에 거래대금을 지급하기 위해 당연히 확인해야 할 자료로, 앞서 언급한 내용들에 의하면 신청법인이 직접 사업장을 방문하여 대표이사나 소속 직원을 직접 대면하고 수취한 것이 아닌 전달 받은 자료인 점, 카카오톡 메신저의 상대방은 소득이 전무하고 근 무처가 확인되지 않아, 실제 쟁점매입처들의 소속 직원인지도 확인하지 않은 점, 조사당시 신청 법인의 대표이사는 상차지를 단 한 곳도 가본 적이 없고, 상차하는 과정을 확인한 사실이 없다고 심문조서상 진술한 점, 신청법인은 선 량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 주장만 할 뿐 구체 적인 증빙을 제시하지 못하고 있고 일부 제시한 자료는 오히려 주의의무를 다하지 못하였다는 반증으로 볼 수 있는 점 등을 고려하면 신청법인은 선의의 거래 당사자로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점

1. (주위적 청구) 고철 유통의 통상적인 거래구조에 따라 실제 재화의 유통 및 납품이 이루어진 정상적인 거래에 대해, 실물 납품의 경로만을 근거로 위장거래로 판단하여 부가가치세 매입세액을 부인한 처분이 부당 하다는 신청주장의 당부

2. (예비적 청구) 신청법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 조사청이 부가가치세 매입세액을 부인한 처분은 부당하다는 신청주장의 당부

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과 세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세 의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정 되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가 가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. 3) 부가가치세 기본통칙 57­103…1【명의위장사업자와 거래한 선의의 사 업자에 대한 경정】 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 해당 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는조세범처벌법에 따른 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니한다. 4) 부가가치세법 제60조 【가산세】

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따 른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금 계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급 받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

• 다. 조사내용 1) 국세청 대내포털시스템에서 확인한 내용은 다음과 같다.
• 가) 신청법인 대표자 M의 사업내역 (표생략)
• 나) 신청법인의 부가가치세 경정내역 (표생략)
• 다) 신청법인의 과세자료 내역 (표생략) 2) 신청법인의 세무조사와 관련한 사항은 다음과 같다.
• 가) 고철·비철의 무자료거래 발생 배경 및 거래흐름 (그림생략)
• 나) 신청법인의 거래흐름 (표생략) 다) 고철의 유통 구조 (신청법인의 항변서 참고)는 야드를 직접 운영하는 중간 도매상, 유통사의 형태로 운영하는 중간도매상, 자사 소유 야드와 매입처의 야드를 동시에 운영하는 중간도매상으로 구분할 수 있으며, 신청법인이 거래한 E스틸, K산업, F자원은 유통사의 형태로 운영하는 중간도매상이다. 3) 신청법인의 쟁점매입처들이 상차지로 등록한 내역은 다음과 같다.
• 가) (신청법인) 신청법인이 거래한 쟁점매입처들은 유통사의 형태로 운영하는 중간 도매상으로 고철 유통 구조상 사업장 주소지와 달리 여러 곳의 상차지 주소를 등록하는 것은 일반적인 거래방식이다. 신청법인은 광양에 소재하고 있으나, 실제 거래처 및 상차지는 전국에 편재되어 있어 모든 상차지를 직접 방문하고 상차하는 과정을 확인하는 것은 물리적으로, 현실적으로 어려움이 있다. 다만, 신규 거래시에는 신청법인의 담당직원 2) (N전무, O이사)등이 매입처를 직접 방문, 필요시 상차지 확인을 하였다.
• 나) (조사청) 상차지는 철스크랩을 싣고 출발하는 장소를 의미한 것으로 유통사의 형태로 운영하는 중간도매상일 경우에는 중간도매상의 매입처의 사업장 주소지가 상차지에 해당할 것이다. 신청법인이 제시한 ‘주식회사 L스크랩 거래소 상차지 등록화면’의 상차지 주소를 조회해 보면, 고철 매매상 등 정상적인 사업장이 존재하는 것으로 확인되고, 조사청 의견(p.23)에 기재한 정상거래로 판단한 신청법인의 매입처들의 상차지 주소 또한 고철 관련 사업자가 정상적으로 존재한다. 그러나, 쟁점매입처들의 상차지 주소지에는 고철매매 관련한 사업장이 존재하지 않고, 공인계량소 또는 제3의 장소(일반 건물 등)등으로 확인 된다. 정상적인 상차지의 경우에는 해당 주소지에 고철을 판매하는 사업장이 확인되나, 쟁점매입처들의 상차지는 고철 관련 사업장을 확인할 수 없다.
• 다) 쟁점매입처들이 상차지로 등록한 내역 (표생략) < 조사청이 검토한 상차지 관련 자료 > (그림생략) 4) 신청법인이 정상거래(선의의거래당사자)를 주장하면서 제시한 자료는 다음과 같다. 가) E스틸, D케어시스템, F자원의 사업자등록증 사본, 부가세 납부전용통장(스크랩등거래계좌) 사본, E스틸 명함(이사 N진), F자원 명함(대표 박F), 거래내역서(E 28장, D 35장, F 28장), 문자내역 등 (그림생략) 나) E스틸, D케어시스템, F자원의 부가세납부전용통장(스크랩등거래계좌)에 입금한 내역, 제강사 쟁점매입처들의 매출내역정리자료, 제강사 쟁점매입처의 상차지 관리내역을 제출함

(1) 제강사 쟁점매입처들의 매출내역정리자료 (일부 발췌) (그림생략)

(2) 제강사 쟁점매입처의 상차지 관리내역 (일부발췌) (그림생략)

• 다) 신청법인이 제출한 매출이익 분석자료 (표생략)
• 라) GPS운행 기록에는 위도, 경도, 좌표, 상차지명, 주소 등이 모두 기재 되어 이를 통해 실제로 쟁점매입처들 현장에서 상차가 이루어졌음을 명백히 입증할 수 있으므로 허위 또는 위장거래가 아님을 객관적으로 증명함 5) 조사청의 종결보고서의 내용은 다음과 같다.
• 가) 거짓세금계산서 수취 혐의(과세자료)로 세무조사 실시하였으며, 조사대상기간 중 신청법인이 ㈜G베스틸 외 8개 업체에 발급한 매출 (260매, 12,523백만원(공급가액))과 관련하여 금융거래내역 검토 결과 매출처로부터 거래대금 입금 후 반환한 사실이 없으며, 가공거래가 있었다고 볼만한 혐의점이 확인되지 않은 바, 정상 발급한 것으로 판단된다.
• 나) R 금속의 조세범칙조사 종결보고서에 D케어시스템, E스틸은, 고 철매입 전무하고, 고철의 매입·매출 시 필수적으로 발생하는 상·하차 계근 내역이 확인되지 않으며, 금융거래내역 상 매출대금 명목 으로 입금받은 전액을 현금으로 출금한 것으로 확인이 된다. 신청법인이 D케어시스템, E스틸, F자원에서 매입한 고철의 상차지는 사업장 소재지와 무관하며, 해당 장소에 대한 사업자등록이력 검토 결과 대부분 계량소로 확인되는 등 실제 고철을 공급한 사업자에 대한 인적사항을 확인할 수 없으며, 상차지로부터 수취한 세금계산서가 확인되지 않는다. 또한 전산자료에 입력된 운전자내역을 검토한 바, 대부분 D케어시스템, E스틸, F자원의 매입에 대한 운전자와 일치하며, 신청법인의 대표 M의 심문조서 상 영업비밀 등의 사유로 직접 배차하고 있으나, 운송 비에 대한 세금계산서 수취 내역은 전무하다.
• 다) 신청법인과 쟁점매입처들간의 거래 과정에서 ㉠ 매입자납부특례 제도에 의해 쟁점매입처들 명의 고철 스크랩계좌를 통해 거래대금을 지급 하였으며, ㉡ 실제 고철을 매출처인 제강사에 납품한 사실이 확인되는 점, ㉢ 금융거래내역 상 별도로 대금을 돌려받는 행위 등이 확인되지 않는 점, ㉣ 쟁점매입처들이 부가가치세를 납부하지 않음으로써 조사법인 이 이익을 얻은 사정이 없는 점으로 보아 조세수입의 감소를 가져오게 될 것 이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어려워 사기·기타 부정행위에 해당하지 아니하므로, 유사 판례에 의해 일반과소신고가산세를 부과하고자 함(대법원 2016두48638, 2016.12.1., 대전고법 2014누11340, 2015.7.23., 부산고법 2015누10028외 다수) 6) 신청법인의 대표 M이 조사청에서 문답한 내용은 다음과 같다. (그림생략)
• 라. 판단 (주위적 청구) 고철 유통의 통상적인 거래구조에 따라 실제 재화의 유통 및 납품이 이루어진 정상적인 거래에 대해, 실물 납품의 경로만을 근거로 위장거래로 판단하여 부가가치세 매입세액을 부인한 처분이 부당하다는 신청주장의 당부 신청법인은 쟁점매입처들과의 거래는 모두 실물의 유통이 있었으므로 위장 거래로 판단한 처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점매입처들의 조사결과 및 기타 확인된 사항들에 의해 신청법인이 수취한 쟁점세금계산서를 실제 매입처가 아닌 곳에서 수취한 사실과 다른 세금계산서로 판단한 점, E스틸, D케어시스템은 폭탄업체인 R금속에서 고철을 매입하여 신청법인에 매출한 간판업체로서, T세무서는 E스틸의 매출·매입 전액을 부인하여 과세자료로 통보한 점, F자원의 U지방국세청 범칙조사 결과에 따르면, 매출은 전액 가공, 매 입은 사업과 직접 관련이 없는 위장 사업장 유지 비용으로 판단하고 매출·매입 전액을 부인하여 과세자료 통보한 점 등, 이상의 사실관계 및 법령 등을 종합하여 살펴보면, 쟁점매입처들은 범칙조사를 통해 매출·매입이 전부 가공으로 확정된 폭탄업체 및 간판업체에 해당하므로, 조사청이 쟁점세금계산서를 위장거래로 판단하여 부가가치세 매입세액을 부인한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (예비적 청구) 신청법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 조사청이 부가가치세 매입세액을 부인한 처분은 부당하다는 신청주장의 당부 조사청은 신청법인이 주의의무를 다하지 못하여 신청법인을 선의의 거래 당사자로 볼 수 없으므로 부가가치세 매입세액을 부인한 처분은 잘못이 없다고 주장하나, 고철업체는 야드라고 불리는 야적장의 직접 소유 여부에 따라 여러 형태가 있고, 조사청은 신청법인과 쟁점매입처들간의 거래에서 매입자 납부특례제도에 의해 쟁점매입처들 명의의 철스크랩 부가가치세 전용계좌로 거래대금을 지급한 사실, 실제 고철을 매출처인 제강사에 납품한 사실, 금융거래내역에서 신청법인이 별도로 대금을 돌려받는 행위 등이 없다는 사실을 확인하였으며, 이 내용을 미루어 보면 쟁점매입처들과의 거래에서 조사법인이 이익을 얻은 사정이 없어 보인다. 신청법인이 제시한 자료를 보면 영업담당 직원들이 쟁점매입처들과 신 규 거래시에 쟁점거래처들 방문을 하였으며, 쟁점거래처들의 직원들과 주고 받은 내역에 운전기사 계근표 사진, 납품 사진 등 거래와 관련한 내용을 확인할 수 있으며, 신청법인은 쟁점거래처들의 사업자등록 사본, 명함, 철스크랩 부가가치세 전용계좌사본 등을 확인 하였다고 주장하며 관련자료를 제출하였다. 비록 신청법인이 조사과정에서 선의의 거래당사자를 주장할 만한 자료를 충분히 제시하지 않았을 수도 있으나, 조사청은 쟁점매입처들과의 거래를 위장거래로 판단하면서 SS세무서, MM지방국세청의 세무조사 내용을 검토한 부분 이외에 신청법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였는지에 대해 명백히 입증하였다고 보기에는 어려워 보인다. 이상의 사실관계 및 법령 등을 종합하여 살펴보면 쟁점매입처들의 매출·매입이 범칙조사에서 가공거래로 확정되었다고 하더라도, 신청법인에게 ‘쟁점매입처들의 명의위장 여부 확인’에 관한 고도의 주의의무까지 요구하기는 어려워 보이므로, 신청법인이 쟁점매입세금계산서 수취와 관련한 거래 과정에서 주의의무를 충실히 이행하였는지 여부에 대해서는 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 과세표준과 세액을 경정해야 할 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 사실관계 확인 등 추가적인 조사가 필요하므로국세기본법제66조 제6항 및 제65조 제1항 제3호의 단서 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 제강사로부터 거래하는 계좌(구좌)를 부여받은 업체 2) 주식회사 P이엔에스에서 N은 `22.1.1.~9.30.근무, O은`22.1.1.~`23.12.31.근무함