쟁점토지의 양도시기를 건축물에 대한 대금청산이 이루어진 날로 볼 수 있는지 여부

이 건 이의신청은 기각합니다.

• 가. A(이하 “신청인”이라 한다)는 2023.4.13. 담양군과 ‘전라남도 담양군 B토지(이하 ”쟁점토지“라 한다) 및 지상 건축물’을 3,518백만원에 매매하기로 계약하였다(이하 ”쟁점계약“이라 한다).
• 나. 신청인은 2023.4.18. 건축물을 제외한 쟁점토지에 대하여만 공공용지의 협의취득에 의한 보상금 2,692백만원을 수령하고 같은 날 소유권이전등기 하였으나, 이에 대한 양도소득세 신고는 하지 않았다.
• 다. C세무서장(이하 ”처분청“이라 한다)은 쟁점토지의 양도시기를 보상금 수령일 및 소유권이전등기 접수일인 2023.4.18.로 보아(신고기한 2023.6.30.) 2024.12.4. 신청인에게 2023년 과세연도 양도소득세 752백만원을 과세예고통지하였고 신청인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 제기하였으나 2025.2.19. 불채택 결정되었다.
• 라. 과세전적부심사청구 불채택 결정에 따라 처분청은 2025.3.4. 양도소득세(농어촌특별세 포함) 756백만원 고지하였고, 2025.5.8. 납부지연가산세 과소부과분 48백만원을 각각 고지하였으며 신청인은 이에 불복하여 2025.6.5. 이의신청을 제기하였다.
• 마. 신청인은 쟁점토지를 취득하면서 건물 신축을 위해 기존 건물을 사용하지 않고 멸실하였으므로 멸실된 건물가액을 반영하여 쟁점토지의 취득가액을 조정해달라고 주장하였고 처분청은 2025.7.7. 이를 수용하여 2023년 과세연도 양도소득세 35백만원을 감액결정하였다.

• 가. 신청인과 담양군이 맺은 쟁점계약의 주요 내용을 정리하면 다음과 같다. 매매대상 담양읍 B 토지 및 지장물 면 적 토지 1,201㎡, 건축물 299.43㎡ 등 계 약 일 2023년 4월 13일 갑(매도예정인) 신청인 을(매수예정인) 담양군 주요 조항 제1조(목 적) “갑”은 위 표시의 토지(또는 건축물 등. 단 등기부에 의한 표시)에 대해 “을”이 추진하는 도시재생 인정사업의 국비지원대상 선정, 사업계획 확정 및 사업착수시 사업추진을 위한 비축토지로 매도할 것을 약정하고, “을”은 해당시점에 해당 토지 등에 대한 매수를 하는 것을 목적으로 한다. 제2조(매매대금) 위 표시 토지 등이 매매대금은 “을”이 통보한 수요조사 기간 종료일을 기준으로 『감정평가 및 감정평가사에 관한 법률』에 따른 2인 이상의 감정평가업자가 평가한 평가액의 산술평균 금액인 금 3,518,360,000원정(건물대금 등 금 826,190,000원정을 포함한다)으로 한다. 제3조(가격협의가 된 경우 대금의 지급방법) ⓛ “을”은 대상토지의 소유권을 “을”의 명의로 이전등기와 동시에 매매대금을 “갑”에게 지급하고, 건축물 및 영업보상 비용은 추후 이주완료 시 지급한다. 제4조(인도 및 협조의무) ⓛ “갑”은 제2조에 따른 총매매대금의 수령과 동시에 위 표시 토지 등을 “을”에게 인도 또는 명도하여야 한다.

1. 쟁점계약 제1조와 제4조 등에 따라 신청인과 담양군은 ”추진하는 도시재생 인정사업의 국비지원대상 선정, 사업계획 확정 및 사업착수시“ 쟁점토지를 매도하고 ”총매매대금의 수령과 동시에“ 매매대상 부동산을 명도하기로 약정하였다.

2. 따라서 쟁점계약의 양도시기는 담양군의 도시재생 인정사업이 국비지원대상 선정, 사업계획 확정 및 사업착수시 조건이 성취되는 것으로 보고 그 조건이 성취되는 때를 양도시기로 보아야 할 것이다.

• 나. 처분청의 의견에 대한 항변은 다음과 같다.

1. 처분청은 쟁점토지와 건축물이 별개의 양도자산에 해당되고 소유권이전등기도 개별적으로 이루어진 이상 양도시기는 각 자산별로 판정하여야 한다고 주장하며 조세심판원 심판례(조심 2009광2620, 2010.6.8.)를 제시하였으나, 해당 심판례는 토지와 건축물의 보상계획이 개별적으로 통지되었다는 점에서 쟁점토지와 건축물 전체를 하나로 보아 일괄양도하기로 한 쟁점계약과 사실관계가 상이하므로 적용할 수 없다.

2. 처분청이 원용한 심판례(조심 2009광2620, 2010.6.8.)처럼, 과거에는 수용부동산의 보상금이 시차를 두고 지급된 경우 최종보상금 수령일 또는 각각 수령일을 양도시기로 보는 서로 다른 해석이 존재하였으나, 국세청 예규 부동산거래관리과-1009(2011.12.02., 같은 뜻 부동산거래관리과-0497, 2011.6.21., 부동산거래관리과-0694, 2011.8.9.)에 의해 서로 달랐던 해석이 새롭게 정리되었으므로 처분청이 원용한 심판례는 그 효력이 소멸되었다 볼 수 있다. (부동산거래관리과-1009) 1세대1주택 비과세 규정을 적용함에 있어 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 주택 및 그 부수토지가 함께 수용된 경우로서, 당해 주택 및 부수토지에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에는 전체를 하나의 양도행위로 보아 소득세법 시행령 제154조제1항 의 규정을 적용하는 것임.

3. 쟁점계약은 토지와 건축물 전체가 하나의 조건부매매계약에 의해 수용되는 경우로서 그 전체가 하나의 양도행위이고, 신청인은 쟁점토지 대금영수 및 소유권이전등기가 이루어진 2023.4.18. 이후에도 쟁점토지의 건축물에서 음식점을 운영 중이고 새로운 토지소유자인 담양군과 토지 사용에 대한 임대차계약도 체결하지 않았으므로, 사실상 쟁점토지를 계속해서 점유 및 사용하고 있다고 볼 수 있어 양도시기가 2023.4.18.이라는 처분청의 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 처분청은 관련 공익사업의 향후 추진계획 및 시기를 알 수 없어 미래의 불특정 시기에 건축물의 수용·보상이 이루어져야 쟁점토지의 양도시기 또한 확정된다는 신청주장을 납득하기 어렵다고 주장하나, 신청인이 토지에 대해서만 대금영수와 소유권이전등기를 이행하기로 한 것은 담양군의 예산만으로는 관련 공익사업을 추진할 수 없고 중앙정부의 지원이 절대적으로 필요함에 따라 담양군 예산 중 가용 가능한 최대 범위 내에서 쟁점토지 등을 비축토지로 확보함으로써 사업의 필요성 및 절박함을 대·내외로 알리기 위해서였고, 신청인은 쟁점계약의 특약사항을 변경하여 해당 공익사업이 확정 및 시행되지 않을 경우 2025.11.30.자로 건축물 등에 대한 잔여대금을 수수하고 건축물에서 퇴거하기로 하였으므로 처분청은 양도시기를 쟁점계약의 조건이 완전히 성취되는 날 또는 건축물의 대금을 영수한 날 중 빠른 날로 보아야 할 것이다.

• 가. 동일한 사업계획에 의하여 수용과 보상이 이루어졌다고 하더라도 소득세법상 각각의 자산별로 양도소득을 산정하도록 규정하고 있고, 쟁점토지와 건축물은 별개의 양도자산에 해당되며 소유권이전등기도 개별적으로 이루어진 이상 양도시기는 각 자산별로 판정해야 할 것이다(조심2009광2620, 2010.6.29.). 따라서 쟁점토지에 대하여만 보상금 지급 및 소유권이전등기가 이루어진 2023.4.18.을 양도시기로 보고 양도소득과세표준 예정신고·납부도 2023.6.30.까지 이루어졌어야 한다. 나.소득세법시행령제162조 제1항의 규정에 의하여 자산의 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부·등록부 등에 기재된 등기접수일을 취득 및 양도시기로 보는 것이므로, 쟁점토지의 양도시기는 수용보상금 지급과 소유권이전등기가 동시에 이루어진 2023.4.18.로 보는 것이 적법하다.
• 다. 쟁점계약에 따르면 “담양군 추진사업의 국비지원 대상 선정, 사업계획 확정 및 사업착수 시 사업추진을 위한 비축토지로 매도할 것을 약정하고 ‘해당시점’에 해당토지 등에 대한 매수를 하는 것을 목적으로 한다”고 되어 있으나, 쟁점토지는 이미 보상 및 소유권이전이 이루어졌고, 담양군에 확인한바 해당사업은 국토교통부의 지원대상 사업선정 및 인가도 나지 않았으며 향후 추진일정도 미정이어서, 신청인의 주장대로 ‘건축물의 매매대금 청산이 이루어진 날’을 양도시기로 보는 것은 건축물의 수용·보상이 이루어진 미래의 어느 불특정 시기에 쟁점토지의 양도시기 또한 확정된다는 것이므로 그 자체로 납득하기 어렵다.
• 라. 결론적으로, 동일한 사업계획에 의하여 수용과 보상이 이루어졌다고 하더라도 소득세법상 각각의 자산별로 양도소득을 산정하도록 명확하게 규정하고 있고 쟁점토지와 건축물은 별개의 양도자산에 해당됨이 분명하며, 이미 쟁점토지에 대한 보상금 지급과 소유권이전등기가 이루어졌으므로 쟁점토지의 보상금 수령일(소유권이전등기일)을 양도시기로 하여 양도소득세를 결정한 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지는 공익사업에 따라 협의매수된 토지로 보상금을 지급받고 소유권이전등기가 이루어졌으나 쟁점토지와 건축물의 양도는 하나의 거래이므로 쟁점토지의 양도시기는 건축물에 대한 대금청산이 이루어진 날로 보아야 한다는 신청주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 2) 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】

① 제94조제1항 각 호(같은 항 제3호다목 및 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 및 제6호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제10조제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다. (중략)

② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다. 3) 소득세법 제106조 【예정신고납부】

① 거주자가 예정신고를 할 때에는 제107조에 따라 계산한 산출세액에서 조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따른 감면세액을 뺀 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 납부를 이 장에서 "예정신고납부"라 한다.

③ 예정신고납부를 하는 경우 제82조 및 제118조에 따른 수시부과세액이 있을 때에는 이를 공제하여 납부한다. 4) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. 5) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다. 6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제40조 【보상금의 지급 또는 공탁】

① 사업시행자는 제38조 또는 제39조에 따른 사용의 경우를 제외하고는 수용 또는 사용의 개시일(토지수용위원회가 재결로써 결정한 수용 또는 사용을 시작하는 날을 말한다. 이하 같다)까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 신청인은 쟁점토지 양도에 대해 양도소득세를 신고하지 않았고 처분청의 양도소득세 결정‧경정 내역은 다음과 같다. (단위: 백만원) 결정‧ 경정일 양도 가액 취득 가액 과세 표준 결정 세액 가산 세액 고지 세액 농어촌 특별세 합계 ’25.3.4. 2,692 662 1,609 591 150 741 15 756 ’25.5.8. 2,692 662 1,609 591 198 48

• 48 ’25.7.7. 2,692 740 1,543 566 189 -34 -0.6 -35 2) 쟁점토지의 토지수용(협의매수)확인서는 다음과 같고, 신청인은 2023.

4.

18. 쟁점토지에 대한 보상금 2,692백만원을 수령하였다. <그림 생략> 3) 등기사항전부증명서 조회 결과 쟁점토지는 보상금 수령일과 동일한 2023.4.18.에 소유권이전등기가 완료되었다. <그림 생략> 4) 담양군 토지수용 관련 사업시행계획의 주요내용은 아래와 같고, 2024. 11.경 담양군의 국토부 공모 신청은 탈락되었으며, 2025년 재공모 신청 예정이나 향후 계획승인신청이나 국가시범지구 지정 여부 등 구체적인 추진 일정은 알 수 없다. ❍ 위 치: 담양읍 담주리 87-5 일원(A=10,722㎡) ❍ 사업기간: 2025년 ~ 2029년 ❍ 사 업 량: 연면적 25,597㎡ / 복합단지(지하3층~지상8층) 조성 ∙ 주거 156호, 행정, 금융, 상업, 담양형 MICE산업 지원시설 등 ❍ 총사업비: 1,129억원 ∙ 국 250, 지방비 167, 기투자 및 현물출자 192, 사업시행자 520  추진방향

• 노후된 원도심의 주거, 상업지역의 재정비를 통한 도심기능회복  추진현황

• 읍 혁신지구 후보지 검토(HUG): 2022.

11.

• 읍사무소 주변 토지 일부 매입: 2023.

5.  추진계획

• 주거재생혁신지구 후보지 공모 신청: 2024.

계획 수립 및 군의회 의견 청취: 2025.·혁신지구계획 승인 신청 및 국가시범지구 지정(국토부장관): 2025.·시행계획 작성 및 시행계획인가: 2026.·공사 착수: 2027.  참고 (사업대상지: 담양군 B토지 외 32필지 1)) <그림 생략>

5. 신청인은 담양곡성타임스의 2024.

10. 15.자 기사 중 주요내용 발췌하여 제시하였다. <그림 생략>

6. 신청인은 쟁점토지의 지상 건축물에서 식당 등을 운영 중인 사업자로, 쟁점토지를 계속 점유·사용하고 있고 쟁점계약의 조건(건축물 보상금 수령 및 퇴거)이 완전히 성취되지 않았으므로, 쟁점토지의 양도시기를 해당 건축물에 대한 보상금을 수령하는 날 또는 계약조건이 완전히 성취되는 날로 보아야 한다고 주장한다. 쟁점토지에 소재한 사업자등록 내역은 다음과 같다. <쟁점토지 소재 사업자등록 내역,(계속사업자)> 상 호 대표자 사업자 구분 업 종 개업일자 대숯포크(한우명가) (409-99-) 신청인 면세 도소매 (식육) 2005.5.20. 농업회사법인유한회사한명 (705-81-) 신청인 법인 도소매 (농산물) 2023.2.27. 한우명가 (409-17-) 김정 일반 음식 (한식) 2011.10.10.

• 라. 판단 신청인은 쟁점계약이 쟁점토지와 건축물 전체를 하나로 보아 일괄양도하기로 한 것으로 쟁점토지의 양도시기는 건축물의 소유권이전 또는 대금을 양수한 날이므로 쟁점토지의 소유권이전등기일을 양도시기로 보아 양도소득세를 부과한 처분청의 행위는 부당하다고 주장하나, ｢소득세법｣ 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에서 부동산의 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일이라고 규정하고 있고, 동일한 사업계획에 의하여 토지와 건축물에 대한 수용과 보상이 이루어졌다고 하더라도 소득세법상 각각의 자산별로 양도소득을 산정하도록 규정하고 있고, 쟁점토지와 건축물은 별개의 양도자산에 해당되며, 소유권이전등기도 개별적으로 이루어진다면 각각의 보상금 수령일(또는 소유권이전등기일)을 양도시기로 보는 것이 타당한바(조심 2009광2620, 2010.6.8. 참조), 쟁점토지에 대해서만 2023.4.18. 보상금이 지급되었고 같은 날 소유권이전등기까지 완료되었으나 지상 건축물은 현재까지 양도가 이루어지지 않았고 향후 양도예정일도 미정인 점 등을 고려하면, 쟁점토지와 건축물은 별개의 양도자산이며 쟁점토지의 양도시기는 보상금 수령 및 소유권이전 등기를 완료한 2023.4.18.로 보는 것이 타당하다. 위 사실관계 및 관련 법령을 종합할 때 처분청이 2023.4.18.을 쟁점토지의 양도시기로 보아 양도소득세를 부과통보한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 신청주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 사업대상토지 중 쟁점토지 외 다른 토지의 양수도 내역은 확인되지 않았다.